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B细胞异位基因2在胰腺癌组织中的表达及临床意义
编辑人员丨6天前
目的:检测B细胞异位基因2(BTG2)在胰腺癌组织的表达情况,分析其与胰腺癌临床病理特征和预后的关系。方法:收集2015年6月至2020年12月间湖北医药学院附属国药东风总医院病理科石蜡封存的46例胰腺癌组织、对应的癌旁组织及肝胆胰外科9例行手术切除的新鲜胰腺癌组织、对应的癌旁组织,采用免疫组织化学染色法检测46例胰腺癌组织及癌旁组织BTG2蛋白表达情况,根据BTG2表达水平将其分为BTG2高表达组和低表达组。采用RT-PCR法检测9例胰腺癌组织、癌旁组织BTG2基因表达量。分析BTG2蛋白表达水平与患者临床病理特征的相关性,采用Kaplan-Meier法绘制生存时间图及死亡风险曲线图,应用单因素和多因素Cox回归模型分析影响胰腺癌患者预后的因素。结果:46例胰腺癌组织中BTG2高表达29例(63.04%),对应癌旁组织中BTG2高表达38例(82.61%),癌旁组织BTG2高表达率显著高于癌组织;9例胰腺癌组织中3例为高分化,6例为中低分化,高分化胰腺癌组织BTG2表达量显著高于中低分化癌组织(0.66±0.07比0.24±0.18),癌旁组织表达量显著高于癌组织(1.00±0.00比0.38±0.30),差异均有统计学意义( P值均<0.001)。胰腺癌BTG2低表达与肿瘤分化程度低、有血管侵犯相关( P值均<0.05),而与肿瘤位置、大小、淋巴结转移、CA19-9水平、术后肝转移无关。BTG2高表达组中位生存期显著长于BTG2低表达组(525 d比266 d, P<0.001);生存≥300 d患者BTG2高表达组生存时间显著长于BTG2低表达组[(616±135)d比(426±113)d],差异有统计学意义( P<0.001),而生存<300 d患者BTG2高表达组与低表达组生存时间差异无统计学意义。单因素分析结果显示,肿瘤分化程度、血管侵犯、BTG2表达、CA19-9水平、术后肝转移均与胰腺癌患者预后有关;多因素分析结果显示,BTG2表达水平( HR=2.572,95% CI1.140~5.802, P=0.023)、血管侵犯( HR=0.203,95% CI0.072~0.572, P=0.003)及术后肝转移( HR=0.240,95% CI0.102~0.564, P<0.001)为影响胰腺癌患者预后的独立危险因素。 结论:胰腺癌组织BTG2表达量显著低于癌旁组织,其低表达与胰腺癌侵袭性强、分化程度低及预后差相关。BTG2对胰腺癌患者预后的影响主要在远期。
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编辑人员丨6天前
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四个先天性红细胞生成异常性贫血家系的 SEC23B基因变异分析
编辑人员丨6天前
目的:分析4例不明原因的溶血性贫血患者的基因变异类型。方法:采集4例以溶血性贫血为表型的患者及其家系成员外周静脉血,提取基因组DNA。应用高通量测序方法对4例患者红系相关疾病基因进行筛查,并用Sanger测序验证患者及其家系成员可疑变异位点。结果:4个先证者在 SEC23B基因上均检测到2个复合杂合变异,分别来自其父母,为先天性红细胞生成异常性贫血(congenital dyserythropoietic anemia,CDA)Ⅱ型患者。先证者1携带 SEC23B基因第15外显子c.1727T>C(p.Phe576Ser)和第16外显子c.1831C>T(p.Arg611Trp)复合杂合变异;先证者2携带第2外显子c.74C>A(p.Pro25His)和第14外显子c.1588C>T(p.Arg530Trp)复合杂合变异;先证者3携带第2外显子c.74C>A(p.Pro25His)和第16外显子c.1831C>T(p.Arg611Trp)复合杂合变异;先证者4及其弟携带第14外显子c.1571C>T (p.Ala524Val)和第19外显子c.2149G>T (p.Ala717Ser)复合杂合变异;检出的6个变异中,c.1727T>C(p.Phe576Ser)和c.2149G>T (p.Ala717Ser)为未见报道过的新变异。同时检测到先证者4其 PIEZO1基因上存在c.4608_4615del(p.Gly1537Glufs*82)杂合变异。 结论:高通量测序技术可快速准确地对CDAⅡ型患者进行基因变异分析,是传统诊断方法的有效补充手段,其中新发现的变异位点丰富了 SEC23B基因的变异数据库。
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编辑人员丨6天前
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中国汉族Cohen综合征一家系 VPS13B基因变异及临床表型分析
编辑人员丨6天前
目的:分析 VPS13B基因复合杂合变异导致的Cohen综合征患者的致病性以及临床特征。 方法:采用家系调查研究,收集2021年9月于河南省立眼科医院就诊的中国汉族Cohen综合征一家系共2代3人,其中患者1例。收集先证者及其父母的临床资料,完善相关眼科及全身检查以评估临床表型;采集该家系成员外周静脉血样本,提取全基因组DNA,进行全外显子组测序。对家系成员中进行Sanger测序和家系共分离分析。根据ACMG指南对筛选出来的变异位点进行致病性评分;应用在线工具对变异位点进行致病性预测。以"Cohen综合征"、"Cohen syndrome"和" VPS13B基因"为关键词,检索在线人类孟德尔遗传数据库、PubMed数据库、中国知网、万方数据知识服务平台以及维普中文科技期刊数据库中Cohen综合征相关文献。总结文献中不同患者的临床表现以及致病位点,分析基因型和临床表型的关系。 结果:该家系符合常染色体隐性遗传。先证者,男,5岁,双眼夜盲伴畏光、上睑下垂、下睑内翻、倒睫,双眼高度近视,周边视网膜骨细胞样色素沉积,周边部视网膜外层萎缩变薄,闪光视网膜电图未检测出波形;全身发育迟缓,典型面部特征,手指脚趾细长,扁平足,足内翻,肌张力减退,未发现心脏异常;性格过度开朗。先证者临床表现符合Cohen综合征。先证者父母临床表型及辅助检查结果均未见明显异常。全外显子测序显示,先证者携带 VPS13B基因1个无义变异c.11713C>T(p.Gln3905*)和1个剪接变异c.6940+1G>T。经Sanger测序验证,上述变异在该家系中呈共分离。其中c.11713C>T(p.Gln3905*)为未报道的新变异位点,该变异位点使其编码的蛋白质提前终止,影响蛋白质的正常功能。ACMG指南显示2种变异均为致病变异。共检索到12篇中国Cohen综合征的变异位点及临床特征相关文献,结合本研究结果共发现中国患者人群中 VPS13B变异位点共24个,其中移码变异位点发生率较高,占41.7%(10/24),错义变异、剪接变异和无义变异分别占20.8%(5/24)、20.8%(5/24)和16.7%(4/24)。Cohen综合征患者发病年龄为28天~12岁,神经系统、眼、脑、骨骼等全身症状呈散发状态,临床表现具有高度异质性。 结论:该Cohen综合征家系 VPS13B基因发现1个新的致病变异c.11713C>T,扩大了 VPS13B基因致病变异谱。Cohen综合征患者临床表型具有高度异质性。
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编辑人员丨6天前
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子宫内膜异位症患者异位内膜组织中差异表达microRNA的筛选
编辑人员丨6天前
目的:探讨微小 RNA(microRNA,miRNA)在子宫内膜异位症(endometriosis,EMS)患者异位内膜组织中的表达特征。方法:收集2018年4月至2019年10月期间于厦门大学附属第一医院妇产科就诊EMS 患者异位内膜组织和对照组在位内膜组织开展实验。利用Illumina平台的miRNA测序检测内膜组织中 miRNA的表达情况。通过生物信息学分析差异表达的miRNAs及其潜在靶基因在EMS发生、发展中的作用。结合文献挑选6个具有显著差异的miRNAs(miR-98-5p、let-7c-5p、miR-495-3p、miR-200b-3p、miR-200c-3p、miR-148b-3p),应用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(quantitative real-time polymerase chain reaction,qRT-PCR)进行验证,并在构建miRNA-基因调控网络后初步验证其潜在靶基因。结果:测序结果显示,相比对照组,EMS患者异位内膜组织中有69个miRNAs出现差异表达(差异倍数>1.5, P<0.05),其中表达上调22个,表达下调47个。基因本体分析显示,差异表达的miRNAs所调控的靶基因在生物学过程中集中在与蛋白质修饰、发育调控、细胞代谢和形态结构等相关。KEGG pathway分析显示,靶基因富集于蛋白质功能、自噬、AGE-RAGE及MAPK信号通路中。qRT-PCR结果显示miR-98-5p、let-7c-5p、miR-200b-3p、miR-200c-3p的表达情况与测序结果一致。miRNA-基因共表达网络显示 miRNAs与所预测的靶基因间的相互关系。miRNAs潜在靶基因的qRT-PCR验证结果显示,miR-200b-3p、miR-200c-3p与 ZEB2呈负相关,miR-98-5p与 PGRMC1呈负相关,miR-98-5p、let-7c-5p与 ADIPOR2呈正相关。 结论:miR-98-5p、let-7c-5p、miR-200b-3p和miR-200c-3p在EMS患者异位内膜组织中存在显著差异表达,可能参与EMS的发生、发展。
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编辑人员丨6天前
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中国汉族ADRP一家系 RHO基因变异基因型及临床表型分析
编辑人员丨6天前
目的:分析中国汉族常染色体显性遗传视网膜色素变性(ADRP)一家系的致病基因及临床表型。方法:采用家系调查研究,收集2019年11月于河南省人民医院进行遗传咨询的中国汉族RP一家系,纳入该家系4代20名成员,包括9例患者和11名表型正常者,对部分家系成员进行视力、视野和眼底检查。收集该家系成员外周血样本,提取DNA,采用Ion Torrent PGM测序平台,对先证者进行包含43个与RP相关基因的外显子靶向测序,采用PCR和Sanger测序对变异位点进行验证。采用在线软件对变异位点进行蛋白功能预测。采用ClustalW2多重比对程序对变异位点的氨基酸序列进行比较。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)遗传变异分类标准与指南分析变异的致病性。结果:该家系符合常染色体显性遗传。先证者,男,26岁,自幼双眼夜盲,视力右眼0.25,左眼0.5。双眼视网膜有骨细胞样色素沉着,视网膜血管变细,视盘颜色变淡。全视野视网膜电图检查显示,暗适应a波和b波峰值降低,明适应a波和b波峰值重度降低。其余家系成员患者均于7~10岁开始出现夜盲,约50岁时周边视力完全丧失,眼科检查均呈典型RP改变。基因检测结果显示,该家系视紫红质( RHO)基因(NM_000539.3)5号外显子中存在1个杂合错义变异c.982delC(p.L328fs)。该变异可导致编码的RHO蛋白第328位氨基酸以后的21个氨基酸改变,使编码区由348个氨基酸增加到358个氨基酸,RHO蛋白结构发生改变;多个不同物种之间蛋白同源序列比对分析结果显示该位点高度保守。根据ACMG遗传变异分类标准与指南,该变异具有1个非常强的致病性证据PVS1,2个中等致病证据PM2,3个支持致病证据PP1、PP3、PP4,属于致病性变异。 结论:RHO基因c.982delC变异为该家系的致病基因变异位点,该变异位点在中国汉族家系中首次报道。
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编辑人员丨6天前
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lncRNA HCP5对氧糖剥夺/复氧诱导的神经细胞凋亡的影响及其机制
编辑人员丨6天前
目的:探讨长链非编码RNA(lncRNA)人类组织相容性白细胞抗原复合物P5(HCP5)对氧糖剥夺/复氧(OGD/R)诱导的神经细胞损伤的影响,并分析其潜在机制。方法:将SH-SY5Y细胞分为对照组(CON组,正常培养基培养)、模型组(Model组,进行OGD/R)、干扰对照组[si-NC组,转染HCP5小分子干扰RNA阴性对照(si-NC)后进行OGD/R)]、HCP5干扰组[si-HCP5组,转染HCP5小分子干扰RNA(si-HCP5)后进行OGD/R]、HCP5干扰+抑制剂对照组[si-HCP5+anti-NC组,转染si-HCP5、miR-525-5p抑制剂阴性对照(anti-NC)后进行OGD/R]、HCP5干扰+miR-525-5p抑制剂组[si-HCP5+anti-miR-525-5p组,转染si-HCP5、miR-525-5p抑制剂后进行OGD/R]。qRT-PCR检测细胞中lncRNA HCP5、miR-525-5p的表达;MTT检测SH-SY5Y细胞活性;二氯荧光素二乙酸酯(DCFH-DA)荧光探针检测细胞内活性氧(ROS)水平;流式细胞术检测SH-SY5Y细胞凋亡;Western blot检测细胞中BTG2、Bcl-2相关X蛋白(Bax)、B淋巴细胞瘤2(Bcl-2)、剪切的半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3(cleaved-Caspase-3)蛋白的表达。SPSS 25.0软件用于分析数据,多组间比较采用单因素方差分析,进一步两两比较采用SNK- q检验。 结果:6组细胞中lncRNA HCP5、miR-525-5p的RNA水平和BTG2蛋白的表达水平均差异有统计学意义( F=28.853,59.241,13.731,均 P<0.001)。Model组lncRNA HCP5水平高于CON组,miR-525-5p水平低于CON组,BTG2蛋白水平高于CON组(均 P<0.05);si-HCP5组lncRNA HCP5水平低于Model组,miR-525-5p水平高于Model组,BTG2蛋白水平低于Model组(均 P<0.05);si-HCP5+anti-miR-525-5p组lncRNA HCP5水平高于si-HCP5+anti-NC组,miR-525-5p水平低于si-HCP5+anti-NC组,BTG2蛋白水平高于si-HCP5+anti-NC组(均 P<0.05)。6组细胞的细胞活性和ROS水平均差异有统计学意义( F=16.180,59.950,均 P<0.001)。Model组的细胞活性低于CON组(0.33±0.12,0.63±0.11),ROS水平高于CON组(224.62±23.27,100.00±0.00)( P<0.05);si-HCP5+anti-miR-525-5p组细胞活性低于si-HCP5+anti-NC组(0.38±0.08,0.58±0.08)( P<0.05),ROS水平高于si-HCP5+anti-NC组(207.83±19.39,135.27±14.36)( P<0.05)。6组细胞的凋亡率和凋亡蛋白Bcl-2、Bax、cleaved-Caspase-3的表达水平均差异有统计学意义( F=27.994,29.660,45.000,52.983,均 P<0.001)。与si-NC组比较、si-HCP5组与si-HCP5+anti-NC组比较,Model组SH-SY5Y细胞中Bax、Bcl-2、cleaved-Caspase-3蛋白水平和凋亡率均差异无统计学意义(均 P>0.05);与CON组相比,Model组细胞凋亡率、Bax、cleaved-Caspase-3蛋白水平显著上调(均 P<0.05),Bcl-2蛋白水平显著下调( P<0.05);与Model组、si-NC组相比,si-HCP5组细胞凋亡率、Bax、cleaved-Caspase-3蛋白水平显著下调(均 P<0.05),Bcl-2蛋白水平上调( P<0.05);与si-HCP5组、si-HCP5+anti-NC组相比,si-HCP5+anti-miR-525-5p组细胞凋亡率、Bax、cleaved-Caspase-3蛋白水平显著上调(均 P<0.05),Bcl-2蛋白水平显著下调( P<0.05)。 结论:lncRNA HCP5可能通过靶向上调miR-525-5p来抑制BTG2表达,从而导致OGD/R模型中神经细胞发生凋亡。
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编辑人员丨6天前
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原发性远端肾小管酸中毒患者的基因突变分析和临床表型研究
编辑人员丨6天前
目的:对原发性远端肾小管酸中毒(distal renal tubular acidosis,dRTA)患者进行基因突变分析和基因型-表型相关性研究,以提高对该病的认识和理解。方法:通过Sanger测序或全外显子组测序的方法对2010年4月至2020年9月青岛大学附属医院和青岛大学附属市立医院确诊的来自37个家系的44例原发性dRTA患者进行致病基因突变分析,根据2015年美国医学遗传学和基因组学学会(American College of Medical Genetics and Genomics,ACMG)的分类标准和指南评估变异致病性。总结患者的临床特点,并进行基因型和表型的关联研究。结果:44例dRTA患者共确定 SLC4A1基因7个变异, ATP6V0A4基因17个变异, ATP6V1B1基因15个变异,其中新增11个新变异;根据ACMG指南,39个变异中致病性、可能致病性和良性变异分别为22、16和1个。9例患者是 SLC4A1基因突变导致的常染色体显性遗传dRTA,4例患者为 SLC4A1基因突变导致的常染色体隐性遗传dRTA合并东南亚卵圆形红细胞增多症并伴有贫血,14例和8例患者分别为 ATP6V0A4基因和 ATP6V1B1基因突变导致的常染色体隐性遗传dRTA,2例患者不符合常染色体隐性遗传模式仅携带1个 ATP6V1B1杂合突变,7例患者检测结果为阴性。43例患者均为完全性dRTA,1例患者为不完全性dRTA。 ATP6V0A4基因和 ATP6V1B1基因突变导致患者感音神经性耳聋的患病率分别为2/14和6/10。成人、儿童和婴幼儿慢性肾脏病的发生频率分别为4/4、2/4、1/36。经以枸橼酸钾钠合剂为基础的药物治疗后,大部分患儿的生长发育(28/40)和电解质紊乱(41/44)得到明显改善。 结论:本研究44例原发性dRTA共发现3个致病基因 SLC4A1、 ATP6V0A4、 ATP6V1B1的39个变异位点,其中11个为新变异。dRTA人群基因型和表型密切相关。经恰当的治疗后,大部分患者的病情获得改善。本研究丰富了人类基因突变数据库,将为dRTA人群的遗传咨询和诊治提供有益的借鉴。
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编辑人员丨6天前
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2022—2023年无锡市甲型H3N2流感病毒全基因组特征分析
编辑人员丨6天前
目的:了解无锡市2022—2023年甲型H3N2流感病毒的全基因组和遗传进化特征。方法:采用实时荧光定量RT-PCR方法对流感样病例呼吸道样本进行分型检测,对甲型H3N2流感病毒核酸阳性的样本进行病毒分离培养,红细胞凝集试验(HA)≥1∶8的毒株提取核酸,扩增全基因组序列,构建文库,采用MiSeq测序仪上机测序。以NC_007366.1为参考株,使用CLC Genomics Workbench(Version 23)软件分析下机数据。采用MEGA 7.0软件构建系统进化树,NetNGlyc 1.0 Server软件预测N-糖基化位点。结果:2022—2023年35株甲型H3N2流感病毒流行株之间的核苷酸同源性为96.4%-100%,氨基酸同源性为95.2%~100%。2022年16株流行株属于3C.2a1b.2a.1a进化分支,2023年19株流行株属于3C.2a1b.2a.2a.3a.1进化分支。2022年流行株与对应疫苗株比较HA基因核苷酸序列存在7个差异位点,共享15个突变位点;2023年流行株与对应疫苗株比较HA基因核苷酸序列存在28个差异位点,共享17个突变位点。35株流行株HA基因均缺少N-糖基化位点61:NSS,而2023年19株流行株HA基因新增N-糖基化位点110:NSS。结论:2022年和2023年甲型H3N2流感病毒的HA和NA基因分别属于2个进化分支,与相应疫苗株比较均出现特异性氨基酸位点改变。2022年流行株与疫苗株比较抗原匹配性较好,2023年流行株与疫苗株比较存在抗原匹配性较低的现象。
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编辑人员丨6天前
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一例 TRNT1基因复合杂合新变异导致儿童SIFD综合征
编辑人员丨6天前
目的:对1例铁粒幼红细胞性贫血伴B细胞免疫缺乏、周期性发烧和发育迟缓患儿进行 TRNT1基因变异分析,明确其可能的遗传学病因。 方法:应用外显子组检测对患儿及父母进行基因分析,对与临床表型相关的可疑变异位点进行Sanger验证及相关生物信息学预测分析其生物危害性,并通过同源结构预测变异危害性。结果:基因检测结果显示患儿 TRNT1基因存在c.88A>G(p.Met30Val)和c.363G>T(p.Glu121Asp)复合杂合变异,经Sanger测序验证父亲携带c.88A>G(p.Met30Val)杂合变异,母亲携带c.363G>T(p.Glu121Asp)杂合变异。检索PubMed等数据库两个变异均未见报道。通过对p.Glu121Asp蛋白结构预测分析变异可能会影响TRNT1蛋白与tRNA的结合稳定性。根据美国医学遗传学与基因组学学会遗传变异分类标准与指南, TRNT1基因c.88A>G和c.363G>T变异分别判定为意义不明确(PM2+PP3+PP4)和可能致病性变异(PM1+PM2+PP3+PP4)。 结论:TRNT1基因c.88A>G(p.Met30Val)和c.363G>T(p.Glu121Asp)复合杂合变异可能为该患儿发病原因,新变异的检出拓展了 TRNT1基因的变异谱。
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编辑人员丨6天前
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骨来源肿瘤的分子病理学进展
编辑人员丨6天前
形态学以及经典的免疫组化仍是骨来源肿瘤诊断的基石,但以二代测序为基础的分子病理学的蓬勃发展已改进了目前的诊断技术。同时,分子病理学也进一步为骨来源肿瘤的治疗策略提供线索,用于预测肿瘤的生物学行为。基于分子异常的新病种的文献报道不断涌现,让肿瘤的分类从形态学向分子生物学转换。目前,骨肿瘤可以简单分为简单核型和复杂核型两类,前者包括了特殊异位、基因点突变、特殊基因扩增等,而后者往往缺乏特定的变异。本文基于2019年世界卫生组织(World Health Organization,WHO)(第5版)新的骨肿瘤分类,对骨肿瘤的分子病理学更新进行归类和总结。新的基因型的发现有助于骨肿瘤的诊断与鉴别诊断,甚至可以为后续的内科治疗提供新的思路。其中以巨细胞来源的骨的肿瘤的H3F3A p.G34W、软骨母细胞瘤的H3F3B p.K36M、软骨肉瘤的IDH1/2突变、动脉瘤样骨囊肿的USP6重排等成为近年来骨肿瘤分子病理学革新的标志。
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编辑人员丨6天前
