目的 通过生物信息学技术,筛选出与肺腺癌(LUAD)复发相关的关键基因和信号通路,为探讨LUAD复发的分子机制提供理论支持.方法 从TCGA和GEO数据库中下载LUAD相关数据集,利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)算法挑选关键基因模块,采用LASSO-Cox回归分析构建预后模型;Limma算法筛选差异表达基因;Estimate和MCP算法评估免疫细胞浸润.结果 共筛选出29个相关基因模块.单因素Cox分析结果显示,仅有4个基因与患者预后显著相关.基于该基因集进行的LASSO-Cox预后模型显示,风险评分高的患者其预后差,提示该模型具有良好的预测能力.该模型筛选出4个关键基因,分别为丝氨酸-苏氨酸激酶受体相关蛋白(STRAP)、G蛋白亚基γ12(GNG12)、线粒体甘油-3-磷酸酰基转移酶(GPAM)、锚蛋白重复和泛素结构域蛋白1(ANKUB1).本研究对STRAP进行了深入分析,结果显示,STRAP在泛癌中呈现广泛高表达,且与多种肿瘤的不良预后及临床病理特征显著相关.STRAP与免疫抑制分子的表达呈显著正相关.高表达STRAP的患者其微环境CD8+T细胞、NK细胞等多种免疫细胞浸润降低,抑癌基因的单核苷酸多态性(SNP)显著升高,呈现"冷肿瘤"表型.此外,免疫组织化学表明,STRAP在肿瘤组织中显著高表达.结论 基因模型能够较好地预测患者复发风险,其中STRAP在LUAD发展中可能发挥重要作用.

目的:探讨过氧化物酶体膜蛋白4(PXMP4)对肝细胞癌(HCC)细胞迁移和侵袭及上皮间质转化(EMT)进程的影响.方法:采用生物信息学和免疫组织化学方法分析HCC组织中PXMP4的表达,分析其与患者临床病理特征的相关性.在HCCLM3和MHCC97H细胞中干扰PXMP4,在Huh7和MHCC97L细胞中过表达PXMP4,利用WB和qPCR法验证干扰/过表达效率.利用CCK-8、划痕愈合实验和Transwell侵袭实验检测干扰/过表达PXMP4对HCC细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响,采用WB法检测干扰/过表达PXMP4或0、5、10和20 μmol/L U0126处理对HCC细胞中N-cadherin、E-cadherin、vimentin、细胞外信号调节激酶(ERK)、p-ERK表达的影响.结果:生物信息学和免疫组织化学分析显示,HCC组织中PXMP4呈高表达(P<0.05).临床病理分析发现,PXMP4的表达与肿瘤分化程度有关联(P<0.05).在HCC细胞中,干扰PXMP4后抑制细胞增殖、侵袭和EMT进程(P<0.05);反之,过表达PXMP4后促进HCC细胞增殖、侵袭及EMT进程(P<0.05).此外,PXMP4通过激活ERK1/2信号通路促进HCC细胞EMT进程,U0126处理同样能够抑制HCC细胞EMT进程.结论:PXMP4在HCC组织中呈高表达且与HCC细胞分化有关联,PXMP4通过激活ERK1/2信号通路促进HCC细胞EMT进程.

目的 探讨热休克蛋白90α(heat shock protein 90α,Hsp90α)在结肠癌中的表达及潜在的临床价值.方法 采用生物信息学和免疫组化法分析结肠癌中Hsp90α的表达水平,及其与临床病理学特征、预后和免疫细胞浸润水平的关系;采用CCK-8细胞增殖实验和平板克隆实验检测敲除Hsp90AA1前后结肠癌细胞的增殖能力.结果 生物信息学分析结果显示,Hsp90AA1在结肠癌组织中异常高表达,其表达水平越高,患者预后越差;Hsp90AA1表达与CD4+T细胞(Th2)、CD8+T细胞、髓样抑制细胞、Tregs细胞、中性粒细胞、巨噬细胞、M1巨噬细胞、M2巨噬细胞的浸润水平呈正相关;免疫组化结果显示结肠癌组织中Hsp90α表达明显高于癌旁正常组织,Hsp90α表达与患者性别、肿瘤大小、位置、分化程度、TNM分期、淋巴结转移、脉管癌栓、神经侵犯、远处转移等无关(P＞0.05),与结肠癌患者年龄具有相关性(P＜0.05).Hsp90α高表达是影响结肠癌患者预后的独立危险因素.细胞实验结果显示,敲除Hsp90AA1可抑制结肠癌细胞的生长及增殖能力.结论 Hsp90α在结肠癌中高表达,可能是结肠癌预后不良的潜在分子学标志物.

背景 与目的目前已有多种免疫组织化学标志物用于临床诊断和胃癌(gastric cancer,GC)患者的预后预测,但仅有少数胃癌患者从中获益,仍有大量患者需要更高特异性和敏感性的标志物.本研究旨在探索预测胃癌疾病进展的潜在生物标志物.方法 基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)进行生物信息学分析,以确定胃癌的潜在生物标志物.回顾性分析本中心接受胃癌根治术后患者的临床病理学数据,并随访患者总生存时间(overall survival,OS)及无病生存时间(disease-free survival,DFS).收集患者肿瘤病理切片,评估肿瘤组织中C-X-C基序趋化因子配体8(C-X-C motif chemokine ligand 8,CXCL8)的表达情况,比较不同CXCL8表达水平患者的人口学和临床病理特征差异.使用Kaplan-Meier法比较患者的OS及DFS,并通过单因素和多因素COX回归分析评估影响OS及DFS的预后因子.结果 鉴定出10个差异表达的基因作为核心基因,CXCL8在胃癌组织中相对于癌旁组织显著上调,其高表达预示着更差的预后.本研究共纳入198例患者,其中133例患者存在CXCL8阳性表达,这些患者具有更高的体重指数.Kaplan-Meier分析结果显示,CXCL8阳性表达的胃癌患者具有更短的OS(P<0.001)及DFS(P=0.013).Cox回归分析结果显示,CXCL8表达是影响OS(HR=3.214,95％CI:1.560-6.620,P=0.008)和DFS(HR=1.875,95％CI:1.098-3.202,P=0.043)的独立预后因素.结论 CXCL8是预测胃癌进展的潜在生物标志物.

目的 探索DIRAS3对胶质瘤患者预后的影响及其潜在机制.方法 通过TCGA和CGGA数据库提取DIRAS3表达谱和临床数据,分析DIRAS3在不同临床病理特征胶质瘤患者中mRNA的表达水平,及其对总生存期和临床病理特征的影响.收集32例包括正常脑及胶质瘤组织标本,并采用Western blotting、免疫组织化学等方法比较DIRAS3蛋白在不同等级胶质瘤和正常组织中的表达差异.通过基因本体论(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)、基因集富集分析(GSEA)和基因集变异分析(GSVA)等方法,对DIRAS3及其共表达基因可能的生物学功能和信号传导通路进行分析.并分析DIRAS3与免疫细胞浸润程度以及免疫相关分子表达之间的关系.结果 DIRAS3在胶质瘤中的过表达现象明显,且其表达水平随WHO分级升高而增加,并与患者的总生存率呈负相关.生物信息学分析显示,DIRAS3的高表达与患者年龄、肿瘤分级、IDH状态以及1p/19q编码缺失有关.此外,DIRAS3相关表达基因富集在多种免疫相关通路中,参与调节免疫反应的多个过程.结论 DIRAS3不仅是胶质瘤的诊断和预后生物标志物,更是胶质瘤免疫疗法的关键靶点.

纳米粒子作为一种具有优良性能的新兴材料，在化工、纺织、生物医药等多个领域广泛应用，引起了社会对其潜在毒性的高度关注，由于传统毒理学技术的限制，迫切需要高通量方法来系统性评估纳米粒径尺度下粒子的潜在毒性。代谢组学是现代分析技术、生物化学及生物信息学等多学科交叉组合发展起来的新兴组学技术，通过分析细胞、组织等生物样品内代谢物种类及数量的变化，筛选早期毒性潜在标志物及相关代谢通路，是纳米粒子毒理学研究的重要高通量技术手段。本文拟从代谢组学在纳米毒理学研究中的应用进展和挑战等方面进行综述性回顾。

目的:探究驱动蛋白超家族23(kinesin superfamily 23，KIF23)在肺腺癌中的表达水平与预后的相关，以及其对肺腺癌细胞侵袭、迁移和增殖的影响。方法:分析基因表达谱数据动态分析(GEPIA)数据库中KIF23在肺腺癌中的表达水平，利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析肺腺癌患者生存周期，对KIF23进行基因集富集分析(GSEA)。采用实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)和蛋白质印迹法(Western blot)检测肺癌细胞系中KIF23的表达水平，使用shRNA-KIF23病毒感染细胞，沉默KIF23的表达。Transwell法检测细胞侵袭、迁移能力。通过细胞计数试剂盒8(CCK-8)法检测细胞增殖能力。通过免疫组织化学染色分析KIF23在肺腺癌和癌旁组织的表达水平。结果:GEPIA数据库分析表明KIF23在肺腺癌(515例)中表达高于正常肺组织(59例)，差异有统计学意义( P<0.001)；Kaplan-Meier Plotter进行患者生存周期分析表明高表达KIF23患者358例总生存期(overall survival，OS)短于低表达KIF23患者361例OS，差异有统计学意义( HR＝1.35，95% CI：1.06~1.70， P＝0.013)；GSEA结果提示KIF23高表达组的肺腺癌患者255例中心体相关通路和G2/M检查点通路富集程度高于KIF23低表达组患者255例。Transwell结果显示，转染shRNA-KIF23的H1299和A549细胞迁移率明显低于对照组( F分别为55.45和64.93，均 P<0.001)。转染shRNA-KIF23的H1299和A549细胞的侵袭率也低于对照组( F＝68.16和175.00，均 P<0.001)。CCK-8实验结果显示除第1天外，在第2、3、4、5天H1299和A549肺癌细胞系的2个KIF23敲低组的增殖能力均低于对照组，差异有统计学意义(H1299细胞 F值分别为72.74、113.60、46.93、93.48；A549细胞 F值分别为31.07、103.80、92.83、130.20，均 P<0.001)。肺腺癌标本免疫组织化学染色表明KIF23在肺腺癌(53.06±10.78)中表达水平高于癌旁组织(33.03±11.98)，差异有统计学意义( t＝9.63， P<0.001)。 结论:KIF23在肺腺癌中表达水平高于正常肺组织，参与了肺腺癌的细胞侵袭、迁移和增殖，促进了肺腺癌的发生发展，可能成为新的靶向治疗靶点并作为预测肺腺癌预后的分子标志物。

目的:研究肿瘤坏死因子α诱导蛋白6(TNFAIP6)基因在脑胶质瘤中的表达及其临床意义，从而探讨其在脑胶质瘤进展中的生物学功能。方法:回顾性分析中国脑胶质瘤基因组图谱计划(CGGA)数据库中309例脑胶质瘤样本的转录组数据及其临床资料，并应用癌症基因组图谱计划(TCGA)数据库的脑胶质瘤患者(550例)进行验证。应用R软件分析 TNFAIP6在不同级别、不同分子分型脑胶质瘤中的表达情况，并应用免疫组织化学检测方法验证TNFAIP6蛋白在不同级别脑胶质瘤中的表达情况。通过Kaplan-Meier生存曲线分析 TNFAIP6不同表达水平的脑胶质瘤患者的生存差异。采用单因素和多因素Cox回归分析判断 TNFAIP6的表达水平对不同级别脑胶质瘤患者预后的影响。通过Pearson相关性检验分析 TNFAIP6与其他基因表达的相关性。通过基因本体分析(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析方法评估 TNFAIP6表达相关基因的生物学功能。 结果:在CGGA和TCGA数据库中， TNFAIP6在世界卫生组织(WHO)分级Ⅱ级、Ⅲ级及Ⅳ级胶质瘤中的表达水平逐渐升高(均 P<0.01)；通过免疫组织化学染色验证的结果与上述结果一致( P<0.01)。 TNFAIP6在WHO不同级别的异柠檬酸脱氢酶( IDH)野生型胶质瘤患者中的表达水平均高于 IDH突变型(均 P<0.01)； TNFAIP6在经典型和间质型胶质瘤患者中的表达水平均高于前神经元型和神经元型(均 P<0.01)； TNFAIP6在O 6-甲基鸟嘌呤甲基转移酶启动子甲基化胶质瘤患者中的表达水平显著高于非甲基化者(均 P<0.01)。在CGGA和TCGA数据库中， TNFAIP6高表达组患者的总生存期均短于低表达组(均 P<0.001)；多因素Cox回归分析结果显示，病理级别( HR＝2.371，95% CI：1.686～3.335)、放疗( HR＝0.431，95% CI：0.286～0.651)及 TNFAIP6的表达水平( HR＝1.305，95% CI：1.041～1.636)均为脑胶质瘤患者预后的独立影响因素(均 P<0.05)。CGGA和TCGA数据库中，与 TNFAIP6表达呈正相关的基因分别为1 064个和1 954个( r≥0.5， P<0.01)。生物信息学分析结果显示，基因功能主要富集在血管外基质组成、血管生成、细胞黏附及炎症应答等。 结论:随着脑胶质瘤病理级别的升高， TNFAIP6的表达水平逐渐升高； TNFAIP6主要参与血管外基质组成、血管生成、细胞黏附及炎症应答等生物学过程，其可作为脑胶质瘤患者预后的预测因素及潜在的研究和治疗靶点。

目的:探讨孪蛋白DNA复制抑制因子(GMNN)基因不同表达水平在胰腺癌患者的临床意义和预后价值。方法:利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载胰腺癌转录组数据和临床信息，运用生物信息学方法分析GMNN基因在胰腺癌组织中表达差异及临床病理特征相关性，使用R语言进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。采用Cox回归分析胰腺癌患者生存预后影响因素，使用R包单样本基因集富集分析(ssGSEA)方法探索胰腺癌关键基因表达水平与免疫细胞浸润相关性。分别采用Wilcoxon秩检验或 χ2检验分析两组或多组间差异。 结果:GMNN基因mRNA水平在不同病理分级胰腺癌患者之间有差异，GMNN高表达与胰腺癌病理分级，糖尿病病史，总生存(OS)之间存在显著相关性( P<0.05)。GO和KEGG通路富集分析发现，相关差异基因主要影响细胞化学突触传递调节，细胞膜电位调节等信号通路。生存分析发现，低GMNN表达水平组OS显著长于高表达组[2.901(1.810，3.518)比1.416(1.153，1.717)，风险比( HR)＝2.229，95%置信区间( CI)：1.451～3.425， P<0.01]，多因素Cox回归分析显示，肿瘤残余情况和GMNN表达水平[ HR＝2.075(1.286～3.348)， P<0.01]是影响胰腺癌患者OS的独立风险因素。免疫浸润分析发现，GMNN与抗原递呈细胞，树突状细胞细胞等多种免疫细胞浸润水平之间有密切相关性。 结论:GMNN高表达患者在胰腺癌预后中OS更差，是影响胰腺癌OS的独立风险因素，其表达水平与免疫细胞浸润明显相关。

目的:探讨微小RNA(miRNA，miR)-146b-5p通过Robo1对胆囊癌细胞增殖和凋亡的影响。方法:选取郑州大学第一附属医院2017年1月到2021年12月手术切除的59例胆囊癌及其癌旁组织作为研究对象，采用荧光定量聚合酶链反应(PCR)分析肿瘤组织和癌旁组织miR-146b-5p表达水平；采用免疫组织化学分析两种组织Robo1蛋白表达水平。采用转染试剂转染miRNA对照和miR-146b-5p抑制剂至人胆囊癌细胞系GBC-SD，分别命名为miRNA对照组和miR-146b-5p KD组，采用噻唑蓝(MTT)和克隆形成实验分析两组细胞活力和增殖能力；采用划痕实验、Transwell和蛋白质印迹法(Western blot)分析两组细胞迁移、侵袭和上皮-间充质转化能力；采用生物信息学和荧光素酶报告基因分析miR-146b-5p的靶基因；采用Western blot分析靶基因表达水平。计量数据比较采用 t检验。 结果:胆囊癌组织miR-146b-5p表达水平(1.01±0.16)明显低于癌旁组织(1.94±0.30)，差异有统计学意义( t＝20.860， P<0.05)。miRNA对照组细胞吸光度值高于miR-146b-5p KD组(2.22±0.10比1.76±0.06， t＝9.294， P<0.05)，miRNA对照组细胞克隆形成率高于miR-146b-5p KD组[(85.75±5.16)%比(63.20±5.66)%， t＝7.210， P<0.05]，miRNA对照组细胞划痕愈合率高于miR-146b-5p KD组[(72.85±5.91)%比(55.56±6.53)%， t＝4.806， P<0.05]，miRNA对照组细胞迁移数量多于miR-146b-5p KD组[(110.83±16.18)个比(75.66±11.70)个， t＝4.313， P<0.05]，miRNA对照组细胞E-钙黏蛋白(E-cadherin)蛋白表达水平低于miR-146b-5p KD组(0.94±0.06比1.30±0.17， t＝5.081， P<0.05)，miRNA对照组细胞N-钙黏蛋白(N-cadherin)和SNAIL蛋白表达水平高于miR-146b-5p KD组(1.28±0.10、0.91±0.09比0.84±0.08、0.52±0.10， t＝8.436、7.256， P<0.05)，差异均有统计学意义。Robo1是miR-146b-5p的靶基因。miRNA对照组细胞Robo1蛋白表达水平(1.19±0.16)明显高于miR-146b-5p KD组(0.64±0.11)，差异有统计学意义( t＝6.881， P<0.05)。胆囊癌组织Robo1蛋白表达水平(1.06±0.13)明显高于癌旁组织(0.60±0.11)，差异有统计学意义( t＝21.000， P<0.05)。 结论:miR-146b-5p参与胆囊癌细胞的增殖和凋亡，主要通过靶向Robo1蛋白来实现的。