目的:了解2008年至2017年河南省睢县5岁以下腹泻患儿粪便标本中志贺菌的血清型分布和耐药情况。方法:采集2008年至2017年河南省睢县豆付元卫生室的4 721份5岁以下腹泻患儿粪便标本，细菌培养分离出志贺菌株。采用玻片凝集试验进行血清学分型。按比例选取271株志贺菌株，采用多重梯度聚合酶链反应检测毒力基因，Kirby-Bauer琼脂法进行药物敏感试验。采用趋势性卡方检验分析耐药性年度变化趋势。结果:4 721份粪便标本中志贺菌检出率为20.69%(977/4 721)。977株志贺菌共分为2群13种血清型，福氏志贺菌占77.79%(760/977)，宋内志贺菌占22.21%(217/977)，每年最常见的3种血清型呈交替变化。271株志贺菌中，福氏志贺菌优势基因携带模式为志贺菌肠毒素( Shigella enterotoxin, shET) -1＋、 shET-2＋、侵袭性质粒H抗原(invasion plasmid antigen H， ipaH)＋、侵袭相关毒力基因(invasion-associated locus, ial)＋，占84.04%(179/213)；宋内志贺菌为 shET-1－、 shET-2＋、 ipaH＋、 ial＋，占46.55%(27/58)。志贺菌对氨苄西林、萘啶酸、四环素的耐药率均>90%，对头孢吡肟和头孢他啶较敏感；对头孢噻肟、头孢吡肟、环丙沙星、氯霉素和复方磺胺甲 唑的耐药率逐年上升，差异有统计学意义( χ2＝24.027、7.232、6.039、4.764、6.809，均 P<0.05)。98.52%(267/271)的菌株对3种以上抗菌药物耐药，福氏志贺菌对环丙沙星、诺氟沙星、氯霉素的耐药率均高于宋内志贺菌；对庆大霉素和复方磺胺甲 唑的耐药率均低于宋内志贺菌，差异均有统计学意义( χ2＝31.866、14.868、83.036、68.534、14.738，均 P<0.01)。 结论:2008年至2017年睢县5岁以下腹泻患儿志贺菌每年主要流行的血清型不断发生变化，不同血清分型的优势基因携带模式不同。大多数分离菌株产生了多重耐药，且不同血清型的志贺菌耐药谱不同。

目的:建立一种宏基因组二代测序（mNGS）DNA流程检测BALF标本的性能确认方法。方法:以Hela细胞代表宿主细胞，向无菌生理盐水中加入不同浓度Hela细胞、7种病原体（肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、肺炎克雷伯菌、白色念珠菌、新型隐球菌、烟曲霉和腺病毒）和干扰物质制备模拟BALF标本，同时收集临床BALF标本，以传统检测方法为参比方法，评价mNGS检测结果，确定mNGS的最低检出限、精密度、抗干扰能力、稳定性和准确度。结果:模拟标本中，肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、肺炎克雷伯菌、白色念珠菌、新型隐球菌、烟曲霉和腺病毒7种病原体的最低检出限分别为150、262、102、67、96、83 CFU/ml和439 拷贝/ml。模拟阳性标本中所有病原体重复检测结果符合率均为100%。抗干扰试验结果显示，人源核酸浓度越高，mNGS检出病原体序列数越少。以大肠埃希菌和宋内志贺菌评价mNGS对近源物种分辨能力，结果显示，当宋内志贺菌浓度为4 000 CFU/ml时，该系统能稳定分辨大肠埃希菌和宋内志贺菌。稳定性试验结果显示，标本进行1、2、3次冻融或在4 ℃、-20 ℃、-80 ℃放置36 h后病原体序列数无明显变化。与传统检测方法相比，17份临床标本的初步准确度为82.4%（14/17）。2021年10月25日至2022年9月14日同济医院同时进行mNGS和传统方法检测的临床BALF标本的持续评估结果显示，mNGS相对细菌培养、真菌培养、分枝杆菌培养、结核分枝杆菌培养和常规PCR技术的准确度分别为67.5%（472/699）、81.5%（570/699）、92.3%（335/363）、96.4%（350/363）和86.8%（132/152）。与常规PCR技术比较，mNGS检测耶氏肺孢子菌、腺病毒、肺炎支原体的准确度分别为89.4%（84/94）、93.3%（56/60）和87.1%（61/70）。结论:通过制备模拟BALF标本以及以传统检测方法为参比方法，可以初步评价mNGS检测BALF标本的性能特征。

目的:对淮南市发生的一起宋内志贺菌暴发疫情进行病原学溯源分析，并对菌株毒力基因和耐药谱进行检测。方法:采集2020年8月淮南市一起感染性腹泻暴发疫情相关水样、粪便，进行多重病原体核酸检测和分离培养，对分离的宋内志贺菌进行毒力基因PCR检测、微量肉汤法药敏检测、脉冲场电泳和全基因组测序溯源分析。结果:56份黏稀样粪便分离出38株宋内志贺菌（阳性率67.86%），血清型均为宋内志贺菌Ⅰ相；3份末梢水和井水革兰阴性菌（GN）增菌液荧光PCR检测志贺菌阳性；菌株毒力基因携带情况为侵袭性质粒抗原H（ ipaH）阳性（38份），侵袭性质粒抗原H（ ipaH）/侵袭相关基因（ ial）阳性（31份），侵袭性质粒抗原H（ ipaH）/侵袭相关基因（ ial）/肠毒素2基因（ sen）阳性（1份）；耐药谱显示14种抗生素中9种100.00%耐药，仅亚胺培南、氯霉素、头孢他啶、环丙沙星为有效药物；36株菌 XbaⅠ限制性酶切图谱带型完全一致，其中3株菌株基因组ST型分析均为ST152型；全基因组测序和分析验证了此次暴发由单一克隆群菌株引起，且揭示此次暴发分离株与数据库中3株中国菌株、1株韩国菌株聚集成一个大簇，而与其他国家的菌株距离较远。 结论:本起由水源污染单一宋内志贺菌克隆引起，分离株为低毒力株，呈多重耐药表型。

目的 了解云南省细菌性痢疾(简称菌痢)流行特征,为云南省菌痢防控提供依据.方法 从中国疾病预防控制信息系统中收集2014-2022年云南省报告的所有菌痢病例,运用Excel 2019软件作图分析人群特征,采用ArcGIS 10.3软件绘制疫情地区分布图,对各地区发病率与气候特征的相关性进行Spearman相关性检验,运用描述流行病学方法对2014-2022年云南省菌痢流行病学特征进行分析.结果 2014-2022年,云南省共计报告菌痢病例30 309例,年均发病率为7.03/10万.高发区域呈从西北部至东南部的带状分布,城区发病率为7.36/10万,以学生和儿童为主;郊区发病率为6.93/10万,以农民为主.人群分布中男女比例为0.99:1.00;以农民和散居儿童较多(72.33％);年龄以0～＜10岁最多(40.82％).发病高峰期为5-7月(37.61％).病原菌以福氏志贺菌、宋内志贺菌为主.结论 云南省菌痢以散发为主,应因地制宜、针对重点人群采取健康教育等综合措施,同时加强重点场所的管理,防止疫情暴发.

目的 分析北京市部分市售鲜切水果和现制果汁饮料微生群落结构和耐药基因分布特征.方法 采用宏基因组测序技术对食品中细菌群落进行注释,使用综合抗生素耐药性数据库(CARD)对注释到的耐药基因进行比对.结果 使用宏基因组测序注释到13 239个菌种,其中相对丰度高于0.10％的共有51个菌种,食源性致病菌有金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus,3.49％),屎肠球菌(Enterococcus faecium,0.35％),宋内志贺菌(Shigella sonnei,0.33％),单核细胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes,0.27％),粪肠球菌(Enterococcus faecalis,0.26％),艰难梭菌(Clostridioides difficile,0.12％),麦氏弧菌(Vibrio metschnikovii,0.12％)和肠道沙门菌(Salmonella enterica,0.11％).33 个样品中检测到属于38个抗生素类型的855个耐药基因.结论 本研究初步了解到市售鲜切水果和现制果汁饮料中微生物群落结构和耐药基因分布,为进一步开展食品污染物监测提供了依据.

目的 分析2015-2021年深圳市光明区感染性腹泻流行特征、病原构成及血清型分布,为感染性腹泻防控提供参考依据.方法 采集2015年1月-2021年12月深圳市光明区哨点监测医院腹泻住院和门诊病例的大便样本2 441份.利用沙门显色培养基、弧菌显色培养基和志贺菌显色培养基分离肠道致病菌359株,并进行生化鉴定及血清型分析.对细菌分离培养阴性且符合病毒性腹泻的样本采用实时荧光PCR法检测5种常见肠道病毒(轮状病毒、肠道腺病毒、星状病毒、札如病毒、诺如病毒).结果 共分离出病原菌359株,其中沙门菌285株、副溶血性弧菌66株、志贺菌8株,检出率分别为11.68％、2.70％、0.33％.共有797份样本开展病毒检测,检出阳性244份,其中诺如病毒127份、轮状病毒77份、肠道腺病毒20份、星状病毒9份、札如病毒4份、混合感染7份,检出率分别为15.93％、9.66％、2.51％、1.13％、0.50％、0.88％,不同病毒检出率差异有统计学意义(x2=328.60,P＜0.01).沙门菌、副溶血性弧菌均以夏季(6-8月)发病率最高,分别占41.40％(118/285)和57.58％(38/66);病毒性腹泻以冬季(12-2月)发病率最高,占34.01％(83/244);轮状病毒以冬季(12-2月)发病率最高,占66.23％(51/77).沙门菌血清型以鼠伤寒沙门菌、肠炎沙门菌为主,副溶血性弧菌血清型以O3:K6为主,志贺菌以宋内志贺菌Ⅰ相为主.结论2015-2021年深圳市光明区感染性腹泻以夏秋季多发,病原体主要以沙门菌、副溶血性弧菌、诺如病毒和轮状病毒为主.夏秋季是光明区预防感染性腹泻的重要阶段,有必要针对性采取干预措施.

目的 了解湖南地区2013-2016年宋内志贺菌暴发疫情分离株的耐药性特征及其分子流行病学关系. 方法 从湖南省2013-2016年宋内志贺疫情中分离到的菌株经生化和血清学鉴定后,对菌株进行药物敏感性试验;脉冲场凝胶电泳对菌株进行PFGE分型分析. 结果 通过生化和血清学实验共鉴定到40株宋内志贺菌,药敏试验中所有菌株对氨苄西林(AMP)和庆大霉素(CN)全部耐药,对复方新诺明(SMZ)和氨苄西林/舒巴坦(SAM)耐药率较高,耐药率分别为90.0％和82.5％,对哌拉西林/他唑巴坦(TZP)、头孢他啶(CAZ)、氨曲南(ATM)、厄他培南(ETP)、亚胺培南(IPM)、环丙沙星(CIP)、左氧氟沙星(LET)、呋喃妥因(F)全部敏感.对其余头孢类抗生素以及氨基糖苷类抗生素均有不同程度的耐药,PFGE结果显示40株菌株共分为7个带型,相似度达到了80.89％～ 100％,每起疫情都有其优势菌株,某些病人分离菌株与同期食物和井水中的分离菌株,PFGE带型一致,各疫情菌株之间,有一定程度的遗传相关性. 结论 2013-2016年宋内志贺菌对抗菌药物的耐药率有上升趋势,应引起重视.引起暴发流行的菌株与被宋内志贺菌污染的食物和水源高度相关,不同地区的疫情流行株之间有一定的亲缘关系,应加强分子分型的连续监测.

目的 对医院污水中分离到的病原菌进行耐药性分析及耐药基因检测,探讨环境中具有抗生素耐药性的微生物来源.方法 收集2016年1—12月从绍兴地区3家医院污水中分离到的耐热大肠菌群、沙门菌和志贺菌等肠道致病菌,检测耐热大肠菌群的耐药性,并与3家医院临床标本中分离到的大肠埃希菌耐药性进行对比分析,同时检测污水中耐热大肠埃希菌的超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)耐药基因.结果 污水中共分离到48株病原菌,包括32株大肠埃希菌、2株宋内志贺菌和1株亚利桑那沙门菌.大肠埃希菌对绝大多数抗生素具有较低的耐药率,与临床标本中分离到的大肠埃希菌相比,氨苄西林、氨曲南、阿莫西林/棒酸和头孢菌素的耐药率差异具有统计学意义(P<0.05).污水中共检测到11株ESBLs阳性菌株,其中有7株携带CTX-M9耐药基因,4株携带TEM耐药基因,携带CTX-M1和SHV各1株,有2株同时携带CTX-M9和TEM耐药基因,1株同时携带TEM和SHV耐药基因.结论 医院污水中存在着不同种类的肠道致病菌,可能导致环境中耐药微生物的污染,医院应加强污水处理质量,提高污水消毒合格率.

目的 了解新疆食源性疾病特定病原体监测中志贺菌血清型分布及耐药性.方法 以腹泻症状为主诉的就诊病例中分离到的102株志贺菌,进行生化鉴定和血清分型,药敏试验采用微量肉汤稀释法(MIC法).结果 102株志贺菌中,1岁～组感染最高,为45.10％,其次为5岁～组(占13.73％);福氏志贺菌87株,占85.29％,宋内志贺菌12株,占11.76％,痢疾志贺菌3株,占2.94％.血清型别中,F2a型血清型占比最高(40.20％),其次为F2b型(15.69％)、F1 b(9.80％).经15种抗生素药敏检测,志贺菌对头孢西丁、亚胺硫霉素、头孢他定敏感;对红霉素、氨苄西林、萘啶酸耐药,耐药率分别为97.06％、88.24％、79.41％.耐6类～9类抗生素的占比分别为31.37％、17.65％、19.61％、10.78％.结论 2013年-2016年由志贺菌引起的食源性疾病主要以低年龄组为主,F2a型为优势血清型.志贺菌多重耐药性较为严重,应加强食源性疾病病原菌耐药监测,为食源性疾病的治疗和防控耐药菌的传播提供依据.

目的 了解郑州市细菌性痢疾的流行情况及病原学特征,为制定防控措施和策略提供参考依据.方法 采用描述流行病学方法对2004—2016年郑州市细菌性痢疾监测数据及菌型检测结果进行分析.结果 2004—2016年郑州市共报告细菌性痢疾29284例,年均发病率为31.28/10万,总体呈下降趋势(χ2趋势=103.60,P<0.001).发病高峰为每年的5—10月,市区高于郊县,男性发病率高于女性,3岁以下幼儿是主要的发病人群,职业以散居儿童为主.2004—2016年共分离鉴定志贺菌387株,主要是福氏志贺菌(280株,72.35%),血清型以F2a为主;同时宋内志贺菌检出率呈上升趋势.结论 细菌性痢疾仍然是郑州市需要防控的重点传染病,应在流行季节加大对重点地区、重点人群的宣教力度,采取综合防控措施,进一步降低其发病水平.