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2019新型冠状病毒刺突蛋白表位预测及变异分析
编辑人员丨5天前
目的:预测2019新型冠状病毒(2019 novel coronavirus,2019-nCoV)刺突蛋白的抗原表位,分析刺突蛋白的变异规律。方法:从基因库(GenBank)和全球共享禽流感数据倡议组织数据库下载2019-nCoV的基因序列(截至2020年3月4日)。应用ClustalW、MEGA 7.0、免疫表位数据库等生物信息学软件,预测刺突蛋白潜在的B淋巴细胞和T淋巴细胞表位,分析比较刺突蛋白的变异在表位区与非表位区的特点。统计学分析采用 χ2检验。 结果:刺突蛋白有130个潜在表位,包括25个线性B淋巴细胞表位、18个非线性B淋巴细胞表位、71个人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)Ⅰ类限制性T淋巴细胞表位和16个HLA Ⅱ类限制性T淋巴细胞表位。S 404-426肽段有较高的抗原性,且在中国的人群覆盖率达73.4%。与1月31日之前的2019-nCoV刺突蛋白相比,其在1月31日之后的变异频率在非表位区(15.4%比21.7%)和表位区(6.2%比8.7%)都有所增加,但差异均无统计学意义(均 P>0.05)。 结论:2019-nCoV刺突蛋白有多个抗原表位,为2019-nCoV疫苗的研究提供了参考依据。刺突蛋白的变异有增加趋势,需进一步关注和研究。
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编辑人员丨5天前
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弥漫大B细胞淋巴瘤患者预后营养指数及临床特征与预后的关系
编辑人员丨5天前
目的:探讨预后营养指数(PNI)及临床特征对弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者预后的影响。方法:回顾性分析2014年11月至2018年12月徐州医科大学附属医院收治的236例DLBCL患者临床资料。采用X-Tile软件和限制立方样条(RCS)确定PNI、年龄、血红蛋白的最佳截断值;采用Cox比例风险回归模型进行单因素和多因素生存分析;Kaplan-Meier法分析患者总生存(OS)情况,并进行log-rank检验。结果:236例患者中共115例(48.7%)死亡,中位OS时间32个月。患者3年OS率46%,5年OS率36%。PNI的最佳截断值为49,PNI和DLBCL预后不良风险之间表现为显著的非线性关系( χ2=34.64, P<0.01);剂量-反应关系分析表明,随着PNI的变化,预后不良风险的关联强度呈非线性下降。年龄的最佳截断值为63岁,年龄与DLBCL预后不良风险的关联强度呈非线性上升趋势( χ2=14.86, P=0.022)。使用X-Tile软件计算血红蛋白的最佳截断值为93 g/L和129 g/L。多因素分析结果显示,PNI、中枢神经系统是否受累、肝脏是否受累、年龄、血红蛋白、国际预后指数(IPI)评分、是否有大包块是DLBCL患者OS独立影响因素(均 P<0.05)。生发中心B细胞(GCB)型、bcl-2阳性、bcl-6阳性患者中,PNI<49和PNI≥49患者3年OS率差异均有统计学意义(均 P<0.05)。 结论:PNI在DLBCL患者预后评估中具有一定的价值,PNI≥49提示患者预后良好。
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编辑人员丨5天前
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异基因骨髓造血干细胞移植后并发巨细胞病毒视网膜炎患眼房水病毒载量变化的初步研究
编辑人员丨5天前
目的:观察异基因骨髓造血干细胞移植(Allo-HSCT)后巨细胞病毒(CMV)性视网膜炎(CMVR)患眼房水中CMV-DNA载量,初步探讨其影响因素。方法:回顾性临床研究。2016年1月至2020年7月于北京大学人民医院眼科检查确诊的Allo-HSCT后CMVR患者19例28只眼纳入研究。其中,男性8例12只眼,女性11例16只眼;中位年龄28岁;单眼10例,双眼9例。患者治疗及随访过程中血液CMV-DNA持续保持阴性状态。患者均给予玻璃体腔注射60 mg/ml更昔洛韦0.05 ml(含更昔洛韦3 mg)治疗。诱导期为2次/周,共4次;维持期为1次/周。每次玻璃体腔注射更昔洛韦(IVG)前抽取房水测定其中CMV-DNA载量。从第4次IVG开始,若房水CMV-DNA载量转阴则终止治疗,并连续随访至少6个月。依据治疗过程中患眼房水CMV-DNA载量是否存在一过性升高,将患眼分为持续下降组和非持续下降组。观察并分析两组间房水CMV-DNA载量及眼部检查表现的差异。房水CMV-DNA载量与IVG次数和治疗时长相关性采用Pearson线性回归分析。结果:治疗终止时,患眼IVG中位次数为7 (4,9)次。相关性分析结果显示,患眼房水CMV-DNA载量与治疗次数[ R2=0.385 , P<0.000 1, B=-0.237 log 10拷贝/(ml·次)]、治疗时长[ R2=0.394, P<0.000 1, B=-0.301 log 10拷贝/(ml·周)]均呈负相关。28只眼中,持续下降组13只眼(46.4%,13/28 );非持续下降组15只眼(53.6%,15/28 )。持续下降组、非持续下降组患眼基线视力( t=-1.223 )、眼压( t=1.538 )、房水CMV-DNA载量( t=-0.109 )、视网膜炎病灶面积( Z=-0.308 )、病变累及象限个数( Z =-0.024)以及是否累及黄斑( Z =-1.826)、合并眼前节炎症反应( Z =-0.499)、合并高眼压( Z =-1.342)、终末视力( t=-0.845)、眼压( t =-0.068)、总IVG次数( Z=0.907 )、年龄( Z =-0.832)、性别构成( Z =-1.074)等比较,差异均无统计学意义( P>0.05 )。 结论:Allo-HSCT后CMVR患眼治疗过程中房水CMV-DNA载量每周下降约50%;房水CMV-DNA载量治疗过程中出现一过性升高不影响治疗过程和临床预后。
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编辑人员丨5天前
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阿魏酸钠对人皮肤增生性瘢痕成纤维细胞增殖和凋亡的调控作用及其信号机制
编辑人员丨5天前
目的:探讨阿魏酸钠对人皮肤增生性瘢痕成纤维细胞(HSFb)增殖、凋亡的调控作用和信号机制。方法:采用实验研究方法。取第4~6代人皮肤HSFb用于后续实验。将HSFb分别与终质量浓度1、1×10 -1、1×10 -2、1×10 -3、1×10 -4、1×10 -5、1×10 -6 mg/mL阿魏酸钠共培养48 h,采用噻唑蓝法测定细胞吸光度值并采用线性回归法分析阿魏酸钠的半数致死浓度(LC50),样本数为6。将HSFb分别与终质量浓度0.1、0.2、0.3、0.4 mg/mL的阿魏酸钠共培养24、48、72、96 h后,采用噻唑蓝法测定细胞吸光度值并计算细胞增殖抑制率(样本数为3)。取细胞,按随机数字表法分为采用相应终质量浓度阿魏酸钠处理的0.300 mg/mL阿魏酸钠组、0.030 mg/mL阿魏酸钠组、0.003 mg/mL阿魏酸钠组和不进行任何处理的阴性对照组。培养72 h后,采用噻唑蓝法测定细胞吸光度值(样本数为5),采用透射电子显微镜观察细胞微观形态(样本数为3),采用原位末端标记(TUNEL)法检测细胞凋亡情况并计算凋亡指数(样本数为4),采用免疫组织化学法检测B淋巴细胞瘤-2(Bcl-2)、Bcl-2相关X蛋白(Bax)、胱天蛋白酶3(caspase-3)蛋白表达(样本数为4),采用蛋白质印迹法检测转化生长因子β 1(TGF-β 1)、磷酸化Smad2/3、磷酸化Smad4、磷酸化Smad7的蛋白表达(样本数为4)。对数据行单因素方差分析、Dunnett检验。 结果:阿魏酸钠的LC50为0.307 5 mg/mL。培养24~96 h,4个质量浓度阿魏酸钠处理的细胞增殖抑制率均呈先升高后降低的趋势,于培养72 h达到最高,选择72 h作为后续实验的处理时间。培养72 h后,0.003 mg/mL阿魏酸钠组、0.030 mg/mL阿魏酸钠组、0.300 mg/mL阿魏酸钠组细胞吸光度值分别为0.57±0.06、0.53±0.04、0.45±0.05,均明显低于阴性对照组的0.69±0.06( P<0. 01)。培养72 h后,与阴性对照组比较,用阿魏酸钠处理的3组细胞出现不同程度的核固缩或断裂、裂解,染色质丢失,胞质中可见线粒体肿胀、粗面内质网扩张,局部逐渐空泡化。培养72 h后,与阴性对照组比较,0.003 mg/mL阿魏酸钠组、0.030 mg/mL阿魏酸钠组、0.300 mg/mL阿魏酸钠组细胞凋亡指数均显著升高( P<0. 05或 P<0. 01)。培养72 h后,与阴性对照组比较,0.300 mg/mL阿魏酸钠组细胞Bcl-2蛋白表达量明显减少( P<0. 01),0.030 mg/mL阿魏酸钠组、0.300 mg/mL阿魏酸钠组细胞Bax蛋白表达量均明显增加( P<0. 05),0.300 mg/mL阿魏酸钠组细胞caspase-3蛋白表达量显著增加( P<0.01)。培养72 h后,与阴性对照组比较,0.030 mg/mL阿魏酸钠组、0.300 mg/mL阿魏酸钠组细胞TGF-β 1、磷酸化Smad2/3、磷酸化Smad4蛋白表达量均明显减少( P<0. 05或 P<0. 01),0.003 mg/mL阿魏酸钠组、0.030 mg/mL阿魏酸钠组、0.300 mg/mL阿魏酸钠组细胞磷酸化Smad7蛋白表达量均显著增加( P<0.01)。 结论:阿魏酸钠可通过阻断TGF-β/Smad信号通路上的关键蛋白的表达,协同激活线粒体凋亡途径共同发挥抑制人皮肤HSFb增殖和促进人皮肤HSFb凋亡的作用。
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编辑人员丨5天前
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乙型肝炎病毒核心颗粒展示新型冠状病毒刺突蛋白B细胞线性表位及其免疫原性分析
编辑人员丨5天前
目的:获得展示新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)刺突蛋白B细胞线性表位的乙型肝炎病毒衣壳样颗粒(capsid-like particles, CLPs)并评价其免疫原性。方法:将SARS-CoV-2的4条B细胞线性表位(M1、S1-57、S14P5和S21P2)置换乙型肝炎病毒核心蛋白(hepatitis B virus core protein, HBc)第80位丙氨酸。在大肠埃希菌BL21 Star (DE3)中诱导表达这4种线性表位和HBc的重组融合蛋白(M1-HBc、S1-57-HBc、S14P5-HBc和S21P2-HBc)。SDS-PAGE、Western blot和非变性琼脂糖凝胶电泳(native agarose gel electrophoresis, NAGE)鉴定表达产物。蔗糖密度梯度超速离心纯化CLPs并经Western blot验证其抗原性。用纯化的CLPs免疫BALB/c小鼠,通过ELISA测定血清中的抗体滴度。结果:重组融合蛋白M1-HBc和S1-57-HBc自组装成M1-CLP和S1-57-CLP,S1-57-CLP免疫小鼠后靶向S1-57多肽的抗体滴度高达1∶1 000 000。结论:在原核系统中成功表达了展示SARS-CoV-2 M1或S1-57线性表位的乙型肝炎病毒CLPs,S1-57-CLP具有良好的免疫原性,为研制SARS-CoV-2新型诊断试剂和疫苗提供了新思路。
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编辑人员丨5天前
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H7N9禽流感病毒血凝素线性B细胞抗原表位单克隆抗体的制备和鉴定
编辑人员丨5天前
目的:研制用于H7N9禽流感病毒诊断的血凝素线性B细胞抗原表位单克隆抗体。方法:采用H7N9禽流感病毒血凝素特异性线性B细胞抗原表位免疫BALB/c小鼠,通过杂交瘤细胞技术和间接ELISA法筛选、鉴定获得稳定分泌抗H7N9禽流感病毒血凝素单克隆抗体的杂交瘤细胞株;通过SDS-PAGE、间接ELISA和斑点免疫印迹技术鉴定其亚型、效价、纯度等生物学特征。结果:共获得2株单克隆抗体(7C8H8和8E9E2),其中7C8H8抗体亚类为IgG2a,腹水抗体效价>1∶512 000,且可以特异性结合H7N9禽流感病毒血凝素。8E9E2仅具有较低的H7N9禽流感病毒血凝素蛋白结合力。结论:获得1株可分泌高效价、高特异性的抗H7N9禽流感病毒血凝素单克隆抗体的杂交瘤细胞株7C8H8。
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编辑人员丨5天前
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过氧化物酶体增殖物激活受体γ辅激活因子1β在类风湿关节炎滑膜中的表达及临床意义
编辑人员丨5天前
目的:探讨类风湿关节炎(RA)滑膜过氧化物酶体增殖物激活受体γ辅激活因子(PGC)1β表达与病理滑膜炎的相关性及其临床意义。方法:横断面研究纳入2010年5月至2016年10月在中山大学孙逸仙纪念医院住院的确诊RA患者并收集临床资料,采用改良Sharp评分(mTSS)评估双手正位X线片关节破坏程度。膝关节滑膜活检获取滑膜组织并连续切片,苏木精伊红染色评估滑膜病理改变,免疫组化染色检测PGC-1β表达及炎症细胞和血管内皮细胞数量。相关及多重线性回归分析RA滑膜PGC-1β表达与病理滑膜炎、临床病情活动及影像学关节破坏程度的关系。结果:共纳入83例RA患者,男20例(24.1%),女63例(75.9%),年龄(54±14)岁。PGC-1β在RA滑膜衬里层及衬里下层多种细胞胞核中表达,滑膜PGC-1β +细胞比例与病理滑膜炎评分及衬里下层CD3 +T细胞、CD20 +B细胞、CD38 +浆细胞、CD68 +巨噬细胞数量呈正相关( r=0.333、0.259、0.320、0.342、0.309,均 P<0.05)。滑膜PGC-1β表达与红细胞沉降率、C反应蛋白及mTSS显著正相关( r=0.219~0.301,均 P<0.05)。多重线性回归分析示滑膜PGC-1β表达与mTSS显著正相关(β=0.312 ,P=0.004)。 结论:RA滑膜PGC-1β表达与滑膜局部及全身炎症水平、关节破坏程度呈正相关,提示可能参与RA滑膜炎症及关节破坏过程。
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编辑人员丨5天前
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造血干细胞移植对儿童尼曼-皮克病B型肺部病变影响的高分辨CT表现
编辑人员丨5天前
目的:分析6例尼曼-皮克病(NPD)B型患儿造血干细胞移植(HSCT)治疗前后的胸部高分辨CT(HRCT)图像,探讨HSCT对肺部病变的影响。方法:回顾性收集2019年3月至2021年6月首都儿科研究所附属儿童医院临床确诊的6例NPD B型并进行HSCT治疗的患儿资料,男5例、女1例,就诊年龄为1岁2个月至5岁,中位年龄2岁1个月。HSCT后HRCT随访时间为7~20.5个月,中位时间5个月,随访次数2~7次/例,共27次。由2名医师在主动脉弓层面、气管隆突层面、右膈面上层面对肺部病变(肺间质病变、气道病变、肺泡病变)分别进行评估和计分,取两者均值为最终评分。采用Kruskal-Wallis H检验对HSCT前3种肺部病变评分进行比较;采用线性回归的方法分析不同病变变化程度随HSCT时长的变化特点;采用广义线性混合模型探讨HSCT时长、就诊年龄、性别以及是否合并感染对HSCT后不同种类病变的影响。 结果:在HSCT治疗前,本组6例患者均均存在不同程度气道、间质和肺泡病变,中位评分分别为3.0、14.0、5.8分,差异有统计学意义(χ2=11.95, P=0.003),其中以肺间质病变最广泛和最严重。经HSCT治疗后,6例患儿的肺间质和气道病变评分均随HSCT后时间延长呈不同程度下降,除病例4外,5例患儿肺泡病变评分亦随时间推移呈下降趋势。气道病变、肺间质病变及肺泡病变评分与HSCT时长的线性方程为:气道病变,Y=1.94-0.15X;间质病变,Y=12.73-0.78X;肺泡病变,Y=3.31-0.27X。广义线性混合模型结果显示,移植时长的主效应对于3种肺部病变均有显著影响,HSCT时长每增加1个月,间质病变、气道病变、肺泡病变评分分别平均下降0.688、0.245和0.338分( P均<0.05);就诊年龄每增加1岁,肺泡病变评分平均降低1.135分( P=0.012),而性别和是否合并感染的主效应对肺部病变均无显著影响( P均>0.05)。 结论:HSCT可明显而持续改善儿童NPD B型病例的肺部病变,且以肺间质病变的吸收最快、最显著。
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编辑人员丨5天前
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NKT细胞和肿瘤异常蛋白在Ⅲ~Ⅳ B期头颈部鳞癌中的临床价值
编辑人员丨5天前
目的:探讨放射治疗前后外周NKT细胞和肿瘤异常蛋白(TAP)的变化在Ⅲ~Ⅳ B期头颈部鳞癌(HNSCC)中的临床价值。 方法:回顾性分析2019年1月至2021年12月河南省肿瘤医院确诊的101例HNSCC病例资料,患者均进行根治性放疗及术后放疗。流式细胞术检测放疗前后外周血NKT细胞所占比例,凝集法测定放疗前后肿瘤异常蛋白(TAP)凝聚面积。分析临床特征和NKT细胞变化、ATP变化等细胞特征与局部复发和远期生存的关系。采用 χ2检验或Fisher’s精确概率法进行组间比较,Kaplan-Meier法进行单因素生存预后分析,Cox模型进行多因素预后分析,双变量Pearson线性相关性分析NKT与TAP关系。 结果:全组中位随访时间为25个月。1、2、3年局部区域无复发生存(LRRFS)率分别为76.2%、67.3%、64.4%,无远处转移生存(DMFS)率分别为91.1%、90.1%、89.1%,无进展生存(PFS)率分别为69.3%、59.4%、55.4%。组间比较显示,年龄、是否手术、N分期、TNM分期、NKT细胞比例、TAP是3年总生存(OS)率的影响因素;TAP、性别、N分期及TNM分期是3年PFS率的影响因素。多因素分析显示,性别、年龄、N分期、NKT细胞及TAP为HNSCC独立预后因素( HR=3.00、2.35、2.27、2.02、2.56, P<0.05);NKT细胞与TAP相关性分析显示二者呈正相关( r=0.26, P=0.009)。 结论:Ⅲ~IV B期HNSCC仅进行根治性手术及术后放疗的复发率较高,外周血中NKT细胞表达及TAP表达水平以及二者在放疗过程中的变化影响局部晚期HNSCC的3年OS、PFS及LRRFS率,值得进一步研究。
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编辑人员丨5天前
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单细胞测序揭示自然杀伤细胞在青年和老年重症肺结核患者中的差异
编辑人员丨1周前
目的:探讨青年和老年重症肺结核患者中的免疫细胞亚群差异,重点关注自然杀伤细胞(NK细胞)亚群相关功能和通路.方法:通过与公开研究文献的通信作者联系,获取4例重症肺结核患者[其中,2例青年患者(年龄≤40岁),2例老年患者(年龄≥65岁)]的单细胞测序数据和其他临床相关指标.对研究对象单细胞RNA测序数据进行质控、统计,去除不合格的细胞后,进一步进行非线性降维和聚类.利用公认的细胞标志物对相关免疫细胞进行注释,统计各样本和分组中的细胞类型百分比,比较各细胞亚型在不同分组中的变化趋势.同时,比较不同细胞类型之间的差异基因,通过京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genome,KEGG)富集分析探索这些基因在生物过程和通路中的作用.结果:对来源于重症肺结核青年患者中的15 359个细胞和老年患者的9571个细胞进行注释,共鉴定到11个细胞亚群,占比最多的细胞类型分别是单核细胞(61%)、CD4+T细胞(17%)、CD8+T细胞(8%)、巨核细胞(5%)、B细胞(4%)及NK细胞(3%).分析发现,青年患者NK细胞百分比[中位数(四分位数):4.339%(3.955%,4.722%)]高于老年患者[中位数(四分位数):0.822%(0.813%,0.831%)],但差异未见统计学意义(Z=-0.431,P=0.667);利用观察到的细胞数与期望细胞数的比值(Ro/e)统计学方法分析同样显示NK细胞在青年组中呈现增多趋势.进一步对NK细胞聚类分析揭示了 3种不同NK细胞亚群,青年患者中高表达CD16的NK细胞百分比[中位数(四分位数)]为44.409%(41.672%,47.147%),略高于老年患者[中位数(四分位数):35.172%(32.169%,38.174%)],但差异未见统计学意义(Z=-0.431,P=0.667).对比CD16高表达的NK细胞和中表达的NK细胞发现存在435个明显变化的基因,其中高表达的基因388个,低表达的基因47个.KEGG结果显示差异表达基因主要集中作用在细胞感知、细胞因子、B细胞受体、抗原加工提呈等信号通路.结论:本研究通过分析青年和老年重症肺结核患者外周血免疫细胞之间的差异,揭示了青年重症肺结核患者中NK细胞百分比,以及CD16+NK细胞百分比增多,为肺结核患者的分级临床治疗提供了新的理论依据和潜在治疗靶点.
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编辑人员丨1周前
