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基于生物信息学方法筛选并分析影响结直肠腺癌患者预后的铁死亡相关基因
编辑人员丨5天前
目的:利用生物信息学技术筛选并分析影响结直肠腺癌患者预后的铁死亡相关基因(FRG)。方法:使用癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载RNA测序数据,共545例结直肠腺癌患者临床信息,602例数据集。从FerrDb数据库下载FRG基因集。取FRG基因集与TCGA数据库基因集交集,得到FRG表达数据集。使用R软件筛选结直肠腺癌组织与癌旁组织间差异表达FRG和预后相关基因,获得影响结直肠腺癌预后的FRG。通过在线蛋白互作网络工具分析蛋白之间的互作关系及蛋白质表达的相关性。使用LASSO回归分析构建患者5年总生存率的预后风险模型,计算TCGA数据库509例结直肠腺癌样本的风险值,以中位风险值为临界值,将患者分为高风险组(≥中位风险值)、低风险组(<中位风险值),并绘制生存曲线。绘制依据FRG预后模型的风险值预测TCGA数据库中结直肠腺癌患者5年总生存率时间依赖的受试者工作特征(ROC)曲线,使用Cox比例风险模型进行单因素和多因素生存分析,筛选影响预后的因素。基于基因本体(GO)数据库和京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库对与结直肠腺癌预后相关的FRG进行通路富集分析。结果:数据库中545例患者临床信息,602个数据集中,通过比较发现199个在结直肠腺癌中差异表达的FRG,28个预后相关的FRG,取交集后发现21个影响结直肠腺癌患者预后的FRG。DUOX2、NOX4、NOX1、DDIT3、JDP2、ATP6V1G2、ULK1、ATG3与WIPI1基因间可能有相关性;NOX4、NOX5、PLIN4和ATP6V1G2基因表达呈正相关,ULK1与MAPK1、MYB、FANCD2、ATG3、ATP5MC3基因表达呈负相关。使用LASSO回归分析,最终筛选出15个FRG(ATP5MC3、NOX4、NOX5、ALOX12B、ATG3、WIPI1、MAPK1、MYB、AKR1C1、DDIT3、JDP2、ATP6V1G2、DRD4、SLC2A3、PLIN4),构建风险模型,风险值=NOX4×0.139-ATP5M3×0.108+NOX5×1.486+ALOX12B×0.475-ATG3×0.030-WIPI1×0.170-MAPK1×0.271-MYB×0.063+AKR1C1×0.021+DDIT3×0.186+JDP2×0.292+ATP6V1G2×0.777+ DRD4×0.294+SLC2A3×0.059+PLIN4×0.113。高风险组患者总生存较低风险组差( P<0.001),低风险组5年总生存率为76.8%,高风险组5年总生存率为48.2%。多因素生存分析显示年龄和风险值是预后的独立影响因素。使用预后相关FRG构建的风险模型能够较好地预测患者5年总生存率(曲线下面积0.728)。高、低风险组患者中的差异表达基因可能与细胞外基质组成和细胞外结构构成、局部黏附等基因通路有关。 结论:依据筛选的FRG构建的预后风险模型可较好评估结直肠腺癌患者预后,这些FRG有望成为结直肠腺癌预后相关新的候选生物标志物。
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编辑人员丨5天前
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花旗松素基于过氧化物酶体增殖物激活受体γ共激活因子1α介导的抗氧化通路对顺铂致急性肾损伤小鼠的保护作用及机制
编辑人员丨5天前
目的:探讨花旗松素(taxifolin,TAX)改善顺铂(cisplatin)致急性肾损伤的作用及机制。方法:(1)40只C57BL/6小鼠随机分为4组:对照组、TAX组、顺铂组、顺铂+TAX组。测量各组小鼠体重情况。检测各组小鼠血清肌酐(Scr)、尿素氮(BUN)水平;通过HE染色观察小鼠肾组织病理学改变;通过酶联免疫吸附测定(ELISA)法测定血清炎性因子白细胞介素(IL)-6和肿瘤坏死因子(TNF)-α水平;通过试剂盒测定各组小鼠肾组织氧化应激指标[活性氧(ROS)、丙二醛(MDA)、超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化氢酶(CAT)、还原型谷胱甘肽(GSH)];实时荧光定量PCR法测定炎性因子 IL- 6、 TNF- α和 IL- 1β,抗氧化基因解耦联蛋白2( UCP2)、 SOD2、 CAT以及过氧化物酶体增殖物激活受体γ共激活因子1α( PGC- 1α)mRNA表达情况;通过测定肾组织ATP水平和线粒体DNA(mtDNA)含量评价线粒体功能;通过Western印迹法测定腺苷酸活化蛋白激酶(AMPK)和磷酸化(p)-AMPK蛋白表达情况。(2)通过建立Lewis肺癌移植瘤C57BL/6小鼠模型评价TAX对顺铂化疗效果的影响。 结果:与对照组比较,TAX组小鼠体重未明显降低,且未出现明显肾损伤(均 P>0.05),提示口服TAX具有良好的安全性。与顺铂组比较,TAX能够显著延缓顺铂引起的小鼠体重下降,降低小鼠血清Scr和BUN水平,并缓解肾组织病理学改变(均 P<0.05)。TAX能够显著下调顺铂诱导的小鼠血清炎性因子IL-6和TNF-α水平,以及肾脏炎性因子 IL- 6、 TNF- α、 IL- 1β mRNA表达(均 P<0.05)。TAX能够显著降低顺铂致急性肾损伤小鼠肾组织ROS和MDA水平,并提高SOD、CAT和GSH活性(均 P<0.01)。同时,TAX能够显著上调顺铂致急性肾损伤小鼠肾脏抗氧化基因 UCP2、 SOD2、 CAT mRNA以及 PGC- 1α mRNA表达,并提高肾组织ATP和mtDNA水平(均 P<0.01)。Western印迹结果显示,TAX显著促进顺铂致急性肾损伤小鼠肾脏AMPK磷酸化蛋白表达( P<0.01)。此外,通过Lewis肺癌移植瘤C57BL/6小鼠模型证实,TAX对顺铂抗肿瘤疗效无显著影响。 结论:TAX能够改善顺铂引起的肾脏氧化损伤,其机制可能与激活AMPK/PGC-1α通路有关。
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编辑人员丨5天前
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不同三磷酸腺苷结合盒转运体B1 G2677T基因型急性脑梗死患者应用阿托伐他汀的降脂疗效
编辑人员丨5天前
目的:观察不同三磷酸腺苷结合盒转运体B1(ATP-binding cassette subfamily B member 1,ABCB1) G2677T基因型急性脑梗死患者应用阿托伐他汀的降脂疗效,为急性脑梗死患者个体化应用阿托伐他汀提供临床研究证据。方法:自2021年3—12月连续纳入许昌市中心医院神经内科收治的急性脑梗死患者131例,采用荧光染色原位杂交技术检测患者ABCB1 G2677T(rs2032582)基因多态性,并根据检测结果将患者分为GG、GT和TT共3组。3组患者均给予阿托伐他汀(20 mg/d)降脂治疗,记录治疗前及治疗2个月后3组患者血清高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)、总胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)水平并分析其变化,记录3组患者药物不良反应发生情况。以血清LDL-C水平<1.8 mmol/L为降脂治疗有效,二元Logistic回归分析探索阿托伐他汀降脂疗效的影响因素。统计软件为SPSS 25.0。结果:GG、GT和TT 3组分别有50例(38.17%)、49例(37.40%)和32例(24.43%)患者。治疗后GG、GT、TT 3组患者血清TC水平分别为(3.47±0.70) mmol/L、(3.59±1.09) mmol/L和(3.48±1.02) mmol/L,低于治疗前的(4.27±0.99) mmol/L、(4.02±0.98) mmol/L和(4.03±1.31) mmol/L,均差异有统计学意义( t=7.652,3.092,5.593,均 P<0.01)。治疗后GG、GT、TT 3组患者血清LDL-C水平分别为(1.89±0.53) mmol/L、(2.07±0.92) mmol/L和(1.96±0.79) mmol/L,低于治疗前的(2.87±0.92) mmol/L、(2.56±0.89)mmol/L和(2.55±1.11) mmol/L,均差异有统计学意义( t=9.896,4.055,5.980,均 P<0.001)。治疗前后GG组血清LDL-C水平差值为(-0.97±0.69)mmol/L,GT组和TT组分别为(-0.50±0.86)mmol/L和(-0.59±0.56)mmol/L,3组治疗前后血清LDL-C水平差值之间差异有统计学意义( F=5.614, P=0.005)。3组患者治疗前后TC、TG、HDL-C差值差异无统计学意义( F=2.783,0.490,1.677,均 P>0.05)。二元Logistic回归分析显示,ABCB1 G2677T基因类型和熬夜是阿托伐他汀降脂治疗的独立影响因素,其中ABCB1 G2677T基因GT型患者降脂有效的概率为GG型患者的27.9%( OR=0.279,95% CI:0.110~0.709, P=0.007),TT型患者降脂有效的概率是GG型患者的33.8%( OR=0.338,95% CI:0.121~0.943, P=0.038);有熬夜习惯的患者降脂有效的概率为不熬夜患者的26.4%( OR=0.264,95% CI:0.118~0.591, P=0.001)。3组药物不良反应总发生率差异无统计学意义( χ2=0.868, P=0.648)。 结论:ABCB1 G2677T基因GG型急性脑梗死患者应用阿托伐他汀降脂疗效优于GT型和TT型。
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编辑人员丨5天前
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滋阴疏肝汤对卵巢储备功能不全模型小鼠卵巢颗粒细胞凋亡的影响
编辑人员丨5天前
目的 探讨滋阴疏肝汤对卵巢储备功能不全模型小鼠卵巢颗粒细胞(GCs)凋亡的影响.方法 研究起止时间为2020年1月至2022年12月.将30只雌性C57BL/6小鼠按随机数字表法分为对照(NC)组、环磷酰胺模型(CTX)组、低剂量(ZY-L)组及高剂量(ZY-H)组滋阴疏肝汤组、辅酶Q10(Q10)组,实验结束前,抽取小鼠外周血,利用酶联免疫吸附测定(ELISA)检测相关激素及氧化应激相关指标水平.实验结束后处死小鼠,提取卵巢原代颗粒细胞.采用化学发光法测定ATP水平,利用DNA断裂的原位末端标记(TUNEL)法检测细胞凋亡情况.采用实时荧光定量逆转录PCR(RT-qPCR)及蛋白质印迹法检测线粒体功能相关基因及细胞凋亡信号调节激酶1抗体(ASK1)/应激活化蛋白激酶(JNK)信号通路相关基因的表达水平.结果 滋阴疏肝汤干预可显著降低小鼠外周血促卵泡生成素(FSH)和促黄体生成素(LH)水平(P<0.05),提高抗米勒管激素(AMH)、雌二醇(E2)、总抗氧化能力(T-AOC)、超氧化物歧化酶(SOD)、谷胱甘肽过氧化物酶(GSHPx)水平(P<0.05).与CTX组相比,ZY-H组及Q10组GCs中神经萎缩蛋白1(OPA1)(NC:1.00±0.05;ZY-H:0.78±0.41;Q10:0.89±0.46)、线粒体融合蛋白1(Mfn1)(NC:1.00±0.04;ZY-H:0.65±0.23;Q10:0.81±0.51)、线粒体融合蛋白2(Mfn2)(NC:1.00±0.08;ZY-H:0.43±0.16;Q10:0.72±0.23)的信使RNA(mRNA)/蛋白表达水平明显升高(P<0.05),而靶向线粒体分裂蛋白(Drp1)(NC:1.00±0.03;ZY-H:2.03±0.53;Q10:1.52±0.41)和线粒体裂变1蛋白抗体(Fis1)(NC:1.00±0.03;ZY-H:1.32±0.13;Q10:1.44±0.26)的mRNA/蛋白表达水平明显降低(P<0.05).RT-qPCR及蛋白质印迹法检测显示,经滋阴疏肝汤和辅酶Q10处理后,GCs中胱天蛋白酶3/9(caspase-3/9)、ASK1、JNK、细胞色素C(Cyt-c)的mRNA及蛋白水平均下降(P<0.05).TUNEL检测显示,滋阴疏肝汤干预可明显减少卵巢凋亡细胞的数量.结论 滋阴疏肝汤可降低小鼠体内氧化应激水平,保护线粒体功能,使卵巢储备功能免受CTX诱导的损伤.
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编辑人员丨5天前
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Menkes病一个家系的临床特征及 ATP7A基因变异分析
编辑人员丨5天前
目的:对1例Menkes患儿及其家系的临床特征及 ATP7A基因变异进行分析,明确其致病原因,为临床诊断提供依据。 方法:选择2022年3月在四川大学华西第二医院确诊的1例Menkes患儿及其家系作为研究对象,分析其临床表现、实验室检查及 ATP7A基因变异检测的结果。 结果:患儿主要表现为癫痫发作、全面发育落后,特殊面容、毛发稀疏、卷曲、乳酸、丙酮酸增高,铜兰蛋白明显降低;脑电图示多灶性尖、棘、多棘(慢)、多形性慢波频繁发放;头颅磁共振成像可见多发迂曲走行的血管影。全外显子组测序显示其 ATP7A基因存在c.3076delA(p.Ile1026*)半合子变异,该变异遗传自母亲,可导致蛋白质翻译提前终止。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)相关指南判定为致病变异(PVS1+PM2+PP4)。 结论:ATP7A基因c.3076del系新发变异,可能是本研究患儿的致病原因。基因检测为患儿的临床诊断提供了依据,并进一步丰富了 ATP7A基因的变异谱。Menkes病患者的乳酸及丙酮酸水平显著升高,可用于指导诊断和管理。携带者的头发在显微镜下与患者相似,可能有助于诊断。
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编辑人员丨5天前
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基于单细胞转录组测序探讨小鼠脉络膜新生血管内皮细胞的病理特征
编辑人员丨5天前
目的:基于单细胞转录组测序(scRNA-seq)探讨小鼠脉络膜新生血管(CNV)中内皮细胞(EC)的分子表达与病理特征。方法:取6只6~8周龄C57BL/6小鼠按照随机数字表法随机分为2个组,每组3只,处死后摘取双眼眼球,分别采用剪碎脉络膜巩膜复合体法和刮取脉络膜法分离脉络膜组织,采用胰蛋白酶/Ⅰ型胶原酶37 ℃连续消化制得单细胞悬液,流式细胞术检测细胞活率及EC比例,确定单细胞悬液制备方法。选取6只小鼠随机分为正常对照组和CNV组,每组3只,其中CNV组小鼠建立激光诱导的CNV模型;于造模后7 d制备单细胞悬液,采用10xGenomics进行单细胞分离并构建测序文库,Illumina Novaseq6000进行高通量测序,获得基因表达矩阵;根据文献报道并参考Cellmarker数据库定义细胞亚群;选取EC亚群进行拟时序分析,生成各个细胞分化状态(State)的基因表达矩阵,筛选CNV-EC并初步分析表达特征。另选取6只小鼠建立CNV模型,于造模后7 d取小鼠眼球制备冰冻切片,免疫荧光染色检测EC标志物Pecam1与线粒体外膜蛋白Tomm20、mt-Co1和毛细血管标志物Kdr、Plvap的共定位及面积占比情况,并统计血管直径。结果:剪碎复合体和刮取脉络膜所制备单细胞悬液的细胞活率分别为99.4%和99.1%,符合测序要求;流式细胞术检测EC占比约为1.58%。scRNA-seq结果显示,正常对照组和CNV组小鼠脉络膜均包含13个细胞亚群,与正常对照组比较,CNV组视锥/视杆细胞、EC和造血系细胞比例增加,视网膜色素上皮(RPE)细胞和施万细胞比例相应减少。在所有细胞亚群中,EC比例为18.40%。EC拟时序分析显示,脉络膜EC可分为4个State,CNV组中位于State 2状态的EC比例为29.1%,较正常对照组的9.5%明显升高;差异基因分析显示,State 2 EC中线粒体相关基因 mt-Nd4和 mt-Atp6等表达上调而毛细血管基因 Kdr和 Esm1等表达显著下调。免疫荧光染色结果显示,CNV区域内Tomm20和mt-Co1在Pecam1阳性EC内表达分布面积比例分别为(19.50±4.68)%和(4.64±2.82)%,明显高于正常区域的(3.00±2.09)%和(0.18±0.34)%,差异均有统计学意义( t=7.88、3.84,均 P<0.01)。CNV区域内Kdr和Plvap在Pecam1阳性EC内表达面积比例分别为(1.50±0.29)%和(0.79±0.97)%,明显低于正常区域的(31.30±5.44)%和(10.43±2.28)%,差异均有统计学意义( t=13.40、9.48,均 P<0.01)。CNV区域血管直径为(5.52±1.85)μm,明显大于正常区域的(4.21±1.84)μm,差异有统计学意义( t=9.57, P<0.001)。 结论:CNV发生时,脉络膜组织中EC比例增加,CNV-EC呈现线粒体代谢活化和毛细血管特性丢失的病理特征,提示EC线粒体活化可能在CNV生成中具有一定的作用。
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编辑人员丨5天前
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miR-125a-5p靶向 Scarb1基因对缺氧/复氧心肌细胞损伤的影响及其机制研究
编辑人员丨5天前
目的:探讨miR-125a-5p靶向调控清道夫受体B1( Scarb1)基因对缺氧/复氧大鼠心肌细胞损伤的影响及作用机制。 方法:将体外培养的H9c2大鼠心肌细胞随机分为空白对照组、缺氧/复氧组、转染对照组和miR-125a-5p转染组。检测各组miR-125a-5p的表达量、心肌细胞的活力、凋亡率、ATP含量以及Scarb1、Cyt C、Bax、Bcl-2及NF-κB信号通路相关蛋白的表达情况。利用Targetscan软件预测miR-125a-5p的靶基因,用双荧光素酶报告基因实验验证miR-125a-5p和 Scarb1的靶向关系。 结果:与空白对照组相比,缺氧/复氧组心肌细胞miR-125a-5p、Bax、Cyt C的表达和凋亡率明显升高( P<0.05),细胞活力、Scarb1、Bcl-2的表达及ATP含量明显降低( P<0.05)。与转染对照组相比,miR-125a-5p转染组的情况与上述变化相反。双荧光素酶报告基因实验证实 Scarb1为miR-125a-5p的靶基因。缺氧/复氧能够促进心肌细胞中NF-κB p65、c-Myc和Cyclin D1蛋白的表达,而下调miR-125a-5p的表达则能够抑制上述蛋白的表达。 结论:缺氧/复氧能够诱导心肌细胞中miR-125a-5p的表达,抑制miR-125a-5p则能够通过上调 Scarb1的表达对缺氧/复氧心肌细胞起保护作用,其机制可能与抑制NF-κB信号通路的活化有关。
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编辑人员丨5天前
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青少年高尿酸血症四例病例报道及文献复习
编辑人员丨5天前
目的:通过对青少年高尿酸血症临床特征进行汇总分析,以提高临床医师对该病的诊治认识。方法:选取2015年11月至2021年8月华中科技大学同济医学院附属同济医院内分泌科收治的有明确家族史的青少年高尿酸血症4例,对其临床表现、实验室检查、基因测序以及治疗效果进行分析。结果:在4例患者中,尿调节素(UMOD)基因突变2例(c.453C>T,p.C151C纯合突变1例;c.453C>Y,p.C151C杂合突变1例);腺苷三磷酸结合盒转运体G2(ABCG2)基因复合杂合突变1例(c.421C>A p.Q141K;c.34G>A p.V12M);ABCG2基因纯合突变1例(c.421C>A,p.Q141K)。4例患者规律药物治疗及调整生活饮食习惯后血尿酸水平明显下降。结论:高尿酸血症在青少年人群中的病因除原发性因素外,一些急慢性疾病、遗传性疾病也不容忽视。存在家族史的患者建议进行基因检测。药物安全性问题在青少年人群的治疗中也应得到重视。
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编辑人员丨5天前
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基于加权基因共表达网络分析筛选儿童神经母细胞瘤中MYCN扩增相关基因
编辑人员丨5天前
目的:通过生物信息学分析探究儿童神经母细胞瘤中与MYCN(N-myc)基因相关的共表达基因。方法:下载TARGET数据库神经母细胞瘤表达数据共179例,WGCNA分析筛选MYCN扩增共表达基因模块;针对目标基因模块个基因行GO、KEGG富集分析筛选MYCN扩增相关基因可能参与生物过程及信号通路;以MYCN扩增状态将神经母细胞瘤表达数据分为扩增组65例、非扩增组114例,行差异表达基因分析;筛选的差异表达基因同MYCN扩增相关基因取交集后运用K-M法行生存分析(log-rank检验),筛选预后相关基因,Logistics回归探究MYCN扩增状态同预后基因的关系。结果:WGCNA分析提示MEgreenyellow模块同MYCN基因扩增状态相关性最强( R=0.46, P<0.05),为共表达基因,包含基因1 216个,富集分析提示MYCN扩增共表达基因多参与RNA相关通路(RNA的转运、剪切、修饰,RNA相关酶的活性等过程);差异表达基因分析显示,MYCN扩增组相较于非扩增组,基因表达上调47个,表达下调123个;WGCNA分析同差异表达基因取交集筛选出22个关键基因,行生存分析显示同预后相关的基因( P<0.05)有12个,其中DDX1与其他关键基因相关性相对较弱,或为神经母细胞瘤独立预后因素。 结论:LINC00839、ATP结合盒亚家族C4(ABCC4)、亚甲基四氢叶酸脱氢酶(NADP +依赖)2(MTHFD2)、磷酸甘油酸脱氢酶(PHGDH)、序列相似性家族13 A(FAM11A)、磷酸丝氨酸转氨酶1 (PSAT1)、假尿苷酸合酶7(PUS7)、DEAD-box解旋酶1(DDX1)、溶质载体有机阴离子转运蛋白家族5A1(SLCO5A1)、Junctophilin 1(JPH1)、溶质载体家族16 1(SLC16A1)、MYCN Opposite Strand(MYCNOS)为神经母细胞瘤中MYCN扩增的共表达基因,与较差的预后相关,是神经母细胞瘤潜在的治疗靶点及预后指标。
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编辑人员丨5天前
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线粒体tRNA变异与一个冠心病家系的相关性研究
编辑人员丨5天前
目的:探讨线粒体DNA变异和冠心病的相关性,研究1个母系遗传冠状动脉粥样硬化性心脏病(CHD)的可能机制。方法:选取2022年5月10日在杭州市第一人民医院就诊的1例女性CHD先证者及其母系遗传CHD家系成员作为研究对象,收集该家系的先证者和母系CHD成员的临床资料。通过对先证者及家系成员进行线粒体DNA测序,对照正常线粒体基因,经过数据比对筛选变异位点。针对变异位点,进行物种间的保守性分析并使用生物信息学软件预测变异位点对tRNA二级结构的影响。Real-time PCR检测线粒体拷贝数,并建立转线粒体细胞系进行线粒体功能分析,包括膜电位和ATP水平测定。结果:该家系共4代32人,母系成员10人,患CHD有4人,外显率为40%。测序结果发现先证者和母系成员携带m.4420A>T及m.10463T>C变异,2个变异位点在物种间均具有高度保守性。m.4420A>T位于tRNA Met D环第22位碱基上,m.4420A>T变异破坏了原有13T-22A碱基配对,可能会引起tRNA代谢障碍。m.10463T>C位于tRNA Arg接收臂的第67位碱基,该位点碱基与tRNA结构稳定性相关。实验发现携带m.4420A>T和m.10463T>C变异的家系成员的线粒体拷贝数、膜电位和ATP水平均低于正常对照( P<0.05),分别平均下降约50.47%、39.6%及47.4%。 结论:线粒体tRNA Met 4420A>T和tRNA Arg 10463T>C变异可能是这个母系CHD家系的重要分子基础。该家系表现出mtDNA同质性变异、发病年龄以及临床表型等差异,提示核基因、环境因素和线粒体遗传背景对家系成员的冠心病发病进程有一定的影响。
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编辑人员丨5天前
