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红盲高原鳅线粒体基因组测定及其系统发育关系分析
编辑人员丨6天前
红盲高原鳅(Triplophysa erythraea Liu&Huang,2019)是2019年发表的一种真洞穴鱼类,具有重要的洞穴生物学和进化生物学研究意义以及物种保护价值.2021年7月,在湖南省湘西土家族苗族自治州花垣县大龙洞采集到2尾样本.通过高通量测序技术对其中1尾的线粒体DNA序列进行分析,该线粒体DNA呈双链闭合环状结构,全长为16 585 bp,共含有37个基因,其中包括13个蛋白编码基因、22个tRNA基因和2个rRNA基因,以及两段非编码区,即L链复制起始区OL和H链复制起始区OH,碱基组成为 A(31.2%)、G(15.8%)、C(26.0%)、T(27.0%),A+T 的含量为 58.2%.基于蛋白编码基因使用最大似然法和贝叶斯法构建高原鳅属系统进化树,确定了红盲高原鳅在进化树上的位置.本研究为高原鳅属鱼类的进化研究以及物种保护工作提供了基础数据.
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编辑人员丨6天前
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小肝癌的MRI特征及诊断价值分析
编辑人员丨6天前
目的 探讨小肝癌(SHCC)的增强磁共振成像(MRI)特征并分析其诊断价值.方法 选取2018年7月~2023年5月在本院收治的疑似SHCC患者63例作为研究对象,所有患者均行增强MRI与MRI平扫检查,以手术病理结果或病理活检为"金标准",采用Kappa-致性检验,比较两种检查方式对SHCC的诊断价值,采用单因素和多因素Logistic回归分析确定SHCC的因素.结果 63例疑似SHCC患者中共46例(73.02%)SHCC阳性,17例阴性.MRI平扫的确诊率78.26%(36/46)低于增强MRI确诊率93.48%(43/46)(P<0.05).MRI平扫时T1WI序列以低信号居多,T2WI序列以高信号和略高信号为主;增强MRI扫描时,动脉期明显强化,门静脉期和延迟期强化下降,信号降低.MRI平扫诊断SHCC的灵敏度、特异度、准确率、阳性预测值、阴性预测值和Kappa系数值分别为78.26%、82.35%、79.37%、92.31%、58.33%和0.536,增强MRI诊断SHCC的灵敏度、特异度、准确率、阳性预测值、阴性预测值和Kappa系数值分别为93.48%、94.11%、93.65%、97.73%、84.21%和0.845,其中增强MRI诊断的灵敏度和准确率均高于MRI平扫(P均<0.05).Logistic回归分析,结果显示MRI平扫T1WI序列低信号、T2WI序列高信号或略高信号、MRI增强扫描动脉期明显强化、门静脉期信号降低均为诊断SHCC阳性的独立危险因素(P<0.05).结论 较于MRI平扫检查,增强MRI检查对SHCC的诊断价值更高,具良好的应用价值.
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编辑人员丨6天前
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鉴别6种常见食用肉类的多重PCR检测体系的构建及验证
编辑人员丨6天前
目的 建立一种快速、准确、灵敏的多重PCR检测方法,用于同时鉴别6种常见食用肉类(牛、羊、鸡、猪、鹅、鸭),并评估其在肉类食品掺假鉴定中的应用价值.方法 基于GenBank数据库中6个物种的线粒体全基因组序列,筛选具有种内保守性、种间特异性的DNA序列(牛16S rRNA、羊COX-1、鸡Cytb、猪COX-1、鹅NADH2、鸭16S rRNA),并设计物种特异性引物,以此构建一个可同时鉴别6种常见食用肉类的多重PCR检测体系.对该体系进行种属特异性、灵敏度和重复性研究,并进行模拟混合样品检测.结果 成功构建了一个可同时鉴别6种常见食用肉类的多重PCR检测体系,该体系在非目标物种的DNA中均未有效扩增;在DNA模板量为0.0625~2 ng/μL时,6个物种的扩增产物均能检见.在鸭肉和牛肉混合比例低至0.5%时,仍能检测到鸭肉成分.结论 本研究构建了一个特异性强、灵敏度高、重复性好的多重PCR检测体系,可准确鉴别6种常见食用肉类食品中的动物源性成分,为我国常见食用肉类及肉制品的掺假鉴定提供了一种简单、实用的检测技术.
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编辑人员丨6天前
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Tis108对天麻GA含量及其失活关键酶GeCYP714A1基因表达的影响
编辑人员丨6天前
为探究独脚金内酯抑制剂Tis108对天麻生长的影响,该研究采用10 μmol·L-1的Tis108溶液处理白麻块茎,对块茎的内源激素赤霉素(GA)含量进行测定,通过RT-PCR技术克隆GA失活关键酶GeCYP714A1基因,借助ExPASy、SWISS-MODEL、MEGA 等软件对该基因进行生物信息学分析,并测定其在天麻不同组织部位的表达水平.结果显示,Tis108处理后天麻块茎的GA含量显著升高,GA失活关键酶GeCYP714A1的转录水平显著降低.GeCYP714A 1基因的编码区全长1 173 bp,编码390个氨基酸,蛋白的相对分子质量为44.85 kDa,理论等电点为9.83,不稳定系数为49.20,脂肪系数为89.03,总平均亲水指数平均值为-0.235,属于碱性亲水性不稳定蛋白;且GeCYP714A1蛋白定位于线粒体,无信号肽,不具有跨膜结构.系统进化树分析显示,GeCYP714A1与铁皮石斛DcCYP714C2(PKU78454.1)蛋白亲缘关系最近,序列一致性达67.25%.利用qRT-PCR技术分析天麻GeCYP714A1基因的表达模式,结果显示在天麻块茎中GeCYP714A1转录水平最高,其次是茎和花序.该研究表明Tis108可抑制天麻块茎中GA失活酶GeCYP714A1的转录水平,提高GA的积累量,影响天麻块茎生长,为进一步揭示独脚金内酯调控天麻GA信号和块茎发育奠定基础.
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编辑人员丨6天前
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基于3D-ASL、DKI序列探讨脑小血管病脑白质高信号及其半暗带与认知障碍的相关性研究
编辑人员丨6天前
目的 探讨不同亚型脑白质高信号(white matter hyperintensity,WMH)及脑白质高信号半暗带(white matter hyperintensity penumbra,WMH-P)内血流灌注、微结构损伤与认知障碍的关系.方法 前瞻性连续纳入2021年5月—2023年3月就诊于唐山市工人医院,WMH为改良Fazekas分级Ⅰ~Ⅱ级的脑小血管病(cerebral small vessel disease,CSVD)患者,进行包括三维动脉自旋标记(three-dimensional arterial spin labeling,3D-ASL)、弥散峰度成像(diffusion kurtosis imaging,DKI)序列在内的3.0 T MRI扫描.分析患者深部脑白质高信号(deep white matter hyperintensity,DWMH)感兴趣区(region of interest,ROI)(界定为ROI1)及其WMH-P感兴趣区(内层为ROI1-1,外层为ROI1-2),脑室旁脑白质高信号(periventricular white matter hyperintensity,PVWMH)感兴趣区(界定为ROI2)及其WMH-P感兴趣区(内层为ROI2-1,外层为ROI2-2)内血流灌注指标—脑血流量(cerebral blood flow,CBF),以及反映微结构改变的指标——轴向扩散系数(axial diffusivity,AD)、平均扩散系数(mean diffusivity,MD)、径向扩散系数(radial diffusivity,RD)、轴向峰度(axial kurtosis,AK)、平均峰度(mean kurtosis,MK)、径向峰度(radial kurtosis,RK)、各向异性分数(fraction anisotropy,FA).评估患者的认知功能,用Spearman相关分析计算不同亚型WMH(DWMH和PVWMH)及其WMH-P内上述反映血流灌注和微结构改变的指标与认知障碍严重程度的相关性.结果 共纳入61例CSVD患者,平均年龄(61±1)岁.DWMH(ROI1)内RD值(r=0.296)与认知障碍严重程度呈正相关,MK值(r=-0.287)、RK值(r=-0.315)与认知障碍严重程度呈负相关;其WMH-P内AD值(ROI1-1:r=0.274;ROI1-2:r=0.261)、MD值(ROI1-1:r=0.370;ROI1-2:r=0.387)、RD值(ROI1-1:r=0.411;ROI1-2:r=0.430)与认知障碍严重程度呈正相关,AK值(ROI1-1:r=-0.270;ROI1-2:r=-0.297)、MK值(ROI1-1:r=-0.367;ROI1-2:r=-0.325)、RK值(ROI1-1:r=-0.379;ROI1-2:r=-0.309)、FA值(ROI1-1:r=-0.286;ROI1-2:r=-0.256)与认知障碍严重程度呈负相关.PVWMH(ROI2)内MK值(r=0.354)、RK值(r=0.293)与认知障碍严重程度呈正相关;其WMH-P内各微结构改变的指标与认知障碍严重程度的相关性均无统计学意义.WMH及WMH-P内CBF值与认知障碍严重程度的相关性均无统计学意义.结论 CSVD患者DWMH及其WMH-P、PVWMH内微结构损伤与认知障碍存在弱相关性,但PVWMH周围WMH-P内的微结构与认知障碍无相关性;WMH及WMH-P内血流灌注与认知障碍无相关性.
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编辑人员丨6天前
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黄河宁夏段黄河鮈群体的遗传多样性与系统发育分析
编辑人员丨6天前
为科学评估黄河鮈(Gobio huanghensis)种质资源状况,进一步加强其种质资源保护工作,本研究在连续3年开展黄河宁夏段资源调查的基础上,同期定点采集青铜峡坝上南长滩村、余丁乡和坝下梅家湾村、月牙湖乡、红崖子乡等5个不同地理群体样本,基于线粒体cox1基因序列及生物信息学分析探讨其遗传多样性和系统发育关系.研究结果表明,在长度为1 428 bp的cox1基因序列区域共检测到162个多态位点,界定了26个单倍型;5个群体中除南长滩群体具有"低Hd低Pi"(Hd:0.468;Pi:0.000 62)特点外,其余群体均呈现出"高Hd 高Pi"(Hd:0.721~0.840;Pi:0.009 18~0.035 88)的分布特点,且青铜峡坝上与坝下群体间具有显著的遗传分化(P<0.05),尤其南长滩、余丁乡2个群体与月牙湖群体达到了种群分化水平;系统发育分析显示黄河鮈与蛇鮈(Saurogobio dabryi)亲缘关系最近.综上所述,结合历年资源调查结果推测,黄河鮈因青铜峡大坝形成了明显的种群地理阻隔,因此建议将黄河鮈划分为青铜峡坝上与坝下2个地理种群,在加强原地保护的基础上,通过人工繁育、增殖放流等人工干预措施,促进坝上、坝下种质资源基因交流,以有效恢复和保护黄河鮈这一珍贵种质资源.
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编辑人员丨6天前
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磁共振集合序列与T2mapping序列在慢性冈上肌腱炎定量评估中的价值研究
编辑人员丨6天前
目的探讨磁共振集合序列(magnetic resonance image compilation,MAGiC)与T2mapping序列在慢性冈上肌腱炎中的诊断价值,并比较两者在冈上肌腱扫描中的图像质量,以及两序列的T2值在冈上肌腱不同亚区的相关性.材料与方法回顾性收集2022年10月至2024年1月本院慢性冈上肌腱炎的患者30例(肌腱炎组)及健康体检者26例(对照组),均进行了常规MRI、T2mapping序列和MAGiC序列扫描.由两名放射科医生根据冈上肌腱走行将其分为外侧、中间、内侧亚区,并在MAGiC序列及T2mapping序列上测量不同亚区定量值.对比T2mapping序列第一回波图像与MAGiC T2WI的图像质量,并测量信号噪声比(signal to noise ratio,SNR)、对比噪声比(contrast to noise ratio,CNR).采用Mann-Whitney U检验分析肌腱炎组与对照组在不同亚区各定量参数的差异以及两序列的图像质量.绘制受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线并计算曲线下面积(area under the curve,AUC),评价其对慢性冈上肌腱炎的诊断效能.对T2mapping序列与MAGiC序列测得的不同亚区T2值采用Pearson相关分析评价相关性.结果MAGiC序列重建图像MAGiC T2WI与T2mapping序列第一回波图像质量主观评分差异无统计学意义(Z=?1.535,P>0.05);MAGiC T2WI图像的CNR高于T2mapping序列第一回波图像[15.45(12.76,20.46)vs.9.94(8.74,12.23)],差异有统计学意义(Z=?2.473,P<0.001),而MAGiC T2WI图像的SNR低于T2mapping序列第一回波图像[2.49(2.16,2.71)vs.5.82(5.16,7.44)],差异有统计学意义(Z=?0.609,P<0.001);MAGiC序列与T2mapping序列的T2值在肌腱炎组外侧亚区、内侧亚区均高于对照组,差异有统计学意义(P<0.05);MAGiC序列的T1值在肌腱炎组外侧亚区高于对照组,差异有统计学意义(P<0.05).外侧亚区T2mapping T2值、MAGiC T1、T2值诊断冈上肌腱炎的AUC分别为0.822、0.663、0.799;内侧亚区T2mapping T2值、MAGiC T2值诊断冈上肌腱炎的AUC分别为0.711、0.762.MAGiC序列T2值与T2mapping T2值在冈上肌腱外侧亚区、中间亚区、内侧亚区呈正相关(相关系数分别为0.736、0.437、0.464).结论MAGiC定量图谱的T1、T2值与T2mapping T2值能够有效评估冈上肌腱内部成分的异质性,反映慢性冈上肌腱炎与正常肌腱内部成分的差异及肌腱自身的区域性差异,可为临床对冈上肌腱变性提供量化的客观依据.
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编辑人员丨6天前
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高表达H2型人类组织血型抗原HEK-293T细胞系的构建及其应用
编辑人员丨6天前
目的 通过在人胚肾-293T(human embryo kidney-293T,HEK-293T)细胞中过表达岩藻糖转移酶 2(fucosyl-transferases 2,FUT2)基因,进而催化诺如病毒受体人类组织血型抗原(histo-blood group antigen,HBGA)的形成,构建介导诺如病毒和受体发生相互作用的细胞系.方法 构建FUT2 慢病毒质粒,采用Lipofectamine 2000 将FUT2慢病毒质粒及pMD.2G和psPAX2 包装质粒共转染HEK-293T细胞,收获慢病毒颗粒.慢病毒颗粒感染对数生长期的HEK-293T细胞,嘌呤霉素加压筛选获得HEK-293T/FUT2 细胞系.PCR鉴定FUT2 基因是否整合到基因组中,RT-qPCR检测HEK-293T/FUT2 细胞FUT2 mRNA转录水平,流式细胞术分析HEK-293T/FUT2 细胞HBGAs的表达,间接免疫荧光法分析HEK-293T/FUT2 细胞与诺如病毒病毒样颗粒(virus-like particle,VLP)的结合活性.结果 成功构建了序列正确的慢病毒质粒PLVX-IRES-Puro-FUT2,并获得了慢病毒颗粒.慢病毒颗粒感染HEK-293T细胞后,通过嘌呤霉素加压筛选获得了HEK-293T/FUT2 细胞系,PCR验证显示,FUT2 基因成功整合到HEK-293T细胞基因组中.HEK-293T/FUT2 细胞FUT2 mRNA水平提高了 330 倍.99.9%的HEK-293T/FUT2 细胞表达H2 型人类组织血型抗原.GI.1 重组诺如病毒VLP可以与HEK-293T/FUT2 细胞产生很好的结合反应,EC50为 2.007 μg/mL.结论 建立了H2 型人类组织血型抗原稳定高表达的HEK-293T细胞系,并基于该细胞系初步建立了GI.1 型重组诺如病毒VLP结合活性评价方法.
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编辑人员丨6天前
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不结球白菜BcCHC1蛋白参与调控TuMV侵染的初步研究
编辑人员丨6天前
[目的]为增强不结球白菜对芜菁花叶病素养(TuMV)的抗性,研究探讨了不结球白菜中BcCHC1蛋白与TuMV之间的相互作用机制.[方法]首先从不结球白菜中鉴定出重链网格蛋白(CHC)基因家族的成员BcCHCs,随后克隆了 1个代表性的CHC1基因,并对其进行了亚细胞定位分析.通过双分子荧光互补实验(BiFC)筛选出与BcCHC1蛋白相互作用的TuMV蛋白,并利用病毒诱导的基因沉默技术(VIGS)来沉默BcCHC1基因,以评估其功能.[结果](1)成功克隆了不结球白菜的BcCHC1基因,该基因的编码序列长5 124碱基对,编码1 708个氨基酸.(2)在TuMV感染不结球白菜30 d后,实时荧光定量PCR分析显示,感染TuMV的不结球白菜中BcCHC1基因的表达量显著降低.(3)亚细胞定位研究表明,BcCHC1蛋白主要定位于烟草表皮细胞的细胞膜和细胞核.(4)BiFC实验进一步证实,BcCHC1蛋白能够与TuMV的CI和6K2蛋白发生相互作用,其中与CI的互作主要发生在细胞核内,而与6K2的互作则主要位于细胞膜.(5)通过对BcCHC1基因沉默株系的观察发现,沉默Bc-CHC1基因会导致植株死亡.[结论]BcCHC1蛋白通过与TuMV的CI和6K2蛋白相互作用,影响网格蛋白依赖的内吞作用途径及病毒复制,从而调控TuMV对不结球白菜的侵染.然而,BcCHC1基因调控TuMV侵染不结球白菜的具体机制仍需进一步研究.
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编辑人员丨6天前
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肝病患者合并隐球菌感染的临床和菌株特征分析
编辑人员丨6天前
目的 分析肝病患者合并隐球菌感染的临床和菌株特征,为该类患者的诊治和预防提供依据.方法 分析2013年至2023年就诊于我院的肝病合并隐球菌感染患者的病例信息,对从患者分离出的隐球菌菌株通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法进行鉴定并用ITS测序法进行确认,采用多位点序列分型(multi-locus sequence typing,MLST)法对菌株进行分型分析,使用FUNGUS3对菌株进行抗真菌药物敏感性试验.结果 6例肝病合并隐球菌感染的患者中,男性3例,女性3例;年龄48~71岁,平均年龄61.0±8.0岁;肝癌、肝衰竭和肝硬化失代偿期患者各2例;除1例为皮肤软组织感染外,其余为血流、胸腹水、脑脊液和尿液感染.6例患者合并感染的隐球菌均为新型隐球菌格鲁比变种(Cryptococcus neoformans var.grubii),MLST分型均为ST5型.抗真菌药敏实验结果显示6株菌对抗隐球菌一线药物两性霉素B和5-氟胞嘧啶的敏感性为100%,对氟康唑的敏感性为33.3%,中介率为66.7%;6株菌除1株对伊曲康唑为非野生型(non-wild type,NWT)外,其余均为野生型(wild type,WT)菌株,6例患者隐球菌感染后均死亡.结论 合并隐球菌感染的肝病患者多为免疫功能严重受损的肝病晚期中老年患者,其感染的隐球菌以新型隐球菌格鲁比变种ST5型为主,对常用抗隐球菌一线药物氟康唑的敏感性较低,单用氟康唑治疗效果差.此类患者合并侵袭性隐球菌感染的情况需引起临床医生重视,对此类患者可进行常规隐球菌感染的筛查,以便及早诊治隐球相关感染.
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编辑人员丨6天前