新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)是禽类最重要的疫病病原之一,其中基因Ⅵ型NDV在鸽群广泛流行,给养鸽业造成了严重的经济损失.为深入了解基因Ⅵ型NDV在世界不同地理区域和宿主间的传播动态,本研究通过病毒分离鉴定、高通量测序、完整F基因系统发育树构建和贝叶斯系统动力学等方法进行综合分析,结果获得4株广西NDV分离株,均为基因Ⅵ型.进一步的时空分析显示,基因Ⅵ型NDV最近的共同祖先时间为1972年(95％置信区间:1965～1978),估计进化速率为1.43×10-3 substitution/site/year(95％置信区间:1.27×10-3～1.59×10-3);意大利是欧洲基因Ⅵ型NDV早期的外溢传播中心,该病毒从欧洲传播至我国,随后华东和华南成为我国的主要传播中心;病毒存在从鸽(Columba livia)到野鸟和鸡(Gallus gallus)、从野鸟到鹌鹑(Coturnix coturnix)等的跨物种传播,但病毒传播最重要的宿主是鸽.分析结果表明基因Ⅵ型NDV正快速进化,有作为突变库的潜在威胁.基于"One Health"理念,应在全球范围内加强主动监测,改善家禽管理策略,避免不同家禽之间及不同家禽与野鸟之间的直接和间接接触.这些信息有助于了解基因Ⅵ型NDV的起源、传播与进化,为制定相应防控策略提供科学依据.

目的:对美国和英国新型冠状病毒肺炎（COVID-19）疫情的发展趋势进行模型拟合和预测，对疫苗接种的效果进行初步分析。方法:在SEIR模型基础上，增加症状前感染者、隔离措施及疫苗接种等要素，建立SVEPIUHDR模型。利用公开发布的数据建模，分别将美国2020年11月6日至2021年1月31日和英国2020年11月23日至2021年1月31日的数据进行拟合，2021年2月1日至4月1日的疫情数据评估预测效果，使用R 4.0.3软件进行分析，并预测在疫苗不同接种率下每日新增病例数的变化。结果:SVEPIUHDR模型对美国和英国的累计确诊病例数的拟合及预测平均偏差均<5%。按计划接种疫苗后，预计美国2021年4月COVID-19累计确诊人数达31 864 970人，若未接种疫苗，累积确诊人数达35 317 082人，相差345余万人。英国按计划接种疫苗后预计4月初累积确诊人数达4 195 538人，若未接种疫苗情况下累积确诊人数达4 268 786人，相差7万余人。结论:SVEPIUHDR模型对美、英两国COVID-19疫情的预测效果较好。

碳青霉烯类耐药已经逐渐成为中国新生儿重症监护室面临的严峻问题。耐碳青霉烯类肠杆菌(carbapenem-resistant enterobacteriaceae，CRE)通过产生碳青霉烯酶，水解包括碳青霉烯类在内的绝大部分β-内酰胺类抗生素，具有高度的耐药性。碳青霉烯酶根据Amber分类可分为A、B、D三类，不同碳青霉烯酶对特定β-内酰胺类抗生素的水解活性不同。目前，CRE在中国NICU住院新生儿中检出率高、病死率高、具有高度的传播性。CRE在新生儿的治疗非常困难，可选药物极其有限、药代/药效动力学数据匮乏、最佳剂量/用药间隔不确定、缺少联合用药研究等因素均给有效抗菌药物治疗带来巨大挑战。成人和儿童中针对CRE主要的抗菌药物包括碳青霉烯类、头孢他定/阿维巴坦、磷霉素、多黏菌素类、氨曲南等，但在新生儿中的使用鲜有研究。CRE一旦定植和感染，清除和治疗极其困难，因此在新生儿病房严格执行医院感染防控措施和抗菌药物使用管理，减少CRE产生、遏制传播、降低感染率是应对CRE流行的最重要措施。

新型冠状病毒已在全球范围内感染超过6亿人，并造成超过600万人死亡，不断出现的新型变异株使得新型冠状病毒肺炎疫情态势在多地出现反弹。气象因素可通过改变病毒活性、传播动力学条件和宿主易感性等，影响疫情传播，本文通过系统梳理和分析气象因素对疫情影响的实验室和流行病学研究结果，分析了气象因素与疾病传播之间的关联，以期为未来疫情防控及开发早期预警系统提供科学参考。

猩红热是我国儿童和青少年重要的传染病之一，易在学校等集体单位发生聚集性疫情。2011年以来，部分国家和地区的猩红热发病率升高，A组乙型溶血性链球菌M蛋白 emm基因型和主要超抗原型别的病原学特征是否出现明显变化仍不明确。虽然猩红热的重症率和病死率极低，但猩红热易发生聚集性疫情，加重我国儿童和青少年传染病的疾病负担。为进一步做好猩红热的预防控制工作，一方面需加强病例监测，持续关注猩红热疫情的动态变化；另一方面需全面深入开展病原学、免疫学、传播动力学、多学科交叉的生态学研究。

虽然目前诊断新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染的金标准，即实时荧光定量PCR技术已被广泛应用于人群筛查并且检测限可低至1拷贝/μl，但最新的病毒动力学模型表明，相较于灵敏度而言，高频率检测和快速诊断才是减少病毒传播的关键。因此，研究人员正努力探索基于CRISPR-Cas技术的病毒RNA检测新策略。其中，Cas13a蛋白可与CRISPR RNA(crRNA)形成复合物并在crRNA的引导下靶向结合目的RNA序列，激活核酸酶活性，非特异地切割附近的任意单链RNA。利用这一特性，将带有荧光淬灭基团的RNA探针加入体系，可检测靶RNA序列。在此原理上，本研究开发了一种突破性方法，无需前期预扩增即可直接从鼻拭子RNA中检测SARS-CoV-2。通过设计针对病毒N基因和E基因的不同区域的多个crRNA，等浓度组合加入反应体系，使单次反应可以激活更多的Cas13a蛋白，检测灵敏度提高的同时也减少了基因突变导致检测脱靶的可能性，整个检测过程均在样品中直接进行，无需额外操作。此外，该新型检测平台还可以将反应速率和产生的荧光信号转化为病毒载量，样本定性的同时进行RNA定量。为了提高检测的简单性和便携性，本研究还设计了一个小型设备包括低成本的激光照明和光收集元件，可以通过手机摄像头读取CRISPR-Cas13a检测产生的荧光信号，灵敏度达到100拷贝/μl的同时能够在5 min内准确诊断出一组从新型冠状病毒肺炎患者样本中预提取的RNA。本研究开发的方法有可能为现场SARS-CoV-2筛查提供一种快速、准确、便携和低成本的选择。

目的:新型冠状病毒肺炎（新冠肺炎）自暴发以来，世界各国疫情形势、非药物防控措施、疫情下的民众行为模式及疫苗接种等差异巨大。我国疫情也在经历较长时间无本土病例后，由于境外输入等因素引起局部疫情暴发，给疫情防控带来巨大挑战。深入探讨疫情多次暴发的机制和差异性是极为必要的。方法:本研究基于SEIR传染病动力学模型，构建新颖的演化方程来融合干预措施和疫苗接种以及民众行为改变的动态过程。发展方法计算最优的干预强度和疫苗接种速率使得易感人群规模低于其阈值，从而避免疫情的二次暴发。结果:强干预或超强干预措施过早地解除，一个弱的诱因会不同程度地导致新冠肺炎疫情的再次暴发，而且早期控制措施越强，解除后二次暴发的程度越大；民众个体行为变化对疫情的敏感性程度以及防控措施的加强与解除是诱导疫情多次暴发的关键因素；最优的早期干预措施和及时优化接种疫苗不仅能够避免后期疫情的多次暴发，更能有效地降低第一波疫情的峰值并推迟其到来的时间。结论:本研究揭示了干预措施的强弱与解除、民众行为对疫情的响应切换、疫苗接种率和时效性、外界诱因和新冠病毒传播强度等因素诱导新冠肺炎疫情的多次暴发。

病原体在多种宿主间跨种传播是一个复杂的动力学过程，对传染病早期预警系统的可靠性提出严峻挑战。本文通过介绍传染病生态学理论方法，回顾和总结了通过环境-宿主-传染病动态数学模型研究病原体、宿主以及环境的交互作用，量化环境对疫情趋势、传播媒介以及病原微生物影响的研究范式；并以我国姬鼠型肾综合征出血热研究为例，介绍了传染病数学模型在疫情实际预测预警中的应用，进一步发展了新的监测指标与预警方法。

目的:新型冠状病毒肺炎疫情仍处于全球大流行阶段，我国面临着境外输入和境内反弹的双重风险，迫切需要开展医疗资源的准备工作。方法:本研究基于对疾病的现有认识，假设5种局部地区发生疫情的情景，分别使用传染病传播动力学模型和大流行理论静态模型进行医疗资源需求评估。结果:不同流行强度和防控策略的情景下医疗资源需求差别较大，积极防控策略和有效措施能够显著降低医疗资源需求。疫情快速上升期，防控策略的成本及专业应对能力要求迅速增加，医疗资源需求激增的风险大。结论:不同经济发展水平、人口规模和防控能力的地区，均应尽快开展应急状态下医疗资源需求评估，提前为可能出现的疫情反弹和暴发做好医疗资源准备。