为探究独脚金内酯抑制剂Tis108对天麻生长的影响,该研究采用10 μmol·L-1的Tis108溶液处理白麻块茎,对块茎的内源激素赤霉素(GA)含量进行测定,通过RT-PCR技术克隆GA失活关键酶GeCYP714A1基因,借助ExPASy、SWISS-MODEL、MEGA 等软件对该基因进行生物信息学分析,并测定其在天麻不同组织部位的表达水平.结果显示,Tis108处理后天麻块茎的GA含量显著升高,GA失活关键酶GeCYP714A1的转录水平显著降低.GeCYP714A 1基因的编码区全长1 173 bp,编码390个氨基酸,蛋白的相对分子质量为44.85 kDa,理论等电点为9.83,不稳定系数为49.20,脂肪系数为89.03,总平均亲水指数平均值为-0.235,属于碱性亲水性不稳定蛋白;且GeCYP714A1蛋白定位于线粒体,无信号肽,不具有跨膜结构.系统进化树分析显示,GeCYP714A1与铁皮石斛DcCYP714C2(PKU78454.1)蛋白亲缘关系最近,序列一致性达67.25％.利用qRT-PCR技术分析天麻GeCYP714A1基因的表达模式,结果显示在天麻块茎中GeCYP714A1转录水平最高,其次是茎和花序.该研究表明Tis108可抑制天麻块茎中GA失活酶GeCYP714A1的转录水平,提高GA的积累量,影响天麻块茎生长,为进一步揭示独脚金内酯调控天麻GA信号和块茎发育奠定基础.

基于转录组分析探讨熊果酸(ursolic acid,UA)抗癫痫和改善癫痫诱导的GABAergic神经元损伤的可能机制.选取对照组(NC组)、癫痫组(SE组)及癫痫UA给药组(UA组)大鼠的海马组织进行全长转录组测序;测序数据利用GO(gene ontology,GO)、KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)及PPI(protein-protein interaction networks,PPI)对差异基因(differential genes,DEGs)进行分析;利用RT-qPCR验证海马组织中关键差异基因的表达量;最后在原代神经元上构建体外癫痫模型,采用RT-qPCR对差异基因的表达量进行验证,并利用免疫荧光、Western blot进一步检测神经元上GABAA受体γ2亚基(GABRG2)的表达量.两两样本表达量相关性热图及DEGs聚类分析结果显示:SE组距离NC组最远,UA治疗后,总体向正常组偏移.SE组与UA组对比,共筛选出 220个差异基因,其中 143个基因上调,77个基因下调.GO富集分析显示:在一级分类中涉及生物过程、细胞成分和分子功能 3个过程.KEGG通路富集分析表明,DEGs涉及cAMP信号通路、钙信号通路等 36条生物学通路.PPI分析表明DEGs与GABA及炎症关系密切.RT-qPCR结果表明UA处理增加了海马组织中GABA受体相关基因(Gng4)、GABA合成相关基因(Camk2a、Vgf和Npy)、炎症相关基因(Timp1和Spp1)的表达量,降低了GABA合成相关基因(Nptx2)、cAMP相关通路基因(Gnas)的表达量;并进一步证实UA处理增加了神经元上Gng4、Camk2a的表达量,降低了Gnas的表达量.免疫荧光与Western blot结果显示,与SE组相比,UA给药后原代神经元上GABRG2的表达量增加.本研究丰富了UA抗癫痫的转录组数据,也为深入研究UA抗癫痫和神经保护奠定理论基础.

[目的]探究MADS-box家族基因RIN的表达特征和功能,解析其对辣椒类胡萝卜素代谢的影响.[方法]基于辣椒果实发育转录组,通过RT-PCR克隆辣椒MADS-box转录因子CaRIN基因CDS全长,分析其生物信息学、表达模式、亚细胞定位、转录活性等,并探讨VIGS诱导CaRIN基因沉默对类胡萝卜素代谢的影响.[结果](1)CaRIN基因CDS全长732 bp,编码243个氨基酸,蛋白分子质量为27.95 kD,等电点(pI)为7.06,其编码蛋白具有典型的MEF2_like MADS结构域,属MICK型转录因子.(2)CaRIN基因主要在花和果实中表达,具有组织特异性;CaRIN定位在细胞核,并且具有转录激活活性.(3)CaRIN基因启动子具有ABRE等多个激素应答元件,外源脱落酸和乙烯利均能加速果实转红,诱导CaRIN及相关基因高表达.(4)VIGS诱导沉默CaRIN基因后,类胡萝卜素代谢途径基因PSY1、CCS、PDS、CRTZ、LCYB和NCED1表达水平降低为对照组的0.27～0.59倍,且果实总类胡萝卜素含量(0.379 mg/g)较对照(0.650 mg/g)显著降低.[结论]CaRIN是辣椒果实类胡萝卜素代谢过程的重要调控因子.

[目的]探究马铃薯磺肽素基因StPSK4特征及其在马铃薯抗病性中的功能分析,为马铃薯抗病育种提供理论依据.[方法]用生物信息学技术对StPSK4进行系统分析,转录组测序分析StPSK4的组织特异性、生物胁迫和非生物胁迫处理下的表达模式,检测StPSK4过表达植株对植物先天免疫反应情况和对青枯菌的敏感性.[结果]StPSK4基因的cDNA全长457 bp,编码100个氨基酸;StPSK4含有信号肽,其高级结构多由α-螺旋和无规则卷曲组成;PSK4的C端含有磺肽素序列DYIYTQ,StPSK4与茄科作物相似性均在80％以上;StPSK4在马铃薯芽和叶柄中高表达,对非生物胁迫(高温、盐)和生物胁迫(青枯菌、疮痂病菌)等响应剧烈;构建并获得过表达StPSK4的转基因马铃薯植株;过量表达StPSK4抑制马铃薯的ROS爆发、防御标记基因表达和对青枯病的抗病性.[结论]StPSK4可以响应高温和青枯病等多种逆境胁迫,过表达StPSK4抑制马铃薯的活性氧爆发、防御标记基因表达和对青枯病的抗性,证实StPSK4抑制马铃薯的抗病功能.

目的:对从云南重症手足口病患者的粪便样品中分离出的1株柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4，CV-A4)毒株的全基因组特征和部分区段重组情况进行分析，为深入认识CV-A4的流行和分子进化提供基础数据。方法:分别使用人类横纹肌肉瘤(human rhabdomyosarcoma，RD)细胞、人胚肺二倍体(human embryonic lung diploid，KMB17)细胞和人非小细胞肺癌(human lung cancer，A549)细胞进行病毒分离。提取病毒RNA，通过逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction，RT-PCR)分段扩增CV-A4全长基因，利用MEGA7.0和SimPlot 3.5.1等软件对全基因组及各区段进行分析。结果:从RD细胞上分离到一株CV-A4分离株R11-20/YN/CHN/2011，系统进化分析显示该分离株属于C2基因亚型。在VP1和全基因组核苷酸序列上与其同源性最高的分别是CV-A4毒株09214/SD/CHN/2009和CVA4/SZ/CHN/09。重组分析显示该分离株与肠道病毒A71(enterovirus A71，EV-A71)云南分离株R993/YN/CHN/2010在3D区发生过重组。结论:CV-A4分离株R11-20/YN/CHN/2011为C2基因亚型且与EV-A71在3D区发生重组。

目的:了解福建省莆田市2015年G基因型腮腺炎病毒(mumps virus，MuV)全基因组序列特征。方法:选择福建省莆田市2015年分离得到的2株腮腺炎流行株进行研究，命名为MuV15-01和MuV15-23。采用逆转录-聚合酶链式反应(reverse transcription polymerase chain reaction，Rt-PCR)对分离株全基因组进行扩增，并对产物进行测序拼接，结合GenBank下载的不同基因型腮腺炎参考株及现有疫苗株序列比对分析分离株基因序列遗传差异及抗原位点变异情况。结果:福建省莆田市MuV分离株基因全长15 384个核苷酸，与其它基因型毒株相比，全基因组核苷酸差异在3.7%～6.0%之间，其中与A基因型(疫苗株)的遗传差异最大，与N和B基因型的遗传差异最小；在基因组编码7种病毒蛋白核苷酸序列上，SH基因变异最大，M和L基因最为保守；在N基因和HN基因已知抗原相关位点上分别存在7和11个氨基酸位点变异；相比于疫苗株福建分离株在HN基因的464位点上多增加了一个N-糖基化位点。结论:现流行于福建省莆田市的G基因型MuV与腮腺炎其他基因型及疫苗株之间在全基因上存在较大的差异，提示需要进一步加强腮腺炎流行株与疫苗株之间的遗传差异性监测，为更好的腮腺炎防控提供科学依据。

目的:探讨富含丝氨酸/精氨酸剪接因子2（serine/arginine-rich splicing factor 2，SRSF2）对胶质母细胞瘤细胞铁死亡的影响及其可能的作用机制。方法:结合基因表达谱交互分析版本2（gene expression profiling interactive analysis 2，GEPIA2）与中国脑胶质瘤基因组图谱计划（Chinese Glioma Genome Atlas，CGGA）在线数据库，对收集的天津医科大学总医院胶质母细胞瘤组织和非肿瘤脑组织病理切片进行免疫组织化学染色，分析SRSF2在胶质母细胞瘤组织中的表达情况及其与患者预后的关系；运用小干扰RNA（siRNA）技术靶向沉默胶质母细胞瘤细胞中的SRSF2基因，经蛋白免疫印迹（Western blot）和CCK8法检测其沉默SRSF2的效果及其对细胞增殖能力的影响；利用表达质粒pcDNA3.1（+）-SRSF2进行挽救实验；通过检测胶质母细胞瘤细胞中铁离子和丙二醛的水平，以及谷胱甘肽和氧化型谷胱甘肽的比值变化研究铁死亡活性；牛津纳米孔技术（Oxford nanopore technologies，ONT）3代全长转录组测序分析SRSF2沉默后诱导的差异基因表达水平和差异选择性剪接（pre-mRNA alternative splicing，PMAS）变化。结果:与非肿瘤脑组织相比，SRSF2在胶质母细胞瘤组织中呈高表达，免疫组织化学结果阳性细胞率达88.48%±4.60%，远超非肿瘤脑组织中的9.97%±4.57%；高表达与患者总生存期和无病生存期呈负相关（ P<0.01）；经siRNA靶向沉默SRSF2的胶质母细胞瘤细胞增殖能力明显降低（ P<0.01），引入外源性SRSF2后增殖能力恢复；SRSF2 siRNA处理的胶质母细胞瘤细胞内铁离子和丙二醛水平升高（ P<0.05），谷胱甘肽/氧化型谷胱甘肽比值及谷胱甘肽途径中关键蛋白的表达均无明显变化（ P>0.05）；转录组测序结果显示SRSF2沉默后胶质母细胞瘤细胞中铁死亡抑制蛋白1（ferroptosis suppressor protein 1，FSP1）发生显著的3′端PMAS改变。 结论:胶质母细胞瘤细胞中SRSF2抑制铁死亡、促进增殖可能是通过调控FSP1 PMAS实现的。

目的:分析北京市献血人群筛查中发现的1例HIV-1独特型重组毒株的基因结构和重组特点。方法:基于2018年北京市血液筛查时发现的1例HIV核酸阳性抗体阴性的样本，提取病毒RNA并逆转录为cDNA，用近末端稀释法分两段扩增病毒近全长基因组并测定序列。运用RIP、jpHMM和SimPlot3.5软件进行重组分析，同时采用MEGA7软件构建Neighbor-joining系统进化树对该毒株的同源关系进行分析。结果:共获得长度为8 792 bp的HIV-1近全长基因序列，分析表明该序列由CRF01_AE和CRF07_BC重组片段组成。与Los Alamos HIV Database （www.hiv.lanl.gov/content/index）中收录的全长序列相比该毒株具有3个独特的重组断点，分4个重组片段，分别是ICRF01_AE（790~6035，HXB2），IICRF07_BC（6036~8586，HXB2），IIICRF01_AE（8587~8828，HXB2）和IVCRF07_BC（8829~9411，HXB2）。其中ICRF01_AE区域属于CRF01_AE的C4簇；IICRF07_BC区域属于CRF07_BC的CRF07BC_N簇。结论:1例参与献血的HIV核酸阳性而抗体阴性的感染者携带的毒株具有新型独特的重组模式，提示需要加强监测献血人群中HIV毒株的流行情况，为保障安全用血提供科学数据。

目的:采用多组学方法探究多嘧啶束结合蛋白1（PTBP1）在肾透明细胞癌中的作用以及机制。方法:通过慢病毒载体导入CRISPR-Cas9方法构建PTBP1条件性敲除的人肾透明细胞癌细胞（786-O-PTBP1 KO），该细胞系购自中国典型培养物保藏中心。细胞计数试剂盒（CCK-8），迁移和侵袭实验（Transwell）评估PTBP1敲除对于肾透明细胞癌增殖、迁移和侵袭能力的影响。对照组786-O细胞（786-O-WT）和PTBP1条件性敲除786-O细胞（786-O-PTBP1 KO）分别进行全长转录组测序（RNA-Seq）和液相色谱-质谱联用分析（LC-MS/MS），检测肾透明细胞癌细胞在敲除PTBP1后出现的差异表达基因、转录本与蛋白；交联免疫共沉淀结合高通量测序（CLIP-Seq）检测剪切因子PTBP1在肾透明细胞癌中发挥作用的结合靶点RNA。通过Human Protein Atlas和Gene card数据库分析6个靶点的临床相关性。统计分析组间比较采用独立样本 t检验。 结果:KO组迁移细胞计数明显低于WT组（116比182， t＝14.73， P<0.01）；KO组侵袭细胞计数低于WT组（199比179， t＝4.34， P<0.01）；KO组细胞增殖倍数在24、48、72、96时均低于WT组细胞（0.438比0.493， t＝2.78， P<0.05；0.831比1.070， t＝10.86， P<0.01；1.354比1.804， t＝20.15， P<0.01；2.127比2.280， t＝8.91， P<0.01），差异有统计学意义。1 876个RNA-Seq差异基因与132个质谱分析差异基因的交集基因为78个，从中筛选出在352个CLIP-Seq结合峰中有显著结合的6个靶点基因RNA；临床数据库提示6个靶标中，N-乙基马来酰亚胺敏感因子（NSF）是PTBP1发挥促癌作用的目标靶点。 结论:PTBP1明显促进肾透明细胞癌的增殖、迁移和侵袭，其机制可能与下游靶点之一的NSF及可溶性NSF附着蛋白受体（SNARE）介导的囊泡运输与自噬有关。

目的:分析轮状病毒G2P[4]型2020BJ株的近似全基因组进化特征。方法:运用逆转录－聚合酶链式反应(reverse transcription-polymerase chain reaction, RT-PCR)进行轮状病毒基因组扩增，将扩增产物测序，对所得序列进行系统进化和同源性分析。结果:获得人轮状病毒G2P[4]型2020BJ株近似全长的11个节段核酸序列，序列分析表明其为G2-P[4]-I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E2-H2基因型(DS-1-Like)；进化分析表明与日本、印度、孟加拉及意大利等国家毒株亲缘关系较近；亲缘关系较近的毒株间抗原表位的氨基酸存在差异。结论:与2020BJ亲缘关系较近的5株G2P[4]型轮状病毒VP7和VP4的抗原表位的氨基酸存在差异，可能导致流行特征不同，应加强轮状病毒监测。