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围术期认知功能紊乱小鼠海马蛋白质组学的变化及生物信息学分析
编辑人员丨5天前
目的:评价围术期认知功能紊乱(PND)小鼠海马蛋白质组学的变化及生物信息学分析。方法:清洁级健康雄性C57BL/6小鼠,15月龄,体重30~35 g,采用随机数字表法分为2组( n=9):对照组(C组)和PND组。采用异氟烷麻醉下行胫骨骨折切开复位内固定术构建PND模型。分别于术前1 d和术后1、3、7 d时行Morris水迷宫实验、旷场实验和条件恐惧实验。分别于术后1、3和7 d时,P组处死每次认知功能测试最差的3只小鼠、C组随机处死3只小鼠,取海马组织,采用高效液相色谱-质谱法筛选差异表达蛋白,并对差异表达蛋白进行Gene Ontology生物学过程富集分析(GO分析)和KEGG通路富集分析(KEGG分析)。 结果:与C组相比,P组术后各时点逃避潜伏期延长,靶象限停留时间百分比降低,场景恐惧记忆实验僵直时间百分降低( P<0.05)。采用高效液相色谱-质谱法筛选出21个差异表达的蛋白,其中有12个蛋白表达上调,有9个蛋白表达下调。GO分析结果表明,差异表达蛋白参与了代谢、信号传递、生物过程的调节等过程,构成了细胞器、突触等结构,并与结合、运输等分子功能有关。KEGG分析结果表明,MAPK信号通路、ErBb信号通路、AMPK信号通路、SNARE蛋白囊泡运输等存在差异。 结论:PND小鼠海马存在21个差异表达的蛋白,这些蛋白参与了神经炎症反应、突触结构异常、线粒体功能异常、自噬能力下降等可能与PND有关的病理过程。
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编辑人员丨5天前
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附睾上皮细胞通过附睾小体调节精子成熟的研究进展
编辑人员丨5天前
哺乳动物睾丸中产生的精子缺乏运动性,而且不具备受精能力,因此在功能上尚不成熟。附睾是男性生殖道中一段非常特别、高度盘绕折叠的小管,附睾各段通过上皮细胞分泌和吸收活动的共同协作用,实现高度区域化,保证不同区段精确的功能划分。精子在附睾近端完成功能上的成熟,在远端以静息状态储存以备射精,这一过程依赖于附睾管腔特殊的微环境。附睾管腔的微环境极为复杂,目前已证实其中含有多种无机离子、蛋白质和胞外囊泡(附睾小体)。附睾小体中包含多种蛋白和sncRNA,可直接或间接促进精子成熟。本文综述了附睾管腔微环境的特点,特别关注了附睾上皮细胞产生的附睾小体对精子成熟的影响。
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编辑人员丨5天前
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基于适配体传感器方法检测肿瘤外泌体相关蛋白的研究进展
编辑人员丨5天前
外泌体是一种机体内大多数细胞分泌的直径为30~150 nm,具有脂质双层膜的微小囊泡,可以直接反映分泌细胞的生理和功能状态,参与细胞间的物质运输和信息通讯,其作为肿瘤早期诊断和治疗评估的生物标志物具有重要意义。外泌体的检测方法有很多,在这些检测方法中,适配体传感器技术以其价廉易用、响应快、灵敏度高、特异性强等特点,帮助肿瘤患者早期发现,早期获得诊断,早期治疗,提高生存率,并为愈后效果的评价提供了重要依据。常见的适配体传感器有荧光、电化学、比色法、光致发光、横向流动带、表面增强拉曼散射和表面等离子体共振适配体传感器,不同的适配体传感器具有不同的特征,文章对几种常见适配体传感器检测肿瘤外泌体的研究进展进行阐述。
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编辑人员丨5天前
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人血清白蛋白结合型分子探针在核医学诊疗中的研究进展
编辑人员丨5天前
人血清白蛋白(HSA)是一种多功能蛋白质,能结合和运输多种内源性和外源性化合物,也可作为药物载体用于肿瘤的靶向给药。通过在药物分子中添加功能性化学基团可实现药物与HSA的结合,增加药物在血液中的循环时间,同时不会显著影响药物的生物活性,这种方法可以提高放射性治疗药物在肿瘤部位的浓集程度并延长浓集时间,改善其靶向治疗的效果。HSA结合型分子探针还可用于心脏功能和血管通透性评价以及淋巴显像。笔者综述了近年来各种HSA结合型分子探针在核医学诊疗中的研究进展。
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编辑人员丨5天前
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BICD1基因促进脑胶质瘤恶性进展的多组学研究
编辑人员丨5天前
目的:基于空间转录组、单细胞转录组和RNA转录组测序数据探讨BICD1基因促进脑胶质瘤恶性进展的分子机制。方法:基于空间转录组公共数据集分析BICD1基因在正常脑组织(样本"248_C")和胶质母细胞瘤组织(样本"275_T")中的空间分布特征。采用R语言软件包分析中国脑胶质瘤基因组图谱(CGGA)数据库中单细胞测序数据(来源于14例患者的6 148个细胞),明确BICD1基因在胶质瘤不同细胞类型中的表达差异。基于CGGA数据库中693例脑胶质瘤患者的RNA测序数据,采用京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析及基因本体论分析BICD1基因相关基因的生物学功能。结果:BICD1基因在正常脑组织中表达广泛,在胶质母细胞瘤组织中特异性地表达于肿瘤干细胞与肿瘤细胞的分界处。根据单细胞测序数据进行的细胞分群分析表明,BICD1基因主要在星形胶质细胞中高表达。在Neftel分型中,BICD1基因高表达细胞主要分布在星形胶质细胞样细胞群和神经前体样细胞群中。BICD1基因表达水平相关差异基因的KEGG通路富集分析显示,BICD1基因高表达与细胞衰老( P=0.003)、癌症中的蛋白聚糖( P=0.004)等癌症相关生物学功能的聚集相关,与肌动蛋白细胞骨架的调节( P=0.010)等胞内运输过程的功能聚集相关;BICD1基因低表达与核糖体相关功能( P<0.001)及氧化磷酸化( P<0.001)等生物学过程的聚集相关。BICD1基因表达水平相关差异基因的生物学功能聚类分析显示,与BICD1基因表达水平相关性较强的生物学功能有细胞质翻译( P<0.001)、核糖体亚单位装配( P=0.001)、染色体分离调控( P=0.004)及染色体分离( P=0.004)等。BICD1基因的表达水平与多泛素修饰依赖性蛋白结合( P=0.046)、泛素-泛素连接酶活性( P=0.033)、蛋白质解聚负调控( P=0.010)、单泛素化蛋白质去泛素化( P=0.026)、肌动蛋白丝加帽( P=0.007)、肌动蛋白丝解聚( P=0.013)等生物学过程相关。 结论:BICD1蛋白可能在脑胶质瘤前体肿瘤细胞中参与蛋白泛素化降解及细胞骨架相关的胞内运输,调控细胞衰老和细胞分裂等生物学过程,在这些细胞的恶性转变过程中起到关键作用。
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编辑人员丨5天前
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外泌体分离和纯化方法研究进展
编辑人员丨5天前
外泌体是由活细胞主动分泌的一种纳米级囊泡,内含蛋白质、核酸等生物活性物质,参与细胞间通讯,在肿瘤微环境调节、免疫识别、炎症反应等众多生理病理过程中发挥重要作用。作为一种运输载体,外泌体广泛存在于生物流体中,但由于其粒径小、内含物丰度低,能否获得高质量的外泌体成为后续研究成败的关键。虽然外泌体分离、纯化和鉴定方法日趋发展,但仍未达到成熟水平。本文就外泌体分离和纯化方法的研究进行综述,并比较不同方法的优缺点、适用范围及应用前景,以期为外泌体研究提供参考。
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编辑人员丨5天前
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剥脱综合征患者房水蛋白质组学分析
编辑人员丨5天前
目的:分析剥脱综合征(XFS)患者房水蛋白质的表达差异。方法:收集2020年6月至2021年1月在和田地区人民医院拟行手术治疗的维吾尔族年龄相关性白内障患者和XFS伴白内障患者各10例,分别作为白内障组和XFS组。术中借助超声乳化手术通道吸取前房中部50~100 μl房水。通过非标记定量蛋白质组学质谱分析技术对房水中提取的蛋白进行分析,以白内障组作为对照组,并根据 P<0.05、差异倍数>1.5的标准筛选得到XFS组的差异表达蛋白。通过基因本体论(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析来探讨XFS组差异表达蛋白的功能及调控信号通路。 结果:与白内障组相比,XFS组共鉴定出25个差异表达蛋白,这些蛋白主要涉及细胞黏附、受体、水解酶、分子运输等。表达下调的蛋白有14个,包括补体H因子相关蛋白1(CFHR1)、内质网分子伴侣BiP(HSPA5)、双糖链蛋白多糖(BGN)、FRAS1相关的细胞外基质蛋白2(FREM2)、血红蛋白亚基δ(HBD)、血红蛋白亚单位γ1(HBG1)、棕榈酰蛋白水解酶2(PPT2)等。表达上调的蛋白有11个,包括转化生长因子结合蛋白2(LTBP2)、极低密度脂蛋白受体、层粘连蛋白亚基α2(LAMA2)、凝血因子Ⅸ(F9)等。其中,FREM2为XFS组差异表达最显著的蛋白,其在XFS组个体样本中表达水平基本一致。GO分析显示,这些差异蛋白主要定位于胶原蛋白的细胞外基质、结合珠蛋白-血红蛋白复合物、血浆脂蛋白颗粒和溶酶体腔;分子功能和生物学过程显示,HBD和HBG1参与细胞解毒过程,PPT2参与水解酶活性,BGN和LTBP2参与糖胺聚糖结合。KEGG信号通路分析显示,CFHR1和F9参与补体和凝血级联通路;FREM2和LAMA2参与细胞外基质相互作用通路。结论:XFS的进展可能与细胞外基质蛋白的改变、血-房水屏障破坏以及潜在的炎症反应有关。显著下调的FREM2可能作为XFS潜在的生物学标志物。
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编辑人员丨5天前
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生物信息学及实验验证分析SPRR2A基因在肺鳞癌中的表达和临床意义
编辑人员丨5天前
目的:探讨富含脯氨酸小蛋白2A(SPRR2A)在肺鳞癌中的表达及其可能的作用机制。方法:实验性研究。采用生物信息学方法,在GTEx数据库和TCGA数据库中检索分析SPRR2A在多种肿瘤组织和肺鳞癌中的表达,用ROC曲线分析SPRR2A诊断肺鳞癌的价值。收集2018年1月至2020年12月间于成都医学院第一附属医院外科手术的肺鳞癌标本及癌旁正常组织标本,通过RT-qPCR和Western blot技术进行实验验证,并进一步在4种肺鳞癌细胞株中再次验证。收集TCGA数据库中486例肺鳞癌患者基因表达谱数据及临床资料,根据SPRR2A表达水平的中位值,分为高、低表达组,采用GSEA4.1.0软件对差异基因富集的信号通路进行分析。采用Kaplan-Meier法分析SPRR2A高表达组和SPRR2A低表达组肺鳞癌患者的无疾病进展生存期和总生存期的差异。选用肺鳞癌SK-MES-1,构建SPRR2A表达载体shRNA SPRR2A质粒,应用Transwell方法验证干扰SPRR2A基因表达后,SK-MES-1细胞迁移和侵袭能力是否受到影响。结果:与癌旁正常组织比较,SPRR2A基因mRNA在肺鳞癌组织中的表达水平明显升高,且有较高的诊断价值(AUC=0.899%);临床标本及肺鳞癌细胞株验证结果与生物信息分析结果一致。肺鳞癌组织SPRR2A mRNA和SPRR2A蛋白均高于癌旁正常组织,分别为(128.45±12.44)和(36.88±2.77)比(10.11±1.32)和(1.46±0.04),差异有统计学意义( P<0.05)。TCGA数据库中,SPRR2A高表达组和SPRR2A低表达组患者差异基因共有528个,包括348个下调的基因和180个上调的基因,这些基因主要富集于细胞黏附分子和囊泡运输的相互作用两个信号通路。预后分析显示,肺鳞癌患者SPRR2A mRNA高表达组的总生存时间和无疾病进展生存时间明显短于低表达组。Transwell实验结果显示,敲减了SPRR2A基因的肺鳞癌SK-MES-1的细胞迁移和侵袭能力均受到显著抑制( P<0.05)。 结论:肺鳞癌组织中SPRR2A基因的表达水平明显上调,高表达SPRR2A与肺鳞癌患者的预后不良有关,靶向敲减SK-MES-1细胞中的SPRR2A后能抑制其迁移和侵袭。
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编辑人员丨5天前
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外泌体在草酸钙肾结石形成中的作用研究进展
编辑人员丨5天前
外泌体是机体内细胞分泌的具有脂质双分子层的微小囊泡。外泌体可运输蛋白质、脂质和核酸进入受体细胞而参与细胞间通讯。最新研究表明,外泌体参与了草酸钙肾结石形成的病理生理过程和发病机制。肾小管上皮细胞、巨噬细胞、脂肪基质细胞来源的外泌体参与了草酸钙肾结石形成机制中的免疫过程、炎症反应和细胞自噬。本文将综述不同细胞来源的外泌体在草酸钙肾结石形成过程中的作用,为肾结石的临床防治提供新思路。
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编辑人员丨5天前
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高密度脂蛋白的蛋白修饰与心血管疾病的关系
编辑人员丨5天前
高密度脂蛋白(high density lipoprotein,HDL)是体内重要的血浆脂蛋白,可以通过参与胆固醇逆向运输改善血管内皮功能,发挥抗炎、抗氧化及抗凋亡等功能。多年来研究者们认为血浆中高密度脂蛋白胆固醇水平升高具有保护心血管的作用。然而,近年来一些有关HDL的大规模随机对照试验及人类遗传学研究却得出了与之相矛盾的结论。这些研究提示在心血管等疾病状态下HDL的蛋白成分可能发生翻译后修饰,导致其丧失原有功能,甚至获得促炎、促氧化的特质。本文就目前疾病状态下HDL发生蛋白成分修饰的机制及其功能改变与心血管疾病关系的研究进展做一简要综述。
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编辑人员丨5天前
