多模态组学数据的联合运用在揭示细胞异质性和解析细胞命运调控机制方面具有重要意义,目前已有多种方法被开发,用于处理不同组学模态数据的整合.本研究通过对应用于不同整合任务的多种数据整合方法进行性能评测,为相关领域的研究提供有益参考.使用6个联合测序数据集对16种单细胞多模态配对数据整合方法在2类整合任务上的性能进行测试,再通过4个模拟数据集和1个真实数据集对6种空间转录组反卷积方法的性能进行评估.在RNA和ATAC配对数据整合任务中,MOFA+、SCOIT、Cobolt分别在PBMC、BMMC、SNARE数据集上取得最优表现,SCOIT在3个数据集的汇总得分中均排名前3,MMDVAE、DAE在基于AE的融合算法中表现突出.在RNA和蛋白质配对数据整合任务中,Cobolt、MOFA+、Seurat分别在P5_CITE、BM_CITE、COVID中取得最优表现,totalVI在3个数据集的汇总得分中排名靠前,基于AE的融合算法中以efMMDVAE、lfMMDVAE的表现最好.在空间转录组反卷积方法评测中,Cell21ocation和SPACEL在模拟数据和真实数据中的性能表现均优于其他方法的,其中Cell21ocation在真实数据集中表现最佳,正确地推断了两类心肌细胞在心室的比例.此外,本研究发现在配对数据整合任务中,不同方法对数据的适应性不同.SCOIT和totalVI分别是RNA与ATAC、RNA与蛋白质数据整合中表现稳定优异的方法.Seurat、MOFA+易受数据影响.

目的 探究肺鳞状细胞癌组织聚(rC)结合蛋白1(PCBP1)、G蛋白信号调控因子2(GPSM2)表达与上皮-间质转化(EMT)、临床病理特征和预后的关系.方法 收集2019年1月至2023年1月联勤保障部队第九八四医院、火箭军特色医学中心及池州市人民医院收治的92例肺鳞状细胞癌患者活检或手术标本.采用逆转录多聚酶链反应(RT-PCR)法检测并比较肺鳞状细胞癌组织、癌旁组织PCBP1、GPSM2 mRNA表达,分析肺鳞状细胞癌组织中PCBP1、GPSM2表达与EMT相关蛋白(β-catenin)、临床病理特征关系.随访1年后将患者分为预后良好组和预后不良组,比较两组肺鳞状细胞癌组织中PCBP1、GPSM2 mRNA表达,绘制ROC曲线评估PCBP1、GPSM2表达对肺鳞状细胞癌患者预后不良的预测价值.结果 肺鳞状细胞癌组织中PCBP1表达显著低于癌旁组织,差异有统计学意义(t=6.502,P<0.05);GPSM2表达显著高于癌旁组织,差异有统计学意义(t=8.401,P<0.05).β-catenin胞膜阳性见于肺鳞状细胞癌及癌旁组织,核阳性仅见于癌组织,且为灶状阳性表达.(P<0.05).spearman相关性分析,肺鳞状细胞癌组织中PCBP1与 β-catenin表达呈负相关,GPSM2与β-catenin表达呈正相关(r=-0.3286、0.445,P<0.05).肺鳞状细胞癌组织中PCBP1低表达、GPSM2高表达与分化程度、N分期、M分期、肺内转移相关(P<0.05).预后不良组PCBP1mRNA水平低于预后良好组,而GPSM2 mRNA水平均高于预后良好组,差异有统计学意义(t=6.639、4.768,P<0.05).ROC曲线显示,PCBP1联合GPSM2预测肺鳞状细胞癌患者预后不良的曲线下面积(AUC)最大,为0.924.结论 肺鳞状细胞癌组织中PCBP1低表达、GPSM2高表达与EMT相关蛋白、肿瘤分化程度、N分期、M分期、肺内转移及预后相关.

目的 比较分级诊疗下某基层医院和三甲儿童医院的儿童急性呼吸道感染病原谱差异.方法 收集2021年11月至2022年3月北京某基层医院及某三甲儿童医院临床诊断为急性呼吸道感染患儿的呼吸道标本,采用多重逆转录-聚合酶联反应(RT-PCR)与毛细电泳联用技术检测13种呼吸道病原,统计学方法分析两家医院急性呼吸道感染儿童病原谱差异.结果 基层医院纳入患儿112例,男女比例为1∶1,呼吸道病原总阳性检出率为71.43％(80/112),单种病原感染72例(64.29％,72/112),混合感染8例(7.14％,8/112,均为2种病原);三甲儿童医院纳入患儿115例,男女比例1.02∶1,呼吸道病原总阳性检出率为70.43％(81/115),单种病原感染66例(57.39％,66/115),混合感染15例(包括2种病原感染12例,10.43％,12/115;3种病原感染3例,2.61％,3/115).0～3岁婴幼儿中,基层医院与三甲儿童医院HMPV阳性检出率(52.9％,9/17;5.3％,4/75)差异有统计学意义(x2=38.10,P<0.05);三甲儿童医院儿童RSV阳性检出率(44.0％,33/75)高于基层医院(23.5％,4/17),但差异无统计学意义(x2=2.415,P>0.05).4～15岁儿童中,基层医院Flu B阳性检出率为31.58％(30/95),三甲儿童医院为20.0％(8/40),差异有统计学意义(x2=6.96,P<0.05);三甲儿童医院MP阳性检出率为37.5％(15/40),基层医院未检出,差异有统计学意义(x2=40.08,P<0.05).结论 2021-2022年冬春季节北京某基层医院与三甲儿童医院的儿童呼吸道感染病原谱构成存在差异,各年龄段病原谱分布也不同,提示分级诊疗以及基层医院开展核酸检测的必要性.

目的:探讨IκB激酶(IKK)/核因子-κB(NF-κB)信号通路对Myc过表达诱导的小鼠原发性肝癌发生发展的影响。方法:利用转基因小鼠将LAP-tTA小鼠与Alb-cre小鼠杂交，再与NEMO f1(NEMO为NF-κB必需调节蛋白)小鼠杂交，以产生LAP-tTA ＋/Alb-cre ＋/NEMO fl/wt小鼠，最后与tetO-Myc ＋小鼠杂交。本实验包括4组：(1)WT小鼠；(2)NEMO ΔLPC小鼠(肝细胞中NEMO敲除，无Myc过表达)；(3)Myc LAP-tTA小鼠(Myc过表达，无NEMO敲除)；(4)Myc LAP-tTA/NEMO ΔLPC小鼠(肝脏Myc过表达和NEMO敲除)。记录小鼠的生存曲线，观察肝脏大体形态。苏木精-伊红(HE)染色观察肝组织病理结构，免疫组织化学染色、蛋白质印迹法(Western blot)检测肝脏肿瘤指标及肝祖细胞指标、定量聚合酶链反应(qPCR)方法检测相关蛋白的mRNA水平。使用 t检验比较独立样本组与相应组。 结果:小鼠带瘤生存曲线显示Myc LAP-tTA/NEMO ΔLPC小鼠中位生存期明显短于Myc LAP-tTA小鼠(中位生存期M/P 50 56 d比83 d， P<0.01)；Myc LAP-tTA/NEMOΔLPC小鼠对比Myc LAP-tTA小鼠，谷草转氨酶[(739.40±35.61) U/L比(441.50±78.79) U/L， t＝2.464， P<0.05]、碱性磷酸酶[(3 142.0±287.6) U/L比(1 702.0±278.8) U/L， t＝3.129， P<0.01]、γ-谷氨酰基转移酶[(101.70±12.82) U/L比(37.31±9.34) U/L， t＝3.927， P<0.01]和总胆红素[(1.281±0.232) mg/dl比(0.618±0.051) mg/dl， t＝3.889， P<0.01]均显著升高，且差异有统计学意义；Western blot检测显示细胞角蛋白19(CK19)、性别决定区Y框蛋白9(SOX9)水平在Myc LAP-tTA/NEMO ΔLPC较Myc LAP-tTA组小鼠肝脏亦明显升高；肝祖细胞标志物如角蛋白(CK19，4.336±1.970比0.680±0.234， t＝1.843， P<0.01)、CK7(3.884±0.338比2.370±0.525， t＝2.422， P<0.01)、甲胎蛋白(AFP，3 614.0±2 070.0比1 399.0±319.9， t＝1.057， P<0.01)、上皮细胞黏附分子(EpCAM)的mRNA水平在Myc LAP-tTA/NEMO ΔLPC较Myc LAP-tTA组小鼠肝脏显著增高(7.900±0.997比3.084±0.711， t＝3.943， P<0.01)。 结论:肝细胞中特异性敲除NEMO从而抑制经典的IKK/NF-κB信号通路，可促进肝肿瘤的发生发展，并诱导混合型肝细胞癌-胆管细胞癌的发生。白细胞介素(IL)-6/信号转导与转录激活因子-3(STAT3)通路与细胞外信号调节激酶(ERK)/丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)通路可能参与混合型肝癌的发生发展。

目的:研究CDK6和FOXM1在外周T细胞淋巴瘤（peripheral T-cell lymphoma，PTCL）组织中的表达情况，探讨其与患者临床病理特征及预后的关系。方法:利用Oncomine 4.5数据库分析PTCL组织中CDK6和FOXM1的表达水平；收集山西省肿瘤医院病理科2006年1月至2018年12月诊断的166例PTCL患者病历资料及存档石蜡标本，应用免疫组织化学（IHC）EnVision法检测166例PTCL组织中CDK6和FOXM1的蛋白表达水平，并以30例淋巴结反应性增生组织作为对照。结果:男性104例，女性62例，年龄3~85岁，平均年龄53岁。Oncomine 4.5数据库中的数据显示，PTCL组织中CDK6和FOXM1 mRNA的表达明显高于正常组织（ P<0.05）。PTCL组织中CDK6和FOXM1蛋白阳性表达率分别为27.7%（46/166）与80.7%（134/166），主要见于肿瘤细胞的细胞核，呈弥漫强阳性表达；在30例淋巴结反应性增生组织中CDK6和FOXM1蛋白阳性表达率分别为0（0/30)和30.0%（9/30），主要表达于淋巴滤泡生发中心，T区细胞不表达。PTCL组织中CDK6、FOXM1及两者蛋白共表达均与患者的Ann Arbor分期、国际预后指数（IPI）评分呈正相关（ P<0.05），与患者总生存期呈负相关（ P<0.05）。CDK6蛋白表达与FOXM1蛋白表达呈正相关（ P<0.05）。 结论:CDK6、FOXM1可能是诊断及治疗PTCL的新靶点。CDK6的过表达可能导致转录因子FOXM1功能增强，且CDK6及FOXM1的过表达作为不利因素促进了PTCL的发生发展。

目的:检测过敏性哮喘患儿外周血微小核糖核酸-511-3p(miR-511-3p)表达水平，并分析其意义。方法:本研究为病例对照研究。采用随机整群抽样法，选取徐州市儿童医院2019年4月至2021年4月收治的122例过敏性哮喘患儿，并于同时间段招募118名健康儿童志愿者，分别记为疾病组与健康组。2组均取外周血，采用实时逆转录-聚合酶链反应检测miR-511-3p表达并比较；比较疾病组不同哮喘严重程度患儿外周血miR-511-3p表达水平；比较2组血清炎症因子水平[白细胞介素10(IL-10)、IL-17、IL-22]、血清免疫球蛋白E(IgE)和全血嗜酸粒细胞(EOS)比率；采用Pearson法分析疾病组外周血miR-511-3p表达与血清炎症因子水平、IgE水平和全血EOS比率的相关性。结果:疾病组外周血miR-511-3p表达水平低于健康组( t＝10.13， P<0.05)，且中度组和重度组哮喘患儿外周血miR-511-3p表达水平均低于轻度组哮喘患儿( t值分别为5.41、14.81， P值均<0.05)，重度组哮喘患儿miR-511-3p表达水平低于中度组哮喘患儿( t＝11.27， P<0.05)；疾病组血清IL-17、IL-22、IgE水平和全血EOS比率均高于健康组( t值分别为34.22、28.03、43.63、44.17， P值均<0.05)，血清IL-10水平低于健康组( t＝23.59， P<0.05)；疾病组外周血miR-511-3p表达水平与血清IL-17、IL-22、IgE水平和全血EOS比率均呈负相关( r值分别为-0.73、-0.80、-0.80、-0.82， P值均<0.05)，与血清IL-10水平呈正相关( r＝0.83， P<0.05)。 结论:过敏性哮喘患儿外周血miR-511-3p表达水平低，与病情严重程度有关，且与炎症反应、血清IgE水平和全血EOS比率均相关。

目的:探讨囊泡胺转运蛋白1(VAT1)的表达与胶质母细胞瘤(GBM)免疫微环境的相关性。方法:回顾性分析中国脑胶质瘤基因图谱(CGGA)计划数据库中135例GBM患者的临床资料及转录组数据。采用CIBERSORT反卷积算法分析135例肿瘤组织中不同免疫细胞的占比。根据VAT1基因表达量的中位数分为高表达组(基因表达量大于或等于中位数； n＝68)和低表达组(基因表达量小于中位数； n＝67)。对两组间的差异基因进行基因富集分析(GSEA)。随机选取2018年11月至2019年4月首都医科大学附属北京天坛医院神经外科行开颅肿瘤切除术治疗的9例GBM患者的肿瘤组织样本，应用免疫组织化学染色技术检测VAT1、p65及CD80蛋白表达情况，并采用半定量方法判断蛋白染色结果。 结果:免疫细胞浸润分析结果显示，与VAT1低表达组比较，VAT1高表达组的滤泡辅助性T细胞和活化自然杀伤细胞占比均低，差异均具有统计学意义( P＝0.019和 P＝0.045)。GSEA分析结果显示，与VAT1高表达呈正相关的基因功能主要富集在免疫系统过程、免疫反应调节和炎性反应(均 P<0.001)，且VAT1高表达与核因子κB(NF-κB)抑制物(IκB)激酶/NF-κB信号的调控和IκB激酶/NF-κB信号的正向调控密切相关(均 P＝0.001)。随着VAT1表达量的升高，多种NF-κB信号通路特异性基因表达呈正相关趋势(均 P<0.001)。9例GBM的免疫组织化学染色结果显示，p65蛋白和CD80蛋白均与VAT1蛋白表达呈正相关( r值分别为0.92和0.93，均 P＝0.004)。 结论:初步研究发现，GBM患者中VAT1高表达可能会影响肿瘤免疫反应，并可能通过调控NF-κB信号通路影响肿瘤免疫细胞的浸润。

目的:初步探讨白细胞介素（IL）-23受体（IL-23R）过表达对实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）模型小鼠辅助性T细胞17 （Th17细胞）/调节性T细胞（Treg细胞）平衡的影响。方法:8周龄雌性C57BL/6J小鼠12只，随机分为LV-Ctrl组、LV-IL-23R组，每组各6只。两组小鼠经尾静脉分别注射LV-Ctrl、LV-IL-23R慢病毒；注射后7 d采用光感受器间维生素A类结合蛋白 1-20主动免疫构建EAU小鼠模型。免疫后13 d开始，每2天使用间接检眼镜观察小鼠眼底并进行临床评分。免疫后30 d，苏木精-伊红染色观察小鼠视网膜组织病理学改变。酶联免疫吸附测定检测两组小鼠血清中IL-17水平；流式细胞仪检测Th17细胞和Treg细胞比例；实时荧光定量聚合酶链反应检测IL-23R、IL-17、维甲酸相关孤儿受体γt （RORγt）、IL-10和叉头状转录因子p3 (Foxp3） mRNA相对表达量。组间比较采用重复测量方差分析、独立样本Mann-Whitney U检验和独立样本 t检验。 结果:与LV-Ctrl组比较，LV-IL-23R组小鼠视网膜炎症反应更重。免疫后13 d，LV-IL-23R组、LV-Ctrl组小鼠眼底炎症评分差异无统计学意义（ t=-2.001， P=0.058 ）；免疫后15~ 29 d，LV-IL-23R组小鼠眼底炎症评分均高于LV-Ctrl组，差异有统计学意义（ t=-4.429、-6.578、-7.768、-10.183、-6.325、-7.304、-4.841、-6.872， P<0.001）。组织病理学检查显示，与LV-Ctrl组比较，LV-IL-23R组眼底炎性细胞浸润增多，视网膜结构破坏更为严重，组织病理学评分显著升高，差异有统计学意义（ t=-4.339， P=0.001）。与LV-Ctrl组比较、LV-IL-23R组小鼠脾脏中IL-23R mRNA相对表达量显著升高，差异有统计学意义（ Z=2.087， P=0.037）；T细胞中IL-17、RORγt mRNA相对表达量增加，IL-10、Foxp3 mRNA相对表达量降低，差异均有统计学意义（ t=-6.313、-5.922、4.844、7.572， P=0.003、0.004、0.008、0.002 ）。与LV-Ctrl组比较、LV-IL-23R组小鼠血清中IL-17水平明显升高，差异有统计学意义（ t=-5.423 ， P=0.002）；脾脏和淋巴结中Th17细胞比例明显升高，Treg细胞比例显著降低，差异有统计学意义（ t=-4.290、3.700， P=0.002、0.006）。 结论:IL-23R过表达可促使EAU小鼠的Th17/Treg失衡，加重EAU临床及病理表现。

目的:探索人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus，HIV)感染/艾滋病患者外周血炎症因子和T淋巴细胞激活在抗HIV治疗中的变化。方法:选取2017年1月至2019年12月在长沙中南大学湘雅二医院感染科门诊接受抗反转录病毒治疗(anti-retroviral therapy，ART)的HIV感染/艾滋病患者共206例，为HIV感染组，定期随访并收集治疗前，治疗后6、12、24个月的血液标本；另选取同期进行体格检查者52名，为健康对照组，留取血液标本。采用酶联免疫吸附试验检测血浆白细胞介素(interleukin，IL)-6、超敏C反应蛋白(C-reactive protein，CRP)和肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor，TNF)-α。以流式细胞术检测外周血CD3 +CD4 +T淋巴细胞计数、外周血单个核细胞中CD4 +CD38 +和CD8 +CD38 +T淋巴细胞百分比。采用实时荧光定量聚合酶链反应法检测血浆HIV RNA载量。统计学方法采用配对 t检验和皮尔逊相关分析。 结果:HIV感染组治疗前血浆IL-6、超敏CRP和TNF-α分别为(13.42±2.35) pg/mL、(4 012.46±1 012.35) μg/L和(51.78±11.32) μg/L，分别高于健康对照组的(6.14±0.78) pg/mL、(707.21±305.76) μg/L和(19.01±6.48) μg/L，差异均有统计学意义( t＝12.56、16.79、13.45，均 P<0.001)；启动ART后，HIV感染组IL-6、超敏CRP和TNF-α水平均逐渐下降，治疗后24个月恢复正常。HIV感染组治疗前CD3 +CD4 +T淋巴细胞计数为(256.00±65.32)/μL，HIV RNA载量为(4.467±4.244) lg拷贝/mL，两者呈负相关( r＝－0.625， P＝0.041)。HIV感染组治疗前，治疗后12、24个月的CD8 +CD38 +T淋巴细胞百分比均高于健康对照组，差异均有统计学意义( t＝3.85、6.84、2.57，均 P<0.050)；治疗前CD8 +CD38 +T淋巴细胞百分比与HIV RNA载量呈正相关( r＝0.768， P＝0.026)。HIV感染组治疗前，治疗后12、24个月的CD4 +CD38 +T淋巴细胞百分比均低于健康对照组，差异均有统计学意义( t＝6.80、1.10、2.11，均 P<0.050)。 结论:HIV感染可致机体免疫功能受损，同时导致异常免疫激活，但随着ART的持续可逐渐好转。

长链非编码RNA(long non-coding RANs，lncRNAs)是指长度超过200个核苷酸且无编码蛋白质功能的一类非编码RNA。近年来研究发现，lncRNAs广泛参与各种生物学过程，如调控细胞的分化、增殖、转移和凋亡等。lncRNAs的异常表达与人类各种疾病尤其与恶性肿瘤密切相关。其中反义lncRNAs是从编码或非编码基因的反义链转录生成的一类lncRNA。在哺乳动物细胞中，反义lncRNAs约占全部lncRNAs的20%，该类lncRNAs能通过调控其附近基因的转录影响细胞的生物学活动，参与包括胃癌在内的肿瘤的发生和发展，相关研究已成为当今肿瘤研究领域的热点。本文拟结合国内外最新研究报道，对近年来在胃癌研究中已经明确有差异变化的反义lncRNAs及其功能加以综述。