目的 分析湖北省妇幼保健院女性人乳头瘤病毒(human papillomavirus,HPV)感染率,并分析比较27种不同HPV型以及不同年龄层的感染率,获得武汉地区女性HPV感染流行病学特征.方法 选取2019年1月至2021年12月在湖北省妇幼保健院就诊的年龄为18～88岁女性患者为研究对象,进行HPV分型检测者24852例,按年龄18～30岁、31～44岁、45～54岁、55～64岁、65～88岁进行分组,分析比较各年龄层HPV感染状况.采用流式荧光杂交法检测宫颈脱落细胞标本.结果 在24852例样本中,HPV阳性共计5179例,总感染率为20.84％,55～64岁组感染率最高(26.90％).其中高危型4144例(16.67％),低危型1771例(7.13％),且高危型HPV和低危型HPV感染率在不同年龄组间均存在显著性差异(P<0.05).HPV流行优势型为52、58、16、53型.不同HPV型多重感染检出1389例,感染率为5.59％,以2重HPV型感染多见.按年龄分层分析,多重HPV型,感染多分布于45岁以下人群,占比76.03％.结论 近3年,武汉地区女性HPV感染率为20.84％,以高危型HPV感染为主.不同型HPV多重感染率为5.59％,并呈现低龄化倾向.

目的:分析2015—2019年北京市麻疹病毒(measles virus, MV)分子流行病学特征，为消除麻疹提供实验室依据。方法:通过北京市麻疹实验室网络收集2015—2019年麻疹病毒阳性咽拭子标本，提取病毒核酸后采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法扩增麻疹病毒N基因C末端450个核苷酸片段，对扩增产物进行核苷酸序列测定，获得基因序列同WHO麻疹病毒基因型代表株、中国和其他国家D8基因型参考株构建系统进化树，分析核苷酸和氨基酸同源性；对D8和B3基因型麻疹病例进行描述性分析。结果:2015—2019年全市麻疹病毒基因型鉴定株546株，其中H1a基因型531株，疫苗株5株，B3基因型1株，D8基因型9株，其中8株为2019年流行株。本土株H1a基因型MV核苷酸和氨基酸同源性为91.5%～100.0%和73.6%～100.0%。2019年8例D8基因型麻疹病例均为成人，其中2例为一起暴发疫情，其余6例为散发病例。结论:输入性D8基因型成为2019年北京市MV主要流行基因型；2015—2019年随着麻疹发病下降，本土基因型H1a已经不占优势，而其他不同基因型输入，形成混合流行的趋势，建议在消除麻疹工作中，不仅要努力阻断本土麻疹病毒传播，更要防控非本土基因型病毒输入和持续传播，避免其逐渐演化为优势毒株而建立本土传播的风险。

目的:了解青海省玉树藏族自治州（简称玉树州）鼠疫耶尔森菌（简称鼠疫菌）规律成簇的间隔短回文重复（CRISPR）的基因分型，探讨其遗传特征。方法:选取1963 - 2007年分离自玉树州鼠疫自然疫源地的44株代表性鼠疫菌，提取DNA，针对CRISPR的3个位点（YPa、YPb和YPc）设计引物，进行PCR扩增，并对扩增产物进行测序及分析，鉴定CRISPR间区序列（spacer），确定CRISPR基因型和类群。结果:44株鼠疫菌在CRISPR 3个位点上共有23种spacer，YPa位点14种、YPb位点6种、YPc位点3种，其中有2种新spacer，a106和a107。根据spacer阵列形式，44株鼠疫菌被分为15个CRISPR基因型、6个CRISPR类群，6个类群分别为Cb4、Cc3′、Ca7、Ca7′、Ca△5′和Ca35′，其中Ca7为主要流行类群（34株）。结论:玉树州鼠疫菌CRISPR位点具有多种基因型，遗传多态性较高，种群结构复杂。

目的:了解河南省急性呼吸道感染(ARI)病例中人副流感病毒3型(HPIV3)血凝素-神经氨酸酶(HN)的基因特征。方法:对河南省漯河市采集的严重急性呼吸道感染(SARI)病例标本和郑州市采集的流感样病例(ILI)标本进行人副流感病毒(HPIVs)核酸检测，HPIV3检测阳性标本使用RT-PCR法进行HN基因扩增并测序，使用CExpress以及MEGA7.0软件进行序列编辑、进化树构建和基因特征分析。结果:漯河市和郑州市共采集ARI咽拭子标本374份，其中HPIV3核酸检测阳性标本20份(5.3%)，对阳性标本进行靶基因扩增后获得18条序列，经分析全部为C3亚群，其中有16条序列为C3f基因型，有2条序列为C3a基因型。18株HPIV3的HN基因序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.6%~100.0%和99.3%~100.0%，与原株型Wash/47885/57相比差异较大，发生了12处共同的氨基酸突变，其中H295Y、I391V、D556N和I53T是功能相关突变位点。与流行株China/BCH4210A/2014相比同源性较高，未发生共同的氨基酸突变，未发现新的功能相关突变位点。结论:河南省近年流行的HPIV3为C3亚型的C3f和C3a分支，可能建立了本土循环流行。应对HPIV3的C3亚型进行持续深入的监测，为防控HPIV3相关疾病提供科学依据。

目的:了解陕西省布鲁氏菌病发病情况及分离菌株或核酸的基因型,掌握其流行病学及分子遗传特征,为陕西省人间布鲁氏菌病的精准防控提供科学依据。方法:登录中国疾病预防控制信息系统收集2020年陕西省人间布鲁氏菌病的发病数据,分析流行特征;应用细菌学及PCR方法对分离菌株或核酸进行鉴定,进一步采用多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)方法进行分子分型,利用BioNumerics(Version 7.6)软件对MLVA结果进行分析。结果:2020年陕西省共报告人间布病1 086例,发病率为2.80/10万,涉及86个县(区),流行高峰在3 - 9月(865例),男女性别比为2.68∶ 1.00(791∶ 295),30 ~ 69岁年龄段占79.74%(866例),农民占83.43%(906例)。36株分离菌株生物型鉴定结果显示,4株是羊种变异型,3株是羊种1型,29株是羊种3型。36株分离菌株及7份核酸经BCSP31-PCR均鉴定为布鲁氏菌属,经AMOS-PCR均鉴定为羊种布鲁氏菌。经MLVA-16分型,panel1结果显示有2种基因型:42型(1-5-3-13-2-2-3-2)、63型(1-5-3-13-2-3-3-2),panel2A结果显示均为4-41-8,panel2B结果显示具有高度的多变性;36株分离菌株及7份核酸分为33种基因型,其中27种基因型为单分离株,6种基因型为共享型。结论:陕西省人间布鲁氏菌病防控形势严峻。MLVA-16是一种成熟的基因分型方法,确定了陕西省布鲁氏菌分离株或核酸存在多种基因型,可为人间布鲁氏菌病精准防控、暴发疫情分析及流行病学溯源提供科学依据。

目的:探讨转化生长因子β2（TGFβ2）基因的单核苷酸多态性（SNP）与陕西省汉族人群克山病（KD）的相关性。方法:2000年选择陕西省延安市黄陵县KD病区作为此次研究的调查点。采用整群随机抽样方法，抽取黄陵县6个行政村（腰坪乡段家湾村、桃曲村、腰坪村、建庄村、案角村和店头镇厚子坪村）的52户KD家庭，对全部家庭成员进行流行病学调查。按照我国《克山病诊断》（WS/T 210-2011）标准确定KD患者（病例组）79例、健康对照人群（对照组）206例，共计285例研究对象。采集所有研究对象外周静脉血样品，提取基因组DNA，采用飞行时间质谱分型技术对TGFβ2基因rs6658835位点进行基因分型。应用χ 2检验、 t检验对基线资料进行分析，应用二元logistic回归模型分析KD的影响因素，应用拟合优度χ 2检验分析基因频率分布是否符合哈迪-温伯格定律（Hardy-Weinberg定律），应用χ 2检验对病例组和对照组的基因型和等位基因频率分布进行关联分析，应用logistic回归分析对混杂因素进行校正后再次对病例组和对照组的基因型频率分布进行关联分析。 结果:流行病学调查显示，年龄、心脏是否有杂音情况在病例组和对照组间比较，差异均有统计学意义（ t = 7.03、χ 2 = 9.66， P均< 0.05）；二元logistic回归模型分析显示，年龄对KD的影响差异有统计学意义（χ 2 = 20.72， P < 0.001）。病例组和对照组TGFβ2基因rs6658835位点基因频率分布均符合Hardy-Weinberg定律（χ 2 = 0.02， P = 0.900）。关联分析结果表明，TGFβ2基因rs6658835位点基因型频率分布病例组（GG、GA、AA分别为6.3%、38.0%、55.7%）与对照组（GG、GA、AA分别为10.7%、43.7%、45.6%）比较，差异无统计学意义（χ 2 = 2.78， P = 0.249）；经年龄校正后，病例组与对照组TGFβ2基因rs6658835位点基因型、显性模型频率分布差异均有统计学意义（χ 2adj = 5.43、4.86, P均< 0.05），隐性模型频率分布差异无统计学意义（χ 2adj = 2.12， P = 0.145）。 结论:TGFβ2基因rs6658835位点与陕西省汉族人群KD有相关性。

目的:在真实世界中，探讨基于索磷布韦为基础的方案对海南岛丙型肝炎病毒（HCV）基因6型慢性感染者的有效性和安全性。方法:选择2018年1月至2020年3月期间的53例初治基因6型HCV感染的慢性丙型肝炎患者，以索磷布韦（SOF）为基础的方案治疗[索磷布韦维帕他韦（SOF/VEL）12周或索磷布韦联合利巴韦林（SOF + RBV）24周]，停药后随访24周。主要疗效指标为治疗结束停药随访12周时获得持续病毒应答（SVR12）发生率。次要指标为治疗结束时、治疗结束后24周病毒学应答情况。并观察治疗期间不良事件发生情况。组间比较用 t检验，持续病毒学应答用意向治疗及改良性的意向治疗分析。 结果:53例HCV基因6型的慢性丙型肝炎患者亚型分布情况：6a型22例，6w型5例，6xa型5例，6v型3例，6e型2例，6r型2例，6xh型1例，13例为不能确定基因亚型的特殊病毒株。停药12周总体持续病毒应答率为100%，且治疗期间（4周）、治疗结束时、治疗结束后（24周）均未检测到HCV RNA。共有7例报告了不良事件，主要为疲乏、纳差、轻度贫血，未见严重不良事件发生。结论:基于索磷布韦为基础联合利巴韦林或者维帕他韦的治疗方案不仅对HCV 6a亚型可获得较高应答率，对于HCV基因6型中的少见流行基因亚型及特殊病毒株均可获得良好的病毒学应答，不良反应轻微，安全性可接受。

目的:对云南省2022年一例流感样病例的咽拭子分离得到的柯萨奇病毒B组5型（coxsackievirus B5，CVB5）病毒株进行全基因组测序，并分析其遗传进化、基因突变和重组特征。方法:通过人宫颈癌细胞培养获得病毒分离株，应用全基因组测序技术对分离株进行病毒基因序列测定，采用MEGA、RDP4及SimPlot软件，解析病毒基因组学特征。结果:分离株YN-01/CHN/2022与2株广东CVB5流行株核苷酸同源性为96.6%，属GⅠ.C1分支，与国内大多其他CVB5流行株相似度低（≤90.3%），揭示国内CVB5流行株间基因组差异较大。该分离株VP1序列存在2个特有的氨基酸突变（T246A和T275A），但其95位氨基酸未发生改变。基因重组分析显示YN-01/CHN/2022可能为重组株，重组位点发生在P1区VP4（940）和P2区2A（3 540）。结论:本研究分离株YN-01/CHN/2022属于CVB5 GⅠ.C1基因型，存在特异的核苷酸分歧，也证实了CVB5基因组有重组现象发生。该数据提示增强CVB5分子流行病学研究工作，持续追踪病毒进化规律，不断提高相关疾病防控工作的精准性。

目的:了解深圳市2018年登革热疫情的流行病学特征和流行毒株的基因分型。方法:采用描述性流行病学方法分析2018年深圳市登革热疫情，采集患者血液标本，采用胶体金免疫层析法检测血清特异性IgM、IgG抗体，采用实时荧光定量聚合酶链反应进行病原学检测和基因型别鉴定。采用反转录聚合酶链反应扩增登革病毒 E基因序列，与不同国家和地区的登革热流行毒株进行同源性比较和进化树分析。 结果:2018年1月1日至12月31日，深圳市累计报告登革热234例，发病率为1.87/10万，本地病例144例(61.54%)，输入病例90例(38.46%)，以东南亚国家及深圳市周边城市输入为主。发病时间集中在8月至11月，共202例(86.32%)。以20～50岁中青年患者为主(195例，83.33%)。登革病毒1型(dengue virus type 1，DENV-1)占86.01%(166/193)，登革病毒2型(dengue virus type 2，DENV-2)占10.36%(20/193)，登革病毒3型占2.59%(5/193)，登革病毒4型占1.04%(2/193)，且本地病例均为DENV-1感染。24株DENV-1毒株与HAWAII45毒株 E基因核苷酸同源性为93.0%～94.6%，氨基酸同源性为96.6%～97.2%。其中23株为基因Ⅰ亚型；1株为基因Ⅳ亚型，为深圳市首次报道的输入性病例。6株DENV-2毒株与国际标准株NGC株 E基因核苷酸同源性为93.1%～93.9%，氨基酸同源性为97.0%～97.8%。其中2株为Cosmopolitan亚型；4株为Asian Ⅰ亚型，为深圳市首次报道。 结论:2018年深圳市登革热流行具有本地传播与输入传播并存的特点，主要流行为DENV-1，推测主要流行株由东南亚国家及深圳市周边城市输入，应加强关注出现地方性登革热流行的趋势。

目的:了解福建省莆田市2015年G基因型腮腺炎病毒(mumps virus，MuV)全基因组序列特征。方法:选择福建省莆田市2015年分离得到的2株腮腺炎流行株进行研究，命名为MuV15-01和MuV15-23。采用逆转录-聚合酶链式反应(reverse transcription polymerase chain reaction，Rt-PCR)对分离株全基因组进行扩增，并对产物进行测序拼接，结合GenBank下载的不同基因型腮腺炎参考株及现有疫苗株序列比对分析分离株基因序列遗传差异及抗原位点变异情况。结果:福建省莆田市MuV分离株基因全长15 384个核苷酸，与其它基因型毒株相比，全基因组核苷酸差异在3.7%～6.0%之间，其中与A基因型(疫苗株)的遗传差异最大，与N和B基因型的遗传差异最小；在基因组编码7种病毒蛋白核苷酸序列上，SH基因变异最大，M和L基因最为保守；在N基因和HN基因已知抗原相关位点上分别存在7和11个氨基酸位点变异；相比于疫苗株福建分离株在HN基因的464位点上多增加了一个N-糖基化位点。结论:现流行于福建省莆田市的G基因型MuV与腮腺炎其他基因型及疫苗株之间在全基因上存在较大的差异，提示需要进一步加强腮腺炎流行株与疫苗株之间的遗传差异性监测，为更好的腮腺炎防控提供科学依据。