目的 建立一种快速、准确、灵敏的多重PCR检测方法,用于同时鉴别6种常见食用肉类(牛、羊、鸡、猪、鹅、鸭),并评估其在肉类食品掺假鉴定中的应用价值.方法 基于GenBank数据库中6个物种的线粒体全基因组序列,筛选具有种内保守性、种间特异性的DNA序列(牛16S rRNA、羊COX-1、鸡Cytb、猪COX-1、鹅NADH2、鸭16S rRNA),并设计物种特异性引物,以此构建一个可同时鉴别6种常见食用肉类的多重PCR检测体系.对该体系进行种属特异性、灵敏度和重复性研究,并进行模拟混合样品检测.结果 成功构建了一个可同时鉴别6种常见食用肉类的多重PCR检测体系,该体系在非目标物种的DNA中均未有效扩增;在DNA模板量为0.0625～2 ng/μL时,6个物种的扩增产物均能检见.在鸭肉和牛肉混合比例低至0.5%时,仍能检测到鸭肉成分.结论 本研究构建了一个特异性强、灵敏度高、重复性好的多重PCR检测体系,可准确鉴别6种常见食用肉类食品中的动物源性成分,为我国常见食用肉类及肉制品的掺假鉴定提供了一种简单、实用的检测技术.

新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)是禽类最重要的疫病病原之一,其中基因Ⅵ型NDV在鸽群广泛流行,给养鸽业造成了严重的经济损失.为深入了解基因Ⅵ型NDV在世界不同地理区域和宿主间的传播动态,本研究通过病毒分离鉴定、高通量测序、完整F基因系统发育树构建和贝叶斯系统动力学等方法进行综合分析,结果获得4株广西NDV分离株,均为基因Ⅵ型.进一步的时空分析显示,基因Ⅵ型NDV最近的共同祖先时间为1972年(95％置信区间:1965～1978),估计进化速率为1.43×10-3 substitution/site/year(95％置信区间:1.27×10-3～1.59×10-3);意大利是欧洲基因Ⅵ型NDV早期的外溢传播中心,该病毒从欧洲传播至我国,随后华东和华南成为我国的主要传播中心;病毒存在从鸽(Columba livia)到野鸟和鸡(Gallus gallus)、从野鸟到鹌鹑(Coturnix coturnix)等的跨物种传播,但病毒传播最重要的宿主是鸽.分析结果表明基因Ⅵ型NDV正快速进化,有作为突变库的潜在威胁.基于"One Health"理念,应在全球范围内加强主动监测,改善家禽管理策略,避免不同家禽之间及不同家禽与野鸟之间的直接和间接接触.这些信息有助于了解基因Ⅵ型NDV的起源、传播与进化,为制定相应防控策略提供科学依据.

目的:构建体外循环心脏手术后消化道出血的风险预测模型,并验证预测效果.方法:纳入 2019 年 1 月至 2023 年 11 月在山西白求恩医院心脏大血管外科行体外循环心脏手术的 1 002 例患者,按照术后是否发生消化道出血分为消化道出血组(n=47)和非消化道出血组(n=955).比较两组的临床资料,利用Logistic回归分析建立风险预测模型,应用ROC曲线和Hosmer-Lemeshow χ2 检验模型预测效果.采用Bootstrap法进行内部验证.结果:体外循环心脏手术后消化道出血风险预测模型纳入 4 个预测因子:主动脉阻断时间(OR=1.021,95%CI:1.012～1.030)、消化系统疾病病史(OR=5.710,95%CI:1.697～19.212)、使用主动脉内球囊反搏(OR=22.180,95%CI:5.870～83.808)、连续肾脏替代治疗(OR=12.159,95%CI:5.066～29.181).模型公式:Logit(P)=-5.821+0.021×主动脉阻断时间+1.742×是否存在消化系统疾病病史+3.099×是否使用主动脉内球囊反搏+2.498×是否连续肾脏替代治疗.ROC的AUC为 0.812(95%CI:0.746～0.877),灵敏度为 64.6%,特异度为 85.7%,Youden指数为 0.503.经Bootstrap法进行内部验证,校正后一致性指数为 0.813.结论:本研究构建的风险预测模型对体外循环心脏术后消化道出血具有良好的辅助预测效能,可以更快速地对患者进行评估,预测体外循环术后消化道出血的概率.

目的 青少年特发性脊柱侧弯(adolescent idiopathic scoliosis,AIS)是危害青少年健康的常见疾病之一.临床上,X线图像Cobb角测量法是评估患者脊柱侧凸严重程度的"金标准".由于X线图像中肋骨和骨盆阴影重叠以及椎骨形态差异等因素影响,人工测量在寻找关键点时步骤复杂且耗时长,快速且准确的Cobb角自动测量方法具有重要临床应用价值.现有深度学习方法中基于分割的方法易受图像质量影响;基于关键点检测方法过于关注局部特征提取导致定位不准确等问题.为此,本文提出了一种以椎骨为中心的标志点检测方法,来实现脊柱侧弯Cobb角自动估计算法.方法 构建一种基于融合多尺度和注意力机制M型椎骨检测网络(multi-scale attention M-shaped network,MSAM-Net).首先,使用多尺度金字塔拆分注意力(multi-scale pyramids squeeze attention,MPSA)模块和注意力特征融合(attentional feature fusion,AFF)模块提取椎骨特征和上下文信息,然后,根据椎体中心和角偏移量定位4个角标志点,以在脊柱侧弯评估任务中提高椎骨标志点检测的性能,进而实现近胸段、主胸段和胸腰段曲线的Cobb角估计.结果 为了评估Cobb角估计与真实侧弯角度之间的偏差程度,本研究算法基于AASCE MICCAI 2019挑战赛数据集,使用4种指标对Cobb角精度进行评估,分别是对称平均绝对百分比误差(symmetric mean absolute percentage error,SMAPE)、欧氏距离(Euclidean distance,ED)、曼哈顿距离(Manhattan distance,MD)和切比雪夫距离(Chebyshev distance,CD).测试得到SMAPE为9.39％,ED为4.18;MD为5.92;CD为5.34.与基于分割和检测的5种深度学习方法进行对比,实现更好的Cobb角测量结果.结论 本研究可以准确识别和定位X线图像中椎骨,帮助医生测量AIS患者的Cobb角,为临床AIS诊断、手术计划和脊柱健康分析提供决策支持.

新型冠状病毒肺炎(corona virus disease 2019,COVID-19)具有高传染性,严重威胁人民群众的生命安全,快速筛查可以实现快速治疗、防止肺炎进展.目前COVID-19检测诊断方法的金标准为逆转录聚合酶链式反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR),但是由于核酸检测存在耗时且假阴性率偏高的问题,而影像医生对医学图像的诊断存在主观性且工作量巨大,因此借助人工智能(artificial intelligence,AI)技术对实现COVID-19的快速诊断至关重要.随着AI在医学领域的成功应用,深度学习技术成为辅助诊断新型冠状病毒肺炎的有效方法.近年来许多学者使用深度学习技术来构建对医学图像进行智能诊断的模型,本文的主要内容就是对这类模型进行总结和分析,介绍了分割肺部区域的模型、实现二分类或多分类的分类模型以及模型在临床上的应用.与此同时,在文章中分析了COVID-19患者的影像学特点,COVID-19患者多双肺受累,其中磨玻璃影是最常见的影像征象.对COVID-19研究的最新进展也进行了介绍,主要是关于提高AI模型准确性的开发和"长新冠"综合征的相关研究.因此,在新型冠状病毒肺炎常态化管理下,模型准确性的提高可以借助数据集的扩大或模型结构轻量化等方面实现;"长新冠"综合征作为一个新的研究领域,学者可以在临床症状、预后随访和结合深度学习技术等方面进行进一步的研究.

[目的]赖草属植物是麦类作物遗传改良和育种的重要基因资源,但作为异源多倍体植物,其基因组来源仍存在较大争议.通过比较赖草、大赖草及新麦草基因组中重复序列分布,探索赖草属物种基因组来源以及种间基因组多样性的形成特性.[方法]通过构建赖草属物种赖草的Cot-1 DNA文库获得大量重复序列,利用荧光原位杂交技术和重复序列对赖草以及近缘物种大赖草和祖先供体物种新麦草进行染色体荧光原位杂交涂染.[结果](1)根据序列及基因组分布特性,赖草Cot-1 DNA可归为串联重复序列、散布重复序列、散布加串联混合重复序列以及未能鉴定类型,4种类型占比分别为32.4％、45.7％、12.4％和9.5％.(2)串联重复序列TaiI-family、Lt1-6、pTa-535和pSc250在不同物种及同一物种不同材料间信号数量存在较大变异,分别为7～20,1～14,17～26,0～24个.(3)10个反转座子序列在所有物种染色体的分布呈现3种方式:在所有染色体上杂交信号集中分布在着丝粒、近着丝粒及间质区;在所有染色体的所有区域都有分布;在大部分染色体上的分布方式与第1种相同,但是部分染色体端部也有分布.2个LTR/Copia序列仅在赖草染色体上有分布,其他序列在不同物种以及不同材料间均有分布,但在信号强度以及部分染色体上的分布方式存在多态性.[结论]赖草属物种中的一些重复序列具有快速进化的特性,支持赖草属物种多倍化过程,并存在散在重复序列向整个核基因组的快速同质化扩散.

目的:探索建立医疗机构医用耗材准入遴选环节的综合价值评估量表体系，为医疗机构医用耗材准入遴选提供借鉴。方法:2021年5月，基于课题组前期研究，通过专家咨询法确定指标结构、指标内涵以及评分标准等并进行重要性评分，采用层次分析法确定各级指标的权重。在此基础上，借鉴多维度决策分析以及mini-卫生技术评估的思路设计评估量表。以直线型切割吻合器为例，由江苏省人民医院6位临床医生、3位医院管理者以及医用耗材管理委员会对其进行综合价值评估实证分析，通过变异系数和肯德尔和谐系数对临床医生评估结果进行一致性评价。结果:通过3轮专家咨询，确定了由4个一级指标和11个二级指标构成的评估指标体系，并在此基础上建立由临床医生评估表、医院管理者评估表以及医用耗材管理委员会评估表所构成的医疗机构医用耗材准入遴选综合价值评估量表体系。其中，前两个量表用于快速初筛，第三个量表用于对通过筛选的产品进行更加全面、具体、定量的评估。最后根据3个量表的总得分进行决策。采用该量表体系对某进口品牌和国产品牌的直线型切割吻合器进行评估，评分结果分别为90.5分和75.4分，6位临床医生对于每个项目评分结果的变异系数 CV<0.25，肯德尔和谐系数 W为0.833，评估标准和评估结果均具有较好的一致性。 结论:本研究构建的医疗机构医用耗材准入遴选综合价值评估量表具有较高的科学性、全面性以及实用性，可以为医疗机构建立基于价值的医用耗材准入遴选机制提供参考。

目的：:通过收集新生血管性年龄相关性黄斑变性（nAMD）病史中易获取的临床特征及血液检测指标，筛选出抗血管内皮生长因子（VEGF）治疗nAMD疗效相关的重要危险因素，以此构建模型评估抗VEGF预期疗效。方法：:回顾性系列病例研究。随机纳入2018年1月至2022年9月就诊于温州医科大学附属眼视光医院行抗VEGF治疗的nAMD患者173例（173眼），单眼患者纳入患眼，双眼同时治疗患者纳入较严重眼。收集可能影响疗效的临床特征以及检验指标中的血常规、肝肾功能、凝血功能，设置随机数按7:3比例随机分为训练集（121例）和验证集（52例）。最小绝对值收敛和选择算子算法-Cox比例风险回归（LASSO-Cox回归）筛选重要特征，Cox比例风险回归建立预测模型，受试者操作特征曲线（ROC）和时间依赖一致性指数（C-index）评估重要特征和模型对不同随访时间结局的区分度，决策曲线分析评估模型净收益，建立列线图用于快速计算有效概率。结果：:利用LASSO-Cox回归筛选到5个重要特征和指标：首次打针后1个月的嗜碱性粒细胞百分比、首次打针后1个月的凝血酶原时间、打针次数、最后1次打针至随访的间隔时间及首次打针后1个月的最佳矫正视力（BCVA）变化量，并利用这些变量建立5-Panel模型。评估这些变量对不同随访时间结局的区分度，其中首次打针后1个月的BCVA变化量和打针次数的C-index较高。训练、验证和重抽样数据集在大部分随访时间结局的C-index大于0.7。ROC分析计算曲线下面积（AUC）评估该模型区分度，该模型在训练集和验证集上对在90、180、360、720 d随访结局的AUC均大于0.8。决策曲线分析表明该模型对90、180、360、720 d的随访结局具有正向净收益。结论：:基于临床危险因素开发并验证了由首次打针后1个月的嗜碱性粒细胞百分比、首次打针后1个月的凝血酶原时间、打针次数、最后1次打针至随访的间隔时间及首次打针后1个月的BCVA变化量组合的5-Panel模型，利用该模型判断抗VEGF疗效性能良好，能为临床精准诊疗提供依据。

目的:开发一种基于重组酶介导的等温扩增（RAA）和成簇的规律间隔短回文重复序列（CRISPR）及其相关蛋白（Cas13a）系统的幽门螺杆菌核酸检测体系。方法:选取2021—2022年于应急总医院收集的30株幽门螺杆菌以及大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌、粪肠球菌、阴沟肠杆菌和肺炎克雷伯菌各2株。针对幽门螺杆菌UreC基因保守区序列，设计RAA-Cas13a 核酸检测体系所需的特异性引物及CRISPR RNA（crRNA）。再通过琼脂糖凝胶电泳筛选出产生非特异性产物最少的引物对，并应用Cas13a切割荧光探针产生的荧光强度筛选出切割效率最高的crRNA序列，构建了RAA-Cas13a核酸检测体系，通过检测梯度浓度稀释的幽门螺杆菌ATCC 43504基因组DNA以及5种不同的临床常见病原体基因组DNA，评价基于RAA-Cas13a核酸检测体系的最低检测限及特异性。通过RAA-Cas13a核酸检测体系与已建立的荧光定量聚合酶链式反应（qPCR）方法同时检测临床菌株，得到该方法与qPCR方法的一致性。采用双侧配对 t检验对两组间的荧光值进行比较， P<0.05为差异有统计学意义。 结果:建立的RAA-Cas13a核酸检测系统可以在1 h内检测出低至10拷贝/μl的靶标DNA（ t=11.05， P<0.01），且与其他5种临床常见菌株无交叉反应。RAA-Cas13a方法与传统的qPCR方法具有良好的一致性，Kappa系数为1。 结论:建立了一种将RAA与CRISPR-Cas13a结合进行幽门螺杆菌检测的方法，可用于快速且灵敏的识别幽门螺杆菌感染。

目的:构建新型冠状病毒感染儿童T细胞受体(T cell receptor，TCR)β链免疫组库，分析新冠病毒感染患儿和健康儿童TCR免疫组库差异。方法:收集新冠病毒Delta变异株感染儿童和健康对照儿童全血样本各五份，RNA质检和文库构建后，进行高通量测序，分析新冠病毒感染患儿和健康儿童TCR免疫组库克隆扩增和多样性指数的差异，统计TCRβ的VJ基因的使用频率，采用非配对T检验统计方法分析。结果:成功利用高通量测序技术构建新冠病毒感染儿童TCRβ免疫组库，与健康儿童相比，新冠病毒感染儿童的TCR免疫组库多样性指数(9.78±1.23)显著低于健康儿童(13.40±2.12)( P<0.05)，TCR克隆扩增指数(0.18±0.07)显著高于健康儿童(0.06±0.06)( P<0.05)。针对TCRβ免疫组库VJ基因使用频率初步比较发现，在新冠病毒感染儿童中，最常见的V基因和J基因分别是TRBV28和TRBJ2-1。 结论:利用高通量测序技术构建新冠病毒感染儿童TCRβ免疫组库，并发现新冠病毒感染儿童特征性的TCRβ免疫组库，阐述新冠病毒感染的T细胞免疫组库特征，对其他病毒感染后快速TCRβ免疫组库的构建具有重要参考意义。