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基于网络药理学和实验研究小续命汤治疗中风的药效物质及作用机制
编辑人员丨5天前
目的:探讨小续命汤治疗中风的药效物质及作用机制.方法:基于UHPLC-Q Exactive Plus HRMS鉴定小续命汤中的成分,网络药理学预测小续命汤治疗中风的活性成分及潜在机制,鹌鹑胚绒毛尿囊膜(qCAM)实验可视化小续命汤的促血管生成作用.结果:从小续命汤中鉴别出麻黄碱、升麻素苷和黄芩苷等68个成分,包括氨基酸类、生物碱类、黄酮类、香豆素类、萜类、丁基苯肽类等化合物;成分与中风的交集靶点建立了蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,共筛选出IL-6、TNF、EGFR、PDGFRB和PIK3CA等33个核心靶点;麻黄碱、黄芩苷和人参皂苷Rg1等57种活性成分;核心靶点的富集分析表明小续命汤治疗中风可能主要通过磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K-AKT)和血管生成因子(VEGF)信号通路等与血管生成相关的通路.qCAM实验中阳性对照组(Gas,0.02 mg)和小续命汤高剂量组(XXMD-H,2 mg,折合生药量16.69 mg)的血管相对面积比空白组显著增加(P<0.05),较好地可视化了小续命汤促进血管生成.结论:本研究通过结合UHPLC-Q Exactive Plus HRMS和网络药理学的方法阐明了小续命汤治疗中风的药效物质,得出潜在作用机制可能与作用于PI3K-AKT、VEGF等信号通路促进血管生成有关,并通过qCAM实验评价其促进血管生成活性,RT-qPCR进一步验证相关靶点,为小续命汤的质量研究与进一步开发提供参考.
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编辑人员丨5天前
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基于HPLC和网络药理学方法的三化汤治疗脑缺血活性成分含量测定及作用靶点预测
编辑人员丨5天前
目的:结合HPLC和网络药理学方法对三化汤治疗脑缺血的活性成分进行含量测定,预测其发挥作用的潜在靶点。方法:采用HC-C18色谱柱(250 mm×4.6 mm,5 μm),流动相为甲醇-乙腈-0.05%磷酸水,梯度洗脱,流速1.0、0.8 ml/min;检测波长254 nm,柱温30 ℃,进样量10 μl。运用TCMIP V 2.0平台检索大黄酸、大黄素、大黄酚、橙皮苷、厚朴酚和羌活醇6种成分作用靶点,以Cerebral ischemia为关键词,检索GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、疗效药靶数据库(TTD)、Disgenet数据库,筛选6种活性成分治疗脑缺血潜在靶点,构建蛋白质相互作用网络和疾病-成分-靶点-通路整合网络。结果:三化汤中6种活性成分大黄酸、大黄素、大黄酚、橙皮苷、厚朴酚和羌活醇线性范围分别为0.080 4~0.804 0 μg、0.015 3~0.382 0 μg、0.041 8~0.626 4 μg、0.312 6~3.908 0 μg、0.037 9~0.568 8 μg、0.045 3~1.359 6 μg,相关系数均大于0.999 0。经测定7份样品中上述6个成分含量范围分别为0.887~0.971 mg/g、0.094~0.101 mg/g、0.110~0.119 mg/g、1.494~1.669 mg/g、0.126~0.145 mg/g、0.153~0.167 mg/g。网络药理学分析发现,TNF、TP53、MAPK14、JUN、IL1B、MYC、ESR1、ICAM1、PTGS2、PPARG为三化汤中6种活性成分治疗脑缺血的核心靶点。结论:建立了三化汤治疗脑缺血6种活性成分质量控制方法,该方法样品处理简便,色谱条件简单,结果准确。明确了三化汤中6种活性成分治疗脑缺血的10个潜在靶点,为进一步研究其作用机制奠定基础。
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编辑人员丨5天前
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基于VOSviewer和CiteSpace的开心散研究现状及热点可视化分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨开心散的研究现状及热点。方法:检索中国知识资源总库(CNKI)、中国学术期刊数据库(万方数据)、中文科技期刊数据库(重庆维普)、中国生物医学文献数据库(CBM)、PubMed及Web of Science建库至2023年1月10日发表的开心散研究文献。采用CiteSpace 6.2.R2和VOSviewer 1.6.16软件对纳入文献的文献类型、来源期刊、发文量、作者、机构、关键词等数据进行可视化分析。结果:纳入文献235篇,以中文期刊论文为主,涉及来源期刊87种,其中《中国中药杂志》和 J.Ethnopharmacol发文较多。开心散年发文量整体呈上升趋势,涉及505位作者,形成了以刘屏、姜艳艳等为核心的研究团队;纳入文献作者来自99家研究机构,机构间的合作以地理区域相同和相近单位、中医药大学及其附属医院为主;关键词共现聚类网络、关键词共现时间网络和关键词突现分析结果表明,开心散主要活性成分组成(人参皂苷类、茯苓酸、细辛醚类、酮类和寡糖酯类)、检测方法(HPLC及液质联用)、开心散药理作用(抗老年痴呆、抗抑郁)、作用机制及临床应用是当前研究热点和发展动向。 结论:开心散的研究多集中于AD、抑郁症等疾病作用机制和临床研究,其中开心散主要活性成分研究是近年热点内容,而药理作用机制及临床应用等发展趋势较好,基于组方活性成分与功效相关性可能成为开心散研究新的热点方向。
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编辑人员丨5天前
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基于16S核糖体RNA高通量测序的严重烧伤患者早期肠道菌群变化分析及代谢功能预测的前瞻性研究
编辑人员丨5天前
目的:基于16S核糖体RNA(16S rRNA)高通量测序分析严重烧伤患者早期肠道菌群变化并进行代谢功能预测。方法:本前瞻性观察性研究将2018年1月—2019年12月江苏大学附属医院烧伤整形科收治的48例符合入选标准的严重烧伤患者纳入烧伤组,将同时期于江苏大学附属医院体检中心进行健康检查的符合入选标准的40名健康志愿者纳入健康组。收集烧伤组患者入院后1周左右的粪便标本及健康组志愿者体检当天粪便标本,进行16S rRNA V4区基因测序,分析各类菌属的相对丰度;应用Mothur软件进行操作分类单元(OTU)划分,分析优势菌群;通过QIIME1.9.0软件分析粪便菌群OTU数目、Chao1指数、Ace指数、Shannon指数;采用Canoco Software 5.0对粪便菌群相对丰度做主成分分析;采用京都基因和基因组数据库预测粪便菌群代谢功能。对数据行独立样本 t检验、Mann-Whitney U检验。 结果:烧伤组患者粪便中拟杆菌属、肠球菌属、不动杆菌属、巨球型菌属、葡萄球菌属相对丰度明显高于健康组志愿者( Z=-5.20、-2.37、-5.17、-4.41、-6.03, P<0.05或 P<0.01),而健康组志愿者粪便中未分类的毛螺杆菌科、普氏菌属、盲杆菌属、未分类的瘤胃球菌科、假丁酸弧菌属、布劳特菌属、未分类的消化链球菌科( Z=-8.03、-3.21、-7.63、-5.88、-8.05、-8.05、-6.77, P<0.01)等19种菌属的相对丰度明显高于烧伤组患者。健康组志愿者粪便菌群多样性优于烧伤组患者,其主要优势菌群为拟杆菌属、未分类的毛螺杆菌科、普氏菌属、未分类的肠杆菌科、布劳特菌属、副拟杆菌属和大肠志贺杆菌属等,而烧伤组患者粪便主要优势菌群为拟杆菌属、普氏菌属、未分类的肠杆菌科和副拟杆菌属。烧伤组患者粪便菌群OTU数目、Ace指数、Chao1指数、Shannon指数分别为(149±47)个、199±45、190±45、2.0±0.9,显著少/低于健康组志愿者的(266±57)个、323±51、318±51、3.8±0.5( t=10.325、11.972、12.224、11.662, P<0.01)。健康组志愿者和烧伤组患者粪便菌群相对丰度在主成分1 被清晰地区分为2个群体,主成分1贡献率为32.50%, P<0.01;健康组志愿者粪便菌群在主成分2上较为集中,烧伤组患者粪便菌群在主成分2上散布较大,主成分2贡献率为13.44%, P>0.05。烧伤组患者粪便菌群氨基酸中丙氨酸-天冬氨酸-谷氨酸、精氨酸-脯氨酸、半胱氨酸-蛋氨酸、甘氨酸-丝氨酸-苏氨酸、苯丙氨酸、色氨酸、酪氨酸以及碳水化合物中三羧酸循环、果糖和甘露糖、半乳糖、酵解/糖异生、淀粉和蔗糖代谢水平显著低于健康组志愿者( Z=-4.75、-4.54、-4.75、-4.62、-3.71、-3.28、-4.19,-3.82、-4.72、-4.35、-4.75、-4.71, P<0.01),硫辛酸代谢和辅酶Q合成水平明显高于健康组志愿者( Z= -6.07、-4.51, P<0.01),花生四烯酸代谢水平与健康组志愿者相近( P>0.05)。 结论:基于16S rRNA高通量测序得出,严重烧伤患者早期肠道菌群和健康人群存在明显差异,烧伤患者肠道菌群种类减少,多样性降低,营养代谢水平降低。
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编辑人员丨5天前
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地黄叶总苷胶囊对核苷类药物肾损伤的疗效及线粒体自噬的作用
编辑人员丨5天前
目的:研究地黄叶总苷胶囊对核苷类药物所致肾损伤的疗效及线粒体自噬的作用。方法:使用阿德福韦酯(ADV)建立乙型肝炎病毒(HBV)转基因乙型肝炎小鼠肾损伤模型,造模1周及2周检测各组肾功能,造模2周时检测肾脏组织线粒体自噬指标,透射电镜检测肾脏组织线粒体自噬现象。后分别予地黄叶总苷胶囊或等渗盐水对肾损伤小鼠灌胃治疗8周,检测肾功能,观察肾脏组织形态并检测肾脏组织线粒体自噬指标。观察不同浓度毛蕊花糖苷(地黄叶总苷胶囊主要有效成分)对ADV引起HK-2细胞损伤后的保护作用。将HK-2细胞分为对照组、ADV以及ADV加毛蕊花糖苷组。观察不同时间及不同浓度毛蕊花糖苷对HK-2细胞线粒体自噬指标的影响。收集50例使用核苷(酸)类似物治疗后出现肾损伤的慢性乙型肝炎患者。随机数法分为对照组29例按常规治疗,治疗组21例在对照组的基础上给予地黄叶总苷胶囊治疗,8周检测血清肌酐(Scr)、尿蛋白。统计学方法用 χ2 ?或 t检验。 结果:ADV组造模2周引起HBV小鼠肾功能损伤,ADV组肾组织自噬指标表达高于对照组;透射电镜观察到ADV组肾脏组织线粒体自噬现象。与对照组相比,地黄叶总苷胶囊治疗2个月HBV小鼠肾功能好转,自噬指标表达下调。毛蕊花糖苷促进ADV损害的HK-2细胞的增殖,且较单独ADV组自噬指标表达下调。50例有肾功能损伤的患者中,治疗组的尿蛋白改善显著优于对照组,治疗组有效18例、无效3例,对照组有效12例、无效17例,差异有统计学意义( χ2 ?=?9.975?0, P ?=?0.001?6)。治疗组血肌酐减低,治疗组有效11例、无效10例,对照组有效12例、无效17例,2组差异无统计学意义( χ2 ?=?0.593?5, P ?=?0.441?1)。 结论:地黄叶总苷胶囊可改善核苷(酸)类似物所致慢性乙型肝炎的肾功能损伤,可能通过抑制PINK1/PARKIN介导的线粒体自噬发挥作用。
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编辑人员丨5天前
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基于网络药理学研究三七治疗血小板聚集的作用机制
编辑人员丨5天前
目的:通过网络药理学研究三七治疗血小板聚集的作用机制。方法:查询中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库筛选三七的药物成分,使用Swiss Target Prediction预测药物成分的作用靶点;运用GeneCards获取血小板聚集的疾病靶点,利用venny 2.1获取交集靶点。使用String进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析并使用Cytoscape构建网络图,使用Cytoscape软件构建"药物-靶点-通路"网络图。利用Metascape进行基因本体(GO)富集分析及京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路分析。结果:三七中的7个有效成分通过多条通路直接作用于142个疾病靶点治疗血小板聚集,其中β-谷甾醇、豆甾醇、槲皮素和人参皂苷Rh 2等是核心成分,肿瘤蛋白p53(TP53)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、JUN、肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素-6(IL-6)、蛋白激酶B1(AKT1)是重要靶点。GO富集分析显示,生物过程(BP)主要涉及细胞对脂质的反应、对激素的反应、细胞对氮化合物的反应等;细胞组分(CC)主要涉及膜筏、膜微区、小窝和质膜筏等;分子功能(MF)主要涉及DNA结合转录因子结合、转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ特异度DNA结合转录因子结合等。KEGG通路富集分析表明,三七治疗血小板聚集的信号通路主要有晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)、磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)/Akt、缺氧诱导因子-1(HIF-1)、TNF、MAPK等。 结论:三七主要通过调节AGE-RAGE、PI3K/Akt、HIF-1、TNF、MAPK等信号通路的TP53、MAPK1、JUN、TNF、IL-6、AKT1等疾病靶点,调节酶类活性治疗血小板聚集。
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编辑人员丨5天前
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基于网络药理学研究益肾清利颗粒对IgA肾病的作用机制
编辑人员丨5天前
目的:通过网络药理学探讨益肾清利颗粒对IgA肾病的作用机制。方法:通过TCMSP筛选益肾清利颗粒8味中药的相关成分及作用靶点,于Uniprot数据库将作用靶点转换成基因,使用Cytoscape 3.6.0构建药物活性成分-靶点网络;通过人类基因组数据库(GeneCards)筛选IgA肾病相关靶标,将药物及疾病靶点导入Venny 2.1软件取交集,得到的共有靶标上传于STRING平台构建蛋白质互作网络,借助生物信息资源数据库对生成结果进行GO及KEGG富集分析,并构建"益肾清利颗粒成分-靶点-信号通路"多维网络。结果:筛选得到69个活性成分,包括人参皂苷、β-谷甾醇、谷甾醇、槲皮苷等。得到益肾清利颗粒作用于IgA肾病的靶点94个,其中核心靶点30个,主要包括Jun原癌基因(JUN)、TNF、肿瘤蛋白p53(TP53)、AKT1及IL-6等。KEGG富集分析结果主要涉及3条通路,分别是PI3K-AKT通路、TNF炎症通路及MAPK通路。结论:益肾清利颗粒通过多成分、多靶点、多途径作用于IgA肾病,本研究通过网络药理学探讨益肾清利颗粒的治疗机制,为进一步实验研究奠定基础。
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编辑人员丨5天前
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还原叶酸载体(RFC1)在结直肠中的表达、相关信号通路及其与患者预后关系的生物信息学分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨还原叶酸载体(RFC1)在结直肠癌(CRC)中的表达、相关信号通路及其与患者预后关系。方法:在癌症基因组图集(TCGA)数据库中分析RFC1基因在多种实体肿瘤及CRC中的表达情况。采用检索相互作用基因的搜索工具(STRING)建立RFC1蛋白相互作用网络。通过使用基因表达谱交互分析(GEPIA)数据库比较RFC1高、低表达组患者的生存期差异。使用注释、可视化和集成发现(DAVID)数据库对差异表达基因进行基因肿瘤学(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。分析CRC组织和癌旁正常组织中RFC1的免疫组化表达水平及其表达部位。结果:RFC1 mRNA在各种人类实体肿瘤中的表达差异并不明显。在CRC组织中,RFC1表达水平高于癌旁正常组织,但RFC1表达水平与患者的肿瘤分期无关。RFC1蛋白间的相互联系指数为119,平均蛋白间区域聚类系数为0.836,RFC1及其相互作用基因间存在明显的蛋白网络富集( P<0.05)。RFC1生物学过程主要富集于DNA复制、半保守复制维持端粒活性、DNA代谢过程、无差错翻译合成、参与DNA修复的DNA合成等;细胞成分主要富集于复制叉、染色体、核质、DNA复制因子C复合物、Ctf18类RFC复合物等;分子功能主要富集于DNA结合核酸结合、DNA结合受损、DNA活性、催化活性等。对于KEGG信号通路,RFC1主要富集于DNA复制、核苷酸切除修复、错配修复和恶性肿瘤发生等。RFC1高表达者的无病生存率和总生存率低于低表达组,其中两者在总生存率上的差异有统计学意义( P<0.05)。RFC1蛋白主要表达于细胞质,阳性表达呈现黄褐色颗粒状,均匀分布于细胞内,且在结直肠癌组织中RFC1大多为高或中表达,而在正常肠上皮中低表达。 结论:RFC1在CRC组织中表达升高,其高表达与CRC患者的总生存率降低有关。RFC1可作为CRC预后不良的分子标志物,并可能成为CRC治疗的潜在靶点。
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编辑人员丨5天前
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基于网络药理学和分子对接法探讨虎杖干预类风湿关节炎作用机制
编辑人员丨5天前
目的:探讨虎杖干预类风湿关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的分子作用机制。方法:通过TCMSP筛选虎杖的有效活性成分并预测相关靶点,通过GeneCards数据库预测RA相关靶点,将虎杖药效靶点与RA相关靶点取交集,得到虎杖干预RA的共同靶点,使用Cytoscape 3.7.2构建药物-活性成分-靶点-疾病网络。将获得的共同靶点导入STRING数据库进行蛋白质相互作用分析,经R语言计算筛选出虎杖干预RA的核心靶点。运用DAVID在线数据库及R语言对共同靶点进行GO分子功能富集分析和KEGG通路富集分析。使用AutoDock Vina软件对活性成分和前5位核心靶点进行分子对接。结果:筛选获得10个虎杖有效活性成分和对应的203个药效靶点,检索得到4 424个RA相关靶基因,取交集后得到139个虎杖干预RA的共同靶点,蛋白相互作用网络分析提示,v-akt鼠科胸腺瘤病毒癌基因同源物Ⅰ (v-akt murine thymoma viral oncogene homolog 1, AKT1)基因、肿瘤蛋白p53(tumor protein p53, TP53)基因、JUN、MAPK1、人v-rel禽网状内皮细胞过多症病毒癌基因同源物(AV-Rel Reticuloendotheliosis Viral Oncogene Homolog A, RELA)等为核心靶点。GO富集分析得到虎杖干预RA的分子功能共35个,包括ATP结合、锌离子结合、转录因子活性等。KEGG富集分析得到虎杖干预RA的相关信号通路共117条,包括PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、癌症通路等。分子对接显示,有效成分均与基因AKT1、TP53、JUN、MAPK1、RELA对接良好,其中大黄素甲醚双葡萄糖苷与JUN显示出较好的结合能力。结论:基于网络药理学和分子对接法分析虎杖可多靶点、多通路干预RA,为其药品研发提供参考。
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编辑人员丨5天前
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基于网络药理学及实验研究的浙贝母-金银花药对治疗糖尿病足的作用机制
编辑人员丨5天前
目的:探究浙贝母-金银花药对治疗糖尿病足的作用机制。方法:通过TCMSP筛选浙贝母-金银花药对的药物成分,使用Swiss Target Prediction预测药物成分的作用靶点,运用GeneCards获取糖尿病足的疾病靶点,利用Venny 2.1获取交集靶点。使用STRING进行蛋白质间作用网络(PPI)分析并使用Cytoscape构建网络图,利用Metascape进行基因本体(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析。使用Cytoscape软件构建"药物-靶点-通路"网络图。建立糖尿病足大鼠模型并用浙贝母-金银花药对局部外敷治疗患处,观察治疗效果及检测血清筛选靶点表达。结果:浙贝母-金银花药对中的38个有效成分通过多条通路直接作用于339个疾病靶点治疗糖尿病足,其中木犀草素(Luteolin)、苦叶草素(Picropodophyllin)、天竺葵素(Pelargonidin)、紫鄂贝碱(Ziebeimine)、浙贝乙素(Peiminine)、腺苷(Adenosine)等是核心成分,TP53、EP300、HSP90AA1、CTNNB1、Akt1是至关重要的靶点。基因功能注释分析结果显示,交集基因最可能相关的生物过程主要涉及细胞转录因子结合、细胞对氮化合物反应、激素反应等,细胞组分主要涉及膜筏、质膜筏、小窝等,分子功能主要涉及蛋白激酶活性、磷酸激酶活性、激酶活性等。通路富集分析结果提示浙贝母-金银花药对主要参与PI3K/AKT、HIF-1、EGFR、MAPK等信号通路。浙贝母-金银花药对修复糖尿病足鼠模型的病变部位的效果明显,且血清TP53、EP300、HSP90AA1、CTNNB1、Akt1蛋白表达明显增加。结论:浙贝母-金银花药对治疗糖尿病足的机制是通过调节PI3K/AKT、HIF-1、EGFR、MAPK等信号通路的TP53、EP300、HSP90AA1、CTNNB1、Akt1等疾病靶点,进而调节酶类活性、抗炎等生物过程。
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编辑人员丨5天前
