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基于16S核糖体RNA高通量测序的特重度烧伤患者肠道菌群动态变化分析
编辑人员丨3天前
目的:基于16S核糖体RNA(rRNA)高通量测序分析特重度烧伤患者肠道菌群的动态变化规律。方法:本前瞻性观察性研究纳入2017年2—6月中国科学院大学宁波华美医院收治的符合入选标准的5例男性特重度烧伤患者(年龄32~48岁),采集其休克期(伤后3 d内)、急性感染早期(伤后4~14 d)、急性感染中期(伤后15~28 d)、急性感染后期(伤后29 d至出院前1周)及出院前1周内的粪便样本,各时期样本数均为5。使用pH计测定粪便样本的pH值,高通量测序技术对粪便样本的16S rRNA V3、V4区进行测序。QIIME分析软件分析肠道菌群操作分类单元(OTU)数目、α多样性(Chao1指数、Shannon指数)和门、科的相对丰度,非加权组平均法聚类分析肠道菌群β多样性,Tax4Fun预测肠道菌群功能变化。对数据行单因素重复测量方差分析、Bonferroni法、配对样本Wilcoxon秩和检验及Bonferroni校正。结果:(1)本组特重度烧伤患者急性感染早、中期粪便pH值分别为7.40±0.45、7.56±0.45,明显高于休克期的6.68±0.36( P<0.05或 P<0.01)。(2)共获得2 333 584条有效高质量序列,序列长度为415 bp左右,共获得1 209个OTU,所有标本测序覆盖度均达99.0%以上。本组特重度烧伤患者急性感染早、中、后期OTU数目、Chao1指数明显低于休克期( Z值均为2.023, P<0.05);出院前1周内OTU数目、Chao1指数明显高于急性感染早、中、后期,Shannon指数明显高于急性感染早、中期( Z值均为2.023, P<0.05)。(3)本组特重度烧伤患者休克期样本菌群结构与出院前1周内相似度高,与急性感染早、中、后期相似度低。各个单独样本的分析显示,大部分样本聚类规律与分期样本一致。休克期肠道菌群加权Unifrac距离明显短于急性感染早、中、后期( Z=3.326、2.570、2.690, P<0.05或 P<0.01),其他时期肠道菌群加权Unifrac距离相近。(4)门水平上,与休克期比较,急性感染早、中、后期厚壁菌门细菌相对丰度降低,变形菌门和拟杆菌门细菌相对丰度升高;上述3个菌门细菌相对丰度在出院前1周内与休克期相近。伤后不同时期科水平上相对丰度前5的优势菌有较大差异,休克期的前5优势科细菌相对丰度在急性感染早、中、后期降低。休克期的非优势科如肠杆菌科、链球菌科、拟杆菌科细菌相对丰度在急性感染早、中、后期大幅升高,成为这些时期新的优势科;出院前1周内部分产酸菌科细菌相对丰度恢复至接近休克期水平。(5)急性感染早、中期肠道菌群的某些氨基酸代谢、糖酵解和糖异生、丙酮酸代谢等功能较休克期减弱,急性感染后期肠道菌群某些氨基酸和糖类代谢较休克期增强,休克期与出院前1周内肠道菌群功能基因分布相似。 结论:特重度烧伤患者肠道内环境及菌群结构在急性感染早、中期发生了明显变化,pH值升高,菌群种类及多样性减少,尤其是产酸菌科细菌的相对丰度明显降低,但随着患者治疗结束而恢复。可考虑将粪便pH值和肠道变形菌门及产酸菌科细菌变化作为反映特重度烧伤患者肠道菌群紊乱水平的指标。
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编辑人员丨3天前
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眼睑分裂痣的新分类法及整复手术效果
编辑人员丨3天前
目的:探讨眼睑分裂痣用新分类法进行分类的类型分布特点及整复手术效果。方法:回顾性病例系列研究。收集2015年10月至2020年1月在首都医科大学附属北京同仁医院诊治的39例(39只眼)眼睑分裂痣患者的临床资料,所有患者应用新分类法即传统分类联合美学单元分类法进行分类,根据不同类型采用相应的整复手术。分析总结不同类型眼睑分裂痣的分布特点以及整复手术效果。结果:39例患者均单眼发病,其中女性26例(67%),男性13例(33%),年龄(31.1±17.8)岁。眼睑分裂痣类型分布:内侧局限性、中等范围及大范围眼睑分裂痣分别有5例(13%)、6例(15%)、2例(5%);中央局限性、中等范围眼睑分裂痣分别有6例(15%)、3例(8%);外侧局限性、中等范围眼睑分裂痣分别有4例(10%)、6例(15%);全眼睑中等范围、大范围眼睑分裂痣分别有2例(5%)、5例(13%)。组织病理学结果为皮内痣20例(51%),复合痣18例(46%),交界痣1例(3%)。不同整复手术后随访6个月至2年,患者对眼部外观均满意。手术效果为优36例(92%),良3例(8%)。2例(5%)色素痣在睑缘部位有复发,再次手术切除后无复发。结论:传统分类联合美学单元分类法对眼睑分裂痣的分类以内侧型和中等范围眼睑分裂痣较为常见,根据新分类法采用相应整复手术的效果满意。
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编辑人员丨3天前
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东北亚地区白粉菌的物种多样性与寄主物种多样性
编辑人员丨2024/7/6
对不同地理区域的菌物进行系统的编目和分类研究是生物多样性研究的核心内容.白粉菌是一类植物专性寄生病原真菌,广泛分布在世界各地,能引起多种植物的白粉病.为了全面了解中国东北与东北亚其他地区白粉菌的物种多样性和寄主多样性,本文通过文献收集、数据分析,并结合作者2022-2023年野外调查结果,按照最新的分类系统,整理出中国东北和东北亚其他各国和地区的白粉菌物种名录、寄主名录和地理分布信息.通过整理分析发现,中国东北地区有白粉菌142种和17变种,隶属于1科5族、10个有性属和1个无性属,分布在572种(含37变种)寄主植物上,隶属64科243属;日本有白粉菌258种和46变种,隶属于1科5族,12个有性属和2个无性属,分布在1,171种(含163变种)寄主植物上,隶属108科449属;韩国有白粉菌150种和15变种,隶属于1科5族,11个有性属和1个无性属,分布在515种(含53变种)寄主植物上,隶属79科255属;俄罗斯远东地区有白粉菌89种和22变种,隶属于1科5族,8个有性属和2个无性属.中国东北地区、日本、韩国和俄罗斯远东地区共有的白粉菌种类有50个,归属于8个共有的有性属(布氏白粉菌属(Blumeria)、单囊壳属(Podosphaera)、叉钩丝壳属(Sawadaea)、白粉菌属(Erysiphe)、高氏白粉菌属(Golovinomyces)、新白粉菌属(Neo?rysiphe)、内丝白粉菌属(Leveillula)和球针壳属(Phyllactinia)),它们分布在相同或相近的寄主植物上.日本和韩国的白粉菌共有种最多(136种).中国东北地区、日本和韩国白粉菌的特有种分别为28种、116种和17种.东北亚地区白粉菌的寄主植物总共有1,760种(含263个变种),隶属112科541属.虽然东北亚地区约占全球陆地面积的8%,但是该地区共有318种和53变种白粉菌,占全球已知白粉菌总数的40.33%.因此,东北亚地区属于白粉菌多样性研究的重点地区与区系单元.研究结果为建立东北亚地区白粉菌多样性与区系研究格局、系统发育关系、寄主多样性概貌等提供了白粉菌物种和寄主物种的数据支持.
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编辑人员丨2024/7/6
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绿藻门小球藻科的分类学研究进展
编辑人员丨2024/4/13
小球藻科物种生境范围广,分布于全球各种淡水、海水及陆生环境中,是多种生态系统的重要组成部分,且以其重要的科学和应用价值成为研究热点.由于个体微小及较强的形态可塑性,小球藻科物种能供分辨的形态特征有限,其经典分类学研究和物种鉴定存在诸多困难.随着基于DNA序列的研究方法在分类学研究中的应用,小球藻科历经多次修订,物种组成发生了很大变化,目前,小球藻科包含约48个属258个种.该科分类仍存在许多悬而未决的问题,如有些属、种的分类地位存疑、分类单元的多系起源问题、一些新支系有待进行物种归类.本文系统总结了小球藻科分类学研究历史和现状,并对其中存在的问题及存疑类群进行阐述,探讨了基因组学数据测序情况及其在分类学上的应用前景,以期为小球藻科的系统分类研究和开发利用提供基础参考资料.
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编辑人员丨2024/4/13
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濒危植物百山祖冷杉和资源冷杉的物种划分及其遗传资源的保护
编辑人员丨2024/4/6
物种是生物学中最基本的分类单元,对于珍稀濒危物种而言,物种的正确界定对于制定保护措施至关重要.分布于中国亚热带地区的百山祖冷杉(Abies beshanzuensis)、资源冷杉(A.ziyuanensis)和大院冷杉(A.dayuanensis)种群极小,且分类上长期存在争议.现行分类依据形态和地理分布将大院冷杉归并到资源冷杉,又将资源冷杉处理为百山祖冷杉的变种,但分子证据不足.该研究对百山祖冷杉、资源冷杉和大院冷杉分布区内8个种群的23株个体进行靶向捕获测序,获得了60个单拷贝核基因中的805个单核苷酸多态性位点.种群遗传结构和历史动态分析表明,这些个体可分为两个谱系,分别对应于百山祖冷杉和资源冷杉,其中资源冷杉在2.35 Ma前与百山祖冷杉和大院冷杉的共同祖先分化,而大院冷杉与百山祖冷杉亲缘关系更近,形成一个谱系.百山祖冷杉、资源冷杉和大院冷杉的遗传多样性水平整体较低,种群间存在较为明显的遗传分化(遗传分化指数0.083-0.208).由于未检测到分化后的谱系间遗传交流,推测分布区的碎片化是谱系间遗传交流受阻进而产生分化的主要原因.生态位比较分析结果显示百山祖冷杉、资源冷杉和大院冷杉这群濒危冷杉分布区的年平均气温和最冷季平均气温显著高于东亚分布的非濒危冷杉物种,因此,该研究认为全球气候变暖是导致其濒危的关键因素.综合以上研究结果,该研究对百山祖冷杉、资源冷杉和大院冷杉这群植物进行新的分类处理,将大院冷杉处理为百山祖冷杉的异名,确认资源冷杉种的地位.在对其濒危机制深入理解的基础上,建议在西南的横断山和秦巴山地区尝试迁地栽培实验,同时就地人工辅助育种.
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编辑人员丨2024/4/6
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中国鳞翅目新物种2022年度报告
编辑人员丨2024/1/20
本文总结了2022年国内外学者发表的中国鳞翅目新分类单元的情况.经过统计,2022年共发表与中国鳞翅目物种相关的论文98篇,涉及新分类群238个,其中新属8个,新亚属1个,新种214个,新亚种15个;报道中国新记录属5个,中国新记录种76个(包括5个亚种),新组合28个;提出26个异名,4个物种降为亚种,5个亚种提升为种.229个新种(新亚种)隶属于鳞翅目的27科103属,其中127个新种隶属于小蛾类,86个新种隶属于大蛾类,蝶类有3个新种和13个新亚种.2022年发表的分布于云南省的鳞翅目新种和新记录种数仍然显著高于其他地区,分别占全国发表总数的24.02%和55.26%,我国南方新种和新记录种的数量仍显著高于北方.
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编辑人员丨2024/1/20
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2022年世界蜘蛛目新分类单元
编辑人员丨2024/1/20
蜘蛛是多样性最高的陆生节肢动物类群之一.定期对蜘蛛目新分类单元进行统计不仅可以支持履行《生物多样性公约》,还可有效服务于生物多样性研究与保护.本文总结了2022年全球发表的蜘蛛目新分类单元:340位学者发表了97个国家和地区的1,177个新分类单元(含琥珀),包括81新属1,096新种,隶属74科;这些新分类单元发表在60种刊物的289篇文章中,其中科和属水平的修订、地区志或专著类的文章共有23篇,占文章总数的8.0%;运用DNA分子数据分析方法的论文共计53篇,占文章总数的18.3%.中国是发现新种最多的国家,共362种,占世界新种总数的33.0%;中国学者李枢强是命名新分类单元数量最多的学者,共命名194个新分类单元,占世界新分类单元总数的16.5%.此外,无论是命名蜘蛛目新分类单元数量还是参与命名蜘蛛目新分类单元的学者数量,中国学者均位居第一;中国共有75位学者参与命名,占世界新分类单元命名学者总数量的22.1%;这75位学者命名了中国和缅甸等10个国家和地区50科的26新属410新种,合计436个新分类单元,命名新分类单元数量占世界37.0%,该贡献率高于2021年的33.8%和2016-2020年的平均贡献率28.1%.
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编辑人员丨2024/1/20
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2022年现生膜翅目新分类单元
编辑人员丨2024/1/20
膜翅目生物多样性丰富,提供了重要的生态系统服务功能.基于数据库检索,本文对2022年发表的现生膜翅目新分类单元进行了整理和总结,共纳入于本年发表的360篇相关期刊论文,涵盖了 1,698个新分类单元,包括7个新亚科、53个新属、25个新亚属、808个新种、6个新亚种、334个新异名、241个新组合、76个新地位、14个新替代名、5个恢复异名、71个恢复组合、1个恢复名称和57个恢复地位,涉及17个总科、77个科和446个属.在各总科新种数量对比中,蜜蜂总科、姬蜂总科和胡蜂总科新种数量最多,分别约占新种总数的25.9%(209/808)、21.0%(170/808)和18.1%(146/808).2022年共有71篇期刊论文涉及中国现生膜翅目新分类单元,涵盖了 165个新分类单元,包括5个新属和126个新种(广腰亚目35种,细腰亚目91种(针尾部35种,寄生部56种)),另有4个新记录属和30个新记录种,共涉及13个总科、31个科和83个属;其中新属和新种涉及12个总科、29个科和76个属.中国现生膜翅目中,姬蜂总科、叶蜂总科和小蜂总科发表新种数量最多,分别约占中国现生膜翅目新种总数的20.6%(26/126)、19.0%(24/126)和17.5%(22/126).从地理单元角度来看,亚洲发表新种数量最多,约占新种总数的55.9%(452/808);洲级地理亚单元中,东亚发表新种数量最多,约占新种总数的20.7%(167/808);在国家和地区行政单元中,中国发表新种数量最多,约占新种总数的15.6%(126/808).在涉及现生膜翅目新分类单元的85个期刊的360篇论文中,有353篇英文论文、5篇中文论文、1篇法语论文和1篇西班牙语论文;其中,来自79个期刊的314篇论文涉及新种发表.2022年,现生膜翅目新种命名人412人,其中中国学者76人,占比约18.4%.膜翅目新种正模保藏机构167家,其中19家位于中国,占比约11.4%.综上所述,中国膜翅目分类在世界膜翅目分类中发挥着十分重要的作用.
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编辑人员丨2024/1/20
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生态美学视角下宁夏贺兰山国家级自然保护区视觉景观特征评估
编辑人员丨2023/12/30
景观美学的理论维度已从风景美学延伸至生态美学,为促进生态美学理论在客观法和空间水平上向"数字化+可视化"发展,以宁夏贺兰山国家级自然保护区为例,创新性地提出了利用地理要素构建分类的数字景观模型并借用基于景观生态学的景观格局指数进行视觉景观特征评估的研究框架.在筛选地貌(自然和垂直要素)和土地利用(文化和水平要素)景观要素的基础上,构建了一套景观分类指标体系;通过GIS进行空间叠加分析,识别了研究区域中的 440 种景观斑块和类型,以此作为视觉景观特征评估的基本单元;基于生态美学理论,构建了视觉景观多样性、自然性和独特性 3 个视觉景观特征评估指标,借用景观格局指数进行度量并通过FRAGSTATs与GIS可视化;通过SPCA分析得到权重后绘制了视觉景观特征综合评估的空间分布.结果显示,诸多相互作用的景观要素"聚集"在一起产生了不同水平的视觉景观特征,与低水平视觉景观特征有关的景观类型在要素组成上较为复杂,而与高水平视觉景观特征有关的景观类型主要与坡度适中的东南向山谷地貌与荒草地、未成林封育地和乔木林等土地利用的共同作用有关.研究认为,可视化的视觉景观特征评估结果有助于识别需得到保护修复、规划利用及管理协调的景观斑块或类型,有利于增加保护地整体的生态美学价值.
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编辑人员丨2023/12/30
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河南省野生木本植物名录
编辑人员丨2023/8/19
河南省地处中原,地理环境复杂多样,为各种类型植物的生长提供了多种多样的自然条件.历年来,河南省丰富的植物多样性受到有关部门和广大学者的关注.前人采集的大量植物标本为《河南植物志》1-4册的出版提供了有力支撑.然而,《河南植物志(补修编)》缺少大量野外调查,遗漏了之前发表的一些新记录.本研究通过收集已公开发表的论著,全面清查全国植物标本馆馆藏的河南植物标本,并于2016-2020年对河南省林木种质资源进行了全面普查.最后,本研究利用近年来国内外最新研究成果,确定了河南省木本植物的有效性和分类归属,对河南省野生木本植物名录进行了系统的整理与修订.结果表明:河南省有野生木本植物85科288属984种32亚种148变种11变型,包括《河南植物志》新分布类群168个.另外,我们对名录中的所有类群进行了文献考证,属、种和种下分类单元的分类学处理以Flora of China为准,发现《中国植物志》属异名5个、种异名102个、亚种异名21个、变种异名24个,还发现《河南植物志》属异名6个、种异名194个、亚种异名20个、变种异名35个和变型异名1个.此外,对50个类群是否分布于河南省产生质疑.本文还对出现的异名、存疑类群和新记录的主客观原因进行了分析,提出应持续开展野外考察工作,尤其加强对河南省边界市县,如商城县、新县、桐柏县、淅川县、卢氏县和灵宝市等进行重点植物普查,彻底摸清河南省植物资源家底.
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编辑人员丨2023/8/19
