红盲高原鳅(Triplophysa erythraea Liu&Huang,2019)是2019年发表的一种真洞穴鱼类,具有重要的洞穴生物学和进化生物学研究意义以及物种保护价值.2021年7月,在湖南省湘西土家族苗族自治州花垣县大龙洞采集到2尾样本.通过高通量测序技术对其中1尾的线粒体DNA序列进行分析,该线粒体DNA呈双链闭合环状结构,全长为16 585 bp,共含有37个基因,其中包括13个蛋白编码基因、22个tRNA基因和2个rRNA基因,以及两段非编码区,即L链复制起始区OL和H链复制起始区OH,碱基组成为 A(31.2％)、G(15.8％)、C(26.0％)、T(27.0％),A+T 的含量为 58.2％.基于蛋白编码基因使用最大似然法和贝叶斯法构建高原鳅属系统进化树,确定了红盲高原鳅在进化树上的位置.本研究为高原鳅属鱼类的进化研究以及物种保护工作提供了基础数据.

为探究独脚金内酯抑制剂Tis108对天麻生长的影响,该研究采用10 μmol·L-1的Tis108溶液处理白麻块茎,对块茎的内源激素赤霉素(GA)含量进行测定,通过RT-PCR技术克隆GA失活关键酶GeCYP714A1基因,借助ExPASy、SWISS-MODEL、MEGA 等软件对该基因进行生物信息学分析,并测定其在天麻不同组织部位的表达水平.结果显示,Tis108处理后天麻块茎的GA含量显著升高,GA失活关键酶GeCYP714A1的转录水平显著降低.GeCYP714A 1基因的编码区全长1 173 bp,编码390个氨基酸,蛋白的相对分子质量为44.85 kDa,理论等电点为9.83,不稳定系数为49.20,脂肪系数为89.03,总平均亲水指数平均值为-0.235,属于碱性亲水性不稳定蛋白;且GeCYP714A1蛋白定位于线粒体,无信号肽,不具有跨膜结构.系统进化树分析显示,GeCYP714A1与铁皮石斛DcCYP714C2(PKU78454.1)蛋白亲缘关系最近,序列一致性达67.25％.利用qRT-PCR技术分析天麻GeCYP714A1基因的表达模式,结果显示在天麻块茎中GeCYP714A1转录水平最高,其次是茎和花序.该研究表明Tis108可抑制天麻块茎中GA失活酶GeCYP714A1的转录水平,提高GA的积累量,影响天麻块茎生长,为进一步揭示独脚金内酯调控天麻GA信号和块茎发育奠定基础.

位于中缅边境的云南省腾冲市蚊虫丰富多样，本研究于2018年在腾冲市采集了蚊虫，采用RT-PCR的方法对这些蚊虫进行研究，共检出15株乙型脑炎病毒(JEV)、2株伊蚊黄病毒(AeFV)、2株云南库蚊黄病毒、1株Culex theileri黄病毒、1株Yamadai黄病毒(YDFV)和1株按蚊相关黄病毒(AAFV)，其中成功扩增到1株JEV和1株AeFV的全序。基于E基因的系统进化分析显示新检出的腾冲JEV均属于GI-b型，与2010年腾冲检出的毒株亲缘关系最近，与目前使用的乙脑疫苗比较在E蛋白上存在6个氨基酸残基的差异，且三带喙库蚊的JEV带毒率为2.4 (1.4~3.9)/1 000。上述研究结果提示腾冲是潜在的乙脑疫源地，存在暴发流行的风险，有必要在当地广泛持续的开展虫媒病毒监测。

目的:了解我国食源性金黄色葡萄球菌（金葡菌）的种群结构。方法:通过全基因组测序方法对2006-2020年我国16个省份收集的763株食源性金葡菌进行多位点序列分型、葡萄球菌蛋白A编码基因（ spa）和葡萄球菌染色体 mec基因盒（SCC mec）分型，使用BioNumerics 7.5软件创建基于ST类型的最小生成树。国外进口食品分离到的金葡菌31株被纳入基因组系统发育树的构建。 结果:763株金葡菌共鉴定出90个ST型和160个 spa型别，其中20种为新ST型别。72个（72/90，80.0%）ST型属于22个克隆群，其中主要型别为CC7、CC1、CC5、CC398、CC188、CC59、CC6、CC88、CC15和CC25，占82.44%（629/763）。其中优势克隆群中ST型和 spa型别随着时间的变化呈多态性变化。耐甲氧西林金葡菌（MRSA）的阳性率为7.60%，共鉴定出7种SCC mec型别，以ST59-t437-Ⅳa（17.24%，10/58）、ST239-t030-Ⅲ（12.07%，7/58）、ST59-t437-Ⅴb（8.62%，5/58）、ST338-t437-Ⅴb（6.90%，4/58）和ST338-t441-Ⅴb（6.90%，4/58）为主。本研究分离株在系统发育树上被分为2个种群分支，命名为Clade1和Clade2，相同克隆群、ST型和 spa型别的菌株呈聚集分布。Clade1全部为CC7甲氧西林敏感菌株，Clade2中包括21种克隆群和所有MRSA菌株，MRSA菌株按照SCC mec和ST型呈聚集分布。CC398、CC7、CC30、CC12和CC188中的国外分离株与我国分离株进化关系较远。 结论:本研究中食源性菌株主要优势克隆群型别为CC7、CC1、CC5、CC398、CC188、CC59、CC6、CC88、CC15和CC25，与既往报道的我国医院、社区感染和食物中毒的克隆群存在重叠现象，这提示食品作为病原体社区传播和食物中毒的载体，需高度关注。

目的:分析并比较2016年浙江省温岭地区EV71型轻、重症手足口病(HFMD)患儿病毒分离株VP1和VP4区基因特征及进化关系。方法:研究对象为2016年浙江省温岭市第一人民医院分离鉴定的EV71型HFMD患儿，随机选取轻、重症HFMD患儿EV71病毒株各6例，进行VP1和VP4区基因扩增和测序，利用DNAStar和Mega 6.0软件对测序结果与美国国立生物信息中心公布的EV71典型基因代表株(A、B1～5、C1～4亚型)进行核苷酸和氨基酸比对分析，并构建系统进化树。结果:轻、重症手足口病患儿性别(χ 2＝14.51， P<0.05)和年龄( t＝2.82， P<0.05)差异无统计学意义。两组EV71分离株的VP1区核苷酸同源性为95.8%～99.6%，氨基酸同源性为99.1%～100%；VP4区核苷酸同源性为95.0%～99.9%，氨基酸同源性为99.0%～100%，轻、重症EV71分离株同源性高。它们与典型C4a基因型代表株最接近，氨基酸同源性为：96.6%～100%(VP1)和94.3%～100%(VP4)。3例EV71型重症HFMD患儿分离株分别出现VP1区V170L突变(缬氨酸→亮氨酸)，VP1区A293S(丙氨酸→丝氨酸)以及VP4区T7A(苏氨酸→丙氨酸)，其他未见明显突变。 结论:2016年浙江温岭地区轻、重症HFMD患儿EV71病毒分离株VP1和VP4区同源性高，且均属于C4a基因亚型。其中几个位点的氨基酸突变可能与浙江温岭地区HFMD患儿疾病危重有关。

目的:了解浙江省MSM HIV/AIDS与性伴之间分子传播关系和相关危险因素。方法:采用横断面调查的方法，对浙江省2015-2017年新确证的MSM HIV/AIDS及参与性伴驱动检测的阳性性伴开展分子流行病学研究。收集血浆并提取RNA，运用RT-PCR和巢式PCR扩增并获得HIV-1的 pol区基因序列，构建系统进化树，分析分子传播簇，判定性伴间的传播关系。 结果:共937例MSM HIV/AIDS参与性伴驱动检测，检出173名阳性性伴。有61例性伴间（31对）形成传播簇，成簇比例为50.8%（61/120），其中7对性伴结合新发感染结果初步判定传播方向。在性伴分子传播网络的相关因素分析中，性伴之间确证年份为相同年份（与不同年份相比， OR=12.190，95% CI：1.563~95.054），现住址所在地为不同区（县）［与相同区（县）相比， OR=17.054，95% CI：1.742~166.982］更可能存在分子传播关系。 结论:MSM HIV/AIDS的性伴驱动检测，结合分子传播网络分析技术，可以提高HIV/AIDS精准溯源，同时根据新发感染结果，初步判定传播方向。建议对MSM HIV/AIDS确证后，应尽早进行性伴驱动检测，包括跨区域的性伴追踪检测，有利于传染源追踪。

目的:分析湖南省人源和水产动物源环丙沙星-头孢噻肟-阿奇霉素共耐药汤卜逊沙门菌的分子流行特征。方法:对湖南省食源性疾病散发病例粪便样本和水产品样本中分离的汤卜逊沙门菌进行环丙沙星-头孢噻肟-阿奇霉素共耐药菌株的筛选与鉴定，使用肉汤稀释法对11种抗菌药进行体外药敏试验，并利用全基因组测序技术分析菌株的耐药机制以及进化关系。结果:从粪便样本和水产品样本中共分离到19株汤卜逊沙门菌，其中9株菌对环丙沙星-头孢噻肟-阿奇霉素共耐药。进一步分析发现8株菌检出IncC质粒，携带质粒介导的喹诺酮类药物耐药基因 qepA- qnrS1、β-内酰胺酶耐药基因 blaCMY-2和大环内酯类耐药基因 mph（A）；1株检出IncR质粒，携带 qnrB4- aac（6 ′） -Ib-cr、 blaOXA-10和 mph（A）耐药基因。遗传环境分析发现 qnrS1、 qepA、 mph（A）和 blaCMY-2基因可能分别通过插入序列IS Kra4、IS91、IS6100和IS Ecp1整合到耐药菌的基因组上。基于核心基因组生成的系统发生树表明，人源和水产动物源环丙沙星-头孢噻肟-阿奇霉素共耐药汤卜逊沙门菌属于同一进化分支，具有较近的遗传进化关系。 结论:湖南省人源和水产动物源样本中检出对环丙沙星-头孢噻肟-阿奇霉素共耐药汤卜逊沙门菌，提示此类多重耐药菌已在人和水产动物之间传播。

目的:分析嘉兴市HIV/AIDS的感染和传播关系，探索区域HIV-1分子传播网络特征，为制定针对性的防控措施提供依据。方法:以2017-2018年嘉兴市新确证HIV/AIDS为研究对象，收集社会人口学、感染和传播等相关信息。采集血样并提取RNA，运用RT-PCR和巢式PCR扩增HIV-1的 pol区基因序列，采用Mega 6.0软件构建系统进化树进行HIV-1亚型分析。计算研究对象的HIV-1基因序列遗传距离，筛选构建分子传播网络的基因距离阈值，使用Cytoscape 3.6.0软件绘制分子传播网络。对基于分子传播网络的流行病学调查结果进行分析。 结果:研究对象HIV/AIDS 517例中，HIV-1基因序列包括15种基因亚型，以CRF01_AE（37.1%）、CRF07_BC（36.2%）和CRF08_BC（11.8%）为主。在1.0%的基因距离阈值下构建HIV-1分子传播网络，形成87个分子簇，总体入网率为45.8%（237/517）。多因素logistic回归分析结果显示，60~81岁年龄组（与14~24岁年龄组相比， OR=2.690，95% CI：1.058~6.844）、已婚（与未婚相比， OR=1.698，95% CI：1.003~2.875）、CRF07_BC亚型（与CRF01_AE亚型相比， OR=2.203，95% CI：1.426~3.404）的HIV-1分子成簇风险较高。分子传播网络中最大的CRF07_BC-1分子簇包括50例（2017年入网21例，2018年新增入网29例）HIV/AIDS，未婚（与已婚相比， OR=2.482，95% CI：1.140~5.402）、同性性传播（与异性性传播相比， OR=3.163，95% CI：1.543~6.483）、疑似高传播风险HIV/AIDS（与其他HIV/AIDS相比， OR=7.631，95% CI：1.783~32.654）、确证地在南湖区和平湖市［与其他区（县）相比， OR=2.225，95% CI：1.074~4.608］是进入最大簇的主要危险因素。该分子簇包含7例疑似高传播风险HIV/AIDS，均为同性性传播；自我报告首次发生男男性行为的时间范围为2010-2018年，确证前2年内的同性性伴数为20（ P 25， P 75：10，100）；其中6例自我报告有近期在南湖区某MSM交友活动场所寻找性伴活动史。 结论:2017-2018年嘉兴市新确证HIV/AIDS的HIV-1亚型多样，以散发为主，存在地理聚集性和一定数量的疑似高传播风险HIV/AIDS，呈快速传播现象，需开展针对性的强化干预。

目的:利用纳米孔测序技术对新型重组H3N2禽流感病毒进行测序鉴定并分析病毒的基因特征。方法:对2021年广州市某农贸市场外环境H3N2禽流感阳性样本进行鸡胚培养，联合病毒全基因组序列靶向扩增和纳米孔测序技术进行病毒高通量测序。通过生物信息学软件，分析病毒基因特点。结果:系统发育进化树显示，该毒株各基因片段均属于欧亚进化分支，宿主来源均为禽源。其HA基因与我国H3N6禽流感病毒亲缘关系较近。NA基因与2017-2020年我国H3N2禽流感病毒亲缘关系较近。PB1基因与2016-2022年我国广西壮族自治区、福建省H5N6禽流感病毒亲缘关系较近，与广州市H5N6禽流感流行株PB1基因亲缘关系较远。其余内部基因片段来源复杂，具有明显的遗传多样性。分子特征显示，该毒株具有典型的低致病性禽流感病毒分子特征，倾向结合禽源受体。生物特性相关重要蛋白位点上，该毒株发生PB2-L89V、PB1-L473V、NP-A184K、M1-N30D/T215A、NS1-P42S/N205S等致病性增强突变。结论:本研究通过纳米孔测序鉴定一株新型重组H3N2禽流感病毒，分析发现该病毒与H5N6禽流感病毒发生了基因重组。目前该病毒跨种传播能力较低，但有必要密切关注H3亚型禽流感病毒的流行和变异。

目的:分析5月份广东省某市一起急性出血性结膜炎(acute hemorrhagic conjunctivitis，AHC)疫情中病原体的进化特征及变异情况，为制定新一轮AHC流行防控措施提供科学依据。方法:采集20份AHC患者眼结膜拭子，采用实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR，qPCR)方法，对其进行肠道病毒(enterovirus，EV)、EV70(human enterovirus 70, HEV70)和CVA24v(coxsackievirus A24 variant，CVA24v)核酸检测，并对CVA24v阳性样本的VP1区和3Cpro区进行序列测定，分析其与国内外流行的CVA24v基因进化关系。结果:20份眼拭子标本中，肠道病毒全部显示EV阳性，CVA24v全部阳性，阳性率100%，EV70全部阴性。其中5份样本的CVA24v的VP1和7份样本的CVA24v的3Cpro区基因组成功测序，基于VP1和3Cpro区的分子特征分析发现，本次疫情流行的CVA24v与2014年泰国和2015年法属留尼群岛流行的CVA24v具有最大的核苷酸相似性。3Cpro区和VP1区的系统发育进化树显示本次疫情CVA24v与2014年泰国和2015年法属留尼群岛流行的CVA24v聚为一簇，具有较高亲缘关系。与2010年广东、2014年泰国和2015年法属留尼群岛流行的CVA24v相比，本次疫情流行的CVA24v在3Cpro区4个氨基酸位点发生替换，在VP1区有1个氨基酸位点发生替换。结论:引起本次疫情病原体为肠道病毒CVA24v，且与2014年泰国和2015年法属留尼群岛流行的CVA24v具有最高相似性，3Cpro区和VP1区序列均出现新的的氨基酸突变。