AP2转录因子属于AP2/ERF超家族,参与调节植物生长发育的各种生物学过程,以及对生物和非生物胁迫的响应.然而,关于紫苏(Perilla frutescens)AP2转录因子家族的研究未见报道.在本研究中,从紫苏基因组中鉴定到18个AP2家族成员,使用生物信息学方法分析了基因结构、保守基序和顺式作用元件.WRINKLED 1(WRI1)是许多植物物种中脂质生物合成的关键调节因子,在油脂合成过程中发挥重要调控作用.通过序列比对发现其中1个成员与AtWRI1序列高度同源,含有2个保守的AP2结构域,命名为PfWRI1.结合转录物组数据分析了 PfAP2家族基因在紫苏不同组织和种子发育不同阶段的表达水平,结果表明,PfWRI1仅在紫苏种子中高表达,暗示Pf-WRI1 可能与种子的发育过程有关.进而构建植物过表达载体pCAMBIA1303-PfWRI1,通过农杆菌侵染技术转化野生型(Col)以及突变体(wri1-1)拟南芥,分别获得过表达和回补株系.结果表明,相比于Col,PfWRI1的表达导致拟南芥种子含油率提高了 8.90％～13.57％,并促进转基因拟南芥种子中油酸(C18:1)和亚油酸(18:2)的积累,减少棕榈酸(C16:0)、花生酸(C20:0)和花生一烯酸(C20:1)的积累.此外,外源PfWRI1基因的表达增加了糖酵解和脂肪酸生物合成相关基因At-PKP-α、AtPKP-β1、AtBCCP2、AtSUS2和AtLIP1的表达.综上所述,PfWRI1可能通过与上述基因互作,增加不饱和脂肪酸含量来促进油脂积累.

目的:探究活动性肺结核(ATB)患者外周血中前体耗竭T细胞(Tpex)与终末耗竭T细胞(Tex)基因表达谱的差异。方法:纳入2021年1月至2022年10月于无锡市第五人民医院确诊为ATB的25例患者，同时纳入13例结核潜伏感染(LTBI)者和10名健康对照者。采用流式细胞术分析3组人群外周血中Tpex与Tex的比例。采用流式荧光激活细胞分选术分选ATB患者外周血单个核细胞中的Tpex和Tex亚群；对其进行RNA转录组学测序，筛选上调和下调的差异表达基因；对差异表达基因进行基因本体富集分析，寻找影响细胞代谢及功能的调节通路。统计学分析采用威尔克科森配对样本符号秩和检验、Kruskal-Wallis检验和Dunn多重比较检验。结果:ATB患者的Tpex比例为2.86%(1.74%)，低于Tex的7.93%(6.16%)，差异有统计学意义( Z＝－3.91, P<0.001)；LTBI者的Tpex和Tex比例分别为9.47%(6.26%)和7.43%(5.48%)，差异无统计学意义( Z＝－0.93， P＝0.345)；健康对照者的Tpex和Tex比例分别为8.42%(2.69%)和6.49%(5.14%)，差异无统计学意义( Z＝－1.36， P＝0.170)。3组的Tpex比例差异有统计学意义( H＝21.93， P<0.001)，其中ATB患者的Tpex比例低于LTBI者和健康对照者，差异均有统计学意义( Z＝4.16， P<0.001； Z＝3.34， P＝0.003)。3组Tex的比例差异无统计学意义( H＝2.17， P＝0.338)。与Tex相比，Tpex上调表达B细胞淋巴瘤2等记忆分子基因，下调表达淋巴细胞激活基因3等耗竭分子基因；在细胞代谢方面，Tpex上调表达线粒体蛋白复合物基因、线粒体基质基因、氧化磷酸化基因，下调表达糖酵解相关基因。丙酮酸代谢通路在Tex中上调表达，CD4 ＋T淋巴细胞的激活和分化、糖酵解相关通路在Tpex中下调表达。 结论:在ATB患者中，与Tex相比，Tpex表达更多记忆细胞的特征，以及更少耗竭分子特征，而且线粒体功能保存完好。

三基序蛋白23(TRIM23)是TRIM家族中的一员，其编码的蛋白具有E3泛素连接酶及GTP酶双重活性，广泛参与细胞凋亡、自噬、免疫、炎症和肿瘤等多种病理生理过程。TRIM23在多种肿瘤中表达失调，发挥癌基因的作用，促进肿瘤进展，并与患者的不良预后相关。本文主要就TRIM23在肿瘤发生发展中的作用及机制作一综述。

目的:探索紫草素(SKN)抑制甲状腺未分化癌(ATC)细胞生长的作用及分子机制。方法:以流式细胞仪检测SKN对ATC细胞系CAL-62细胞铁死亡的影响；蛋白质印记法检测NF-κB、铁死亡相关基因谷胱甘肽过氧化物酶4(GPX4)和硒蛋白硫氧还蛋白还原酶(TXNRD1)、糖代谢相关基因丙酮酸激酶同工酶2(PKM2)和葡萄糖转运蛋白(GLUT1)的表达水平变化；实时荧光定量PCR检测GPX4、PKM2和GLUT1的表达水平变化；活性氧(ROS)荧光探针检测细胞内ROS阳性率变化；葡萄糖和乳酸检测试剂盒检测糖代谢原料葡萄糖(GLU)及产物乳酸(LD)水平；建立BALB/c裸鼠皮下肿瘤模型，分析SKN对ATC在体内的抑制作用。结果:与对照组相比，SKN处理后的CAL-62细胞内：NF-κB、GPX4、TXNRD1、GLUT1、PKM2蛋白表达水平下降( P＝0.004, P＝0.012, P＝0.043, P＝0.001, P＝0.018)；GPX4、GLUT1、PKM2的mRNA表达下降( P<0.001, P＝0.029, P<0.001)；ROS产生增多( P＝0.041)；铁死亡抑制剂Liproxstain-1(L-1)处理后细胞内一定比例死亡被逆转，L-1处理后细胞死亡比例无统计学意义，细胞内发生铁死亡( P<0.001)；GLU摄取量及LD生成量减少( P<0.001)；SKN在体抑制ATC肿瘤生长( P＝0.016)。 结论:SKN促进ATC细胞内铁死亡，抑制糖酵解作用及葡萄糖摄取，抑制ATC细胞生长。

目的:分析急性外伤性弥漫性脑肿胀(PADBS)与蛛网膜下腔出血(SAH)的相关性及其机制初探。方法:回顾性分析西南医科大学附属医院神经外科2017年3月至2020年4月收治的脑挫裂伤患者48例，根据入院时头颅CT，将患者分为PADBS组(26例)和非脑肿胀组(22例)。比较两组患者SAH发生率的差异。所有患者均行CT灌注成像(CTP)检查，比较两组患者CTP相关参数的差异。两组各选择3例合并SAH并行去骨瓣减压术的患者，对术中切除的废弃脑组织进行全基因组表达谱芯片检查，比较两组基因表达的差异。结果:PADBS组76.9%(20/26)的患者合并SAH，高于非脑肿胀组的40.9%(9/22)，差异有统计学意义( P<0.05)；CTP显示，PADBS组脑血容量、脑血流量降低，脑血流平均通过时间延长，差异均有统计学意义(均 P<0.05)。基因芯片分析显示，与非脑肿胀组比较，PADBS组脑组织中炎性反应、免疫反应及应激反应相关基因表达均明显下调，低氧诱导因子1α(HIF-1α)、糖酵解途径中己糖激酶2(HK2)、乳酸脱氢酶A(LDHA)mRNA的表达水平均明显降低(均 P<0.05)。 结论:PADBS可能与外伤性SAH有关，相关机制可能与低氧应激反应降低有关。

结直肠癌(CRC)是消化道常见恶性肿瘤，严重威胁人类的健康。近年来研究发现，具核梭杆菌(Fn)与CRC的发生呈正相关。在CRC癌变的发生过程中，Fn可通过诱导促炎性细胞因子的表达从而引发慢性炎症反应、抑制免疫细胞的功能、诱导化疗耐药、促进肿瘤基因和微小RNA表达、调控糖酵解等途径发挥重要作用。

目的:利用生物信息学分析方法挖掘三叉神经痛（trigeminal neuralgia, TN）的关键基因并探索其重要免疫相关生物标志物。方法:从基因表达综合数据库（Gene Expression Omnibus, GEO）获取与TN相关的基因表达谱数据集GSE186505，数据集中包含20个样本的芯片数据，其中10个是TN样本，10个是健康对照（healthy controls, HC）样本。用生物信息学方法对高通量测序数据进行标准化、归一化和显著性检验筛选与TN相关的差异表达基因（differentially expressed genes, DEG），并进行基因本体（gene ontology, GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG）富集分析探索DEG的潜在生物学功能，通过蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction, PPI）网络进一步筛选TN相关的关键基因，利用CIBERSORT分析不同样品中免疫细胞的浸润程度。结果:共筛选出56个DEG，其中包括23个上调基因和33个下调基因。在PPI分析中鉴定了两个必要的PPI模块，基于STRING数据库筛选出ANXA5、ENO1、CA2、FBP1、CD9、SMPD3、VSTM1、SPNS3、PRSS33、FAS、LENG8这11个关键基因可能参与TN的发生机制。富集分析表明，TN与细胞对肿瘤坏死因子的反应、半胱氨酸型内肽酶活性的调节、膜的外在成分、磷脂结合的外部成分和嘧啶代谢等密切相关（ P<0.05）。免疫细胞浸润分析显示，幼稚B细胞、M2巨噬细胞在TN样本中表达明显增加，而记忆B细胞、幼稚CD4 + T细胞在HC样本中表达增加。 结论:TN的发病机制可能是通过调节ANXA5、ENO1、CA2、FBP1、CD9、SMPD3、VSTM1、SPNS3、PRSS33、FAS、LENG8等基因，参与细胞对肿瘤坏死因子的反应、半胱氨酸型内肽酶活性的调节等生物过程，调控嘧啶代谢、糖酵解/糖异生、碳代谢等信号通路来完成的。TN发病与幼稚B细胞、M2巨噬细胞增多密切相关。

目的:利用生物信息学分析方法，筛选出原位肝癌和转移灶中的差异基因及其参与的代谢通路，寻找肝癌转移治疗新的代谢靶点。方法:从基因表达汇编数据库(GEO)中下载编号为GSE40367的肝癌原发和转移基因表达谱数据。筛选出差异基因后，对差异基因进行基因本体论(GO)功能富集和京都百科全书基因和基因组(KEGG)通路分析。利用STRING数据库和cytoscape软件分析差异基因间的蛋白相互作用。通过文献检索获得肝癌转移中代谢组的变化，对差异基因和代谢物用MetaboAnalyst 4.0进行联合分析。利用Kaplan-Meier生存曲线在线对关键基因进行生存分析。结果:从GSE40367中共筛选出564个差异基因，相比于原位肿瘤，转移癌中上调基因287个，下调基因277个。差异基因GO功能富集在一元羧酸代谢、脂肪酸代谢和脂质转运等过程。KEGG主要富集在胆汁分泌、ABC转运蛋白、半胱氨酸和甲硫氨酸代谢以及糖异生等通路。联合分析表明，主要相关代谢通路是烟酸和烟酰胺代谢、苯丙氨酸代谢、精氨酸生物合成和糖酵解或糖异生等。对关键基因的生存分析发现， CTH基因低表达可能与肝癌不良预后相关， PCK1、 AOX1基因的高表达可能与肝癌不良预后相关。 结论:利用生物信息学分析揭示了与肝癌转移相关的代谢通路及通路中基因和代谢物的变化，提示了肝癌转移发生的分子机制，为肝癌转移治疗提供了新的代谢靶点。

目的:探讨免疫抑制剂雷帕霉素对流感病毒复制的影响及在流感病毒感染后调节糖酵解和炎性因子的作用。方法:本研究为实验研究，采用甲型H1N1流感病毒株A/PR/8分别感染人肺泡上皮细胞系A549和永生化小鼠骨髓源巨噬细胞(iBMDM)，构建流感病毒感染细胞模型。使用人非小细胞肺癌细胞系A459设置空白对照组、感染对照组、感染雷帕霉素组、感染二甲亚砜组，在流感病毒感染及雷帕霉素处理48 h后，使用空斑法和血凝法测定上清液病毒滴度，定量聚合酶链反应法检测细胞内病毒基因、糖酵解相关基因(PDK3、PKM、GAPDH、LDHA、HK2、PGAM1、PGK1)和炎性因子干扰素α(IFN-α)、Caspase-1、白细胞介素(IL)-1β、IL-18、IL-6、IL-8、凋亡相关斑点样蛋白(ASC)]基因相对量的表达。设置巨噬细胞空白对照组，巨噬细胞感染对照组和巨噬细胞感染雷帕霉素组，使用小鼠永生化骨髓巨噬细胞(iBMDM)在流感病毒感染及雷帕霉素处理24 h后，酶联免疫吸附测定法检测上清肿瘤坏死因子(TNF)-α浓度。进行3次平行重复实验。结果:感染雷帕霉素组A549细胞上清中的病毒滴度与感染对照组、感染二甲亚砜组比较差异均无统计学意义(均 P>0.05)。感染雷帕霉素组NP基因CT值较感染对照组和感染二甲亚砜组升高，分别为[(17.50±0.35)比(16.43±0.12)和(16.52±0.27)，差异有统计学意义，均 P<0.05]；感染对照组A549细胞上清中炎性因子基因GAPDH、LDHA、HK2、PGAM1表达量均较空白对照组上调，分别为[(2.34±0.32)比(1.01±0.16)、(2.43±0.18)比(1.01±0.18)、(2.63±0.48)比(1.00±0.06)，(17.97±1.13)比(1.00±0.09)差异有统计学意义，均 P<0.05]；与感染对照组相比，感染雷帕霉素组下调了GAPDH、LDHA、HK2、PGAM1的相对表达量，分别为[(1.48±0.19)比(2.34±0.32)、(1.79±0.09)比(2.43±0.18)、(1.65±0.28)比(2.63±0.48)、(10.48±0.81)比(17.97±1.13)，差异有统计学意义，均 P<0.05]；感染雷帕霉素组基因PDK3、PKM、PGK1与感染对照组比较差异无统计学意义(均 P>0.05)]。感染对照组A549细胞上清中Caspase-1、IL-6、IL-8基因的相对表达量较空白对照组上调，分别为[(47.02±2.07)比(1.00±0.09)、(17.59±2.14)比(1.00±0.04)、(3.86±0.44)比(1.01±0.19)，差异有统计学意义，均 P<0.05]。以感染复数＝20流感病毒感染iBMDM细胞24 h后，巨噬细胞感染对照组上清液中TNF-α的浓度较巨噬细胞空白对照组升高(260.60±38.90)ng/L比(44.96±3.12)ng/L，而巨噬细胞感染雷帕霉素组的TNF-α的浓度降低了(132.20±12.29)ng/L比(260.60±38.90)ng/L，差异有统计学意义(均 P<0.05)。 结论:雷帕霉素减少流感病毒NP蛋白基因在肺泡上皮细胞中的表达，同时可有效减轻流感病毒感染引起的糖酵解通路激活，并降低感染后巨噬细胞炎症反应。

目的:基于生物信息学方法分析胰腺癌组织中细胞分裂周期相关蛋白5（CDCA5）的表达及其与预后的相关性。方法:从癌症基因组图谱（TCGA）数据库中下载2021年1月至2021年12月168例胰腺癌样本RNA测序数据（HTSeq-FPKM）和相应的临床信息，从GEPIA2数据库中下载2021年1月至12月179例胰腺癌患者数据，同时整合TCGA和GTEx数据库中的171个正常胰腺组织样本。分析GEPIA2数据库中胰腺癌患者CDCA5 mRNA相对表达量及其与患者总生存（OS）和无病生存（DFS）的关系；结合患者临床资料，采用单因素和多因素Cox比例风险模型分析胰腺癌患者OS的影响因素；使用基因集富集分析（GSEA）探讨CDCA5在胰腺癌中可能参与的信号通路。结果:在GEPIA2数据库中，胰腺癌组织中CDCA5 mRNA相对表达量较正常胰腺组织升高，差异有统计学意义（ P<0.05）。根据CDCA5 mRNA相对表达量的中位值将胰腺癌患者分为高表达组（89例）和低表达组（89例）（等于中位值者未分组），CDCA5 mRNA高表达的胰腺癌患者较低表达患者OS（ P=0.024）和DFS差（ P=0.025）。TCGA数据库中，N分期（ HR=2.15，95% CI 1.24~3.72， P=0.006）和CDCA5（ HR=1.71，95% CI 1.23~2.38， P=0.001）表达为胰腺癌患者OS的独立影响因素。GSEA富集分析结果表明，CDCA5 mRNA高表达主要富集在13个生物学通路[均 P<0.05，错误发现率（FDR）<0.005]，其中包括细胞周期、DNA复制、同源重组、嘧啶代谢、错配修复、磷酸戊糖途径、糖酵解糖异生和p53等信号通路。CDCA5 mRNA的表达与HK2、PKM、PGK1、ALDOA、EN01和LDHA的表达均呈正相关（均 P<0.05）。 结论:CDCA5在胰腺癌组织中高表达，且与患者预后不良有关，可以作为胰腺癌的预后标志物。