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多模态组学数据整合方法的性能评测
编辑人员丨5天前
多模态组学数据的联合运用在揭示细胞异质性和解析细胞命运调控机制方面具有重要意义,目前已有多种方法被开发,用于处理不同组学模态数据的整合.本研究通过对应用于不同整合任务的多种数据整合方法进行性能评测,为相关领域的研究提供有益参考.使用6个联合测序数据集对16种单细胞多模态配对数据整合方法在2类整合任务上的性能进行测试,再通过4个模拟数据集和1个真实数据集对6种空间转录组反卷积方法的性能进行评估.在RNA和ATAC配对数据整合任务中,MOFA+、SCOIT、Cobolt分别在PBMC、BMMC、SNARE数据集上取得最优表现,SCOIT在3个数据集的汇总得分中均排名前3,MMDVAE、DAE在基于AE的融合算法中表现突出.在RNA和蛋白质配对数据整合任务中,Cobolt、MOFA+、Seurat分别在P5_CITE、BM_CITE、COVID中取得最优表现,totalVI在3个数据集的汇总得分中排名靠前,基于AE的融合算法中以efMMDVAE、lfMMDVAE的表现最好.在空间转录组反卷积方法评测中,Cell21ocation和SPACEL在模拟数据和真实数据中的性能表现均优于其他方法的,其中Cell21ocation在真实数据集中表现最佳,正确地推断了两类心肌细胞在心室的比例.此外,本研究发现在配对数据整合任务中,不同方法对数据的适应性不同.SCOIT和totalVI分别是RNA与ATAC、RNA与蛋白质数据整合中表现稳定优异的方法.Seurat、MOFA+易受数据影响.
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编辑人员丨5天前
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血清ADAM15、GRP78联合CT肺动脉造影对急性肺栓塞的诊断价值
编辑人员丨5天前
目的 探究血清整合素金属蛋白酶15(ADAM15)、葡萄糖调节蛋白78(GRP78)联合CT肺动脉造影(CTPA)对急性肺栓塞(APE)的诊断价值.方法 选取本院2021年6月至2023年6月收治的86例疑似APE患者,患者均行CTPA检查;根据病情严重程度将APE患者分为中高危组和低危组;酶联免疫吸附法检测ADAM15、GRP78水平;Pearson相关性分析血清ADAM15、GRP78与CTPA指标的相关性;中高危APE的影响因素采用多因素Logistic回归分析;绘制ROC曲线分析血清ADAM15、GRP78对中高危APE的诊断价值.结果 86例患者经过CTPA检测出栓子702个,86例患者在不同肺动脉部位表现出充盈缺损等,病变部位主要位于双肺29例,左肺30例,右肺27例.4种栓塞类型42例中心型,98例偏心型,26例附壁血栓型,30例完全堵塞型.中高危组RVD/LVD、RV-LD/LV-LD、Qanadli栓塞指数显著高于低危组(P<0.05).中高危组血清ADAM15、GRP78水平显著高于低危组(P<0.05).根据Pearson相关性分析得知,血清ADAM15与GRP78呈正相关(P<0.05),二者均与RVD/LVD、RV-LD/LV-LD、Qanadli栓塞指数呈正相关(P<0.05).多因素Logistic回归分析得知ADAM15、GRP78、RVD/LVD、RV-LD/LV-LD、Qanadli栓塞指数为影响中高危APE患者的危险因素(P<0.05).根据ROC曲线得知,血清ADAM15、GRP78、RVD/LVD、RV-LD/LV-LD和Qanadli栓塞指数五者联合诊断中高危APE的AUC为0.990,五者联合优于各自单独诊断(Z联合vs ADAM15=2.691、Z联合vs GRP78=2.578、Z联合vs RVD/LVD=2.710、Z联合vs RV-LD/LV-LD=2.714、Z联合vs Qanadli栓塞指数=2.698,P均<0.05).结论 血清ADAM15、GRP78在APE患者中显著升高,二者联合CTPA可提高对APE的诊断价值.
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编辑人员丨5天前
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Ⅱa/Ⅱb期睾丸精原细胞瘤术后患者放疗前后肿瘤标志物、LMR动态变化及其对近期疗效的影响
编辑人员丨5天前
目的 分析ⅡA/ⅡB期睾丸精原细胞瘤术后患者放疗前后肿瘤标志物、淋巴细胞/单核细胞比值(LMR)动态变化及其与放疗效果的关系.方法 回顾性分析山西省肿瘤医院2012年7月至2020年7月收治的70例ⅡA/ⅡB期睾丸精原细胞瘤术后患者的临床资料,根据放疗近期疗效情况将患者分为有效组(n=16)和无效组(n=54).记录并整理患者基线资料、放疗前后肿瘤标志物水平及LMR值,分析肿瘤标志物、LMR与放疗近期疗效的关系.结果 肿瘤直径>40 mm、睾丸血管浸润是影响ⅡA/ⅡB期睾丸精原细胞瘤术后患者放疗近期效果的危险因素(P<0.05).有效组放疗后血清乳酸脱氢酶(LDH)水平低于放疗前,LMR值高于放疗前(P<0.05);无效组放疗前、后血清LDH水平高于有效组,LMR值低于有效组(P<0.05).两组放疗前、后血清甲胎蛋白(AFP)、人绒毛膜促性腺激素(hCG)水平比较及组内比较,差异均无统计学意义(P>0.05).放疗前、后血清LDH水平与肿瘤直径、睾丸血管浸润均呈正相关(r>0,P<0.05);放疗前、后LMR值与肿瘤直径、睾丸血管浸润均呈负相关(r<0,P<0.05).放疗前血清LDH水平、LMR值及联合预测放疗无效的曲线下面积均>0.7,联合预测的价值更高.结论 睾丸精原细胞瘤患者术后血清LDH水平、LMR值与放疗近期疗效密切相关.
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编辑人员丨5天前
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成人肝脏胚胎性肉瘤4例临床病理分析
编辑人员丨5天前
目的 探讨成人肝脏胚胎性肉瘤(embryonal sarcoma of the liver,ESL)的临床病理特征、诊断、鉴别诊断及预后.方法 回顾性分析4例成人ESL的临床影像学资料、组织特征及免疫表型,并进行随访及文献复习.结果 4例ESL患者年龄25~49岁,男女比为3:1;4例均位于肝右叶;CT示巨大类圆形低密度或不规则混杂密度肿块,边界清,其中1例误诊为血管平滑肌脂肪瘤,1例误诊为肝细胞癌,另2例未给出明确诊断.肿物呈实性或囊实性包块,切面鱼肉状,囊内多伴出血、坏死.镜下肿瘤由不规则梭形或星形细胞和疏松黏液样基质构成,散在少量多核巨细胞或瘤巨细胞.瘤细胞核深染,具有高度非典型性及多量核分裂象,特征性表现为可见大小不等的嗜酸性小体,PAS染色阳性.免疫表型:所有病例瘤细胞p53、α1-抗胰蛋白酶(α1-AT)、vimentin等阳性,Ki67增殖指数50%~80%.4例均行手术完整切除,随访4例患者有2例于1年内死亡.结论 ESL是成人罕见的高度恶性肿瘤,临床易误诊,确诊依靠于病理学检查,治疗以手术切除肿瘤为首选,手术前、后联合化疗等综合治疗可提高疗效.
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编辑人员丨5天前
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支链氨基酸代谢物对风湿性心脏瓣膜病体外循环术后低心排血量的预测价值
编辑人员丨5天前
目的:探讨支链氨基酸代谢物对风湿性心脏瓣膜病病人行体外循环术后发生低心排血量事件的预测价值.方法:选取 2019年 1月—2022年 1月我院收治的风湿性心脏瓣膜病病人 154例作为研究对象,根据体外循环术后是否出现低心排血量,将病人分为低心排血量组(52例)和非低心排血量组(102例).对比分析两组病人情况,多因素 Logistic回归分析低心排血量事件的影响因素.Cox比例风险模型调整混杂变量,分析支链氨基酸代谢物和传统标志物与低心排血量事件的关联性.GRACE风险评分探讨支链氨基酸和传统标志物结合后对低心排血量的预测能力.Cox回归评价支链氨基酸代谢物和传统标志物之间的交互作用.建立回归方程y=1-1/(1+e-z)预测模型并进行验证.结果:脑钠肽、肌钙蛋白 I、亮氨酸、缬氨酸、异亮氨酸等是低心排血量事件的独立危险因素.随着脑钠肽、肌钙蛋白 I、亮氨酸、缬氨酸、异亮氨酸水平的升高,与低心排血量事件的关联效应也更强.支链氨基酸代谢物和传统标志物结合,会提高 GRACE风险评分对低心排血量的预测能力.异亮氨酸联合脑钠肽前体对低心排血量事件的预测效应最高.经Bootstrap自抽样,预测模型区分度、准确度较好.结论:支链氨基酸代谢物和低心排血量密切相关.支链氨基酸代谢物加入传统标志物中,会提高对低心排血量的预测能力,有助于改善风湿性心脏瓣膜病病人预后.
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编辑人员丨5天前
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血清Mb、GDF-15、ADAM9与35岁以下急性心肌梗死发生及心源性死亡的关系
编辑人员丨5天前
目的 探讨血清肌红蛋白(Mb)、生长分化因子-15(GDF-15)、去整合素-金属蛋白酶9(ADAM9)与35岁以下急性心肌梗死(AMI)发生及心源性死亡的关系.方法 选取2016年1月至2023年1月内蒙古自治区人民医院收治的115例AMI患者作为AMI组,并根据观察期内(随访6个月)心源性死亡情况分为死亡组与存活组,另选同期60名健康体检者作为对照组.记录死亡组与存活组临床资料及入院时血清Mb、GDF-15、ADAM9水平并进行比较,采用Logistic回归方程分析35岁以下AMI患者心源性死亡发生的影响因子,采用受试者工作特征(ROC)曲线评价血清Mb、GDF-15、ADAM9单独或联合对35岁以下AMI患者6个月内心源性死亡发生的预测价值.结果 AMI组患者的血清Mb、GDF-15、ADAM9水平均显著高于对照组,差异有统计学意义(P<0.05);AMI组患者观察期内共发生心源性死亡30例,发生率26.07%;死亡组患者高血压占比及血清Mb、GDF-15、ADAM9水平明显高于存活组,差异有统计学意义(P<0.05);Logistic回归分析显示,血清Mb、GDF-15、ADAM9水平升高是35岁以下AMI患者心源性死亡发生的危险因子(P<0.05);35岁以下AMI患者血清Mb、GDF-15、ADAM9两两正相关(P<0.05);血清Mb、GDF-15、ADAM9联合预测35岁以下AMI患者发生心源性死亡的AUC为0.877,高于三者单独预测的0.752、0.762、0.720(P<0.05).结论 35岁以下AMI患者血清Mb、GDF-15、ADAM9明显升高,联合检测此三项指标对35岁以下AMI患者6个月内心源性死亡发生有较好的预测价值.
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编辑人员丨5天前
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血糖变异系数对急诊脓毒症患者脓毒症相关性脑病的预测价值
编辑人员丨5天前
目的 分析血糖变异系数(GLUcv)对急诊脓毒症患者脓毒症相关性脑病(SAE)的预测价值.方法 采用前瞻性队列研究方法,入选2022年3月至2024年2月在绍兴市上虞人民医院急诊重症监护病房(EICU)诊治的脓毒症患者,检测患者入院24 h内末梢血糖,并计算GLUcv.以脓毒症确诊28 d内SAE事件为研究终点,将28 d内并发SAE的患者纳入SAE组,未并发SAE患者纳入N-SAE组.比较分组后组间主要资料与指标水平的差异,通过构建Logistic回归模型,分析脓毒症并发SAE与GLUcv及其他主要指标的关系.采用限制性立方样条法,分析GLUcv与脓毒症并发SAE风险的剂量反应关系.绘制受试者工作特征(ROC)曲线与临床决策曲线,分析GLUcv对脓毒症并发SAE的预测价值.结果 最终有135例患者完成研究,患者入院24 h内GLUcv结果为12.59~33.60,根据GLUcv四分位数由低到高将135例患者分为Q1~Q4组,Q4组SAE发生率高于Q1~Q3组,Q3和Q4组急性生理学和慢性健康状况评价Ⅱ(APACHEⅡ)评分、血清淀粉样蛋白A(SAA)、白细胞介素(IL)-6及神经元特异性烯醇化酶(NSE)水平高于Q1和Q2组,24 h乳酸清除率低于Q1和Q2组(P<0.05).患者确诊后28 d内并发SAE 57例,发生率约42.22%.SAE组入院时APACHE Ⅱ评分、GLUcv、IL-6及NSE水平高于N-SAE组,24 h乳酸清除率低于N-SAE组(P<0.05).构建Logistic回归模型结果显示,脓毒症并发SAE可能与入院时APACHE Ⅱ评分、24 h乳酸清除率、GLUcv、IL-6、NSE及SAA有关(P<0.05).绘制ROC曲线,GLUcv预测脓毒症患者并发SAE曲线下面积(AUC)为0.797,最佳截断值为23.24.采用限制性立方样条法分析,脓毒症患者入院24 h内GLUcv与入院28 d内SAE发生风险呈线性剂量反应关系(P<0.05),当GLUcv阈值达到23.24时,SAE风险随着GLUcv升高而增加.绘制临床决策曲线,GLUcv预测脓毒症并发SAE临床净收益情况理想,且联合其他指标能提高整体决策获益.结论 脓毒症患者并发SAE与GLUcv的升高有关,SAE风险随GLUcv升高而增加,脓毒症患者入院24 h内GLUcv可预测SAE高风险人群,且联合其他指标能提高整体风险预测的净收益率.
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编辑人员丨5天前
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督脉隔药灸联合水凝胶多功能复合敷料对压力性损伤大鼠Nrf2/HO-1/NQO1信号通路的影响
编辑人员丨5天前
目的 观察督脉隔药灸联合水凝胶多功能复合敷料对压力性损伤大鼠创面修复及核因子E2 相关因子 2(nuclear fac-tor-erythroid 2 related factor 2,Nrf2)/血红素氧合酶 1(heme oxygenase-1,HO-1)/NADPH醌氧化还原酶 1(NADPH quinone oxi-doreductase 1,NQO1)信号通路的影响.方法 选取 50 只SPF级SD大鼠,随机分为假手术组、模型组、水凝胶敷料组、督脉隔药灸组、联合干预组,每组 10只.除假手术组外,其余 4组借助压力装置构建压力性损伤大鼠模型.分组干预并记录各组大鼠的压力性损伤修复情况及创面组织病理变化;借助ELISA检测各组大鼠的血清炎性因子肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)、白细胞介素(interleukin,IL)-1β、IL-6 以及氧化应激因子丙二醛(malondialdehyde,MDA)、超氧化物歧化酶(superoxide dismutase,SOD)、谷胱甘肽过氧化物酶(glutathione peroxidase,GSH-Px)水平;Western blot与RT-PCR检测各组大鼠创面肉芽组织Nrf2、HO-1、NQO1、基质金属蛋白酶-9(matrix metalloproteinase-9,MMP-9)蛋白及mRNA的表达水平.结果 HE染色结果显示:假手术组皮肤结构未被破坏;模型组创面肉芽组织可见明显的细胞坏死、变性及炎性细胞浸润;干预各组可见创面修复,表现为散在炎性细胞浸润,"气球样"坏死变性明显减少.Masson染色结果显示:假手术组创面皮肤组织胶原纤维较为整齐;模型组创面肉芽组织可见大面积的胶原纤维沉积、紊乱;干预各组可见不同程度的创面修复.与假手术组对比,模型组大鼠血清TNF-α、IL-1β、IL-6、MDA水平和创面肉芽组织Nrf2、HO-1、NQO1、MMP-9蛋白及mRNA的表达水平均升高(P<0.05),而创面修复率、血清SOD、GSH-Px水平均下降(P<0.05);与模型组比较,水凝胶敷料组、督脉隔药灸组、联合干预组的血清TNF-α、IL-1β、IL-6、MDA水平均下降(P<0.05),而创面修复率、血清SOD、GSH-Px水平和创面肉芽组织Nrf2、HO-1、NQO1、MMP-9蛋白及mRNA的表达水平均升高(P<0.05),且联合干预组较其他干预组更优(P<0.05).结论 督脉隔药灸可有效促进压力性损伤的创面修复,与水凝胶多功能复合敷料联合使用效果更佳,其机制可能与督脉隔药灸抑制创面炎性反应及氧化应激,并激活Nrf2/HO-1/NQO1信号通路相关.
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编辑人员丨5天前
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术前血清PCSK9检测联合甘油三酯-葡萄糖指数、甘油三酯-高密度脂蛋白胆固醇比值对乳腺癌患者的临床应用价值
编辑人员丨5天前
目的:探讨术前血清前蛋白转化酶枯草溶菌素9(PCSK9)检测联合甘油三酯-葡萄糖指数(TyG)、甘油三酯-高密度脂蛋白胆固醇比值(TG/HDL-c)对乳腺癌患者的临床意义.方法:收集蚌埠医科大学第一附属医院经病理确诊并手术治疗的乳腺癌患者122 例,行手术切除的乳腺良性肿瘤患者76 例,健康体检者 105 例,统计分析各组患者完整的病历资料,利用ROC曲线确定血清PCSK9、TyG及TG/HDL-c的最佳临界值,并分析其对乳腺癌患者预后的临床价值.结果:良性肿瘤组和健康对照组血清PCSK9、TyG及TG/HDL-c水平低于乳腺癌组(P<0.05);矫正多因素Logistic回归分析显示,血清TyG(OR=2.766,95%CI:1.449~5.278)、TG/HDL-c(OR=28.624,95%CI:5.055~162.094)及PCSK9(OR=1.082,95%CI:1.060~1.105)水平升高均为乳腺癌发生的危险因素(P<0.001).ROC曲线评估显示,血清PCSK9、TyG和TG/HDL-c联合分析(AUC=0.905)诊断效能高于TyG(AUC=0.797)和TG/HDL-c(AUC=0.713),P<0.01.结论:血清PCSK9、TyG和TG/HDL-c可作为乳腺癌患者辅助性诊断指标.
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编辑人员丨5天前
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电针通过HIF-1α和SOX-9维持兔膝骨关节炎软骨稳态及抗炎机制研究
编辑人员丨5天前
目的 观察电针对兔膝骨关节炎(knee osteoarthritis,KOA)模型软骨缺氧诱导因子1α(hypoxia inducible factor-1α,HIF-1α)、性别决定区Y框蛋白9(SRY-box transcription factor 9,SOX-9)、基质金属蛋白酶1(matrix metalloproteinase-1,MMP-1)、基质金属蛋白酶13(matrix metalloproteinase-13,MMP-13)、Ⅱ型胶原蛋白和炎症因子表达的影响,探讨电针干预改善KOA软骨稳态以及抗炎的可能作用机制.方法 采用随机数字表法将实验兔分为对照组、模型组和电针组,每组10只.对模型组和电针组实验兔的右膝关节采用木瓜蛋白酶制造兔KOA模型.制模完成后,电针组给予电针犊鼻及内膝眼穴干预,每次30 min,每天1次,共14 d.模型组每天在固定器上固定15 min.对照组右膝关节注射等量0.9%氯化钠溶液.使用苏木精-伊红染色(hematoxylin-eosin staining,HE染色)检测软骨组织的病理情况,原位末端转移酶标记技术(terminal deoxynucleotidyl transferase-mediated dUTP-biotin nick end labeling assay,TUNEL)检测软骨细胞的凋亡情况,免疫组化检测软骨中Ⅱ型胶原蛋白的表达情况,酶联免疫吸附实验(enzyme linked immunosorbent assay,ELISA)检测软骨中肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)和白细胞介素-1β(interleukin-1β,IL-1β)的水平,蛋白质免疫印迹(Western Blot,WB)检测HIF-1α、SOX-9、MMP-1和MMP-13的蛋白表达水平,实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,qRT-PCR)检测HIF-1α、SOX-9、MMP-1和MMP-13的mRNA水平.结果 HE染色结果显示,与对照组相比,模型组软骨细胞数量明显减少,细胞核皱缩,基质染色呈浅色,潮线不完整,而电针组较模型组显著改善;改良Mankin's评分结果显示,模型组较对照组显著升高,电针组较模型组显著降低;TUNEL结果显示,电针组软骨细胞凋亡率显著低于模型组;免疫组化结果显示,与模型组相比,电针组的Ⅱ型胶原蛋白表达明显升高;ELISA结果显示与模型组相比,电针组的TNF-α、IL-1β表达明显降低;WB和qRT-PCR结果显示,与对照组相比,模型组的HIF-1α和SOX-9蛋白表达水平和mRNA水平显著降低(P<0.05),与模型组相比,电针组显著升高(P<0.05).结论 电针可能通过上调HIF-1α和SOX-9的表达,减少MMP-1、MMP-13、TNF-α、IL-1β的表达,增加Ⅱ型胶原蛋白的形成,从而发挥缓解软骨损伤、减少炎症反应的作用.
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编辑人员丨5天前
