目的:探讨来自弗氏枸橼酸杆菌的产碳青霉烯酶的新型不相容群组质粒pNY2385-KPC的耐药机制及基因结构特征。方法:从宁波市医疗中心李惠利医院急诊病房的发热患者尿液样本中获得1株多药耐药菌。采用16S rRNA基因扩增和平均核苷酸一致性（ANI）进行菌种鉴定；采用全自动细菌鉴定及药敏分析系统检测细菌MIC值；通过“三代”测序方法获得基因组序列，然后通过BLASTP/BLASTN、RefSeq、ConservedDomains、ResFinder、Isfinder等对基因功能进行详细注释及比较基因组学分析。结果:弗氏枸橼酸杆菌NY2385携带的质粒pNY2385-KPC为一种新型不相容群组质粒，包含 blaKPC-2，具有接合转移（Ⅳ型分泌系统）基因，可发生接合转移。NCBI中共检索到同型质粒15个，来源于弗氏枸橼酸杆菌、黏质沙雷菌、大肠埃希菌、阴沟肠杆菌、肺炎克雷伯菌和植生拉乌尔菌等细菌，为泛宿主质粒。通过对来自弗氏枸橼酸杆菌中6个该新型质粒进行序列比较分析，发现该新型质粒结构具有一定的保守性，具有携带 blaKPC-2的Tn 6296变体结构，而且质粒pCF1807-3同时具有 repApNY2385-KPC和 repAIncX8。 结论:弗氏枸橼酸杆菌中的pNY2385-KPC型质粒均携带 blaKPC-2耐药基因，分为 repApNY2385-KPC单复制子和 repApNY2385-KPC/ repAIncX8双复制子两种亚型，属于泛宿主质粒，作为可移动遗传元件促进了 blaKPC-2的传播。

细菌耐药性是目前各领域使用抗生素面临的一个严峻的问题，也是一项紧迫的全球公共卫生难题。候鸟携带的耐药菌及耐药基因不仅与临床用抗生素相关，农药、兽药的使用以及药厂周围环境的污染也为主要原因。近年来，有关候鸟体内携带耐药基因的研究逐渐在全球各地报道。候鸟具有活动范围大、飞行距离远等特点导致候鸟中细菌耐药的复杂性。此外，受环境和人类活动的影响，细菌中携带的耐药基因通过可移动元件在人类、家畜、环境和候鸟之间形成物种间传播，但是候鸟相关的耐药问题常常被我们所忽视。本文总结当前各地候鸟携带耐药菌抗生素耐药情况、所携带的耐药基因情况以及候鸟耐药与环境和人类活动之间的关系。目前研究显示多种类型的候鸟体内都携带耐药菌，主要为大肠杆菌。候鸟体内的耐药菌已呈现出多重耐药性，并将含有的耐药基因随迁徙活动以及人为因素等影响传播到各地。因此，有必要监测候鸟的相关耐药问题。本文为探究候鸟作为宿主和载体在抗生素耐药性全球传播中的作用提供了理论依据。

目的:探讨河流流经海口市前后河水中细菌菌群结构、抗生素耐药基因组和病原菌毒力基因组的变化，及其传播扩散模式。方法:从流经海口市前的南渡江上游至南渡江入海口划分前、中、后段3个研究区域，每个区域选择3个采样点，每个采样点平行采集6份样本并混合为1份，每份3 L。通过宏基因组测序和16S rRNA基因全长测序获得相关生物信息数据，分析前、中、后3段水体中微生物群落结构以及耐药基因、毒力因子和可移动遗传元件信息。运用主坐标分析、普氏分析和曼特尔检测等方法分析样本间菌群分布差异以及传播模式相关性。结果:随着河水流经海口市，微生物的α多样性呈现逐渐降低趋势。其中变形菌门在前、中、后段的细菌群落中均占据主导地位，中、后段变形菌门相对丰度高于前段。抗生素耐药基因、毒力因子及可移动遗传元件的多样性和丰度在前段均处于较低水平，流经海口市后，均明显升高。同时，可移动遗传元件介导的水平传播在抗生素耐药基因和毒力因子扩散中发挥较大作用。结论:城市化对河流中的微生物及其携带的耐药基因、毒力因子和可移动遗传元件产生显著影响。在海口市南渡江，河流流经城市受纳了人群排出的抗生素耐药菌和病原相关细菌，同时抗生素耐药基因和毒力因子在细菌中的富集，显示了城市人群排出的抗生素耐药菌和病原菌对环境健康和公共卫生的威胁。流经城市前后微生物组和抗生素耐药基因组的比较，也可成为有价值的抗生素耐药扩散监测预警指标。

目的:探讨耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)脂多糖修饰相关的多黏菌素耐药机制。方法:通过接合转移和 mcr基因的检测探究是否存在质粒介导的耐药基因；利用实时荧光定量PCR检测多黏菌素耐药相关基因的相对表达量，并进行全基因组测序分析；采用SDS-PAGE银染试验和MALDI-TOF-MS质谱分析检测脂多糖的改变。 结果:未扩增出 mcr-1~8基因且接合转移试验结果为阴性，未检测到与耐药性相关的可移动元件。7株多黏菌素耐药CRKP中 pmrA、 pmrB、 pmrC基因的相对表达量均增高，其中6株 phoP/ phoQ基因的相对表达量增高；3株 crrA/ crrB基因的相对表达量降低；4株 mgrB基因的相对表达量降低。耐药株发生的错义突变位点主要位于 KPHS_09430、 KPHS_35900、 KPHS_39520、 KPHS_52420等基因上，在CRKP-6菌株中检测到IS Kpn14插入序列。MALDI-TOF-MS观察到耐药菌株脂多糖中天然脂质A有L-Ara4N修饰。 结论:染色体介导的双组分调节系统突变引起脂多糖修饰是本研究CRKP对多黏菌素耐药的主要机制，且双组分调节系统的突变对多黏菌素耐药性的影响在不同菌株背景下也存在差异。

细菌抗生素耐药已成为当今世界面临的严峻问题，携带耐药基因的可移动遗传元件(mobile genetic elements，MGEs)在同种或不同种细菌之间的快速传播加速了耐药性的形成，这给临床治疗细菌感染带来了巨大挑战。插入序列(insertion sequence，IS)是最简单的MGE，其编码一个转座酶基因且它的两侧存在反向末端重复序列。IS91家族是目前已知的26种插入序列家族成员之一，其名下现有34名家族成员。近期研究表明，IS91家族的许多成员与抗生素耐药性密切相关，因此本文将从IS91家族的发现、遗传特征、IS91与插入序列共同区(ISCR)的异同以及其与耐药和毒力基因传播的关系等方面展开综述，以期为未来细菌耐药性研究提供参考。

目的 了解碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(CRKP)对喹诺酮类的耐药性及其耐药机制,包括可移动喹诺酮类耐药(TMQR)基因分布.方法 对2019年我国7所医院临床分离的CRKP菌株采用肉汤微量稀释法进行抗菌药物敏感性试验.采用Illumina HiseqX测序平台进行基因组测序,并分析CRKP携带的毒力基因、MLST分型、染色体喹诺酮类耐药决定区(QRDR)的变异情况,以及TMQR基因分布.结果 481株CRKP对左氧氟沙星和环丙沙星不敏感率分别为98.4％和99.2％,ST11型和ST15型为优势克隆.303株携带毒力基因的CRKP(CV-CRKP)中,ST11型和ST15型菌株分别为92.1％和5.0％.178株不携带毒力基因的CRKP(non-CV-CRKP)中,ST11型和ST15型菌株分别为53.4％和34.3％.全部ST11和ST15型菌株对喹诺酮类耐药并伴有gyrA和parC基因变异,对喹诺酮类敏感菌株均为非ST11和非ST15型菌株.可移动元件介导的喹诺酮耐药基因中,qnrS1(294株,61.1％)、qnrB4(48株,10.0％)及aac(6)-Ib-cr(90株,18.7％)的检出率高,其他基因的检出较低,包括有qnrB1(4株)、qnrB2(2株)、qnrD1(2株)、qnrB6(1株).其中,qnrB4主要分布在左氧氟沙星高度耐药(MIC≥8 mg/L)菌株中.aac(6)-Ib-cr主要分布在环丙沙星耐药(MIC＞8 mg/L)菌株中.结论 临床分离的CRKP菌株对喹诺酮类耐药率高.喹诺酮类耐药的CRKP菌株中QRDR变异率高,TMQR基因携带率高.

目的 了解福建省2005-2023年猪链球菌菌株病原学和基因组特征,分析18年间分离株进化特征,为人感染猪链球菌病防控提供参考依据.方法 对36株福建地区分离自人的猪链球菌菌株进行全基因组测序、药物敏感性测试,检测血清型分布、耐药表型和基因分型,分析菌株之间的遗传多态性.结果 福建省36株人感染猪链球菌分离株以血清2型(97.2％)为主,其次是5型(2.8％);全基因组测序结果显示36株分离株有5种不同的序列类型,以ST1型(58.3％)和ST7型(30.6％)最为常见;药物敏感性测试显示对大环内酯类、四环素和氨基糖苷类药物具有高水平的耐药性.存在多重耐药情况,7重耐药菌株(2.8％),5重耐药菌株(5.6％),4重耐药菌株(47.2％),3重耐药菌株(27.8％);对四环素(100％)、红霉素(83.3％)、克林霉素(83.3％)及复方新诺明(55.6％)耐药率高.分离株携带19种抗生素耐药基因,对8类抗生素产生耐药性,耐药基因分型与观察到的表型直接相关.结论 应继续加强对福建地区人感染猪链球菌疫情的监测,针对不同地区的不同优势毒力基因型进行预防;限制抗生素的使用,同时加强对耐药相关可移动元件的监测,以减少潜在的抗微生物药物耐药性.

抗生素及其抗性基因可随动物粪肥施用进入农田土壤中,进而给土壤-蔬菜系统带来潜在的生态风险.为分析抗生素抗性基因在土壤及蔬菜系统中的分布特征,本研究以四环素类抗性基因(TRGs)为对象,通过温室盆栽试验研究了典型TRGs在3种可生食蔬菜(小白菜、生菜和樱桃萝卜)中的分布特征,探讨了蔬菜根系扰动对其根际土壤中TRGs多样性和丰度的影响,并分析了TRGs在蔬菜和土壤中分布特征的相关性.结果表明,受试蔬菜体内及根际土壤中均检测到TRGs和可移动元件(MGEs),检出种类和丰度依次为根际土壤＞蔬菜根部＞茎叶部.蔬菜根部检出的TRGs与MGEs种类和丰度高于茎叶内,其中tetD-01、tetG-01、tetT、tet(32)、IS613、tapA-04、intI-1(clinic)检出率和丰度尤为突出.樱桃萝卜根际土壤的TRGs及MGEs比生菜、小白菜富集量大,且土壤和蔬菜系统中部分TRGs的分布与MGEs呈显著正相关.研究结果可为揭示TRGs在土壤-蔬菜系统中存在的安全风险提供数据支持.

[背景]沙门氏菌(Salmonella spp.)是重要的人畜共患病原菌,其毒力和耐药性的不断增强引起广泛关注.[目的]了解从通辽市一犊牛死亡病例中所分离牛源都柏林沙门氏菌的毒力及耐药性情况.[方法]以病死犊牛肺脏为材料,经细菌分离纯化及 16S rRNA基因测序,鉴定病原为沙门氏菌.采用动物试验、药敏试验和PCR方法对分离菌进行毒力、耐药性,以及毒力基因和耐药基因检测,并对其进行全基因组测序分析.[结果]分离菌具有较强毒力,对小鼠半数致死量为2.8×106 CFU/mL.分离菌为多重耐药菌,仅对多粘菌素B和噻孢霉素敏感,对强力霉素和恩诺沙星中度敏感.检测 13 种沙门氏菌常见毒力基因,检出率为 92.3%.对分离菌进行全基因组测序分析,该菌株为都柏林沙门氏菌,基因组大小为 4 965 370 bp,GC含量为 52.12%,同时携带 2 个质粒,大小分别为 79 524 bp(pTLS-1)和 45 301 bp(pTLS-2).分离菌中共携带 996 个毒力基因和24 个毒力岛;共携带 42 个耐药基因,其中 4 个为可水平转移基因,基因组中存在 9 个可移动遗传元件,包括插入序列和转座子等.[结论]分离牛源都柏林沙门氏菌菌株具有较强毒力且为多重耐药株,携带大量毒力基因及耐药基因.

[背景]弯曲菌(Campylobacter)是一种世界范围内能引起胃肠炎的最常见食源性病原菌,对临床上重要的抗菌药物耐药越来越严重,对食品安全和公共健康造成重大威胁.[目的]研究一株同时携带 optr A和 cfr C基因的猪源结肠弯曲菌(Campylobacter coli)耐药表型和耐药基因,同时对该菌全基因组特征、毒力基因分布情况以及optr A和cfr C基因环境进行分析.[方法]采用琼脂平板稀释法进行最低抑菌浓度(minimal inhibitory concentration,MIC)测定,并且对该菌进行全基因组测序.[结果]该菌株对四环素、克林霉素、阿奇霉素、氟苯尼考和利奈唑胺呈现高度耐药,对环丙沙星和庆大霉素敏感.全基因组测序得到一条大小为 1436486 bp的环状DNA(GC含量为 31.63%),携带四大类抗生素中共计 12 种耐药基因,均定位于染色体上,其中氨基糖苷类耐药基因数量最多.此外,携带包含黏附、侵袭和移动等相关毒力基因 83 个,其中与移动相关的毒力基因数量最多.对 4 个基因岛分析发现,基因岛 GIs002 和 GIs003 中含有耐药基因序列,cfr C位于基因岛 GIs002 上,与 aph(3′)-IIIa相连,两侧与转座酶相连,optr A位于染色体上,在其上、下游两侧与插入序列integrase/IS607 family相连,转座酶和插入序列可介导耐药基因水平转移.[结论]本研究通过全基因组测序分析了多重耐药结肠弯曲菌的基因组信息以及存在的耐药及毒力基因情况,可移动遗传元件(转座酶和插入序列)在结肠弯曲菌耐药传播中起着重要作用,该研究结果为弯曲菌耐药风险评估提供了参考依据.