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决明子治疗高脂血症的网络药理学研究及斑马鱼实验验证
编辑人员丨2天前
目的:基于网络药理学探讨决明子治疗高脂血症的作用机制,并通过斑马鱼实验进行验证.方法:在中药分子机制生物信息学注释数据库(BATMAN-TCM)和中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索并筛选决明子活性成分及相关靶点,通过GeneCards、DisGeNET、在线人类孟德尔遗传数据系统(OMIM)检索得到与高脂血症有关的靶点,利用Venny 2.1.0平台获得药物与疾病的共同靶点.使用Cytoscape3.8.2绘制决明子-活性成分-作用靶点网络图,采用String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,将决明子-高脂血症共同靶点通过注释、可视化和集成发现数据库(DAVID)进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.根据网络药理学研究结果,推测橙黄决明素(AO)为决明子降血脂的有效作用成分,在此基础上进行斑马鱼实验验证.以蛋黄液高脂饮食诱导斑马鱼高脂血症模型,造模后给予AO干预,验证AO治疗高脂血症的效果及作用机制.首先进行AO对高脂血症斑马鱼的毒性实验,确定AO最大给药浓度;后续观察AO对高脂血症斑马鱼总胆固醇(TC)、三酰甘油(TG)含量及肝脏组织形态学的影响;采用实时荧光定量PCR检测核心靶点mRNA在高脂血症斑马鱼中的表达.结果:共获得包括AO在内的13个决明子活性成分,决明子作用于高脂血症的潜在靶点109个,包括核心靶点肿瘤坏死因子(TNF)、白介素(IL)-1β、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)、过氧化物酶体增殖物激活受体-γ(PPAR-γ)等,主要涉及IL-17信号通路、TNF信号通路、脂质和动脉粥样硬化相关作用通路等.斑马鱼验证实验结果显示:造模后斑马鱼出现明显的脂质聚积,AO可显著降低高脂血症斑马鱼组织中的TG、TC含量(P<0.05,P<0.01),减少肝脏组织内脂肪空泡和脂滴形成,并可显著下调核心靶点TNF-α、IL-1βmRNA表达(P<0.01).结论:基于网络药理学获得了决明子治疗高脂血症的核心通路与靶点,并通过斑马鱼实验初步揭示AO对高脂血症的改善效果,其机制可能是通过TNF-α、IL-1β等核心靶点发挥治疗作用,旨在为后期研究AO在高脂血症中的临床应用提供参考依据.
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编辑人员丨2天前
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基于网络药理学与体外实验探讨淫羊藿素抗非小细胞肺癌EGFR-TKIs耐药的分子机制
编辑人员丨2天前
目的 基于网络药理学与体外实验探讨淫羊藿素抗非小细胞肺癌(NSCLC)表皮生长因子受体-酪氨酸酶抑制剂(EGFR-TKIs)耐药的分子机制.方法 利用PubChem和化合物靶点预测(Swiss Target Prediction)数据库下载淫羊藿素的简化分子线性输入规范(SMILES)号及作用靶点,通过人类基因(GeneCards)和在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库收集NSCLC耐药疾病靶点,将药物与疾病交集靶点导入STRING数据库分析蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)情况,运用Cytoscape 3.9.1软件内置插件计算节点拓扑参数值并筛选核心靶点,采用生物信息学分析平台(DAVID)数据库进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)和基因本体(GO)富集分析,构建"淫羊藿素-关键靶点-疾病-通路"图.使用Pymol和Autodock Tools 1.5.7软件进行分子对接.体外实验选用NSCLC耐药株PC9OR研究淫羊藿素对细胞增殖、集落形成、迁移、侵袭和凋亡能力的影响,并对富集得到的核心靶点及关键通路进行验证.结果 共筛选到淫羊藿素治疗NSCLC耐药的潜在作用靶点1 952个.通过PPI网络节点拓扑参数值筛选得到13个核心靶点,涉及蛋白激酶B(AKT1)、雌激素受体α(ESR1)、B淋巴细胞瘤2(BCL2)、表皮生长因子受体(EGFR)等基因.KEGG通路富集分析显示,癌症相关通路、磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶 B(PI3K-AKT)信号通路、EGFR-TKIs耐药通路等可能在淫羊藿素治疗NSCLC EGFR-TKIs耐药的过程中起关键作用.GO富集分析显示,细胞功能涉及信号传导、凋亡过程的负调控、DNA转录的正调控等.分子对接显示淫羊藿素与各核心靶点均具有较强的结合能力.细胞实验表明,淫羊藿素抑制耐药细胞的增殖、集落形成、迁移、侵袭及促进细胞凋亡,并下调ESR1、AKT1、EGFR等mRNA表达水平以及PI3K-AKT通路磷酸化磷脂酰肌醇-3-激酶(p-PI3K)、磷酸化蛋白激酶B(p-AKT)的关键蛋白水平.结论 淫羊藿素可能通过多靶点调控PI3K-AKT通路抑制EGFR-TKIs耐药细胞的增殖、集落形成、迁移、侵袭及促进细胞凋亡,从而发挥抗NSCLC EGFR-TKIs耐药的作用.
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编辑人员丨2天前
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基于网络药理学研究左金丸治疗胃食管反流病分子机制
编辑人员丨2天前
目的:基于网络药理学分析左金丸治疗胃食管反流病的作用机制。方法:通过TCMSP检索左金丸的有效成分及蛋白靶点,在Uniprot数据库中将蛋白靶点名称转化为基因名,运用Cytoscape 3.7.1绘制左金丸有效成分-靶点-药物网络并进行拓扑参数分析,通过在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、GeneCards、DRUGBANK数据库查找胃食管反流病靶点,找到药物与疾病的交集靶点,在STRING 11.0中对交集靶点进行蛋白相互作用(PPI)网络分析,运用Metascape数据库对交集靶点进行富集分析,运用Cytoscape 3.7.1绘制药物有效成分-靶点-通路网络,并进行网络拓扑参数分析。结果:左金丸治疗胃食管反流病的主要有效成分为槲皮素、吴茱萸次碱、R-四氢小檗碱、1-methyl-2-nonyl-4-quinolone、小檗碱等,主要作用靶点有PTGS2、NOS3、MAPK1、EGFR、TNF、IL6、ERBB2、VEGFA、EGF、IL1B等,通过调控炎症反应、癌症、细胞增殖与凋亡、细胞连接等途径发挥作用。结论:左金丸治疗胃食管反流病是一个多成分、多靶点、多通路的复杂过程,可为今后相关作用机制研究提供参考。
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编辑人员丨2天前
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PARP抑制剂在mCRPC中疗效和安全性的研究进展
编辑人员丨2天前
多聚腺苷二磷酸核糖聚合酶(PARP)抑制剂是近年来在转移性去势抵抗性前列腺癌(mCRPC)治疗领域出现的新型药物,目前已有多种PARP抑制剂在mCRPC临床研究中报告获益证据。尽管不同的PARP抑制剂有相似的药理学特征,但由于其分子结构和药效药代动力学存在差异,PARP抑制剂在临床研究中的疗效和安全性也有所不同。临床医生选择药物治疗时,应基于详实的研究数据并考虑特定临床、实验室和遗传学特征,进行个体化和最优化治疗。
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编辑人员丨2天前
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机械瓣膜置换术后中国人群华法林抗凝治疗的研究进展
编辑人员丨2天前
华法林是机械瓣膜置换术后患者不可替代的口服抗凝药物,近年来,基于遗传药理学构建的华法林稳定剂量预测模型一定程度上提高了华法林抗凝治疗的有效性和安全性。遗传因素是影响华法林稳定剂量的主要因素, VKORC1、 CYP2C9等基因通过作用于华法林药理或代谢途径影响华法林抗凝效果。此外,年龄、体表面积、合并用药等非遗传因素也对华法林稳定剂量有影响。既往发表的华法林剂量预测模型纳入人群以高加索人为主,模型构建方法多为传统多元线性回归。而国内研究根据中国汉族机械瓣膜置换术后人群,采用机器学习方法构建华法林剂量预测模型并取得了更好的预测效能。
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编辑人员丨2天前
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基于HPLC和网络药理学方法的三化汤治疗脑缺血活性成分含量测定及作用靶点预测
编辑人员丨2天前
目的:结合HPLC和网络药理学方法对三化汤治疗脑缺血的活性成分进行含量测定,预测其发挥作用的潜在靶点。方法:采用HC-C18色谱柱(250 mm×4.6 mm,5 μm),流动相为甲醇-乙腈-0.05%磷酸水,梯度洗脱,流速1.0、0.8 ml/min;检测波长254 nm,柱温30 ℃,进样量10 μl。运用TCMIP V 2.0平台检索大黄酸、大黄素、大黄酚、橙皮苷、厚朴酚和羌活醇6种成分作用靶点,以Cerebral ischemia为关键词,检索GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、疗效药靶数据库(TTD)、Disgenet数据库,筛选6种活性成分治疗脑缺血潜在靶点,构建蛋白质相互作用网络和疾病-成分-靶点-通路整合网络。结果:三化汤中6种活性成分大黄酸、大黄素、大黄酚、橙皮苷、厚朴酚和羌活醇线性范围分别为0.080 4~0.804 0 μg、0.015 3~0.382 0 μg、0.041 8~0.626 4 μg、0.312 6~3.908 0 μg、0.037 9~0.568 8 μg、0.045 3~1.359 6 μg,相关系数均大于0.999 0。经测定7份样品中上述6个成分含量范围分别为0.887~0.971 mg/g、0.094~0.101 mg/g、0.110~0.119 mg/g、1.494~1.669 mg/g、0.126~0.145 mg/g、0.153~0.167 mg/g。网络药理学分析发现,TNF、TP53、MAPK14、JUN、IL1B、MYC、ESR1、ICAM1、PTGS2、PPARG为三化汤中6种活性成分治疗脑缺血的核心靶点。结论:建立了三化汤治疗脑缺血6种活性成分质量控制方法,该方法样品处理简便,色谱条件简单,结果准确。明确了三化汤中6种活性成分治疗脑缺血的10个潜在靶点,为进一步研究其作用机制奠定基础。
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编辑人员丨2天前
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基于网络药理学探讨温胆汤治疗高血压分子机制
编辑人员丨2天前
目的:运用网络药理学探讨温胆汤治疗高血压的分子机制。方法:通过TCMSP和中医药整合药理学研究平台(TCMIP)筛选温胆汤的潜在活性成分和作用靶点,通过药物靶标数据库(TTD)、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、GeneCards数据库收集高血压疾病靶点,STRING数据库进行蛋白相互作用分析,采用Cytoscape v3.7.1构建网络,再用ClueGO进行GO功能和KEGG通路富集分析,最后以适合的分子和靶点进行分子对接。结果:共筛选出温胆汤141个潜在活性成分和108个潜在治疗靶点;通过cytoHubba中MCC算法筛选出排位前20的核心靶点,GO分析包含164条显著性条目,包括生物过程133条、分子功能24条、细胞定位7条。KEGG通路富集筛选出7条枢纽通路,且活性成分与靶点间对接良好。结论:温胆汤可通过多途径、多靶点治疗高血压,可为其临床应用提供数据。
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编辑人员丨2天前
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强迫行为习惯假说的研究进展
编辑人员丨2天前
强迫行为是一种跨诊断出现的症状,但目前研究者对强迫行为的理解仍存在分歧。强迫行为可能和大脑中目标导向系统和习惯学习系统存在异常有关。然而大多研究往往只从目标导向视角出发,探究强迫行为对应的生物学机制及行为表现,较少关注习惯系统是如何影响强迫行为的。但有强迫行为的个体会表现出更多的习惯行为,异常的脑神经环路也和习惯激活的脑神经结构相重叠。从习惯出发也能够解释部分强迫行为的遗传风险因素,还能为强迫行为的药物治疗提供新视角。因此,本综述结合行为、神经生物学、基因、药理学四方面的证据,探究习惯假说在理解强迫行为方面带来的新见解,并提出当前强迫行为习惯假说中亟需解决的问题。
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编辑人员丨2天前
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基于网络药理学的黄连治疗胃炎作用机制研究
编辑人员丨2天前
目的:采用网络药理学分析黄连治疗胃炎的作用机制。方法:通过TCMSP、网络药理学在线数据库筛选黄连的主要有效成分及靶点,采用基因组注释(GeneCards)数据库筛选与胃炎相关的基因靶点,通过人类孟德尔遗传(OMIM)数据库筛选与胃炎相关的靶点基因,采用R语言VennDiagram包对药物和疾病基因靶点取交集,筛选出黄连主要有效成分治疗胃炎的作用靶点,通过Cytoscape 3.7.2软件绘制黄连治疗胃炎的基因调控网络,采用String数据库构建黄连的基因-蛋白相互作用可视化网络图,筛选核心基因,并采用R语言中的Bioconductor对筛选基因靶点进行GO及KEGG通路分析。结果:筛选得到黄连14个主要活性成分,可能参与治疗胃炎的基因靶点有71个。GO及KEGG通路分析结果表明,黄连治疗胃炎主要涉及细胞因子受体结合、细胞因子活性调控、结合血红素等生物过程,调节流体剪切应力与动脉粥样硬化信号通路、晚期糖基化终末产物及其受体、IL-17、TNF、NF-κB和低氧诱导因子-1等信号通路发挥作用。结论:通过网络药理学构建了黄连治疗胃炎多活性成分?多靶点?多通路的作用特点,较为全面的预测了黄连治疗胃炎的基因靶点和信号通路,为研究黄连治疗胃炎的作用机制提供参考。
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编辑人员丨2天前
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黄柏酮抗脓毒症潜在靶点的筛选与鉴定
编辑人员丨2天前
目的:研究黄柏酮的分子特性,筛选并鉴定黄柏酮抗脓毒症的潜在靶点。方法:通过中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)分析黄柏酮的药理参数和分子特性;通过化合物靶标预测平台工具SwissTargetPrediction服务器和化学成分靶向蛋白服务器(DRAR-CPI),以Z'值<-0.5筛选黄柏酮抗脓毒症的潜在靶点;通过人类孟德尔遗传在线(OMIM)数据库、毒性与基因比较数据库(CTD)和药物靶标数据库(TTD)中已报道的蛋白信息与脓毒症相关疾病靶标进行匹配,筛选黄柏酮抗脓毒症的靶点;进一步通过分子对接软件鉴定黄柏酮抗脓毒症的潜在靶点。结果:黄柏酮口服生物利用度(OB)为81.58%,药物相似度(DL)为0.57,表明其口服吸收较好,具有很好的成药性。通过SwissTargetPrediction和DRAR-CPI服务器共筛选到242个黄柏酮抗脓毒症的潜在靶点,其中有13个靶点与脓毒症直接相关。经分子对接软件鉴定,组织蛋白酶G(CTSG)、胱天蛋白酶1(CASP1)、S100钙结合蛋白A9(S100A9)、蛋白C(凝血因子Ⅴa和Ⅷa抑制因子,PROC)、丝裂素活化蛋白激酶1(MAPK1)、葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)、白细胞介素-10(IL-10)、巨噬细胞移动抑制因子(MIF)、C5a受体1(C5AR1)、胱天蛋白酶3(CASP3)、CXC趋化因子受体2(CXCR2)、凝血酶受体(F2R)和烟酰胺磷酸核糖转移酶(NAMPT)为黄柏酮抗脓毒症的潜在靶点,自由结合能分别为-32.55、1.26、-30.00、300.08、-31.88、-30.29、-21.38、-30.79、16?777.84、-21.80、6?443.36、-20.38、-23.47 kJ/mol。结论:黄柏酮通过调控PROC和F2R抑制凝血并改善炎症反应;调节MIF、S100A9、G6PD和IL-10起到免疫应答作用;调节CTSG、CASP1、MAPK1、C5AR1和CASP3起到保护脓毒症损伤器官的作用;调控CXCR2减少中性粒细胞向炎症部位过度迁移,减轻组织损伤;调控NAMPT改善细胞能量状态,减少氧化应激从而保护细胞不受损害,并通过减轻脓毒症的症状和炎症反应来发挥其抗脓毒症的作用。
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编辑人员丨2天前
