目的:了解深圳市2018年登革热疫情的流行病学特征和流行毒株的基因分型。方法:采用描述性流行病学方法分析2018年深圳市登革热疫情，采集患者血液标本，采用胶体金免疫层析法检测血清特异性IgM、IgG抗体，采用实时荧光定量聚合酶链反应进行病原学检测和基因型别鉴定。采用反转录聚合酶链反应扩增登革病毒 E基因序列，与不同国家和地区的登革热流行毒株进行同源性比较和进化树分析。 结果:2018年1月1日至12月31日，深圳市累计报告登革热234例，发病率为1.87/10万，本地病例144例(61.54%)，输入病例90例(38.46%)，以东南亚国家及深圳市周边城市输入为主。发病时间集中在8月至11月，共202例(86.32%)。以20～50岁中青年患者为主(195例，83.33%)。登革病毒1型(dengue virus type 1，DENV-1)占86.01%(166/193)，登革病毒2型(dengue virus type 2，DENV-2)占10.36%(20/193)，登革病毒3型占2.59%(5/193)，登革病毒4型占1.04%(2/193)，且本地病例均为DENV-1感染。24株DENV-1毒株与HAWAII45毒株 E基因核苷酸同源性为93.0%～94.6%，氨基酸同源性为96.6%～97.2%。其中23株为基因Ⅰ亚型；1株为基因Ⅳ亚型，为深圳市首次报道的输入性病例。6株DENV-2毒株与国际标准株NGC株 E基因核苷酸同源性为93.1%～93.9%，氨基酸同源性为97.0%～97.8%。其中2株为Cosmopolitan亚型；4株为Asian Ⅰ亚型，为深圳市首次报道。 结论:2018年深圳市登革热流行具有本地传播与输入传播并存的特点，主要流行为DENV-1，推测主要流行株由东南亚国家及深圳市周边城市输入，应加强关注出现地方性登革热流行的趋势。

目的:分析青海省鼠疫疫情监测结果，掌握青海省鼠疫流行态势，为今后的鼠疫防控工作提供科学依据。方法:收集2011-2020年青海省人间鼠疫疫情资料（来自青海省地方病预防控制所人间病例数据库）和动物间鼠疫疫情资料（来自青海省鼠疫监测数据和鼠疫疫源地调查数据），采用描述性流行病学方法进行分析，包括人间鼠疫疫情，动物间鼠疫疫情地区分布，宿主动物、病原学和血清学监测结果等。结果:2011-2020年，青海省发生人间鼠疫疫情1起，因剥食旱獭时不慎划伤右手中指感染，自死者的心、肝、肺、淋巴结穿刺液、气管分泌物和咽拭子样本中均分离出鼠疫耶尔森菌。共发生动物间鼠疫疫情16起，流行地区分布在海西州、玉树州和海北州，其中海西州动物间鼠疫流行最多，10年间共发生13起。宿主动物监测显示，主要宿主动物为喜马拉雅旱獭，其平均密度为0.07匹/hm 2。病原学监测显示，共分离出鼠疫耶尔森菌31株，其中海西州分离出27株；分离出鼠疫耶尔森菌的宿主动物以喜马拉雅旱獭为主，占总数的77.42%（24/31）。血清学监测显示，共检出鼠疫F1抗体阳性血清66份，其中犬阳性血清最多，为43份；喜马拉雅旱獭次之，为20份。 结论:2011-2020年青海省动物间鼠疫连年不断，局部地区呈活跃态势，鼠疫防控总体形势严峻。

目的:探讨青藏高原鼠疫自然疫源地鼠疫菌规律间隔成簇短回文重复序列（CRISPR）的基因型及其地区分布。方法:选取青海省地方病预防控制所保存的1954-2011年在不同地区宿主、媒介体内分离的1 004株鼠疫菌作为实验对象，采用传统的苯酚-氯仿混合抽提法提取鼠疫菌DNA。分别对3个CRISPR位点（YPa、YPb和YPc）进行PCR扩增、测序，将所测得CRISPR序列与文献最新报道的CRISPRDictionary数据库进行检索比对，以鉴定间区序列（spacer）；对CRISPR各位点新发现的spacer，在美国国家生物技术信息中心（NCBI）数据库进行Blast序列比对，推测基因序列来源。根据CRISPR spacer阵列的多态性对青藏高原鼠疫菌进行基因分型。结果:1 004株鼠疫菌共发现53种spacer，其中新发现6种，分别为a105、a106、a107、b51、b52、c14；1 004株鼠疫菌被分成44个不同的CRISPR基因型，10大类群，新发现基因型15种，喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地鼠疫菌CRISPR基因型以G26-a1′、G7、G22、G24-a1′、G22-a1′、G9、G26-a1′a60型为主，青海田鼠鼠疫自然疫源地鼠疫菌CRISPR基因型为G37-a6′型。结论:青藏高原鼠疫自然疫源地鼠疫菌CRISPR基因型具有高度多样性，且地区分布特征显著。

目的:应用转录组测序方法，分析北京地区人呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus, RSV)A亚型优势流行基因型ON1地方株感染A549细胞后差异表达基因，为RSV防治提供潜在靶点。方法:选用已经过全基因组测序确定为RSV A亚型ON1基因型的地方株(61397-ON1)感染A549细胞，提取总mRNA，通过转录组测序筛选出与未感染的A549细胞为对照的差异表达基因，对其进行GO分析、KEGG通路分析，同时随机选择6个差异表达倍数大于2倍的基因进行qRT-PCR验证。结果:以未感染的A549细胞为对照，筛选出1 632个差异表达基因，其中807个基因表达上调，825个基因表达下调。差异基因主要参与细胞因子反应以及MAPK级联反应正向调控等免疫应答相关生物过程，并在MAPK信号通路、NOD样受体信号通路、p53信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路及NF-κB信号通路发生了富集。选择的6个差异表达基因qRT-PCR验证结果与转录组数据趋势一致。结论:RSV A亚型ON1基因型毒株感染A549细胞后的差异表达基因主要参与细胞因子应答及免疫相关信号通路，为RSV致病的分子机制及防治策略研究提供基础资料。

目的:测定11种抗菌药物对鼠疫耶尔森菌（简称鼠疫菌）的最低抑菌浓度（minimum inhibitory concentration，MIC），建立鼠疫菌MIC测定方法，掌握常用抗生素对鼠疫菌的抑菌范围，为鼠疫的临床治疗提供基线数据。方法:根据美国临床和实验室标准协会（Clinical Labor Standard Institution，CLSI）药敏试验方法中的琼脂稀释法，分别测定氧氟沙星、环丙沙星、复方新诺明（甲氧苄啶-磺胺甲恶唑）、硫酸卡那霉素、硫酸链霉素、头孢曲松钠、氨苄青霉素钠、氯霉素、盐酸壮观霉素、头孢呋辛钠、盐酸四环素共11种抗菌药物对118株鼠疫菌的MIC，并计算MIC 50、MIC 90（能抑制50%、90%细菌生长的最低药物浓度）。以纸片扩散法的检测结果作为对照观察两者的一致性。118株鼠疫菌分离自青海省鼠疫自然疫源地，由青海省地方病预防控制所保存。 结果:检测的118株鼠疫菌，未发现具有单个或多个抗菌药物抗性的菌株，与纸片扩散法结果一致，并获得11种抗菌药物对118株菌的MIC 50、MIC 90。 结论:成功建立了鼠疫菌MIC测定方法，该方法能高通量测定抗菌药物对鼠疫菌的MIC，评价鼠疫菌对抗生素的敏感性，是一种高效、经济、实用的实验手段。

目的:基于苍白密螺旋体属（TP）TP0136蛋白的异质性，建立一种新的TP分子分型方法。方法:从GenBank中查询9株梅毒苍白密螺旋体（TPA）、3株雅司苍白密螺旋体（TPE）、1株未分类的类人猿密螺旋体（FB）和1株地方密螺旋体（TEN）的TP0136开放阅读框（ORF）氨基酸序列并进行多重序列比对，得出TP0136蛋白分子分型结果。利用建立的TP0136蛋白分子分型方法，对2015年1月至2018年12月南方医科大学皮肤病医院收集的23株TPA临床分离株进行分类，并将分型结果与传统的Arp/Tpr/TP0548三基因分型方法进行比较。结果:TP0136蛋白在不同种TP株中具有高度异质性，根据TP0136氨基酸序列，TPE、FB和TEN分为Ⅰ~ Ⅳ 4个亚型，TPA分为Ⅴ~ Ⅹ 6个亚型，TPA临床株分为Ⅶ、Ⅸ、Ⅹ、Ⅺ 4个亚型。通过TPA传统的三基因分型方法可将23株TPA临床株分为13D/d、14D/f、14D/g、15D/f、16A/e 5型。将TP0136分型法与传统分型法相结合，可将上述临床株进一步细分为10型，其中14D/f型应用TP0136分型法可进一步分为3个亚型。结论:TP0136分子分型方法可用于TP种的区分，有助于传统TPA分子分型的进一步完善。

目的:报告濮阳市首例发热伴血小板减少综合征病例，通过流行病学调查和基因测序了解其流行病学特点并分析濮阳市首例新型布尼亚病毒(severe fever with thrombocytopenia syndrome virus，SFTSV)分离株S、M、L片段分子特征。方法:采用流行病学调查方法，分析流行病学特点，用Vero细胞分离病毒，提取SFTSV核酸，实时荧光定量PCR进行检测；构建多重PCR法对病毒核苷酸序列进行特异性扩增，利用二代测序仪进行全基因组测序，DNAStar、MEGA11等生物信息软件进行同源性分析，构建系统进化树。结果:流行病学调查结果显示，患者及其密切接触者14 d内均无旅居史，有野外作业史，无蜱虫叮咬史；血液样本检测SFTSV核酸阳性；SFTSV基因型为E型，其S、M、L片段基因均为E型，与GenBank中已知的SFTSV核苷酸序列进行比对，核苷酸序列同源性分别为94.8%~99.9%、94.0%~99.8%、95.7%~99.7%。结论:该患者确诊为濮阳市首例SFTSV感染引起的发热伴血小板减少综合征，与河南近年来分离株基因分型差异较大，与国内分离株亲缘关系近，考虑病毒存在从河南省内其他地方及湖北等地输入的情况，需加强监测和宣教，同时关注病毒的进化与变异。

目的:了解浙江省猪链球菌人源感染株在体外对抗菌药物的耐药性和耐药基因携带状况。方法:收集2005年至2021年浙江省31株猪链球菌人源感染散发株，通过微量稀释法测定15种抗菌药物对所有菌株的最低抑菌浓度，利用聚合酶链反应检测四环素类、大环内酯类和氨基糖苷类等70种耐药基因。结果:31株菌株对头孢吡肟、头孢噻肟、头孢曲松、氯霉素、达托霉素、厄他培南、左氧氟沙星、利奈唑胺、美罗培南、青霉素、万古霉素11种抗菌药物均敏感，敏感率达到96.8%及以上，对四环素、克林霉素、阿奇霉素、红霉素均耐药，特别是对四环素的耐药率达93.5%(29/31)，多重耐药株共14株(45.2%)。70种耐药基因检测中，共检出14种(20.0%)耐药基因。耐药基因检出率高的主要为耐四环素类基因，依次是 tet( O) [58.1%(18/31)]、 tet( M) [48.4%(15/31)]、 tet(40) [35.5%(11/31)]；其次是耐大环内酯类 ermB基因[41.9%(13/31)]；14株(45.2%)同时检出3种以上耐药基因，其中8株(25.8%)检出10种耐药基因。耐药基因结果与序列分型结合分析显示， tet( M)+ST7占35.5%(11/31)， tet( O)+ tet( 40)+ ermB+ mef( A)+ mef( A/ E)+ msrD+ Ant( 6)- Ⅰb+ aph( 3′)- Ⅲa+ aadB+ sat4+ST7占25.8%(8/31)。 结论:浙江省猪链球菌人源感染散发株的抗菌药物耐药情况及耐药基因携带状况均呈地方性特征，主要流行2种特征型的耐药基因遗传克隆。

目的:了解北京市腹泻患儿及社区健康儿童中人腺病毒(human adenovirus, HAdV)的流行和基因变异特征。方法:收集2015—2107年6岁以下门诊腹泻患儿以及2016—2017社区健康儿童的粪便标本共1 834份，检测HAdV六邻体基因进行分型并扩增HAdV-41纤维蛋白基因进行序列分析。结果:健康儿童和门诊腹泻患儿HAdV的检出率分别为1.5%(8/536)和7.4%(96/1 298)，两者间差异有统计学意义( χ2＝23.62， P<0.001)。健康儿童和腹泻患儿中HAdV-41均为最主要的检出型别。HAdV在门诊腹泻患儿中的检出无性别差异( χ2＝0.002， P＝0.961)。除新生儿组无检出外，其他年龄组之间的检出无差异。HAdV流行无明显季节特征。序列分析显示HAdV-41地方流行株分属于3个进化分支，并出现纤维蛋白轴区截短15个氨基酸的毒株。 结论:HAdV是引起2015—2017年北京市儿童腹泻的主要病原之一，以HAdV-41为主。

目的:分析皮肤软组织损伤住院患者的流行病学特征以及相关诊疗信息。方法:回顾性分析解放军总医院第四医学中心(下称笔者单位)2014年1月1日—2018年12月31日收治的符合入选标准的皮肤软组织损伤住院患者的病历资料。统计如下指标：性别、年龄、创面病程、基础性疾病，创面类型、部位和创面微生物培养结果，治疗方式和结局，医疗费用支付类型、住院天数及住院费用。对数据行Mann-Whitney U检验、Kruskal-Wallis H检验、 χ2检验。 结果:(1)笔者单位5年间共收治2 997例符合入选标准的患者，男1 803例(60.16%)、女1 194例(39.84%)，本组患者5年间性别分布差异明显( χ2＝13.203， P<0.05)，女性患者年龄明显高于男性患者( Z＝-6.387， P<0.01)。急性创面患者882例(29.43%)，慢性创面患者2 115例(70.57%)，本组患者5年间急慢性创面分布差异明显( χ2＝66.806， P<0.01)。慢性创面患者的年龄明显高于急性创面患者( Z＝-12.582， P<0.01)。共计1 910例患者合并基础性疾病，共3 847例次，常见基础性疾病依次为糖尿病1 151例次(29.92%)、高血压884例次(22.98%)、冠状动脉粥样硬化性心脏病414例次(10.76%)、陈旧性脑梗死258例次(6.71%)、截瘫258例次(6.71%)。慢性创面患者合并基础性疾病例数明显多于急性创面患者( χ2＝130.649， P<0.01)。(2)本组患者常见创面类型依次为术后难愈性创面、烧伤创面、糖尿病足溃疡、压疮、皮肤软组织感染。本组患者5年间创面类型分布差异明显( χ2＝342.265， P<0.01)。本组患者共3 957处创面。常见创面部位依次为足部、腿部、胸部等。976例患者行创面微生物培养，719例(73.67%)患者结果为阳性，257例(26.33%)患者结果为阴性。慢性创面患者的创面微生物培养阳性率明显高于急性创面患者( χ2＝33.981， P<0.01)。急性创面患者中单纯感染111例(72.08%)、混合感染43例(27.92%)，慢性创面患者中单纯感染364例(64.42%)、混合感染201例(35.58%)。719例患者共检出病原菌1 010株，其中革兰阳性菌447株(44.26%)、革兰阴性菌548株(54.26%)、真菌15株(1.48%)。急性和慢性创面患者的病原微生物分布差异明显( χ2＝12.215， P<0.01)。本组患者创面常见菌株为金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌等。急性创面患者常见菌株为金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、表皮葡萄球菌等，慢性创面患者常见菌株为金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌、大肠杆菌等。(3)本组患者主要行手术治疗。最终痊愈1 330例、好转1 393例、未愈257例、死亡17例。慢性和急性创面患者治疗结局分布差异明显( Z＝-7.622， P<0.01)。(4)本组患者医疗费用支付类型主要为地方医疗保险、异地医疗保险、自费。本组患者总体住院费用为169 268 523.65元，以材料费用与药物费用为主。本组患者住院天数为21.00(11.00，36.00)d，住院费用为30 016.34(14 439.41，63 685.60)元。不同医疗费用支付类型患者的住院天数与住院费用均差异明显( χ2＝285.986、327.436， P<0.01)。不同创面类型患者的住院天数与住院费用均差异明显( χ2＝125.912、131.485， P<0.01)。 结论:皮肤软组织损伤住院患者以中老年为主，男性患者多于女性，慢性创面患者多于急性创面；皮肤软组织损伤好发生于骨性突出、皮下脂肪菲薄、血供差的部位；创面微生物培养结果以革兰阴性菌为主，且慢性创面患者的阳性率高于急性创面患者；急性创面患者中革兰阳性菌占比最高，慢性创面患者中革兰阴性菌占比最高；慢性创面患者多伴有各类基础性疾病且病程长，其痊愈患者比例低于急性创面；皮肤软组织损伤患者住院天数长、材料费用占比高，与慢性创面愈合能力差、治疗周期长的临床特点直接相关，建议医疗保险管理部门针对老年慢性创面类住院病例的临床实际需求调节耗占比等管理指标。