本研究利用综合生物信息学方法寻找能够预测哮喘严重程度的新生物标志物。于2022年6至12月，在武汉大学中南医院过敏反应科开展并完成该临床医学研究。从高通量基因表达（Gene Expression Omnibus，GEO）数据库中筛选并下载基因芯片数据集GSE43696，使用R语言“affy”包和“rma”算法完成基因芯片数据预处理。利用“edgeR”包和“limma”包筛选出正常对照者、轻中度哮喘患者和重度哮喘患者两两之间的差异表达基因（differentially expressed genes，DEGs），然后用“clusterProfiler”包对差异表达基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析，最后用STRING网站构建差异表达基因的蛋白-蛋白互作（protein-protein interaction，PPI）网络，进一步筛选差异表达基因。使用R语言“WGCNA”包对数据集GSE43696进行加权基因共表达网络分析（weighted gene co-expression network analysis，WGCNA），筛选出与哮喘严重程度显著相关的模块，将WGCNA分析结果与PPI筛选的差异表达基因取交集得到关键（hub）基因。利用数据集GSE43696和GSE63142对hub基因表达量进行验证，依据ROC曲线评估诊断价值，并通过基因集富集分析（gene set enrichment analysis，GSEA）进一步明确数据集GSE43696中hub基因的潜在功能。结果显示，共筛选出251个DEGs，其中正常组和轻中度哮喘组39个，正常组和重度哮喘组178个，轻中度哮喘组和重度哮喘组34个，主要参与对有毒物质的反应、对氧化应激的反应、细胞外结构组织、细胞外基质组织等生物过程。筛选出两个与哮喘严重程度显著相关的模块（red模块， P=7e-6， r=0.43；pink模块， P=5e-8， r=-0.51），最终得到6个hub基因，包括 B3GNT6、 CEACAM5、 CCK、 ERBB2、 CSH1和 DPPA5。通过数据集GSE43696和GSE63142的基因表达水平比较和ROC曲线分析进一步验证了这6个hub基因，可能与o-聚糖生物合成、α-亚麻酸代谢、亚油酸代谢和戊糖葡萄糖酸的相互转化等过程相关。综上，通过多种生物信息学分析方法，本研究鉴定出与哮喘严重程度显著相关的6个hub基因，为哮喘的病情预测和靶向治疗提供了可能的新方向。

目的:检测β-1，3-N-乙酰氨基葡萄糖氨基转移酶3（B3GNT3）在胰腺癌组织中的表达情况，分析其临床意义。方法:采用生物信息学的方法分析B3GNT3在胰腺癌组织及癌旁正常组织中的mRNA水平，并分析其表达与胰腺癌患者的生存率间的关系。回顾性分析78例接受手术治疗的胰腺癌患者的临床病理资料。采用免疫组化法检测胰腺癌组织和癌旁正常组织中的B3GNT3蛋白表达水平，分析其与肾透明细胞癌患者临床病理特征的关系。结果:生物信息学分析结果显示，B3GNT3的mRNA在胰腺癌组织中显著高表达，并与患者总生存率和无病生存率显著相关。免疫组化结果表明，B3GNT3在胰腺癌组织中的表达明显高于癌旁正常组织。B3GNT3在胰腺癌组织中的高表达与肿瘤分期、肿瘤大小及淋巴结的转移情况相关（均 P<0.05），而与年龄、性别、肿瘤分级无关（均 P>0.05）。 结论:B3GNT3在胰腺癌的进展演变中发挥重要作用，有望成为胰腺癌重要的治疗靶点和一个潜在的生物标志物。

目的:探讨Ⅲ型纤维连接蛋白结构域蛋白3B(FNDC3B)在胰腺癌中的表达差异与临床病理特征和预后的关系，并探讨其可能发生相互作用的蛋白网络及其在胰腺癌发生发展中调控的可能信号通路。方法:采用蛋白质印迹法(Western blot)检测FNDC3B在胰腺癌组织及癌旁组织中的蛋白表达差异，用GEPIA分析FNDC3B在胰腺癌组织及正常胰腺组织中的mRNA表达差异。在癌症基因组图谱(TCGA)数据库获取胰腺癌病例资料，利用SPSS 25.0分析FNDC3B表达差异与胰腺癌患者临床病理特征和预后的关系。采用Kaplan-Meier法绘制胰腺癌患者生存曲线。STRING数据库分析与FNDC3B相互作用的蛋白网络。基因集富集分析(GSEA)预测FNDC3B在胰腺癌中调控的可能信号通路。计数资料比较采用 χ2检验，单因素及多因素分析采用COX回归分析，组间比较采用 t检验。 结果:Western blot检测结果显示FNDC3B在胰腺癌组织中的蛋白表达量高于癌旁组织(1.038±0.103比0.341±0.027， t＝22.807， P<0.01)。GEPIA数据库分析结果显示FNDC3B在胰腺癌组织中的mRNA表达量高于正常胰腺组织( P均<0.05)。FNDC3B基因表达水平与胰腺癌患者的年龄( χ2＝12.115， P<0.01)、病理分级( χ2＝11.490， P<0.01)和N分期( χ2＝3.962， P<0.05)密切相关，与性别、病理分期、T分期、M分期无明显相关( P均>0.05)。单因素Cox分析结果显示N分期[风险比( HR)＝2.001，95%可信区间( CI)＝1.193~3.354， P<0.01]和FNDC3B mRNA表达水平( HR＝1.595，95% CI＝1.051~2.421， P<0.05)对胰腺癌患者的预后存在显著影响。多因素Cox分析结果显示FNDC3B mRNA表达水平( HR＝1.565，95% CI＝1.011~2.423， P<0.05)是胰腺癌患者预后的独立危险因素。FNDC3B高表达组胰腺癌患者的生存时间显著低于FNDC3B低表达组患者( χ2＝4.898, P<0.05，中位生存时间为592 d比634 d)。STRING数据库分析结果表明，与FNDC3B相互作用蛋白有FAM46A(分值＝0.687)、ZNF469(分值＝0.672)、B3GNT7(分值＝0.647)等。GSEA研究结果显示，FNDC3B mRNA高表达样本富集到TGF-β、WNT、NOTCH、JAK-STAT、mTOR等信号通路相关基因集( P均<0.05)。当FNDC3B基因表达上调时，上述通路被激活。 结论:FNDC3B在胰腺癌中高表达，且与胰腺癌不良预后密切相关，可能通过调节FAM46A等相互作用蛋白及激活TGF-β等信号通路在胰腺癌发生发展中发挥促癌作用。

目的:探讨β1，3-N-乙酰氨基葡萄糖转移酶5(B3GNT5)对神经母细胞瘤(NB)细胞侵袭迁移的影响及作用机制。方法:利用公共数据库分析B3GNT5与NB患者高/低风险、MYCN扩增及预后的关系。收集武汉儿童医院普外科7例NB和2例节神经细胞瘤组织标本，采用免疫组织化学、实时定量荧光聚合酶链反应(RT-qPCR)和蛋白印迹法(Western blot)检测组织和NB细胞系中B3GNT5的表达。构建B3GNT5干扰和过表达的SK-N-BE和SH-SY-5Y细胞系，Transwell检测对细胞迁移侵袭的影响，Western blot检测转移相关蛋白。应用质谱技术、免疫共沉淀、靶基因干扰实验探讨潜在分子机制。两组间比较采用 t检验。 结果:数据库分析显示B3GNT5表达与NB患儿总体生存率和无事件生存率呈负相关[风险比( HR)＝13.480、3.900， P<0.01]；高危组和MYCN扩增组中的表达显著高于低危组和MYCN非扩增组(10.040±1.206比9.206±0.893、10.960±0.705比9.166±0.933， t＝8.816、14.900， P<0.01)。B3GNT5干扰组SK-N-BE细胞迁移(78.980±6.591)和侵袭(39.830±7.310)的数量低于对照组(131.000±6.607、72.000±6.117， t＝23.720、14.320， P<0.01)。B3GNT5与膜联蛋白A2结合，B3GNT5干扰组膜联蛋白A2糖基化水平低于对照组(0.217±0.076比0.470±0.071， t＝4.192， P<0.05)。干扰膜联蛋白A2，B3GNT5过表达的SK-N-BE细胞迁移(91.780±6.873)和侵袭(99.110±7.435)的数量低于对照组(188.900±7.727、197.200±8.363， t＝39.860、36.730， P<0.01)。 结论:B3GNT5靶向促进膜联蛋白A2糖基化修饰介导NB细胞侵袭迁移。

目的 探讨β1,3-乙酰葡萄糖胺转移酶3(β1,3-N-acetylglucosaminyltransferase-3,B3GNT3)在非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)组织中的表达及其临床意义.方法 通过在线TCGA数据库分析B3GNT3基因的表达;Western blot法及免疫组织化学法检测60例NSCLC组织及22例正常肺组织中B3GNT3蛋白的表达情况,分析B3GNT3蛋白表达与NSCLC患者临床病理特征及预后之间的关系.结果 NSCLC患者组织中B3GNT3基因和蛋白表达明显高于正常肺组织,差异有统计学意义(P＜0.01).B3GNT3蛋白表达与NSCLC患者的年龄、性别、吸烟情况、种族、TNM分期均无明显关系(P＞0.05).B3GNT3高表达组患者生存期明显短于B3GNT3低表达组患者(P＜0.05).结论 B3GNT3蛋白在NSCLC组织中高表达,且其表达高低与NSCLC患者预后有关.

目的 研究陈皮总黄酮(CPTF)干预血管平滑肌细胞(VSMC)糖胺聚糖(GAGs)代谢的作用机制.方法 MOVAS细胞分为正常组、模型组、CPTF组(100 μg· mL-1);采用氧化低密度脂蛋白(ox-LDL)诱导建立VSMC增殖模型.采用硫酸咔唑法测定GAGs总量;以HPLC法检测半乳糖胺含量;以流式细胞仪检测成纤维细胞生长因子-硫酸乙酰肝素-成纤维细胞生长因子受体1c(bFGF-HS-FGFR1c)三元复合物的荧光信号;高通量测序检测GAGs转录组基因表达.结果 与正常组比较,模型组的GAGs、硫酸软骨素(CS)含量增多(P＜0.05),HS含量降低(P＜0.05),Cspg5(调节CS合成)、Hs3st3b1(调节HS、肝素合成)基因表达明显上调,B3gnt3(调节鞘糖脂生物合成-乳酸和新乳酸系列)、Has3(调节透明质酸合成)、Fut1(调节鞘糖脂生物合成-globo系列)基因表达下调.与模型组比较,CPTF组的GAGs、CS含量降低(P＜0.01),HS含量增多(P＜0.01),B3gnt3、Has3、Fut1、Hs3st3b1基因表达上调,Cspg5基因表达明显下调.结论 CPTF可能通过调节Cspg5基因的表达及HS的合成来干预VSMC的GAGs代谢,从而发挥一定的抗动脉粥样硬化的作用.

肺腺癌是目前肺癌最常见的组织学亚型,约占肺肿瘤的一半.MicroRNAs (miRNAs)是非常短(20～24个核苷酸)的非编码RNA,miRNA的异常表达与多种人类肿瘤的进展和转移有关.本研究通过GEO数据集GSE19945查询获得肺癌中降低最显著的miRNA即miR-338-3p,并通过Kaplan-Meier Plotter(Kmplot)网站查得低表达水平的miR-338与肺腺癌病人的不良预后有关.利用qRT-PCR检测发现,miR-338-3p在肺腺癌细胞中表达降低(P＜0.05).利用GV369-miR-338过表达慢病毒上调A549细胞中的miR-338,利用qRT-PCR检测过表达效率.Transwell细胞侵袭实验发现,miR-338的上调可抑制肺腺癌细胞的侵袭能力(P=0.0007).基因预测网站分析获得miR-338-3p的靶基因-B3GNT3(β1,3-N-acetylglucosaminyltransferase-3),生物信息学数据库分析发现,B3GNT3在肺腺癌组织中升高.双荧光素酶分析验证miR-338和B3GNT3可靶向结合(P＜0.05).Western印迹结果证明,过表达miR-338后B3GNT3蛋白的表达下降,且差距具有统计学意义(P＜0.05).Transwell实验证明,miR-338-3p可通过靶向调控B3GNT3抑制肺腺癌细胞的侵袭和转移(P＜0.05).综上,miR-338-3p在肺腺癌组织和细胞中表达降低,且miR-338-3p可靶向调控B3GNT3抑制肺腺癌的侵袭和转移.

目的 探讨胰腺癌组织中miR-338-3p、β-1,3-N-乙酰氨基葡萄糖氨基转移酶3(B3GNT3)的表达变化及意义.方法 选择行腹腔镜切除手术的胰腺癌患者92例,术中取癌组织及其癌旁组织(距肿瘤组织边缘≥5 cm),采用qRT-PCR检测组织中miR-338-3p、B3GNT3 mRNA表达,用Pearson相关分析二者相关性,分析二者与患者临床病理特征的关系;对患者进行随访,统计患者3年生存率,分析miR-338-3p、B3GNT3 mRNA表达与胰腺癌患者生存的关系;Cox回归分析影响胰腺癌患者生存的危险因素.结果 与癌旁组织比较,胰腺癌组织中miR-338-3p表达低,B3GNT3 mRNA表达高(P均<0.05).胰腺癌组织中miR-338-3p表达与B3GNT3 mRNA表达呈负相关(r=-0.571,P<0.05).新发糖尿病、低中分化、TNM分期Ⅲ期、有淋巴结转移的胰腺癌患者miR-338-3p低于无新发糖尿病、高分化、TNM分期Ⅰ～Ⅱ期、未发生淋巴结转移患者(P均<0.05),低中分化、TNM分期Ⅲ期、有淋巴结转移的胰腺癌患者B3GNT3 mRNA表达高于高分化、TNM分期Ⅰ～Ⅱ期、未发生淋巴结转移患者(P均<0.05).根据miR-338-3p、B3GNT3 mRNA相对表达量的均值将患者分为miR-338-3p高表达组、miR-338-3p低表达组,B3GNT3高表达组、B3GNT3低表达组.miR-338-3p低表达组3年生存率低于miR-338-3p高表达组,B3GNT3低表达组3年生存率高于B3GNT3高表达组(P均<0.05).有淋巴结转移、低表达miR-338-3p、高表达B3GNT3是胰腺癌患者术后3年死亡的危险因素(P均<0.05).结论 胰腺癌组织中miR-338-3p低表达、B3GNT3 mRNA高表达,这与胰腺癌恶性生物学行为及预后不良有关.

目的 回顾性研究β-1,3-N-乙酰氨基葡糖转移酶6(B3GNT6)在结直肠癌患者临床样本中表达的临床意义.方法 选取2012年1月至2014年12月中山大学附属第一医院诊治的154例结直肠癌患者的临床病理资料及随访资料.应用免疫组织化学法检测B3GNT6蛋白在肿瘤组织中的表达情况,经过病理玻片扫描仪数字化处理后,借助Qupath软件对阳性区域进行评分,并用X-tile软件选择合适的截断值,应用卡方检验分析B3GNT6蛋白表达差异与临床病理参数的相关性,Kaplan-Meier法分析B3GNT6蛋白表达与患者预后的相关性.结果 154例患者年龄(59.8±12.8)岁,男女比例为1.26:1.00.Qupath软件对癌组织进行H-score评分后,X-tile软件计算出H-score最佳截断值为57.44,根据B3GNT6表达情况将所有患者分为B3GNT6低表达组(104例)和高表达组(50例).B3GNT6低表达与淋巴结转移(P=0.012)、TNM分期(P=0.012)有关.Kaplan-Meier法分析发现B3GNT6高表达组患者预后较好(P=0.0026);单因素及多因素Cox回归分析提示B3GNT6表达是评价结直肠癌患者预后的独立危险因素(HR=0.295,95％CI:0.137～0.634,P=0.002).结论 B3GNT6可能作为结直肠癌患者预后评估的生物标志物.

目的 采用生物信息学方法分析甲状腺乳头状癌(PTC)脑转移差异表达基因的生物学功能,并筛选PTC脑转移的关键调控基因.方法 从GEO数据库获取基因芯片GSE66463,利用GEO2R中GEOquery、limma包筛选PTC脑转移灶癌组织差异表达基因,对差异表达基因进行基因本体论(Gene Ontology,GO)功能注释,利用京都基因和基因组数据库对差异表达基因的信号通路进行富集分析.通过String数据库构建差异表达基因的蛋白互作网络,筛选可能参与PTC脑转移的关键调控基因,分别基于GEPIA数据库、人类蛋白质表达图谱数据库数据分析PTC脑转移关键调控基因及蛋白与PTC患者预后的关系.结果 PTC脑转移灶癌组织中共183个差异表达基因,其中表达上调82个、下调101个.PTC脑转移灶癌组织差异表达基因生物学功能主要有金属离子动态平衡、小分子转运及分子细胞间黏附等,信号通路主要集中在风湿性炎症信号通路、NF-kB信号通路及IL17信号通路等.β-1,3-N-乙酰氨基葡萄糖氨基转移酶(B3GNT7)、丝氨酸/苏氨酸激酶(BUB1)、细胞分裂周期蛋白20(CDC20)、集落刺激因子2(CSF2)、趋化因子CXC配体2、白细胞介素1α(IL1α)、IL1β、骨诱导因子、骨调蛋白、脯氨酸/精氨酸丰富端亮氨酸丰富重复蛋白可能是参与PTC脑转移的关键调控基因.与B3GNT7低表达者比较,B3GNT7基因及蛋白高表达的PTC患者预后较好(P均<0.05).结论 PTC脑转移的差异表达基因的生物学功能主要有金属离子动态平衡、小分子转运及分子细胞间黏附等.PTC脑转移的关键调控基因主要有B3GNT7、BUB1及CDC20等.