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人脐带间充质干细胞通过GDF-15/FOXO3a治疗小鼠卵巢功能不全的研究
编辑人员丨2天前
目的:探讨人脐带间充质干细胞(human umbilical cord mesenchymal stem cells,hUC-MSCs)改善卵巢功能不全(premature ovarian insufficiency,POI)小鼠的卵巢损伤及机制.方法:采用足底注射透明带3多肽(zona pellucida 3 peptide,pZP3)方法构建POI小鼠模型,将小鼠分为对照组、佐剂对照组、pZP3组和hUC-MSCs组,每组10只.以阴道涂片监测动情周期、以酶联免疫吸附测定检测血清卵泡刺激素(follicle-stimulating hormone,FSH)和雌二醇(estradiol,E2)水平,以HE染色观察卵巢组织学,以蛋白质印迹(Western blotting)检测叉头框转录因子O3a(forkhead box O3a,FOXO3a)、p-FOXO3a、p53、胱天蛋白酶-3(Caspase-3)、Bax表达水平,以实时荧光定量聚合酶链反应(real-time fluorescence quantitative polymerase chain reaction,qRT-PCR)检测 POI 的标志物骨形态发生蛋白 15(bone morp hogenetic protein 15,BMP15)、抗米勒管激素(anti-Müllerian hormone,AMH)、WNT、卵泡刺激素受体(follicle-stimulating hormone receptor,FSHR)以及促炎因子肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)、白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)和IL-1β的表达水平,以RNA-seq检测生长分化因子-15(growth differentiation factor-15,GDF-15)的表达水平.通过环磷酰胺(cyclophosphamide,Cy)构建体外模型.结果:①造模6周后,与对照组相比,pZP3组和hUC-MSCs组动情周期出现紊乱,且血清FSH水平升高,血清E2水平降低,表明模型构建成功.②相较于对照组,pZP3组闭锁卵泡增加,原始卵泡数目降低,hUC-MSCs干预后小鼠原始卵泡比例和数目均高于pZP3组(P<0.05).③与对照组相比,pZP3组卵巢中凋亡蛋白p53、Bax表达水平上调,hUC-MSCs干预后小鼠凋亡蛋白p53、Bax表达较pZP3组下调(均P<0.05);pZP3组体内Caspase-3变化与对照组差异无统计学意义(P>0.05).pZP3组炎症因子IL-1β、TNF-α表达上调,hUC-MSCs干预小鼠的IL-1β、TNF-α表达较pZP3组显著下调(均P<0.05).@pZP3组体内Treg细胞数量降低(P<0.01),hUC-MSCs干预后小鼠Treg细胞数量较pZP3组升高(P<0.000 1).pZP3组卵巢组织中BMP15、AMH、WNT以及FSHR的mRNA表达水平较对照组降低,hUC-MSCs干预后小鼠的表达水平较pZP3组升高(均P<0.05).⑤pZP3组FOXO3a磷酸化水平高于对照组(P<0.000 1),hUC-MSCs干预后,FOXO3a磷酸化水平较pZP3组下降(P<0.000 1).测序结果提示,pZP3组GDF-15表达上调,hUC-MSCs组中GDF-15表达较pZP3组下调.结论:POI小鼠体内GDF-15和p-FOXO3a表达上调,hUC-MSCs通过下调GDF-15的表达和降低FOXO3a的磷酸化水平,改善POI小鼠的卵巢组织形态,实现对POI小鼠的治疗作用.
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编辑人员丨2天前
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基于全长转录组分析探讨熊果酸抗癫痫和神经保护的机制
编辑人员丨2天前
基于转录组分析探讨熊果酸(ursolic acid,UA)抗癫痫和改善癫痫诱导的GABAergic神经元损伤的可能机制.选取对照组(NC组)、癫痫组(SE组)及癫痫UA给药组(UA组)大鼠的海马组织进行全长转录组测序;测序数据利用GO(gene ontology,GO)、KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)及PPI(protein-protein interaction networks,PPI)对差异基因(differential genes,DEGs)进行分析;利用RT-qPCR验证海马组织中关键差异基因的表达量;最后在原代神经元上构建体外癫痫模型,采用RT-qPCR对差异基因的表达量进行验证,并利用免疫荧光、Western blot进一步检测神经元上GABAA受体γ2亚基(GABRG2)的表达量.两两样本表达量相关性热图及DEGs聚类分析结果显示:SE组距离NC组最远,UA治疗后,总体向正常组偏移.SE组与UA组对比,共筛选出 220个差异基因,其中 143个基因上调,77个基因下调.GO富集分析显示:在一级分类中涉及生物过程、细胞成分和分子功能 3个过程.KEGG通路富集分析表明,DEGs涉及cAMP信号通路、钙信号通路等 36条生物学通路.PPI分析表明DEGs与GABA及炎症关系密切.RT-qPCR结果表明UA处理增加了海马组织中GABA受体相关基因(Gng4)、GABA合成相关基因(Camk2a、Vgf和Npy)、炎症相关基因(Timp1和Spp1)的表达量,降低了GABA合成相关基因(Nptx2)、cAMP相关通路基因(Gnas)的表达量;并进一步证实UA处理增加了神经元上Gng4、Camk2a的表达量,降低了Gnas的表达量.免疫荧光与Western blot结果显示,与SE组相比,UA给药后原代神经元上GABRG2的表达量增加.本研究丰富了UA抗癫痫的转录组数据,也为深入研究UA抗癫痫和神经保护奠定理论基础.
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编辑人员丨2天前
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马铃薯磺肽素基因StPSK4的克隆及其抗病功能分析
编辑人员丨2天前
[目的]探究马铃薯磺肽素基因StPSK4特征及其在马铃薯抗病性中的功能分析,为马铃薯抗病育种提供理论依据.[方法]用生物信息学技术对StPSK4进行系统分析,转录组测序分析StPSK4的组织特异性、生物胁迫和非生物胁迫处理下的表达模式,检测StPSK4过表达植株对植物先天免疫反应情况和对青枯菌的敏感性.[结果]StPSK4基因的cDNA全长457 bp,编码100个氨基酸;StPSK4含有信号肽,其高级结构多由α-螺旋和无规则卷曲组成;PSK4的C端含有磺肽素序列DYIYTQ,StPSK4与茄科作物相似性均在80%以上;StPSK4在马铃薯芽和叶柄中高表达,对非生物胁迫(高温、盐)和生物胁迫(青枯菌、疮痂病菌)等响应剧烈;构建并获得过表达StPSK4的转基因马铃薯植株;过量表达StPSK4抑制马铃薯的ROS爆发、防御标记基因表达和对青枯病的抗病性.[结论]StPSK4可以响应高温和青枯病等多种逆境胁迫,过表达StPSK4抑制马铃薯的活性氧爆发、防御标记基因表达和对青枯病的抗性,证实StPSK4抑制马铃薯的抗病功能.
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编辑人员丨2天前
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SMARCA4缺失性肺腺癌42例临床病理学分析
编辑人员丨2天前
目的:探讨SMARCA4缺失性肺腺癌临床病理学特征及基因突变情况。方法:收集郑州大学第一附属医院病理科2021年1月至2023年4月诊断为肺腺癌且伴有SMARCA4缺失病例42例,回顾性分析HE切片、免疫组织化学染色,总结临床病理特征,并随访患者生存情况。对部分病例进行二代测序。结果:42例SMARCA4缺失性肺腺癌,穿刺标本35例,手术标本7例。男性38例,女性4例,男女比例为9.5∶1.0。年龄42~78岁,平均年龄62岁。吸烟者33例,平均吸烟时长37年。有呼吸系统症状25例(59.5%)。TNM分期Ⅰ期4例(9.5%),Ⅱ期2例(4.7%),Ⅲ期18例(42.9%),Ⅳ期18例(42.9%)。肿瘤组织均为非黏液腺癌,无贴壁模式,大部分为低分化腺癌,组织形态多样,可见横纹肌样形态细胞、瘤巨细胞及坏死。肿瘤细胞胞质大部分嗜酸性,胞质内有嗜酸性小球,间质可见炎性细胞浸润及胆固醇结晶。免疫组织化学:29例(69.0%,29/42)表达甲状腺转录因子1(TTF1),10例(40.0%,10/25)表达Napsin A,20例(100.0%,20/20)INI1未缺失;40例(95.2%,40/42)肿瘤细胞BRG1完全缺失,2例(4.8%,2/42)为BRG1部分缺失;PD-L1(22C3)59.2%(16/27)阳性。二代测序检测发现表皮生长因子受体、ROS1、MET、RET及KRAS突变,6例(6/8)SMARCA4突变,7例(7/15)p53、4例(4/8)STK11及1例(1/8)KEAP1突变。驱动基因改变多见于女性患者( P<0.05)。随访1~25个月,4例死亡,20例进展。 结论:SMARCA4缺失性肺腺癌缺乏特征性的组织形态,大部分表达TTF1,少数病例有驱动基因的改变,有必要对肺腺癌常规进行BRG1免疫组织化学检测,筛选出此类病例,以便采用更精准的治疗。
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编辑人员丨2天前
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碳黑纳米颗粒诱导人支气管上皮细胞炎症反应中环状RNA的表达改变
编辑人员丨2天前
目的:探索碳黑纳米颗粒(CBNPs)对人支气管上皮细胞(16HBE细胞)的毒性效应,并根据全转录组高通量测序对差异表达的环状RNA进行筛选与鉴定,为CBNPs暴露的生物标志物研发与其在表观遗传毒理学的应用提供依据。方法:于2020年6月,用20、40和80 μg/ml浓度的CBNPs对16 HBE细胞进行染毒处理,以不加任何干预的16HBE细胞作为对照组,通过CCK8与乳酸脱氢酶(LDH)实验检测CBNPs细胞毒性。实时荧光定量PCR(qRT-PCR)及ELISA法检测各浓度CBNPs染毒72 h后白细胞介素-6(IL-6)和白细胞介素-8(IL-8)mRNA及蛋白水平改变,Western blot检测核因子-κB(NF-κB)相关炎性蛋白[Toll样受体4(TLR4)、磷酸化核因子-κB(P-NF-κB)、凋亡相关斑点样蛋白(ASC)和天冬氨酸蛋白水解酶1(Caspase-1)]的表达水平;根据高通量测序结果筛选并通过qRT-PCR鉴定差异表达的circRNA,选择稳定差异表达且与NF-κB通路关联性最强的circRNA进行环状性能鉴定。结果:与对照组比较,40、80 μg/ml CBNPs暴露72 h后16HBE细胞细胞活力明显下降,20、40、80 μg/ml CBNPs暴露72 h后16HBE细胞LDH释放量明显上升( P<0.05)。与对照组比较,不同浓度CBNPs暴露72 h后16HBE细胞IL-6、IL-8 mRNA表达水平均增加,IL-6、IL-8蛋白水平均增高,TLR4、P-NF-κB、ASC、Caspase-1蛋白水平均明显上调,差异均有统计学意义( P<0.05)。与对照组比较,共有492个差异性表达的环状RNA(|log 2 FC|>1),在验证出的5个差异表达( P<0.05)的环状RNA中,选择circ_002642作为后续环状RNA研究对象,80 μg/ml CBNPs暴露72 h后16HB细胞的circ_002642明显高表达( P<0.05)。 结论:CBNPs可引起16HBE细胞炎症反应并诱导炎症反应环状RNA的差异性表达。
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编辑人员丨2天前
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环状RNA PNN在肝细胞癌中表达及其机制
编辑人员丨2天前
目的:探讨Circ PNN(Circ PNN/hsa_Circ_0101802)在肝癌细胞中的表达,对肝癌细胞增殖和凋亡影响,以及调控肝癌细胞的分子机制。方法:通过全转录组高通量测序分析肝癌患者血浆中Circ PNN差异表达。实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测肝癌细胞Huh-7、SK-HEP-1中Circ PNN表达。应用siRNA干扰技术沉默后,细胞计数试剂盒(CCK-8)检测细胞增殖、流式细胞术检测凋亡、蛋白质印迹法(Western blot)检测半胱氨酰天冬氨酸特异性蛋白酶(Caspase)-3蛋白表达。Circ Bank数据库预测Circ PNN结合的miRNA及位点。结果:Circ PNN在肝癌患者血浆中的表达量显著高于非肝癌患者[差异倍数(FC)为268.63, P<0.05]。人HCC细胞系Huh-7和SK-HEP-1中Circ PNN的表达水平明显高于人正常肝细胞系HL-7702(8.206±0.118比0.950±0.010, P<0.05;20.822±0.288比0.950±0.010, P<0.05)。在SK-HEP-1细胞中转染Circ PNN siRNA-1和siRNA-2后,siRNA-1组、siRNA-2组细胞增殖能力低于对照组(0.826±0.040比1.022±0.053, P<0.05;0.492±0.027比1.022±0.053, P<0.05);siRNA-1组、siRNA-2组SK-HEP-1细胞凋亡能力明显高于对照组(16.633±0.404比4.800±0.608, P<0.05;27.133±0.751比4.800±0.608, P<0.05);siRNA-1组、siRNA-2组凋亡蛋白Caspase-3的相对表达量高于对照组(1.121±0.926比0.805±0.628, P<0.05;1.372±0.161比0.805±0.628, P<0.05),可促进细胞的凋亡能力。Circ Bank数据库生物信息学预测Circ PNN上结合的miRNA数量为10个。 结论:肝细胞癌通过增高Circ PNN表达,通过分子海绵机制作用于miRNA,下调Caspase-3表达从而促进肝癌细胞增殖、抑制凋亡,调控肝细胞癌发生、发展。
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编辑人员丨2天前
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基于生物信息学方法分析氟化物对成釉细胞毒性作用的分子机制
编辑人员丨2天前
目的:探讨氟化物对成釉细胞毒性作用的分子机制。方法:取小鼠成釉细胞株(LS8细胞),根据氟化钠(NaF)终浓度分为对照组(0.0 mmol/L NaF)和染氟组(1.6 mmol/L NaF)。对两组细胞进行转录组测序,筛选差异表达基因(DEGs),对DEGs进行基因本体(GO)分析及基因集富集分析(GSEA)。采用STRING数据库构建DEGs的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,使用Cytoscape 3.8.0软件对PPI网络进行可视化,筛选关键模块和关键基因。同时,使用实时荧光定量PCR检测关键基因mRNA表达水平,并通过基因表达数据库(GEO数据库)对关键基因进行验证。结果:染氟组与对照组比较,共有709个DEGs,其中上调基因223个,下调基因486个。DEGs的GO分析主要涉及受体配体活性、细胞黏附分子结合、细胞外基质结构成分等分子功能,细胞外基质胶原蛋白、受体复合物、膜筏等细胞组分,外部封装结构组织、细胞外结构组织、细胞外基质组织等生物学过程。全基因集的GSEA发现,白细胞介素-17(IL-17)信号通路、真核生物中的核糖体生物发生、核因子κB(NF-κB)信号通路处于激活状态,脂肪酸降解、丙酮酸代谢、脂肪酸代谢处于抑制状态。构建PPI网络后,得到3个关键模块和4个关键基因[Ⅰ型胶原α1(Col1a1)、Ⅰ型胶原α2(Col1a2)、Ⅴ型胶原α1(Col5a1)和纤维蛋白原-1(Fbn1)]。与对照组比较,染氟组LS8细胞Col1a1、Col1a2、Col5a1、Fbn1 mRNA表达水平均较低( P均< 0.05),与GEO数据库中基因表达变化趋势一致。 结论:利用生物信息学方法筛选得到的关键基因Col1a1、Col1a2、Col5a1、Fbn1及IL-17、NF-κB信号通路可能与氟化物对成釉细胞的毒性作用密切相关。
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编辑人员丨2天前
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富里酸干预缺氧诱导人视网膜微血管内皮细胞基因表达谱的MiSeq测序分析
编辑人员丨2天前
目的:观察富里酸(FA)干预缺氧诱导的人视网膜微血管内皮细胞(hRMEC)基因表达谱的MiSeq测序分析结果。方法:体外培养hRMEC,并将其分为缺氧组(缺氧处理)和FA干预组(即缺氧后FA干预)。采用MTT比色法检测不同浓度和不同作用方式的FA对hRMEC活性的影响。选择FA的最佳作用浓度,通过实时荧光定量PCR (RT-PCR)验证FA对缺氧诱导hRMEC中细胞间黏附分子-1 (ICAM-1)、IL-1β、IL-4、IL-6、IL-8、IL-10、MMP-2、TNF-α、TNF-β等炎症因子及炎症相关因子mRNA表达的影响。收集处于对数生长期的缺氧组和FA干预组细胞,应用MiSeq测序技术对两组细胞进行全转录组测序,获得生物学大数据,在此基础上分析差异表达的miRNA;通过基因注释(GO)功能显著性富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路显著性富集分析对差异miRNA的功能及信号通路进行分析。组间炎症因子及炎症相关因子表达比较时,通过miRNA mimic调节细胞中相应miRNA的表达水平,观察其对细胞功能的影响,从而判断该miRNA的作用。结果:不同浓度和不同作用方式的FA对hRMEC的细胞活性无影响。RT-PCT检测结果显示,缺氧组hRMEC中ICAM-1、IL-1β、IL-6和TNF-β的mRNA表达较正常组明显上调,差异有统计学意义( t=3.426、6.011、5.282、6.500 , P=0.027、0.004、0.006、0.003);FA干预组hRMEC中ICAM-1、IL-6、TNF-α和TNF-β的mRNA表达较缺氧组明显下降,差异有统计学意义( t=9.961、3.676、3.613、3.387, P=0.001、0.021、0.023、0.028 )。缺氧组和FA干预组之间共有14个差异表达miRNA,其中上调基因9个,下调基因5个。共4个差异miRNA (hsa-miR-1 285-3p、hsa-miR-30d-3p、hsa-miR-3 170、hsa-miR-7 976)的预测靶基因均为ICAM-1。GO功能显著性富集分析结果显示,差异基因的功能主要富集在细胞发育、细胞分化和单生物发育过程中。KEGG通路显著性富集分析结果显示,差异miRNA表达高度富集的是癌症中蛋白多糖通路和细胞因子-细胞因子受体相互作用通路,差异表达较明显的是花生四烯酸代谢通路和安非他明成瘾性通路。 结论:FA可能通过调控多个miRNA的表达,影响下游ICAM-1 mRNA的表达水平,从而对缺氧刺激hRMEC后细胞的炎性状态产生影响。
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编辑人员丨2天前
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成人真皮成纤维细胞中转化生长因子β 1转录调控Meox1的机制及对细胞迁移的影响
编辑人员丨2天前
目的:探讨成人真皮成纤维细胞(HDF-a)中转化生长因子β 1(TGF-β 1)对Meox1的转录调控机制及细胞迁移功能的影响。 方法:(1)取HDF-a系细胞,用RPMI 1640完全培养基培养(下称常规培养),将细胞分为TGF-β 1刺激组和空白对照组。TGF-β 1刺激组细胞加入10 μL质量浓度为1 mg/μL的TGF-β 1刺激,空白对照组加入等量磷酸盐缓冲液。培养72 h,取2组部分细胞进行转录组测序,筛选出2组差异表达比值≥2且 P<0.01的基因,对差异基因进行功能富集分析与京都基因和基因组百科全书代谢途径分析,记录Meox1每百万转录本(TPM)表达值,样本数为3;取2组部分细胞,采用实时荧光定量反转录PCR(RT-PCR)法检测Meox1 mRNA表达,样本数为3。(2)取对数生长期HDF-a系细胞(细胞生长期下同)常规培养,分为空质粒组和Smad2过表达组、Smad3过表达组、Smad4过表达组,分别转染2 μg pcDNA3.1空质粒和各自搭载Smad2、Smad3、Smad4的pcDNA3.1质粒,转染6 h后常规培养48 h,实时荧光定量RT-PCR法检测各组细胞中Meox1 mRNA的表达,样本数为3。(3)取HDF-a系细胞常规培养,同实验(1)分组处理,常规培养72 h,采用染色质免疫共沉淀-定量PCR(ChIP-qPCR)法检测2组细胞中Smad2、Smad3和Smad4蛋白在Meox1启动子上的富集度,样本数为3。(4)取HDF-a系细胞常规培养,分为阴性干扰组、小干扰RNA(siRNA)-Smad2组、siRNA-Smad3组、siRNA-Smad4组和空质粒组、Smad2过表达组、Smad3过表达组、Smad4过表达组,分别转染50 μmol/L随机siRNA、siRNA-Smad2、siRNA-Smad3、siRNA-Smad4和2 μg pcDNA3.1空质粒及各自搭载Smad2、Smad3、Smad4的pcDNA3.1质粒,转染6 h后常规培养48 h,ChIP-qPCR法检测相应组别细胞中Smad2、Smad3和Smad4蛋白在Meox1启动子上的富集度,样本数为3。(5)取2个批次HDF-a系细胞常规培养,均分为阴性干扰组、siRNA-Meox1组、空质粒组、Meox1过表达组,分别转染50 μmol/L随机siRNA、siRNA-Meox1和2 μg pcDNA3.1空质粒、搭载Meox1的pcDNA3.1质粒,转染6 h后常规培养24 h,1个批次细胞进行划痕实验,划痕后24 h观察划痕宽度,与划痕后即刻对比划痕愈合宽度;1个批次细胞进行Transwell实验,常规培养24 h,计数迁移细胞,样本数为3。(6)2018年1月—2019年6月,陆军军医大学(第三军医大学)第一附属医院收治3例烧伤后8~12个月增生性瘢痕患者(男2例、女1例,年龄35~56岁),取其术中切除的瘢痕组织和瘢痕边缘附带正常皮肤组织,行免疫组织化学染色,观察Meox1蛋白表达分布。对数据行单因素方差分析、独立样本 t检验。 结果:(1)培养72 h,2组细胞差异表达明显的基因共843个,涉及组织修复、细胞迁移、炎性细胞趋化诱导过程等功能以及肿瘤坏死因子、白细胞介素17、细胞外基质受体等潜在的信号通路;空白对照组细胞测序结果的Meox1 TPM表达值为45.9±1.9,显著低于TGF-β 1刺激组的163.1±29.5( t=6.88, P<0.01)。培养72 h,空白对照组细胞Meox1 mRNA表达量为1.00±0.21,显著低于TGF-β 1刺激组的11.00±3.61( t=4.79, P<0.01)。(2)培养48 h,Smad2过表达组、Smad3过表达组和Smad4过表达组细胞中Meox1 mRNA表达量分别为198.70±11.02、35.47±4.30、20.27±2.50,均显著高于空质粒组的1.03±0.19( t=31.07、13.80、13.12, P<0.01)。(3)培养72 h,TGF-β 1刺激组细胞中Smad2、Smad3和Smad4蛋白在Meox1启动子上的富集度均显著高于空白对照组( t=12.99、41.47、29.10, P<0.01)。(4)培养48 h,阴性干扰组细胞中Smad2蛋白在Meox1启动子上的富集度为(0.200 000±0.030 000)%,显著高于siRNA-Smad2组的(0.000 770±0.000 013)%( t=11.67, P<0.01);空质粒组细胞中Smad2蛋白在Meox1启动子上的富集度为(0.200 000±0.040 000)%,显著低于Smad2过表达组的(0.700 000±0.090 000)%( t=8.85, P<0.01)。阴性干扰组细胞中Smad3蛋白在Meox1启动子上的富集度为(0.500 0±0.041 3)%,显著高于siRNA-Smad3组的(0.006 0±0.001 3)%( t=17.79, P<0.01);空质粒组细胞中Smad3蛋白在Meox1启动子上的富集度为(0.470 0±0.080 0)%,显著低于Smad3过表达组的(1.100 0±0.070 0)%( t=9.93, P<0.01)。阴性干扰组细胞中Smad4蛋白在Meox1启动子上的富集度与siRNA-Smad4组相近( t=2.11, P>0.05),空质粒组细胞中Smad4蛋白在Meox1启动子上的富集度与Smad4过表达组相近( t=0.60, P>0.05)。(5)划痕后24 h,siRNA-Meox1组细胞划痕愈合宽度较阴性干扰组窄,Meox1过表达组细胞划痕愈合宽度较空质粒组宽。培养24 h,阴性干扰组迁移细胞数显著多于siRNA-Meox1组( t=9.12, P<0.01),空质粒组迁移细胞数显著少于Meox1过表达组( t=8.99, P<0.01)。(6)烧伤后增生性瘢痕患者瘢痕组织中Meox1蛋白表达明显高于正常皮肤组织。 结论:在HDF-a系细胞中,TGF-β 1通过Smad2/3转录调控Meox1表达,进而促进细胞迁移。
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编辑人员丨2天前
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BICD1基因促进脑胶质瘤恶性进展的多组学研究
编辑人员丨2天前
目的:基于空间转录组、单细胞转录组和RNA转录组测序数据探讨BICD1基因促进脑胶质瘤恶性进展的分子机制。方法:基于空间转录组公共数据集分析BICD1基因在正常脑组织(样本"248_C")和胶质母细胞瘤组织(样本"275_T")中的空间分布特征。采用R语言软件包分析中国脑胶质瘤基因组图谱(CGGA)数据库中单细胞测序数据(来源于14例患者的6 148个细胞),明确BICD1基因在胶质瘤不同细胞类型中的表达差异。基于CGGA数据库中693例脑胶质瘤患者的RNA测序数据,采用京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析及基因本体论分析BICD1基因相关基因的生物学功能。结果:BICD1基因在正常脑组织中表达广泛,在胶质母细胞瘤组织中特异性地表达于肿瘤干细胞与肿瘤细胞的分界处。根据单细胞测序数据进行的细胞分群分析表明,BICD1基因主要在星形胶质细胞中高表达。在Neftel分型中,BICD1基因高表达细胞主要分布在星形胶质细胞样细胞群和神经前体样细胞群中。BICD1基因表达水平相关差异基因的KEGG通路富集分析显示,BICD1基因高表达与细胞衰老( P=0.003)、癌症中的蛋白聚糖( P=0.004)等癌症相关生物学功能的聚集相关,与肌动蛋白细胞骨架的调节( P=0.010)等胞内运输过程的功能聚集相关;BICD1基因低表达与核糖体相关功能( P<0.001)及氧化磷酸化( P<0.001)等生物学过程的聚集相关。BICD1基因表达水平相关差异基因的生物学功能聚类分析显示,与BICD1基因表达水平相关性较强的生物学功能有细胞质翻译( P<0.001)、核糖体亚单位装配( P=0.001)、染色体分离调控( P=0.004)及染色体分离( P=0.004)等。BICD1基因的表达水平与多泛素修饰依赖性蛋白结合( P=0.046)、泛素-泛素连接酶活性( P=0.033)、蛋白质解聚负调控( P=0.010)、单泛素化蛋白质去泛素化( P=0.026)、肌动蛋白丝加帽( P=0.007)、肌动蛋白丝解聚( P=0.013)等生物学过程相关。 结论:BICD1蛋白可能在脑胶质瘤前体肿瘤细胞中参与蛋白泛素化降解及细胞骨架相关的胞内运输,调控细胞衰老和细胞分裂等生物学过程,在这些细胞的恶性转变过程中起到关键作用。
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编辑人员丨2天前
