目的 研究一种快速和有效富集污水中新型冠状病毒的方法,为城市污水新冠病毒监测工作和疫情防控提供支持.方法 利用液样微生物采集富集仪(LM Capturer-5)对加标液体样本进行富集,利用RT-qPCR检测富集前后新冠病毒核酸浓度,计算回收率,考察该方法对液体样本中新冠病毒的富集效果,比较该方法与聚乙二醇沉淀法对污水中新冠病毒富集后检测结果一致性.结果 洁净液体加标样本富集后新冠病毒核酸检测结果Ct值降低3～5,污水加标样本富集后Ct值降低1～4,该方法对污水中新冠病毒的富集回收率为13.50％～44.20％,聚乙二醇沉淀法回收率为8.83％～38.85％,无显著性差异(P＞0.05).应用液样微生物采集富集仪对60份污水样本中新冠病毒进行富集,富集后检测阳性率为63.33％,与标准方法一致,并且与标准方法进行一致性检验,Kappa系数为0.785,有中高度一致性.结论 本研究建立的液样微生物采集富集仪法对于污水中的新冠病毒具有较好的富集效果,且操作简便、可自动化,为我国污水中的新冠病毒监测工作提供了多一种技术储备,并且为液体样本中多种病原微生物的富集和检测研究工作提供帮助.

目的:建立甲型肝炎病毒(hepatitis A virus，HAV)数字芯片式RT-PCR(dRT-PCR)方法并与real time RT-PCR(RT-qPCR)方法进行比较，选出适用于检测草莓中HAV的最佳方法。方法:提取HAV疫苗RNA，优化dRT-PCR的反应条件，评价其特异性；碱性洗脱-PEG浓缩法对草莓标本进行前处理后提取核酸，同时采用dRT-PCR与RT-qPCR方法，检测纯水或草莓基质中HAV疫苗RNA的敏感性、抑制率；比较人工污染草莓中HAV的回收率，并应用于市售标本中的检测。结果:确立了dRT-PCR反应的最适退火温度为60 ℃，最佳引物、探针浓度为0.4 μmol/L、0.4 μmol/L、0.2 μmol/L，特异度良好；两种检测方法检测HAV疫苗RNA在纯水或草莓基质中的敏感性没有明显差异，dRT-PCR的抑制率较低。dRT-PCR与RT-qRCR在检测较高浓度HAV污染草莓标本时的回收率分别为12.90±0.006%、30.12±0.02%；在检测较低浓度HAV污染草莓标本时的回收率分别为18.27±0.07%、10.85±0.03%，差异均具有统计学意义( P<0.05)。对市售标本进行检测，两种方法检测结果均为阴性。 结论:本研究建立的dRT-PCR法，与RT-qPCR检测不同基质中的HAV RNA敏感性没有明显差异，但dRT-PCR对PCR反应抑制物有较好的耐受能力，在检测低浓度HAV时回收率较高。两种检测方法均可用于草莓中甲型肝炎病毒的定量检测，可根据具体实际情况进行选择。

新型冠状病毒肺炎疫情暴发以来，全球多个国家已建立基于污水流行病学的污水新冠病毒监测，而我国尚未建立污水中新型冠状病毒的标准检测方法。本标准给出了聚乙二醇沉淀法、铝盐混凝沉淀法和离心超滤法三种污水中新型冠状病毒富集浓缩方法，以用于生活污水、医疗机构污水中新型冠状病毒富集浓缩和核酸检测。本标准的制定对规范污水中新型冠状病毒检测、对保证污水中新型冠状病毒检测的科学性、有效性具有重要意义。

目的:调查北京市市售结球生菜诺如病毒(norovirus，NoV)和轮状病毒(rotavirus，RV)污染情况。方法:2015年11月至2016年10月，在北京市某菜市场摊位采集结球生菜54件。用离心法和直接法，分别对应3种洗脱液洗脱菜叶中病毒并浓缩，用荧光PCR法检测NoV和RV核酸。用半巢式RT-PCR方法扩增NoV阳性样本的衣壳蛋白区基因，PCR产物直接测序，用BioEdit7.0. 9.0软件进行序列比对，用MEGA6.06软件构建进化树。结果:54件结球生菜，未检出RV。NoV总检出率为11.1%(6/54)，其中GI组1件、GⅡ组3件、GI/GⅡ组混合2件。春夏秋冬季检出率依次为8.3%(1/12)、0.0%(0/8)、28.6%(4/14)和5.0%(1/20)。1件GⅡ阳性样本测序成功，为GⅡ.3基因型，该毒株与2014年广东省人源毒株KY348698相似性最高100.0%。结论:北京市市售部分结球生菜存在人源NoV污染，生食未洗净结球生菜有引起病毒性急性胃肠炎的风险。

目的:分析2017—2018年重庆地区手足口病病原谱及其主要病原体的基因特征。方法:选择重庆市儿童医院作为研究对象，收集并整理该院区2017—2018年1 071例诊断为手足口病患者的核酸检测信息，其中810份已明确了肠道病毒血清型，剩余175份血清型待鉴定，另有86份肠道病毒为阴性。通过病毒分离、核酸浓缩及基因测序等方法对上述261份样本进行鉴定，获得该地区手足口病完整的病原谱。使用MEGA 7.0软件构建四种主要病原体的系统进化树，进行基因特征的研究。结果:通过改良的鉴定方法，261份标本中，除3份被鉴定为人副肠孤病毒（Human parechovirus，HPeV）外，其余258份样本均为肠道病毒阳性。其中CVA6（coxsackievirus A6）血清型占比最多，其次为EV-A71（enterovirus A71）另有CVA16（coxsackievirus A16）和CVA10（coxsackievirus A10）以及其他肠道病毒共计13种血清型。系统进化结果显示，重庆市CVA6血清型均为D3a基因亚型，EV-A71、CVA10和CVA16的优势基因亚型分别为C4a，C2b和B1b，这四种优势基因型与全国其他地区的基因型共同循环进化。结论:本研究通过优化鉴定方法，提高了肠道病毒的检出率，进一步明确了重庆地区手足口病病原谱构成，CVA6是该地区2017—2018年手足口病的主要病原体，其次是EV-A71，同时这两种血清型也是导致重庆地区重症手足口病主要的病原体。

目的:为了弥补传统大规模人群监测的不足，在新冠疫情爆发初期提供预警信号，重庆市自2023年起开展城市污水新冠病毒监测工作。方法:新冠病毒"乙类乙管"后，选择了重庆主城4个区5个有自动样本采集设施的污水处理厂作为监测点，每周每个污水处理厂各采集2份污水，用铝盐沉淀法进行富集浓缩，应用多重实时荧光RT-PCR方法对新冠病毒进行检测和分析。结果:2023年1月16日至12月31日累计监测城市污水496份，其中新冠病毒核酸检测阳性285份，总检出率57.46%。第3～5周、18～21周、40～47周新冠病毒检出率均为100.00%。城市污水中新冠病毒核酸浓度在第18周达到高峰，随后开始下降，进入低水平、波动流行期，污水监测新冠病毒核酸日均浓度与传染病监测系统显示的每日新增新冠感染者数、发热门诊新冠阳性检出率的变化趋势基本吻合。结论:重庆市城市污水中新冠病毒的检出率较高，尤其是4～5月份，污水监测可以间接反映新冠病毒感染状况。

目的:对草莓中甲型肝炎病毒(hepatitis A virus, HAV)检测的两种检测方法进行优化比较，以选出最佳的检测方法，用于草莓中甲肝病毒的检测。方法:向已知阴性冷冻草莓标本表面接种不同浓度的HAV，优化碱性洗脱-PEG浓缩法中的牛肉浸出粉的浓度以及选择最适核酸提取试剂盒，优化直接裂解法中的最适裂解缓冲液体积，对草莓标本进行处理，采用实时荧光定量RT-PCR检测回收的病毒量，应用SPSS26.0对数据进行统计分析，并将优化后的两种方法用于实际标本的检测。结果:优化后的碱性洗脱-PEG浓缩法的牛肉浸出粉浓度选择3%，病毒核酸提取试剂盒选择试剂盒B。优化后的直接裂解法的裂解缓冲液体积选择6 ml。对碱性洗脱-PEG浓缩法、直接裂解法在添加HAV不同浓度水平进行比较，两种方法的HAV病毒回收率分别为21.50±1.06%、5.82±0.01%，结果表明差异具有统计学意义。同时对四个地区共60份草莓标本进行检测，结果均为阴性。结论:优化后的碱性洗脱-PEG浓缩法灵敏度更高，更适用于草莓标本中HAV的检测。

目的:了解福建省3个监测点环境污水中诺如病毒(norovirus, NoV)检出情况及型别分布特征，探索其应用于NoV监测的意义。方法:每月在代表性监测地区5个采样点采集污水，富集浓缩后，用逆转录半巢式-聚合酶链反应(reverse transcription-semi nested polymerase chain reaction, RT-snPCR)扩增NoV VP1部分基因片段，TA克隆后测序进行基因型别分析。结果:2022年7月至2023年6月共收集污水标本56份，GⅠ和GⅡ检出率分别为89.29%(50/56)和94.64%(53/56)。检出GⅠ组7种基因型和GⅡ组13种基因型，其中GⅠ.1、GⅠ.4、GⅡ.4和GⅡ.17为优势基因型。不同采样点检出基因型别不完全一致；2022年8～11月NoV检出率较低，且不同季节流行优势基因型不同，GⅠ.1和GⅡ.4在2022年8～11月呈高流行，但2022年12月到2023年6月分别被GⅠ.4和GⅡ.17取代。2023年1～6月相较2022年7～12月检出型别丰度更高。优势基因型GII.17具有多进化分支，发现了不同于2014/2015年流行株的新变异株。结论:环境污水NoV检出率高且基因型别多样，具备发现新变异病毒株的能力，环境污水监测可做为NoV病例监测的重要补充手段。

目的:了解生活污水中的A组轮状病毒（RVA）的检出情况及分子流行病学特征。方法:本研究于2016—2018年3年期间，在济南市每月采集生活污水，获得的36份污水样本通过阴离子膜吸附洗脱法浓缩后，进行核酸提取，RT-PCR扩增RVA VP7和VP4基因片段，再经纯化、TA克隆和测序后，对所获得的序列进行基因定型、同源性分析和系统发生学分析。结果:36份污水样本中有31份检测出RVA G基因（检出率为86.1%），33份样本检测出RVA P基因型（检出率为91.7%）。共获得RVA序列536条，其中G基因型序列225条，分属于6个基因型，G9型别占比最多为92.4%（208条）；获得P基因型序列311条，分属于4个基因型，优势型P［8］占50.1%（156条），P［4］次之为41.8%（130条）。系统发生学分析显示优势型别G9、P［8］在当地均存在多个传播链共循环。结论:本研究通过对济南市生活污水所获得的RVA相关序列进行型别、同源性、系统发生学特征的分析，进一步证实RVA环境监测可行且必要。

目的:研究两种浓缩方法在新型冠状病毒与多种腹泻病毒核酸检测中的差别，了解污水中不同病毒的流行趋势，为防控方案的制定提供理论依据。方法:使用聚乙二醇沉淀法和阴离子膜法对污水中新型冠状病毒、诺如病毒、轮状病毒、札如病毒、腺病毒、人类星状病毒进行富集浓缩和核酸检测，对其结果进行分析。结果:腺病毒阴离子膜法浓缩效果优于聚乙二醇沉淀法，诺如病毒、轮状病毒和札如病毒聚乙二醇沉淀法效果更好，人类星状病毒两种浓缩效果没有统计学差异。新型冠状病毒检出率随时间有波动，3月2日以后聚乙二醇沉淀法检出的ORF1ab基因和N基因的浓缩效果优于阴离子膜法。结论:两种方法对污水中不同病毒的富集浓缩效果不同，可根据工作需要选用合适的病毒浓缩方法。