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长链非编码RNA叉头框蛋白D2相邻对链RNA1在胶质瘤细胞中的表达和功能
编辑人员丨1周前
目的 研究长链非编码RNA叉头框蛋白D2相邻对链RNA1(lncRNA FOXD2-AS1)对胶质瘤生物学行为的影响.方法 首先用qPCR实验检测FOXD2-AS1在U251、LN229、U87这3种胶质瘤细胞系中的表达情况,筛选出高表达的2种细胞系进行培养,再构建慢病毒载体转染2种细胞系敲低FOXD2-AS1作为实验组,将空载慢病毒颗粒转染的细胞作为阴性对照组,将常规培养未进行转染的细胞作为空白组,采用划痕实验、Transwell实验检测2种胶质瘤细胞系中各组细胞迁移及侵袭能力,将FOXD2-AS1敲低后进行转录组测序,进行差异基因取交集,并对共同差异基因进行富集分析.结果 qPCR实验显示FOXD2-AS1在LN229、U251这2种胶质瘤细胞系中明显高表达,与阴性对照组和空白组相比,被慢病毒载体转染敲低FOXD2-AS1时,2种胶质瘤细胞系中实验组细胞迁移及侵袭能力明显下降.生信数据库分析敲低FOXD2-AS1时发现2种胶质瘤细胞系共有48个相关差异性表达基因,进一步通过KEGG通路富集分析发现,2种胶质瘤细胞系中FOXD2-AS1敲低都与多种信号通路(细胞过程中的聚焦粘附、环境信息处理中的神经活性配体-受体相互作用、遗传信息处理中的剪接体、人类疾病中的癌症通路、新陈代谢中的代谢途径、有机系统中的补体和凝血级联反应)存在相关性.结论 LncRNA FOXD2-AS1在胶质瘤细胞迁移、侵袭中发挥作用,其可能的作用机制可还有待后续进一步研究.
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编辑人员丨1周前
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胰岛淀粉样多肽对阿尔茨海默病小鼠脑组织中LncRNA和mRNA表达谱的影响
编辑人员丨1周前
目的:探讨胰岛淀粉样多肽(IAPP)对阿尔茨海默病(AD)小鼠脑组织中长链非编码RNA(LncRNA)和信使RNA(mRNA)表达谱的影响。方法:选取7月龄雄性APP/PS1转基因AD模型小鼠10只,体质量20~30 g。将AD模型小鼠按数字表法随机分为IAPP干预组和对照组,每组5只。IAPP干预组小鼠腹腔内注射0.5 μmol/L的IAPP(200 μg/kg),每日1次。对照组小鼠腹腔注射相同剂量的磷酸盐缓冲液。两组小鼠干预时间均为10周。干预完成后,颈椎脱位处死小鼠,开颅剥离完整脑组织提取总RNA。应用基因芯片技术获得2组小鼠脑组织LncRNA和mRNA表达谱,筛选出差异表达的LncRNA和mRNA。在差异表达的LncRNA和mRNA中随机选取6个LncRNA,采用实时定量聚合酶链反应(qRT-PCR)验证基因芯片结果的可靠性。将筛选出的差异表达的mRNA与基因本体论(GO)数据库的各条目比对,从分子功能、生物过程和细胞成分3个领域行GO富集分析;使用京都基因和基因组百科全书(KEGG)数据库行信号通路富集分析。结果:实验过程中小鼠死亡4只,每组2只。IAPP干预组与对照组比较,显著差异表达的LncRNA共有902个,其中显著上调238个、显著下调664个;显著差异表达的mRNA共555个,其中显著上调236个、显著下调319个。qRT-PCR检测验证LncRNA的表达情况,与对照组比较,IAPP干预组AD小鼠脑组织中AK034056、Spock3表达上调,Map3k8、rgs20、Rint、Ppp2r1b表达下调,差异均有统计学意义( P值均<0.05)。qRT-PCR检测结果与芯片结果相符。GO富集分析:555个差异表达的mRNA,富集得到2 224个GO条目,其中显著上调的差异表达mRNA具有蛋白质结合、细胞周期等分子功能,与催化复合物、蛋白质复合物等细胞组分相关,参与了细胞代谢、高分子代谢等生物过程;显著下调的差异表达mRNA具有G蛋白偶联受体活性、跨膜信号受体活性等相关分子功能,与细胞黏附复合物、整合素复合物等细胞组分相关,参与G蛋白偶联受体信号通路、生物过程的调节等生物学过程。KEGG通路富集分析:555个差异表达的mRNA,富集得到62个通路,其中显著上调的差异表达mRNA富集评分较高的通路为神经退行性变的途径、阿尔茨海默病通路、氧化磷酸化通路、GABA能突触通路等,显著下调的差异表达mRNA富集评分较高的通路为钙信号通路、趋化因子信号通路、磷酸肌醇代谢通路、神经活性配体-受体相互作用通路、白细胞介素-17信号通路等。 结论:IAPP干预使AD小鼠脑组织 LncRNA、mRNA表达谱发生显著变化。差异表达的mRNA分别参与多种不同的生物学过程,差异表达的LncRNA可能通过调控相关mRNA的表达,发挥其生物学功能。
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编辑人员丨1周前
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基于凋亡相关长非编码RNA的肺腺癌预后风险模型的构建与验证
编辑人员丨1周前
目的:检测凋亡相关长非编码RNA(lncRNA)对肺腺癌(LUAD)预后的预测能力,并探讨其分子机制。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库和高通量基因表达数据库(GEO)分别下载535例和125例LUAD患者转录组和临床信息,筛选出与161个凋亡基因高度相关的lncRNA。通过Cox回归和lasso分析获取预后相关lncRNA并构建预测模型,并验证模型的稳定性。通过肿瘤突变负荷(TMB)、药物敏感性、免疫细胞相关性和基因集变异分析探讨该模型可能的生物学途径及潜在的分子机制。结果:研究构建一个由19个凋亡相关的lncRNA组成的LUAD预后预测模型。通过模型风险评分可将LUAD患者分为高低风险组,高评分与患者总生存率呈负相关( P<0.05)。训练集和测试集中1、3、5年的受试者工作特征曲线下面积(AUC)均>0.7。该评分与患者的临床指标如总分期[Ⅰ/Ⅱ/Ⅲ+Ⅳ分别为-0.069(-0.256,0.169)比0.063(-0.156,0.309)比0.099(-0.099,0.463), H=16.9, P<0.01]、T分期[T1/T2/T3+T4分别为-0.083(-0.389,0.130)比0.037(-0.165,0.282)比0.180(-0.066,0.392), H=20.8, P<0.01]和N分期[N0/N1/N2+N3分别为-0.055(-0.252,0.201)比0.043(-0.143,0.357)比0.119(-0.064,0.457), H=13.1, P<0.01]成正相关,可作为LUAD的独立预后因素(风险比=3.402,95%可信区间:2.338~4.952, P<0.01)。高评分组患者对Gefitinib的药物敏感性高于低评分组[2.168(2.101,2.239)比2.204(2.153,2.251), Z=11.60, P<0.01],同时对Dasatinib[0.989(0.353,2.056)比1.463(0.809,2.402), Z=11.60, P<0.01]以及Imatinib[4.925(4.873,4.971)比4.937(4.892,4.972), Z=10.60, P<0.05]的药物敏感性也高于低评分组。评分影响肿瘤免疫细胞含量。高风险组TMB高于低风险组[6.105(2.395,12.421)比4.342(1.579,10.237), Z=8.41, P<0.05],且主要富集glycolysis,myc targets v1和mtorc1 signaling等信号通路。 结论:建立基于凋亡相关lncRNA的LUAD预后模型,并验证了该模型的性能。
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编辑人员丨1周前
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三阴性乳腺癌细胞生长增殖的不同调节机制研究进展
编辑人员丨1周前
根据生物学功能的不同,乳腺癌可分为三阴性乳腺癌(triple negative breast cancer,TNBC)和非三阴性乳腺癌,前者细胞的增殖侵袭能力更强、转移更快,其免疫组织指标雌激素受体(estrogen receptor,ER)、孕激素受体(progesterone receptor,PR)和人表皮生长因子2受体(human epidermal growth factor receptor,HER2)均为阴性。外科手术和放射疗法是TNBC的传统疗法,但这些疗法副作用多且预后性差。为更好地预防TNBC的扩散和治疗,研究其癌细胞的生长、增殖和凋亡机制显得尤为重要。近年研究得知多种信号通路、lncRNA、miRNA都影响着TNBC的生长过程。本文综述国内外对TNBC细胞增殖凋亡过程中相关调节机制的研究,旨在阐明乳腺癌细胞增殖和凋亡途径的重要性,为TNBC靶向性治疗的药品研发提供新的思路。
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编辑人员丨1周前
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蛛网膜下腔出血细胞模型应用p38抑制剂后的蛋白组学分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨在蛛网膜下腔出血(SAH)早期阶段运用p38抑制剂后神经细胞线粒体蛋白表达的差异。方法:采用氧合血红蛋白(OxyHb)刺激Neuro-2a细胞(小鼠来源神经瘤母细胞,购买自中国科学院上海细胞库),模拟SAH后血液中氧合血红蛋白对于神经细胞的刺激状态,建立体外SAH细胞模型,设立对照组(Con)、蛛网膜下腔出血组(SAH)及p38抑制剂组治疗组(p38+SAH组),提取线粒体蛋白进行质谱分析,Maxquant软件和Perseus软件进行查库和非标记定量分析,两组间蛋白差异比较应用 t检验。对差异蛋白(p38+SAH/SAH组)进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路的富集分析;应用Multiple Experiment Viewer软件进行分层聚类热图分析;STRING在线工具构建出蛋白与蛋白互作网络(PPI);通过蛋白质印迹法(Western blot)和实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)验证差异蛋白。 结果:3组中共筛出239个差异蛋白,上调差异蛋白105个,下调差异蛋白134个(符合差异倍数(FC)>1.5或<0.667, P<0.05)。GO富集分析表明,差异蛋白富集在调节丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)的级联正调控、内吞作用、凋亡过程负调控等细胞生物学功能。在KEGG中:差异蛋白主要在p53信号通路、磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)-蛋白激酶B(Akt)信号通路、轴突导向信号等通路富集。通过PPI分析:以Rab7a、Cox5a、Cacybp等蛋白为核心的9个蛋白互作网络SAH组Rab7a的表达低于CON组(蛋白:0.345±0.014比0.226±0.045, t=13.920, P<0.05;mRNA:1.00比0.76±0.04, t=9.813, P<0.05);P38+SAH组中Rab7a的表达高于SAH组(蛋白:0.226±0.045比0.282±0.023, t=-4.768, P<0.05;mRNA:0.76±0.04比0.95±0.02, t=-6.802, P<0.05),与蛋白组学结果一致。 结论:p38抑制剂并不是通过单一途径改善SAH后神经细胞线粒体功能障碍,而与多种蛋白及信号通路的调控有关。
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编辑人员丨1周前
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茵陈二陈汤干预非酒精性脂肪性肝炎机制的网络药理学研究
编辑人员丨1周前
目的:利用网络药理学方法筛选茵陈二陈汤干预非酒精性脂肪性肝炎(non-alcoholic steatohepatitis, NASH)的活性成分、作用靶点,并探讨其干预NASH的作用机制。方法:检索TCMSP筛选得到茵陈二陈汤的有效活性成分及作用靶点。利用GeneCards数据库收集NASH相关基因,采用Cytoscape软件构建药物-靶点和疾病-靶点的可视化网络。构建蛋白相互作用网络,以关键靶点蛋白为基础,实现GO及KEGG通路富集分析。结果:共获得茵陈二陈汤45个有效活性成分,114个药物靶点蛋白,463个NASH相关靶点,药物和疾病共有靶点33个。茵陈二陈汤干预NASH的关键靶点主要为IL6、CASP3、MYC等。GO和KEGG富集分析分别得到34个生物过程和79条相关信号通路,涉及炎症、细胞凋亡、糖尿病、非酒精性脂肪性肝病、肿瘤等。结论:茵陈二陈汤干预NASH具有多途径、多靶点作用的特点,本研究揭示了其作用的关键靶点及涉及的生物学过程和信号通路,为后续相关研究提供参考和依据。
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编辑人员丨1周前
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基于转录组分析母代孕期及哺乳期低蛋白饮食的子代雌性小鼠胰岛功能受损的相关机制
编辑人员丨1周前
目的:基于全转录组测序技术,探讨母鼠孕期和哺乳期低蛋白饮食对子代雌鼠胰岛功能的影响及其可能机制。方法:33只C57BL/6J雌鼠受孕当日按照随机数表法分为两组,在整个孕期及哺乳期分别予以对照饮食(蛋白质22%)(13只)和低蛋白饮食(20只)(蛋白质9%)干预。哺乳期结束后,所有子代予以标准饮食。根据母代的喂养方式,将其雌性子代分为对照饮食组(CD组,20只)和低蛋白饮食组(LPD组,20只)。收集子代雌鼠体重和空腹血糖(FPG),采用腹腔内注射葡萄糖耐量实验(IPGTT)及同步血清胰岛素释放实验(IRT)、腹腔内注射胰岛素耐量实验(IPITT)评估子代胰岛功能及其胰岛素敏感性,采用全转录组测序法对两组胰岛组织中差异表达的长链非编码RNA(LncRNA)进行靶基因预测,采用生物信息学分析法对这些靶基因与测序得到的差异信使RNA(mRNA)进行分析,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)及蛋白免疫印迹法对生信分析结果进行实验验证,对mRNA及LncRNA预测靶基因的共同差异基因乳酸脱氢酶A( Ldha)进行免疫荧光染色并构建LncRNA Gm38850敲减的Min6细胞模型以研究Gm38850对胰岛功能的影响及其与Ldha的调控关系。采用两独立样本 t检验或校正 t检验进行组间比较。 结果:与CD组相比,LPD组子代雌鼠在第17周龄时出现糖耐量受损( P<0.05)和胰岛素释放减少( P<0.05),但两组间空腹血糖及IPITT血糖的曲线下面积差异均无统计学意义( P>0.05)。全转录组测序筛选出两组子代雌鼠胰岛细胞间差异表达mRNA共55个(42个上调,13个下调);差异表达LncRNA共4个(均下调)。通路富集分析提示,这些差异表达RNA主要与丙酮酸代谢、白细胞介素-17信号通路、胰高糖素途径、晚期糖基化终产物及其受体(AGE-RAGE)信号通路及缺氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路等生物学功能相关。胰腺组织qRT-PCR验证测序差异表达倍数前9的mRNA表达情况,结果与生信分析结果趋势一致;免疫荧光染色结果显示,与CD组相比,LPD组子代雌鼠胰岛Ldha表达上调( P<0.05)。Min6细胞敲减LncRNA Gm38850后细胞Ldha表达上调( P<0.05),且敲减Gm38850的Min6细胞葡萄糖刺激的胰岛素分泌减少( P<0.05)。 结论:母鼠孕期及哺乳期低蛋白饮食会导致子代雌鼠成年后的胰岛功能受损,胰岛的表观遗传学改变可能是导致这一结果的机制之一。
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编辑人员丨1周前
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核转录因子κB与免疫调节和免疫耐受
编辑人员丨1周前
核转录因子κB(NF-κB)是细胞内重要的转录调节因子。根据信号成分和生物学功能,激活NF-κB的信号转导通路分为经典和非经典2种途径。NF-κB在几乎所有细胞类型的细胞质中普遍表达,并且与免疫调节和免疫耐受密切相关。许多疾病,包括癌症、炎症和自身免疫性疾病等,都与NF-κB的调节失衡有关。本文综述了经典和非经典NF-κB信号转导通路在免疫调节和免疫耐受中的作用以及基于NF-κB信号转导通路在疾病中的治疗。
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编辑人员丨1周前
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膝关节周围孔道结构与肿瘤复发的相关性
编辑人员丨1周前
目的:介绍"股骨髁间孔"、"胫骨髁间隆突孔"的发现及命名,并探讨膝关节周围侵袭性肿瘤术后高复发率与膝关节周围孔道结构的关系。方法:影像学观察、测量:收集我院影像中心数据库200例患者的CT扫描三维重建资料,观察"股骨髁间孔"、"胫骨髁间隆突孔"、"股骨髌股关节面上孔"的普遍性,并进行影像学定位、测量。解剖及组织学观察:通过15例车祸或肿瘤截肢新鲜标本及60例尸体解剖,实物证明其存在,并对"股骨髁间孔"、"胫骨髁间隆突孔"具体位置、孔道周围结构、孔道近端覆盖情况、孔道内容物、孔口、孔壁及孔底组织进行研究分析。切取瘤段解剖、组织及病理学观察:通过对股骨远端及胫骨恶性肿瘤切取瘤段的研究,包括原发以及骨转移瘤通过此通路向骨内传播转移,通过解剖与组织学以及影像学分析,观察孔道结构与肿瘤的关系;判断肿瘤通过孔道隐匿及双向传播情况;肿瘤复发与孔道结构的相关性分析。病变孔口滑膜分析,尤其影像疑似滑膜受累及的病例,观察滑膜是否肿瘤浸润。结果:"股骨髁间孔"、"胫骨髁间隆突孔"是人体固有的生理存在,200例均观察到该结构,其生理功能为膝中动脉分支进入股骨髁间窝及胫骨髁间隆突(孔)的血管孔;股骨髁间孔"、"胫骨髁间隆突孔"孔口与关节腔之间由滑膜组织间隔,并且其由滑膜组织、半月板及交叉韧带与关节腔形成立体间隔。膝关节侵袭性肿瘤侵犯到孔道结构后,并非即刻突入关节腔,而在孔道中隐匿,以其特定的生物学行为对滑膜进行侵犯,滑膜病变顺序:反应性水肿、增厚,退变、钙化、玻璃样变(部分病例观察到浸润),滑膜破裂,肿瘤侵犯关节腔。往往在滑膜破裂之前,临床上已观察到肿瘤或观察到肿瘤复发。肿瘤有沿膝中动脉传播至腘血管及周围软组织、淋巴管的趋势,影像表现为腘血管周围淋巴结肿大。色结、其他部位肿瘤也可经此孔道侵入或转移至骨内。结论:"股骨髁间孔"、"胫骨髁间隆突孔"是膝中动脉分支的滋养孔,是人体固有结构,这组特定的孔道结构是膝关节周围侵袭性肿瘤很重要的传播、隐匿途径及复发因素。
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编辑人员丨1周前
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竞争性内源性RNA调控网络在子痫前期滋养层细胞生物学行为中的研究进展
编辑人员丨1周前
子痫前期是妊娠期特有并发症,具体发病机制尚不明确,早期诊断及治疗方法尚不完善,选择合适的时机及时终止妊娠成为预防该病进一步发展和避免不良妊娠结局的唯一途径。近年来,随着深入研究发现非编码RNA与滋养层细胞的增殖、凋亡等重要过程相关,且这些非编码RNA之间可以相互调控,形成错综复杂的竞争性内源性RNA调控网络。本文主要介绍非编码RNA在调控子痫前期患者滋养层细胞侵袭和增殖中的生物学作用,以及这些非编码RNA之间可能存在的相互调控关系,并简要分析非编码RNA作为诊断子痫前期的生物标志物及相应治疗靶点的潜在临床应用价值。
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编辑人员丨1周前
