目的 基于网络药理学初探表皮生长因子受体(EGFR)突变非小细胞肺癌(NSCLC)与酪氨酸激酶抑制剂(TKI)相关皮疹间的关联机制并预测潜在中药.方法 利用基因表达汇编数据库收集使用TKI厄洛替尼处理前后EGFR突变NSCLC细胞、正常成纤维细胞的基因芯片数据,用R 4.3.2软件limma包筛选差异表达基因,用venn包筛选交集靶基因,用ClusterProfiler包对差异表达基因及交集靶基因进行功能富集分析.通过CoreMine Medical数据库对交集靶基因进行潜在中药预测,统计性味归经,并利用分子对接方法进行验证.结果 筛选出 126个交集靶基因,基因本体、京都基因与基因组百科全书富集分析提示差异表达基因及交集靶基因均富集在染色体、纺锤体等区域,参与有丝分裂、DNA复制等生物学过程及DNA复制、溶酶体、细胞循环等相关信号通路.基因集富集分析显示厄洛替尼处理后,NSCLC细胞的趋化因子通路、核苷酸结合寡聚域样受体信号通路等被激活,成纤维细胞哺乳动物雷帕霉素靶蛋白信号通路、氨基酸代谢通路出现扰动.通过CoreMine Medical数据库预测了354种主要性属寒、温、平,味属苦、辛、甘,归胃、肺、肝经的中药.以黄芩为例筛选有实验支持的靶基因及对应活性成分并进行分子对接分析,发现靶基因与活性成分结合性能好.结论 EGFR突变NSCLC、TKI相关皮疹在发病机制上具有同源性,均涉及DNA复制、细胞循环等,可为EGFR突变NSCLC伴TKI相关皮疹患者的临证用药提供指导.

目的:探讨基于治疗前胸部平扫CT影像组学特征和临床特征结合机器学习算法预测非小细胞肺癌(NSCLC)患者表皮生长因子受体(EGFR)突变状态和突变亚型(19Del/21L858R)的可行性和价值。方法:回顾性分析南华大学附属第一医院和附属第二医院经活检病理证实和接受EGFR基因检测的280例NSCLC患者的治疗前胸部平扫CT和临床特征数据，其中EFGR突变患者为136例。由两位高年资影像和肿瘤医师勾画原发肺部大体肿瘤区域(GTV)，然后提取851个影像组学特征，采用Spearman相关分析和RELIEFF算法筛选具有预测性的特征，两家医院分别为训练组和验证组。经特征选择的影像组学特征和临床特征构建临床-影像组学模型，并与单独采用影像组学特征和临床特征模型进行比较。采用序贯建模流程，使用支持向量机(SVM)建立机器学习模型预测EGFR突变状态和突变亚型。受试者工作曲线下面积(AUC-ROC)评估预测模型的诊断效能。结果:经特征筛选各有21个影像组学特征在预测EGFR突变和突变亚型时具有预测效能并用于建立影像组学模型。临床-影像组学模型表现出最好的预测效能，预测EGFR突变状态的模型AUC在训练组为0.956(95% CI：0.952~1.000)、验证组为0.961(95% CI：0.924~0.998)，预测19Del/21L858R突变亚型的AUC在训练组为0.926(95% CI：0.893~0.959)、验证组为0.938(95% CI：0.876~1.000)。 结论:基于治疗前CT影像组学和临床特征结合机器学习的序贯模型能够精准预测EGFR的突变状态和突变亚型。

目的:构建和鉴定表达新型冠状病毒（severe acute respiratory symptom coronavirus 2，SARS-CoV-2）Omicron株刺突蛋白受体结合域（receptor binding domain，RBD）的重组4型腺病毒。方法:使用重叠延伸PCR和无缝克隆构建增强型绿色荧光蛋白和RBD双顺反子表达盒，将PCR得到的ccdB片段和pBR322-Ad4质粒进行同源重组获得中间质粒pBR322-Ad4-ccdB，使用 PacI和 SpeI酶切质粒pBR322-Ad4-ccdB后回收载体片段，回收片段与双顺反子表达盒在 E.coli GB08Red中同源重组获得重组质粒pBR322-Ad4-RBD，用 AsiSI线性化后转染HEK293T细胞获得重组腺病毒Ad4-RBD，RT-PCR验证RBD蛋白的转录，Western blot验证重组腺病毒中RBD蛋白的表达。 结果:重组腺病毒Ad4-RBD的滴度达到5×10 8 PFU/mL，并能在细胞中稳定表达外源基因。 结论:成功构建了表达SARS-CoV-2 Omicron株RBD蛋白的重组4型腺病毒，为SARS-CoV-2 Omicron株疫苗的研发提供了科学有效的依据。

目的:报告4例核苷酸结合寡聚化结构域样受体家族pyrin域3（NLRP3）基因突变自身炎症性疾病，总结该病临床特点、基因型及其治疗过程，提高临床儿科医生对该病认识。方法:回顾性分析2016—2021年安徽省儿童医院确诊4例NLRP3突变自身炎症性疾病病例，结合临床特点、基因报告、文献复习回顾性分析NLRP3相关自身炎症性疾病临床特点、治疗进展。结果:① 4例患儿均为男性，例1、2、3例患儿出生后即起病，例4患儿出生后6个月起病。均表现周期性发热、反复荨麻疹样皮疹、突额、鞍鼻，发作期WBC、ESR、CRP升高，发作间期正常，抗感染治疗无效。②4例患儿基因检测均为NLRP3突变，例1、2、3患儿均为自身杂合突变，父母为野生型，例1患儿变染色体位置为Chr1：247587658，外显子c913（exon3）G>A，蛋白质第305位天冬氨酸（Asp）转变为天冬酰胺（Asn）。例2、3患儿突变染色体位置均为Chr1：247588072，核酸改变为c1327（exon3）T>C，氨基酸改变为p.Y443H；例4患儿为体细胞杂合突变，父母为野生型，突变染色体位置为Chr1：247587658，外显子c913（exon3）G>A，蛋白质第305位Asp转变为Asn。③例1、2、3患儿初期接受糖皮质激素、NSAIDs治疗，但作用有限，后期接受IL-1拮抗剂治疗后无发热、皮疹、关节肿痛，复查炎性指标基本正常；例4患儿接受NSAIDs、甲氨蝶呤治疗，无效，接受托珠单抗治疗后效果不佳,接受卡纳单抗治疗后，无发热、皮疹，无关节痛。结论:①NLRP3相关自身炎症性疾病可出现周期性发热、荨麻疹、关节受累，严重可累及中枢神经系统及脏器淀粉样变性。早期易被误诊为全身型幼年特发性关节炎。② NLRP3基因突变相关自身炎症性疾病为IL-1介导自身炎症性疾病，NSAIDs、糖皮质激素、慢性抗风湿药物作用有限，IL-1拮抗剂治疗该病疗效明确。

报告1例NTRK3-C22orf34基因融合的成人梭形细胞肉瘤。男，35岁，入院7个月前无明显诱因出现右大腿外侧肿胀，不伴活动受限。结合患者病史、影像学结果、组织形态、免疫组化特点及分子表型特点，诊断为 NTRK3-C22orf34基因融合的成人梭形细胞肉瘤。接受肿瘤切除手术，未行药物靶向治疗。随访至肿瘤切除后8个月，无瘤生存。近年来，神经酪氨酸激酶受体3（neurotrophic tyrosine kinase receptor 3，NTRK3）基因融合的成人梭形细胞肉瘤数量逐年增加，由于此类肿瘤形态多样且数量较少，多数肿瘤依据HE切片难以确诊。随着高通量测序在软组织肿瘤中的广泛应用， NTRK融合基因的梭形细胞肿瘤的诊断难度降低。本例患者高通量测序显示DNA测序发现明确或潜在临床意义变异有 NTRK3-C22orf34（突变丰度5%）基因融合合并 BRCA1（突变丰度15%）重排， CDKN2A、 TP53基因缺失。对 NTRK融合基因的梭形细胞肿瘤，特别是肉瘤的形态谱系至今仍然在不断更新。 NTRK融合基因梭形细胞肿瘤的治疗以手术切除为主，联合原肌球蛋白受体激酶（tropomyosin receptor kinase，TRK）抑制剂治疗。继发性或获得性耐药性的出现主要与激酶结构域相关的点突变有关，突变可能会降低TRK抑制剂的疗效。

目的:揭示中国肺癌外科病理诊断现状及存在问题，进一步提升中国肺癌病理规范和科研数据水平并构建中国肺癌病理结构化大数据库。方法:依据肺癌手术切除标本病理诊断规范内容要求，制定病例报告表，按照病例报告表指标内容要求，回顾性收集23家三甲医院2013年1月至2017年12月手术切除原发肺癌患者原始临床病理资料信息，包括患者基本信息、吸烟史、病理报告（包括分子检测）、治疗及预后等，经脱敏、滤过并利用自然语言处理，结合领域知识库实现原始文本信息结构化处理，进行数据管理分析以及构建结构化数据库。结果:共收集到153 817份原始病理报告，57 748份分子检测报告及13 295条治疗及随访信息，最终获得有效结构化病理报告75 941份（包含86 979个原发肺癌病灶信息）。整体治疗及随访数据质量不满意。患者男女比例为1.2∶1.0；吸烟史可及8 648例（11.39%），吸烟者与非吸烟者比例为0.92∶1.00；高发年龄为60~69岁，占38.76%。常见病理类型前5位依次为腺癌（74.58%），鳞状细胞癌（简称鳞癌，18.01%），小细胞癌（2.18%），腺鳞癌（1.71%），肉瘤样癌（0.82%）；组织学类型与性别、年龄及吸烟状态显著相关（ P<0.05）：男性患者以腺癌（58.5%）和鳞癌（31.6%）为主，女性患者腺癌占91.6%，鳞癌仅占3.4%；非吸烟患者以腺癌（85.6%）为主，吸烟患者腺癌和鳞癌分别占50.6%和37.7%；随年龄增长腺癌占比下降，鳞癌及小细胞癌占比上升。指标使用量呈逐年上升趋势，综合医院与肿瘤专科医院间差异无统计学意义（ P<0.05）；至2017年使用率较低的主要指标为周围肺病变、pTNM分期、沿气道播散、新辅助治疗反应病理评估。前5位常用免疫组织化学指标依次为甲状腺转录因子1（TTF1）、细胞角蛋白（CK）7、间变性淋巴瘤激酶（ALK）-Ventana、Napsin A及p63，免疫组织化学套餐指标数最常见7~9项。整体表皮生长因子受体（EGFR）突变率51.32%（10 335/20 139，均为PCR法）、ALK融合基因阳性率6.18%［2 084/33 726，PCR、荧光原位杂交（FISH）及免疫组织化学Ventana平台阳性率分别为3.01%、8.93%及6.58%］、KRAS突变率7.01%（662/9 441，均为PCR法）。腺癌中EGFR、ALK（总）、KRAS阳性率分为58.14%（9 986/17 175）、6.59%（1 791/27 176）、7.52%（607/8 068），鳞癌中分别为5.83%（113/1 939）、0.40%（1/251，仅PCR和FISH法）、1.76%（15/852）。由于预后数据质量问题，难以获得有效生存相关因素分析结果。 结论:国内肺癌病理报告规范化程度（包括分子检测）整体基础良好，但大部分模式仍处于非结构化连续文本状态；肿瘤术后病理分期、新辅助治疗反应病理评估及高质量预后数据需予以重视与完善；免疫组织化学指标套餐使用均衡但欠精确；有待采用基于信息系统的肺癌结构化报告模板及结构化数据整合存储模式，以整体提升我国肺癌病理诊断规范及临床数据共享能力。

目的:对1例甲状腺激素抵抗综合征(resistance to thyroid hormone syndrome，RTH)患者进行临床分析及基因变异检测，并探讨其致病机制。方法:收集先证者的临床资料，抽取先证者外周血基因组DNA进行全外显子测序筛选致病基因，并通过Sanger测序进行验证，同时利用生物信息学软件对变异位点进行蛋白功能分析。结果:先证者表现为胸闷、心悸和持续性房颤等临床表现，血清游离三碘甲状腺原氨酸(FT 3)、游离甲状腺激素(FT 4)和促甲状腺激素(TSH)水平升高，临床高度怀疑RTH并进行基因检测。报告显示甲状腺激素受体β(THRβ)存在c.1313G>A杂合突变，导致第438号氨基酸由精氨酸变异为组氨酸(p.R438H)，为错义突变，遗传情况未明。根据ACMG指南，这个变异初步判定为致病性变异。这种变异未见报道，被认为是新发变异。 结论:THRβ基因第8号外显子c.1313G>A突变可能是引起该先证者RTH的原因，该变异c.1313G>A位于THRβ的配体结合域，可能通过影响蛋白的三维结构及活性，从而影响THRβ的功能。

报道2例EB病毒（EBV）阳性弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）伴HAVCR2突变患者。2例患者均无免疫缺陷病史，发病后均出现机会性感染，外周血T细胞绝对计数明显减少，T细胞和肿瘤组织高表达T细胞免疫球蛋白和黏蛋白结构域-3（TIM-3）；二代测序检出甲型肝炎病毒细胞受体2（HAVCR2）基因突变。1例患者接受了R-COP方案（利妥昔单抗、环磷酰胺、长春新碱、泼尼松）治疗效果欠佳，T细胞计数和功能未恢复，EBV未清除，总生存仅为7个月；另一例患者接受程序性死亡受体1（PD-1）抑制剂联合CHOP样方案（环磷酰胺、表柔比星、长春新碱、地塞米松）治疗获得完全缓解持续时间超过6个月，T细胞计数和功能恢复正常，EBV被清除。结合文献复习提示HAVCR2突变导致TIM-3过表达继发T细胞耗竭，获得性免疫缺陷导致EBV再激活可能与EBV阳性DLBCL的发生、发展密切相关；提示尽早使用免疫检查点抑制剂恢复免疫功能可能改善疗效。

目的:探究同时伴有低密度脂蛋白受体衔接蛋白1（LDLRAP1）及胆固醇转运蛋白三磷酸腺苷结合盒转运体G8（ABCG8）基因异常的家族性高胆固醇血症（FH）一家系的临床及分子生物学特征。方法:2020年9月于上海交通大学医学院附属瑞金医院收治1例FH患者，采集该家系成员外周静脉血样本，检测血清总胆固醇（TC）、甘油三酯（TG）、低密度脂蛋白胆固醇（LDL-C）和高密度脂蛋白胆固醇（HDL-C）；用高效液相色谱法检测血清豆固醇和谷固醇含量。二代基因测序检测先证者及家系成员基因变异情况。采用Pymol软件对基因变异位点进行致病性分析，并使用Uniprot Modelling软件行蛋白结构建模。结果:先证者表现为贫血合并多部位黄色瘤、早发急性冠状动脉综合征。冠状动脉造影示冠状动脉三支严重病变；腹部超声示脾肿大；血涂片示异型红细胞、大血小板散在可见；血清TC、LDL-C、豆固醇和谷固醇浓度均升高［分别为8.54 mmol/L（正常值2.3~5.7 mmol/L）、4.84 mmol/L（正常值1.3~4.3 mmol/L）、44 μmol/L（正常值1.0~10 μmol/L）、28 μmol/L（正常值1.0~15 μmol/L）］。基因测序示：LDLRAP1：NM_015627.2：exon 4 c.415 C>T（p.Q139X），该纯合突变形成的蛋白截断体丢失多个稳定蛋白结构区域，不具备正常功能。同时，先证者发现ABCG8基因变异：exon13 c.1895T>C（p.V632A），exon8 c.1199C>A（p.T400K）。2例家系成员HDL-C增高（Ⅱ5：2.33 mmol/L，Ⅱ6：2.96 mmol/L）；3例带ABCG8基因变异的成员豆固醇（Ⅱ8：23 μmol/L，Ⅱ7：24 μmol/L，Ⅰ2：18 μmol/L）、谷固醇（Ⅱ8：41 μmol/L，Ⅱ7：33 μmol/L，Ⅰ2：45 μmol/L）轻度增高。结论:同时伴有LDLRAP1及ABCG8基因异常的FH患者，可出现植物固醇浓度异常，其临床表现更加复杂，应综合考虑家族史及LDL-C、植物固醇水平及基因检测结果。

核苷酸结合寡聚结构域样受体家族含吡啉结构域蛋白3(NLRP3)炎症小体是一种细胞内多种蛋白质组成的大分子蛋白复合体，其形成可导致炎性天冬氨酸特异性的半胱氨酸蛋白水解酶自我剪切，后者激活体内促炎因子，引起宿主体内一系列炎症反应。NLRP3炎症小体的激活方式多样，参与并调控了干眼、青光眼、年龄相关性黄斑变性等炎症相关眼部疾病。本文就NLRP3炎症小体及其相关分子基因突变或相关蛋白活性异常在眼科相关疾病中发生及发展的机制进行综述，以期对今后眼部相关疾病发生和发展的研究带来启发。