目的:了解胎儿弯曲菌龟亚种( Campylobacter fetus subsp. testudinum， Cft)的分子流行病学特征。 方法:对本实验室2010—2022年收集的15株胎儿弯曲菌龟亚种进行全基因组测序，结合GenBank公布的全球 Cft基因组数据进行流行病学分析；MLST-GrapeTree分析 Cft的群体遗传结构；核心基因组单核苷酸多态性位点(cgSNP)构建 Cft的系统发育树，rhierBAPS确定其种群结构；CARD、ResFinder及VFDB注释 Cft的耐药及毒力基因； E-test法进行药敏试验，并参考CLSI-M45空肠/大肠弯曲菌药敏标准进行结果解释。 结果:基于基因组平均核苷酸一致性(ANI)分析，共纳入全球41株 Cft基因组信息，其中人类来源24株，动物来源13株，未知来源4株。流行病学资料显示，24株人类来源菌株中，20株感染对象为黄种人，1例为白种人(配偶是亚裔)，其余未知，差异分布具有统计学意义。13株动物来源菌株均分离自爬行动物，包括龟类6株、蛇类4株、蜥蜴类3株。MLST分型显示，中国分离株以ST46为主要序列型，美国则以ST15为主要序列型；Grapetree显示，中国分离株的遗传多态性高于美国分离株；通过cgSNP及BAPS重建的系统发育发现全球 Cft构成6个种群，中国分离株呈散在分布且与动物源菌株亲缘关系密切；美国分离株相对较集中(SC3)，且以ST15克隆传播为主；毒力基因分析显示，与鞭毛、糖基化系统及黏附素相关的毒力基因在 Cft中携带率为100.00%，而与侵袭性相关的Ⅳ型分泌系统 virB4、 virB9、 virD4因子及 tetO外排泵基因均存在于新发现的ST74中；15株中国分离株的体外药物敏感性试验结果表明， Cft对环丙沙星耐药率为46.67%，对红霉素敏感性为100.00%。 结论:全球 Cft的群体结构呈现出较高的遗传多态性且感染人群多伴有基础免疫性疾病，其感染可能与食入或接触爬行类动物有关；本次研究发现的中国临床分离株主要流行型为ST46及新发现ST74型别，应引起我们的关注。

目的:了解我国食源性金黄色葡萄球菌（金葡菌）的种群结构。方法:通过全基因组测序方法对2006-2020年我国16个省份收集的763株食源性金葡菌进行多位点序列分型、葡萄球菌蛋白A编码基因（ spa）和葡萄球菌染色体 mec基因盒（SCC mec）分型，使用BioNumerics 7.5软件创建基于ST类型的最小生成树。国外进口食品分离到的金葡菌31株被纳入基因组系统发育树的构建。 结果:763株金葡菌共鉴定出90个ST型和160个 spa型别，其中20种为新ST型别。72个（72/90，80.0%）ST型属于22个克隆群，其中主要型别为CC7、CC1、CC5、CC398、CC188、CC59、CC6、CC88、CC15和CC25，占82.44%（629/763）。其中优势克隆群中ST型和 spa型别随着时间的变化呈多态性变化。耐甲氧西林金葡菌（MRSA）的阳性率为7.60%，共鉴定出7种SCC mec型别，以ST59-t437-Ⅳa（17.24%，10/58）、ST239-t030-Ⅲ（12.07%，7/58）、ST59-t437-Ⅴb（8.62%，5/58）、ST338-t437-Ⅴb（6.90%，4/58）和ST338-t441-Ⅴb（6.90%，4/58）为主。本研究分离株在系统发育树上被分为2个种群分支，命名为Clade1和Clade2，相同克隆群、ST型和 spa型别的菌株呈聚集分布。Clade1全部为CC7甲氧西林敏感菌株，Clade2中包括21种克隆群和所有MRSA菌株，MRSA菌株按照SCC mec和ST型呈聚集分布。CC398、CC7、CC30、CC12和CC188中的国外分离株与我国分离株进化关系较远。 结论:本研究中食源性菌株主要优势克隆群型别为CC7、CC1、CC5、CC398、CC188、CC59、CC6、CC88、CC15和CC25，与既往报道的我国医院、社区感染和食物中毒的克隆群存在重叠现象，这提示食品作为病原体社区传播和食物中毒的载体，需高度关注。

目的:建立纹带棒状杆菌的多位点序列分型（MLST）方法，探讨临床分离纹带棒状杆菌的种群结构和遗传进化关系。方法:筛选出7个管家基因（ gyrA、 gyrB、 hsp65、 sodA、 secA1、 rpoB、16S rRNA），设计引物并进行PCR扩增和测序，测序所得序列通过SeqMan 软件进行拼接。采用DnaSP 5.10.01软件、Splits tree 4.14.2软件对管家基因的多样性及基因重组特征进行评价；采用MEGA 7.0.14软件基于序列型别（ST）采用M-L法构建系统发育树，采用BioNumerics软件基于ST特征值构建最小生成树，并用eBURST软件分析ST间遗传进化关系。 结果:所选的7个位点在所有试验菌株中均获得了预期的扩增产物；Splits tree表明所有纹带棒状杆菌的聚类一致，提示基因重组是推动纹带棒状杆菌进化的潜在动力；MLST将344株纹带棒状杆菌分成72个STs，85.7%的菌株形成克隆复合体（CC）结构，CC19形成了优势克隆复合体，但包含菌株数最多的ST为该克隆复合体中的ST16。ST具有一定的地域聚集性且与分离年份具有一定的相关性。结论:我国纹带棒状杆菌呈现高度的遗传多样性，CC19为优势克隆复合体。本研究建立的MLST分型方案可用于纹带棒状杆菌的分型，但尚需优化改进。

目的:通过对已报道的A族链球菌(GAS)全基因组数据进行梳理和生物信息学分析，从基因组大数据中提取前噬菌体信息，并对其在基因组中的存在状态及部分前噬菌体的基因组成进行分析，了解GAS种群内前噬菌体分布特点。方法:回顾性研究。收集下载GenBank数据库中截至2020年5月发布的GAS基因组组装序列，整理菌株重要背景信息建立本地化基因组数据库。利用生物信息学软件构建GAS全基因组系统发生树，进行核心基因组分析，并对基因组中潜在的前噬菌体及其完整性进行预测，获得前噬菌体分布特征。统计数据库中基因型种类、核心基因数量及前噬菌体的数量、长度和携带率。结果:建立了包含2 529株GAS基因组序列的数据库，涵盖140种血清型( emm基因型)。分离地点主要包括东亚、欧洲、美洲、大洋洲19个国家和地区。分离菌株疾病背景主要分为侵袭性感染、非侵袭性感染和免疫继发症3类；共鉴定出1 005个核心基因，这些基因在95%以上菌株中均存在；对其中1 798条序列分析发现，有1 366条序列存在1个或以上完整的前噬菌体，携带率为76.0%。每株菌携带完整前噬菌体的数量范围为0～6个，长度范围为32.8～62.6 kb，主要分布在30～40 kb。中国菌株近些年优势克隆中存在的前噬菌体主要为phiHKUssa、phiHKUvir和phiHKU488，主要携带 speC、spd1和 ssa 3种毒力基因。 结论:前噬菌体在GAS基因组中分布广泛，可能在其种群优势克隆演变和扩张过程中发挥重要作用，进而重塑特定 emm基因型内部种群结构。GAS基因组数据库的建立为GAS病原监测提供了重要数据支撑。

目的:了解2013—2021年深圳市急性腹泻人群副溶血性弧菌的感染状况及基因组流行病学特征。方法:对深圳市感染性腹泻监测系统主动监测的急性腹泻病例进行流行病学数据收集和统计，对分离到的副溶血性弧菌菌株进行全基因组测序，划分克隆群并分析血清型，毒力基因及多位点序列型别，采用单核苷酸多态性变异位点差异分析2019—2021年腹泻监测人群的暴发簇。结果:2013—2021年深圳市15家哨点医院共监测急性腹泻病例48 623例，分离到副溶血性弧菌1 135株，阳性分离率为2.3%。全基因组测序共获得852株菌的基因组数据，序列分析获得29种血清型、21种已知ST型和5种新ST型， tdh+trh-菌株占比达93.2%；种群结构包含8个全基因组克隆群（CG），以CG3占绝对优势，其次为CG189。CG3以O3：K6血清型和ST3序列型为主；CG189以O4：KUT、O4：K8血清型和ST189a、ST189序列型为主。2019—2021年共发现13个基因簇，包含154个病例，以及发现30个暴发簇，其中29个暴发簇均由CG3菌株引起。 结论:副溶血性弧菌是深圳市急性感染性腹泻的主要病原菌，CG3和CG189长期流行并占主导地位，存在被忽略的散在暴发及持续的共同污染来源；针对流行克隆群进行溯源和采取精准防控措施，有望大幅减轻副溶血性弧菌感染引起的腹泻疾病负担。

目的:分析2022—2023年华北地区住院患者鼻咽部携带肺炎克雷伯菌的耐药特征。方法:于2022 年11月至2023年7月，采集华北理工大学附属医院100例住院患者的鼻咽拭子并进行肺炎克雷伯菌分离培养。同时收集患者的临床资料，包括性别、年龄、科室、临床诊断的疾病类型等。使用全自动细菌药敏系统检测菌株的最低抑菌浓度，通过全基因组测序和数据分析对菌株的耐药基因、ST型、荚膜血清型以及种群结构进行分析。结果:100例住院患者中，共计从55名住院患者鼻咽拭子中分离出肺炎克雷伯菌，占比55.00%。55名鼻咽部携带肺炎克雷伯菌的住院患者中以男性患者为主（70.91%，39/55），年龄分布集中在61~80岁（58.18%，32/55），科室分布集中在重症监护室（50.91%，28/55），患者基础疾病类型以神经系统疾病为主（49.09%，27/55）。药敏结果显示55株肺炎克雷伯菌对头孢菌素类、喹诺酮类、氨曲南、呋喃妥因的不敏感率均>80.00%；共检出碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌28株（50.91%），产超广谱β-内酰胺酶47株（85.45%），多重耐药菌48株（87.27%）；共检出碳青霉烯类（携带率76.36%）、超广谱β-内酰胺酶类（携带率96.36%）等11类抗生素耐药基因。55株菌可分为17种ST型别，ST11型最多（25.45%）。55株菌可分为18种荚膜血清型，K102型最多（23.64%）。OXA-1_ST307_K102（21.82%）和KPC-2_ST5492_K125（18.18%）为优势克隆群，分别分布于神经外科和重症监护室。全基因组序列分析显示55株菌中有4个同源性较高的簇，来源于重症监护室的菌株组成2个独立的簇，又分别与神经内科重症监护室和神经外科的菌株各组成1个簇。结论:住院患者鼻咽部肺炎克雷伯菌的携带率较高，菌株耐药情况严重，携带耐药基因种类多。

[目的]本研究旨在明确昆虫共生细菌伯克氏菌 目(Burkholderiales)丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)Delftia在扶桑绵粉蚧Phenacoccus solenopsis中的多样性、丰度动态和感染部位.[方法]克隆并测序扶桑绵粉蚧5个不同地理种群[浙江兰溪(寄主:木芙蓉Hibiscus mutabilis)、浙江东阳(寄主:辣椒Capsicum annuum)、浙江杭州西湖区(寄主:大花马齿苋Portulaca grandiflora)、浙江杭州临平区(寄主:大花马齿苋)和广西防城港(寄主:朱槿Hibiscus rosa-sinensis)]3龄若虫肠道中细菌的16S rRNA基因片段,对Delftia株系进行鉴定和系统发育分析;采用qPCR定量分别取食棉花和番茄的扶桑绵粉蚧不同发育阶段(1-3龄若虫、初羽化成虫及2,4和6日龄成虫以及开始产蚧后2和4 d的成虫)整虫和其中取食番茄的上述各发育阶段成虫肠道和2,4和6日龄成虫卵巢中Delftia 16S rRNA基因的拷贝数;借助荧光原位杂交技术(fluorescence in situ hybridization,FISH)检测扶桑绵粉蚧初羽化成虫肠道和马氏管中Delftia的侵染动态;分析扶桑绵粉蚧从寄主植物获得Delftia的可能性.[结果]扶桑绵粉蚧各地理种群3龄若虫所感染细菌Delftia的16S rRNA基因片段序列极为相似(相似度＞99％),为同一个种Delftia sp.的不同菌株,且与部分其他昆虫、植物中及根际的Delftia系统发育关系十分接近.在若虫期,取食棉花和番茄扶桑绵粉蚧Delftia丰度均随龄期增大逐渐上升,但成虫期Delftia丰度变化因寄主植物而异,取食棉花扶桑绵粉蚧2日龄成虫内Delftia丰度较高6日龄成虫内Delftia丰度明显下降,开始产蚧后4 d成虫内Delftia丰度也有下降趋势;取食番茄扶桑绵粉蚧2日龄成虫内Delftia丰度显著下降,6日龄成虫内Delftia丰度明显上升,开始产蚧后4 d成虫内Delftia丰度也上升.初羽化成虫肠道和卵巢中Delftia丰度与扶桑绵粉蚧发育期关系密切,其中肠道中丰度随成虫发育推进呈缓慢下降趋势,卵巢中则自羽化至6日龄有一逐渐上升过程.成虫中肠和马氏管中均存在Delftia,但以马氏管中相对较多;扶桑绵粉蚧及其寄主番茄和棉花中存在极为相似的Delftia株系.[结论]扶桑绵粉蚧中Delftia菌的多样性很低,在宿主肠道、卵巢和马氏管中均有分布,其丰度受扶桑绵粉蚧生长发育阶段和寄主植物种类影响,在来源上存在从寄主植物获得Delftia的可能性.

目的 对一起聚集性疫情中的间日疟原虫样本进行基因分型和分子溯源分析,为病例来源的判定提供参考依据.方法 收集2018年6-7月湖南省隆回县一起间日疟聚集性疫情中4例患者的血样进行实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)虫种鉴定,并采用9个微卫星分子标记对4个样本的虫株进行基因分型,基于亚太地区消除疟疾网络间日疟原虫微卫星基因型数据库(VivaxGEN-MS)对不同国家和地区的间日疟原虫株进行种群遗传学STRUCTURE分析,判定虫株所属的遗传亚群和地理来源.结果 经qPCR鉴定,4个病例均为间日疟原虫感染,4个病例样本的9个微卫星位点均成功分型,4个样本的基因单体型不同,其中病例1、病例3和病例4为单一克隆虫株感染,病例2为多克隆虫株感染.用STURCTURE分析把所有间日疟原虫样本分成2个遗传亚群(K=2)时,4例湖南样本被划分为热带株遗传亚群(来源于埃塞尔比亚、伊朗、不丹、马来西亚、印度尼西亚和中国南部的虫株);用STURCTURE分析把所有间日疟原虫样本分成4个遗传亚群(K=4)时,4例湖南样本被划分为南亚/东南亚株遗传亚群(来源于不丹、马来西亚、印度尼西亚和中国南部的虫株).结论 分子溯源分析结果不支持该起疫情中4例间日疟原虫株的感染来源为中国中部种群,疟原虫分子溯源技术可为疟疾消除和消除后疟疾病例感染来源的判定提供客观证据.

纽芬兰鸡油菌是北美东部一种深受欢迎的美味食用菌.火烧山,位于加拿大格罗莫恩国家公园中心、三面环水,该地纽芬兰鸡油菌的持续出菇时间至少可追溯至 20 世纪 60 年代且未见于周边地区.研究该持续存在的孤立种群,对于资源保护和开发具有重要意义.本研究在火烧山共采集纽芬兰鸡油菌子实体 109个,包括间距 100 m以上的 6个局域群体共81个个体以及 5 d后随机采集的 28 个个体.基于微卫星标记的基因分型结果显示,3 个位点上分别有 3、5 和 2 个等位基因,而每个局域群体的各位点均被1到2个等位基因主导;共有多位点基因型29个.每个局域群体和总样本中的基因型频率总体上符合哈迪-温伯格平衡.虽然总样本中存在显著的遗传分化,但克隆校正后未检测到差异.比较间隔 5 d的两次取样,等位基因和基因型频率存在微小差异.此外,与纽芬兰岛另外两地(分别相距约200 km和600 km)和安大略省哈密尔顿市一地(约2 000 km外)共3个地区群体样本进行了比较.结果表明,突变、有性生殖、基因流、选择和遗传漂变都对纽芬兰鸡油菌种群的遗传多样性产生了影响.

目的 了解2019-2021年湖北省武汉市腹泻患者来源致泻大肠埃希菌的毒力基因分布、耐药情况以及种群多样性.方法 定期收集来自武汉市5家医疗机构的致泻大肠埃希菌菌株并通过生化反应和飞行时间质谱进行确认.对经确认的菌株进行药敏试验以及多重PCR检测毒力基因.采用脉冲场凝胶电泳技术和多位点序列分型技术对收集的菌株进行分子分型.通过聚类比对和构建最小生成树进行同源性分析.结果 收集到59株致泻大肠埃希菌,共检出3种基因型别.其中检出产肠毒素大肠埃希菌(ETEC)29株,占比最高为49.15％;肠集聚性大肠埃希菌(EAEC)、肠致病性大肠埃希菌(EPEC)各检出15株,占比均为25.42％.59株致泻性大肠埃希菌对除多黏菌素E外的11种抗生素表现出不同程度的耐药,对氨苄西林(67.80％)、萘啶酸(61.02％)、四环素(45.76％)、复方新诺明(37.29％)、头孢噻肟(30.51％)、氯霉素(13.56％)表现出较高的耐药性.EAEC和EPEC均存在14种不同的脉冲场凝胶电泳带型,均可被分为11种不同的ST型别.ETEC存在28种不同的脉冲场凝胶电泳带型,可被分为10种不同的ST型别,且超过50％的ETEC属于同一种优势克隆复合体CC-10.结论 武汉市食源性致泻大肠埃希菌的污染长期存在且耐药情况严重,其中EAEC和EPEC型别多样,ETEC的优势克隆复合体CC-10被广泛检出.