Ⅱ型鼠李半乳糖醛酸聚糖(RG-Ⅱ)是果胶结构域中的一种,其结构在不同物种之间具有高度的保守性.RG-Ⅱ的主链由约 9个半乳糖醛酸经α-1,4糖苷键连接而成,并被 6个(A-F)明确定义的侧链取代.其中二糖侧链C、D和单糖侧链E、F的结构在不同来源的RG-Ⅱ中基本保持相同.寡糖侧链A和B则存在轻微的变异性.通过相对分子质量、单糖组成和质谱分析等手段可实现RG-Ⅱ的结构表征.中药中含有RG-Ⅱ结构域的多糖具有很高的药用价值,使用内切多聚半乳糖醛酸酶(Endo-PG)和草酸青霉可将RG-Ⅱ从中药中分离并对其在多糖中的含量进行测定.从葡萄酒中可快速制备大量RG-Ⅱ标准品用于新定量方法的开发,实现对中药活性多糖的质量控制,推动中药多糖的研究进程.

[目的]赖草属植物是麦类作物遗传改良和育种的重要基因资源,但作为异源多倍体植物,其基因组来源仍存在较大争议.通过比较赖草、大赖草及新麦草基因组中重复序列分布,探索赖草属物种基因组来源以及种间基因组多样性的形成特性.[方法]通过构建赖草属物种赖草的Cot-1 DNA文库获得大量重复序列,利用荧光原位杂交技术和重复序列对赖草以及近缘物种大赖草和祖先供体物种新麦草进行染色体荧光原位杂交涂染.[结果](1)根据序列及基因组分布特性,赖草Cot-1 DNA可归为串联重复序列、散布重复序列、散布加串联混合重复序列以及未能鉴定类型,4种类型占比分别为32.4％、45.7％、12.4％和9.5％.(2)串联重复序列TaiI-family、Lt1-6、pTa-535和pSc250在不同物种及同一物种不同材料间信号数量存在较大变异,分别为7～20,1～14,17～26,0～24个.(3)10个反转座子序列在所有物种染色体的分布呈现3种方式:在所有染色体上杂交信号集中分布在着丝粒、近着丝粒及间质区;在所有染色体的所有区域都有分布;在大部分染色体上的分布方式与第1种相同,但是部分染色体端部也有分布.2个LTR/Copia序列仅在赖草染色体上有分布,其他序列在不同物种以及不同材料间均有分布,但在信号强度以及部分染色体上的分布方式存在多态性.[结论]赖草属物种中的一些重复序列具有快速进化的特性,支持赖草属物种多倍化过程,并存在散在重复序列向整个核基因组的快速同质化扩散.

支气管肺发育不良（bronchopulmonary dysplasia，BPD）是早产儿常见的呼吸系统疾病之一。早产儿呼吸道定植微生物因受自身生理基础及外界因素影响出现菌群多样性下降和物种组成变化，直接或间接参与了炎症反应和免疫调节等过程，在BPD的发生发展过程中起了重要作用。本文综述了BPD早产儿呼吸道微生物的特点及其在BPD发生发展过程中作用的研究进展，并就微生物在BPD预测和治疗中的应用前景进行探讨。

目的:分析活动性肺结核患者与健康对照者肠道菌群在物种组成、丰度上的差异，识别并评估特定菌群作为生物标志物区分两组人群的潜能。方法:以2017年9月至2019年9月在四川、江苏、上海3个市区级结核病定点医疗机构收治的活动性肺结核患者88例为病例组，其中男65例，女20例，年龄（44.2±15.7）岁。同期在当地体检人群中招募无结核病史的健康人62名为对照组，其中男33名，女29名，年龄（41.4±11.9）岁。采用16S rRNA基因测序技术检测两组人群的粪便样本，分析两组研究对象肠道菌群的多样性差异，以及门和属水平上的物种组成和丰度差异，采用随机森林方法构建预测模型，探索特定菌群是否可以作为区分结核病患者和健康人群的生物标志物。结果:α多样性分析结果表明，病例组肠道菌群物种丰富度和均匀度低于对照组，差异有统计学意义（ P<0.001），两组人群的肠道菌群整体构成差异有统计学意义（基于Bray-Curtis距离， P<0.001）。与对照组相比，病例组肠道菌群中机会致病菌相对富集，而部分产生短链脂肪酸的有益菌丰度较少，由毛螺菌属（ Lachnospira）、毛螺菌科ND3007组（ Lachnospiraceae ND3007 group）、罗斯拜瑞菌属（ Roseburia）3个菌属训练的随机森林分类器判别两组人群的准确率为76.67%，曲线下面积（AUC）=75.29%（95% CI：0.661~0.845）。 结论:活动性肺结核患者与健康人群的肠道菌群存在差异，特定菌群有作为生物标志物区分两组人群的潜能。

目的:采用16S rDNA测序技术研究寻常型天疱疮（PV）患者皮肤菌群多样性。方法:收集杭州市第三人民医院皮肤科10例PV患者及10例健康对照，取皮损旁（PV组）及对侧无皮损处皮肤菌群样本（PVn组），正常对照组取相应部位菌群样本。采用16S rDNA扩增子测序技术，对所有样本的菌群基因进行测序与分类，通过Usearch软件对数据聚类分析，得到可操作分类单元（OTU），获得门、纲、目、科、属水平的物种丰度。以Observed species指数、Shannon指数和Simpson指数等反映α多样性，使用主坐标分析法（PCoA）分析β多样性。采用线性判别分析效应量（LEfSe）分析比较各组的差异物种。利用PICRUSt软件进行基因功能预测。2组非参数检验采用Wilcoxon秩和检验，3组间非参数检验采用Kruskal Waills检验。结果:注释到门、纲、目、科、属的OTU分别有2 002、1 869、1 751、1 611、1 120个，3组均以厚壁菌门、放线菌门、拟杆菌门和变形菌门为主，在属水平上，PV组及PVn组葡萄球菌属丰度最高，正常对照组为棒状杆菌属。α多样性分析显示，3组间Observed species指数、Shannon指数、Simpson指数差异均有统计学意义（均 P< 0.05），PV组Shannon指数（3.24±1.30）和Simpson指数（0.70±0.19）均低于正常对照组（ P< 0.05）。PCoA分析显示，3组间β多样性差异无统计学意义（ P=0.054）。秩和检验显示，3组间丰度差异有统计学意义的物种共32个，其中相对丰度较高的有富集于PV组的芽孢杆菌纲及富集于正常对照组的微球菌属、短波单胞菌属等。按病程< 3个月、≥ 3个月分组，PV长病程组中富集的物种有梭状芽孢杆菌目、颤杆菌属及鞘氨醇单胞菌属等；短病程组γ变形菌纲富集。功能预测显示，与感染性疾病相关的基因功能富集于天疱疮组。 结论:16S rDNA测序技术应用于天疱疮微生物组学研究，证实PV皮肤菌群多样性及组成结构与正常人存在一定差异。

目的:明确龋病和牙周炎来源的唾液菌群在物种组成、功能及代谢产物上的特点，为寻找可用于临床判断龋病和牙周炎发生的生物标志物提供依据。方法:收集2022年3至6月就诊于第四军医大学口腔医学院牙体牙髓病科的10例高龋［龋失补牙数（decayed-missing-filled teeth，DMFT）≥6］患者［高龋（high caries，HC）组］，牙周科的10例Ⅱ期A级~Ⅲ期C级牙周炎患者［牙周炎（periodontitis group，PG）组］和10名口腔健康个体［健康对照（healthy individuals，HH）组］的唾液样本。采集受试者的人口学基线、口腔内龋、牙周健康情况等信息，利用宏基因组测序和液相色谱质谱联用检测样本内微生物及其代谢产物。对测序数据进行分析获得各组样本的微生物物种分类学组成、功能基因及代谢产物的信息。各组受试人群的口腔基本情况及唾液样本采集均由同一名牙体牙髓病科主治医师完成。结果:各组受试人群在年龄、性别等基线特征上差异均无统计学意义（ P>0.05）。HC组DMFT（9.0±1.7）显著高于HH组和PG组（均为0）（ F=243.00， P<0.001）。菌群分析显示，各组唾液菌群物种分类学组成在门水平均以变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和梭杆菌门为主。在属水平，则主要由链球菌属、奈瑟菌属、罗氏菌属、普雷沃菌属等成员组成。差异分析显示，与HH组相比，HC组和PG组在属、种水平的物种分类学组成差异均有统计学意义（ P<0.05）。在属水平，HC组和PG组相对丰度改变最显著的均为普雷沃菌属。而在种水平，HC组改变最显著的为苍白普雷沃菌；PG组改变最显著的为牙龈卟啉单胞菌。代谢产物分析显示，HC组共检出133种与HH组差异表达的代谢产物，其中差异最显著的代谢产物为3-羟基-1，5-二苯基戊烷-1-酮（ P=0.001）。在PG组中，共检测出102种与HH组差异表达的代谢产物，其中差异最显著的代谢产物为N1-乙酰精胺（ P=0.002）。HC组与PG组相比，代谢产物上差异最显著的代谢产物为D-氨基葡萄糖6-磷酸（ P=0.006）。菌群代谢功能分析显示，HC组菌群糖代谢相关的功能基因丰度最高，其次为HH组，PG组的糖代谢相关功能基因最低。此外，与HH组相比，PG组内ABC转运体和磷酸转移酶系统等涉及糖转运相关的功能基因的丰度显著降低（ P<0.05），在HC组中则显著升高（ P<0.05）。 结论:唾液菌群在龋病、牙周炎及健康人群中存在显著异质性，且菌群的糖代谢能力改变与龋病和牙周炎的发生存在一定关联。苍白普雷沃菌及3-羟基-1，5-二苯基戊烷-1-酮可能作为龋病的潜在生物标志物；而牙龈卟啉单胞菌及N1-乙酰精胺可能作为牙周炎的潜在生物标志物。

目的:分析加味补中益气汤对慢性阻塞性肺疾病（COPD）模型大鼠肠道菌群的影响。方法:2021年4-6月，选取SPF级Wistar大鼠60只，采用随机数字表法分为空白对照（BC）组、模型（Model）组、中药（CM）组、西药（WM）组，每组15只。除BC组外均以烟熏法建立肺脾两虚型COPD模型，造模后CM组、WM组分别以加味补中益气汤、合生元灌胃干预，Model组、BC组则以0.9%氯化钠注射液灌胃干预。7 d后收集各组大鼠粪便进行肠道菌群16S rRNA测序，对有效序列进行聚类，获得操作分类单元（OTU），用于主坐标分析（PCoA）、物种组成分析、Alpha多样性分析，分析加味补中益气汤对肠道菌群结构、多样性和丰度变化的影响。结果:CM组和WM组以厚壁菌门为主，BC组和Model组以拟杆菌属为主。各组中优势菌群主要为乳杆菌、拟杆菌属。Alpha多样性分析显示，CM组、WM组、BC组群落丰富度指数中Shannon指数分别为（3.65±0.35）、（3.65±0.36）、（3.59±0.20），均高于Mode组的（3.37±0.26）（ t=2.49、2.44、2.60，均 P < 0.05），CM组、WM组、BC组Shannon指数差异无统计学意义（ P > 0.05）；CM组、WM组、BC组Sobs指数分别为（458.67±73.11）、（454.80±95.13）、（525.93±101.88），均高于Mode组的（337.40±37.49）（ t=5.72、4.45、6.73，均 P < 0.05），且BC组Sobs指数高于WM组，BC组与CM组、WM组与CM组Sobs指数比较，差异均无统计学意义（均 P > 0.05）。PCoA分析显示，与BC组比较，门水平上Model组放线菌门下降、变形菌门和脱硫菌门上升，属水平上Model组拟杆菌属、罗姆布茨菌属、毛螺杆菌属及副拟杆菌属上升，普雷沃菌属、梭菌属、布氏菌属和瘤胃球菌下降；与WM组相比，CM组杆菌属、普雷沃菌属、布氏菌属和拟普雷沃菌属上升，梭菌属、嗜果胶拟杆菌属、克里斯滕森菌属和毛螺杆菌属下降，各组菌群组成差异均有统计学意义（均 P < 0.05）。 结论:COPD模型大鼠存在肠道微生态失衡，加味补中益气汤可调节肠道微生态环境，改善肠道菌群结构，提高肠道菌群多样性和丰富度。

目的:探讨脓毒症小鼠肠道菌群动态变化。方法:选择雄性SPF级C57BL/6小鼠42只，采用盲肠结扎穿孔术（CLP）构建脓毒症模型，按制模后时间分为CLP 6～12 h组（ n＝9）及1、2、3 d组（均 n＝10），并设假手术（Sham）组（ n＝3）。取小鼠结肠腔内粪便进行肠道菌群16S rRNA测序，并对有效序列进行聚类，获得操作分类单元（OTU），用于Alpha多样性分析、物种组成分析、主坐标分析（PCoA分析）和物种差异分析（LEfSe分析），观察CLP后肠道菌群动态变化。 结果:与Sham组比较，随CLP后时间延长，小鼠肠道菌群Alpha多样性呈下降趋势，表现为群落丰富程度指数降低（CLP后3 d Chao1指数：367.9±162.6比508.3±105.9，Ace指数：372.5±151.9比498.8±104.2），群落多样性指数中Shannon指数降低（CLP后3 d：2.57±1.06比4.30±0.57），Simpson指数升高（CLP后3 d：0.26±0.19比0.04±0.03），提示随CLP后时间延长，肠道菌群丰富程度和多样性均下降。物种组成分析显示，在OTU水平，OTU 633在CLP后1 d时占比最高（24.79%），OTU 1016在CLP后2 d、3 d时占明显优势，CLP后3 d占比最高（61.75%）；在属水平，未标记鼠杆菌的丰度随CLP后时间延长呈先轻度升高后明显下降的趋势，大肠杆菌-志贺菌丰度在CLP后2 d、3 d显著升高，乳杆菌丰度随CLP后时间延长呈先增长后下降趋势，拟杆菌属丰度则随CLP后时间延长呈逐渐升高趋势，提示随CLP后时间延长，小鼠肠道菌群结构发生变化。PCoA分析显示，CLP 6～12 h组菌群结构与Sham组相似度较高，随CLP后时间延长，菌群结构发生变化，CLP 3 d组变化显著。LEfSe分析显示，引起组间差异的主要成分为鼠杆菌科未标记属、普雷沃菌科UCG-001、鼠杆菌科未标记属拟杆菌未定义种、副杆菌、大肠杆菌-志贺菌和OTU 1016。大肠杆菌-志贺菌和OTU 1016在5组样本丰度差异性排名中分别居属水平及OTU水平首位；大肠杆菌-志贺菌丰度从CLP 6～12 h的0.01%（0%，0.02%）随CLP后时间延长而逐渐升高到3 d的44.79%（3.71%，53.75%），OTU 1016的丰度从CLP 6～12 h的0.01%（0%，0.02%）随CLP后时间延长而逐渐升高到3 d的44.69%（3.66%，53.64%）。结论:CLP小鼠存在肠道菌群紊乱，且随着CLP后时间延长，菌群多样性逐渐下降，大肠杆菌-志贺菌逐渐成为绝对优势菌。

目的:基于健康老年人群的肠道菌群组成特征，探索宏基因组测序与16S rDNA测序在后续分析上的差异。方法:采用定群研究设计，对山东济南76名健康老年人进行5次重复测量，采集粪便样本并提取基因组DNA，分别进行宏基因组与16S rDNA测序，比较两种测序肠道菌群的组成与多样性；采用Pearson相关分析物种丰度与α多样性的相关性，普氏分析判断β多样性的相关性。结果:76名老年人年龄（65.07±2.75）岁，体重指数为（25.03±2.40）kg/m 2；男、女各38名；5次重复测量共得到345人次的粪便样品。相较于16Sr DNA测序，宏基因组测序在各个水平的注释物种数更多，且水平越低，两种测序物种数量相差越大；两种测序的物种丰度存在差异，但在门（ r=0.88， P<0.001）、属（ r=0.77， P<0.001）水平上物种丰度呈高度相关，其中拟杆菌门、厚壁菌门等是共同的优势物种；老年人肠道菌群多样性分析显示，两种测序的α多样性指数存在显著正相关（ r=0.70， P<0.001），两组β多样性也呈显著相关（ M 2= 0.84， P<0.05）； 结论:宏基因组测序注释效率远高于16S rDNA测序；两种测序方法在门水平物种丰度、物种α多样性上具有较高的一致性。

目的:研究正常孕妇阴道菌群特征及影响因素。方法:本研究基于2018年2月至2020年2月在安徽医科大学附属安庆医院建立的孕妇队列，将所有符合纳入排除标准的"正常"孕妇阴道样本，按采样孕周顺序排列，以每个孕周为一抽样层，每层随机抽取5例样本，不足5例则全部纳入，使用16S rRNA基因测序技术测得样本V3~V4序列。利用MicrobiomeAnalyst进行优势菌种分析。Alpha多样性以Chao1、Observed Features、Shannon、Simpson、Faith_pd、Pielou′s Evenness指数的对数值进行表示，并依据样本是否以乳酸菌为主导划分为两类，分别利用多重线性回归、Logistic回归探索影响因素。连续性变量采用方差分析、Kruskal Wallis检验，分类数据则采用卡方检验、Fisher检验。 P<0.05时认为数据差异有统计学意义。 结果:本研究纳入91例孕妇/91例阴道标本，平均年龄为(27.37±3.60)岁，孕早期、孕中期、孕晚期分别纳入18个、56个和17个阴道样本，孕周中位数分别为11.93周、19.43周和38.29周。样本物种组成：门水平上，厚壁菌门相对丰度为91.30%；属水平上，乳酸菌属相对丰度为87.67%；种水平上，惰性乳酸菌、卷曲乳酸菌相对丰度分别为42.95%、36.33%。惰性乳酸菌在所有孕期均显示出优势性，其相对丰度较高的样本数随孕期逐渐减少，卷曲乳酸菌在孕中期、孕晚期显示出优势性，其相对丰度较高的样本数随孕期逐渐增加。孕期阴道菌群Alpha多样性随着孕周推进，呈逐渐降低的趋势。不同吸烟习惯孕妇阴道菌群Pielou′s Evenness多样性指标差异有统计学意义( P<0.05)，不同饮酒习惯孕妇阴道菌群Shannon多样性指标差异具有统计学意义( P<0.05)。不同教育水平孕妇阴道菌群Chao1、Observed Features、Faith_pd多样性指标差异有统计学意义( P<0.05)，不同收入水平孕妇阴道菌群Shannon、Simpson多样性指标差异有统计学意义( P<0.05)。 结论:正常孕妇阴道内以乳酸菌为主导，随着孕期推进，惰性乳酸菌的优势性逐渐降低，卷曲乳酸菌优势性逐渐升高。正常孕妇阴道菌群Alpha多样性与吸烟、饮酒、教育水平、家庭收入水平有关，孕前戒烟、孕前有饮酒习惯的孕妇阴道菌群Alpha多样性较低，较低教育水平、较高家庭收入水平孕妇阴道菌群Alpha多样性较高。