目的:了解青海省手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)患者中肠道病毒流行情况和基因型特征。方法:采集青海省HFMD患者的咽拭子标本，进行病毒分离和特异性引物聚合酶链反应(RT-PCR)，对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析，并参考NCBI部分毒株序列构建基因进化树。结果:采集临床诊断HFMD阳性病例标本1 738份，其中人肠道病毒A组71型(EV-A71)型326例，占18.76%、人肠道病毒柯萨奇A16型(CV-A16)型237例，占13.64%、人肠道病毒柯萨奇A6型(CV-A6)型628例，占36.13%，4年间不同基因型别间存在差异，具有统计学意义(EV-A71， χ2＝245.315, P<0.001; CV-A16， χ2＝27.680, P<0.001; CV-A6， χ2＝702.713, P<0.001)，用RD细胞分离后共得到到317株细胞培养物，测序后选取2017年和2018年典型基因型的VP1区核酸序列进行序列分析，全部基因型VP1区核酸序列间同源性在59%~100%之间，19株EV-A71VP1序列间核苷酸同源性分别在93%~100%之间，20株CV-A16型核酸VP1序列的同源性在92%~100%之间，6株CV-A6型VP1核酸序列的同源性在97%~99%之间。从进化树图上看，青海省流行的EV-A71毒株序列全都在进化树图的C4a分支上；CV-A16型分离到20个毒株序列出现在进化树图上的分为两个基因型别，18株为B1b，2株为1D基因型；CV-A6型分离到5个毒株为D3基因型，1株属于B1型。 结论:青海省2015—2018年HFMD的流行基因型别由EV-A71向CV-A16和CV-A6转变，青海省流行的EV-A71型一直是C4a基因型，CV-A16和CV-A6存在不同的基因型别，不同基因型间核酸序列差异性较大，同一基因间序列变异较小。

目的:分析口咽拭子与鼻咽拭子流感病毒核酸检测一致性，为准确、高效地开展流感检测提供数据参考。方法:采集2021年11月至2022年1月重庆市万州区7家医院的急性呼吸道感染病例口咽拭子和鼻咽拭子，采用荧光定量PCR进行流感病毒核酸检测，分析两种采样拭子阳性检出结果一致性，并比较是否发热、是否咳嗽、不同年龄组、不同就诊医院类型的两种采样拭子流感病毒阳性检出率差异。结果:共计420例受试者中，15~49岁人群（23.70%）、发热人群（27.09%）和前往综合医院就诊人群（24.89%）的流感病毒检出率较高。口咽拭子流感病毒阳性检出率为15.24%，鼻咽拭子检测流感病毒阳性检出率为16.19%，两者差异无统计学意义（ P>0.05）；两种拭子检测结果符合率为95.24%，Kappa值为0.897，一致性较好。不同人群中两种方法一致率相似。 结论:口咽拭子与鼻咽拭子流感病毒检测一致性较好，两种拭子具有可替代性，在临床与流感监测工作中若无法实现双采样，可按照实际情况采用任一方法，以提高检测工作的效率。

目的:了解长春地区住院重症社区获得性肺炎病原谱及临床特点，为其病原学诊断和针对性治疗提供科学依据。方法:2016年1月至2019年12月长春市儿童医院住院的618例临床诊断为重症社区获得性肺炎患儿，采集患儿咽拭子和肺泡灌洗液标本。应用病毒分离、细菌培养、飞行时间质谱和PCR/RT-PCR技术检测标本中的核酸和蛋白质谱。结果:住院重症社区获得性肺炎患儿男性多于女性。发病高峰年龄段为7～12月龄小儿。发病多集中在冬春季。重症社区获得性肺炎病毒检出率最高，为56.15%(347/618)；检出一种病毒病原阳性73.49%(255/347)，其中前5位的是呼吸道合胞病毒(27.8%)、甲型流感病毒(23.9%)、乙型流感病毒(16.1%)、鼻病毒(12.2%)和偏肺病毒(10.2%)；两种病毒阳性19.88%(69/347)；3种病毒阳性4.32%(15/347)；4种病毒阳性2.31%(8/347)。非典型微生物感染占29.77%(184/618)，其中肺炎支原体感染占95.65%(176/184)。细菌感染17.31%(107/618)，以肺炎链球菌(39.25%，42/107)和金黄色葡萄球菌(24.30%，26/107)为主。多种病原混合感染7.61%(47/618)，其中肺炎支原体和肺炎链球菌、病毒混合感染分别为40.43%和34.04%。高热、呼吸增快和口周发绀是重症社区获得性肺炎的危险因素( OR值和95% CI分别为7.71和4.56～13.04、2.43和2.02～2.93、3.53和2.56～4.86)；病毒混合感染36.96%(34/92)出现心力衰竭、中毒性脑病、心肌损害等并发症；肺炎支原体与其他病原混合感染35.29%出现胸腔积液。 结论:长春地区重症社区获得性肺炎的病原以病毒为主，呼吸道合胞病毒是优势病原，肺炎支原体次之，细菌病原以肺炎链球菌为主。高热、呼吸增快和口周发绀是重症肺炎的危险因素。多病原混合感染易出现严重并发症。

目的:应用高通量测序和生物信息学分析技术，从一起经货轮输入的新冠肺炎(COVID-19)聚集性病例标本中直接测定新型冠状病毒(2019 novel coronavirus，2019-nCoV)全基因组序列，并从全基因组水平分析2019-nCoV的基因组变异特征，追溯病毒的潜在来源。方法:采用2019-nCoV全基因组靶向扩增结合Ion S5二代测序的技术，对来源于同一艘货轮的8例COVID-19确诊病例咽拭子标本进行病毒全基因组测序。应用在线分析平台，判断病毒型别，分析病毒突变位点。利用进化分析软件，构建系统发育树，结合病例流行病学资料，推测病毒的来源。结果:成功测序获得8条长度为29 822~29 865 bp的2019-nCoV全基因组序列，平均测序深度为11 928×~33 588×，基因组覆盖度为99.73%~99.87%；Pangolin分型结果显示8个2019-nCoV基因组均属于VOC/Delta(B.1.617.2)进化分支；全基因组突变分析显示，与武汉参考株(NC_045512.2)相比，8个2019-nCoV基因组序列核苷酸突变的中位数为35个(31个~38个)，氨基酸突变的中位数为26个(24个~28个)，突变位点分布于8个编码区(ORF1a、ORF1b、S、ORF3a、M、ORF7a、ORF8、N)；进一步分析发现8个2019-nCoV基因组中含有23个属于2019-nCoV Delta(B.1.617.2·AY.2)变异株的特征性突变位点；但因8个2019-nCoV基因组间的突变位点并非完全重合，且流调报告显示货轮中途经停多个口岸且有人员更替，故推测该起聚集性COVID-19疫情可能有不同传播来源；进化分析显示，8个2019-nCoV序列共同处于B.1.617.2进化分支的AY.2子分支上，同Pangolin分型及突变分析结果一致。结论:本研究从一起经货轮输入的COVID-19聚集性疫情病例标本中测序获得8个Delta变异株全基因组序列，本研究所构建的测序方法和分析结果可在COVID-19防控中为2019-nCoV的变异分析和病例溯源提供参考。

目的:分析江西省吉安市2013—2020年手足口病的病原学流行特征，为吉安市手足口病防控措施的制定提供依据。方法:收集手足口病患者粪便等临床标本共5 089份，采用荧光定量PCR方法进行肠道病毒核酸检测分型，使用SAS统计软件从标本类型、时间、患者年龄和性别、地区分布等进行病原学流行特征分析。结果:5 089份标本中共检出肠道病毒(enterovirus, EV)阳性标本3 062份，总阳性率为60.17%，EV71、柯萨奇病毒A组16型和其他肠道病毒构成比分别为15.15%、16.36%和68.49%，以其他肠道病毒感染为主；2013—2020年的肠道病毒阳性检出率总体呈下降变化趋势，不同年份阳性检出率差异有统计学意义( χ2＝118.47， P<0.05)；8年间，EV71型手足口病感染率总体呈下降趋势。手足口病例数主要集中在4~11月份，5月和9月左右为最高峰。男女性别阳性检出率差异无统计学意义( χ2＝3.44， P>0.05)，粪便、肛拭子、疱疹液标本的阳性率高于咽拭子标本，不同样本阳性检出率差异有统计学意义( χ2＝78.76， P<0.05)。峡江、安福、永丰阳性检出率较高，井冈山检出率最低，不同地区阳性检出率差异有统计学意义( χ2＝497.98， P<0.05)。 结论:近年来吉安市手足口病病毒病原谱已经发生改变，应针对本地区手足口病病原学实际情况，针对性的开展相关监测工作，有助于本地区手足口病的预防和控制。

全球各地陆续出现新冠患者康复后再次核酸阳性的情况，引发了行业内的关注。先前有关复阳的研究均来自于不同的传播链，感染者感染的毒株不尽相同。为减少不同毒株而引发的复阳的选择偏倚，有必要对感染同一毒株的新冠患者的复阳情况进行研究。中和抗体水平被认为在清除新冠病毒中发挥重要作用，被用于治疗新冠患者。本研究纳入人口学、临床、实验室数据及重复测量中和抗体和病毒载量，分析了影响新冠患者复阳的因素。结果显示，353个病例中，约15%患者康复后复阳，这一结果与大部分有关复阳的研究结果相符。使用多因素广义估计模型对复阳进行分析发现，复阳和患者中和抗体水平成负相关，即抗体水平低，复阳的可能性更大。提示可能因抗体水平低，不足以完全清除病毒而导致复阳。这提示或可通过提高患者的中和抗体水平(例如接种疫苗或恢复期血浆治疗等)来降低复阳率。此外，本研究还发现，由于出院及复阳再入院判定标准均为鼻咽拭子阳性，在既有痰标本又有鼻咽拭子标本的感染者中，9%(5/55)的复阳感染者存在鼻咽拭子阴性及痰阳性的情况，这提示部分咽拭子标本的复阳患者可能并非真正复阳患者，可能源于上呼吸道的间歇性排毒。

目的:了解2019年秋冬季青岛地区手足口病住院患者柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus A6，CV-A6)流行情况及VP1区基因特征和种系进化关系。方法:收集2019年秋冬季青岛地区手足口病住院患者104份咽拭子，使用肠道病毒通用RT-PCR筛选出阳性标本。再用肠道病毒VP1区的通用分型引物扩增阳性样本，扩增序列测序并进行BLAST比对。用CV-A6 VP1全长引物，扩增CV-A6阳性样本，扩增产物测序，通过DNAstar和MEGA软件进行核苷酸和氨基酸的同源性分析并构建系统发育树。结果:104份咽拭子样本中，肠道病毒检测阳性60份，总体阳性率为57.7%，其中CV-A6阳性率26.9%(28/104)，柯萨奇病毒A组16型(CV-A16)阳性率30.8%(32/104)。对28份CV-A6阳性的样本进行VP1区全长扩增、测序并进行比对和同源性分析获得22株阳性序列，其核苷酸同源性为93.6%～99.9%，氨基酸同源性为98.0%～100%。系统进化分析表明22株CV-A6均属于D基因型中的D3亚型。结论:引起2019年秋冬季青岛地区住院手足口病的病原体是CV-A6和CV-A16，CV-A6的流行株主要是D3亚型。

目的:评估重组人干扰素α2b(rhIFNα2b)口咽部喷雾治疗小儿疱疹性咽峡炎的有效性和安全性。方法:本研究采用前瞻性、随机、开放、对照、多中心研究方法，2018年8月至2019年3月参加本研究的安徽省内11家三甲医院共收集了疱疹性咽峡炎患儿180例，按住院的时间顺序随机分为干扰素治疗组和利巴韦林对照组。在清热解毒和抗感染治疗基础上，治疗组患儿咽部喷洒rhIFNα2b 9 g/L盐水溶液[100万IU/mL，10万IU/(0.1 mL·揿)]，对照组患儿咽部喷洒利巴韦林喷剂(0.5 mg/揿，150揿)，2组治疗方法相同，均为每次3揿，每日4次，连续给药5 d，提前痊愈者不再给药治疗。所有患儿观察至临床痊愈，比较2组患儿的疗效、症状和体征消失时间，并评估口咽局部喷洒rhIFNα2b的安全性。结果:180例患儿均完成研究，其中治疗组90例，对照组90例，2组性别、年龄、体质量和就诊前病程等方面比较差异均无统计学意义(均 P>0.05)，具有临床可比性。治疗组显效率[63.3%(57/90例)]显著高于对照组[38.9%(35/90例)]，差异有统计学意义( χ2＝10.934， P＝0.004)；治疗组总有效率为96.7%(87/90例)，与对照组[92.2%(83/90例)]比较差异无统计学意义( χ2＝2.924， P＝0.169)。治疗组发热[(32.59±20.73) h比(45.72±26.96) h]、充血[(76.48±23.12) h比(92.44±24.31) h]、疱疹[(72.99±25.77) h比(85.09±26.62) h]、流涎[(45.44±24.96) h比(54.42±31.20) h]和畏食[(62.70±23.99) h比(78.71±30.54) h]等症状和体征持续时间均短于对照组，差异均有统计学意义(均 P<0.05)。用药前2组血清肿瘤坏死因子α(TNF－α)[(13.02±4.41) ng/L比(13.57±9.27)ng/L]、白细胞介素－6(IL－6)[(26.48±11.31) ng/L比(30.15±15.55) ng/L]和C反应蛋白(CRP)[(19.34±14.11) mg/L比(19.83±14.57) mg/L]比较差异均无统计学意义(均 P>0.05)；治疗后，治疗组血清TNF－α和IL－6水平分别为(7.26±1.99) ng/L和(2.42±0.73) ng/L，均低于对照组[(12.09±6.39) ng/L和(7.32±11.51) ng/L]，差异均有统计学意义(均 P<0.05)，但2组患儿血清CRP水平[(2.21±3.34) mg/L比(2.99±4.81) mg/L]比较差异无统计学意义( P>0.05)。治疗组患儿咽拭子治疗前后病毒阳性率分别为65.3%(32/49例)和40.6%(13/32例)，与对照组[66.7%(36/54例)和41.0%(16/39例)]比较，差异均无统计学意义(均 P>0.05)。治疗期间2组均未见严重不良反应事件，治疗组不良反应发生率为1.1%(1/90例)，对照组不良反应发生率为5.6%(5/90例)；对照组治疗后的血红蛋白水平显著低于治疗前和治疗组，差异均有统计学意义(均 P<0.05)。 结论:rhIFNα2b口咽部喷雾治疗疱疹性咽峡炎相对利巴韦林可明显提高临床显效率，加快临床症状和体征消失，缩短总病程且安全性良好，值得临床应用。

目的:了解1例新型冠状病毒肺炎(Coronavirus Disease 2019, COVID-19)确诊病例的病原学构成。方法:将1例COVID-19确诊病例的口咽拭子、血清、鼻咽拭子的标本接种到Vero-E6细胞管进行病毒分离，每日观察细胞病变(cytopathic effect, CPE)情况，待CPE达75%以上收获细胞分离物，反复冻融3次后离心取上清液，应用透射电镜观察获取病毒电镜图片，同时提取病毒核酸，采用二代测序技术进行全基因组序列测序。通过序列进化分析，对获得的病毒株进行鉴定分型。结果:本研究从1例COVID-19患者的鼻咽拭子中分离到1株新型冠状病毒(2019 novel coronavirus, 2019-nCoV)，同时在该患者的1份口咽拭子中分离到1株单纯疱疹病毒I型(herpes simplex virus type 1, HSV-1)。结论:COVID-19病例存在2019-nCoV和HSV-1合并感染的可能性。

2例危重型新型冠状病毒肺炎患者在前期治疗的基础上，经全面评估后分别于2020年2月29日和3月10日进行了肺移植，分别于移植后第3天和第2天撤除体外膜肺氧合，生存期均超过60 d，每周2次持续检测口鼻咽拭子和下呼吸道吸引物的2019新型冠状病毒核酸，未出现病毒复阳的情况。手术后未发生手术医务人员被感染的事件。在严格掌握适应证的前提下，尝试对危重型新型冠状病毒肺炎患者进行肺移植治疗，有助于挽救患者生命，并为烈性传染病的器官移植提供一定的借鉴。