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基于加权基因共表达网络分析筛选儿童神经母细胞瘤中MYCN扩增相关基因
编辑人员丨6天前
目的:通过生物信息学分析探究儿童神经母细胞瘤中与MYCN(N-myc)基因相关的共表达基因。方法:下载TARGET数据库神经母细胞瘤表达数据共179例,WGCNA分析筛选MYCN扩增共表达基因模块;针对目标基因模块个基因行GO、KEGG富集分析筛选MYCN扩增相关基因可能参与生物过程及信号通路;以MYCN扩增状态将神经母细胞瘤表达数据分为扩增组65例、非扩增组114例,行差异表达基因分析;筛选的差异表达基因同MYCN扩增相关基因取交集后运用K-M法行生存分析(log-rank检验),筛选预后相关基因,Logistics回归探究MYCN扩增状态同预后基因的关系。结果:WGCNA分析提示MEgreenyellow模块同MYCN基因扩增状态相关性最强( R=0.46, P<0.05),为共表达基因,包含基因1 216个,富集分析提示MYCN扩增共表达基因多参与RNA相关通路(RNA的转运、剪切、修饰,RNA相关酶的活性等过程);差异表达基因分析显示,MYCN扩增组相较于非扩增组,基因表达上调47个,表达下调123个;WGCNA分析同差异表达基因取交集筛选出22个关键基因,行生存分析显示同预后相关的基因( P<0.05)有12个,其中DDX1与其他关键基因相关性相对较弱,或为神经母细胞瘤独立预后因素。 结论:LINC00839、ATP结合盒亚家族C4(ABCC4)、亚甲基四氢叶酸脱氢酶(NADP +依赖)2(MTHFD2)、磷酸甘油酸脱氢酶(PHGDH)、序列相似性家族13 A(FAM11A)、磷酸丝氨酸转氨酶1 (PSAT1)、假尿苷酸合酶7(PUS7)、DEAD-box解旋酶1(DDX1)、溶质载体有机阴离子转运蛋白家族5A1(SLCO5A1)、Junctophilin 1(JPH1)、溶质载体家族16 1(SLC16A1)、MYCN Opposite Strand(MYCNOS)为神经母细胞瘤中MYCN扩增的共表达基因,与较差的预后相关,是神经母细胞瘤潜在的治疗靶点及预后指标。
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编辑人员丨6天前
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2型婴儿肝功能衰竭综合征发病机制及治疗研究进展
编辑人员丨6天前
2型婴儿肝功能衰竭综合征(infantile liver failure syndrome-2,ILFS2)是一种罕见的由神经母细胞瘤扩增序列(neuroblastoma amplified sequence,NBAS)基因突变引起的常染色体隐性遗传性疾病,主要表现为反复发生与发热/感染相关的急性肝功能衰竭(acute liver failure,ALF),首次发作多见于婴儿期或幼儿期(8月龄~3岁)。该病最大的特点是两次肝功能衰竭发作间歇期肝功能可完全恢复,基因检测有助于确诊。目前ILFS2的发病机制尚未完全了解,临床上主要以个体化的对症支持治疗为主,当疾病发展到终末期,肝移植是唯一的治疗方法。该文就ILFS2的发病机制及治疗现况进行综述。
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编辑人员丨6天前
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新神经母细胞瘤扩增序列基因突变致婴儿肝衰竭综合征2型一例并文献复习
编辑人员丨6天前
目的:通过临床病例及文献复习,了解神经母细胞瘤扩增序列( NBAS)基因突变相关的儿童急性肝衰竭临床特征,探讨该病的治疗措施和预后情况。 方法:对1例 NBAS基因突变致儿童复发性肝衰竭的临床病例进行整理报道;以“急性肝衰竭”“ NBAS”“婴儿肝衰竭综合征2型”为关键词,对中国期刊全文数据库、万方数据知识服务平台进行检索,以“acute liver failure”“ NBAS”为关键词,对Web of Science数据库、PubMed进行检索,对数据库建库至2023年1月收录的文献进行复习,总结该病发病机制、临床特征、治疗及预后。 结果:患儿,男,8月龄至1岁4月龄间发生急性肝衰竭3次,病初有呼吸道感染病史,后出现发热、呕吐、精神萎靡,入院辅助检查提示谷丙转氨酶、谷草转氨酶异常升高,凝血功能障碍。高通量测序发现患儿存在 NBAS基因c.1857G>T(p.G619G)/c.3596G>A(p.C1199Y)复合杂合变异。入院后予低脂低蛋白饮食、保肝降酶、白蛋白补充、人纤维蛋白原及凝血酶原复合物补充、维生素K1补充、抗感染等治疗,好转出院。现患儿生长发育如同龄儿,定期随访中。通过文献复习,共收集符合条件的中国儿童病例31例。婴幼儿期起病占83.9%(26/31),起病急,进展快;主要为上呼吸道感染、发热后起病,严重者早期可出现肝性脑病,可合并有低血糖症、低蛋白血症、凝血障碍、T细胞免疫紊乱;最终通过全外显子二代测序确诊;治疗方案以对症治疗为主;疾病早期积极退热、护肝降酶,一般预后良好。 结论:NBAS双等位基因突变有明确致病性,急性肝衰竭为重要临床特征。对于反复出现发热后肝衰竭的婴儿,应考虑进行遗传检测。
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编辑人员丨6天前
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NBAS基因突变导致婴幼儿肝功能衰竭2型3例
编辑人员丨6天前
儿童急性肝衰竭(acute liver failure, ALF)常常危及生命,且病因复杂,目前仍约一半的ALF原因未明。随着近几年精准医学的发展,国内外陆续报道了神经母细胞瘤扩增序列(Neuroblastoma amplified sequence, NBAS)基因突变导致的与发热相关的反复肝功能衰竭,被称为婴幼儿肝功能衰竭2型(infant liver failure syndrome 2, ILFS 2)。ILFS 2是一种罕见的疾病,其特征是发热引起的复发性急性肝功能衰竭或肝酶异常,对进展迅速的病例需早期血液净化,必要时肝移植挽救生命 [1]。本文将报道3例经全外显子测序确诊的NBAS突变所致ILFS 2型的病历资料及治疗转归,并通过文献汇总分析NBAS突变所致ILFS 2型的临床特点、治疗经验及预后。本研究获得医院伦理管理委员会同意,批件号:2021-IRB-077。
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编辑人员丨6天前
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TMEM240慢病毒载体构建及在人神经母细胞瘤细胞中的表达
编辑人员丨6天前
目的:构建跨膜蛋白(transmembrane protein,TMEM)240慢病毒载体,并在人神经母细胞瘤细胞中表达。方法:提取人神经母细胞瘤细胞SH-SY5Y的RNA,逆转录成cDNA并作为模板,聚合酶链反应(polymerasechain reaction,PCR)扩增TMEM240的CDS序列,与pLVX-EGFP-N1载体连接,转化、验菌送公司测序,pLVX-TMEM240-EGFP-N1质粒与慢病毒包装质粒共转染293Ta细胞,收取上清,感染SH-SY5Y,嘌呤霉素筛选,获得表达TMEM240的SH-SY5Y细胞,将感染pLVX-EGFP-N1的SH-SY5Y细胞作为对照组,感染pLVX-TMEM240-EGFP-N1的SH-SY5Y细胞为实验组。通过共聚焦显微镜、实时定量聚合酶链式反应(real-time quantitative PCR,Real-time PCR)和Western blot检测细胞中TMEM240表达。结果:测序结果显示pLVX-TMEM240-EGFP-N1质粒构建成功;共聚焦显微镜下,表达TMEM240的细胞内出现点状绿色荧光;Real-time PCR及Western blot结果表明细胞内TMEM240表达。结论:成功构建TMEM240慢病毒载体,慢病毒在基因和蛋白水平均引起TMEM240表达升高。
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编辑人员丨6天前
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刚地弓形虫棒状体蛋白ROP16对小鼠脑神经细胞凋亡的影响
编辑人员丨2023/8/6
目的 构建带有Flag标签的刚地弓形虫(Toxoplasma gondii)棒状体蛋白16 (ROP16)的重组慢病毒表达质粒,并检测ROP16蛋白在神经细胞中的表达及其对小鼠脑神经细胞凋亡的影响. 方法 PCR扩增带Flag标签的ROP16基因,克隆至慢病毒载体,构建重组质粒pCDH-copGFP-ROP16-Flag,转化至大肠埃希菌(Escherichia coli)DH5α感受态细胞,采用PCR、双酶切及测序验证.将重组质粒转染至人胚胎肾上皮细胞(293T细胞)中进行慢病毒包装,以pCDH-CMV-copGFP空质粒对照组,荧光显微镜下观察绿色荧光表达情况,并计算慢病毒滴度.将包装后的慢病毒感染人神经母细胞瘤细胞(SH-SY5Y),采用蛋白质印迹(Western blot-ting)检测ROP16蛋白的表达情况.应用立体定位注射技术将慢病毒浓缩液注射至小鼠前额叶皮层M1区.2周后取小鼠脑组织,制备冰冻切片,TUNEL染色后,荧光显微镜下观察小鼠脑神经细胞凋亡情况. 结果 重组慢病毒表达质粒pCDH-copGFP-ROP16-Flag经PCR和双酶切后均获得大小为2 200 bp的条带,与预期值相符;测序结果与刚地弓形虫RH株ROP16基因(GenBank登录号为GQ249093.1)序列比对完全一致.包装后的慢病毒在荧光显微镜下可见绿色荧光,滴度约为2E+8 TU/ml.Western blotting分析结果显示,在相对分子质量(Mr)120 000处有特异条带,重组慢病毒表达质粒能够在SH-SY5Y细胞内表达ROP16蛋白.感染慢病毒的小鼠脑组织冰冻切片经TUNEL染色后,荧光显微镜下可见实验组凋亡的细胞明显多于空质粒对照组. 结论 构建的慢病毒表达质粒pCDH-copGFP-ROP16-Flag可在神经细胞内表达ROP16蛋白,并可导致小鼠脑神经细胞凋亡.
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编辑人员丨2023/8/6
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Sirt3基因过表达慢病毒载体的构建及其在人神经母细胞瘤SH-SY5Y细胞中的表达
编辑人员丨2023/8/5
目的 构建Sirt3基因过表达慢病毒载体,通过稳定感染人神经母细胞瘤SH-SY5Y细胞,建立Sirt3基因过表达的SH-SY5Y细胞株,为研究Sirt3在帕金森病细胞模型中的作用提供新的方法 .方法 从GenBank中检索Sirt3基因序列,根据此序列设计并合成人Sirt3基因引物,扩增Sirt3基因的cDNA片段,将其克隆至慢病毒载体Ubi-MCS-3FLAG-SV40-puromycin中,构建慢病毒表达质粒.采用聚合酶链反应方法 对阳性克隆进行鉴定和测序分析.将重组过表达病毒质粒及其2种辅助包装原件载体质粒pHelper1.0、pHelper2.0共转染293T细胞,收集富含慢病毒颗粒的细胞上清液,测定病毒滴度.取对数生长期SH-SY5 Y细胞,随机分为空白对照组、阴性对照组和Sirt3组,空白对照组SH-SY5 Y细胞仅加入普通培养基,阴性对照组SH-SY5 Y细胞转染阴性对照病毒,Sirt3组SH-SY5 Y细胞转染Sirt3过表达慢病毒.转染后加入嘌呤霉素筛选获得稳定转染的细胞.使用实时荧光定量聚合酶链式反应和Western blot检测各组细胞中Sirt3 mRNA和蛋白相对表达量.结果 成功扩增Sirt3基因片段,大小1242 bp;测序分析结果 显示,过表达慢病毒Sirt3与GenBank中Sirt3基因序列完全一致,病毒滴度为1.2×1012 TU·L-1.Sirt3组细胞中Sirt3 mRNA和蛋白相对表达量显著高于空白对照组和阴性对照组(P<0.01);空白对照组与阴性对照组细胞中Sirt3 mRNA和蛋白相对表达量比较差异无统计学意义(P>0.05).结论 Sirt3基因过表达慢病毒载体可成功构建,并获得稳定表达Sirt3基因的SH-SY5 Y细胞株.
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编辑人员丨2023/8/5
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神经母细胞瘤扩增序列基因缺陷研究进展
编辑人员丨2023/8/5
神经母细胞瘤扩增序列基因(NBAS基因)缺陷可导致常染色体隐性遗传病,是一种罕见的基因缺陷.该基因缺陷可累及全身多个系统.临床主要表现有身材矮小、视神经萎缩、Pelger-Hu?t细胞畸形及与发热相关的肝功能衰竭.本文主要从NBAS基因缺陷可能的发病机制、基因缺陷与表型的关系、临床表现、治疗、诊断和预后作一综述.
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编辑人员丨2023/8/5
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Rudhira/BCAS3影响血管形成的机制及其与胚胎发育和临床疾病的研究
编辑人员丨2023/8/5
人类乳腺癌扩增序列3位于染色体17q23,最初被鉴定为乳腺癌中过表达的基因,与小鼠Rudhira 98%相同.目前最新研究证实Rudhira通过与细胞骨架成分相互作用而促进内皮细胞迁移,进而促进血管形成.小鼠Rudhira基因缺失,通过影响胚胎血管形成,导致小鼠胚胎发育异常甚至是胚胎死亡.此外,还发现人类乳腺癌扩增序列3与肿瘤类疾病如乳腺癌、胶质母细胞瘤、脑血管外皮细胞瘤和小脑成神经管细胞瘤及部分非肿瘤疾病如痛风、原发型开角型青光眼、冠状动脉疾病等多种临床疾病相关.目前关于Rudhira/人类乳腺癌扩增序列3的研究国内少见,本文就Rudhira/人类乳腺癌扩增序列3影响血管形成的机制、对小鼠胚胎发育的影响及其与肿瘤及非肿瘤疾病的关系作一综述.
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编辑人员丨2023/8/5
