目的 探讨泛素结合酶E2L3(UBE2L3)对颅脑创伤(TBI)后小胶质细胞相关神经炎症的作用及其潜在机制.方法 采用SD大鼠构建TBI及假手术(Sham)组大鼠模型,通过多肽组学筛选Sham组和TBI组建模3 d时创伤病灶周围皮质脑组织差异表达的肽段,并选取下调显著的UBE2L3蛋白作为研究对象;分别通过蛋白免疫印迹法(WB)和实时荧光定量PCR(qPCR)实验验证TBI大鼠脑组织和不同BV2细胞模型中UBE2L3的表达情况.将UBE2L3质粒转染至BV2细胞中并将细胞分为阴性对照组(NC)、UBE2L3过表达组(OE-UBE2L3),采用qPCR和WB实验鉴定UBE2L3基因的过表达情况.构建脂多糖(LPS)诱导的M1型小胶质细胞神经炎症模型,将细胞分为NC组、OE-UBE2L3组、LPS组和LPS-UBE2L3组,分别通过免疫荧光染色和qPCR实验检测UBE2L3过表达对小胶质细胞极化、炎症因子表达的影响;随后通过WB实验分析UBE2L3过表达对NF-κB通路中COX2蛋白和NF-κB p65蛋白磷酸化水平的影响.结果 多肽组学质谱分析结果显示,TBI大鼠病灶周围脑皮质组织中UBE2L3蛋白的表达水平较Sham组降低,差异有统计学意义(P=0.046).WB验证实验显示,在BV2细胞神经炎症模型中,UBE2L3的表达水平在12 h时较0 h时下调,差异有统计学意义(P＜0.01);在TBI大鼠脑组织中,UBE2L3的表达水平在TBI后1 d时较Sham组下调(0.804±0.056对比1.394±0.263),在7 d时(0.558±0.024)表达趋于平缓,差异均有统计学意义(均P＜0.01).WB鉴定实验显示成功构建UBE2L3过表达细胞模型,OE-UBE2L3组UBE2L3表达水平较NC组升高(0.908±0.052对比0.362±0.080),差异有统计学意义(P＜0.01).qPCR实验显示,LPS组白细胞介素1 β(IL-1 β)、白细胞介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)表达水平较NC组均升高,而LPS-UBE2L3组IL-1β、IL-6、TNF-α表达水平较LPS组均下调,差异均有统计学意义(均P＜0.01).免疫荧光实验显示,LPS组小胶质细胞M1型标准物诱导性一氧化氮合酶(iNOS)的表达水平较NC组升高,差异有统计学意义(P＜0.001).通路蛋白WB检测结果显示,LPS-UBE2L3组环氧合酶2(COX2)蛋白的表达水平较LPS组降低(0.460±0.280对比1.273±0.090),差异有统计学意义(P＜0.05);LPS组磷酸化的核因子-κB(NF-κB)p65表达水平较NC组上调(1.738±0.138 对比 0.614±0.192),而 LPS-UBE2L3 组磷酸化的 NF-κB p65 表达水平(0.924±0.207)较LPS组下调,差异均有统计学意义(均P＜0.05).结论 UBE2L3可通过调控NF-κB/COX2通路抑制TBI后小胶质细胞向M1表型极化而发挥抑制神经炎症功能,可作为TBI后抑制神经炎症的潜在治疗靶点.

目的:探讨T2DM、Obesity、NASH、PCOS共同致病基因和潜在分子机制。方法:从GEO数据库下载了GSE20966、GSE17470、GSE88837、GSE34526基因表达谱（DEGs），使用limma包分别进行差异分析，再对4组差异基因取交集，确定并进行功能富集分析，构建蛋白-蛋白相互作用网络（PPI）。采用CIBERSORT算法对不同患者RNA-seq数据进行分析，用来推断22种免疫浸润细胞的相对比例。采用GSVA算法对每个基因集合进行综合打分，评估不同样本潜在的生物学功能变化。结果:5个交集基因被确定，分别为PTPN3、GBP2、ARL1、NEDD4L、PTPN11。其中PTPN11、NEDD4L、GBP2与胰岛素相关通路相关。进一步通过GSVA验证3个核心基因涉及的具体信号通路，为高表达GBP2与P53 PATHWAY、KRAS SIGNALING、APOPTOSIS等信号通路相关；高表达NEDD4L与G2M CHECKPOINT、TGF BETA SIGNALING、ADIPOGENESIS等信号通路相关；高表达PTPN11与PROTEIN SECRETION、ADIPOGENESIS、FATTY ACID METABOLISM等信号通路相关。结论:新发现2型糖尿病、肥胖、非酒精性脂肪肝/非酒精性脂肪性肝炎、多囊卵巢综合征的共病基因及其代谢相关信号通路，为其治疗及诊断提供了新靶点及生物标志物。

目的 分析原发性胶质母细胞瘤(GBM)患者肿瘤组织中细菌相关特征基因,并研究肿瘤内细菌相关特征基因在GBM中的功能及作用机制.方法 采用基于癌症基因组图谱(TCGA)数据分析得到的原发性GBM瘤内细菌相关特征基因的公开数据,共152例.根据GBM患者总生存时间的中位数,将其分为低生存组(78例)和高生存组(74例).使用秩和检验评估组间α多样性的差异;采用非度量多维尺度(NMDS)分析和主坐标分析(PCoA)评估组间β多样性的差异;采用线性判别分析(LDA)比较两组GBM样本中丰富度存在显著差异的细菌种类.分别根据各差异细菌相关特征基因的相对丰富度将152例患者分为高丰富度组和低丰富度组,采用Kaplan-Meier法分析高丰富度组与低丰富度组患者生存率的差异.对与良好预后相关的高丰富度细菌相关特征基因GBM样本中显著上调的基因进行基因本体论(GO)生物过程功能注释和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;通过TCGA转录组测序数据集分析肿瘤免疫微环境景观,应用曼特尔检验分析免疫细胞浸润含量与预后相关细菌特征基因的相关性.所有数据分析均采用R软件,以P＜0.05为差异有统计学意义.结果 152例GBM组织中共鉴定出252种细菌相关特征基因,其中234种特征基因在低生存组与高生存组均存在,8种仅存在于低生存组,10种仅存在于高生存组.NMDS和PCoA结果显示,两组的β多样性的差异有统计学意义(P＜0.05).LDA显示,高生存组与低生存组的肿瘤组织中细菌相关特征基因的丰富度存在差异(P＜0.05),其中脆弱拟杆菌相关特征基因在高生存组的丰富度较高(P＜0.05),并与患者的总生存期呈正相关(x2=4.13,P＜0.05).功能富集分析显示,肿瘤内脆弱拟杆菌相关特征基因丰富度较高的患者肿瘤组织中高表达与免疫途径相关的基因(P＜0.05).曼特尔检验分析结果显示,原发性GBM肿瘤组织中脆弱拟杆菌相关特征基因的丰富度与M1巨噬细胞浸润呈正相关(P＜0.05).结论 脆弱拟杆菌相关特征基因在高生存原发性GBM患者肿瘤组织中的丰富度较高,并影响肿瘤的免疫微环境.

目的 分析组织蛋白酶L(CTSL)基因表达与头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)预后及免疫浸润的关系.方法 基于癌症和肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库和基因表达综合数据库(GEO)中的GSE41613、GSE65858、GSE27020 和GSE30784 数据集,分析CTSL基因在HNSCC组织和正常组织中的表达差异.根据最佳截断值将HNSCC患者分为CTSL基因高表达和低表达组.采用单因素和多因素Cox回归分析,确定CTSL基因表达对HNSCC的预后预测价值.利用免疫亚型、ESTIMATE法、CIBERSORT法和基因集变异分析(GSVA)法分析CTSL基因高表达和低表达组HNSCC的免疫浸润差异.利用TCGA数据库和GSE65858 数据集分析不同人乳头状瘤病毒(HPV)感染状态下CTSL基因对HNSCC预后和免疫浸润的影响.利用TCGA数据库进行泛癌分析.结果 在TCGA数据库和GSE30784数据集中,CTSL基因在HNSCC组织中的相对表达量分别为 6.90±1.07 和 9.54±0.87,均高于正常组织(分别为 5.46±1.20 和 7.96±0.59,均 P＜0.05).在 TCGA 数据库和GSE65858 数据集中,CTSL基因在HPV阴性HNSCC组织中的相对表达量分别为7.16±0.94 和 8.66±0.54,均明显高于HPV阳性HNSCC组织(分别为 6.10±1.18 和8.41±0.51,均P＜0.05).在TCGA数据库和GSE41613、GSE65858、GSE27020 数据集中,单因素Cox回归分析显示,与CTSL基因低表达组比较,CTSL基因高表达组的 HR值分别为 1.64(95%CI:1.24～2.17,TCGA 数据库总生存时间)、1.62(95%CI:1.15～2.28,TCGA数据库无进展生存时间)、2.42(95%CI:1.31～4.46,GSE41613数据集总生存时间)、2.22(95%CI:1.29～3.81,GSE65858数据集总生存时间)和 2.66(95%CI:1.53～4.63,GSE27020 数据集无病生存时间);多因素Cox回归分析显示,与CTSL基因低表达组比较,CTSL基因高表达组的HR值分别为1.55(95%CI:1.17～2.06,TCGA数据库总生存时间)、1.56(95%CI:1.09～2.21,TCGA数据库无进展生存时间)、2.06(95%CI:1.10～3.88,GSE41613 数据集总生存时间)、2.33(95%CI:1.35～4.02,GSE65858 数据集总生存时间)和 2.64(95%CI:1.48～4.72,GSE27020 数据集无病生存时间).CTSL 基因高表达与HNSCC的不良预后有关(均P<0.05).单因素和多因素荟萃分析显示,CTSL基因高表达组的HR值分别为 1.93(95%CI:1.56～2.39)和 1.84(95%CI:1.48～2.29).在TCGA数据库中,免疫浸润分析结果显示,CTSL基因高表达组HNSCC的免疫浸润水平较高,具有更有利的免疫激活表型.在GSE65858 数据集中,不同CTSL基因和HPV感染状态与HNSCC的预后和免疫浸润相关,与HPV阴性且CTSL高表达组比较,HPV阳性且CTSL低表达组患者的预后相对较好(χ2=15.39,P=0.002).在TCGA数据库中,CTSL基因的表达与多形性胶质细胞瘤、肾透明细胞癌、低级别脑胶质瘤、肝细胞癌、肺腺癌、肺鳞癌和葡萄膜黑色素瘤的总生存时间有关(均P＜0.05);与多形性胶质细胞瘤、肾透明细胞癌、低级别脑胶质瘤、肺腺癌、肺鳞癌和前列腺癌的无进展生存时间有关,CTSL基因表达越高,患者预后越差(均P＜0.05).结论 CTSL基因的表达水平与HNSCC患者的预后和免疫浸润密切相关,并且与不同HPV感染状态具有相互作用.

目的 探讨富含亮氨酸重复序列/Ⅲ型纤维连接蛋白 4(leucine-rich repeat and fibronectin type Ⅲ domain-containing protein 4,LRFN4)在胃癌组织中的表达情况,并分析LRFN4 表达水平与胃癌患者临床病理参数和预后的关系.方法 收集 2017 年 1 月至 12 月于中山大学附属第一医院胃肠外科中心确诊并行手术治疗的胃癌患者组织标本 8 对(包含胃癌组织和癌旁正常组织),并选取 2004 年 1 月至 2005 年 12 月在同一中心行手术治疗的 117 例胃癌患者的术后组织标本制成胃癌组织芯片.分析LRFN4 在癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库胃癌数据集中的表达情况,应用蛋白质印迹法及实时荧光定量聚合酶链反应检测LRFN4 在 8 对新鲜胃癌组织及癌旁正常组织中的表达,应用免疫组织化学检测LRFN4 在胃癌组织芯片中的表达.分析不同LRFN4 表达水平的胃癌患者其临床病理参数的差异.应用Kaplan-Meier法分析不同LRFN4 表达水平的胃癌患者的预后情况.应用单因素和多因素Cox回归分析法分析胃癌患者预后的影响因素.结果 LRFN4在TCGA数据库胃癌数据集的胃癌组织以及新鲜胃癌组织中呈高表达状态.LRFN4 高表达的患者,表现出更大的肿瘤大小以及更为进展的T分期、N分期、M分期和TNM分期(均P<0.05),其预后也较差(P<0.001).单因素和多因素Cox回归分析提示LRFN4 在胃癌组织中的高表达是影响胃癌患者预后的独立危险因素(HR=3.898,95％CI 2.273～6.686,P<0.001).结论 胃癌组织中LRFN4 高表达与患者较差的预后相关,可能成为预测胃癌患者预后的生物标志物之一.

目的:探讨姜黄素抑制肝细胞癌（肝癌）索拉非尼耐药作用及其调控机制。方法:采用梯度浓度加药法成功获取人索拉非尼耐药肝癌细胞株Hep3B-SR，采用姜黄素20 μg/ml干预Hep3B-SR；长链非编码RNA（LncRNA）表达谱芯片筛选姜黄素干预Hep3B-SR的相关LncRNA；qRT-PCR检测靶标LncRNA和下游相关基因CD44、MYC、JUN、FOS mRNA变化情况；构建敲低和过表达靶标LncRNA细胞株，采用细胞克隆形成实验和细胞成球实验，检测肝癌干性变化情况；CCK-8检测索拉非尼IC50值的变化情况；Western blot检测肝癌细胞干性标志物CD44及Wnt2、β-catenin、c-Myc蛋白及通路变化情况。两组细胞mRNA和蛋白表达比较采用t检验，多组肝癌细胞增殖和IC50值比较采用单因素方差分析和LSD-t检验。结果:CCK8法检测显示，索拉非尼耐药株Hep3B-SR的平均IC50值为（8.4±1.1）μmol，明显高于Hep3B细胞的（4.0±1.1）μmol（LSD-t=16.27，P<0.001）和姜黄素（20 μg/ml）干预后Hep3B-SR+Curcumin细胞的（6.1±1.1）μmol（LSD-t=3.97，P<0.001）。LncRNA表达谱芯片及qRT-PCR检测显示姜黄素可有效上调耐药肝癌细胞中LncCCDC152的表达，通过过表达LncCCDC152后可显著下调Hep3B肝癌细胞的成球和克隆形成能力；LncCCDC152可结合转录延伸因子1（TCERG1），进而影响肝癌细胞中Wnt/β-catenin通路基因的转录活性和蛋白表达。结论:姜黄素可抑制肝癌索拉非尼耐药，可能通过上调肝癌细胞中LncCCDC152结合TCERG1蛋白靶向抑制Wnt/β-catenin通路，从而减少肝癌干性活性并抑制索拉非尼耐药。

目的:通过整合单细胞RNA测序(sing-cell RNA sequencing, scRNA-seq)和癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)数据，探索肺鳞状细胞癌(lung squamous cell carcinoma, LUSC)中差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)和预后相关基因，并构建基于这些基因的预后模型。为了更好地了解LUSC中的免疫微环境(tumor microenvironment, TME)，进一步分析了免疫细胞的浸润特征，揭示其与LUSC患者预后的潜在关联。方法:从基因表达综合数据库GEO(GSE118245)中获取LUSC单细胞RNA测序数据，并通过质量控制和数据标准化，鉴定出不同的细胞群体。使用Seurat软件包进行主成分分析(principal component analysis, PCA)和统一流形近似投影(uniform manifold approximation and projection, UMAP)进行降维聚类。基于TCGA数据库中的LUSC患者样本，使用TCGAbiolinks包获取批量RNA测序数据，并对肿瘤样本和正常样本之间的DEGs进行筛选，采用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis, WGCNA)构建基因共表达网络。使用Cox回归和最小绝对收缩和选择算子(least absolute shrinkage and selection operator, LASSO)回归构建基于DEGs的预后模型，Kaplan-Meier生存曲线评估患者总生存期(overall survival, OS)。使用CIBERSORT算法评估不同风险组中的免疫细胞浸润比例，比较22种免疫细胞在高风险和低风险组中的差异。结果:从LUSC单细胞数据中质控得到出5 360个细胞，注释为13个不同的细胞群，并通过SingleR注释为8种细胞类型。与对照组相比，LUSC组中的中性粒细胞、CD4＋ T细胞和骨骼肌细胞比例显著上升。差异表达基因分析共筛选出3 396个DEGs，其中1 851个基因上调，1 545个基因下调。GO和KEGG富集分析表明，DEGs主要参与细胞周期、感染和补体级联反应等重要生物过程。在TCGA-LUSC数据中，使用WGCNA识别出与LUSC发展显著相关的蓝色模块，在此基础上筛选出61个交集基因进行进一步分析。单因素Cox回归和LASSO回归分析共识别出4个独立的预后相关基因(ITIH3、MME、PLAAT1和ATP13A5)，构建了风险评分模型。Kaplan-Meier生存曲线显示高风险组患者的总生存期显著低于低风险组。免疫浸润分析结果表明，高风险组患者肿瘤中的CD8＋ T细胞、活化的记忆CD4＋ T细胞和滤泡辅助性T细胞比例显著高于低风险组，进一步支持了免疫微环境对LUSC进展的关键作用。结论:通过整合单细胞和TCGA数据，成功鉴定了LUSC中的关键差异表达基因，构建了有效的预后模型。模型在多个验证队列中表现出预后预测，揭示的免疫细胞浸润特征为LUSC的免疫微环境提供了新的见解。免疫细胞在LUSC的发生和进展中发挥重要作用。

目的 检测过敏性鼻炎患儿变应原皮下特异性免疫治疗(SCIT)前后炎症因子表达水平,并分析这些炎症因子在评估SCIT疗效中的应用价值.方法 纳入2021年2月-2023年7月于浙江省人民医院淳安分院儿科接受标准SCIT的80例过敏性鼻炎(AR)患儿,根据疗效情况将其分为应答组(48例)和无应答组(32例).对比2组患儿基线炎症因子水平,选取P＜0.05的变量构建单因素logistic回归模型,并绘制ROC曲线分析其预测SCIT应用于AR患儿的疗效.结果 治疗后,80例患儿C反应蛋白(CRP)、白细胞介素(IL)-1β、IL-6及IL-13水平降低,肿瘤坏死因子-β(TNF-β)、IL-10及IL-33水平升高(P＜0.05).应答组患儿基线IL-10及IL-33水平低于无应答组(P＜0.05).单因素logistic回归分析显示,IL-10(OR=0.344)、IL-33(OR=0.963)是SCIT疗效的影响因素(P＜0.05).ROC曲线结果显示,IL-10(AUC=0.836)、IL-33(AUC=0.833)预测SCIT疗效的价值较高.结论 AR患儿经SCIT治疗后,TNF-β、IL-10、IL-33水平上升,CRP、IL-1β、IL-6及IL-13水平下降;基线IL-10及IL-33水平对SCIT疗效有较好的预测价值.

目的 分析成纤维细胞活化蛋白(fibroblast activation protein,FAP)基因在结肠癌中的表达情况,并探究其表达与结肠癌患者预后的相关性及潜在机制,为结肠癌的发病机制、诊断、治疗及预后提供新思路.方法 下载基因表达综合数据库和癌症基因组图谱数据库中结肠癌组织样本和癌旁正常组织样本的表达数据,分析FAP基因在结肠癌组织样本和癌旁正常组织样本中的表达情况.对Kaplan-Meier plotter数据库中结肠癌患者的生存资料进行生存分析,探究FAP基因表达与患者总生存率的相关性.使用GEPIA2 数据库分析FAP基因在结肠癌患者中的表达及其对预后的作用.下载基因表达综合数据库和癌症基因组图谱数据库中结肠癌的临床相关数据,分析FAP基因在不同临床分期中的表达情况.通过基因集富集分析探索FAP基因与结肠癌发生、发展相关的分子作用通路.免疫相关性分析(CIBERSORT)用于探索FAP基因与免疫细胞浸润、免疫检查点表达的相关性.结果 FAP基因在结肠癌组织中的表达较癌旁正常组织上调(P＜0.05).结肠癌患者中FAP基因的表达水平在不同分期之间存在差异(P＜0.05).生存分析结果显示,高表达FAP基因患者的总生存率低于低表达FAP基因患者(P＜0.05).FAP基因通过多种通路影响结肠癌的发生发展.在结肠癌中,FAP基因与CD4+记忆T细胞、浆细胞的浸润水平呈负相关,与常见免疫检查点表达呈正相关.结论 FAP基因在结肠癌中高表达,与患者不良预后显著相关.此外,FAP基因可通过多种细胞功能、化学通路以及免疫浸润等方式促进肿瘤的进展,是治疗结肠癌的潜在靶点.

目的:基于转录组测序技术探讨电针干预对膝骨关节炎软骨表达谱的影响.方法:12只新西兰兔按体质量随机分为空白组(4只)及KOA造模组(8只),KOA造模组应用改良Videman法制动6周复制KOA兔模型,拆除固定装置后根据Lequesne评分再随机分为模型组和电针组(每组4只),干预4周.干预后进行行为学评价,对兔膝关节软骨进行转录组学测序并进行GO和KEGG富集等生物信息学分析.结果:干预后,与模型组比较,电针组Lequesne评分显著降低(P＜0.01);与空白组比较,模型组共筛选出1 055条差异基因,GO分析生物过程主要涉及炎症反应、免疫反应、血管生成和细胞外基质组织等功能,KEGG分析主要富集细胞因子受体相互作用、吞噬体、EB病毒感染和细胞粘附等通路;与模型组比较,电针组初步筛选出396条差异表达基因,进一步GO分析(生物过程)主要涉及炎症反应、免疫反应以及细胞外基质组织等功能,KEGG分析主要富集细胞因子受体相互作用、吞噬体、补体和凝血级联反应等通路;通过交集分析得到电针干预KOA的主要分子机制为白细胞激活、对细菌反应和炎症反应等白细胞-炎症反应,防御反应、免疫反应和对外部刺激反应等免疫功能.结论:在关节软骨层面,电针干预KOA主要通过影响白细胞-炎症反应、免疫功能等表达谱变化而发挥治疗作用.