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复杂染色体重排携带者的遗传学分析
编辑人员丨5天前
目的:回顾了2011 年1 月至2015 年12 月就诊的复杂染色体重排(CCR)患者,对其所涉及的染色体数量、断裂点数目及患者的临床表型等进行综合分析.方法:应用G显带、C显带和荧光原位杂交(FISH)对生育异常患者进行外周血染色体核型分析.结果:23 745例生育异常患者中检出 28 例 CCR携带者,携带率为0.118%,其中男性18 例,主要表现为无精子症或少弱畸形精子症,女性10 例,主要表现为不孕症、复发性流产、胚胎停育史及不良生育史.28 例 CCR 患者中三方重排、双重易位和特殊易位占比分别为32.14%(9/28)、25%(7/28)、42.86%(12/28).CCR携带者涉及的重排染色体除了12 和19 号之外其他染色体均有累及,其中以2 和5 号染色体累及次数最多.结论:目前CCR人群携带率较低,表型正常的携带者常因生育问题而被发现,由于其生育正常孩子的几率较低,采用植入前遗传性诊断技术可以提高活产率.同时CCR患者所累及的染色体及断裂点位置均不同,所以每例CCR携带者均应给予精准遗传咨询.
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编辑人员丨5天前
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伴11q异常的Burkitt样淋巴瘤临床病理学及分子遗传学特征
编辑人员丨5天前
目的:探讨伴11q异常的Burkitt样淋巴瘤(BLL-11q)的临床病理特点及分子遗传学特征。方法:回顾性收集郑州大学附属肿瘤医院病理科2017年1月至2019年12月诊断的2例BLL-11q,观察组织学形态、免疫表型及分子遗传学特征,分析临床资料,并结合文献进行复习。结果:2例BLL-11q患者均为男性,发病年龄22岁和15岁,Ann Arbor分期ⅠA期和ⅣA期。镜下淋巴结结构被破坏,肿瘤细胞中等大小,弥漫浸润,“星空”现象易见。免疫组织化学染色CD20、CD10、bcl-6阳性,C-MYC少量弱阳性,bcl-2、MUM1、CD3、末端脱氧核苷酸转移酶(TDT)阴性,Ki-67阳性指数>95%,EBER阴性。荧光原位杂交(FISH)检测MYC基因断裂阴性,同时特征性出现11号染色体长臂异常(11q23.3位点发生扩增,伴11q24.3位点发生缺失)。其中1例标本行二代测序法检测到包括TP53、GNA13、DDX3X、PCLO、CREBBP、ERBB4、ALK在内的7个相关基因变异。2例患者依据Burkitt淋巴瘤NCCN指南进行治疗方案的选择,治疗后均获得完全缓解,无病生存期分别为31个月和17个月。结论:对于MYC重排阴性的高级别Burkitt样淋巴瘤,需考虑到BLL-11q新的实体亚型。该疾病在组织形态、免疫表型及临床过程上与经典Burkitt淋巴瘤相似,但具有独特的分子遗传学特征,基因突变谱可能不同于Burkitt淋巴瘤。
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编辑人员丨5天前
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基于多数据库分析转移性黑色素瘤和乳腺癌脑转移的关键调控基因及其生物学特征
编辑人员丨5天前
目的:通过生物信息数据库的挖掘,探究转移性黑色素瘤和乳腺癌脑转移的关键调控基因、生物学特征和通路。方法:使用基因表达综合(GEO)数据库中转移性黑色素瘤和乳腺癌脑转移的样本数据集GSE8401、GSE46517和GSE12237进行差异基因筛选,设定 P<0.05及logFC>2具有统计学意义,找出差异基因(DEGs)。进一步对DEGs进行基因本体论(Gene Ontology)分析和DAVID数据库通路分析,使用String数据库制作DEGs的蛋白质相互作用(PPI)网络并利用Cytoscape可视化,使用分子复合物检测(MCODE)插件用于筛选Cytoscape中PPI网络的显著交互模块,使用cytoHubba插件对网络进一步分析,采用六种算法来选择枢纽基因,最后使用GeneMARIA数据库构建了枢纽基因和具有共同生物学功能的基因的共表达网络。 结果:最终得到158个DEGs( P<0.05,logFC>2),其中45个基因显著下调,113个显著上调。筛选所得的DEGs主要GO富集为:(1)生物过程(BP):DEGs主要富集在RNA剪接的调控,通过剪接体调控mRNA的剪接,DNA重组的正调控,双链断裂修复的正调控。(2)细胞成分(CC):DEGs主要集中在核小体,焦点黏附,细胞-基质结合点,核染色体,原始溶酶体,嗜酸性颗粒体。(3)分子功能(MF):DEGs主要集中在DNA转录因子结合和RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合上。通过string数据库,获得初步的DEGs的PPI网络(度截止=2,节点分数截止=0.2,k核心=2,最大深度=100),得到158个蛋白质节点和196条连线。通过Cytoscape筛选获得显著的交互模块,模块1的MCODE得分为4.8,而其seed基因为UBE2V1。筛选出核心DEGs 5个,分别为UBE2N、UBE2V2、RBX1、UBE2B和RXRA。 结论:泛素化途径和核调控的细胞死亡和代谢在转移性黑色素瘤和乳腺癌脑转移中发挥重要作用。
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编辑人员丨5天前
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嵌合型18号环状染色体综合征1例
编辑人员丨5天前
男,3个月9日龄,因"竖头不稳、反应迟钝"于2022年6月13日就诊我院。患儿系G 2P 2,足月剖宫产娩出,出生时有羊水污染和缺氧症状,黄疸出现后自行消退。主要表现为反应慢、竖头不稳、会对视、追视,可逗笑。入院体格检查:精神好,呼吸平稳,头围39.5 cm,咽无充血,肺音清,心音有力,腹软,肠鸣音正常。下肢肌张力稍低,俯卧位时支撑抬头好,坐位全前倾,立位双下肢支持体重差,屈髋,降落伞反射未建立,双膝及跟腱反射可引出,Vojta姿势反射见手握举,拇指内收,脚小。头颅MRI检查结果提示蛛网膜下腔增宽(图1),脑白质发育符合0 ~ 2月龄,听力检查未见异常。入院遗传学检查:采集患儿及其父母的外周静脉血样各2 ~ 3 mL,常规培养淋巴细胞72 h,制片,G显带核型分析,计数并分析47个中期分裂相,根据《人类细胞基因组学国际命名体系》(ISCN 2020)描述染色体核型。患儿核型为46,XY,r(18)(p11.21q22.1)[40]/46,XY[7](嵌合比例为85%)(图2),其父母核型均未见异常。为明确缺失区域的大小及断裂点的位置,进一步对患儿进行拷贝数变异测序(copy number variation sequencing,CNV-seq),结果显示其染色体18p11.21p11.32和18q22.q23区分别存在14.86 Mb和14.02 Mb的杂合缺失(图3)。本研究通过了本院医学伦理委员会的审查(2023-K-013),患儿监护人均签署了知情同意书。
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编辑人员丨5天前
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1q21.1微缺失综合征18例患者的临床表型及分子遗传学分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨18例1q21.1微缺失病例的表型特征和单核苷酸多态性微阵列(SNP array)的检测结果。方法:选取18例于2017年6月至2022年12月在深圳市龙岗区妇幼保健院确诊为1q21.1微缺失综合征的病例作为研究对象,收集其临床资料。对所有病例进行1q21.1微缺失及G显带染色体核型分析。结果:在18例样本中,断裂点位于BP3和BP4区域之间者13例;位于BP1/BP2和BP4之间者4例;位于BP2和BP3之间者1例,后者为1q21.1近端缺失,涉及血小板减少伴桡骨缺失综合征(TAR)的区域。上述缺失片段约360 kb ~ 3.9 Mb,包含 CHD1L、 RBM8AB、 GJA5、 GJA8等致病基因。溯源为1q21.1微缺失病例与既往报道的病例缺失范围一致,但临床表型正常或仅轻度异常,与已报道的病例存在差异。在18例1q21.1微缺失病例中,有认知或行为缺陷者9例(9/18,50.0%),生长发育迟缓者8例(8/18,44.4%),头面部畸形者7例(7/18,38.8%),心脏结构异常者5例(5/18,27.8%),小头畸形3例(3/18,16.7%)。 结论:18例1q21.1微缺失综合征患者具有不完全外显和表现度差异,可出现智力障碍、生长发育迟缓、小头畸形等表型,其表型具有广泛的非特异性。
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编辑人员丨5天前
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Y染色体拷贝数变异致性发育异常的临床和遗传学特点
编辑人员丨5天前
目的:探讨Y染色体拷贝数变异致性发育异常(DSD)患儿的临床表型和遗传学特点。方法:回顾性分析郑州大学第一附属医院2018年1月至2022年9月收治的3例Y染色体拷贝数变异致DSD患儿的临床资料,应用染色体核型分析、全外显子测序(WES)、低深度全基因组拷贝数变异测序(CNV-seq),荧光原位杂交(FISH)和性腺组织病理活检技术对患儿进行临床分析和遗传学检测。结果:3例患儿就诊年龄分别为12、9、9岁,均表现为身材矮小和性腺发育不良,社会性别均为女。均为正常女童外阴,例1伴脊柱侧弯,余未见明显异常。3例患儿均报告为46,XY核型,WES未发现相关基因变异。CNV-seq确定例1为47,XYY,+Y(2.12),例2为46,XY,+Y(1.6),即Y染色体拷贝数增加。FISH最终确定2例患儿Yq11.2附近断裂后发生重组,为携带拟双着丝粒Y染色体idic(Y)的嵌合体DSD。例1核型重新诠释为mos 47,X,idic(Y)(q11.23)×2[10]/46,X,idic(Y)(q11.23)[50],例2为45,XO[6]/46,X,idic(Y)(q11.22)[23]/46,X,del(Y)(q11.22)[1]。例3为46,XY,-Y(mos),即Y染色体拷贝数减少,可能为45,XO/46,XY嵌合体。结论:Y染色体拷贝数变异致DSD的女童表现为身材矮小和性腺发育不良,CNV-seq检测到Y染色体拷贝数增加,可采用FISH明确Y染色体结构变异。
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编辑人员丨5天前
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45例t(11;22)相互易位染色体核型的临床特征及1例断裂点检测
编辑人员丨5天前
目的:回顾性分析临床上t(11;22)相互易位核型分布及其携带者的临床特征,为t(11;22)相互易位核型携带者提供遗传咨询和合理的辅助生育意见。方法:分析2014年1月-2019年9月临床上t(11;22)相互易位核型的分布情况和临床特征,并对1例进行纳米孔测序与断裂点分析。结果:共获得45例t(11;22)相互易位核型,包括37例外周血染色体易位核型和8例胎儿羊水染色体易位核型。45例t(11;22)相互易位核型共分为7种类型,t(11;22)(q25;q13)例数最多。临床特征包括不良孕产史20例、原发不孕不育12例、t(11;22)携带者7例、正常生育史6例、产检异常者3例和出生异常者1例。纳米孔测序可以精确定位易位断裂点及破坏的基因。结论:t(11;22)相互易位的核型分布、临床特征和断裂点精确定位有助于解释临床表现的遗传学病因,为遗传咨询和辅助生育提供意见。
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编辑人员丨5天前
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猫叫综合征的产前诊断:11例临床分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨猫叫综合征(Cri-du-chat syndrome,CDCS)的胎儿期超声和遗传学特点。方法:回顾性分析2004年至2021年间在无锡市妇幼保健院确诊、资料完整的11例CDCS病例。收集并分析纳入病例的孕期血清学筛查、无创产前检测(non-invasive prenatal testing,NIPT)、产前超声结果和遗传学检查结果及妊娠结局。对数据资料采用描述性统计方法进行分析。结果:11例中,7例为产前诊断,4例为生后诊断。7例行血清学筛查者中5例异常,其中2例NIPT提示5p-。11例中的8例产前超声表现小脑横径小于-2 SD,其中4例为小脑发育不良(cerebellar hypoplasia,CH),2例为胎儿生长受限,2例头颅各径线和小脑横径均小于-2 SD;1例颈项透明层增厚伴双侧侧脑室脉络丛囊肿、永存左上腔静脉可能;2例未见明显异常。4例患儿经外周血染色体核型分析确诊。7例胎儿经羊水染色体核型分析确诊,其中6例胎儿进一步行单核苷酸多态性微阵列(single nucleotide polymorphism array,SNP array),亲本验证均为新生变异,1例拒绝亲本验证。细胞水平分析发现断裂点位于5p13、5p14和5p15者分别为5、3和3例。产前诊断的7例病例均在孕中期引产。生后诊断的4例患儿随访至3周岁,表型均符合CDCS。 结论:当产前超声发现胎儿CH时,要考虑CDCS的可能,但CH与CDCS的相关性需进一步研究。SNP array的基因定位有助于表型谱的分析及遗传咨询。
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编辑人员丨5天前
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基于DNA双链断裂损伤簇的相对生物效能模拟计算
编辑人员丨5天前
目的:从追溯辐射引起的DNA损伤机制出发,根据基本的生物物理原理获取DNA双链断裂(DSB)损伤簇表示的相对生物效能(RBE)值,探讨DNA损伤与染色体畸变、生殖细胞死亡生物效能的相似性。方法:以低能电子、质子、α粒子作为研究对象,通过辐射物理化学模型,模拟细胞核受粒子辐射的过程。在基于损伤点密度的含噪声密度聚类(DBSCAN)算法的基础上,改进DSB损伤簇分类方法,以减弱模拟过程中损伤点与能量沉积随机分布假设的联系,使得DSB损伤簇更接近于非随机分布。计算获得DSB损伤簇的产额,提出以DSB损伤簇计算RBE值的方法。结果:2 MeV α粒子的DSB损伤簇RBE值(12.29)与生物实验中染色体片段(15.3±5.9)、细胞存活(14.7±5.1)表示的RBE相近。结论:高传能线密度(LET)电离辐射后,不同于简单DSB,DSB损伤簇的RBE与染色体畸变、细胞存活生物效能存在一定的相似性。
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编辑人员丨5天前
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全基因组测序技术鉴定隐匿性染色体平衡易位携带者1例
编辑人员丨5天前
目的:利用全基因组测序技术(whole-genome sequencing, WGS)鉴定1例隐匿性染色体平衡易位携带者,指导其优生优育。方法:应用全基因组测序技术对常规染色体核型分析正常的疑似染色体平衡易位的携带者进行检测,通过基因组数据分析,确定染色体断裂位点。后续用Sanger测序技术对易位携带者进行染色体断裂位点验证。结果:发现先证者母亲为隐匿性平衡易位携带者,全基因组测序结果为seq[GRCh37]t(10;2)(p15.3;q37.3)(chr10:2661197;chr2:237930686),涉及5.3 Mb大小的2q37.3末端和2.7 Mb大小的10p15.3末端的相互易位;父亲未见异常。结论:WGS技术能够精准定位染色体断裂位点,克服了染色体核型分辨不足的劣势;WGS无需细胞培养,有助于染色体易位的快速检测,为携带者的遗传咨询、产前诊断及辅助生殖提供精准信息。
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编辑人员丨5天前
