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宏基因组二代测序技术在假体周围感染病原诊断中的应用
编辑人员丨5天前
目的:探讨基于假体周围组织的宏基因组二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)在关节置换术后假体周围感染(periprosthetic joint infection,PJI)的诊断效率和价值。方法:回顾性分析2019年6月至2020年6月接受髋或膝关节翻修术33例患者的病历资料。诊断为PJI的病例设为感染组共21例,男9例,女12例;年龄(59.14±14.55)岁(范围:28~84岁);膝关节17例,髋关节4例;体质指数(body mass index,BMI)为(23.7±2.8) kg/m 2(范围:17.7~29.4 kg/m 2)。诊断为假体无菌性松动的病例设为对照组共12例,男4例,女8例;年龄为(53.08±10.05)岁(范围:39~70岁);膝关节4例,髋关节8例;BMI为(25.2±2.9) kg/m 2(范围:18.3~31.2 kg/m 2)。收集所有病例关节液和组织微生物培养的结果,收集所有病例mNGS检测假体周围组织的结果。比较微生物培养和mNGS检测对膝或髋关节PJI诊断的敏感性和特异性,总结和比较两种技术检出致病菌的种类,比较取样前2周内抗生素的使用对两种技术检出率的影响。 结果:感染组21例中mNGS共检出13例阳性,微生物培养共检出6例阳性。对照组12例中mNGS仅检出1例阳性,微生物培养结果均为阴性。在PJI的诊断中,mNGS敏感性(61.9%)与微生物培养(28.6%)的差异有统计学意义( χ2=4.71, P=0.03);mNGS特异性(91.7%)与微生物培养(100%)的差异无统计学意义( χ2=1.04, P=0.31)。在2周内有抗生素暴露的PJI病例中,mNGS阳性率(53.8%)明显高于微生物培养(15.4%),差异有统计学意义( χ2=4.25, P=0.04);而在2周内无抗生素暴露的PJI病例中,mNGS阳性率(66.7%)与微生物培养(44.4%)的差异无统计学意义( χ2=0.90, P=0.34)。在致病菌检出上,mNGS共检出9种细菌(金黄色葡萄球菌、科氏葡萄球菌、奥斯陆莫拉菌、痤疮丙酸杆菌、毗邻颗粒链菌、表皮葡萄球菌、结核分枝杆菌、里昂葡萄球菌、脆弱拟杆菌)和2种真菌(烟曲霉菌、近平滑念珠菌);微生物培养共检出3种细菌(金黄色葡萄球菌、卡他莫拉菌、结核分枝杆菌)和1种真菌(近平滑念珠菌)。mNGS和微生物培养均为阳性的患者共5例,3例检出完全一致的致病菌(金黄色葡萄球菌、结核分枝杆菌、近平滑念珠菌),1例部分一致(mNGS检出更多致病菌),1例完全不同。另外,mNGS在3例结核性PJI的诊断中表现出100%的特异性和敏感性,优于微生物培养。 结论:基于假体周围组织的mNGS检测技术是诊断PJI和确定致病菌的有效手段。取样前抗生素暴露对mNGS技术检出效力的影响小于微生物培养。
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编辑人员丨5天前
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副溶血链球菌合并毗邻颗粒链菌致血流感染1例
编辑人员丨2023/8/26
副溶血链球菌为草绿色链球菌成员[1] ,是人体重要正常菌群之一,作为人体共生细菌,其可定植于口腔,皮肤,母乳和肠道. 毗邻颗粒链菌过氧化氢酶和氧化酶阴性、无运动性、无芽孢球菌,是口腔、泌尿生殖道和胃肠道内的正常菌群[2] . 在患者免疫力低下时可引起各种机会性感染,如感染性心内膜炎、中耳炎和菌血症等[3] . 这两种细菌同为革兰阳性兼性厌氧球菌,我院首次由血液中检出 1 例副溶血链球菌合并毗邻颗粒链菌感染,报道如下.
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编辑人员丨2023/8/26
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全口义齿修复对口腔微生态影响的初步探讨
编辑人员丨2023/8/6
目的:初步探讨全口义齿修复对口腔微生态的影响.方法:选取11例全口义齿修复后7d的患者,收集口腔不同软组织位点、唾液及义齿表面的菌斑,构建细菌16S rRNA基因文库.采用焦磷酸测序技术针对细菌的16S rRNA 基因序列的V2-V3可变区进行序列分析,完成口腔菌群的物种鉴定.结果:11例全口义齿修复患者共测得64800条序列,其中37416条序列为缓症链球菌、溶血孪生球菌、黏液罗氏菌、卟啉单胞菌、动物咬伤奈瑟球菌、苛养颗粒链菌、鲍曼不动杆菌、香茅醇假单胞菌、毗邻颗粒链菌和梭杆菌,为口腔优势菌种.全口义齿组织面的物种与唇颊前庭区和口底菌种较为相似,而全口义齿光滑面的物种与口底及舌腹区黏膜菌种的相似度较高.结论:全口义齿修复对口腔菌群的影响仍有一定局限性,口腔菌群组成不同还受到个体差异等多因素影响.
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编辑人员丨2023/8/6
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无牙颌患者口腔菌群组成的焦磷酸测序分析
编辑人员丨2023/8/6
目的 研究无牙颌患者的口腔菌群组成.方法 收集11例无牙颌患者口底/舌腹、舌背、唇颊前庭、硬腭/牙槽嵴顶、唾液中的菌斑样本,构建细菌16S rRNA基因文库,采用焦磷酸测序法对16S rRNA基因的V2-V3可变区进行序列分析,完成无牙颌患者口腔菌群的物种鉴定.结果 11例无牙颌患者共测得51091条16S rRNA 基因序列,主要分布于厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、放线菌门,多为链球菌属、奈瑟菌属、卟啉单胞菌属、罗氏菌属等,优势菌种为缓症链球菌、毗邻颗粒链菌、殊异韦荣菌、香茅醇假单胞菌、副猪嗜血杆菌、动物口腔奈瑟氏球菌、卟啉单胞菌、黏液罗氏菌.结论 牙列缺失对无牙颌患者的口腔菌群组成有一定影响.
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编辑人员丨2023/8/6
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毗邻颗粒链菌感染1例的菌株鉴定和临床分析
编辑人员丨2023/8/6
目的 对1例急性感染性腹膜炎继发毗邻颗粒链菌败血症患者进行菌种鉴定及临床资料分析.方法 采用基质辅助激光解析串联飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)技术、全自动微生物鉴定系统(Vitek 2 compact)、16S rRNA序列分析技术及API20 Strep结合细菌的菌体形态及生长特征等多种方法对1例毗邻颗粒链菌败血症患者进行菌种鉴定,并对临床资料进行分析.结果 MALDI-TOF-MS技术、Vitek 2 compact及16S rRNA均鉴定为毗邻颗粒链菌,可信度均为98%以上.而API20 Strep则出现没有可信的鉴定结果.结合菌落形态、生长特点及临床特征,最终鉴定为毗邻颗粒链菌.结论 毗邻颗粒链菌为兼性厌氧菌,具有形态多形性、染色可变性及生化特性的非典型性、在普通培养基上生长不良等特点,临床表现与大多数病原体引起的败血症无明显差异,常规方法鉴定困难.本研究结果表示MALDI-TOF-MS技术、Vitek 2 compact及16S rRNA三种方法均可将对毗邻颗粒连菌准确,而MALDI-TOF-MS技术对毗邻颗粒链菌的鉴定具有简便、快速、准确等特点.
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编辑人员丨2023/8/6
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毗邻颗粒链菌感染一例
编辑人员丨2023/8/5
毗邻颗粒链菌可引起包括心内膜、骨髓、关节等不同部位的感染,因缺少统一的药物敏感度试验结果使其治疗变得困难.该文分析1例毗邻颗粒链菌感染患者的病例资料.该例60岁男性患者人院后病情进展迅速,出现严重心力衰竭、脓毒血症休克、MODS,经抗感染、肾脏替代治疗、呼吸机辅助通气等积极治疗仍无效,于入ICU 60 h死亡,血培养回报结果为革兰阳性球菌、毗邻颗粒链菌,确诊为毗邻颗粒链菌败血症.文献分析显示,毗邻颗粒链菌普遍对万古霉素、左氧氟沙星、克林霉素,美罗培南敏感.该文提示,毗邻颗粒链菌感染病情进展极为迅速,临床医师应加深对毗邻颗粒链菌的认识,提高对相关感染所致败血症的警惕.
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编辑人员丨2023/8/5
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基于高通量测序分析孤独症谱系障碍儿童肠道菌群的构成变化
编辑人员丨2023/8/5
目的 探讨孤独症谱系障碍(ASD)儿童肠道菌群的变化.方法 收集35例ASD患儿(ASD组)和35名体检健康儿童(正常对照组)粪便样本,提取基因组DNA,用Illumina测序平台进行测序分析,确定群体的肠道菌群特征.结果 ASD组与正常对照组的肠道菌群结构存在差异.在门水平上,ASD组与正常对照组优势菌门厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门及放线菌门的相对丰度差异均无统计学意义(P>0.05);糖酵母菌门在2个组之间差异有统计学意义(P=0.01),但其在肠道菌群结构中的相对丰度很低.在属水平上,ASD组与正常对照组罕见小球菌属、霍尔德曼菌属、Candidatus Saccharibacteria noname属、普雷沃菌属、Burkholderiales noname属、戈登杆菌属、另枝菌属、Solobacterium属、Parasutterella属、Anaerotruncus属、杆菌属、丛毛单胞菌属、孪生球菌属及颗粒球菌属的相对丰度差异有统计学意义(P<0.05).进一步对菌群进行分析,ASD组肠道菌群中翁德顿氏另枝菌、Alistipes putredinis、芬戈尔德氏拟杆菌、谢氏另枝菌、前庭链球菌、丝状霍尔德曼菌、芽胞拟杆菌、伯克霍尔德菌-1-1-47、单形巨单胞菌、粪副拟杆菌、生黄瘤胃球菌、毛螺科菌_3_1_57FAA_CT1及Parasutterella excrementihominis的相对丰度均高于正常对照组,毗邻颗粒链球菌、死亡梭杆菌、莫氏细小杆菌、直肠真杆菌、Candidate division_TM7_single_cell_isolate_TM7c及麻疹孪生球菌相对丰度均低于正常对照组(P<0.05).结论 ASD患儿存在肠道微生态失调,但无特定的肠道微生物群组成.
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编辑人员丨2023/8/5
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先天性心脏病合并感染性心内膜炎的临床特征及病死影响因素
编辑人员丨2023/8/5
目的 分析先心病(CHD)合并感染性心内膜炎(IE)患者的临床特征及病死相关因素,为临床工作提供依据.方法 选取2017年1月-2019年1月川北医学院附属医院的102例CHD合并IE患者作为研究对象,通过查阅病历对其临床特征、病死情况及相关因素进行回顾性分析.结果 患者症状和体征以咳嗽、气促、发热、心脏杂音、肝肿大为主,感染部位以左心为主,CHD类型以室间隔缺损、室间隔缺损合并房间隔缺损为主,大部分患者超声心动图检查可检出瓣膜赘生物.共有63例患者的血培养阳性,阳性率为61.76%,检出病原菌63株,其中,革兰阳性菌44株占69.84%,以金黄色葡萄球菌、毗邻颗粒链球菌、缓症链球菌为主;革兰阴性菌14株占22.22%,以大肠埃希菌为主;真菌5株占7.94%,以白假丝酵母为主.住院期间病死12例,病死率为11.76%;Logistic多元回归分析结果显示,CHD合并IE患者病死,其中合并动脉栓塞为危险因素,入院时血红蛋白水平较高为保护因素(P<0.05).结论 CHD合并IE患者的临床表现多样、合并疾病复杂,其病死风险与营养水平、合并疾病及治疗方法有关,临床医生应努力提高诊断和治疗效率,从而改善患者的预后.
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编辑人员丨2023/8/5
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SPF小鼠上呼吸道常见细菌的分离鉴定及携带率分析
编辑人员丨2023/8/5
目的 对SPF小鼠上呼吸道分离到的细菌进行鉴定及携带状况分析.方法 按常规检测流程进行细菌分离培养、染色、镜检、生化反应、Vitek 2 compact全自动细菌鉴定.结果 SPF小鼠上呼吸道常见细菌有8种,按细菌携带率分四类,第一类:毗邻颗粒链菌,携带率98.6%;第二类:松鼠葡萄球菌和木糖葡萄球菌,携带率45% ~65%;第三类:阴沟肠杆菌、大肠埃希氏菌、奇异变性杆菌,携带率25% ~45%;第四类:不动杆菌、肺炎克雷伯菌等,携带率10%以下.结论 用细菌分离培养方法 ,经Vitek 2 compact全自动细菌鉴定得出SPF小鼠上呼吸道常见细菌及其携带率.为SPF小鼠群体的微生物质量评估及相关科研项目选择使用SPF小鼠时提供支持.
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编辑人员丨2023/8/5
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双孔二尖瓣合并感染性心内膜炎超声心动图表现1例
编辑人员丨2023/8/5
患者男,49岁,胸闷1个月,发热半天,体温最高38.1℃;高血压病史10余年,经系统治疗后血压130~140 mmHg/80~90 mmHg.查体:心前区隆起,无异常心尖搏动,心界向左下扩大,心率120次/分,律齐,心尖区闻及收缩期Ⅲ级粗糙吹风样杂音;血压136 mmHg/87 mmHg.实验室检查:白细胞8.1×109/L、中性粒细胞百分比79.7%,超敏C反应蛋白76.1 mg/L,红细胞沉降率19.0 mm/h,降钙素原0.24 ng/ml.血培养:毗邻颗粒链菌(+).经胸三维超声心动图:二尖瓣口被带状纤维桥分隔成大小近似相等的双孔,二尖瓣短轴呈"眼镜"样改变(图1A),心尖两腔心切面双孔开放见"海鸥"征,前叶瓣尖腱索断裂(图1B);左侧孔前叶瓣尖见带状回声,前叶呈连枷样运动,收缩期明显脱入左心房侧;前、后叶及纤维桥增厚、毛糙,回声增强,见多个低回声团(图1C);CDFI见收缩期二尖瓣口两束反流.超声诊断:双孔二尖瓣(完全桥型),左侧孔二尖瓣前叶腱索断裂伴重度关闭不全,二尖瓣赘生物形成,符合感染性心内膜炎.行二尖瓣置换、三尖瓣成形及赘生物清除术,术中见二尖瓣A2、P2区由纤维束连接,形成二尖瓣双孔畸形,前、后叶瓣体及瓣尖见广泛赘生物(图1D);A1、P1区腱索断裂,瓣尖脱入左心房,瓣叶对合不良,二尖瓣重度关闭不全;三尖瓣瓣环增大.术后病理:二尖瓣纤维瓣膜样组织伴黏液样变性及玻璃样变性,间质内急、慢性炎性细胞浸润及炎性坏死渗出物.综合诊断:双孔二尖瓣(完全桥型),左侧孔大量反流,二尖瓣赘生物形成,感染性心内膜炎.
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编辑人员丨2023/8/5
