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基于循环游离DNA末端基序检测的食管鳞状细胞癌及其癌前病变预测模型建立及验证
编辑人员丨6天前
目的:探索并建立基于循环游离DNA(cfDNA)末端基序检测的食管鳞状细胞癌(ESCC)预测模型,并评估其用于ESCC早期检测的可行性。方法:前瞻性收集2021年8月至2022年11月中国医学科学院肿瘤医院201例ESCC、46例食管高级别上皮内瘤变(HGIN)、46例食管低级别上皮内瘤变(LGIN)、176例食管良性病变患者和29例健康对照的血浆样本进行cfDNA提取、文库构建与测序。将ESCC患者和对照组受试者随机分为训练集(284例)和验证集(122例)。对训练集中ESCC及对照组cfDNA末端基序矩阵标准化处理及差异特征筛选,经主成分分析降维、十折交叉验证及随机森林递归特征消除后训练并建立随机森林分类模型Motif-1(M1),在验证集和癌前病变组中验证其性能。将癌前病变组患者纳入数据集后随机分为训练集(243例)、验证集(105例)、测试集(150例),采用与M1相同的方法使用训练集训练并构建随机森林模型Motif-2(M2),在验证集中检验并确定最佳阈值,在测试集中进行性能检测。结果:构建了2个基于cfDNA 末端基序检测的ESCC及其癌前病变的预测模型,M1模型在验证集中的灵敏度为90.0%,特异度为77.4%,曲线下面积(AUC)为0.884;M1模型预测LGIN、HGIN及T1aN0期食管癌的灵敏度分别为76.1%、80.4%和91.2%,联合预测HGIN及T1aN0期食管癌的灵敏度为85.0%,且预测分值和灵敏度随着恶性肿瘤的临床分期上升而增加( P<0.001)。M2模型在测试集中灵敏度为87.5%,特异度为77.4%,AUC为0.857;M2模型预测食管癌前病变及ESCC的灵敏度分别为80.0%和89.7%,联合预测HGIN及T1aN0期食管癌的灵敏度为89.4%。 结论:构建的2种基于 cfDNA 末端基序的血浆检测模型在ESCC及其癌前病变中具有较高的灵敏度及特异度,可用于早期ESCC检测。
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编辑人员丨6天前
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肝癌患者血浆BMPR1A和PLAC8基因甲基化水平在预测根治术后早期复发中的意义
编辑人员丨6天前
目的:探究联合检测血浆中游离BMPR1A、PLAC8基因甲基化预测肝细胞癌术后复发的作用。方法:病例系列研究。选取2022年1月至2023年7月中山大学附属第三医院治疗的Ⅰ~Ⅳ期肝细胞癌患者,入组的所有患者在治疗后1、3、6、9和12个月进行甲胎蛋白(AFP)以及影像学评估检查;同时抽取患者外周血进行血浆循环肿瘤DNA(ctDNA)甲基化检测,比较患者治疗后血浆中游离BMPR1A和PLAC8基因甲基化检测结果以及传统肿瘤标志物AFP检测的阳性率。采用受试者工作特征(ROC)曲线分析该方法对肝细胞癌复发的预测效能,并根据游离DNA甲基化结果阳性和阴性,以及AFP是否大于7 μg/L,分别将肝细胞癌患者划分为甲基化高风险组(12例)、甲基化低风险组(21例)、AFP高风险组(15例)和AFP低风险组(18例),进行Kaplan-Meier生存分析。结果:联合检测血浆中游离BMPR1A、PLAC8基因甲基化对肝癌复发预测的敏感度为66.7%,特异度为88.9%,ROC曲线分析BMPR1A、PLAC8基因甲基化检测肝癌复发的曲线下面积为0.770和0.778,AFP为0.522;相比影像学检查,游离DNA甲基化检测平均可以提前58.3 d检测出肝细胞癌的复发(53.8 d比112.1d)。基于游离DNA甲基化预测的高风险组400 d的无进展生存率为22.2%,低于低风险组(76.2%, P<0.001)。 结论:相比于AFP,检测BMPR1A、PLAC8基因甲基化能更准确地预测肝细胞癌的复发,可成为一种实用的监测肝癌复发的方法。
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编辑人员丨6天前
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肺癌流行病学研究年度进展2022
编辑人员丨6天前
肺癌是全球发病率和死亡率最高的恶性肿瘤之一,严重危害人类的健康。本文对2022年1月1日至12月10日国内外肺癌流行病学领域的研究进展进行综述。研究发现,随着肺癌病因学研究的深入和精准医学的开展,全球肺癌的发病率和死亡率得到了一定程度的控制;大规模人群队列和生物银行的建设推动了肺癌的病因学研究,阐明肺癌发病与吸烟、空气污染、慢性病共病、饮食和生活习惯等因素的关联对肺癌一级预防策略的制定具有积极意义;高通量组学检测技术的发展推动了罕见胚系变异、嵌合基因组变异、“表观时钟”、循环细胞游离DNA(cfDNA)甲基化和血浆代谢物等新型生物标志物的发现,有助于优化肺癌个体化风险评估模型和提高肺癌早期筛查效果;深度学习等人工智能算法可揭示影像组学特征与临床诊疗数据之间的深层关系,提升肺癌的筛查效能。上述研究发现为肺癌精准防治工作的有效开展提供了技术支撑和理论依据。
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编辑人员丨6天前
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基于Cf DNA检测探索局部晚期食管鳞癌同期放化疗敏感性相关基因的初步研究
编辑人员丨6天前
目的:探索局部晚期食管鳞癌同期放化疗敏感性相关基因及分子标志物。方法:收集2017—2018年间31例在中国医学科学院肿瘤医院采用根治性同期放化疗的局部晚期食管鳞癌患者治疗前外周血并提取血浆Cf DNA,采用基于NovaSeq6000高通量测序平台的目标基因捕获测序技术检测靶基因与肿瘤突变负荷(TMB)变化。根据放化疗近期疗效将患者分为放化疗敏感组(CR+PR)和放化疗抗拒组(SD+PD),综合生物信息学和临床资料分析两组间的基因突变和TMB差异。结果:31例患者测序数据中突变频率>10%的肿瘤相关基因为Tp53、NOTCH1、BRAF、FGFR4、CDKN2A、ATRX和AXIN2,他们在放化疗敏感组和放化疗抗拒组均有分布且相近。高频突变基因主要与7条信号通路相关,主要涉及凋亡信号通路和细胞周期信号通路等,它们主要参与的是RTK-RAS信号通路。放化疗敏感组患者TMB值高于放化疗抵抗组( P=0.04),但GXYLT1和KRT18基因在放化疗抵抗组患者的突变率高于放化疗敏感组( P<0.05)。 结论:Tp53、NOTCH1和CDKN2A可能是与食管鳞癌发生发展相关的高频突变基因,而KRT18、GXYLT1和TMB与局部晚期食管鳞癌患者同期放化疗敏感性密切相关。
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编辑人员丨6天前
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晚期结直肠癌西妥昔单抗治疗前后循环肿瘤DNA、循环B细胞特异性莫洛尼白血病病毒插入位点1 mRNA和微小RNA-21水平变化
编辑人员丨6天前
目的:探讨晚期结直肠癌表皮生长因子受体(EGFR)单克隆抗体治疗前后循环肿瘤DNA(ctDNA)、循环B细胞特异性莫洛尼白血病病毒插入位点1 mRNA(Bmi-1mRNA)、微小RNA-21(miR-21)变化及与治疗反应性的关联性。方法:回顾性分析2019年3月至2021年3月烟台毓璜顶医院98例晚期结直肠癌患者的临床资料。西妥昔单抗治疗后完全缓解4例,部分缓解26例,疾病稳定39例,疾病进展29例。将完全缓解和部分缓解作为缓解组(30例),疾病稳定和疾病进展作为未缓解组(68例)。治疗前和治疗2个周期后采用高通量测序方法检测血浆ctDNA水平,采用实时荧光定量聚合酶链反应法检测Bmi-1mRNA和miR-21水平。采用Spearman相关性分析治疗2个周期后ctDNA、Bmi-1mRNA和miR-21与治疗反应性的关系;采用多因素Logistic回归分析影响治疗反应性的独立危险因素;绘制受试者工作特征(ROC)曲线,评估治疗2个周期后ctDNA、Bmi-1mRNA和miR-21预测缓解的价值。结果:两组治疗前ctDNA、Bmi-1mRNA和miR-21比较差异无统计学意义( P>0.05);缓解组治疗2个周期后ctDNA、Bmi-1mRNA和miR-21明显低于未缓解组[(10.03 ± 3.32)μg/L比(15.33 ± 5.14)μg/L、0.13 ± 0.04比0.19 ± 0.05和0.81 ± 0.26比1.08 ± 0.24],差异有统计学意义( P<0.01)。Spearman相关性分析结果显示,ctDNA、Bmi-1mRNA和miR-21与治疗反应性呈负相关( r= -0.500、-0.506和-0.531, P<0.01)。多因素Logistic回归分析结果显示,控制远处转移器官数量和临床分期后,ctDNA、Bmi-1mRNA和miR-21仍是影响晚期结直肠癌患者治疗反应性的独立危险因素( OR = 3.342、2.725和1.838,95% CI 3.116~3.584、2.647~2.805和1.768~1.911, P<0.01)。ROC曲线分析结果显示,治疗2个周期后ctDNA、Bmi-1mRNA联合miR-21预测治疗反应性的曲线下面积最大为0.922。 结论:晚期结直肠癌患者EGFR单克隆抗体治疗前后ctDNA、Bmi-1mRNA和miR-21变化与治疗反应性有关,联合检测有利于筛查EGFR靶向治疗的敏感患者,并能为寻找晚期结直肠癌分子干预新靶点提供参考。
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编辑人员丨6天前
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循环肿瘤DNA在胰腺癌诊断和预后预测方面的研究进展
编辑人员丨6天前
循环肿瘤DNA(ctDNA)是肿瘤细胞释放入血的DNA片段,其存在与否、血浆浓度的高低与患者预后息息相关。常见的检测方法有数字聚合酶链式反应技术、二代测序、甲基化检测等。针对ctDNA的特异性点突变或甲基化进行检测,不但能辅助诊断胰腺癌,还有望在早期阶段识别胰腺癌。针对术后ctDNA的检测能有效预测肿瘤复发转移,对患者进行风险分层,从而得以对高复发转移风险患者提前进行干预。据此,本文对ctDNA检测技术及ctDNA在胰腺癌早期诊断、手术后复发转移的预测和患者预后评估等方面的临床应用研究进行综述。
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编辑人员丨6天前
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晚期结直肠癌患者血浆循环肿瘤DNA与组织中KRAS及NRAS等基因突变一致性的影响因素分析
编辑人员丨6天前
目的:分析血浆循环肿瘤DNA (ctDNA)与肿瘤组织DNA检测晚期结直肠癌患者KRAS/NRAS/BRAF/PIK3CA基因突变的一致性,同时探索影响两者一致性的因素。方法:纳入 2018年12月至2020年5月就诊于复旦大学附属中山医院的晚期结直肠癌患者165例,收集患者的ctDNA及组织基因检测结果、临床病理信息、治疗情况等。分析ctDNA与肿瘤检测KRAS/NRAS/BRAF/PIK3CA基因突变的一致性及影响因素。结果:165例晚期结直肠癌患者[中位年龄61(28~84)岁,男102例,女63例]均接受了血浆ctDNA检测,ctDNA中KRAS、NRAS、BRAF、PIK3CA基因突变检出率分别为27.30%、2.42%、6.06%及9.70%。其中128例患者接受过组织基因检测,组织中KRAS、NRAS、BRAF、PIK3CA的突变检出率分别为30.47%、2.34%、7.03%及3.13%。血浆ctDNA与组织DNA检测KRAS/NRAS/RAF/PIK3CA基因突变的总体一致率为62.50 %(Kappa=0.200, P=0.023)。单因素分析发现,初诊未治组以及肝转移组中基因检测的一致性较高[ OR 95% CI为0.206(0.043~0.985), P=0.048],而肺转移组中的一致性较低。 结论:血浆ctDNA与组织DNA检测KRAS/NRAS/BRAF/PIK3CA基因突变存在一定的差异,抗肿瘤治疗以及肿瘤转移部位可能是影响不一致的重要因素。
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编辑人员丨6天前
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病理诊断在直肠癌新辅助治疗后等待观察策略中的指导作用
编辑人员丨6天前
研究表明,局部进展期直肠癌患者新辅助放化疗(nCRT)后,会发生临床完全缓解(cCR)。部分精心挑选的患者经等待观察后,获得很好的疗效。这种保留器官的方法,有助于患者避免手术及其相关的发病率和死亡率。nCRT会导致肿瘤细胞的退变和残留肿瘤细胞的不均匀分布。由于假阴性率高,活检的可靠性在等待观察策略中仍不尽如人意。因此,对病理组织学检查阴性的患者,也应严格随访。今后,免疫微环境和分子标记、源于患者的类器官培养、循环肿瘤细胞(CTC)和血浆游离DNA(cfDNA)等技术,可能有助于等待观察患者的筛查和监测。
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编辑人员丨6天前
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TP53突变在中国前列腺癌患者中的临床特征及预后价值研究
编辑人员丨6天前
目的:探讨中国前列腺癌患者循环肿瘤DNA(ctDNA)中 TP53突变的临床特征及预后价值。 方法:前瞻性纳入2018年5月至2019年6月在复旦大学附属肿瘤医院泌尿外科确诊的239例前列腺癌患者,确诊年龄为(65.4±7.6)岁(范围:45~85岁)。通过目标序列捕获和二代测序检测血浆中ctDNA的 TP53突变。分析接受不同治疗的患者 TP53突变状态与无进展生存时间的相关性。对不同亚组进行Kaplan-Meier分析,绘制生存曲线,并采用Log-rank进行比较。采用Cox回归模型估算多变量校正后的 HR及其与无进展生存时间相关的95% CI。 结果:存在 TP53突变的患者比例为15.9%(38/239)。151例患者初诊时存在转移, TP53突变患者初诊转移比例更高[78.9%(30/38)比60.2%(121/201),χ2=4.829, P=0.028],处于转移性去势抵抗阶段的比例更高[68.4%(26/38)比42.8%(86/201),χ2=8.434, P=0.004]。 TP53突变患者接受常规雄激素剥夺治疗、阿比特龙治疗、多西他赛治疗的中位无进展生存时间分别为13.0、4.7、3.0个月, TP53野生型患者分别为17.0、11.0、5.0个月。多因素分析结果显示,在接受阿比特龙治疗和多西他赛治疗的患者中, TP53突变是无进展生存时间的独立预后因素( HR=2.23,95% CI:1.26~3.94, P=0.006; HR=1.92,95% CI:1.01~3.66, P=0.047),在雄激素剥夺治疗患者中未发现这一趋势。 结论:TP53突变与存在转移、患者处于去势抵抗阶段相关,同时也是接受阿比特龙、多西他赛治疗患者的无进展生存时间的独立预后因素。
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编辑人员丨6天前
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宣白承气汤对脓毒症小鼠肺-肠损伤及肠道菌群的调节作用
编辑人员丨6天前
目的:明确宣白承气汤对脓毒症小鼠肺和肠道损伤以及肠道功能的作用,分析其对脓毒症小鼠肠道菌群的影响。方法:健康清洁级C57雄性小鼠36只,随机(随机数字法)分为三组,每组12只,分别为对照组、模型组和宣白承气汤治疗组。通过腹腔注射细菌脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)5 mg/kg制备脓毒症模型,造模前24 h、造模后0.5 h及造模后12 h宣白承气汤灌胃给药,造模后24 h采集肺脏、肠道以及血液标本。采用实时荧光定量PCR测定肺部和肠道组织炎症因子白介素1β(interleukin-1β, IL-1β)、IL-6、肿瘤坏死因子α(tumor necrosis factor-α, TNF-α)和单核细胞趋化蛋白1(monocyte chemoattractant protein-1, MCP-1)含量,通过组织学染色评估肺部和肠道结构损伤和改变,通过特殊染色评价肠道黏蛋白表达,分别采用免疫组化和Western Blot分析肠道上皮紧密连接蛋白的表达,最后使用鲎试剂盒检测各组小鼠血浆中内毒素含量,并提取小鼠粪便DNA,通过菌群16S rDNA荧光定量PCR方法检测脓毒症小鼠肠道菌群变化。三组间的计量资料比较,采用单因素方差分析。结果:(1)宣白承气汤能够降低脓毒症小鼠肺部炎症因子IL-1β、IL-6、TNF-α和MCP-1的表达(均 P<0.05),减轻肺部炎症损伤;(2)与模型组相比,宣白承气汤治疗组小鼠肠道炎性损伤有所缓解,肠道炎症因子表达明显下调(均 P<0.05),肠道黏蛋白和上皮紧密连接蛋白表达增加,肠道屏障功能改善;(3)宣白承气汤减轻脓毒症小鼠循环血液中内毒素的含量( P<0.05),并促进脓毒症小鼠肠道中有益菌阿克曼菌的生长,减少肠球菌属的表达(均 P<0.05)。 结论:宣白承气汤可显著改善脓毒症小鼠肺部和肠道炎症损伤,调节肠道上皮屏障和肠道菌群,改善肠道功能。
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编辑人员丨6天前
