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糖组学技术及其在疾病标志物挖掘中的应用
编辑人员丨5天前
蛋白质糖基化修饰的变化与癌症和其他疾病密切相关,也成为挖掘肿瘤等疾病诊疗标志物的有效手段。定量技术的精准是揭示糖组奥秘的关键前提,糖链疾病标志物的筛选和验证离不开对临床大样本的研究,因此糖组学研究和应用技术应简便、快速、高通量、准确和实用。本文对一些常用糖组分析技术特点及其在糖链标志物中的应用研究进行了简要论述,重点阐述了基于基质辅助激光解吸离子化飞行时间质谱的高通量精准糖组定量方法的特点、进展和应用。
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编辑人员丨5天前
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不同正畸矫治阶段的唾液多肽组学分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨不同正畸矫治阶段唾液多肽组学的差异。方法:纵向观察不同矫治阶段(初戴矫治器2个月、矫治18个月)的正畸患者共30例,在两个时间点分别收集其总唾液,利用基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionisation time-of-flight mass spectrometry, MALDI-TOF MS)结合弱阳离子磁珠进行检测分析,并利用数据库和软件进行蛋白预测。结果:MALDI-TOF质谱分析结果平均检测到了130个有意义的多肽谱峰,两组比较结果显示不同矫治阶段患者的唾液多肽组分存在明显差异,统计分析发现两组共有7个多肽峰其峰值的差异具有统计学意义,其中有5个谱峰在18个月组的峰值强度高于2个月组,另外2个谱峰在18个月组的峰值强度低于2个月组;此外本研究预测2022.1Da为C3补体,2863Da为载脂蛋白A1。结论:本研究提示正畸矫治及牙齿移动的过程中唾液多肽组分存在着变化和差异,相关生物学标记物可能发挥重要作用,可能与正畸过程中的机械力作用产生的牙槽骨改建、牙根吸收等有关,提出了基于唾液检测的精准医疗探索正畸矫治及牙齿移动相关的生物标记物的新思路。
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编辑人员丨5天前
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基于基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术无需抗体富集直接检测血清M蛋白方法的建立
编辑人员丨5天前
目的:基于基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术(MALDI-TOF MS)技术建立一种无需抗体富集直接检测血清M蛋白的方法,并评估其检测效能。方法:方法学建立。收集在首都医科大学附属北京朝阳医院申请M蛋白鉴定检测的患者检验后剩余血清标本712份。用TCEP还原剂处理IgG、IgA纯品获得免疫球蛋白轻链,初步确定检测方法。收集20名健康体检人群检验后剩余血清标本,确定κ和λ轻链离子峰质荷比范围。设置8个平行管和8个批次进行批内和批间重复性评价;选取23例M蛋白阳性标本进行10倍、100倍和200倍稀释,采用所建MALDI-TOF MS方法检测M蛋白,评价灵敏度;采用IFE、SPE和MALDI-TOF MS 3种方法同时检测M蛋白,计算MALDI-TOF MS方法与IFE和SPE的符合率。结果:批内和批间重复性均为100%;对23份M蛋白阳性标本的原倍、10倍、100倍和200倍稀释标本进行测定,MALDI-TOF MS对M蛋白的检测限为0.06~0.18 g/L;在712份标本中,以IFE为金标准,SPE与MALDI-TOF MS总的符合率分别为85.9%和92.3%,SPE与MALDI-TOF MS的阳性符合率分别为72.8%和99.7%;在M蛋白的不同型别中,MALDI-TOF-MS在IgA、IgD、IgM、游离轻链型和双克隆组中对M蛋白的检出率为100%,而SPE对IgM、IgA和游离轻链型标本的检出率分别只有66.7%、58%和19.5%;IgG组有1份阳性标本MALDI-TOF MS未检出。对23份M蛋白阳性标本进行原倍、10倍、100倍和200倍稀释后,10倍稀释时MALDI-TOF MS的检出率为100%,IFE为96%;100倍和200倍稀释时,IFE的检出率分别为MALDI-TOF MS的28%和23%。结论:本研究成功建立了血清M蛋白的MALDI-TOF MS检测方法,该法检测通量高、速度快,具有良好的灵敏度、特异性和符合率。
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编辑人员丨5天前
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基质辅助激光解吸离子飞行时间质谱联合磁珠技术筛选卵巢癌诊断相关血清多肽标志物
编辑人员丨5天前
目的:探寻与卵巢癌诊断相关的血清循环多肽标志物。方法:以2018年3月至2018年9月中国医学科学院肿瘤医院妇瘤科收治的原发卵巢上皮癌患者54例(卵巢癌组)、同期在中国医学科学院肿瘤医院体检中心进行体检的健康女性40例(健康对照组)为研究对象。采用随机数字表法,将例卵巢癌患者和健康对照者各按1∶1随机分为训练集和验证集。采用基质辅助激光解吸离子飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)联合磁珠技术检测血清多肽峰,在训练集中筛选卵巢癌组与健康对照组间的差异多肽峰(评分>5)。采用受试者工作特征(ROC)曲线分析,在训练集和验证集中,筛选曲线下面积(AUC)均≥0.8、诊断卵巢癌的灵敏度和特异度均>90%的差异多肽峰。采用液相色谱-质谱/质谱(LC-MS/MS)技术鉴定差异多肽峰的成分。结果:在质荷比1 000~10 000范围内,卵巢癌组和健康对照组之间有102个差异多肽峰。ROC曲线分析显示,在训练集和验证集中,AUC均≥0.8的差异多肽峰有42个,其中19个在卵巢癌组血清中高表达,23个低表达;诊断卵巢癌灵敏度与特异度均≥90%的卵巢癌血清高表达差异多肽峰有15个,质荷比分别为7 744.27、5 913.41、5 329.87、4 634.21、4 202.02、3 879.26、3 273.35、3 253.79、3 234.34、2 950.33、2 664.51、2 018.38、1 893.37、1 498.69和1 287.55;诊断卵巢癌灵敏度与特异度均≥90%的卵巢癌血清低表达差异多肽峰有15个,质荷比分别为9 288.46、7 759.77、5 925.24、4 652.77、4 210.42、3 887.02、3 279.90、3 240.82、2 962.15、2 932.70、2 022.42、1 897.16、1 501.69、1 337.38和1 290.13。在卵巢癌患者血清低表达的15个差异多肽峰中未鉴定出多肽峰的蛋白成分,在卵巢癌患者血清高表达的15个差异多肽峰中鉴定出2个多肽峰的蛋白成分,质荷比为1 498.70者是丝甘蛋白聚糖(SRGN),质荷比为5 913.42者是纤维蛋白原α链(FGA),二者在全部研究对象中诊断卵巢癌的灵敏度均为100%,特异度分别为90.9%和100%。结论:SRGN和FGA在卵巢癌患者血清中高表达,可能是潜在的卵巢癌诊断标志物。
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编辑人员丨5天前
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基于基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术建立结直肠癌诊断模型及初步验证
编辑人员丨2024/4/27
目的 基于基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)技术建立结直肠癌(CRC)诊断模型,寻找CRC潜在的血清学标志物.方法 收集自 2018 年 12 月至 2020 年 12 月于联勤保障部队 960 医院就诊的 114 例CRC初诊患者(CRC组)和进行体检的60 例健康体检者(健康组)的血清标本,按照3∶1 的比例随机分为训练组131 例(CRC患者87 例,健康者44 例)与验证组43 例(CRC患者27 例,健康者16 例),分别用于模型的建立和初步验证.应用弱阳离子交换磁珠(MB-WCX)进行血清中低丰度蛋白提取纯化,经MALDI-TOF MS筛选CRC组和健康组中差异蛋白峰;基于3 种算法(遗传算法、监督神经网络算法和快速分类算法)建立诊断模型,选取差异最显著的两个蛋白峰做聚类分析,将验证组数据带入诊断模型验证其敏感性、特异性及诊断效率.结果 CRC组与健康组蛋白指纹图谱存在明显差异,共筛选出9 个有统计学意义的差异蛋白峰(曲线下面积>0.70),在CRC组表达上调7 个,下调2 个;其中,m/z 4645.32 和m/z 5906.48 差异最显著(P<0.01),曲线下面积分别为0.91、0.76;m/z 4645.32 在CRC组表达显著下调,m/z 5906.48 表达上调.比较发现监督神经网络模型诊断效能最佳,其敏感性为92.60%、特异性为81.25%、准确性为88.37%.结论 本研究建立的CRC诊断模型具有较好的诊断效能,其中,蛋白峰m/z 4645.32 和m/z 5906.48 有望成为CRC潜在的血清学标志物.
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编辑人员丨2024/4/27
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沙门菌药敏结果与质谱离子峰的关系分析
编辑人员丨2024/1/20
目的 探讨沙门菌药敏结果与质谱离子峰的关系.方法 选取2017-2020年成都市疾病预防控制中心实验室收集的19株沙门菌为研究对象.对菌株进行血清学分型和药敏试验,采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱检测沙门菌的蛋白质指纹图谱,比较药敏试验和质谱检测在血清学分型和耐药型别鉴定上的关系.结果 19株沙门菌对β-内酰胺类普遍耐药,除头孢吡肟、头孢替坦和厄他培南3种抗菌药物外,其余抗菌药物耐药率均在50.00%以上;对非β-内酰胺类抗菌药物普遍敏感,敏感率均较高.基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱结果显示,3 128、3 158、5 144、6 094、64 84 m/z可能作为对亚胺培南耐药的沙门菌特异性蛋白峰;5 772 m/z可能作为对妥布霉素耐药的沙门菌特异性蛋白峰;3 046m/z可能作为对左氧氟沙星耐药的沙门菌特异性蛋白峰;4 165 m/z可能作为对头孢吡肟耐药的沙门菌特异性蛋白峰;10 957 m/z可能作为对亚胺培南、头孢唑啉、头孢他啶耐药的沙门菌所共有的特征峰;5 710 m/z可能作为对妥布霉素、头孢替坦耐药的沙门菌所共有的特征峰;4 165 m/z可能作为对亚胺培南、左氧氟沙星耐药的沙门菌所共有的特征峰.结论 该研究对沙门菌检测的指纹图谱结果耐药谱进行初步探索,可及时为临床用药提供参考依据.
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编辑人员丨2024/1/20
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应用飞行时间质谱分析卵巢癌相关肿瘤标记物
编辑人员丨2023/8/6
目的:利用纳米磁珠与基质辅助激光解吸离子飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)技术检测卵巢癌患者血清蛋白,建立血清诊断模型及筛选潜在的肿瘤标志物.方法:正常对照组8例,良性肿瘤22例,交界性肿瘤16例,卵巢恶性肿瘤16例,用弱阳离子交换型(WCX)纳米磁珠检测各血清标本获得血清蛋白指纹图谱,用Biomarker Wizard软件分析所获得的蛋白图谱找出差异蛋白.同时与CA125的敏感度和特异度做比较.结果:m/z为4508.71可以区别正常人群与交界性卵巢肿物,其敏感度为100%,特异度为62.5%,同时也能将卵巢交界性肿瘤与良性肿瘤区分出来,其敏感度和特异度分别为83.3%、72.8%.另外m/z为2665.32能将卵巢交界性肿瘤和恶性肿瘤区别开来,其敏感度和特异度分别为100%和50.0%,进一步与常见的肿瘤标志物CA125(敏感度为76%)相比较,其鉴别交界性卵巢肿物方面敏感度更高(与正常对照组比较敏感度为100%,与良性肿瘤组比较为83.3%).结论:MALDI-TOF-MS技术不仅能够建立诊断模型,还能够筛选出对鉴别卵巢肿物有意义的血清标志差异蛋白.
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编辑人员丨2023/8/6
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内质网氨肽酶2基因rs2549782多态性与妊娠期高血压发病的相关性
编辑人员丨2023/8/6
目的:探讨内质网氨肽酶2(ERAP2)基因rs2549782多态性与淮安地区汉族女性妊娠期高血压发病的关系.方法:应用病例对照研究,收集2013年6月—2016年4月江苏省淮安市妇幼保健院确诊的汉族妊娠期高血压疾病患者100例为研究对象(病例组),同期住院分娩正常孕妇310例为对照(对照组),应用MassARRAY-IPLEX技术和基质辅助激光解吸离子飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)对ERAP2基因rs2549782位点进行基因分型.结果:2组中rs2549782位点等位基因分布差异无统计学意义(P=0.089),而基因型分布差异有统计学意义(P=0.045).经校正混杂因素后,Logistic回归分析提示G等位基因(OR=1.64,95%CI:1.09~2.47)以及GT基因型(OR=2.23,95%CI:1.01~4.07)和GG基因型(OR=2.96,95%CI:1.20~7.31)为妊娠期高血压发生的危险因素.结论:ERAP2基因rs2549782位点单核苷酸多态性与淮安汉族妊娠期高血压疾病的发生具有相关性,G等位基因、GT和GG基因型均为妊娠期高血压的危险因素.
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编辑人员丨2023/8/6
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应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱研究白色念珠菌血流感染的血清多肽指纹图谱
编辑人员丨2023/8/6
目的 应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)分析白色念珠菌所致血流感染的血清多肽指纹图谱,寻找差异多肽峰并建立相应的诊断模型.方法 建立ICR小鼠白色念珠菌血流感染模型,收集血清标本,经弱阳离子磁珠纯化,MALDI-TOF MS检测及BioExplorer软件分析白色念珠菌感染与正常对照组的血清多肽指纹图谱,同时分析大肠埃希菌感染组、金黄色葡萄球菌感染组和白色念珠菌感染组的血清多肽指纹图谱.结果 比较白色念珠菌感染组和正常对照组共得到135个多肽峰,其中表达上调的多肽有5个,表达下调的多肽有6个,表达呈先上调后下调的多肽有7个,组合m/z 1610.9、1742.3、2666.4、2778.0、3345.1、4528.8这6个峰建立诊断模型,该模型区分白色念珠菌感染的正确率为80.0%.综合比较大肠埃希菌感染组、金葡菌感染组和白色念珠菌感染组的血清多肽指纹图谱发现,有5个多肽峰在感染组中共同出现,分别为m/z 1513.8、2910.8、3538.1、3884.9和5007.3.结论 利用MALDI-TOFMS可有效区分白色念珠菌感染和正常血清的多肽峰,同时感染中共同出现的多肽峰有望成为辅助诊断血流感染的标志物,通过建立相应的诊断模型能早期辅助诊断真菌性血流感染,为临床合理用药及标志物寻找提供依据.
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编辑人员丨2023/8/6
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类KQT亚科-钾离子电压门控通道成员1基因多态性与赣州市居民2型糖尿病的相关性
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨类KQT亚科-钾离子电压门控通道成员1(KCNQ1)基因单核苷酸多态性与赣州市居民2型糖尿病(T2DM)发病的关系.方法 采用巢式病例对照研究方法,选择新发T2DM患者521例(T2DM组)、糖调节正常(NGT)者521例(NGT组).应用多重PCR技术、MassARRAY iPLEX单碱基延伸技术和基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱(MALDI-TOF)技术,对KCNQ1基因rs2237892、rs151290位点进行基因分型,比较rs2237892、rs151290位点基因型和等位基因在2组中的差异.结果 rs2237892位点存在CC、CT、TT 3种基因型,其在T2DM组的分布频率分别为49.41%、43.48%、7.11%,NGT组的分布频率分别为43.26%、46.48%、10.26%,CC基因型在2组之间的频率分布差异有统计学意义(χ2=4.502,P=0.034),OR(95%CI)值为1.647(1.036~2.620);等位基因C、T在T2DM组的分布频率分别为71.15%、28.85%,NGT组分别为66.50%、33.50%,等位基因C在2组之间的频率分布差异有统计学意义(χ2=5.049,P=0.025),OR(95%CI)值为1.242(1.028~1.501).rs151290位点存在CC、CA、AA 3种基因型,其在T2DM组的分布频率分别为39.09%、49.01%、11.90%,NGT组分别为36.57%、47.27%、16.16%,2组之间各基因型分布频率比较差异均无统计学意义(P>0.05);其等位基因C、A的分布频率在2组之间比较差异亦无统计学意义(P>0.05).结论 KCNQ1基因rs2237892位点多态性与赣州市居民T2DM的发病相关,而rs151290位点多态性可能与赣州市居民T2DM的发病无关.
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编辑人员丨2023/8/6
