目的:采用16S rDNA测序技术研究寻常型天疱疮（PV）患者皮肤菌群多样性。方法:收集杭州市第三人民医院皮肤科10例PV患者及10例健康对照，取皮损旁（PV组）及对侧无皮损处皮肤菌群样本（PVn组），正常对照组取相应部位菌群样本。采用16S rDNA扩增子测序技术，对所有样本的菌群基因进行测序与分类，通过Usearch软件对数据聚类分析，得到可操作分类单元（OTU），获得门、纲、目、科、属水平的物种丰度。以Observed species指数、Shannon指数和Simpson指数等反映α多样性，使用主坐标分析法（PCoA）分析β多样性。采用线性判别分析效应量（LEfSe）分析比较各组的差异物种。利用PICRUSt软件进行基因功能预测。2组非参数检验采用Wilcoxon秩和检验，3组间非参数检验采用Kruskal Waills检验。结果:注释到门、纲、目、科、属的OTU分别有2 002、1 869、1 751、1 611、1 120个，3组均以厚壁菌门、放线菌门、拟杆菌门和变形菌门为主，在属水平上，PV组及PVn组葡萄球菌属丰度最高，正常对照组为棒状杆菌属。α多样性分析显示，3组间Observed species指数、Shannon指数、Simpson指数差异均有统计学意义（均 P< 0.05），PV组Shannon指数（3.24±1.30）和Simpson指数（0.70±0.19）均低于正常对照组（ P< 0.05）。PCoA分析显示，3组间β多样性差异无统计学意义（ P=0.054）。秩和检验显示，3组间丰度差异有统计学意义的物种共32个，其中相对丰度较高的有富集于PV组的芽孢杆菌纲及富集于正常对照组的微球菌属、短波单胞菌属等。按病程< 3个月、≥ 3个月分组，PV长病程组中富集的物种有梭状芽孢杆菌目、颤杆菌属及鞘氨醇单胞菌属等；短病程组γ变形菌纲富集。功能预测显示，与感染性疾病相关的基因功能富集于天疱疮组。 结论:16S rDNA测序技术应用于天疱疮微生物组学研究，证实PV皮肤菌群多样性及组成结构与正常人存在一定差异。

探讨初治肺结核患者肠道菌群改变与机体免疫指标的相关性，为肺结核防治提供参考依据。采取单中心病例对照研究，选取2020年10月至2021年4月于南华大学附属长沙中心医院肺结核科，诊断为初治肺结核的患者43例，同期健康查体的人群43名作为对照组。初治肺结核患者（pulmonary tuberculosis，PTB）43例，同期体检健康者（healthy control，HC）43名，收集受试对象新鲜粪便和全血，采用Illumina Hiseq高通量测序技术对粪便中所有微生物16S rRNA的V4区进行扩增测序，通过QIIME软件分析肠道菌群结构。利用流式细胞术测定受试者免疫指标（CD3 +、CD4 +、CD8 +、CD4 +CD25 +CD127 -Treg、CD14 +CD16 +、CD14 +CD16 -），分析初治肺结核患者肠道菌群改变与免疫功能的内在关联。利用χ2检验、 t检验、Wilcox秩和检验等方法分析两组人群年龄、性别、α 多样性及菌群相对丰度差异。PTB组与HC组相比，肠道菌群α多样性下降（shannon指数： t=3.906， P=0.000 2；simpson指数： Z=553， P=0.004 7；chao1指数： t=5.395， P= 0.000 0）。β多样性分析显示，两组肠道菌群结构存在明显差异（ P=0.000）。物种差异分析显示，在门水平上，PTB组厚壁菌门相对丰度明显低于HC组（ Z=486.0， P=0.000 5）。在属水平上，两组间共存在15个差异菌属，PTB组中双歧杆菌属（ Bifidobacterium）、肠球菌属（ Enterococcus）、乳杆菌属（ Lactobacillus）、厌氧棒杆菌属（ Anaerostipes）、韦荣球菌属（ Veillonella）以上5个菌属相对丰度较HC组高（ P<0.05）；丁酸单胞菌（ Butyricimonas）、梭状芽胞菌属（ Clostridium）、布劳特菌属（ Blautia）、粪球菌属（ Coprococcus）、多尔菌属（ Dorea）、毛螺菌属（ Lachnospira）、罗斯菌属（ Roseburia）、粪杆菌属 （Faecalibacterium）、瘤胃球菌属（ Ruminococcus）、小杆菌属（ Dialister）等10个菌属相对丰度较HC组低（ P<0.05）。组间免疫指标比较结果显示，PTB组CD14 +CD16 +单核细胞（%）较HC组高（ t=2.456， P=0.0016<0.05），而CD14 +CD16 -单核细胞（%）较HC低（ t=-4.368， P=0.000<0.05），而CD3 +、CD4 +、CD8 +、CD4 +/CD8 +及Treg（CD4 +CD25 +CD127 -）差异无统计学意义（ P>0.05）。Spearman相关性分析显示，PTB组中厚壁菌门与CD4 +/CD8 +、CD14 +CD16 +呈负相关（ r=-0.218， P=0.048； r=-0.245， P=0.025），与CD14 +CD16 -呈正相关（ r=0.250， P=0.022）；在属水平上，粪杆菌属与CD4 +/CD8 +、CD4 +呈正相关（ r=0.250， P=0.023； r=0.258， P=0.019）；罗斯菌属与CD3 +、CD8 +及CD14 +CD16 -呈正相关（ r=0.27， P=0.024； r=0.219， P=0.046； r=0.027， P=0.039），与CD14 +CD16 +呈负相关（ r=-0.280， P=0.01）。初治肺结核患者肠道菌群结构改变，可能是机体免疫功能低下的影响因素之一，有针对性地优化肠道菌群结构，改善机体免疫力，或可作为一种有效辅助治疗肺结核的方式。

目的:观察并比较脐带间充质干细胞（MSC）及其条件培养基（MSC-CM）对脓毒症小鼠肠道菌群的调节作用。方法:将28只6~8周龄雌性C57BL/6J小鼠随机分为假手术组（Sham组）、脓毒症模型组（CLP组）、脓毒症+MSC干预组（CLP+MSC组）、脓毒症+MSC-CM干预组（CLP+MSC-CM组），每组7只。通过盲肠结扎穿孔术（CLP）构建脓毒症小鼠模型；Sham组不进行盲肠结扎和穿孔，余操作同CLP组。CLP+MSC组和CLP+MSC-CM组术后6 h分别经腹腔注射0.2 mL 1×10 6 MSC和0.2 mL浓缩MSC-CM；Sham组和CLP组腹腔注射0.2 mL无菌磷酸盐缓冲液（PBS）。通过组织苏木素-伊红（HE）染色及结肠长度评估组织病理学改变，通过酶联免疫吸附试验（ELISA）检测血清炎症因子水平，通过流式细胞术检测腹腔巨噬细胞极化表型，通过16S rRNA测序分析肠道菌群。 结果:与Sham组比较，CLP组小鼠肺组织出现显著炎症病变，结肠长度明显缩短（cm：6.00±0.26比7.11±0.09），血清促炎因子白细胞介素-1β（IL-1β）水平显著升高（ng/L：432.70±17.68比353.70±17.01），腹腔巨噬细胞F4/80 +比例显著升高〔（68.25±3.41）%比（50.84±4.98）%〕，抗炎型巨噬细胞F4/80 +CD206 +比例显著降低〔（45.25±6.75）%比（66.66±3.36）%〕，肠道菌群α多样性sobs指数显著降低（118.50±23.25比255.70±6.87），物种组成结构改变，与转录、次生代谢物生物合成及运输与代谢、糖类运输与代谢、信号转导功能相关的菌群的相对丰度显著降低（均 P<0.05）。与CLP组比较，MSC和MSC-CM干预可不同程度地减轻小鼠肺组织和结肠组织病理损伤，延长结肠长度（cm：6.53±0.27、6.87±0.18比6.00±0.26），降低血清IL-1β的水平（ng/L：382.10±16.93、343.20±23.61比432.70±17.68），降低腹腔巨噬细胞F4/80 +比例〔（47.65±3.93）%、（48.68±2.51）%比（68.25±3.41）%〕，增加腹腔抗炎型巨噬细胞F4/80 +CD206 +比例〔（52.73±5.02）%、（66.38±4.73）%比（45.25±6.75）%〕，上调肠道菌群α多样性sobs指数（182.50±16.35、214.00±31.18比118.50±23.25），且以MSC-CM组变化最显著（均 P<0.05）。同时，MSC和MSC-CM干预可重塑肠道菌群的物种组成，并表现出相关菌群相对丰度升高的趋势。 结论:MSC和MSC-CM均可改善脓毒症小鼠组织炎症损伤，调节肠道菌群，且MSC-CM的干预效果优于MSC。

目的:分析女性孕前口腔菌群与胎儿过度生长的关联及可能机制。方法:基于孕前队列，采取巢式病例对照研究设计，选取队列自2016年10月至2021年12月于上海市嘉定区妇幼保健院招募的人群中分娩巨大儿和/或大于胎龄儿（large for gestational age，LGA）的51例产妇作为病例组，按1∶4选取同期分娩正常出生体重儿、适于胎龄儿的204例产妇作为对照组。以总人群中分娩LGA的48例产妇作为LGA亚组，并从其余分娩非LGA的产妇中按1∶4随机抽取192例作为其相应对照组，展开LGA亚组分析。采用16S rRNA基因测序技术检测孕前唾液样本，比较组间口腔菌群特征、差异菌群与差异功能通路。采用非参数Wilcoxon秩和检验、两独立样本 t检验，或 χ 2检验（或Fisher精确概率法）进行统计学分析。对女性孕前膳食数据进行因子分析，以膳食模式因子得分的最大取值确定每个研究对象的主要膳食模式。对菌群计数数据，采用R和QIIME2软件计算α和β多样性指标，并通过PICRUSt2获得相应菌群功能计数数据。 结果:（1）一般资料：2组对象从孕前采样至妊娠及采样至分娩的时间间隔差异无统计学意义。病例组51例中，单纯巨大儿3例，LGA 48例（94.1%）。LGA亚组的相应对照为192例。病例组与对照组膳食模式差异无统计学意义。（2）α多样性分析：病例组物种丰富度指数低于对照组［（367.27±84.57）与（408.71±93.08），多因素分析 P=0.009］，而2组间Shannon指数和Simpson指数的差异则无统计学意义；LGA亚组的物种丰富度指数亦低于相应对照组［（371.04±83.92）与（408.04±94.21），多因素分析 P=0.033］，而Shannon指数和Simpson指数差异则无统计学意义。（3）β多样性分析：①病例组与对照组口腔菌群非加权UniFrac距离差异有统计学意义（ R 2=0.006， F=1.479， P=0.048）。LGA亚组与相应对照组口腔菌群β多样性指标差异无统计学意义。（4）差异菌群分析：①病例组与对照组从门到属共有14个差异菌群。在属水平，消化链球菌科G1菌属在病例组富集，而劳特罗普氏菌属、小杆菌属、纤毛菌属和罗斯氏菌属则在对照组富集。②LGA亚组与相应对照组从门到属共有14个差异菌群；在属水平，罗斯氏菌属、纤毛菌属、单糖菌门G6菌属和月形单胞菌属在对照组富集（LDA值均>2， P值均<0.05）。（5）差异功能分析：病例组女性口腔菌群中烟酸降解［log 2差异倍数（fold change， FC）=3.510， q=0.005］、嘧啶核苷酸从头合成途径（log 2FC=0.078， q=0.005）及L-酪氨酸降解通路（log 2FC=0.710， q=0.034）等相关代谢功能通路富集。LGA亚组与相应对照组比较发现，LGA亚组口腔菌群中烟酸降解相关代谢功能通路富集（log 2FC=3.660， q=0.012）。 结论:过度生长胎儿的母亲孕前口腔菌群结构较正常生长胎儿的母亲存在差异，且正常生长胎儿的母亲孕前口腔菌群多样性更高。孕前口腔菌群中部分致病菌富集与共生菌减少与胎儿过度生长有关，这种关联可能通过烟酸降解等功能通路实现。

目的:探讨肠道菌群移植（FMT）对重症肺炎恢复期患者肠道微生态和机体的影响。方法:采用前瞻性非随机对照研究方法，选择2021年12月至2022年5月广州医科大学附属第一医院收治的接受FMT的重症肺炎恢复期患者（FMT组），以及同期住院未接受FMT的重症肺炎恢复期患者（非FMT组）。比较两组患者入组前1 d和入组后10 d临床观察指标、胃肠道功能及粪便性状等差异。采用16S rDNA基因测序技术分析FMT组患者入组前后肠道菌群多样性及差异物种的变化，并进行京都基因与基因组百科全书数据库（KEGG）代谢通路分析预测；采用Pearson相关法分析FMT组患者肠道菌群与临床观察指标的相关性。结果:FMT组患者入组后10 d三酰甘油（TG）水平较入组前显著降低〔mmol/L：0.94（0.71，1.40）比1.47（0.78，1.86）， P<0.05〕；非FMT组患者入组后10 d高密度脂蛋白胆固醇（HDL-C）水平较入组前显著降低（mmol/L：0.68±0.27比0.80±0.31， P<0.05）。两组患者其他临床观察指标、胃肠道功能及粪便性状评分等在入组前后差异均无统计学意义。多样性分析显示，FMT组患者入组后10 d肠道菌群?α?多样性指数均显著高于非FMT组，且?β?多样性亦与非FMT组存在显著差异。差异物种分析显示，与入组前比较，FMT组患者入组后10 d肠道菌群门水平中变形杆菌门相对丰度明显降低〔8.554%（5.977%，12.159%）比19.285%（8.054%，33.207%）， P<0.05〕，梭杆菌门相对丰度明显升高〔6.801%（1.373%，20.586%）比0.003%（0%，9.324%）， P<0.05〕；肠道菌群属水平中丁酸单胞菌属、梭杆菌属及双歧杆菌属等相对丰度均明显升高〔丁酸单胞菌属：1.634%（0.813%，2.387%）比0%（0%，0.061%），梭杆菌属：6.801%（1.373%，20.586%）比0.002%（0%，9.324%），双歧杆菌属：0.037%（0%，0.153%）比0%（0%，0%），均 P<0.05〕。KEGG代谢途径通路分析显示，FMT组患者肠道菌群在双酚降解、矿物质吸收、磷酸盐和次磷酸盐代谢、心肌收缩及帕金森病等代谢通路与疾病中发生改变。相关性分析显示，FMT组患者肠道菌群中放线菌门与前白蛋白（PA）呈显著正相关（ r＝0.53， P＝0.043），拟杆菌门与血尿素氮（BUN； r＝0.56， P＝0.029）和补体C3（ r＝0.57， P＝0.027）呈显著正相关，厚壁菌门与BUN（ r＝0.56， P＝0.029）和补体C3（ r＝0.57， P＝0.027）呈显著正相关，梭杆菌门与免疫球蛋白M（IgM）呈显著正相关（ r＝0.71， P＝0.003），变形杆菌门与降钙素原（PCT； r＝0.63， P＝0.012）和补体C4（ r＝0.56， P＝0.030）呈显著正相关。 结论:FMT能降低重症肺炎恢复期患者TG水平，重建肠道微生态结构，改变机体代谢和功能，通过降低有害菌相对丰度缓解机体的炎症反应。

目的 探究肠道菌群多样性及其代谢产物与慢性心力衰竭(CHF)患者心功能的相关性.方法 将2020年5月—2022年5月新疆医科大学第五附属医院收治的CHF患者50例作为CHF组,另选取同期该院收治的非CHF患者50例作为对照组.比较两组肠道菌群α多样性指标(Chao指数、Ace指数、Shannon指数、Simpson指数)、肠道菌群β多样性、肠道菌群代谢产物[氧化三甲胺(TMAO)、胆汁酸(BA)、乙酸、丙酸、丁酸、异丁酸水平],记录CHF患者心功能指标[N末端脑钠肽前体(NT-proBNP)水平、左心室射血分数(LVEF)、6 min步行距离(6MWD)].采用Pearson相关分析探讨CHF患者肠道菌群多样性指标及其代谢产物与心功能指标的相关性.结果 CHF组Chao指数、Ace指数低于对照组(P＜0.05).主坐标分析(PCoA)结果显示,对照组与CHF组样本基本分别聚集在不同象限,且样本间多样性差异较大(32.91%比11.93%;R2=0.276,P=0.026).CHF组TMAO、BA水平高于对照组,乙酸、丙酸、丁酸、异丁酸水平低于对照组(P＜0.05).Pearson相关分析结果显示:CHF患者Chao指数、Ace指数分别与NT-proBNP水平呈负相关,分别与LVEF、6MWD呈正相关(P＜0.05);CHF患者TMAO、BA水平分别与NT-proBNP水平呈正相关,分别与LVEF、6MWD呈负相关(P＜0.05);CHF患者乙酸、丙酸、丁酸、异丁酸水平分别与NT-proBNP水平呈负相关,分别与LVEF、6MWD呈正相关(P＜0.05).结论 CHF患者肠道菌群物种减少,多样性差异增大,肠道菌群代谢异常,且肠道菌群物种减少及其代谢产物异常均会加重患者心功能损伤.

藻类结皮形成和发育,能够提高土壤稳定性并增加土壤有机质含量,为微生物生长、繁殖和草本植物拓殖创造条件.因此,藻类结皮潜在功能对后续生物结皮及生态系统演替具有重要意义.然而,古尔班通古特沙漠藻类结皮营养循环相关微生物及潜在功能机制尚不清楚.以古尔班通古特沙漠不同区域藻类结皮为研究对象,采用宏基因组测序技术,研究藻类结皮微生物群落及碳氮循环功能基因特征.研究结果表明蓝藻菌门、变形菌门、放线菌门是藻类结皮中主要微生物类群,在沙漠固碳和氮循环中起到重要作用.微生物α多样性结果显示仅物种丰富度指数在三个区域内存在显著差异.β多样性结果显示藻类结皮未因沙漠局部气候及理化因子差异产生微生物群落分化.而微生物群落功能基因对环境变化响应要比微生物群落更为敏感,沙漠东部和西部藻类结皮功能基因产生显著分化.三个区域微生物功能基因中还原型三羧酸循环是自养生物固碳主要途径,而卡尔文循环是光合生物固碳的主要途径,其中rpiA和rbcS基因更易受到降水影响.鞘脂单胞菌属、念珠藻属和伪枝藻属在参与固碳过程中表现出的差异,可能是导致固碳功能基因产生分化的原因之一.氮循环主要途径以硝酸盐还原为主,大部分氮素通过硝酸盐同化作用被土壤微生物转化为铵盐,少量氮素被反硝化为一氧化二氮和一氧化氮流失.沙漠藻类结皮固氮作用较弱,仅有念珠藻属和伪枝藻属参与,且存在nifH、nifD、nifK三个功能基因.这些固氮功能基因更易受到土壤中硝态氮含量的影响.硝化过程仅注释到氨单加氧酶或甲烷单加氧酶编码pmoABC-amoABC基因,而hao和nxrA、nxrB基因均未注释获得.

[目的]为了解多年生稻内生细菌微生态的结构和潜在功能,探究多年生稻内生细菌与寄主优良性状的关系.[方法]通过 16S rRNA扩增子测序技术比较分析了不同多年生稻品种(PR23、PR25 和PR107)内生细菌多样性、物种组成和代谢功能.[结果]不同基因型的多年生稻具有不同的内生细菌群落,三者β多样性存在显著差异.多年生稻地下和地上部组织分化形成了不同的内生细菌群落,其地下部内生细菌主要由变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)等组成,而地上部内生细菌主要由变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)等组成.不同多年生稻内生细菌特有扩增子序列变体(amplicon sequence variants,ASVs)数量较多,且具有不同的优势内生细菌属和生物标记物种类.多年生稻内生细菌的代谢功能主要为生物合成、生物降解与利用、解毒、代谢产物前体和能量的产生、甘氨酸途径、大分子修饰和代谢簇.品种间内生细菌的差异代谢功能主要涉及酯类、醇类、糖类等物质的生物合成和降解.[结论]寄主基因型和组织分化影响了多年生稻内生细菌的群落结构、物种组成和代谢功能.

叶附生苔是苔藓植物中特有率最高的一个类群,特殊的生理生态特性使其对气候变化及人为干扰极为敏感,成为苔藓植物中最需要关注和保护的一个类群.为了解叶附生苔物种多样性及组成随时间变化的规律,我们以钱江源-百山祖国家公园庆元片区为研究对象,针对该区域内有叶附生苔历史调查记录且物种较为丰富的3个保护点(百山祖、十九源、五岭坑)进行叶附生苔类植物调查,比较并分析这3个保护点叶附生苔类植物的物种丰富度、分类β多样性及功能β多样性在时间(1990-2020年)和空间两个维度上的变化.结果表明,该片区共有叶附生苔类植物4科10属31种.与历史数据相比,本次调查新增叶附生苔7种,但有14种未采集到.在所调查的3个保护点中,仅五岭坑的物种数上升,百山祖和十九源的物种数均下降30年来,各保护点的叶附生苔总的功能丰富度都呈下降趋势,百山祖的物种分类β多样性及功能β多样性在3个保护点中最高;物种分类β多样性主要是由周转组分构成,相反,功能β多样性主要是由嵌套组分构成.与30年前相比,3个保护点之间的物种分类β多样性及功能β多样性均呈上升趋势,表明物种异质化现象有增加的趋势.鉴于叶附生苔物种组成随时间的明显变化,以及不同地区之间物种组成差异随时间的加剧情况,建议在我国其他叶附生苔分布中心开展类似的调查和比较研究,以期及时更新物种名录,同时结合国家公园的建设契机,加强对叶附生苔不同分布点之间的联通保护.

目的:宏基因测序分析结直肠癌小鼠肠道菌群变化与巨噬细胞极化的相关性.方法:将3周龄APCmin/+小鼠和野生型C57/6J小鼠分成结直肠癌组(CRC组,n=8)和正常对照组(NC组,n=7),高脂饮食喂养8周收集粪便宏基因测序分析肠道菌群变化,免疫组化(IHC)检测肿瘤组织M2巨噬细胞极化.结果:HE病理显示CRC组小鼠造模成功,肿瘤数量显著多于NC组(P＜0.05).α多样性显示CRC组菌群多样性高于NC组,菌群丰富度无显著差异;β多样性显示两组间菌群明显分离.Venn图显示两组间共有物种1620种,NC组和CRC组特有物种分别为109、191种,门水平上两组间以厚壁菌门(74.04％vs 87.56％)和拟杆菌门(20.33％vs 6.42％)为主;种水平 Metastats 分析显示艰难梭菌(Clostridioides difficile_A)、弗雷特肯氏菌(Duncaniella freteri)、粪副拟杆菌(Parabacteroides merdae)、内脏拟杆菌(Odoribacter splanchnicus)在两组间具有显著差异(P＜0.05);KEGG功能分析显示CRC组核糖体、糖酵解及糖原生成、氧化磷酸化等通路显著富集;NC组神经活性配体受体相互作用、人类T细胞白血病病毒感染、胆固醇代谢通路显著富集;IHC分析显示CRC组M2巨噬细胞CD206含量高于NC组,Pearson相关性分析显示CRC组内脏拟杆菌丰度与CD206呈正相关(r=0.7799).结论:CRC小鼠肠道菌群发生显著变化并存在功能差异,不同差异菌群与巨噬细胞极化可能存在一定的相关性.