目的:探讨NanoString荧光条形码技术在弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）分子分型中的临床应用，分析细胞起源亚型与患者预后的相关性。方法:收集2014年1月至2019年12月山西省大同市第三人民医院12例及北京大学医学部8例DLBCL患者的肿瘤组织样本，采用Hans模型分为生发中心B细胞（GCB）型1例和非GCB型19例。在mRNA水平利用NanoString技术平台分析样本中15个Lymph2Cx分子分型相关基因的表达水平差异。通过聚类分析对20例DLBCL患者分型，并分析按此分型组间预后的差别。结果:通过NanoString荧光条形码技术对20例DLBCL患者样本进行检测并进行聚类分析后分型显示，11例为类GCB样型，9例为类活化B细胞（ABC）样型；10例类GCB样型按Hans模型为非GCB型。生存分析显示，类GCB样组总生存优于类ABC样型组（ P=0.019）。 结论:NanoString荧光条形码技术可用于DLBCL的细胞起源分型，该分子分型策略可有效预测患者预后。

水生态系统是保障国家生态安全的重要基础.水生生物在水生态系统中扮演着核心角色,是研究水体演变的重要依据,是维护水生态健康的关键.传统水生生物调查和监测通常采用形态学方法,但其存在专业知识要求高、难以标准化和自动化及费时耗力等缺陷.环境DNA(Environmental DNA,简称eDNA)技术是一种通过监测环境中存在的DNA片段来识别特定生物物种的方法,可以实现基于水体中DNA分子进行水生生物的鉴定和监测,为水生生物的常态化监测提供了一个准确、便捷、可标准化和自动化实施的方案.文章介绍了 eDNA技术的基本原理,总结回顾了 eDNA技术从萌芽到广泛科研应用的发展历史和过程,介绍了基于eDNA的宏条形码和宏基因组等各类水生生物鉴定监测技术;阐述了eDNA技术在保护种、入侵种及生物类群监测和水生态评估等各领域的应用;分析了eDNA技术当前面临的物种参考序列数据库不完善等各类挑战;提出了通过优化完善数据库、样品采集方法、评价指标和参数、样品保藏、数据分析和存储等来推动eDNA技术标准化和自动化,以解决当前面临的挑战.同时,基于eDNA技术当前的发展阶段,提出了在我国水体结合专业形态分类鉴定开展水生生物eDNA技术标准化监测的实施建议.

[目的]探索胡颓子科叶绿体基因组演化趋势,为胡颓子科植物物种鉴定以及资源开发利用提供理论依据.[方法]该研究从头组装并注释了沙棘属和野牛果属共4个类群的叶绿体基因组,结合已发表的叶绿体基因组序列,比较了胡颓子科各类群叶绿体基因组的基因构成、重复序列和结构特征,建立了系统发育树,并通过高分化区定位了该科叶绿体基因组的潜在DNA条形码区域.[结果]胡颓子科各属叶绿体基因组在四分体结构、基因数量和排列上高度相似;沙棘属和野牛果属的反向重复区(IR)和整个基因组重复序列数目较胡颓子属有扩张和增加的趋势.胡颓子科18个类群的叶绿体全基因组序列的系统发育树中,胡颓子属个体聚为一支,最先分化出来,沙棘属和野牛果属各自聚为一支,具有最近的共同祖先;从长单拷贝区(LSC)和短单拷贝区(SSC)筛选出3个DNA条形码候选区,其中ycfI基因的鉴定效果最佳.[结论]胡颓子科的叶绿体基因组结构保守,但其非编码区序列在各属间存在明显差异,且IR区序列与重复序列在演化过程中分别有扩张和增多的趋势.研究选定的DNA条形码序列能很好区分胡颓子科各属之间以及胡颓子属内物种间关系.

目的:通过对虎耳草(Saxifraga stolonifera)进行物种鉴定和基因组大小测定,以更全面地开发其植物资源的遗传信息.方法:通过对虎耳草DNA条形码引物的筛选,发现ITS2+matK条形码可确认待测的植物样本为虎耳草.进一步利用虎耳草及其近似物种的ITS2 和matK条形码序列构建系统发育树.进化分析结果表明虎耳草与其同属物种的亲缘关系较远.结果:流式细胞术估测虎耳草基因组大小约为 949.4 Mb.结论:本研究基于条形码序列对十堰武当山本地的虎耳草物种进行了鉴定,为虎耳草的基因组提供了特征信息,为后续虎耳草全基因组测序研究的物种选择和测序策略规划提供了参考.

许多非抗生素药物具有强效抗菌活性,它们可能对人类微生物组产生不利影响.这种毒性的基本机制在很大程度上仍然未知.研究人员利用数千个条形码标记的大肠埃希菌敲除株进行基因筛选,研究了200种药物的抗菌活性.他们还分析了200万种具有潜在药物特异性毒性的基因-药物间的相互作用.基于网络的药物-药物间相似性分析显示,抗生素聚集在与已建类别的作用模式一致的模块中,而非抗生素类仍然没有关联.一半的非抗生素药物聚集在不同的模块中,潜在地揭示出新型抗菌药物共同的和未开发的靶标.对外排系统的分析显示,它们对抗生素和非抗生素药物都有广泛的影响,这表明应在体内密切研究非抗生素类药物对抗生素交叉耐药性的影响.

目的:利用DNA条形码ITS2碱基序列及其二级结构对菟丝子及其混伪品金灯藤进行鉴定.方法:从安徽亳州药材市场收集10份菟丝子、5份南方菟丝子、5份金灯藤样品,提取基因组DNA后,利用ITS2序列扩增引物进行PCR及测序,并从GenBank下载菟丝子、南方菟丝子、金灯藤ITS2序列.利用MEGA 11.0对序列进行比对分析,计算种内、种间遗传距离,利用邻接法(NJ)构建系统聚类树,通过数据库预测ITS2二级结构.结果:菟丝子、南方菟丝子、金灯藤构建的NJ树分别聚为一支,基于ITS2碱基序列的种间遗传距离能准确鉴别菟丝子、南方菟丝子、金灯藤;菟丝子、南方菟丝子、金灯藤的二级结构在整体上有较大区别,能够明显区分.结论:基于ITS2序列可以准确地鉴别菟丝子及其混伪品.

目的 以蒙古黄芪Astragalus membranaceus var.mongholicus为材料,解析其叶绿体基因组的序列特征,并进行系统发育分析.方法 利用Illumina NovaSeq测序平台对蒙古黄芪叶绿体全基因组进行测序,完成其组装、注释、特征分析,构建系统发育树.结果 蒙古黄芪叶绿体基因组全长为123 349bp,GC含量为34.09％,由于缺失反向重复IR区,Circos图呈现出非典型四分体结构,属于IRLC群体.获得注释基因109个,其中蛋白编码基因76个,rRNA基因4个,tRNA基因29个.蒙古黄芪叶绿体基因组的密码子偏好性较弱,密码子偏向使用A碱基和U碱基.MISA检测出263个SSR位点,以A/T重复为主;叶绿体全基因组比较分析可知17种豆科植物叶绿体基因组的基因区间组成差异较小;但trnF-GAA～trnT-UGU、trnfM-CUA～psbC、trnE～trnD、psbM～rpoB、ycf1和ycf2等编码区存在差异性;系统发育树显示,蒙古黄芪与胶黄芪A.gummifer聚为一类,与阿纳卡黄芪A.nakaianus、膜荚黄芪A.membranaceus具有一定亲缘性.结论 可为开展黄芪属遗传多样性研究、DNA条形码构建和分子鉴定标记开发提供参考.

海三棱藨草[× Bolboschoenoplectus mariqueter(Tang & F.T.Wang)Tatanov]的分类学地位至今尚无定论.为明确海三棱藨草的分类学地位并探讨其与近缘种的关系,该研究分别利用1个核基因(ITS)和5个叶绿体基因(matK、ndhF、rbcL、trnL和trnL-trnF)的DNA条形码序列对海三棱藨草及其近缘种的4种21批样品进行扩增和测序,通过采用相似性搜索算法对单一序列和序列组合的物种鉴定效率进行评价,并基于贝叶斯推断方法构建系统发育树进行鉴定分析.结果表明:(1)ITS+matK序列组合的物种鉴定效率最高,为71.4％,可实现海三棱藨草及其近缘种的种间区分、鉴定.(2)基于ITS+matK序列组合构建海三棱藨草及其近缘种的系统发育树,发现同一物种的样品聚集度较好,海三棱藨草与三棱草属[Bolboschoenus(Asch.)Palla]的物种聚为一支,明显与水葱属[Schoenoplectus(Rchb.)Palla]物种分开,并且海三棱藨草与海滨三棱草[Bolboschoenus maritimus(Linnaeus)Palla]形成单系.综上所述,ITS+matK序列组合可作为海三棱藨草及其近缘种物种鉴定的最佳条形码序列,研究结果不支持海三棱藨草为天然杂交种的观点,而应将其归入三棱草属中,海三棱藨草应为海滨三棱草的异名.该研究结果为海三棱藨草及其近缘种的分类学研究提供了分子依据.

本文报道了贵阳地区的5种微蟹蛛属Lysiteles Simon,1895蜘蛛,其中4种为贵州新记录:昆明微蟹蛛L.kunmingensis Song&Zhao,1994、细微蟹蛛L.minusculus Song&Chai,1990、南风面微蟹蛛L.nanfengmian Liu,2022和森林微蟹蛛L.silvanus Ono,1980,发现一新物种,以贵阳微蟹蛛Lysiteles guiyang Pan&Yu,sp.nov.命名.本文提供了上述5种微蟹蛛的生态照片,并详细描述了新物种,为其提供了鉴别特征、外形和交配器官的彩色插图.此外,对这5种微蟹蛛的DNA条形码进行了测序,提供了COⅠ基因序列以作后续的分子系统学研究.

目的 以线粒体细胞色素C氧化酶亚基(COI)基因为目的基因,利用DNA条形码技术对未知鼠样本进行鉴定.方法 采用夹夜法对九江市武宁县宋溪镇某村的鼠密度进行调查,经形态学初步鉴定后,以捕获的 1 只无法明确鉴定的大型鼠样本为对象,提取基因组DNA并采用COI基因通用引物BatL5310 和R6036R进行PCR扩增及测序,将测序结果在NCBI网站进行BLAST比对,采用MEGA7 软件选择最大似然法构建系统发育树.结果 共捕获小型兽类7 只,密度为3.38%,经形态学鉴定有褐家鼠2 只,黑线姬鼠2 只,臭鼩鼱2只,形态学初步鉴定为青毛巨鼠或小泡巨鼠的未知鼠1 只,提取的未知鼠样本DNA通过PCR成功扩增出COI基因目的条带,与NCBI基因库中小泡巨鼠(KP995219)序列同源性高达 100%,系统发育树显示该鼠样本与小泡巨鼠(KP995219、KP995203)处于同一分支,遗传距离分别为 0、0.0016,而青毛巨鼠(NC_036730)单独处于另一分支,遗传距离较远.结论 赣北地区首次报道小泡巨鼠,采用COI基因的DNA条形码技术可快速、准确的进行鼠种鉴定,有助于弥补非常见鼠形态学鉴定困难的不足.