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早发性乳腺癌的遗传易感基因及临床特征
编辑人员丨6天前
目的:探讨中国早发性(发病年龄≤35岁)乳腺癌遗传易感基因的胚系突变率及临床特征。方法:收集2015年1月1日至2019年12月31日中国医学科学院北京协和医学院肿瘤医院收治的150例发病年龄≤35岁的乳腺癌患者的临床信息和外周血标本,提取DNA检测乳腺癌易感基因(BRCA)1、BRCA2、毛细血管扩张性共济失调突变(ATM)、BRCA2定位协作基因(PALB2)、肿瘤蛋白53(TP53)和细胞周期检查点激酶2(CHEK2)基因的胚系突变。根据遗传变异的分类标准与指南对突变进行解读,分为致病、可能致病、意义未明、可能良性和良性。根据有无携带致病或可能致病胚系突变,将患者分为突变组( n=18)和非突变组( n=132),采用 χ2检验分析组间遗传易感基因胚系突变与临床病理特征的关系。 结果:150例早发性乳腺癌中检测到18例致病或可能致病胚系突变,总突变率为12.0%。其中,8例(5.3%)BRCA2突变,7例(4.7%)BRCA1突变,1例(0.7%)PALB2突变,2例(1.3%)TP53突变,ATM和CHEK2基因未检测到致病或可能致病突变。突变类型以移码突变(9/18,50.0%)为主,其次是无义突变(7/18,38.9%),错义突变(1/18,5.6%)和剪接受体突变(1/18,5.6%)。18例突变携带者分子分型中,9例Luminal B,6例三阴性乳腺癌(TNBC),2例Luminal A,人表皮生长因子受体-2(HER-2)扩增仅1例。其中,8例BRCA2突变携带者均为Luminal分型,7例BRCA1突变携带者中6例是TNBC分型。突变组和非突变组乳腺癌患者家族史( P=0.343)、雌激素受体(ER)状态( χ2=0.16, P=0.688)、HER-2状态( χ2=2.89, P=0.089)、分子分型( χ2=1.99, P=0.575)、初诊TNM分期( χ2=2.49, P=0.115)差异均无统计学意义。 结论:早发性乳腺癌具有较高的胚系突变率,建议早发性乳腺癌患者进行遗传咨询和多基因检测。
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编辑人员丨6天前
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13q21大片段缺失二家系胎儿的产前诊断和遗传学咨询研究
编辑人员丨6天前
目的:探讨2个13q21大片段缺失家系胎儿的产前诊断和遗传学咨询策略。方法:选择2021年3月、2021年12月于宁波市妇女儿童医院产前诊断门诊确诊为胎儿13号染色体大片段缺失的2例单胎妊娠胎儿(胎儿1、2)为研究对象。2例胎儿母亲均完善羊水穿刺,对胎儿1、2进行染色体核型分析和染色体微阵列分析(CMA),并采集胎儿父母的外周血样进行CMA检测,追溯胎儿异常染色体的来源。结果:胎儿1、2的染色体核型均未见明显异常。CMA检测结果提示胎儿1、2分别携带母源性13q21.1q21.33区段11.935 Mb、父源性13q14.3q21.32区段10.995 Mb的杂合缺失。胎儿1、2的2个缺失的片段基因密度低,缺乏单倍剂量敏感基因,数据库检索缺乏有效数据,均判断为可能良性变异,2例胎儿父母均选择继续妊娠。结论:本研究发现2个家系胎儿1、2的13q21区段缺失可能为良性变异,由于未进行足够长时间的随访研究,而且仅为病例研究,所以是否存在致病性尚没有充分证据,但是或许可为临床产前诊断和遗传咨询提供一定依据。
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编辑人员丨6天前
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FGG基因变异致遗传性异常纤维蛋白原血症一个家系的遗传学分析
编辑人员丨6天前
目的:探讨1个无症状遗传性异常纤维蛋白原血症(CD)家系的凝血异常和分子遗传学特征。方法:选取2021年8月3日因"患卵巢畸胎瘤准备行腹腔镜手术,术前凝血功能异常"就诊于哈尔滨市第一医院血液肿瘤研究所的女性先证者及其家系成员(共3代8人)作为研究对象,收集先证者及其家系成员的临床资料。用Clauss法和衍算法(DFg-PT)检测先证者及其父母、儿子的血浆纤维蛋白原的活性(Fg:C),用免疫比浊法测定抗原(Fg:Ag)水平。用PCR扩增仪进行纤维蛋白原(Fg)相关基因检测变异位点。结果:先证者为32岁女性。先证者及其父亲Fg:C分别为0.71 g/L和0.87 g/L,明显低于正常范围,先证者母亲及儿子Fg:C均在正常范围。先证者及其父亲Fg:C/Fg:Ag比值为<0.7,明显下降,而母亲及儿子>0.7。先证者及其父亲的凝血酶时间延长,而母亲及儿子正常。先证者及其父母和儿子的凝血酶原时间、活化部分凝血活酶时间未见明显异常。基因检测结果提示先证者及其父亲 FGA基因存在已报道为良性的c.991A>G(p.Thr331Ala)错义变异以及 FGG基因的c.1211C>T(p.Ser404Phe)错义变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会变异评级相关指南,c.1211C>T错义变异评级为可能致病的变异(PM2_Supporting+PM5+PP3+PP4)。蛋白模拟预测模型提示c.1211C>T导致Fg γ链第404位氨基酸残基从丝氨酸变异为苯丙氨酸,可能造成局部的氨基酸之间的作用力发生变化,从而影响纤维蛋白原γ链之间聚合或者与另一纤维蛋白原α链的结合。 结论:FGG基因的c.1211C>T(p.Ser404Phe)错义变异可能是先证者的致病原因。上述发现为该家系的诊断及遗传咨询提供了帮助。
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编辑人员丨6天前
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染色体微阵列分析技术对智力障碍或全面发育迟缓患儿遗传学病因的诊断价值
编辑人员丨6天前
目的:探讨染色体微阵列分析(CMA)技术在表现为发育迟缓、智力障碍、孤独症谱系障碍(ASD)、癫痫和多发性先天性异常(MCA)等患儿中的诊断价值。方法:收集2014至2019年在北京大学第一医院收治的1 320例发育迟缓/智力障碍,孤独症、伴或不伴癫痫和MCA患儿,提取外周血DNA,用比较基因组杂交(array-CGH)和单核苷酸多态性(SNP-array)方法分析基因拷贝数变异(CNV),总结CMA技术在智力障碍或全面发育迟缓患儿遗传学病因检测的结果。结果:1 320例患儿中,染色体非整倍体异常10例,单亲二体6例,嵌合体1例。致病性拷贝数变异320例,可能致病性拷贝数变异23例,两者相加检出率为26%(343/1 320)。临床意义不明确CNV 107例,占比8.1%(107/1 320)。可能良性CNV 25例,占比2%(25/1 320)。良性CNV 20例,占比1.5%(20/1 320)。发育迟缓/智力障碍合并MCA的患儿检出率为39.8% (130/327)。结论:CMA具有分辨率高、覆盖全基因组的优势。可以检出显微镜下可见的染色体异常以及染色体微小缺失和重复,从而对智力障碍或全面发育迟缓患儿进行遗传病因学诊断。
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编辑人员丨6天前
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原发性远端肾小管酸中毒患者的基因突变分析和临床表型研究
编辑人员丨6天前
目的:对原发性远端肾小管酸中毒(distal renal tubular acidosis,dRTA)患者进行基因突变分析和基因型-表型相关性研究,以提高对该病的认识和理解。方法:通过Sanger测序或全外显子组测序的方法对2010年4月至2020年9月青岛大学附属医院和青岛大学附属市立医院确诊的来自37个家系的44例原发性dRTA患者进行致病基因突变分析,根据2015年美国医学遗传学和基因组学学会(American College of Medical Genetics and Genomics,ACMG)的分类标准和指南评估变异致病性。总结患者的临床特点,并进行基因型和表型的关联研究。结果:44例dRTA患者共确定 SLC4A1基因7个变异, ATP6V0A4基因17个变异, ATP6V1B1基因15个变异,其中新增11个新变异;根据ACMG指南,39个变异中致病性、可能致病性和良性变异分别为22、16和1个。9例患者是 SLC4A1基因突变导致的常染色体显性遗传dRTA,4例患者为 SLC4A1基因突变导致的常染色体隐性遗传dRTA合并东南亚卵圆形红细胞增多症并伴有贫血,14例和8例患者分别为 ATP6V0A4基因和 ATP6V1B1基因突变导致的常染色体隐性遗传dRTA,2例患者不符合常染色体隐性遗传模式仅携带1个 ATP6V1B1杂合突变,7例患者检测结果为阴性。43例患者均为完全性dRTA,1例患者为不完全性dRTA。 ATP6V0A4基因和 ATP6V1B1基因突变导致患者感音神经性耳聋的患病率分别为2/14和6/10。成人、儿童和婴幼儿慢性肾脏病的发生频率分别为4/4、2/4、1/36。经以枸橼酸钾钠合剂为基础的药物治疗后,大部分患儿的生长发育(28/40)和电解质紊乱(41/44)得到明显改善。 结论:本研究44例原发性dRTA共发现3个致病基因 SLC4A1、 ATP6V0A4、 ATP6V1B1的39个变异位点,其中11个为新变异。dRTA人群基因型和表型密切相关。经恰当的治疗后,大部分患者的病情获得改善。本研究丰富了人类基因突变数据库,将为dRTA人群的遗传咨询和诊治提供有益的借鉴。
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编辑人员丨6天前
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SCN8A基因变异致癫痫5例患儿的临床特征及遗传学分析
编辑人员丨6天前
目的:探讨5例 SCN8A基因变异所致癫痫患儿的临床及遗传学特点。 方法:收集2015年8月至2022年8月在临沂市人民医院拟诊为遗传性癫痫患儿的临床资料,对其进行家系全外显子组测序,对候选变异进行Sanger测序家系验证。结果:共筛选出5例(4男1女)携带 SCN8A变异的患儿。患儿1具有良性家族性婴儿癫痫,携带遗传自父亲(具有相似表型)的c.4840A>G变异,为已报道致病性变异。患儿2~4为中间型癫痫。患儿2携带c.3967G>A新发变异,根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)相关指南评级为致病性变异(PS1+PS2+PM1+PM2_Supporting+PP3),患儿3携带c.415A>T变异,患儿4携带c.4697C>T新发变异,均评级为可能致病性变异(PS2+PM1+PM2_Supporting+PP3)。患儿5具有早期婴儿癫痫性脑病,之后转变为类Lennox-Gastaut综合征,携带c.5615G>A新发变异,为已报道致病性变异。5例患儿的首次发病年龄为2 ~ 14个月,均存在局灶性发作和全面强直阵挛发作,患儿1、2、3、5具有丛集性发作的特点,患儿1 ~ 4单药或双药治疗后发作得到控制,生长发育正常,患儿5属于药物难治性癫痫,且存在严重的发育落后。 结论:上述5例癫痫患儿均存在成簇发作、良性癫痫成年期偶尔发作、中间型癫痫停药易复发的新特点, SCN8A基因变异考虑为其致病原因。
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编辑人员丨6天前
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全外显子组测序确定林奇样综合征患者的致病胚系变异
编辑人员丨6天前
林奇综合征(LS)是最常见的遗传性结直肠癌(CRC)综合征,其特征是错配修复(MMR)相关基因的胚系致病变异导致微卫星不稳定。符合LS和MMR缺陷的临床标准且没有任何已发现的胚系致病变异的患者通常被认为患有林奇样综合征(LLS)。这些患者患结直肠癌和结肠外肿瘤的风险更高,但关于其潜在遗传病因的研究报道十分有限。近年研究发现,在LLS病例中存在MUTYH基因的双等位胚系变异,MUTYH相关的息肉病可通过MMR基因的体细胞失活与LS表型重叠。除此之外,携带POLE和POLD1胚系变异的LLS患者也已被确认。DNA修复基因中存在胚系变异,如MCM8、MCM9、WRN、MCPH1、BARD1、REV3L、EXO1、POLD1、Rfc1、RPA1和MLH3,在LLS患者中也有报道,但LLS的潜在胚系突变谱在巴西人群中的研究结果尚不清楚。该研究纳入了来自巴西巴雷图斯肿瘤医院确诊的20例LLS患者,并对其进行了全外显子组测序(WES)。结果发现,这20例患者中,女性患者占比60%,首次诊断肿瘤的年龄为(48±8)岁。75%的患者( n=15)以结直肠癌为首发肿瘤,其次为子宫内膜癌( n=2)、卵巢癌( n=2)和胃癌( n=1)。5例患者被诊断出患有第二种肿瘤;这些肿瘤包括结直肠癌、子宫内膜癌、乳腺癌和非黑色素瘤。共有90%的患者有癌症家族史,75%的患者在家族中有LS相关肿瘤。此外,在2 389个基因分析中筛选到了319个高质量的胚系变异。根据美国医学遗传学和基因组学学会(ACMG)标准进行变异分类,其中,33.5%的变异被归类为良性或可能良性(107/319),63.9%的变异具有不确定的意义(204/319),2.5%的变异被归类为致病或可能致病(8/319)。在已知的癌症基因MUTYH和ATM中,35%(7/20)的患者发现了致病或可能致病的变异。这些携带致病变异的患者与非携带致病变异的患者在首次诊断肿瘤的年龄[平均年龄48.3比48.2岁, P=0.974]、肿瘤家族数(平均肿瘤个数3.7比6.7, P=0.193)、肿瘤分级( P=0.650)或肿瘤分期( P=0.854)差异均无统计学意义。此外,在DNA修复基因POLN和其他癌症相关基因PPARG、CTC1、DCC和ALPK1中也发现了罕见潜在致病的变异。
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编辑人员丨6天前
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拷贝数变异分析对于不明原因智力障碍/发育迟缓患儿的诊断价值
编辑人员丨6天前
目的:评估拷贝数变异(copy number variations,CNVs)分析在智力障碍/发育迟缓(intellectual disability/developmental delay, ID/DD)患者遗传学病因诊断中的价值。方法:对2015年1月至2019年12月本院确诊为ID/DD的530例患儿进行核型分析,对不能明确病因的120例核型正常或核型异常患儿应用单核苷酸多态性微阵列(single nucleotide polymorphism array, SNP-array)技术进行CNVs检测。结果:530例ID/DD患儿中检出染色体异常104例,染色体异常检出率19.62%;120例患儿中检出CNVs 44例,检出率36.67%,其中致病性CNVs 20例,检出率16.67%,可能致病性CNVs 6例,临床意义不明CNVs 10例,可能良性CNVs 7例,杂合性丢失(loss of heterozygosity, LOH)1例。结论:SNP-array可提高不明原因ID/DD患者的病因诊断率,为其预后咨询、早期干预及再发风险提供依据。
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编辑人员丨6天前
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850例耳聋基因筛查 SLC26A4单杂合突变新生儿的基因型及合并第二突变位点者表型分析
编辑人员丨6天前
目的:明确耳聋基因筛查 SLC26A4单杂合突变新生儿合并第二突变位点的情况,分析 SLC26A4突变基因型与听力表型的对应关系。 方法:研究对象为2015年4月至2019年12月在北京市出生、晶芯九项或十五项遗传性耳聋基因芯片筛查结果为 SLC26A4单杂合突变的新生儿个体,共850例,其中男468例、女382例。采用三步耳聋基因测序:第一步, SLC26A4基因全外显子及剪接位点测序;第二步, SLC26A4基因启动子、 FOXI1基因和 KCNJ10基因全外显子测序;第三步, SLC26A4基因拷贝数变异检测。对三步检测发现的所有合并第二突变位点者,采集新生儿听力筛查结果,并进行声导抗、听性脑干反应和听性稳态反应等听力学检查。对新发现或争议(意义不明)突变位点,检索DVD、ClinVar和Mutation Taster等国际耳聋基因数据库或软件,依据美国医学遗传学与基因组学学会(American College of Medical Genetics and Genomics,ACMG)指南,对突变位点的致病性进行预测。整理 SLC26A4单杂合突变新生儿合并第二突变位点数据,分析 SLC26A4基因型及听力表型的对应关系。 结果:850例患儿确诊年龄中位数为4个月。第一步850例患儿测序,共检出第二突变位点32例(3.76%,32/850),包括明确致病突变位点18例(2.12%,8/850);第二步832例患儿测序,检出 KCNJ10基因错义突变8例,未检出 FOXI1基因错义突变及 SLC26A4基因启动子异常;第三步824例测序结果均为阴性。合并明确第二致病突变位点者18例,其中新生儿听力筛查未通过16例(16/18),双耳均通过筛查2例(2/18);听力损失程度:极重度听力损失18耳(18/36),重度听力损失13耳(13/36),中度听力损失5耳(5/36);听力曲线类型:高频下降型17耳(17/36),平坦型14耳(14/36),无法判别3耳(3/36),U型2耳(2/36)。其他基因型22例,包括合并争议(意义不明)或新发现可能良性突变位点者9例、合并 KCNJ10双基因杂合突变8例和同链双杂合突变5例,这22例患儿新生儿听力筛查均为双耳通过且听力诊断均为正常。 结论:本组新生儿耳聋基因筛查 SLC26A4单杂合突变个体合并明确第二致病突变位点的概率为2.12%,均为点突变或小片段缺失,均确诊为中度及以上感音神经性听力损失,该结果可为 SLC26A4突变的基因诊断和遗传咨询提供参考依据;合并 KCNJ10基因突变者,在婴幼儿期均未出现听力损失,提示需进一步随访。
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编辑人员丨6天前
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成釉细胞瘤临床研究前模型构建及精准治疗研究前景
编辑人员丨6天前
成釉细胞瘤(ameloblastoma,AM)是病因不明,易复发、可恶变的良性牙源性肿瘤,刮治术后复发率高,颌骨部分切除术影响患者口腔颌面部结构功能。全基因组测序结果显示BRAF基因突变和SMO基因突变较常见,且二者发生倾向于互斥。个别病例报告表明BRAF抑制剂对携带BRAF V600E的患者有效,而开展大规模临床研究有困难,因此亟需可靠的临床研究前模型来探索AM靶向药物治疗。体外细胞模型及小鼠体内移植瘤模型是常见的临床研究前模型。二维培养良性肿瘤增殖能力有限,永生化处理后很可能影响细胞表型;此外,AM在裸鼠皮下移植瘤成功率较低,人源化小鼠异种移植瘤模型待更多探索。而目前三维类器官有希望实现AM干性上皮细胞亚群培养,进而模拟体内肿瘤、用于精准治疗药物研发。本文对AM临床研究前模型、遗传变异特征的研究进展展开综述,提出可进行药物筛选等研究的AM类器官模型构建的研究前景,从而为更多患者提供个性化治疗可能。
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编辑人员丨6天前
