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肝癌免疫浸润联合RNA结合蛋白和转录因子预后指标的构建分析
编辑人员丨5天前
目的:全面分析肝癌的RNA结合蛋白和转录因子基因表达及免疫浸润对肝癌预后的预测价值。方法:在癌症基因组图谱(TCGA)( n=365)、基因表达综合数据库GSE54236( n=78)和GSE14520( n=221)中筛选RNA结合蛋白和转录因子的共同基因集,单因素Cox回归分析进行初筛,通过LASSO-Cox构建生存回归模型,通过标准化得到整合RNA结合蛋白和转录因子的复合指数CIRT,根据其中位数将肝癌患者分为CIRT high组( n=182)和CIRT low组( n=182),并分析两组免疫浸润等差异。 结果:共筛选出37个预后相关的RNA结合蛋白和转录因子基因,通过LASSO-Cox构建基于其中7个最相关基因的预后预测模型。CIRT high组患者的M1型巨噬细胞( P=0.032)、M2型巨噬细胞( P=0.009)、静息肥大细胞( P<0.001)、活化自然杀伤细胞( P=0.007)和静息记忆CD4 + T细胞水平较低( P<0.001),而CIRTlow组的静息树突状细胞( P=0.048)、M0型巨噬细胞( P<0.001)、中性粒细胞( P=0.049)、滤泡辅助性T细胞( P=0.004)和调节性T细胞( P=0.001)水平较低,差异具有统计学意义。基因富集分析显示,CIRT high组的TCGA和GSE14520在细胞周期、DNA修复过程中高度富集。在TCGA队列中,CIRT low组的患者比CIRThigh组的患者总生存更优。对TCGA队列中5年随访数据进行分析,CIRT对于肝癌患者长期生存预后具有良好的预测价值(受试者工作特征曲线下面积0.71)。 结论:在肝癌中建立了基于RNA结合蛋白和转录因子表达谱以及免疫细胞浸润的新的预后指标,CIRT可以作为一个独立的预后预测指标。
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编辑人员丨5天前
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固有淋巴细胞调控类风湿关节炎免疫稳态的研究进展
编辑人员丨5天前
固有淋巴细胞(ILCs)是一群新型的固有免疫细胞,在维持免疫稳态方面发挥关键的作用,也是先天免疫系统和适应性免疫系统之间的桥梁。目前ILCs分为5个亚群,即NK细胞、ILC1、ILC2、ILC3和淋巴组织诱导细胞(lymphoid tissue-inducer cell,LTi细胞),其不同亚群在RA等自身免疫病中炎症与肠道免疫稳态平衡中发挥了重要作用。新近发现ILCs亚群调控RA中Th17调节性T细胞、滤泡辅助性T细胞/滤泡调节性T细胞(Tfh/Tfr)免疫稳态和炎症。阻断ILC1s和ILC3s炎症功能,诱导抗炎的ILC2s是RA治疗的新方向。本文就ILCs生物学特性及在RA中免疫稳态调控作用的最新研究进展予以综述,旨在探索重建免疫稳态的新治疗策略。
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编辑人员丨5天前
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外周血滤泡调节性T细胞/滤泡辅助性T细胞及相关细胞因子在尘螨变应性哮喘患儿中的变化及意义
编辑人员丨5天前
目的:探讨尘螨变应性哮喘患儿外周血滤泡调节性T(T FR)细胞/滤泡辅助性T(T FH)细胞及相关细胞因子变化,并探讨其临床意义。 方法:回顾性研究。选取2021年1月至12月江南大学附属医院25例急性发作期尘螨变应性哮喘患儿(哮喘组)和同期16例性别和年龄相匹配的健康体检儿童(健康对照组)作为研究对象。采用流式细胞法检测2组外周血T FR细胞、T FH细胞比例;流式细胞微球芯片捕获法检测2组细胞因子[白细胞介素(IL)-10、IL-21]水平;荧光酶免疫技术检测2组尘螨特异性IgE(sIgE)水平;血细胞分析仪检测外周血嗜酸性粒细胞比例。采用 t检验进行组间分析,指标间相关性采用 Spearman秩相关分析。 结果:哮喘组T FR细胞/T FH细胞免疫失衡。与健康对照组比较,哮喘组T FR细胞比例较低[(0.11±0.03)%比(0.13±0.03)%],T FH细胞比例较高[(5.07±1.75)%比(3.80±1.60)%],T FR细胞/T FH细胞比值较低(0.02±0.01比0.05±0.03),差异均有统计学意义( t=2.29、2.30、3.71,均 P<0.05)。与健康对照组比较,哮喘组IL-21水平较高[(547.85±195.13) ng/L比(404.94±110.41) ng/L],IL-10水平较低[(10.18±3.49) ng/L比(14.79±5.65) ng/L],差异均有统计学意义( t=2.60、3.15,均 P<0.05)。哮喘组T FR细胞/T FH细胞比值与sIgE呈负相关( r=-0.444 2, P=0.026 1),与嗜酸性粒细胞百分比无相关性( r=-0.135 2, P=0.519 3)。 结论:尘螨变应性哮喘患儿存在T FR细胞/T FH细胞亚群失衡,失衡的T FR细胞、T FH细胞及其相关细胞因子IL-10、IL-21可能参与调控哮喘sIgE的生成。
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编辑人员丨5天前
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滤泡辅助性T淋巴细胞与儿童嗜酸性粒细胞性胃肠炎的相关性研究
编辑人员丨5天前
目的:探讨滤泡辅助性T淋巴(Tfh)细胞在儿童嗜酸性粒细胞性胃肠炎(EG)发病中的作用及临床意义。方法:选取2018年10月至2020年1月在南京医科大学附属儿童医院消化科住院的EG患儿17例作为EG组,以同期结肠息肉患儿15例为对照组。采用流式细胞术检测2组患儿外周血中Tfh细胞及其功能性分子可诱导性共刺激分子(ICOS)、程序性细胞死亡蛋白1(PD-1)的表达。结果:EG组与对照组患儿外周血Tfh细胞频率的中位数(四分位间距)分别为7.3(2.6)%、2.8(1.4)%,2组比较差异有统计学意义( P<0.05)。EG组与对照组患儿Tfh细胞上ICOS、PD-1的表达水平的中位数(四分位间距)分别为1.5(1.3)%、1.8(3.2)%及0.1(0.2)%、0.7(0.6)%,2组比较差异均有统计学意义(均 P<0.05)。EG组患儿外周血中Tfh细胞频率与ICOS、PD-1表达量及免疫球蛋白E(IgE)水平均呈正相关( r=0.746、0.893、0.587,均 P<0.05)。 结论:EG患儿外周血Tfh细胞增多,高表达ICOS、PD-1,处于增殖活化状态;EG患儿外周血Tfh细胞数量与IgE水平呈正相关性;Tfh细胞及其相关分子的异常表达在EG的发生机制中可能起促进作用。
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编辑人员丨5天前
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中国恒河猴外周血淋巴细胞免疫表型及功能研究
编辑人员丨5天前
目的:通过研究中国恒河猴外周血淋巴细胞免疫表型及其功能,为以恒河猴为模型的研究提供数据参考。方法:通过优选抗体克隆和荧光配色,确定了主要淋巴细胞亚群检测和T细胞功能检测Panel,并用此方法分析15只健康中国恒河猴外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cells,PBMCs)中T、B、NK等多种细胞亚群的比例,以及在非特异性刺激条件下T细胞分泌细胞因子的能力。结果:成功建立了两套多色流式Panel,Panel 1可同时检测细胞毒性T淋巴细胞(cytotoxic T-lymphocyte, CTL)、滤泡辅助性T细胞(follicular helper T cell, Tfh)、调节性T细胞(regulatory T cells, Treg)、B细胞和NK细胞等多种淋巴细胞亚群,Panel 2可检测多种T细胞亚群功能和免疫检查点分子的表达。中国恒河猴PBMCs中主要淋巴细胞亚群比例的平均值分别为T细胞(75.32±7.73)%、B细胞(13.22±7.50)%、NK细胞(0.88±0.48)%、Tfh细胞(0.73±0.27)%、Treg细胞(0.75±0.43)%、CD16 +NK细胞(47.87±22.35)%、CD56 +NK细胞(10.69±12.41)%。非特异性刺激后,分泌IL-2和TNF-α的CD4 +T细胞比例高于CD8 +T细胞,分泌CD107a和IFN-γ的CD8 +T细胞比例高于CD4 +T细胞,而这两种细胞分泌IL-17A的比例均较低。 结论:本研究建立了可在单细胞水平同时检测多个细胞表面分子和分泌因子的多色流式检测方案,能够准确、全面地分析恒河猴PBMCs中免疫细胞亚群、免疫功能以及免疫检查点分子的表达,为利用恒河猴模型进行传染病疫苗及药物研发提供新的实验方法和基础数据。
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编辑人员丨5天前
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基于生物信息学及机器学习算法筛选前列腺癌的关键表达基因及相关免疫细胞浸润分析
编辑人员丨5天前
目的:通过生物信息学及机器学算法筛选及分析前列腺癌的关键表达基因,探究诊断前列腺癌的生物标志物及与前列腺癌免疫细胞浸润的相关性。方法:使用生物信息学方法从基因表达谱(GEO)数据库中下载3个前列腺癌组织信使RNA(mRNA)芯片数据集:其中GSE46602和GSE69334作为训练集,GSE32571作为验证集。对数据集GSE46602及数据集GSE69223两个数据集进行合并分析后获得差异表达基因(DEGs),京都基因与基因组百科全书(KEGG)、基因本体论(GO)、疾病富集分析(DO)与基因富集分析(GSEA)用于功能富集分析。Lasso回归筛选特征基因11个,支持向量机(SVM)筛选特征基因2个,取交集为两个特征基因丝氨酸蛋白酶(HPN)、角蛋白23(KRT23),将两个基因在数据集GSE32571中进行验证,同时通过实时荧光定量聚合酶链反应在前列腺癌相关细胞系中进行验证,最后进一步分析了两个特征基因与免疫细胞浸润相关联系,两组间使用Student’s t检验评估统计学意义。 结果:通过对GEO数据库3个前列腺癌数据集使用R语言及机器学习等方法进行分析,总共发现35个DEGs和两个核心基因,其中20个为下调基因,15个为上调基因。通过GO、KEGG、DO及GSEA通路分析发现这些基因富集在表皮细胞分化、角质形成等功能中,以细胞外基质受体相互作用及雌激素受体通路等信号上。通过套索算法(LASSO)及SVM筛选出的特征基因与数据集GSE32571进行检验,发现HPN、KRT23是前列腺癌的2个诊断生物标志物,在前列腺腺癌细胞系中mRNA水平进行验证符合生物信息分析结果,HPN在Du145、PC3、Vcap、Lncap、C4-2、22RV1组相对表达量(1.10±0.29、0.46±0.12、3.02±0.79、1.58±0.09,0.39±0.02,0.41±0.07)指标高于RWPE1组(0.09±0.01),差异有统计学意义( t=6.000、5.030、6.400、27.980、15.600、6.870, P<0.05),KRT23在Du145、PC3、Vcap、Lncap、C4-2、22RV1组相对表达量(0.42±0.01、0.15±0.03、0.15±0.02、0.15±0.03、0.62±0.09、0.04±0.01)指标低于RWPE1组(1.01±0.19),差异有统计学意义( t=5.210、7.600、7.620、7.580、3.120、8.630, P<0.05),且HPN、KRT23与免疫细胞相关,HPN与T细胞CD8、静息肥大细胞、静息树突状细胞呈负相关,与巨噬细胞M0呈正相关;KRT23与巨噬细胞M0呈负相关,与静息树突状细胞、静息肥大细胞呈正相关。 结论:HPN、KRT23可以作为前列腺癌的诊断性生物标志物,且HPN、KRT23与滤泡辅助性T细胞及调节性T细胞等免疫细胞相关。
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编辑人员丨5天前
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膀胱癌免疫细胞浸润模式及其与预后的相关性
编辑人员丨5天前
目的:研究膀胱癌中免疫细胞的浸润模式,并探讨免疫细胞浸润与膀胱癌预后的关系。方法:从GEO数据库中下载膀胱癌的相关基因芯片数据GSE13507及相关临床数据,通过CIBERSORT软件利用反卷积法计算膀胱癌中22种免疫细胞的浸润情况,并利用R软件Survival包进行生存分析,分析每种免疫细胞与膀胱癌生存预后的关系。结果:从GEO数据库下载GSE13507芯片中得到正常膀胱组织(68例)和膀胱癌组织(165例),采用反卷积法计算免疫细胞浸润比例,得到正常膀胱组织13例,膀胱癌组织15例,膀胱癌组织中浸润水平较高的免疫细胞为:M0巨噬细胞[(13.18±12.53)%]、M2巨噬细胞[(12.12±10.27)%]、活化的树突状细胞[(7.77±7.84)%]和调节性T细胞[(7.37±5.99)%]。正常膀胱组织和膀胱癌组织的记忆性B细胞、滤泡辅助性T细胞、中性粒细胞浸润水平比较,差异有统计学意义( P=0.004、0.019、0.012)。与膀胱癌具有相关性的免疫细胞包括:活化的肥大细胞与活化的树突状细胞( r=0.75)、中性粒细胞与嗜酸性粒细胞( r=0.72)、活化的树突状细胞与幼稚CD4 T细胞( r=0.68)、幼稚B细胞与滤泡辅助性T细胞( r=0.65)、静息态树突状细胞与未活化的CD4记忆性T细胞( r=0.64)。膀胱癌中的免疫细胞浸润与预后具有相关性的包括:记忆性B细胞、幼稚B细胞、调节性T细胞(均 P<0.05)。 结论:膀胱癌中存在不同程度的免疫细胞浸润,记忆性B细胞、幼稚B细胞、调节性T细胞可以成为膀胱癌生存预后的标志物和免疫治疗的靶点。
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编辑人员丨5天前
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基于炎症反应相关基因构建结肠癌预后模型及验证
编辑人员丨5天前
目的:应用生物信息学方法筛选结肠癌预后相关的炎症反应相关差异表达基因,构建并验证结肠癌预后模型。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中检索472例结肠癌患者及41名健康人正常结肠组织的RNA测序和临床数据。从国际癌症基因组联盟(ICGC)数据库中检索结肠癌预后相关基因表达及临床数据。检索时间均为建库至2022年11月。通过基因集富集分析(GSEA)数据库获取200个与炎症反应相关的基因,将其与TCGA数据库中获得的结肠癌和正常结肠组织的RNA测序基因数据集进行对比,获得炎症反应相关的差异表达基因。采用Cox比例风险模型分析评估TCGA数据库中与预后相关的差异表达基因,炎症反应相关的差异表达基因与预后相关的差异表达基因取交集,获得预后相关的炎症反应相关差异表达基因。通过LASSO Cox回归构建结肠癌预后模型。计算风险评分,按风险评分的中位值将TCGA数据库结肠癌患者分为低风险(<中位值)和高风险(≥中位值)两组。对两组患者进行主成分分析(PCA),采用Kaplan-Meier法进行生存分析。基于R软件timeROC程序包分析风险评分预测TCGA数据库结肠癌患者总生存(OS)的效能。应用ICGC数据库中的临床数据对构建的预后模型进行外部验证,依据TCGA数据库结肠癌患者中位风险评分将ICGC数据库结肠癌患者分为高、低风险组。使用R软件,对TCGA数据库中预后相关的炎症反应相关差异表达基因进行免疫细胞及免疫功能的单样本基因集富集分析(ssGESA)、免疫分型差异分析、免疫微环境相关性分析、免疫检查点基因差异分析。结果:共获得60个炎症反应相关的差异表达基因,12个与预后相关的差异表达基因,取交集获得6个预后相关的炎症反应相关差异表达基因(CCL24、GP1BA、SLC4A4、SRI、SPHK1、TIMP1)。通过LASSO Cox回归分析,基于6个预后相关的炎症反应相关差异表达基因构建结肠癌预后模型,风险评分=-0.113×CCL24+0.568×GP1BA+(-0.375)×SLC4A4+(-0.051)×SRI+0.287×SPHK1+0.345×TIMP1。PCA结果显示,结肠癌患者可以较好地分为2个集群。TCGA数据库中高风险组OS较低风险组差( P<0.001);预后风险评分预测患者1、3、5年OS率的曲线下面积(AUC)分别为0.701、0.685、0.675。ICGC数据库中低风险组的OS优于高风险组,预后风险评分预测1、2、3年OS率的AUC分别为0.760、0.788、0.743。ssGSEA分析结果显示,TCGA数据库中高风险组免疫细胞浸润水平较高,尤其是活化树突细胞、巨噬细胞、中性粒细胞、浆细胞样树突细胞、T辅助细胞、滤泡辅助性T细胞得分均高于低风险组,辅助性T细胞2(Th2)得分低于低风险组(均 P<0.05);免疫功能方面,高风险组抗原呈递细胞(APC)共抑制、APC共刺激、免疫检查点、人类白细胞抗原(HLA)、促进炎症、副炎症、T细胞刺激、Ⅰ型干扰素(IFN)反应、Ⅱ型IFN反应得分均高于低风险组(均 P<0.05)。免疫分型分析结果显示,IFN-γ为主型(C2)的炎症反应评分最高,分别与创伤愈合型(C1)、炎症反应型(C3)比较差异均有统计学意义(均 P<0.05)。免疫微环境基质细胞、免疫细胞均与预后风险评分呈正相关( r值分别为0.35、0.21,均 P<0.01)。免疫检查点差异分析结果显示,高、低风险组程序性死亡受体配体1(PD-L1)表达量比较,差异有统计学意义( P=0.002),且PD-L1表达量与预后风险评分呈正相关( r=0.23, P<0.01)。 结论:炎症反应相关基因在结肠癌肿瘤免疫中可能发挥重要作用,可以用于结肠癌患者的预后分析及免疫治疗。
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编辑人员丨5天前
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外周血Tfh2和Th2细胞趋化因子受体表达与AR患者血清特异性IgE浓度及疾病严重程度相关性分析
编辑人员丨5天前
目的:明确变应性鼻炎(AR)患者外周血2型辅助性T细胞(Th2细胞)和2型滤泡辅助性T细胞(Tfh2细胞)的趋化特点,并探究其趋化因子受体的表达与过敏原特异性免疫球蛋白E(sIgE)水平及疾病严重程度的关系。方法:分离2017年4月至2018年2月间在华中科技大学同济医学院附属同济医院就诊的41例AR患者[男20例,女21例,年龄35.0(24.5,47.0)岁]和42名健康对照[男24例,女18例,年龄35.0(24.8,46.5)岁]的外周血单个核细胞,多色流式检测趋化因子受体CC类趋化因子受体(CCR)2、CCR3、CCR4、CCR5、CCR7、CCR8、趋化因子C-X3-C-基序受体1(CX3CR1)和趋化因子(C-X-C基序)受体4(CXCR4)在Th2和Tfh2细胞中的表达。分析这些趋化因子受体在Th2和Tfh2细胞上的表达量与血清sIgE水平及受试者视觉模拟量表(VAS)评分的关系。使用GraphPad Prism 7.0软件进行统计学分析。结果:对照组Th2与Tfh2细胞的趋化特性具有明显差异:Th2细胞高表达趋化因子受体CCR2、CCR3、CCR5、CCR8和CX3CR1;而Tfh2细胞高表达引导免疫细胞归巢的趋化因子受体CCR7和CXCR4。AR患者外周血Th2细胞较对照组表达更高水平的CCR2、CCR5和CX3CR1( P值均<0.01),同时CCR2 +和CCR5 +Th2细胞的比例均与VAS评分呈正相关( r值分别为0.58、0.61, P值均<0.01);Tfh2细胞较对照组表达更高水平的CCR7( P<0.01),CCR7 +Tfh2细胞的比例与血清sIgE水平呈正相关( r=0.51, P<0.01)。 结论:AR患者外周血CCR2 +和CCR5 + Th2细胞占Th2细胞的百分比可一定程度上反映AR的严重程度,而CCR7 + Tfh2细胞占Tfh2细胞的百分比与血清sIgE水平呈正相关。
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编辑人员丨5天前
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滤泡性T细胞淋巴瘤临床病理学分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨滤泡性T细胞淋巴瘤(FTCL)临床病理学特征及鉴别诊断要点。方法:收集徐州医科大学附属医院2例FTCL,分析形态及免疫表型,结合文献报道进行总结。结果:患者女,年龄52和57岁,均表现为全身浅表及深部多发淋巴结肿大。镜下淋巴结结构破坏,肿瘤呈滤泡结节状生长模式,无显著血管增生和滤泡树突细胞网增生;瘤细胞中等大小,部分胞质透明,核异型不显著。例1见散在霍奇金(R-S)样大细胞,周围可见肿瘤性T细胞环。2例肿瘤细胞均表达滤泡辅助性T细胞(TFH)标记(CD3、CD4、bcl-6、PD-1及ICOS),例1中R-S样大细胞CD20阴性、CD30阳性、CD15部分阳性、EB病毒编码的RNA(EBER)原位杂交阴性。2例均为临床Ⅲ/Ⅳ期,例1仅对症治疗,生存时间<15个月;例2经CHOP(环磷酰胺+多柔比星+长春新碱+泼尼松)方案治疗无反应,随访7个月带瘤生存。结论:FTCL较罕见,形态学及免疫表型与其他T细胞淋巴瘤、低级别B细胞淋巴瘤甚至经典型霍奇金淋巴瘤混淆,但FTCL具侵袭性,预后差,充分认识其病理特征以避免误诊与漏诊。
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编辑人员丨5天前
