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肺腺癌患者血清miRNA-21和miRNA-4534水平变化及其对病理特征和预后影响
编辑人员丨5天前
目的:探讨肺腺癌患者血清微小核糖核苷酸(miRNA)-21和miRNA-4534水平变化及其与病理特征和预后的关系。方法:选取湖州市第一人民医院2018年1月至2019年1月收治的肺腺癌患者148例为观察组,另选取该院2018年1月至2019年1月健康体检者100例为对照组。采用实时荧光定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)法测定血清miRNA-21和miRNA-4534相对表达量。比较两组血清miRNA-21和miRNA-4534相对表达量,不同病理特征肺腺癌患者血清miRNA-21和miRNA-4534相对表达量;miRAN-21高表达和miRNA-21低表达患者总生存时间;miRNA-4534高表达和miRNA-4534低表达患者总生存时间。结果:观察组血清miRNA-21相对表达量(3.27±0.87)和miRNA-4534相对表达量6.74±1.56均高于对照组(1.00±0.01、1.02±0.02)( t=20.07、36.64,均 P < 0.05)。不同性别、年龄、体质量指数、肿瘤部位和肿瘤直径血清miRNA-21和miRNA-4534相对表达量比较,差异均无统计学意义(均 P > 0.05);Ⅲ~Ⅳ期肺腺癌患者血清miRNA-21相对表达量(4.45±1.05)高于Ⅰ~Ⅱ期1.92±0.53,且淋巴结转移4.97±1.28高于无淋巴结转移1.34±0.60( t=17.53、23.48,均 P < 0.05)。血清miRNA-4534相对表达量Ⅲ~Ⅵ期(8.97±1.85)高于Ⅰ~Ⅱ期(4.48±1.09),且淋巴结转移9.65±1.35高于无淋巴结转移3.78±0.91( t=17.17、30.59, P < 0.05)。miRNA-21高表达患者总生存时间[(18.37±4.35)个月]短于miRNA-21低表达患者[(29.93±3.24)个月]( t=18.45, P < 0.05)。miRNA-4534高表达患者总生存时间[(17.56±4.21)个月]短于miRNA-4534低表达患者[(30.43±3.63)个月]( t=19.97, P < 0.05)。 结论:肺腺癌患者血清miRNA-21和miRNA-4534高表达,且与TNM分期、淋巴结转移及预后密切相关。
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编辑人员丨5天前
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N6-甲基腺苷修饰在肿瘤及病毒感染中的研究进展
编辑人员丨5天前
表观转录组学代表核糖核酸(RNA)修饰的基因转录后水平调控,参与调控真核生物基因的表达。RNA修饰多存在于真核生物中,方式众多,具有重要功能,其中N6-甲基腺苷(m6A)修饰是真核生物RNA序列中信使RNA(mRNA)上最常见的一种修饰,表现为甲基转移酶催化腺嘌呤在6号氮原子位置发生甲基化修饰,它通过"写入器"、"擦除器"、"阅读器"三类分子生物精准调控来维持动态平衡。m6A修饰与组织发育、生物钟、脱氧核糖核苷酸(DNA)损伤反应、性别决定、肿瘤的发生发展密切相关。人类肿瘤细胞中m6A修饰通过调控多种癌基因和抑癌基因,对肿瘤的发生、发展、增殖、侵袭、转移和免疫应答有重要影响。因此,肿瘤细胞的m6A修饰有望成为一个潜在的抗癌治疗靶点,这对于阐明肿瘤机制和临床治疗具有重要意义。本文还讨论了m6A修饰与病毒感染的关系,包括严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)感染,这种新发现的病毒导致了2019年12月以来的2019冠状病毒病(COVID-19)全球大流行。
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编辑人员丨5天前
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基于16S核糖体RNA高通量测序的严重烧伤患者早期肠道菌群变化分析及代谢功能预测的前瞻性研究
编辑人员丨5天前
目的:基于16S核糖体RNA(16S rRNA)高通量测序分析严重烧伤患者早期肠道菌群变化并进行代谢功能预测。方法:本前瞻性观察性研究将2018年1月—2019年12月江苏大学附属医院烧伤整形科收治的48例符合入选标准的严重烧伤患者纳入烧伤组,将同时期于江苏大学附属医院体检中心进行健康检查的符合入选标准的40名健康志愿者纳入健康组。收集烧伤组患者入院后1周左右的粪便标本及健康组志愿者体检当天粪便标本,进行16S rRNA V4区基因测序,分析各类菌属的相对丰度;应用Mothur软件进行操作分类单元(OTU)划分,分析优势菌群;通过QIIME1.9.0软件分析粪便菌群OTU数目、Chao1指数、Ace指数、Shannon指数;采用Canoco Software 5.0对粪便菌群相对丰度做主成分分析;采用京都基因和基因组数据库预测粪便菌群代谢功能。对数据行独立样本 t检验、Mann-Whitney U检验。 结果:烧伤组患者粪便中拟杆菌属、肠球菌属、不动杆菌属、巨球型菌属、葡萄球菌属相对丰度明显高于健康组志愿者( Z=-5.20、-2.37、-5.17、-4.41、-6.03, P<0.05或 P<0.01),而健康组志愿者粪便中未分类的毛螺杆菌科、普氏菌属、盲杆菌属、未分类的瘤胃球菌科、假丁酸弧菌属、布劳特菌属、未分类的消化链球菌科( Z=-8.03、-3.21、-7.63、-5.88、-8.05、-8.05、-6.77, P<0.01)等19种菌属的相对丰度明显高于烧伤组患者。健康组志愿者粪便菌群多样性优于烧伤组患者,其主要优势菌群为拟杆菌属、未分类的毛螺杆菌科、普氏菌属、未分类的肠杆菌科、布劳特菌属、副拟杆菌属和大肠志贺杆菌属等,而烧伤组患者粪便主要优势菌群为拟杆菌属、普氏菌属、未分类的肠杆菌科和副拟杆菌属。烧伤组患者粪便菌群OTU数目、Ace指数、Chao1指数、Shannon指数分别为(149±47)个、199±45、190±45、2.0±0.9,显著少/低于健康组志愿者的(266±57)个、323±51、318±51、3.8±0.5( t=10.325、11.972、12.224、11.662, P<0.01)。健康组志愿者和烧伤组患者粪便菌群相对丰度在主成分1 被清晰地区分为2个群体,主成分1贡献率为32.50%, P<0.01;健康组志愿者粪便菌群在主成分2上较为集中,烧伤组患者粪便菌群在主成分2上散布较大,主成分2贡献率为13.44%, P>0.05。烧伤组患者粪便菌群氨基酸中丙氨酸-天冬氨酸-谷氨酸、精氨酸-脯氨酸、半胱氨酸-蛋氨酸、甘氨酸-丝氨酸-苏氨酸、苯丙氨酸、色氨酸、酪氨酸以及碳水化合物中三羧酸循环、果糖和甘露糖、半乳糖、酵解/糖异生、淀粉和蔗糖代谢水平显著低于健康组志愿者( Z=-4.75、-4.54、-4.75、-4.62、-3.71、-3.28、-4.19,-3.82、-4.72、-4.35、-4.75、-4.71, P<0.01),硫辛酸代谢和辅酶Q合成水平明显高于健康组志愿者( Z= -6.07、-4.51, P<0.01),花生四烯酸代谢水平与健康组志愿者相近( P>0.05)。 结论:基于16S rRNA高通量测序得出,严重烧伤患者早期肠道菌群和健康人群存在明显差异,烧伤患者肠道菌群种类减少,多样性降低,营养代谢水平降低。
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编辑人员丨5天前
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RRM2B基因复合杂合突变致线粒体DNA耗竭综合征2例家系临床特征及遗传学分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨 RRM2B基因突变致线粒体DNA耗竭综合征(mitochondrial DNA depletion syndrome,MDDS)的临床特征及遗传信息。 方法:对可疑患儿进行全外显子测序筛查潜在的基因变异,Sanger测序进行家系验证,同时采用ClinVar数据库和REVEL等软件预测核苷酸、氨基酸变异对蛋白功能的影响。通过文献检索,对已报道的 RRM2B基因突变患者的遗传资料进行分析,并对 RRM2B基因突变的类型和频率进行评估。 结果:患儿,女,6个月24天,临床上表现为发育倒退、肌张力低下、呼吸衰竭、腹泻等症状,实验室检查提示乳酸酸中毒、肌酶增高,测序结果显示患儿 RRM2B基因存在c.125T>G(p.Phe42Cys)和c.175G>C (p.Ala59Pro)复合杂合突变,分别遗传自其母亲和父亲,患儿哥哥临床症状相同,也同样携带该基因复合杂合突变。文献数据库未见c.125T>G(p.Phe42Cys)位点变异的相关文献报道,2022年有1例报道c.175G>C (p.Ala59Pro)位点突变,根据美国医学遗传学与基因组学学会指南,判定为可能致病性变异。 RRM2B基因突变目前报道共105例患者62种变异(包含本研究纳入的2例患者),外显子E6和E9是突变热点,突变类型以错义突变多见。 结论:RRM2B基因c.125T>G(p.Phe42Cys)和c.175G>C (p.Ala59Pro)杂合突变是导致MDDS的突变位点,本研究结果加强了对该类疾病的临床特征和遗传性病因认识,同时扩展了 RRM2B基因变异谱。
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编辑人员丨5天前
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用于化学和酶合成的治疗性RNA的修饰核苷酸
编辑人员丨5天前
近年来,RNA被广泛应用于药物和疫苗等的研发之中,RNA在应用研究中遇到的困难可以尝试在合成RNA的过程中加入经过修饰的核苷酸来克服。基于酶合成的方法主要包括体内转录和体外转录,体内转录可以使用工程支架来促进RNA产物环状化,提高RNA的稳定性,相对经济也是其优点之一,而广泛的下游加工则是该方法的弊端;体外转录是目前RNA合成的最常用的方法,需要设计携带特异性噬菌体启动子片段(S6、T3、T7)的DNA模板,以便RNA聚合酶结合和提供转录启始信号,获得的寡核苷酸长度范围大,生产成本相对较低,可重复性强,但由于3′端存在异质性,可能导致产物末端不均匀。该方法中,仅T7 RNA聚合酶可以接受修饰的核苷酸。获得含有核苷酸类似物的短RNA分子的最佳方法是化学合成,常用的是磷酸酰胺固相合成法,主要步骤为脱三苯甲基(使用三氯或二氯乙酸溶液去除DMT基团)、缩合反应(游离的5′-羟基与活化的核苷3′-磷酸酰胺反应形成新的核苷酸间键)、加帽(使用乙酸酐/鲁替丁/N-甲基咪唑混合物将游离的5′-OH转化为乙酰酯)、氧化(不稳定的亚磷酸盐-P(III)氧化为P(V)磷酸)。化学合成可获得任何短RNA(<20 nt)的准确片段,便于引入修饰的核苷酸,但对于合成长RNA(>100 nt)效率低下,设备非常昂贵。核苷酸修饰可以调节RNA的功能,包括调控基因表达,参与一些病理过程或影响RNA的结构。获得含有修饰核苷酸的RNA分子最方便的方法是化学合成,优点是可以在RNA片段的每个位置加入修饰的核苷酸,将较多种类的修饰结合到两条RNA链中。每一种修饰都可以调节RNA的性质,这严格依赖于核苷酸单位内修饰的位置,包括核碱基、磷酸主链、核糖环等。
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编辑人员丨5天前
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ATM基因多态性与散发性乳腺癌易感性的相关性分析
编辑人员丨5天前
目的:分析共济失调毛细血管扩张突变基因(ATM)rs1801516、rs1800054两位点单核苷酸多态性(SNP)与蒙古地区散发性乳腺癌(SBC)的相关性。方法:前瞻性收集2018年1月至2019年9月在内蒙古医科大学附属医院就诊的SBC患者102例(汉族72例、蒙古族30例)作为病例组,并选取同期健康体检女性102例(汉族72例、蒙古族30例)作为对照组,采集受试者静脉血2 ml提取细胞核脱氧核糖核酸(DNA),根据单核苷酸多态性数据库(dbSNP)数据库选取出ATM基因高度多态性rs1801516和rs1800054位点,采用聚合酶链式反应(PCR)及直接测序法检测两位点多态性,分析两位点单核苷酸多态性与内蒙古地区SBC易感的相关性,并分析内蒙古地区SBC患者临床病理因素与ATM基因多态性的关系。结果:ATM基因rs1801516位点检出野生纯合子GG、突变杂合子GA及突变纯合子AA型,rs1800054位点仅检出野生纯合子CC型。各基因型频率及等位基因频率在蒙古族乳腺癌组与汉族乳腺癌组、蒙古族对照组与汉族对照组、蒙古族乳腺癌组与蒙古族对照组、汉族乳腺癌组与汉族对照组中分布差异均无统计学意义(均 P>0.05)。Logistic回归分析显示,等位基因G是内蒙古地区SBC的易感基因( OR:1.775,95% CI:1.04~3.03, P=0.04)。ATM rs1801516多态性与乳腺癌肿瘤长径≤2 cm和(或)不伴有淋巴结转移的患者乳腺癌患病风险增加有关(均 P<0.05)。 结论:ATM基因rs1801516和rs1800054位点基因多态性可能与内蒙古地区SBC患病风险无明显相关性。rs1801516位点可能与乳腺癌肿瘤长径≤2 cm和(或)不伴有淋巴结转移的患者乳腺癌患病风险增加存在相关性,基因G可能是内蒙古地区SBC的易感基因之一。
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编辑人员丨5天前
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核仁小RNA在恶性肿瘤中的研究进展
编辑人员丨5天前
核仁小RNA(snoRNA)是一类长度约为60~300个核苷酸的非编码RNA,主要指导核糖体RNA的甲基化和假尿苷化,参与核糖体的成熟和转录后修饰。典型的snoRNA分为C/D 盒(C/D box)和H/ACA 盒(H/ACA box)两种主要类型。越来越多的证据证明,snoRNA可影响细胞多种生物学行为,与肿瘤形成密切相关。异常的snoRNA通过激活或抑制癌症相关信号通路、靶向作用于p53蛋白,以及调控细胞的自我更新潜能,从而导致肿瘤发生。本文就snoRNA的基本结构及其在恶性肿瘤中的作用机制进行阐述,以期为寻找有效肿瘤治疗靶点和评估患者预后提供新思路。
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编辑人员丨5天前
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基于16S核糖体RNA高通量测序探讨加味四君子汤对严重烫伤兔肠道菌群多样性的影响
编辑人员丨5天前
目的:基于16S核糖体RNA(16S rRNA)高通量测序,探讨加味四君子汤对严重烫伤兔肠道菌群多样性的影响。方法:采用实验研究方法。选取90只6~8个月龄雌雄不限日本大耳兔,按照随机数字表法分为正常对照组、单纯烫伤组、烫伤+低剂量组、烫伤+中剂量组、烫伤+高剂量组,每组18只。正常对照组兔自由饮食、饮水,单纯烫伤组、烫伤+低剂量组、烫伤+中剂量组、烫伤+高剂量组兔制作30%体表总面积Ⅲ度烫伤模型后分别给予生理盐水、0.2 g/mL加味四君子汤、1.0 g/mL加味四君子汤、5.0 g/mL加味四君子汤灌胃,持续给药7 d。于分组处理第1、3、7天,采用酶联免疫吸附测定法检测各组兔回肠黏膜组织中的肿瘤坏死因子α(TNF-α)、白细胞介素1β(IL-1β)、IL-10水平,各组每个时间点的样本数为6。根据前述实验结果,另外选取9只兔分为正常对照组、单纯烫伤组、烫伤+中剂量组,每组3只,各组兔分组及处理方法同前。于分组处理第7天,采用高通量测序技术对3组兔回肠黏膜菌群的16S rRNA V3、V4区进行测序;采用QIIME软件统计菌群优质序列数目;使用RDP Classifier软件分析菌群的门、纲、目、科、属水平;采用Illumina MiSeq测序技术对菌群行α多样性(Ace、Chao1、Simpson、Shannon指数)和β多样性分析。对数据行析因设计方差分析、SNK检验及Bonferroni校正。结果:与正常对照组相比,单纯烫伤组、烫伤+低剂量组、烫伤+高剂量组分组处理第1、3、7天和烫伤+中剂量组分组处理第1、3天兔回肠黏膜组织中的TNF-α水平均明显升高( P<0.01),单纯烫伤组、烫伤+低剂量组、烫伤+中剂量组、烫伤+高剂量组分组处理第1、3、7天兔回肠黏膜组织中的IL-1β水平均明显升高( P<0.05或 P<0.01),单纯烫伤组、烫伤+低剂量组、烫伤+中剂量组、烫伤+高剂量组分组处理第1、3、7天兔回肠黏膜组织中的IL-10水平均显著降低( P<0.01)。与单纯烫伤组相比,烫伤+低剂量组、烫伤+中剂量组、烫伤+高剂量组分组处理第3、7天及烫伤+中剂量组分组处理第1天兔回肠黏膜组织中的TNF-α水平均明显降低( P<0.01),烫伤+低剂量组、烫伤+中剂量组、烫伤+高剂量组分组处理第3、7天及烫伤+中剂量组分组处理第1天兔回肠黏膜组织中的IL-1β水平均明显降低( P<0.01),烫伤+低剂量组分组处理第7天和烫伤+中剂量组分组处理第1、3、7天以及烫伤+高剂量组分组处理第3、7天兔回肠黏膜组织中的IL-10水平均显著升高( P<0.05或 P<0.01)。与烫伤+低剂量组相比,烫伤+中剂量组分组处理第1、3、7天和烫伤+高剂量组分组处理第3、7天兔回肠黏膜组织中的TNF-α水平均明显降低( P<0.01),烫伤+中剂量组分组处理第1、3、7天和烫伤+高剂量组分组处理第3、7天兔回肠黏膜组织中的IL-1β水平均显著降低( P<0.05或 P<0.01),烫伤+中剂量组分组处理第1、3、7天和烫伤+高剂量组分组处理第7天兔回肠黏膜组织中的IL-10水平均显著升高( P<0.05或 P<0.01)。与烫伤+中剂量组相比,烫伤+高剂量组分组处理第1、3、7天兔回肠黏膜组织中的TNF-α水平均明显升高( P<0.01),烫伤+高剂量组分组处理第1、3、7天兔回肠黏膜组织中的IL-10水平均明显降低( P<0.01),烫伤+高剂量组分组处理第7天兔回肠黏膜组织中的IL-1β水平均显著降低( P<0.01)。与第1天比较,单纯烫伤组分组处理第3、7天以及正常对照组分组处理第3天兔回肠黏膜组织中的TNF-α水平均明显升高( P<0.05或 P<0.01),单纯烫伤组分组处理第3、7天兔回肠黏膜组织中的IL-1β水平均明显升高( P<0.01),烫伤+低剂量组、烫伤+高剂量组分组处理第7天和烫伤中剂量组分组处理第3、7天兔回肠黏膜组织中的IL-10水平均明显升高( P<0.05或 P<0.01);烫伤+高剂量组分组处理第3、7天及烫伤+中剂量组分组处理第7天的兔回肠黏膜组织中的TNF-α水平均明显降低( P<0.05或 P<0.01),烫伤+中剂量组分组处理第7天兔回肠黏膜组织中的IL-1β水平明显降低( P<0.01),单纯烫伤组分组处理第7天兔回肠黏膜组织中的IL-10水平明显降低( P<0.01)。与第3天比较,单纯烫伤组分组处理第7天兔回肠黏膜组织中的TNF-α、IL-1β水平及正常对照组、烫伤+低剂量组、烫伤+中剂量组和烫伤+高剂量组分组处理第7天兔回肠黏膜组织中的IL-10水平均明显升高( P<0.05或 P<0.01),烫伤+低剂量组、烫伤+中剂量组、烫伤+高剂量组分组处理第7天兔回肠黏膜组织中的TNF-α水平均明显降低( P<0.05),烫伤+中剂量组、烫伤+高剂量组分组处理第7天兔回肠黏膜组织中的IL-1β水平均明显降低( P<0.05或 P<0.01),单纯烫伤组分组处理第7天兔回肠黏膜组织中的IL-10水平明显降低( P<0.01)。分组处理第7天,正常对照组、单纯烫伤组、烫伤+中剂量组兔回肠黏膜中的菌群分别获96 023、107 365、95 921条优质序列。3组兔回肠黏膜中的菌群在门、纲、目、科、属的分类水平上均分别以拟杆菌门和厚壁菌门、梭菌纲和拟杆菌纲、梭菌目和拟杆菌目、瘤胃菌科和梭菌科及拟杆菌科、梭菌属和拟杆菌属及瘤胃菌属菌群为主,但各组菌群组成不同。3组兔回肠黏膜中菌群的Ace、Chao1、Simpson、Shannon指数均没有显著差异( P>0.05),β多样性无明显差异。 结论:严重烫伤后兔回肠黏膜炎症反应明显,并呈时间依赖性增加。加味四君子汤可减轻炎症反应,其治疗效果最佳质量浓度为1.0 g/mL。高通量测序法能够精准地反映肠道菌群的结构组成,加味四君子汤对严重烫伤后肠道菌群具有一定的调节作用。
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编辑人员丨5天前
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基于16S rDNA及ITS高通量测序分析甲真菌病病甲微生物群落的变化
编辑人员丨5天前
目的:比较甲真菌病患者病甲与健康甲细菌和真菌微生物菌群差异。方法:收集2020年8月至2021年6月于大连市皮肤病医院门诊就诊的31例甲真菌病患者的病甲及健康甲的甲屑样本,提取甲屑菌群总DNA,以细菌16S rDNA的V3-V4区序列及真菌内转录间隔区(ITS)作为目标序列进行基因扩增及Illumina测序,对所测序列采用USEARCH和mothur软件进行OTU聚类分析,采用Wilcoxon rank sum test方法进行α多样性分析,采用相似性分析(Anosim)进行β多样性分析,采用LEFSe方法进行物种差异分析。结果:入组甲真菌病患者31例,男16例,女15例,按年龄分青年组(18 ~ 35岁)10例,中年组(36 ~ 60岁)11例,老年组(大于60岁)10例。α多样性分析显示,病甲组标本Shannon指数明显低于健康甲组( W = 290, P = 0.007),而Simpson指数明显高于健康甲组( W = 663, P = 0.010),病甲组细菌菌群的多样性及均匀度低于健康甲组,病甲在真菌菌群的多样性与健康甲无明显区别。β多样性分析显示,基于unweighted-unifrac距离矩阵分析结果,病甲组与健康甲组细菌和真菌微生物的组成差异无统计学意义(细菌菌群: R = 0.0052, P = 0.331;真菌菌群: R = 0.0036, P = 0.337);基于weighted-unifrac距离矩阵分析结果,病甲组与健康甲组在细菌菌群及真菌菌群的丰度方面差异均有统计学意义(均 P = 0.001)。在物种组成上,病甲组较健康甲组丰度显著降低的细菌菌群有拟杆菌门及变形菌门、β-变形菌纲、伯克氏菌目、罗尔斯顿菌属、鞘氨醇单胞菌属、链球菌属,而芽孢杆菌纲、芽孢杆菌目、葡萄球菌属明显高于健康甲组。病甲组显著升高的真菌菌群有散囊菌纲、爪甲团囊菌目、未分类锤舌菌目、关节皮肤真菌科、黑团孢属、白粉菌属、铁艾酵母属、毛癣菌属、十字花科白粉菌、红色毛癣菌、合轴马拉色菌,而酵母菌纲-酵母菌目-酵母菌科、隐囊菌科、念珠菌、链格孢菌较健康甲组显著降低。 结论:甲真菌病患者病甲与健康甲细菌菌群的多样性及丰度均有明显的差异,真菌菌群仅丰度存在一定的差异,其中某些真菌和细菌菌属可能具有相关性。
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编辑人员丨5天前
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转酮醇酶在糖尿病及其并发症发生和治疗中作用的研究进展
编辑人员丨1个月前
转酮醇酶(TKT)是催化磷酸戊糖途径(PPP)非氧化阶段基团转移反应的重要酶,参与机体各类能源物质,如葡萄糖、核糖、核苷酸以及脂质的代谢.TKT可以通过抑制高糖环境下蛋白质和脂质非酶糖基化(NEG)产生的晚期糖基化终末产物(AGEs),减少氧化应激、炎性反应、动脉粥样硬化、内皮功能障碍以及Tau蛋白磷酸化等,进而改善血糖、糖耐量和β细胞功能,达到预防和治疗糖尿病及其并发症的作用.
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编辑人员丨1个月前
