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糖尿病足溃疡差异表达基因的筛选与功能分析及临床验证
编辑人员丨1周前
目的:筛选糖尿病足溃疡(DFU)的差异表达基因(DEG)并对其进行功能分析与临床验证,以期为慢性难愈性创面的表观遗传学治疗奠定理论基础。方法:采用观察性研究方法。选取基因表达综合数据库(GEO)中的DFU患者基因表达谱数据集GSE80178,采用GEO2R工具分析筛选数据集中3个正常皮肤组织样本与6个DFU组织样本之间的DEG。对筛选出的DEG,采用R语言程序包中ClusterProfiler、org.Hs.eg.db、GOplot和ggplot2分别进行生物学过程、分子功能、细胞组分的基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;采用STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析,筛选DEG中的关键基因,用Cytoscape 3.9.1软件中Cytohubba插件进行关键基因的GO富集分析。取厦门大学附属翔安医院2018年9月—2021年3月收治的15例DFU患者(男7例、女8例,年龄55~87岁)的DFU组织和15例急性创面患者(男6例、女9例,年龄8~52岁)术后弃用的正常皮肤组织,分别采用实时荧光定量反转录PCR法与免疫组织化学法检测富含脯氨酸的小重复蛋白1A(SPRR1A)和晚期角质化包膜蛋白3C(LCE3C)的mRNA与蛋白表达。对数据行独立样本 t检验。 结果:与正常皮肤组织比较,从DFU患者DFU组织中筛选出492个差异表达显著的DEG(校正 P<0.05或校正 P<0.01),包括363个上调DEG和129个下调DEG。GO术语分析显示,DEG在皮肤发育、角质形成细胞(KC)分化、角质化、表皮发育、表皮细胞分化等方面显著富集(校正 P值均<0.01);KEGG通路分析显示,DEG在肿瘤相关微小RNA、Ras相关蛋白1信号通路和多能干细胞调控信号通路等方面显著富集(校正 P值均<0.01)。PPI分析显示,内披蛋白、 SPRR1A、 SPRR1B、 SPRR2B、 SPRR2E、 SPRR2F、 LCE3C、 LCE3E、角蛋白16(均为下调DEG)和丝聚蛋白(为上调DEG)为从DFU患者DFU组织中筛选出的DEG中的关键基因,其显著富集于角质化、KC分化、表皮细胞分化、皮肤发育、表皮发育、多肽交联等GO术语(校正 P值均<0.01)。DFU患者DFU组织中SPRR1A和LCE3C的mRNA表达量分别为0.588±0.082与0.659±0.098、蛋白表达量分别为0.22±0.05与0.24±0.04,分别明显低于急性创面患者正常皮肤组织的1.069±0.025与1.053±0.044( t值分别为20.91、13.66, P值均<0.01)、0.38±0.04与0.45±0.05( t值分别为9.69、12.46, P值均<0.01)。 结论:相较于正常皮肤组织,DFU患者DFU组织中存在DEG谱,且DEG显著富集于KC分化及角蛋白功能方面;关键DEG与KC生物学功能相关,在DFU患者DFU组织中的低表达可能阻碍溃疡愈合。
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编辑人员丨1周前
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外泌体在肝细胞癌肿瘤微环境中作用的研究进展
编辑人员丨1周前
肝细胞癌肿瘤微环境的复杂性决定了其高度异质性和肿瘤的发生发展。外泌体是肝细胞癌肿瘤微环境中的重要组成之一,是一种富含蛋白质、核酸等物质的膜性囊泡,直径40~160 nm,能在细胞间进行信号传递。肝细胞癌来源的外泌体在肿瘤微环境中的信息调控作用对肝细胞癌的恶性生物学行为产生重大影响。近几年外泌体在肝细胞癌的检测、治疗、预后中作用的研究也逐渐深入。本文聚焦外泌体在肝细胞癌微环境生物进程中的作用,论述外泌体在肝细胞癌的血管生成、转移、上皮间质化、免疫调节以及诊治等方面的研究进展。
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编辑人员丨1周前
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精准分型指导ARDS临床精准救治
编辑人员丨1周前
急性呼吸窘迫综合征(acute respiratory distress syndrome, ARDS)是一种以肺泡-毛细血管屏障破坏和非心源性肺水肿致严重低氧血症为特征的急危重症。全球范围内ICU患者ARDS患病率为10%,在需要机械通气的患者中患病率为23%,住院病死率达35%~45% [1]。目前ARDS临床诊治存在五大痛点:高度异质性、分型不精准、协作研究少、疗效评估难、研究模型不匹配。ARDS的临床和生物学高度异质性,被认为是影响临床研究效果评价、同质化治疗程度低的重要因素。对ARDS精准分型,形成分型导向的精准治疗方案,是提高ARDS救治水平的关键 [2]。近年来,针对ARDS异质性和精准分型开展了一系列的临床研究,并取得了较好的效果;精准分型也由单一变量发展为基于临床特征、生物学标志物和影像学资料的多变量、多模态模型。
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编辑人员丨1周前
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雷帕霉素对增生性玻璃体视网膜病变的保护作用研究进展
编辑人员丨1周前
增生性玻璃体视网膜病变(PVR)是眼外伤、孔源性视网膜脱离(RRD)等的并发症,也是造成RRD复位手术失败的常见原因。视网膜色素上皮(RPE)细胞异常增生、迁移和上皮间充质化在PVR相关的视网膜前增生膜的形成中起着主导作用。雷帕霉素是哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)的特异性抑制剂,选择性地结合细胞蛋白FKBP-12,和FKBP-雷帕霉素相关蛋白(FRAP)的FKBP12-雷帕霉素结构域(FRB)直接结合变构从而抑制mTOR活性。雷帕霉素具有多种衍生物和类似物,通过对mTOR信号转导途径的抑制发挥抑制细胞增生和调节细胞周期等作用,在PVR中对RPE细胞异常增生、迁移和上皮间充质化起到一定的抑制作用,对PVR中胶质细胞的修复、炎症细胞的抑制和血管内皮细胞的损伤也起到一定保护作用。近年来,雷帕霉素在多种眼病中的临床试验不断开展,对其在眼部给药方式的探索和用药安全性方面的证据逐渐全面。本文就雷帕霉素对PVR中RPE细胞及其他细胞的保护作用、用药安全性等方面作一综述。
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编辑人员丨1周前
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浙江钱江源-百山祖国家公园庆元片区叶附生苔多样性及其时空变化
编辑人员丨2024/7/6
叶附生苔是苔藓植物中特有率最高的一个类群,特殊的生理生态特性使其对气候变化及人为干扰极为敏感,成为苔藓植物中最需要关注和保护的一个类群.为了解叶附生苔物种多样性及组成随时间变化的规律,我们以钱江源-百山祖国家公园庆元片区为研究对象,针对该区域内有叶附生苔历史调查记录且物种较为丰富的3个保护点(百山祖、十九源、五岭坑)进行叶附生苔类植物调查,比较并分析这3个保护点叶附生苔类植物的物种丰富度、分类β多样性及功能β多样性在时间(1990-2020年)和空间两个维度上的变化.结果表明,该片区共有叶附生苔类植物4科10属31种.与历史数据相比,本次调查新增叶附生苔7种,但有14种未采集到.在所调查的3个保护点中,仅五岭坑的物种数上升,百山祖和十九源的物种数均下降30年来,各保护点的叶附生苔总的功能丰富度都呈下降趋势,百山祖的物种分类β多样性及功能β多样性在3个保护点中最高;物种分类β多样性主要是由周转组分构成,相反,功能β多样性主要是由嵌套组分构成.与30年前相比,3个保护点之间的物种分类β多样性及功能β多样性均呈上升趋势,表明物种异质化现象有增加的趋势.鉴于叶附生苔物种组成随时间的明显变化,以及不同地区之间物种组成差异随时间的加剧情况,建议在我国其他叶附生苔分布中心开展类似的调查和比较研究,以期及时更新物种名录,同时结合国家公园的建设契机,加强对叶附生苔不同分布点之间的联通保护.
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编辑人员丨2024/7/6
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郑州市41所医院"提高住院患者抗菌药物治疗前病原学送检率"专项行动改进现况调查
编辑人员丨2024/6/15
目的 了解郑州市"提高住院患者抗菌药物治疗前病原学送检率"专项行动(简称"专项行动")的管理模式与改进现况.方法 2023年12月1-5日对郑州市开展"专项行动"的41所医院进行网络调查,对哨点医院与非哨点医院"专项行动"管理现况进行描述性分析,并对比"专项行动"前后住院患者抗菌药物治疗前病原学送检率、医院感染诊断相关病原学送检率、联合使用重点药物前病原学送检率的差异.结果 78.05%的医院成立了"专项行动"专家组,管理的薄弱环节为"安排感染/感控科室人员到微生物实验室轮转或学习",哨点医院为25.00%,非哨点医院为21.21%;"专项行动"后住院患者抗菌药物治疗前病原学送检率为60.27%(473262/785298),达到目标值,医院感染诊断相关病原学送检率74.04%(8158/11019)和联合使用重点药物前病原学送检率92.03%(10610/11529),均未达到目标值;"专项行动"后不同级别、不同类别、不同性质医院的三个送检率指标均高于"专项行动"前(P<0.05).结论 "专项行动"初见成效,能够有效规范管理模式,提高住院患者抗菌药物治疗前病原学送检率的各项指标,但仍需进一步加强对检验项目及标本质控方面的同质化管理.
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编辑人员丨2024/6/15
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滇中高原半湿润常绿阔叶林的岛屿化与物种多样性
编辑人员丨2024/3/23
森林破碎化(或岛屿化)是导致当前生物多样性丧失的重要成因之一.滇中地区地带性的半湿润常绿阔叶林(semi-humid evergreen broad-leaved forests,SEBFs)具有显著的岛屿化特征.当前村寨周边面积大小、形状不一的"岛状"森林为研究破碎化的半湿润常绿阔叶林及其物种多样性特征提供了理想对象.本文通过植被遥感制图和群落样方调查,运用空间统计、物种多样性分析、群落排序及环境解释,探讨了滇中高原半湿润常绿阔叶林的岛屿化特征及其对群落物种多样性的影响.结果表明:(1)滇中高原现存半湿润常绿阔叶林仅占其潜在分布范围的1.5%,面积>100 ha的林斑有92块,而面积<10ha的林斑占斑块总数的54.6%和总面积的7.8%;该植被类型面积萎缩和破碎化严重;(2)99%的林斑到村寨的距离<3 km,距离村寨越远,林斑平均面积越大,但样方物种α多样性除均匀度外变化不显著;不同面积等级斑块中样方物种α多样性也仅物种丰富度有显著变化,面积超过100 ha的大斑块有更高的物种丰富度;离村寨越近,样方群落物种组成简单化和同质化现象加强;(3)样方群落β多样性主要由物种替换引起.森林岛屿化是导致半湿润常绿阔叶林群落物种组成变化的主要因子,而人类干扰强度对群落物种组成的影响高于局部生境异质性(水分条件)和区域气候梯度(低温限制)的影响.滇中高原半湿润常绿阔叶林以破碎小斑块大量存在于村寨周边,在人为干扰下群落退化明显,亟待引起足够重视,并采取必要措施加强保护.
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编辑人员丨2024/3/23
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CFH蛋白在家系早发冠心病血瘀证中的表达及意义
编辑人员丨2024/3/2
目的 筛选家系早发冠心病血瘀证的特异性蛋白,为今后临床早期诊断和预防疾病提供潜在生物标志物.方法 通过同位素相对标记与绝对定量技术(isobaric tags for relative and absolute quantification,iTRAQ)分析家系早发冠心病血瘀证患者、家系早发冠心病非血瘀证患者及健康人的血浆蛋白表达,数据分析后得到各组间的差异蛋白表达情况,再经差异蛋白筛选标准初步得到疾病的预测蛋白,并使用Western blot验证预测蛋白.结果 通过iTRAQ技术共得到差异蛋白75个,其中家系早发冠心病血瘀证组与健康对照组之间共得到 32 个差异蛋白,包括 22 个上调蛋白与 10 个下调蛋白,共涉及 429 个生物学过程,其与角质化、皮肤发展、蛋白质激活级联反应等关系最为密切;在代谢途径金黄色葡萄球菌感染、补体和凝血级联、血小板激活等KEGG通路上富集.与健康对照组相比,家系早发冠心病血瘀证组差异蛋白补体因子H(complement factor H,CFH)表达水平差异有统计学意义(P<0.01).结论 经差异蛋白筛选标准得到的CFH蛋白,可作为家系早发冠心病血瘀证早期诊断的潜在生物标志物.
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编辑人员丨2024/3/2
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高通量自动化类器官芯片研究进展
编辑人员丨2024/2/3
类器官是利用干细胞的自更新和自组织能力在体外构建的三维多细胞培养物,其复现了对应器官或组织的关键结构和功能特征,为发育生物学、再生医学、疾病建模和药物开发等领域提供了理想的体外模型和研究平台.然而,传统的类器官培养体系依赖于手动操作,培养流程较为繁琐,且培养物个体差异和批次差异较大,成为限制类器官转化和应用的重要原因之一.因此,工程化类器官培养体系通过引入微流控芯片技术来提升类器官培养体系的通量和自动化程度,对于实现类器官大规模、均质化、标准化培养具有重要意义.该文综述了高通量自动化类器官芯片的研究进展,并探讨了类器官培养通量和标准化的主要限制性因素和潜在挑战.
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编辑人员丨2024/2/3
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增生性瘢痕差异表达基因及小分子药物预测的生物信息学分析与验证
编辑人员丨2024/1/6
背景:增生性瘢痕是以成纤维细胞过度增殖、表皮增厚和角质层功能不良为特征的皮肤纤维化疾病,目前其具体发病机制仍不清楚.目的:基于生物信息学筛选增生性瘢痕相关数据集的核心(Hub)基因及重要信号通路,再用细胞实验加以验证,预测对其可能有治疗作用的小分子药物.方法:从基因表达综合数据库搜索增生性瘢痕相关的数据集,通过R软件筛选差异表达基因,对差异表达基因进行基因本体论和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Gnomes,KEGG)富集分析,使用String在线平台构建差异表达基因的蛋白质相互作用网络,然后分别利用Cytoscape软件中的Cytohubba和MCODE插件筛选出蛋白质相互作用网络中的关键基因和核心模块,进一步将上述关键基因和构成核心模块的基因求交集得到Hub基因,通过荧光定量PCR验证Hub基因mRNA在人增生性瘢痕与正常皮肤表皮干细胞中的表达差异,并利用人类蛋白图谱中组织学数据验证Hub基因编码蛋白在2种组织中表达量和分布的差异,最后用connectivity map数据库预测针对增生性瘢痕的潜在作用药物.结果与结论:①筛选出的差异表达基因中上调基因102个、下调基因702个,基因本体论和KEGG分析结果显示,富集的信号通路及生物学过程主要涉及紧密连接、花生四烯酸代谢、细胞外基质受体交互、表皮发育和角质化等;②取交集得到8个Hub基因与调控胆固醇代谢的甲羟戊酸途径密切相关,分别是HMGCS1、DHCR7、MSMO1、FDPS、MVK、HMGCR、MVD和ACAT2;③荧光定量PCR结果显示,相比正常皮肤组,增生性瘢痕组HMGCS1、DHCR7、MSMO1、FDPS、HMGCR、MVD和ACAT2 mRNA的表达均显著下降(P<0.05),而MVK mRNA的表达无明显变化(P>0.05);④除MVK外,其余Hub基因编码蛋白在正常皮肤组织中表达水平均高于增生性瘢痕组织(P<0.05);⑤评分排列前10的候选药物包括蛋白激酶A抑制剂(H-89)、丝氨酸蛋白酶抑制剂(Dabigatran-Etexilate)、FLT3抑制剂(舒尼替尼)等,其中白藜芦醇和β-谷甾醇均为植物来源;⑥提示与甲羟戊酸代谢途径密切相关的Hub基因可能通过调控脂质代谢影响表皮结构与功能,这可能是增生性瘢痕的重要发病机制之一,此次研究筛选的小分子化合物可作为治疗增生性瘢痕的候选药物.
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编辑人员丨2024/1/6
