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miR-1249-5p对前列腺癌PC-3细胞增殖、转移和细胞周期的影响
编辑人员丨1周前
目的:探讨miR-1249-5p对前列腺癌PC-3细胞增殖、转移和细胞周期的影响。方法:采用OncoMir肿瘤数据库(OMCD)分析miR-1249-5p表达水平与前列腺癌患者总生存期的关系。将人前列腺癌细胞株PC-3分为两组:miR-1249-5p组和阴性对照组。以Lipofectamine 2000为介导,将miR-1249-5p拟似物脂质体复合物或阴性miRNA脂质体复合物转染入对数生长期的PC-3细胞。采用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测两组PC-3细胞miR-1249-5p的表达水平,采用集落形成实验检测两组PC-3细胞增殖能力的变化,采用Transwell实验检测两组PC-3细胞侵袭变化,采用流式细胞仪检测两组PC-3细胞周期变化。通过miRNA预测软件miRGator预测miR-1249-5p的靶基因。RT-qPCR和Western blotting法分别检测miR-1249-5p的靶基因表达。计量资料以均数±标准差( ± s)表示,两组间比较采用 t检验。 结果:与miR-1249-5p低表达的前列腺癌患者相比,miR-1249-5p表达水平较高的前列腺癌患者总生存期较长,差异具有统计学意义( P<0.01)。miR-1249-5p组miR-1249-5p表达水平(10.74±1.19)明显高于阴性对照组(1.56±0.27),差异具有统计学意义( P<0.01)。miR-1249-5p组集落形成数[(35.86±6.94)个/孔]明显少于阴性对照组[(88.94±11.66)个/孔],差异具有统计学意义( P<0.01)。miR-1249-5p组穿膜细胞数[(25.01±6.83)个/高倍视野]明显少于阴性对照组[(82.76±8.35)个/高倍视野],差异具有统计学意义( P<0.01)。miR-1249-5p组处于G 0~G 1期的细胞比例[(50.79±6.61)%]明显高于阴性对照组[(27.09±2.30)%],差异具有统计学意义( P<0.01),PC-3细胞被抑制在G 0~G 1期。神经前体细胞表达发育调控蛋白9( NEDD9)可能是miR-1249-5p的靶基因。与阴性对照组比较,miR-1249-5p组 NEDD9基因表达水平显著低于阴性对照组,差异具有统计学意义( P<0.01)。 结论:miR-1249-5p可以抑制前列腺癌PC-3细胞增殖、转移和细胞周期,其可能通过负调控原癌基因 NEDD9表达实现。
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编辑人员丨1周前
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CDC45在甲状腺癌中的表达模式及临床应用价值
编辑人员丨1周前
目的:利用生物信息学探索细胞分化周期蛋白45(cell differentiation cycle protein 45,CDC45)在甲状腺癌中的表达模式,并分析其潜在功能及涉及的信号通路,探索CDC45在甲状腺癌中的临床应用价值。方法:利用癌症基因组图谱计划(the cancer genome atlas,TCGA)数据库下载甲状腺癌的基因表达和临床生存数据;通过Timer,人类蛋白质图谱(the human protein atlas,HPA)和SPSS分析CDC45在甲状腺癌中的基因及蛋白表达模式;利用Kaplan-Meier曲线分析CDC45表达与预后之间的相关性;使用Cox回归对甲状腺癌预后影响因素进行分析,并利用R软件对结果进行可视化;使用String预测CDC45的蛋白互作网络,并利用基因本体数据库(gene ontology,GO),东京基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)和GSEA软件进行功能和通路富集分析;分别通过R软件和Timer分析CDC45与免疫浸润以及各个免疫细胞之间的相关性。结果:与癌旁组织相比,甲状腺癌组织中CDC45基因水平显著上调,差异具有统计学意义[(-4.10±1.95)比(-2.04±1.24), t=11.28, P<0.001]。免疫组化染色结果显示,与癌旁组织相比,甲状腺癌中CDC45蛋白表达明显上升。TCGA数据库分析结果显示,CDC45的表达量与甲状腺癌患者年龄、性别以及M分期无关( P>0.05);但N1分期甲状腺癌患者CDC45表达量显著高于N0分期患者,差异具有统计学意义[(-2.19±1.31)比(-1.82±1.09), t=-3.40, P<0.05];甲状腺癌Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ期患者CDC45表达水平显著高于Ⅱ期患者,差异具有统计学意义[(-1.99±1.20)或(-1.94±1.20)或(-1.82±1.22)比(-2.56±1.28), t=3.09、3.02、3.05, P值均<0.001]。CDC45对甲状腺癌患者总体生存期(overall survival,OS)和疾病特异性生存期(disease free survival,DSS)无显著影响( P>0.05),但高表达的CDC45显著减少了甲状腺癌患者无疾病间隔期(disease free interval,DFI)和无进展间隔期(progression free interval,PFI),差异具有统计学意义( P=6.2e -9、2.5e -5)。多因素Cox回归分析发现,CDC45、M分期和T分期都可以作为甲状腺癌患者DFI时间的独立影响因子;而CDC45、年龄和M分期可以作为PFI时间的独立影响因子。通过蛋白互作网络挑选相关性最高的40个基因进行富集分析,GO富集分析结果表明CDC45相关蛋白主要在核浆和染色体中参与DNA的复制、代谢与结合;KEGG富集分析结果表明CDC45相关蛋白主要参与DNA复制、细胞周期、核苷酸切除修复等;GSEA富集分析发现CDC45还富集在免疫相关的通路上。免疫浸润结果表明,CDC45与B细胞,CDC8 +T细胞,CD4 +T细胞,巨噬细胞,中性粒细胞以及髓样树突细胞之间呈显著正相关,差异有统计学意义( r=0.35、0.25、0.14、0.16、0.27、0.39, P值均<0.05)。 结论:CDC45在甲状腺癌中显著高表达,可以独立预测甲状腺癌患者的DFI和PFI时间。
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编辑人员丨1周前
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食管癌术后复发患者放化疗疗效及预后分析
编辑人员丨1周前
目的:分析食管癌术后复发患者接受放(化)疗再治疗的疗效与预后。方法:对2009年1月至2014年12月在河北医科大学第四医院放疗科接受治疗,且符合入组条件的501例食管癌术后复发患者进行分析,其中放疗同步接受化疗的患者274例,分析患者治疗后的生存情况、术后复发模式、再治疗的预后情况和影响再治疗的预后影响因素等,应用SPSS 19.0统计软件进行统计分析。结果:全组501例食管癌患者术后复发时间为0.3~87.4个月,中位11.6个月,术后复发放(化)疗后中位生存时间为12.1个月。其中,344例患者仅局部区域复发,157例患者合并远处转移。多因素分析结果显示:患者性别、pN分期、淋巴结阳性对数比(LODDS)大小、化疗周期数、复发时间和合并远处转移为影响患者的独立性预后因素( P<0.05)。患者术后复发时间、化疗周期数、处方剂量为影响患者术后仅局部区域复发的344例预后的影响因素( χ2=22.605、13.957、10.446, P<0.05)。本组患者中有157例患者合并远处转移,与仅出现局部区域复发的患者相比,放疗后1、3、5年生存率为43.3%、9.1%、5.5% vs.53.6、22.6%、16.4%,差异有统计学意义( χ2=10.786, P<0.05)。 结论:放(化)疗再次治疗食管癌术后复发患者安全有效,但男性、pN分期较晚、LODDS较大、化疗周期数≤2个、复发时间≤24个月和合并远处转移的患者预后较差。
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编辑人员丨1周前
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恶性胸膜间皮瘤中差异表达基因的预后意义及免疫细胞浸润分析
编辑人员丨1周前
目的:基于生物信息学方法挖掘分析恶性胸膜间皮瘤(MPM)的差异表达基因,研究其在MPM中的预后价值及其在免疫治疗中的潜在作用。方法:于2022年1月,从GEO数据库下载数据集GSE51024,获得MPM(55例)和正常组织(41例)样本。利用R软件结合HMDD和miRNet数据库筛选MPM相关差异基因并确定共表达基因。对共表达基因进行富集和功能注释,使用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并确定关键基因。利用TRRUST、GEPIA数据库预测关键基因的转录因子及预后生存分析。使用TIMER分析关键基因和免疫细胞浸润程度的相关性。结果:共获得435个共表达基因,主要富集于细胞外基质组织、细胞黏附分子信号通路。结合PPI和TRRUST数据库,确定7个MPM预后相关的关键基因,其中细胞周期蛋白20(CDC20)、细胞周期检测点激酶1(CHEK1)、Zeste基因增强子同源物2(EZH2)、核糖核苷酸还原酶亚基M2(RRM2)、拓扑异构酶2A(TOP2A)、泛素样含植物同源结构域和环指域1(UHRF1)在MPM中的表达上调,周期调节蛋白A1(CCNA1)表达下调;CCNA1、CDC20、CHEK1、EZH2、RRM2、TOP2A、UHRF1基因表达与MPM总体生存率有明显关联( P<0.05)。CDC20、CHEK1、EZH2、RRM2、TOP2A基因表达与B细胞、树突状细胞均呈正相关( P<0.05),与中性粒细胞均呈负相关( P<0.05)。 结论:CCNA1、CDC20、CHEK1、EZH2、RRM2、TOP2A、UHRF1可能是MPM患者潜在的预后标志物,其表达可能与MPM肿瘤免疫相关。
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编辑人员丨1周前
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PD-1单抗联合化疗新辅助治疗局部晚期可切除口腔鳞癌的Ⅱ期临床研究
编辑人员丨1周前
目的:探索程序性死亡受体1(programmed death 1,PD-1)单抗联合化疗方案新辅助治疗在局部晚期可切除口腔鳞状细胞癌(简称鳞癌)的疗效。方法:本研究为前瞻性随机对照Ⅱ期研究,将天津医科大学肿瘤医院2021年7月至2023年2月招募入组的病例,按1∶1随机分为试验组(特瑞普利单抗联合白蛋白紫杉醇和顺铂)和对照组(白蛋白紫杉醇和顺铂),2组患者均进行3周期新辅助治疗,新辅助治疗结束后对患者进行评估并行后续手术治疗。根据治疗完成情况按全分析集和符合方案集进行分析,采用SPSS 20.0统计分析软件编程计算。结果:入组口腔癌41例,男性26例,女性15例,年龄34~74岁。试验组23例,对照组18例,共23例依照方案完成新辅助治疗及手术。试验组与对照组相比,完全缓解率(1/19比0/17)、部分缓解率(13/19比8/17)、降期率(4/19比3/17)、完全病理缓解率(8/14比2/9)数值均增高,差异无统计学意义( P值均>0.05),达到主要病理缓解者明显增高(13/14比2/9, P=0.001)。治疗相关3~4级不良反应发生率差异无统计学意义(4/23比3/18,χ 2=0.13, P=0.72),试验组最常见严重不良反应为粒细胞缺乏与电解质紊乱,未出现影响后续手术治疗及导致死亡的不良反应。中位随访时间15个月。试验组1年无病生存率提高(92.86%比77.78%),但差异无统计学意义(χ 2=0.62, P=0.42);疾病进展或死亡风险相对下降87%( P=0.029)。对于程序性死亡受体配体1(programmed death-ligand 1,PD-L1)蛋白表达联合阳性评分≥20患者,试验组与对照组相比,达主要病理缓解者更多(5/5比0/4, P=0.03)。 结论:免疫联合化疗方案的新辅助治疗,可提高口腔鳞癌病理缓解率,有望提高口腔鳞癌的长期生存获益,改善患者预后。
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编辑人员丨1周前
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苦参碱通过上调膀胱癌细胞株LINC00472抑制细胞生长和转移
编辑人员丨1周前
目的:探究苦参碱(MAT)对T24和5637细胞的作用及其机制。方法:采用细胞计数试剂盒(CCK-8)、流式细胞仪、迁移和侵袭手段检测细胞活力、凋亡、迁移和侵袭潜能;此外,通过转染试验改变LINC00472的表达,并通过实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)进行测试。蛋白质印迹法(Western blot)检测细胞周期蛋白D1、p53、B细胞淋巴瘤/白血病-2(bcl-2)、bcl-2相关X蛋白(bax)、pro-Caspase-3、Cleaved-Caspase-3、β-肌动蛋白和细胞通路相关蛋白的水平。应用SPSS 18.0统计软件分析。采用 t检验或单向方差分析(ANOVA)。 结果:苦参碱不影响人输尿管上皮永生化细胞(SV-HUC-1)的生长,在T24细胞和5637细胞中,使用MAT后细胞活力分别降为72%和55%,显著低于对照组,表明MAT促进肿瘤细胞凋亡,抑制膀胱癌细胞的生存、侵袭和迁移。此外,LINC00472在膀胱癌组织中显著低表达。苦参碱正向调节LINC00472,用si-00472转染可以部分逆转苦参碱的功效,细胞周期蛋白D1和bcl-2的水平显著高于对照组( P<0.01),而p53、bax和Cleaved-Caspase-3显著低于对照组( P<0.01)。苦参碱提高了第10号染色体上缺失与张力蛋白同源的磷酸酯酶基因(PTEN),但抑制了磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)蛋白活性( P<0.01)。 结论:苦参碱通过抑制PTEN/PI3K/Akt通路上调LINC00472,抑制肿瘤细胞生长和转移。
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编辑人员丨1周前
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HOXC8在食管癌中的表达及富集分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨HOXC8在食管癌中的表达情况及其可能参与的信号通路。方法:从癌症和肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中下载并预处理食管癌数据集的mRNA表达RNA-Seq数据及临床预后相关数据,进行差异表达基因分析,并绘制火山图和热图,对筛选出的差异表达基因进行可视化。以HOXC8表达量的中位数为界将食管癌患者分为高表达组和低表达组,使用Kaplan-Meier法进行生存分析。然后使用GSEA 4.0.1软件进行基因集富集分析,同时进行多GSEA富集分析的图形绘制。结果:对161例食管癌组织和11例癌旁组织的mRNA表达数据进行差异表达分析后,共筛选出3 454个差异表达基因,其中有2 317个上调的基因和1 137个下调的基因,聚类分析结果显示,差异表达可以把食管癌与癌旁组织有效区分开,说明上述差异表达结果具有很好的准确性。差异分析和配对差异分析结果显示,HOXC8在食管癌中显著高表达,与癌旁组织的差异具有统计学意义( t=5.333, P<0.001; t=3.101, P=0.007)。删除生存时间<30 d的样本后,共有107例样本,HOXC8高表达患者( n=54)的预后更差,中位生存时间为553 d(95% CI为396~710),HOXC8低表达患者( n=53)的中位生存时间为784 d(95% CI为62~1 506),差异有统计学意义( χ2=4.153, P=0.042),提示HOXC8为癌基因。GSEA分析结果显示,HOXC8高表达样本富集了细胞周期、剪接体等相关基因集,而HOXC8低表达样本则富集了磷脂酰肌醇信号通路等相关基因集。 结论:HOXC8在食管癌中显著高表达,且HOXC8高表达的患者预后更差,其可能通过参与细胞周期、剪接体、磷脂酰肌醇信号通路等调节食管癌的发生发展。
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编辑人员丨1周前
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肺腺癌关键基因及潜在药物的生物信息学分析
编辑人员丨1周前
目的:基于生物信息学筛选肺腺癌预后基因,探讨预后基因与免疫治疗反应性的关系,同时筛选其潜在药物。方法:在基因表达谱(GEO)数据库用GEO2R对GSE30219、GSE31210、GSE32863、GSE33532、GSE40791和GSE75037数据集进行差异表达分析,取 P<0.05且Log2(fold change)≥1的基因,用在线网站取交集得共同上调基因。在GSE31210、GSE42127、GSE68465、GSE72094数据集和癌症基因图谱计划(TCGA)数据库中获取生存资料,用R软件对上调基因行单因素COX回归分析,得到7个预后关键基因。通过基因表达谱交互分析(GEPIA2)网站验证基因表达与预后的关系。使用人类蛋白图集(HPA)在线工具验证关键基因的蛋白表达水平。京东基因组百科全书(KEGG)和基因本体论(GO)进行基因功能富集分析。使用仙桃学术分析关键基因与免疫治疗反应的相关性。最后通过CellMiner数据库筛选关键基因的敏感性药物。两组间的比较通过Student’s t检验评估。 结果:共获得142个共同上调基因,经单因素COX回归分析和GEPIA2网站验证得到7个预后关键基因,即细胞周期蛋白B2(CCNB2)、细胞分裂周期蛋白20(CDC20)、瓣状核酸内切酶1(FEN1)、鸟嘌呤核苷酸交换因子(GEF)上皮细胞转化序列2(ECT2)、微小染色体维持蛋白4(MCM4)、母胚亮氨酸拉链激酶(MELK)和溶质载体家族2成员1(SLC2A1)。通过GO和KEGG功能富集分析,关键基因生物学功能主要富集在作用于DNA的催化活性方面,以及在细胞周期、人类T细胞白血病病毒1感染等信号通路上。此外,免疫相关性分析显示7个关键基因与肿瘤突变负荷(TMB)、表面抗原分化簇274(CD274)表达以及肿瘤免疫功能障碍和排斥评分(TIDE)明显相关。最后,7个关键基因得到37个对应的敏感性药物。结论:CCNB2、CDC20、FEN1、ECT2、MCM4、MELK和SLC2A1可以作为肺腺癌预后不良标志物,且可能与免疫治疗低反应性相关,同时得到37个对应的敏感性药物。
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编辑人员丨1周前
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膀胱癌关键基因及通路的生物信息学分析
编辑人员丨1周前
目的:运用生物信息学技术对膀胱癌基因表达谱分析获取差异基因及其相关信号通路。方法:利用生物信息学技术及相关工具对GSE13507、GSE7476、GSE40355、癌症基因图谱计划(TCGA)数据库中膀胱癌基因表达序列数据集行差异表达分析并获取共同差异基因379个,使用STRING数据库、Cytoscape软件获取蛋白互作网络(PPI)及关键基因,clusterProfiler包对10个关键基因行基因本体论(GO)、生物信号通路(KEGG)富集分析,最后利用人类蛋白表达图集(HPA)在线工具对10个关键基因行生存分析。结果:差异分析获取上调基因77个、下调基因302个,共379个。MCODE提取得到2个主要的PPI网络,cytoHubba共筛选出10个关键基因[细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)、细胞周期蛋白B1(CCNB1)、泛素结合酶E2 C(UBE2C)、细胞分裂周期蛋白20(CDC20)、胸苷酸合成酶(TYMS)、极光激酶A(AURKA)、哺乳动物叉头框蛋白M1(FOXM1)、细胞周期蛋白B2(CCNB2)、PDZ结合激酶(PBK)、细胞分裂蛋白调节剂1(PRC1)],均为上调基因。通过GO、KEGG富集分析,关键基因主要富集在蛋白酶代谢、细胞周期与细胞分裂等功能中,以及细胞周期、细胞衰老、p53信号通路、FoxO信号通路等信号通路上。生存分析结果显示CCNB1、CDC20、PRC1在癌组织中高表达,与较差的预后相关( P<0.05),差异有统计学意义。 结论:通过生物信息学分析与挖掘有助于认识膀胱癌的发生发展,CCNB1、CDC20、PRC1有助于膀胱癌诊断及治疗。
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编辑人员丨1周前
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内分泌联合多西他赛化疗治疗高肿瘤负荷转移性激素敏感性前列腺癌的疗效观察
编辑人员丨1周前
目的:探讨内分泌联合多西他赛(DOC)化疗治疗高肿瘤负荷转移性激素敏感性前列腺癌(HVD-mHSPC)患者的疗效。方法:分析郑州大学附属肿瘤医院泌尿外科2015年6月至2018年12月收治的97例HVD-mHSPC患者的临床资料,65例患者接受单纯内分泌治疗(ADT,ADT组),32例患者接受ADT联合DOC 3周方案化疗(ADT+DOC组)。比较两组患者前列腺特异性抗原无进展生存(PSA-PFS)、影像无进展生存(rPFS)、总体生存时间(OS)和12个月PSA完全反应率。应用SPSS 20.0统计软件分析,采用 χ2检验和Log-rank检验。 结果:97例患者均获密切随访,中位随访时间39个月。ADT+DOC组化疗周期为2~10个周期。ADT组中位OS为40个月,ADT+DOC组中位OS未达到,但生存时间明显长于ADT组,差异有统计学意义( χ2=7.218, P<0.01)。ADT组中位PSA-PFS及rPFS分别为10个月和20个月,ADT+DOC组中位PSA-PFS及rPFS分别为21个月和39个月,均显著长于ADT组,差异有统计学意义( χ2=20.215、15.785, P<0.01)。ADT+DOC组12个月PSA完全反应率为68.75%,显著高于ADT组(32.31%),差异有统计学意义( χ2=11.539, P<0.01)。 结论:ADT联合DOC治疗可显著提高HVD-mHSPC患者PSA完全缓解率,延长中位OS、PSA-PFS和rPFS。
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编辑人员丨1周前
