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基于加权基因共表达网络分析筛选儿童神经母细胞瘤中MYCN扩增相关基因
编辑人员丨5天前
目的:通过生物信息学分析探究儿童神经母细胞瘤中与MYCN(N-myc)基因相关的共表达基因。方法:下载TARGET数据库神经母细胞瘤表达数据共179例,WGCNA分析筛选MYCN扩增共表达基因模块;针对目标基因模块个基因行GO、KEGG富集分析筛选MYCN扩增相关基因可能参与生物过程及信号通路;以MYCN扩增状态将神经母细胞瘤表达数据分为扩增组65例、非扩增组114例,行差异表达基因分析;筛选的差异表达基因同MYCN扩增相关基因取交集后运用K-M法行生存分析(log-rank检验),筛选预后相关基因,Logistics回归探究MYCN扩增状态同预后基因的关系。结果:WGCNA分析提示MEgreenyellow模块同MYCN基因扩增状态相关性最强( R=0.46, P<0.05),为共表达基因,包含基因1 216个,富集分析提示MYCN扩增共表达基因多参与RNA相关通路(RNA的转运、剪切、修饰,RNA相关酶的活性等过程);差异表达基因分析显示,MYCN扩增组相较于非扩增组,基因表达上调47个,表达下调123个;WGCNA分析同差异表达基因取交集筛选出22个关键基因,行生存分析显示同预后相关的基因( P<0.05)有12个,其中DDX1与其他关键基因相关性相对较弱,或为神经母细胞瘤独立预后因素。 结论:LINC00839、ATP结合盒亚家族C4(ABCC4)、亚甲基四氢叶酸脱氢酶(NADP +依赖)2(MTHFD2)、磷酸甘油酸脱氢酶(PHGDH)、序列相似性家族13 A(FAM11A)、磷酸丝氨酸转氨酶1 (PSAT1)、假尿苷酸合酶7(PUS7)、DEAD-box解旋酶1(DDX1)、溶质载体有机阴离子转运蛋白家族5A1(SLCO5A1)、Junctophilin 1(JPH1)、溶质载体家族16 1(SLC16A1)、MYCN Opposite Strand(MYCNOS)为神经母细胞瘤中MYCN扩增的共表达基因,与较差的预后相关,是神经母细胞瘤潜在的治疗靶点及预后指标。
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编辑人员丨5天前
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磷酸甘油酸脱氢酶缺乏1例
编辑人员丨5天前
患儿 男,10月龄,因“点头拥抱样动作2个月”就诊。主要表现为智力及运动发育迟缓,婴儿痉挛症和小头畸形。全外显子基因测序提示PHGDH基因c.946-2A>G和c.766G>A,为复合杂合变异,诊断为磷酸甘油酸脱氢酶缺乏,该病临床症状缺乏特异性,按癫痫发作类型选择抗癫痫药物治疗可以部分有效控制发作。
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编辑人员丨5天前
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磷酸甘油酸变位酶5介导线粒体自噬与坏死性凋亡的研究进展
编辑人员丨5天前
线粒体自噬是选择性降解损伤的线粒体以保证正常的线粒体数量和质量,对维持细胞内稳态与存活具有重要意义;坏死性凋亡是一种程序性细胞坏死,可由过度线粒体自噬诱导。活性氧(ROS)主要由线粒体产生,可损伤线粒体。高氧性急性肺损伤(HALI)是临床氧疗的严重并发症,致病机制不明确,现有研究表明,线粒体自噬与坏死性凋亡参与了HALI的发生过程。调控线粒体自噬与坏死性凋亡的机制众多,包括肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、PTEN诱导激酶1/PARK2基因编码的E3泛素蛋白连接酶(PINK1/Parkin)蛋白通路、磷酸甘油酸变位酶5(PGAM5)等,其中PGAM5已被证实是连接线粒体自噬和坏死性凋亡的关键因子。本课题组前期研究发现,微小RNA-21-5p(miR-21-5p)减轻HALI的机制与其靶向PGAM5介导的抑制线粒体自噬有关,但PGAM5介导的线粒体自噬和坏死性凋亡的机制尚不清楚。因此,本文就PGAM5介导线粒体自噬与坏死性凋亡的靶点进行综述,以期寻找到在HALI中PGAM5介导线粒体自噬与坏死性凋亡的靶点对肺保护的线索,为后续基础研究提供理论基础。
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编辑人员丨5天前
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磷酸甘油酸变位酶5在糖尿病大鼠心肌缺血再灌注损伤中的作用:与线粒体质量的关系
编辑人员丨5天前
目的:评价磷酸甘油酸变位酶5 (PGAM5)在糖尿病大鼠心肌缺血再灌注损伤中的作用及其与线粒体质量的关系。方法:SPF级健康雄性SD大鼠,6~8周龄,体重200~220 g,采用腹腔注射1%链脲佐菌素-柠檬酸盐缓冲液60 mg/kg的方法制备大鼠1型糖尿病模型。糖尿病造模成功后继续饲养8周,取1型糖尿病大鼠72只,采用随机数字表法分为4组( n=18):糖尿病假手术组(DS组)、糖尿病心肌缺血再灌注组(DIR组)、糖尿病心肌缺血再灌注+AAV9-PGAM5 shRNA组(DIR+PGAM5 shRNA组)和糖尿病心肌缺血再灌注+AAV9-GFP组(DIR+GFP组)。糖尿病建模后8周,采用结扎左冠状动脉前降支30 min后再灌注2 h的方法制备大鼠心肌缺血再灌注损伤模型。DIR+PGAM5 shRNA组和DIR+GFP组缺血前3周尾静脉缓慢注射AAV9-PGAM5 shRNA和AAV9-GFP 2×10 12 μg/kg。AAV9-PGAM5 shRNA组再灌注2 h时记录左心室收缩压(LVSP)和左心室收缩压上升和下降最大速率(±dp/dt max),随后采集右颈动脉血样,采用ELISA法检测血清cTnI、CK-MB和LDH水平,随后处死大鼠取心脏,双重染色法确定心肌梗死面积,HE染色法观察心肌组织病理学结果,Western blot法检测PGAM5、自噬相关蛋白LC3B、p62、动力相关蛋白1 (Drp1)及线粒体自噬受体蛋白FUNDC1的表达。 结果:与DS组比较,DIR组和DIR+GFP组LVSP和±dp/dt max降低,血清cTnI、CK-MB和LDH水平升高,心肌梗死面积增加,PGAM5、LC3B、Drp1和FUNDC1表达上调,p62表达下调( P<0.05);与DIR组比较,DIR+PGAM5 shRNA组LVSP和±dp/dt max升高,血清cTnI、CK-MB和LDH水平降低,心肌梗死面积减小,PGAM5、LC3B、Drp1和FUNDC1表达下调,p62表达上调( P<0.05),DIR+GFP组上述指标差异无统计学意义( P>0.05)。 结论:PGAM5参与了糖尿病大鼠心肌缺血再灌注损伤的过程,与降低线粒体质量有关。
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编辑人员丨5天前
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碳酸氢钠林格液用于心脏手术体外循环的效果
编辑人员丨5天前
目的:评价碳酸氢钠林格液用于心脏手术体外循环(CPB)的效果。方法:选取CPB下行心脏瓣膜置换术患者60例,性别不限,年龄55~75岁,采用随机数字表法分为2组( n=30):复方电解质注射液组(A组)和碳酸氢钠林格液组(B组)。A组预充晶体液为复方电解质注射液1 500 ml,B组预充晶体液为碳酸氢钠林格液1 500 ml,2组预充胶体液均为琥珀酰明胶1 000 ml。于复温阶段进行零平衡超滤,A组置换液为复方电解质注射液2 000 ml,B组置换液为碳酸氢钠林格液2 000 ml。CPB过程中静脉贮血罐内持续滴注碳酸氢钠溶液,根据血气分析结果纠正酸碱平衡紊乱。分别于CPB转流前、转流30 min、开放升主动脉补充钙剂后5 min、零平衡超滤结束即刻和停机后5 min时,抽取外周静脉血或氧合器内氧和静脉血行血气分析。于零平衡超滤开始前和结束后抽取氧合器内氧和静脉血,检测红细胞渗透脆性和2,3-二磷酸甘油酸浓度。 结果:与A组比较,B组转流30 min和零平衡超滤结束时PaCO 2、Ca 2+和HCO 3-浓度升高( P<0.05),pH值、BE、Glu、Lac、血清Na +、Cl -和K +浓度、红细胞渗透脆性和2,3-二磷酸甘油酸浓度比较差异无统计学意义( P>0.05)。 结论:碳酸氢钠林格液可安全有效地用于心脏手术CPB。
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编辑人员丨5天前
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新型红细胞保存液对2型糖尿病大鼠贮存红细胞质量的影响
编辑人员丨5天前
目的:评价新型红细胞保存液对2型糖尿病(T2DM)大鼠贮存红细胞质量的影响。方法:选择SPF级雄性SD大鼠40只,8周龄,体质量180~220 g,随机选择10只大鼠作为常规红细胞保存液组(A组);剩余30只大鼠制备T2DM模型,取造模成功的大鼠20只,采用随机数字表法分为2组( n=10):T2DM常规红细胞保存液组(C组)和T2DM新型红细胞保存液组(Y组)。配制红细胞保存液,模拟术前贮存式自体输血流程,尾静脉取血分离红细胞后加入对应保存液。分别于采血即刻(T 0)和贮存7 d(T 1)、14 d(T 2)、21 d(T 3)时,光镜下观察红细胞形态结构。分别于T 0-T 3和贮存28 d(T 4)时,采用ELISA法检测红细胞2,3-二磷酸甘油酸(2,3-DPG)和ROS浓度。将贮存28 d的红细胞用PKH26标记后回输到大鼠体内,分别于回输后1、7、13和18 h时采用流式细胞术检测红细胞存活率。 结果:光镜下,与A组相比,贮存不同时点C组红细胞损伤加重;与C组相比,贮存不同时点Y组红细胞损伤减轻。与A组比较,C组红细胞T 0、T 2-T 4时2,3-DPG浓度降低,T 0-T 4时ROS浓度升高,回输后1、7和18 h时红细胞存活率降低( P<0.05);与C组比较,Y组红细胞T 0-T 4时2,3-DPG浓度升高,T 1、T 3和T 4时ROS含量降低,回输后1、7和18 h时红细胞存活率升高( P<0.05)。 结论:新型红细胞保存液可改善T2DM大鼠贮存红细胞质量,提高回输后红细胞体内存活率。
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编辑人员丨5天前
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不同电解质溶液用于体外循环心脏手术血液洗涤的效果
编辑人员丨5天前
目的:评价不同电解质溶液用于体外循环心脏手术血液洗涤的效果。方法:选体外循环下心脏手术患者60例,年龄18~80岁,体重50~100 kg,预计术中需要输注库存血4~6 U。采用随机数字表法分为3组( n=20):复方电解质注射液组(A组)、碳酸氢钠林格液组(B组)和生理盐水组(C组),分别采用复方电解质注射液、碳酸氢钠林格液和生理盐水对库存血和回收的自体血进行洗涤。于洗涤前和洗涤后即刻,取库存血和自体血行血气分析,采用比色法检测红细胞渗透脆性,采用ELISA法检测2,3-二磷酸甘油酸(2,3-DPG)浓度。 结果:与洗涤前比较,3组洗涤后库存血Glu、Lac、K +浓度和红细胞渗透脆性降低,Na +浓度升高,自体血Glu和Lac浓度降低,红细胞渗透脆性升高,库存血和自体血2,3-DPG浓度升高( P<0.05);与C组比较,A组和B组洗涤后库存血和自体血Na +和Cl -浓度降低,K +浓度升高,红细胞渗透脆性降低,2,3-DPG浓度升高( P<0.05);与A组和C组比较,B组洗涤后库存血和自体血BE升高( P<0.05)。洗涤后B组库存血和自体血可检测到Ca 2+,而A组和C组库存血和自体血无法检测到Ca 2+。 结论:复方电解质注射液和碳酸氢钠林格液用于体外循环心脏手术血液洗涤的效果明显优于生理盐水,其中碳酸氢钠林格液还能改善血液偏酸无钙的内环境。
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编辑人员丨5天前
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尿有机酸代谢异常与早产儿视网膜病变的相关性分析
编辑人员丨5天前
目的:观察早产儿视网膜病变(ROP)患儿尿代谢产物氨基酸水平变化及其对ROP的影响,初步分析其可能参与ROP发生的氨基酸代谢途径。方法:回顾性队列研究。2020年1月至2023年12月于郑州大学附属儿童医院住院治疗且出生胎龄<32周的重度ROP患儿65例(ROP组)纳入研究。选取性别、孕周匹配且眼底无ROP的早产儿50名作为对照组。采用气相色谱质谱联用仪检测尿液中尿氨基酸及衍生物。两组比较采用独立样本 t检验。采用正交偏最小二乘判别分析(OPLS-DA)模型对尿氨基酸进行代谢组学分析,变量投影重要性(VIP)分值>1提示该物质为两组差异表达氨基酸。采用受试者工作特征(ROC)曲线和曲线下面积比较尿氨基酸对重度ROP的预测价值。对 t检验及代谢组学分析两组差异较大的氨基酸归一化后进行对比并行Pearson相关性分析。采用京都基因和基因组百科全书数据库富集分析差异表达氨基酸参与ROP发生的代谢通路。 结果:与对照组比较,ROP组患儿尿代谢产物中草酸-2、亚硫基二乙酸-2浓度明显降低,4-羟基丁酸-2、3-甲基戊烯二酸-2(1)、2-酮戊二酸-OX-2 (2)、3,6-环氧-十二烷二酸-2浓度明显升高,差异有统计学意义( t=0.036、0.005、0.038、0.032、0.022、0.011, P<0.05)。OPLS-DA分析结果显示,ROP组、对照组受检儿尿代谢产物氨基酸分布于散点图的左右两个区域,两组之间呈现满意分离趋势(R 2Ycum=0.057 4,Q2cum=0.025 7, P<0.05);S-plot图显示偏向两极的氨基酸分别是乙醇酸-2、磷酸-3、草酸-2、亚硫基二乙酸-2、4-羟基丁酸-2、3-甲基巴豆酰甘氨酸-1、3-甲基戊烯二酸-2(1)、2-酮戊二酸-OX-2 (2)、3,6-环氧-十二烷二酸-2;筛选出VIP分值>1的差异表达氨基酸11个,其中VIP分值最高的是草酸-2、甘油酸-3、磷酸-3、3-甲基巴豆酰甘氨酸-1、尿黑酸-3、亚硫基二乙酸-2。两组氨基酸浓度差异最大的为4-羟基丁酸-2和亚硫基二乙酸-2;草酸-2与甘油酸-3之间相关性最大( r=0.830, P<0.001),多数氨基酸之间表现为正相关。ROC曲线拟合分析结果显示,11个差异表达的氨基酸联合预测ROP的曲线下面积最大(0.816),截断值为0.531,灵敏度和特异性分别为83.1%和70.0%。富集分析提示,11个差异表达的氨基酸涉及的主要通路途径包括丁酯酸代谢、乙醛酸和二羧酸代谢、硫辛酸代谢。 结论:4-羟基丁酸-2、3-甲基戊烯二酸-2(1)、亚硫基二乙酸-2、2-酮戊二酸-OX-2 (2)、3,6-环氧-十二烷二酸-2氨基酸代谢异常可能对ROP的发生有一定影响。
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编辑人员丨5天前
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不同贮存时间对自体输血红细胞携氧能力及氧化损伤的影响
编辑人员丨5天前
目的:探究贮存式自体输血(preoperative autologous blood donation, PABD)适宜贮血时间,为保障自体血应用的安全性及有效性提供理论依据。方法:选取具有PABD适应证的骨科手术患者10例,根据体重计算总血容量,术前1周采集10%总血容量的自体血,于采血前、采血毕检测患者血常规及血流动力学变化;留存50 ml自体血制备成RBC悬液用于研究,分别于1、7、14、21、28 d时测定贮存自体血的有效携氧量(Q)、氧亲和力(P 50)、ATP、2,3-二磷酸甘油酸(2,3-diphosphoglycerate, 2,3-DPG)、Na +-K +-ATP酶、Ca 2+-Mg 2+-ATP酶、活性氧(reactive oxygen species, ROS),并分析其相关性。 结果:与采血前比较,采血毕患者体内RBC计数、Hb、Hct、RBC聚集指数、RBC刚性指数下降( P<0.05)。与贮存1 d比较,RBC Q值、Na +-K +-ATP酶活性、Ca 2+-Mg 2+-ATP酶活性在贮存7、14、21、28 d时降低,ATP、2,3-DPG含量在贮存14、21、28 d时降低,P 50值在贮存21、28 d时降低,ROS含量在贮存7、14、21、28 d时升高( P<0.05);与贮存7 d比较,RBC Q值、2,3-DPG含量、Na +-K +-ATP酶活性在贮存14、21、28 d时降低,P 50值、ATP、Ca 2+-Mg 2+-ATP酶活性在贮存21、28 d时降低,ROS含量在贮存14、21、28 d时升高( P<0.05)。RBC ROS含量与贮存时间呈正相关( P<0.05);RBC Q值、P 50、ATP、2,3-DPG、Na +-K +-ATP酶、Ca 2+-Mg 2+-ATP酶含量与贮存时间、RBC ROS含量呈负相关( P<0.05)。 结论:PABD RBC贮存14 d内可基本保持携氧能力的正常,随着体外贮存时间的增加,RBC携氧能力相应降低,可能与RBC氧化应激损伤有关。
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编辑人员丨5天前
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芪参益气滴丸对2型糖尿病大鼠心肌细胞线粒体自噬的调节机制研究
编辑人员丨5天前
目的:观察芪参益气滴丸对心肌缺血再灌注损伤2型糖尿病大鼠心肌的保护作用及线粒体自噬磷酸甘油酸变位酶5(PGAM5)/Fun14结构相关蛋白1(FUNDC1)信号通路的影响。方法:雄性SD大鼠48只,分为空白对照组、假手术组、心肌缺血再灌注损伤(MIRI)1组、MIRI 2组、抑制剂组和芪参益气滴丸组。除空白对照组和MIRI 1组外,其余大鼠通过高脂饮食联合链脲佐菌素腹腔注射,建立2型糖尿病模型。芪参益气滴丸组灌胃芪参益气滴丸450 mg/kg,1次/d,抑制剂组除给予芪参益气滴丸外同时腹腔注射三甲基腺嘌呤(3-MA)100 mmol/L,1次/d,其余4组灌胃等体积生理盐水。灌胃1周后,除空白对照组、假手术组外,其余4组采用左冠状动脉前降支结扎30 min、再灌注2 h的方法构建MIRI模型,再灌注2 h后取材。计算大鼠死亡率,检测心肌酶肌酸激酶(CK)、乳酸脱氢酶(LDH)和天门冬氨酸氨基转移酶(AST)水平和心肌组织超氧化物歧化酶(SOD)、丙二醛(MDA)水平,实时荧光定量PCR测定心肌组织PGAM5/FUNDC1通路节点蛋白表达水平的变化。结果:与MIRI 1组比较,MIRI 2组大鼠血清AST、LDH、CK和MDA水平升高(均 P<0.05),SOD水平降低( P<0.05),心肌组织中FUNDC1、PGAM5、B细胞淋巴瘤-xL(Bcl-xL)、蛋白轻链3(LC3)、自噬相关蛋白5(ATG5)、Beclin-1水平降低(均 P<0.05),P62水平升高( P<0.05),含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶-9(Caspase-9)水平有增高的趋势,但差异无统计学意义( P>0.05);与MIRI 2组及抑制剂组比较,芪参益气组大鼠血清AST、LDH、CK和MDA水平降低(均 P<0.05),SOD水平升高( P<0.05),心肌组织FUNDC1、PGAM5、Bcl-xL、LC3、ATG5、Beclin-1水平升高(均 P<0.05),而P62、Caspase-9水平降低(均 P<0.05)。 结论:高血糖加重了MIRI,芪参益气滴丸通过调节PGAM5/FUNDC1通路介导线粒体自噬减轻MIRI,对糖尿病大鼠心肌发挥保护作用。
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编辑人员丨5天前