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非酒精性脂肪性肝病患者血清外泌体miRNAs表达谱的初步分析和功能研究
编辑人员丨4天前
目的:鉴定非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)患者和健康对照组人血清外泌体微小RNAs(microRNAs)差异表达谱,探索miRNAs在NAFLD发病、诊断及治疗中的价值。方法:各取4例人口学特征、个人史相近的S2~3级NAFLD患者和健康对照者进行血清外泌体miRNAs高通量测序,对差异表达最显著的4条miRNAs按S1组、S2~3组、对照(Control)组每组各20例行qRT-PCR验证,并进行靶基因预测,对靶基因进行GO和KEGG富集分析。正态分布的计量资料使用 t检验或方差分析,等级资料和非正态分布资料使用秩和检验,计数资料使用Pearson χ2检验或Fisher精确检验。 结果:初步鉴定出差异有统计学意义( P < 0.05)且差异表达在2倍以上的血清外泌体miRNAs共19条,hsa-miR-122-5p、hsa-miR-146b-5p、hsa-miR-197-3P的相对表达关系为:S2~3组>S1组>Control组,hsa-miR-483-3p的相对表达关系为:NAFLD组(S1或S2~3)>Control组。GO分析显示靶基因在分子功能、细胞组分、生物过程均有广泛的注释,靶基因显著富集的通路共84条,从20条与NAFLD最密切的通路中筛选出与至少10条通路都相关的靶基因共5个,即PIK3R2、AKT2、AKT3、MAPK1、NFKB1。 结论:初步分析了NAFLD患者和健康对照组血清外泌体miRNAs差异表达谱,研究了4条miRNAs对于判断肝脂肪变性程度的价值,预测了数以千计的靶基因及其参与的复杂信号通路,为寻找无创诊断NAFLD的生物标志物和特异性治疗的新靶点提供了新的参考。
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编辑人员丨4天前
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胰腺癌细胞源性细胞外囊泡的基础研究
编辑人员丨4天前
目的:分离胰腺癌细胞(PANC-1)和人胰腺导管上皮细胞(HPDE6-C7)细胞培养上清液中的细胞外囊泡,分别比较微小RNA(miRNA,miR)-483-5p在两种细胞及其所分泌的细胞外囊泡中的差异性表达。方法:超速离心法制备去除胎牛血清源性囊泡的完全培养基,细胞计数试剂盒(CCK-8)检测超速离心前(对照组)与超速离心后(实验组)的完全培养基对细胞增殖作用的差异;用去除血清囊泡的完全培养基培养细胞,超速离心方法提取细胞外囊泡,用二喹啉甲酸(BCA)蛋白浓度测定试剂盒和纳米颗粒跟踪分析(NTA)检测细胞外囊泡(EVs)的浓度;用透射电镜、NTA、蛋白质印迹法(Western blot)鉴定其是否符合细胞外囊泡特征。定量即时聚合酶链反应(qPCR)检测miR-483-5p在两组细胞及其分泌的细胞外囊泡中的表达。CCK-8增殖实验和qPCR实验的结果采用 t检验分析。 结果:CCK-8增殖实验结果显示48 h和72 h后,HPDE6-C7的实验组与对照组之间差异无统计学意义(0.674±0.036比0.671±0.016, t=0.315, P48 h>0.05;0.890±0.027比0.925±0.099, t=0.581, P72 h>0.05);PANC-1的实验组与对照组之间差异无统计学意义(0.759±0.004比0.761±0.016, t=0.249, P48 h>0.05;1.114±0.025比1.145±0.014, t=1.898, P72 h>0.05);透射电镜:细胞外囊泡呈"茶杯托盘"状、NTA结果:98%PANC-1源性细胞外囊泡的直径为130.0 nm、98%HPDE6-C7源性细胞外囊泡的直径为129.7 nm;Western blot实验显示:细胞外囊泡表现为CD63、TSG101阳性,而GM130为阴性;蛋白浓度测定试剂盒和NTA分析测得PANC-1和HPDE6-C7源性的细胞外囊泡浓度分别为:1.5 g/L、1.510 11颗粒/毫升和1.3 g/L、1.610 11颗粒/毫升;与HPDE6-C7比较,PANC-1中miR-483-5p的表达显著增加(2.820±0.180比1.000±0.006, t=-17.539, P<0.01);与HPDE6-C7源性细胞外囊泡比较,PANC-1源性细胞外囊泡中miR-483-5p的表达显著增加(3.503±0.265比1.002±0.084, t=-15.582, P<0.01)。 结论:超速离心法去除胎牛血清源性囊泡的完全培养基不影响细胞的正常增殖;鉴定结果显示所分离的沉淀符合细胞外囊泡的特征;根据NTA的结果可以判断其应归类于小细胞外囊泡;qPCR结果表明,miR-483-5p在PANC-1和其分泌的细胞外囊泡中均为高表达。
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编辑人员丨4天前
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长链非编码RNA SCAMP1-AS1通过靶向调控微小RNA-483-5p对食管癌细胞增殖和迁移的影响
编辑人员丨4天前
目的:观察长链非编码RNA(lncRNA)SCAMP1-AS1在食管癌组织中的表达,探讨SCAMP1-AS1对食管癌细胞增殖和迁移的影响及可能的分子机制。方法:采用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测鄂东医疗集团黄石市中心医院2017年3月至2020年8月手术切除的37例食管癌组织及癌旁组织、4种食管癌细胞(EC9706、TE-13、KYSE30、Eca109)及正常食管上皮细胞HET-1A中SCAMP1-AS1的表达水平。选择表达最低的细胞,以阴性对照慢病毒(LV-NC)感染为对照组,以携带SCAMP1-AS1序列的重组慢病毒(LV-SCAMP1-AS1)感染作为实验组。RT-qPCR检测感染后食管癌细胞中SCAMP1-AS1的表达。细胞计数试剂盒8(CCK-8)和Transwell小室法分别检测食管癌细胞的增殖能力和迁移能力。生物信息学方法预测SCAMP1-AS1的靶基因,双荧光素酶报告实验验证SCAMP1-AS1与靶基因的相互作用。RT-qPCR检测靶基因的表达,Western blotting检测细胞增殖和迁移表型蛋白的表达。结果:食管癌组织中SCAMP1-AS1的相对表达水平明显低于癌旁组织(1.26 ± 0.48比8.03 ± 1.17),差异有统计学意义(P<0.01)。食管癌细胞EC9706、TE-13、KYSE30、Eca109中SCAMP1-AS1的相对表达水平均低于正常食管上皮细胞(0.54 ± 0.05、0.14 ± 0.02、0.46 ± 0.07、0.77 ± 0.05比1.00 ± 0.06),差异有统计学意义(P<0.05),TE-13细胞中SCAMP1-AS1的表达最低(P<0.01)。与对照组比较,实验组TE-13细胞中SCAMP1-AS1的表达上调(P<0.01),细胞的增殖能力降低(P<0.01),细胞的迁移能力降低(P<0.01)。miR-483-5p是SCAMP1-AS1的直接作用靶点(P<0.01)。与对照组比较,实验组TE-13细胞中miR-483-5p的表达下调(P<0.01),细胞增殖和迁移表型蛋白表达降低。结论:lncRNA SCAMP1-AS1在食管癌中表达下调,SCAMP1-AS1可通过靶向调控miR-483-5p的表达抑制食管癌TE-13细胞的增殖能力和迁移能力,SCAMP1-AS1有望成为食管癌潜在的分子治疗靶点。
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编辑人员丨4天前
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日本血吸虫童虫miRNA高通量测序分析
编辑人员丨4天前
目的:高通量测序分析日本血吸虫童虫的微小RNA(microRNA,miRNA),鉴定已知miRNA的表达水平,预测分析miRNA靶基因及其生物学功能。方法:体外制备日本血吸虫童虫,提取童虫的总RNA构建文库进行Illumina高通量测序。采用DEGseq R语言包,结合perl脚本进行miRNA表达量的差异分析;分别利用miRanda、Blast软件和KEGG数据库对差异miRNA进行靶基因及其生物学功能预测。结果:构建文库中,日本血吸虫童虫表达的miRNAs与最新miRBase数据库比对结果显示,共有38 483条匹配序列,鉴定到已知miRNA 60个;其中,sja-miR-125b表达量最高,其次为sja-miR-61、sja-miR-71a、sja-miR-36-3p和sja-miR-10-5p,上述5种miRNA表达量占总miRNA的91%(3 263/3 585)。共预测到靶基因7 176个,基因功能集中在核苷酸转移酶活性、细胞氮复合代谢、分子功能、生物学过程、生物合成、等离子体膜及蛋白质成熟;功能富集分析显示,高表达的miRNA主要参与致病过程、生物进展及多条代谢途径通路。结论:日本血吸虫童虫显著表达的miRNA参与了血吸虫分化、生长发育和致病过程中的代谢途径调节,为研究血吸虫发育调控机制及新药物开发奠定了基础。
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编辑人员丨4天前
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微小RNA-483-5p调控TIMP2表达对膀胱癌细胞增殖和侵袭的影响
编辑人员丨3周前
目的 探讨微小RNA-483-5p(miR-483-5p)对膀胱癌(BC)细胞增殖、迁移和侵袭的影响,并初步分析其可能的分子机制.方法 通过TCGA数据库分析miR-483-5p在BC组织中的表达及与预后的关系,荧光实时定量PCR检测BC细胞T24 中miR-483-5p和金属蛋白酶组织抑制因子(TIMP)-2的表达水平.将miR-483-5p模拟物(mimic)和阻碍物(inhibitor)转染T24 细胞,应用CCK-8和Transwell法评估miR-483-5p对T24 细胞增殖和迁移侵袭的影响.双荧光素酶报告基因实验分析miR-483-5p和TIMP-2间的靶向关系,挽救实验验证miR-483-5p的生物学功能是否通过TIMP-2 发挥作用.结果 与癌旁组织比较,BC组织中高表达miR-483-5p(P<0.05),高表达miR-483-5p者的总生存率低于低表达者(P<0.05).miR-483-5p mimic可促进T24 细胞的增殖、迁移和侵袭能力(P<0.05),miR-483-5p inhibitor则抑制T24 细胞的增殖、迁移和侵袭能力(P<0.05).TIMP2 为miR-483-5p的下游靶点,干扰TIMP2 可逆转miR-483-5p下调对T24 细胞增殖、迁移和侵袭的抑制作用(P<0.05).结论 miR-483-5p在BC中高表达,与BC患者不良预后相关.miR-483-5p可下调TIMP2 的表达来促进BC细胞的增殖、迁移和侵袭.
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编辑人员丨3周前
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芒果苷通过调节miRNA-483-3p减轻良性前列腺增生腺体纤维化
编辑人员丨2024/5/11
目的 研究芒果苷对良性前列腺增生(BPH)腺体纤维化的改善作用和调节微小RNA(miRNA)-483-3p的作用机制.方法 雄性小鼠随机分为5 组:正常对照组、BPH模型对照组、非那雄胺组、芒果苷组和芒果苷+miRNA-483-3p拮抗剂组.通过摘除睾丸和皮下注射丙酸睾酮建立BPH模型.30d后通过前列腺组织切片行masson和天狼猩红染色,以及检测组织中羟脯氨酸含量评价胶原沉积,实时荧光定量PCR检测前列腺转化生长因子-β1(TGF-β1)、丝裂原活化蛋白激酶2(MK2)和丝裂原活化蛋白激酶6(MKK6)的mRNA水平以及miRNA-483-3p的水平,Western blotting检测前列腺TGF-β1、MK2、磷酸化MK2(p-MK2)、MKK6 和磷酸化MKK6(p-MKK6)的蛋白水平,并采用荧光素酶报告评估miR-NA-483-3p与MK2 的靶向结合能力.结果 与正常对照组比较,BPH模型对照组小鼠的前列腺胶原沉积明显,且 TGF-β1、MK2 和MKK6 的mRNA水平,以及TGF-β1、p-MK2 和p-MKK6 的蛋白水平均显著性升高(P<0.01),而miRNA-483-3p水平显著性下降(P<0.01).与BPH模型对照组比较,芒果苷组能够上调前列腺miRNA-483-3p的水平,降低TGF-β1、MK2 和MKK6 的mRNA水平,以及TGF-β1、p-MK2 和p-MKK6 的蛋白水平,减轻胶原沉积.与芒果苷组比较,联合使用芒果苷和miRNA-483-3p拮抗组显著性降低miRNA-483-3p水平,升高TGF-β1、MK2 和MKK6 的mRNA水平,以及 TGF-β1、p-MK2 和p-MKK6 的蛋白水平(P<0.01).荧光素酶报告显示miRNA-483-3p能够靶向结合MK2.结论 芒果苷能够通过调节miRNA-483-3p,抑制MK2 减轻前列腺纤维化.
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编辑人员丨2024/5/11
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miR-30a-5p miR-206 miR-122-5p miR-483-5p在新生儿呼吸窘迫综合征中的表达及临床意义
编辑人员丨2024/5/11
目的 分析新生儿呼吸窘迫综合征(NRDS)中血清微小RNA(miRNAs)的表达变化,评估其对NRDS的诊断价值.方法 选取福建医科大学附属第二医院新生儿重症监护室(NICU)住院80例NRDS新生儿(NRDS组)为对象,采用随机数字表法选取同期住院104例普通早产儿为对照组.2组选取质检合格总样本各12例,采用illuminaHiseq测序平台完成高通量测序,检测出NRDS组相对于正常组的表达差异miRNAs,筛选出组间差异表达超过9倍的miRNAs为候选miRNAs.选取NRDS组68例,对照组92例,采用实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)检测2组样本中候选miRNAs表达水平差异与芯片结果是否一致.绘制受试者工作特征(ROC)曲线分析其诊断效能.使用线性相关分析评估表达差异miRNAs与NRDS患儿呼吸机使用天数及住院天数相关关系.结果 illuminaHiseq测序平台结果显示总计有119种差异表达的miRNA,共筛选出 6 种 miRNAs 作为候选标志物,分别是 miR-30a-5p、miR-206、miR-370-3p、miR-122-5p、miR-483-5p 和 miR-193a-5p,miR-30a-5p、miR-206、miR-122-5p 和 miR-483-5p 相对于对照组表达下降(P<0.01).ROC曲线结果表明,血清miR-122-5p对诊断NRDS患儿的曲线下面积(AUC)为0.853,敏感度为88.2%,特异度为91.3%;血清miR-206对诊断NRDS患儿的AUC为0.798,敏感度为70.6%,特异度为89.6%;血清miR-30a-5p对诊断NRDS患儿的AUC为0.922,敏感度为87.6%,特异度为85.2%;血清miR-483-5p对诊断NRDS患儿的AUC为0.885,敏感度为76.5%,特异度为82.6%.相关关系结果表明,发现上述表达差异miRNAs对患儿呼吸机使用时间以及住院天数无相关.结论 NRDS患儿血清中miR-30a-5p、miR-206、miR-122-5p和miR-483-5p表达相对普通早产儿具有差异性,可能是NRDS的潜在诊断标志物.
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编辑人员丨2024/5/11
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卵巢功能减退患者卵泡液外泌体差异表达miRNA筛选及生物学功能分析
编辑人员丨2023/10/28
目的 筛选卵巢功能减退(diminished ovarian reserve,DOR)患者卵泡液外泌体差异表达微小核糖核酸(micro RNA,miRNA),探索其与DOR相关的潜在分子机制.方法 收集 2021 年 12 月~2022 年 3 月于柳州市人民医院生殖医学科辅助生殖助孕 18 例患者的卵泡液为研究样本,根据卵巢功能评估结果分为卵巢功能正常(Normal)组和卵巢功能减退(DOR)组.miRNA PCR阵列芯片法检测两组卵泡液外泌体miRNA的表达,实时荧光定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)验证芯片结果,最后通过生物信息学分析差异表达miRNA的靶基因及其富集的相关生物学功能和分子通路.结果 DOR组筛选出 5 条差异表达miRNA:let-7d-3p,let-7e-5p,miR-25-3p和miR-30c-5p表达下调,miR-483-3p表达上调;qRT-PCR验证结果显示与Normal组比较,DOR组let-7d-3p,let-7e-5p,miR-25-3p和miR-30c-5p表达降低,miR-483-3p的表达升高,差异具有统计学意义(t=3.147,4.405,3.95,3.147,-3.198,均P<0.05);差异表达miRNA的靶基因主要富集于p53 信号通路和FoxO信号通路,靶基因CDKN1A,RRM2,CCND1,SESN3,MDM4,BCL2L11,SMAD4,IGF1 及IGF1R参与p53 信号通路和FoxO信号通路,靶基因METTL3,METTL6 及METTL8 参与RNA m6A甲基化.结论 DOR患者卵泡液外泌体中的差异表达miRNA参与p53 和FoxO信号通路及RNA m6A甲基化的调控,是DOR发生机制和诊疗的潜在标靶.
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编辑人员丨2023/10/28
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微小RNA-483-5p在肝癌组织的表达及其临床意义
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨肝癌组织微小RNA(miRNA,miR)-483-5p的表达及其与患者临床病理参数的关系.方法 选取84例肝癌患者的癌组织和癌旁正常组织标本,采用实时荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)法检测组织中miR-.483-5p的表达水平,分析其与患者临床病理参数及预后的相关性.结果 miR-483-5p在肝癌组织中相对表达量为14.98±7.54,显著高于癌旁正常组织的2.87±1.28,差异有统计学意义(p=0.000);miR-483-5p表达水平与肝癌患者的分化程度、TNM分期和有无淋巴结转移明显相关(P=0.001、0.005、0.001),miR-483-5p高表达组患者的生存周期显著短于低表达组(P=0.001),进一步多因素COX回归分析的结果表明,miR-483-Sp高表达是肝癌患者的独立危险因子.结论 miR-483-5p在肝癌组表达上调,且与肝癌患者的肿瘤分化程度、TNM分期、有无淋巴结转移及预后密切相关.
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编辑人员丨2023/8/6
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血清microRNA对食管鳞癌同步放化疗近期疗效预测价值分析
编辑人员丨2023/8/6
目的 同期放化疗是局部晚期食管鳞癌的推荐治疗方案,目前尚无明确预测食管鳞癌放化疗疗效的血清分子标志物.本研究通过对局部晚期食管鳞癌放化疗疗效的血清微小RNA(micoRNA,miRNA)的筛选验证及分析,探讨血清microRNA与食管鳞癌放化疗近期疗效的关系及疗效预测价值.方法 新疆医科大学第一附属医院2015-01-01-2016-06-30收治的Ⅲ~Ⅳ期食管鳞癌患者30例,进行同步放化疗,同时采集患者放化疗前后外周血,根据RECIST 1.1标准评价近期疗效,分为敏感组和抗拒组;用Agilent miRNA人类基因芯片进行两组血清miRNA检测及实时荧光定量聚合酶链反应法(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)定量验证,分析筛选并验证的miRNA和放化疗近期疗效的关系,受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线评价miRNA近期疗效预测价值.结果 30例患者经过同期放化疗后,敏感组14例,抵抗组16例.两组患者血清共筛查了11个miRNA差异表达,其中miR-623、miR-5703及miR-483-5p经qRT-PCR验证后差异有统计学意义.分别以miR-623、miR-5703及miR-483-5p在各组相对表达量的均值为分界线分为高表达和低表达,敏感组和抵抗组的miR-623高表达率分别为28.0%和62.5%,x2=4.858,P=0.040;miR-5703高表达率分别为12.0%和62.5%,x2=7.423,P=0.005.敏感组miR-483-5p低表达率为34.0%,低于治疗抗拒组的81.3%,差异有统计学意义,x2=6.151,P=0.018.ROC曲线预测miR-623与食管鳞癌放化疗近期疗效的曲线下面积(area under curve,AUC)、灵敏度和特异度分别为0.809、72.2%和82.0%,miR-5703分别为0.928、91.7%和90.0%,miR-483-5p分别为0.838、69.4%和90.0%.结论 局部晚期食管鳞癌患者血清中可以筛查到与放化疗疗效相关的miRNA,miR-623、miR-5703和miR-483-5p对于食管鳞癌放化疗近期疗效可能具有预测价值.
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编辑人员丨2023/8/6