目的:通过16S rDNA测序技术探究脓毒症大鼠早期肠道微生态变化。方法:将60只雄性SD大鼠按随机数字表法分为盲肠结扎穿孔术（CLP）组和假手术组（Sham组），每组30只。CLP组采用CLP法制备脓毒症大鼠模型；Sham组只开腹但不进行盲肠结扎穿孔。术后24 h每组取8只大鼠肠道粪便及腹主动脉血，其余大鼠用于观察7 d存活情况。采用酶联免疫吸附试验（ELISA）检测血清肿瘤坏死因子-α（TNF-α）水平；对粪便样本进行16S rDNA测序，利用序列对比和聚类后获得的操作分类单元（OTU）信息进行多样性分析（α多样性和β多样性）、主坐标分析及线性判别分析效应量分析（LEfSe），观察脓毒症大鼠早期肠道微生态的变化并挖掘标志性菌群。结果:制模后24 h，CLP组大鼠出现呼吸急促、毛发散乱等表现，且血清TNF-α水平较Sham组显著升高（ng/L：43.95±9.05比11.08±3.27， P<0.01）；制模后7 d，Sham组大鼠全部存活，而CLP组大鼠累积生存率仅31.82%。多样性分析显示，Sham组与CLP组α多样性指标比较差异无统计学意义〔物种数量（个）：520.00±52.15比492.25±86.61，Chao1丰富度估计量：707.25±65.69比668.93±96.50，Shannon指数：5.74±0.42比5.79±0.91，Simpson指数：0.93±0.03比0.94±0.05，均 P>0.05〕；β多样性分析显示，无论是否根据OTU加权，组间差异均大于组内差异（丰度加权矩阵： R＝0.23， P＝0.04；丰度不加权矩阵： R＝0.32， P＝0.01）。门水平差异菌群分析显示，与Sham组相比，CLP组变形菌门和TM7菌门丰度显著升高〔18.100%（15.271%，26.665%）比6.974%（2.854%，9.764%），0.125%（0.027%，0.159%）%比0.018%（0.008%，0.021%），均 P<0.05〕；在属水平上，CLP组螺杆菌属、钌杆菌属、颗粒链菌属、梭菌属ⅩⅧ等机会致病菌的丰度较Sham组显著升高〔5.090%（1.812%，6.598%）比0.083%（0.034%，0.198%），0.244%（0.116%，0.330%）比0.016%（0.008%，0.029%），0.006%（0.003%，0.010%）比0.001%（0%，0.003%），0.094%（0.035%，0.430%）比0.007%（0.003%，0.030%），均 P<0.05〕，而拟普雷沃菌属、罗姆布茨菌属等益生菌的丰度较Sham组显著降低〔7.345%（3.662%，11.546%）比22.504%（14.403%，26.928%），0.113%（0.047%，0.196%）比1.229%（0.809%，2.290%），均 P<0.01〕。LEfSe分析结果显示，厚壁菌门所属益生菌在Sham组显著富集，罗姆布茨菌是富集最显著的菌种；而螺杆菌属、颗粒链球菌属和梭菌属ⅩⅧ等机会致病菌在CLP组显著富集，螺杆菌_NGSU_2015为富集最显著的菌种。 结论:脓毒症早期大鼠肠道微生态结构显著改变，主要表现为拟普雷沃菌属等益生菌丰度显著降低，螺杆菌属等机会致病菌丰度显著升高。

目的:采用16S rDNA测序技术研究寻常型天疱疮（PV）患者皮肤菌群多样性。方法:收集杭州市第三人民医院皮肤科10例PV患者及10例健康对照，取皮损旁（PV组）及对侧无皮损处皮肤菌群样本（PVn组），正常对照组取相应部位菌群样本。采用16S rDNA扩增子测序技术，对所有样本的菌群基因进行测序与分类，通过Usearch软件对数据聚类分析，得到可操作分类单元（OTU），获得门、纲、目、科、属水平的物种丰度。以Observed species指数、Shannon指数和Simpson指数等反映α多样性，使用主坐标分析法（PCoA）分析β多样性。采用线性判别分析效应量（LEfSe）分析比较各组的差异物种。利用PICRUSt软件进行基因功能预测。2组非参数检验采用Wilcoxon秩和检验，3组间非参数检验采用Kruskal Waills检验。结果:注释到门、纲、目、科、属的OTU分别有2 002、1 869、1 751、1 611、1 120个，3组均以厚壁菌门、放线菌门、拟杆菌门和变形菌门为主，在属水平上，PV组及PVn组葡萄球菌属丰度最高，正常对照组为棒状杆菌属。α多样性分析显示，3组间Observed species指数、Shannon指数、Simpson指数差异均有统计学意义（均 P< 0.05），PV组Shannon指数（3.24±1.30）和Simpson指数（0.70±0.19）均低于正常对照组（ P< 0.05）。PCoA分析显示，3组间β多样性差异无统计学意义（ P=0.054）。秩和检验显示，3组间丰度差异有统计学意义的物种共32个，其中相对丰度较高的有富集于PV组的芽孢杆菌纲及富集于正常对照组的微球菌属、短波单胞菌属等。按病程< 3个月、≥ 3个月分组，PV长病程组中富集的物种有梭状芽孢杆菌目、颤杆菌属及鞘氨醇单胞菌属等；短病程组γ变形菌纲富集。功能预测显示，与感染性疾病相关的基因功能富集于天疱疮组。 结论:16S rDNA测序技术应用于天疱疮微生物组学研究，证实PV皮肤菌群多样性及组成结构与正常人存在一定差异。

目的:分析学龄肥胖儿童和正常体重儿童肠道菌群多样性差异，识别肥胖儿童肠道特征菌属，为后续相关机制研究和学龄儿童肥胖的防治提供依据。方法:基于2016年在上海市嘉定区某小学建立的研究队列人群，将2016-2018年3年均处肥胖状态的儿童共63名纳入肥胖组，其中男生43名，女生20名。在3年均为正常体重的儿童中，根据年龄、性别和所在班级，将其与肥胖组儿童进行1∶1匹配，共选择63名纳入对照组。采用问卷收集儿童基本信息、饮食状况、母乳喂养等情况，收集两组儿童的粪便样本并进行16S rDNA测序。对质量优化后的测序序列按照97%相似性进行可操作分类单元聚类及物种注释。分析肥胖组和对照组儿童肠道菌群多样性及菌属丰度差异。计算肠道菌群的Ace、Chao1、Shannon、Simpson 4种α多样性指数，并利用主坐标分析，在非加权Unifrac距离和加权Unifrac距离的基础上表示β多样性。使用相似性分析（ANOSIM）比较两组β多样性的差异。利用STAMP软件挑选出两组儿童共有菌属中的差异细菌，并利用广义线性模型（GLM）分析肥胖与α多样性以及显著差异菌属的关联。结果:肥胖组的Ace和Chao1指数低于对照组，差异有统计学意义（ P值分别为0.026和0.039），Shannon和Simpson指数差异无统计学意义（ P值分别为0.879和0.922）。ANOSIM分析结果显示，两组儿童肠道菌群差异有统计学意义（ R>0），但是组别贡献不显著（非加权Unifrac距离： R=0.006， P=0.223；加权Unifrac距离： R=0.010， P=0.134）。在肥胖组的特有菌属中，普雷沃菌属（ Prevotella）和八叠球菌属（ Sarcina）的相对丰度较高。STAMP分析结果显示，共有菌属中，15个菌属的相对丰度在两组儿童中差异有统计学意义（ P<0.05）。GLM分析结果显示，在调整年龄、性别、SBP、饮食频次、近一周内抗生素使用情况、分娩方式、母乳喂养时间后，与对照组儿童相比，肥胖组的Ace指数和阿克曼菌属（ Akkermansia muciniphila）的相对丰度显著较低，粪球菌属（ Coprococcus_3）、瘤胃球菌属（ Ruminococcus）、不动杆菌属（ Agathobacter）、柯林斯菌属（ Collinsella）的相对丰度较高。根据性别分层之后，在肥胖男生中，发现Chao1指数低于正常体重男生。但是，在肥胖女生中，仅发现粪球菌属高于正常体重女生。 结论:与正常体重儿童相比，肥胖儿童肠道菌群α多样性较低、优势益生菌属相对丰度较低，但是与代谢紊乱、炎症促进、胆固醇降低有关的菌属相对丰度较高。

目的:观察小鼠肠道菌群的变化，探讨粪菌结合益生菌移植干预急性严重肝损伤的结局。方法:选雄性BALB/c小鼠40只，随机分为空白对照组10只，模型组10只，普通粪菌移植组10只，粪菌+益生菌移植组10只，除空白对照组外，其余各组给予D-氨基半乳糖（3.0 g/kg）腹腔注射制备急性严重肝损伤模型，普通粪菌移植组和粪菌+益生菌移植组在造模同时分别给予普通粪菌液和益生菌+粪菌液灌肠（1次/d），48 h后取血清用于检测丙氨酸转氨酶、天冬氨酸转氨酶、总胆红素，取肝组织用于病理学检测。取结肠内容物用于提取DNA进行16S V3-V4区高通量测序，用生物信息学分析技术对测序结果进行可操作分类单元聚类分析，α多样性分析，β多样性分析，线性判别分析找到不同分组小鼠的结肠内容物特征性差异细菌。临床生物化学指标组间差异比较采用 t检验，16S V3-V4区测序结果组间差异采用Wilcoxon检验。 结果:模型组小鼠血清肝脏生物化学指标高于其他3组，差异有统计学意义（ P < 0.05），模型组肝脏HE染色结果显示肝组织镜下呈严重炎性改变；普通粪菌移植组和粪菌+益生菌移植组较模型组明显减轻，炎症减轻。16S rRNA高通量测序分析结果显示，空白对照组小鼠群菌结构与其他3组的Shannon差异无统计学意义，Observed Species差异有统计学意义，菌群构成差异大，粪菌移植增加小鼠肠道内物种数量。β-多样性分析结果显示，空白对照组与其他3组的组间差异大于疾病组之间的组间差异，粪菌+益生菌移植组改变疾病小鼠肠道菌群结构的差异细菌多为产丁酸盐细菌。 结论:粪菌+益生菌增强粪菌移植治疗效果，改善肝脏炎症，增加肠道内产丁酸盐细菌数量。

目的:研究成年寻常型银屑病患者和健康人群之间肠道微生物的差异。方法:采集2017年9月至2018年2月于中国医学科学院皮肤病医院确诊的22例寻常型银屑病患者和23例健康对照者粪便样本，提取肠道菌群总DNA扩增，并采用二代16S rRNA基因靶向测序技术测序，分析菌群多样性及菌群分布。对照Silva数据库进行物种注释及分类，采用秩和检验分析各层级样本物种差异；采用QIIME软件（Version 1.9.1）计算OTU数目及α多样性主要指数（Chao1指数、Shannon指数和Simpson指数）， t检验分析指数差异；PCoA分析反映样本β多样性差异，置换多元方差分析两组群落组成结构差异；秩和检验及LEfSe分析评估物种差异。 结果:银屑病组OTU数目（147.55 ± 57.07）与健康对照组（148.96 ± 50.45）比较，差异无统计学意义（ t = 0.088， P = 0.930）。银屑病组Shannon指数（4.08 ± 0.80）、Chao1指数（169.52 ± 63.17）、Simpson指数（0.87 ± 0.07）与健康对照组（分别为4.11 ± 0.94、175.36 ± 53.59、0.86 ± 0.90）比较，差异均无统计学意义（ t = 0.12、0.34、0.27，均 P > 0.05）。PCoA分析银屑病组与健康对照组的第一主成分差异为49.8%，第二主成分差异为15.62%，置换多元方差分析显示两组间β多样性差异有统计学意义（ P = 0.011）。银屑病组与健康对照组有差异的菌群包括在银屑病组中显著升高的厚壁菌门、梭菌纲、梭菌目，丹毒丝菌目、丹毒丝菌科，健康对照组中显著升高的艾普西隆变形杆菌纲、弯曲杆菌目、弯曲杆菌科、弯曲杆菌属，拟杆菌目、拟杆菌科。 结论:寻常型银屑病患者与健康人的肠道菌群存在一定差异，肠道菌群有可能成为寻常型银屑病的潜在生物标志物。

为探讨海南岛的小泡巨鼠肠道微生物群落组成及其菌群多样性。2019年12月于海南医学院-香港大学热带传染病联合实验室提取25只海南岛的成年小泡巨鼠（14只雄和11只雌性）粪便样本DNA，基于IonS5TMXL测序平台，利用单端测序（Single-End）的方法，构建小片段文库进行单端测序。通过对测序片段剪切过滤，操作分类单元（Operational Taxonomic Units，OTUs）聚类，利用mothur方法与SSUrRNA数据库对OTUs进行物种注释及丰度分析，并进一步开展α多样性分析（Alpha Diversity）和β多样性分析（Beta Diversity）。结果显示，从25只小泡巨鼠肠道粪便样本中共得到高质量序列1481842条，归属为14个门、85个科、186个属。从门分类水平上，小泡巨鼠的主要核心生物群有厚壁菌门（Firmicutes，46.04%），拟杆菌门（Bacteroidetes，25.34%）；随后依次为变形菌门（Proteobacteria，17.09%），柔壁菌门（Tenericutes，7.38%），放线菌门（Actinobacteria，1.67%）；这5个门占所有菌门的97.52%。属水平上螺杆菌属（ Helicobacter）所占比例最大，为12.44%；其次为乳杆菌属（ Lactobacillus，11.39%），梭菌属（ Clostridium，6.19%），支原体属（ Mycoplasma，4.23%），黄杆菌属（ Flavonifractor，3.52%）。综上，高通量测序分析表明海南岛小泡巨鼠肠道菌群结构复杂，菌种多样，具有进一步研究的意义。

目的:比较甲真菌病患者病甲与健康甲细菌和真菌微生物菌群差异。方法:收集2020年8月至2021年6月于大连市皮肤病医院门诊就诊的31例甲真菌病患者的病甲及健康甲的甲屑样本，提取甲屑菌群总DNA，以细菌16S rDNA的V3-V4区序列及真菌内转录间隔区（ITS）作为目标序列进行基因扩增及Illumina测序，对所测序列采用USEARCH和mothur软件进行OTU聚类分析，采用Wilcoxon rank sum test方法进行α多样性分析，采用相似性分析（Anosim）进行β多样性分析，采用LEFSe方法进行物种差异分析。结果:入组甲真菌病患者31例，男16例，女15例，按年龄分青年组（18 ~ 35岁）10例，中年组（36 ~ 60岁）11例，老年组（大于60岁）10例。α多样性分析显示，病甲组标本Shannon指数明显低于健康甲组（ W = 290， P = 0.007），而Simpson指数明显高于健康甲组（ W = 663， P = 0.010），病甲组细菌菌群的多样性及均匀度低于健康甲组，病甲在真菌菌群的多样性与健康甲无明显区别。β多样性分析显示，基于unweighted-unifrac距离矩阵分析结果，病甲组与健康甲组细菌和真菌微生物的组成差异无统计学意义（细菌菌群： R = 0.0052， P = 0.331；真菌菌群： R = 0.0036， P = 0.337）；基于weighted-unifrac距离矩阵分析结果，病甲组与健康甲组在细菌菌群及真菌菌群的丰度方面差异均有统计学意义（均 P = 0.001）。在物种组成上，病甲组较健康甲组丰度显著降低的细菌菌群有拟杆菌门及变形菌门、β-变形菌纲、伯克氏菌目、罗尔斯顿菌属、鞘氨醇单胞菌属、链球菌属，而芽孢杆菌纲、芽孢杆菌目、葡萄球菌属明显高于健康甲组。病甲组显著升高的真菌菌群有散囊菌纲、爪甲团囊菌目、未分类锤舌菌目、关节皮肤真菌科、黑团孢属、白粉菌属、铁艾酵母属、毛癣菌属、十字花科白粉菌、红色毛癣菌、合轴马拉色菌，而酵母菌纲-酵母菌目-酵母菌科、隐囊菌科、念珠菌、链格孢菌较健康甲组显著降低。 结论:甲真菌病患者病甲与健康甲细菌菌群的多样性及丰度均有明显的差异，真菌菌群仅丰度存在一定的差异，其中某些真菌和细菌菌属可能具有相关性。

[背景]高速公路收费站空气污染严重,收费人员存在较高的职业暴露风险,亟须研发适用于高速公路收费岗亭气载颗粒物和微生物病原体的净化方法.[目的]验证低温等离子体空气净化器对高速公路收费岗亭室内气载颗粒物和微生物的净化效果.[方法]基于对照干预实验设计,选取某高速公路收费站三个收费岗亭作为测点,开展 6 d的现场对照干预实验(无干预期:前3 d未开启低温等离子体净化器;干预期:后3 d每天9:00-17:00开启净化器).实验期间持续监测室内外等效直径小于 2.5 μm(PM2.5)和小于 10 μm(PM10)的可吸入颗粒物浓度;每天上午(9:00)、中午(12:00)和下午(17:00),使用浮游微生物采样器采集收费岗亭室内外空气样品,分析气载细菌总数;每天 9:00-17:00采用智能中流量颗粒物采样器持续采集最外侧出站口室内的气载颗粒样品,使用基因测序分析样品内含细菌和真菌种属明细及其相对丰度.采用独立样本t检验比较干预期和无干预期室内气载PM2.5、PM10 和细菌总数的浓度差异;采用α多样性分析、β多样性分析和t检验(两组比较),比较干预期 3 d和无干预期 3 d气载颗粒样品内含细菌和真菌具体种属及样品内含典型致病细菌和真菌病原体种属的物种多样性和相对丰度差异,以反映低温等离子体空气净化器对气载PM2.5、PM10 和微生物的净化效果.[结果]干预期室内PM2.5 和PM10 浓度及细菌总数的均值均低于无干预期室内均值(P<0.01或P<0.001);干预期 PM2.5 和 PM10 的室内浓度/室外浓度值(I/O)均低于无干预期(P<0.001);但干预期细菌总数的I/O值与无干预期比较,差异无统计学意义.以上午 9:00收费岗亭室内PM2.5 的平均浓度为基准,中午 12:00和下午 17:00的室内PM2.5 平均净化率分别为49.0%和 46.1%,PM10 为 49.7%和 45.4%,细菌总数为 50.8%和 49.9%.β多样性分析显示干预期和无干预期细菌种水平,真菌属水平和种水平上的物种组成成分均存在差异.与无干预期相比,干预期颗粒样品内含乳杆菌属等 10种细菌和圆酵母菌属等 7种真菌的相对丰度更低,但干预期枝孢霉科未分类属、多臂菌属和尾孢菌属真菌的丰度更高(均P<0.05).对于典型致病菌,干预期乳杆菌属细菌和狭窄梭菌属细菌的相对丰度分别降低了 73.5%和 86.9%,干预期篮状菌属真菌降低了53.5%,差异均有统计学意义(P<0.05).[结论]低温等离子体空气净化器对高速公路收费岗亭室内气载PM2.5、PM10 和浮游细菌具有较好的净化效果,但对室内气载颗粒内含部分真菌的净化作用可能有限.

叶附生苔是苔藓植物中特有率最高的一个类群,特殊的生理生态特性使其对气候变化及人为干扰极为敏感,成为苔藓植物中最需要关注和保护的一个类群.为了解叶附生苔物种多样性及组成随时间变化的规律,我们以钱江源-百山祖国家公园庆元片区为研究对象,针对该区域内有叶附生苔历史调查记录且物种较为丰富的3个保护点(百山祖、十九源、五岭坑)进行叶附生苔类植物调查,比较并分析这3个保护点叶附生苔类植物的物种丰富度、分类β多样性及功能β多样性在时间(1990-2020年)和空间两个维度上的变化.结果表明,该片区共有叶附生苔类植物4科10属31种.与历史数据相比,本次调查新增叶附生苔7种,但有14种未采集到.在所调查的3个保护点中,仅五岭坑的物种数上升,百山祖和十九源的物种数均下降30年来,各保护点的叶附生苔总的功能丰富度都呈下降趋势,百山祖的物种分类β多样性及功能β多样性在3个保护点中最高;物种分类β多样性主要是由周转组分构成,相反,功能β多样性主要是由嵌套组分构成.与30年前相比,3个保护点之间的物种分类β多样性及功能β多样性均呈上升趋势,表明物种异质化现象有增加的趋势.鉴于叶附生苔物种组成随时间的明显变化,以及不同地区之间物种组成差异随时间的加剧情况,建议在我国其他叶附生苔分布中心开展类似的调查和比较研究,以期及时更新物种名录,同时结合国家公园的建设契机,加强对叶附生苔不同分布点之间的联通保护.

目的 探讨危重症早产儿早期肠道菌群的定植特征及其与临床效果的相关性.方法 选取33例28周≤出生胎龄<34周、出生方式为剖宫产、采用配方奶肠道喂养的危重症早产儿,根据治疗效果分为疗效不满意组(A组)18例和疗效满意组(B组)15例.在出生后48 h内采集两组患儿的粪便样本,应用Illumina高通量测序技术对粪便标本中所有细菌的16S rRNA V3～V4区进行DNA测序,分析肠道菌群的物种分类、丰富度和多样性.结果 在门水平上,两组主要优势菌群均包含厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、放线菌门和未分类菌门等;A组放线菌门、拟杆菌门的绝对丰度较B组下降(P<0.05).在属水平上,两组主要优势菌群均包含肠球菌属、葡萄球菌属、克雷伯菌属、肠杆菌属和特布尔西菌属等;A组双歧杆菌属、丙酸杆菌属、罗斯氏菌属和拟杆菌属的绝对丰度较B组下降,肠球菌属的绝对丰度较B组升高(P<0.05).A组的Shannon指数、Simpson指数低于B组(P<0.05);β多样性指数分析显示组间差异大于组内差异(R值>0,P<0.05).结论 不同疗效的危重症早产儿肠道菌群在门、属水平上的主要优势菌群大致相同,但其肠道菌群构成、丰富度和多样性存在差异,其中疗效不满意者的放线菌门、拟杆菌门及双歧杆菌属、丙酸杆菌属、罗斯氏菌属和拟杆菌属的绝对丰度,以及肠道菌群的丰富度和多样性均降低.