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136个耳聋家庭Usher综合征1型相关基因变异情况分析
编辑人员丨1天前
目的:探讨Usher综合征1型(Usher syndrome type 1,USH1)相关基因在136例中国河南籍耳聋家庭中的变异情况。方法:总结2016年11月至2019年12月在郑州大学第一附属医院遗传与产前诊断中心应用二代测序(next-generation sequencing,NGS)技术进行耳聋基因检测的136个耳聋家庭的临床资料和测序数据,统计分析USH1相关基因( MYO7A、 USH1C、 CDH23、 PCDH15、 USH1G、 CIB2)的变异情况。 结果:共有5个耳聋家庭检测到USH1相关基因的9个致病或可能致病变异,占所有耳聋家庭的3.7%(5/136),其中4个耳聋家庭致病基因为 MYO7A,1个耳聋家庭致病基因为 CDH23,9个变异中的7个变异为首次报道,包括 MYO7A基因的c.313delG、c.5257dupA、c.5435A>T、c.5636G>C、c.5722T>G变异,以及 CDH23基因的c.155_166del、c.4802delA变异。其中家庭2和家庭3的患者视力目前无异常,但根据基因诊断及行走延迟考虑为USH1的可能性大。 结论:在本组河南籍耳聋患者中, MYO7A为USH1相关基因中最常见的致病基因。应用NGS技术可以在视觉症状出现之前对USH1患者进行初步诊断。
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编辑人员丨1天前
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CDH23基因多态性与噪声性听力损失发生风险关系研究
编辑人员丨1天前
目的:探讨CDH23基因多态性与噪声性听力损失(noise-induced hearing loss,NIHL)发生风险的关系。方法:从2006年1月1日起,以河南省某钢铁企业的6 297名接触噪声作业工人为队列研究人群,随访至2015年12月31日。于2019年7月,以1:1巢式病例对照研究方法在队列研究对象中按照年龄、接噪工龄、性别、工种因素选择双耳高频(3 000、4 000、6 000 Hz)平均听阈≥40 dB者选为听力损失组,选择双耳高频平均听阈<35 dB任一耳语频的任一频段(500、1 000、2 000 Hz)听阈均≤25 dB者为对照组,两组研究对象各286例。对调查对象进行一般体格检查和问卷调查,进行纯音听力测试和作业现场噪声测量,采用中高通量单核苷酸多态性分型检测技术(SNPscanTM法)对研究对象的CDH23基因18个位点进行检测。并采用条件Logistic回归分析不同单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)与NIHL的关系,及调整协变量后不同多态位点与NIHL发生风险的关系;以不同累积噪声暴露量(cumulative noise exposure,CNE)分层后,采用条件logistic回归对不同位点与NIHL发生风险关系进行分析。采用广义多因子降维法(generalized multifactor dimensionality reduction,GMDR)分析不同SNP组合与NIHL发生风险的关系。结果:与对照组比较,听力损失组在年龄、接噪工龄、CNE、饮酒习惯、高血压患病情况和体育锻炼情况的分布差异均无统计学意义( P>0.05);听力损失组研究对象吸烟人数多,听力损失组双耳高频平均听阈位移高,差异有统计学意义( P<0.01)。在调整了CNE、吸烟、饮酒、体育锻炼、高血压混杂因素的条件下,分析结果显示CDH23基因rs3802711、rs3752751、rs3752752、rs11592462、rs10762480、rs3747867多态位点在总体或CNE分层分析结果与NIHL发生风险均有关( P<0.05)。rs3802711位点总体分析结果和CNE≥97 dB(A)·年分层分析结果均显示,与携带GG基因型的噪声作业工人比较,携带AA/GA或GA+AA基因型的噪声作业工人更易发生NIHL( OR=3.121,95 CI%:1.054~9.239, P=0.04; OR=2.056,95 CI%: 1.226~3.448, P=0.006; OR=2.221,95 CI%: 1.340~3.681, P=0.002);rs11592462位点总体分析结果中,与携带CC基因型或CG+CC基因型的噪声作业工人比较,携带GG基因型的噪声作业工人更易发生NIHL( OR=3.951,95 CI%:1.104~14.137, P=0.035; OR=4.060,95 CI%: 1.145~14.391, P=0.030)。在调整了CNE、吸烟、饮酒、体育锻炼、高血压混杂因素的条件下,CDH23 rs1227049、rs10999947、rs3752752、rs3752751、rs10762480、rs3802711、rs11592462、rs10466026、rs4747194、rs4747195位点在构成的单体型与NIHL发生风险均无关联( P>0.05)。本研究在调整了CNE、吸烟、饮酒、高血压和体育锻炼因素后GMDR分析结果均未见SNP组合与NIHL发生风险有关联( P>0.05)。 结论:CDH23基因位点变异可能与NIHL的发生风险有关。
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编辑人员丨1天前
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基于转录组测序分析唾液酸结合免疫球蛋白样凝集素-15在胃癌细胞中的作用机制
编辑人员丨1天前
目的:筛选并分析唾液酸结合Ig样凝集素15(Siglec-15)在胃癌细胞中的候选靶基因及其下游信号通路并进行患者预后相关性分析。方法:构建干扰Siglec-15基因的最佳慢病毒转染至人胃腺癌AGS细胞株获得沉默组(AGS-shSiglec-15),以及空载体慢病毒转染获得的AGS细胞对照组(AGS-NC),各取三个样本进行转录组测序。根据测序数据筛选差异表达基因,通过GO分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析和GESA分析进行基因的功能注释和信号通路的鉴定。构建蛋白与蛋白相互作用网络图(PPI),进行可视化分析并获取关键互作蛋白,并对靶蛋白进行生存期分析。结果:共鉴定出符合筛选标准的255个差异表达蛋白编码基因,包括119个上调基因和136个下调基因。经GO、KEGG和GSEA分析表明,差异表达基因(DEGs)主要参与甲型流感、Toll样受体信号传导途径、钙信号传导途径、NOD样受体信号传导途径、病毒蛋白与细胞因子和细胞因子受体的相互作用等进程。同时筛选出10个Siglec-15相关基因的靶蛋白,其中钙黏蛋白23(CDH23)[ HR=1.31(1.05~1.63), P<0.05]、蛋白网络成分协调蛋白(USH1C)[ HR=1.25(1.05~1.48), P<0.05]、干扰素调节因子7(IRF7)[ HR=1.7(1.41~2.05), P<0.001]、MX2[ HR=1.63(1.33~2.00), P<0.01]、干扰素调节因子9(IRF9)[ HR=1.30(1.09~1.54), P<0.01]高表达的胃癌患者总生存率(OS)较差。而RSAD2(RSAD2)[ HR=0.78(0.61~1.00), P<0.05]、CC基序趋化因子配体5(CCL5)[ HR=0.66(0.55~0.78), P<0.01]、CXC趋化因子配体(CXCL8)[ HR=0.65(0.53~0.79), P<0.01]、XIAP相关因子1(XAF1)[ HR=0.77(0.65~0.92), P<0.01]、干扰素调节因子6(IRF6)[ HR=0.51(0.41~0.63), P<0.01]高表达的患者具有较好的OS。 结论:沉默Siglec-15基因在胃癌细胞中有明显差异表达基因并参与多种生物学进程和信号通路调节,可能作为胃癌的潜在新免疫检查点标志物及治疗靶点。
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编辑人员丨1天前
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新的 CDH23基因复合杂合模式导致的综合征型耳聋家系研究
编辑人员丨1天前
目的:采用高通量测序技术,对一个综合征型耳聋家系的致病基因及突变进行探究。方法:2018年6月至2020年7月,郑州大学第一附属医院耳科联合郑州大学相关机构对该家系进行了研究。该家系来自河南省濮阳市,2代4人,详细询问病史及家族史,绘制家系图。先证者及其妹患有先天性耳聋,其父母表型正常。对该家系进行临床表型分析,包括影像学、听力检查(包括纯音测听、声导抗、脑干诱发电位、耳声发射)、前庭功能检查及眼科检查(包括视力、视野、眼底检查、视觉诱发电位及视网膜电图)。靶向捕获129个耳聋相关基因的编码区域,采用高通量测序方法检测,并进行生物信息学分析,筛选疑似致病突变,使用Sanger测序和minigene试验进行验证。结果:该家系共2代4人,其中第二代2人(即2例患儿)均患有双耳重度感音神经性聋,伴有双眼视力下降、夜盲症、周边视野敏感度下降及部分视野缺损,前庭功能正常。2例患儿均携带 CDH23(NM_022124.5)、c.6049G>A (p.Gly2017Ser)、c.9856C>G(p.His3286Asp)及c.8699A>G (p.Asp2900Gly),其中c.6049G>A及c.9856C>G遗传自表型正常的父亲,c.8699A>G遗传自表型正常的母亲。错义突变c.9856C>G及c.8699A>G在gnomAD数据库中未收录。错义突变c.6049G>A位于第46号外显子的最后一个碱基位置,生物信息学软件预测其可能影响剪切,minigene试验表明,该突变位点会造成第46号外显子的跳跃,导致其所表达的蛋白功能异常。通过文献检索,并根据美国医学遗传学与基因组学学会遗传突变分类标准与指南,将c.6049G>A及c.8699A>G归类为致病/可能致病突变,c.9856C>G归类为临床意义未明突变。 结论:该病例是由 CDH23剪切变异与错义变异复合杂合导致的Usher综合征1D型(USH1D), CDH23的这种复合杂合形式会导致USH1D。
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编辑人员丨1天前
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一个双基因Usher综合征1D/F型耳聋家系的基因检测
编辑人员丨1天前
目的:探讨1个先天性重度耳聋家系的致病基因变异类型,明确其可能的遗传学病因。方法:运用高通量测序的方法对家系中的先证者进行415个遗传性耳聋相关基因的序列检测,应用Sanger测序法对高通量测序结果进行验证并对先证者父母和妹妹进行基因变异位点验证。结果:先证者基因组DNA中检测到与双基因Usher综合征1D/F型耳聋相关的 CDH23基因c.5131G>A(p.Val1711Ile)杂合变异和 PCDH15基因c.2884C>T(p.Arg962Cys)杂合变异,先证者父亲携带 PCDH15基因c.2884C>T(p.Arg962Cys)杂合变异,先证者母亲携带 CDH23基因c.5131G>A(p.Val1711Ile)杂合变异。先证者妹妹听力正常,携带 CDH23基因c.5131G>A(p.Val1711Ile)杂合变异,不携带 PCDH15基因c.2884C>T(p.Arg962Cys)杂合变异。按照美国医学遗传学与基因组学学会遗传变异分类标准与指南进行致病性评级, CDH23基因c.5131G>A(p.Val1711Ile)变异和 PCDH15基因c.2884C>T(p.Arg962Cys)变异均为可能致病性变异(PS1+PM2+PP3+PP4)。 结论:CDH23基因c.5131G>A(p.Val1711Ile)变异和 PCDH15基因c.2884C>T(p.Arg962Cys)变异可能为该家系耳聋发生的遗传学原因。
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编辑人员丨1天前
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基于全外显子高通量测序探讨透明细胞性肾细胞癌伴肉瘤样分化的分子机制
编辑人员丨1天前
目的:探讨透明细胞性肾细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,CCRCC)伴肉瘤样分化(CCRCCS)的分子机制,以筛选新的治疗靶标。方法:收集2017年1月至2018年10月诊断的5例CCRCCS石蜡包埋标本,对癌和肉瘤样成分分别进行全外显子组测序。选择全外显子组测序筛选到的一个钙黏蛋白23(CDH23)基因的高频错义突变位点进一步研究,收集2008年1月至2018年10月诊断的40例CCRCCS和50例CCRCC石蜡包埋标本,通过Sanger测序检测CDH23基因该位点序列信息,并行免疫组织化学检测90例扩大样本CDH23蛋白表达。结果:全外显子组测序结果显示,同一样本癌和肉瘤样成分具有大部分相同的体细胞突变,肉瘤样成分总的体细胞突变高于癌成分。筛选到一个在癌和肉瘤样成分中共同高频突变的CDH23基因的错义突变(p.Arg1804Gln),该位点突变导致介导CDH23功能的钙离子结合域蛋白序列发生改变。在扩大的90例样本中,CDH23(p.Arg1804Gln)突变在CCRCCS中的发生频率明显高于所有CCRCC。CDH23基因突变的CCRCCS病例中,CDH23蛋白多呈阴性或弱阳性表达,CDH23基因突变与蛋白表达呈正相关性( r=0.598, P<0.01)。 结论:CDH23(p.Arg1804Gln)突变是CCRCCS的高危遗传因素,与肿瘤细胞中CDH23蛋白水平降低有关,进而影响CDH23蛋白功能发挥,表明CDH23突变可能与CCRCCS的肉瘤样转化有关,可能是CRCCCS潜在的治疗靶标。
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编辑人员丨1天前
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老年性聋相关候选致病基因研究进展
编辑人员丨1天前
老年性聋是老年人群中最常见的感觉障碍,遗传因素在其发生、发展过程中至关重要,近年来,在候选基因的全基因组关联分析、基因组测序等遗传学研究方法及致病机制方面取得了新进展。研究证实,相关热点候选基因主要为 GRM7、 GRHL2、 TRIOBP、 CDH23、线粒体基因等。这些突变主要导致内、外毛细胞损伤,致病机制有所不同: GRM7基因等与神经递质的改变有关、线粒体基因与活性氧的氧化损伤有关、 CDH23基因与表观遗传学如甲基化改变有关。本文围绕老年性聋候选致病基因的地区差异性、遗传研究方法、致病机制三方面进行综述。
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编辑人员丨1天前
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惠州地区及周边城市新生儿耳聋基因筛查的结果分析
编辑人员丨1天前
目的:对惠州地区及周边城市新生儿常见耳聋基因的筛查结果进行分析和探讨。方法:对2017年3月~2019年12月20 934例新生儿4个耳聋相关基因的13个易感位点进行检测。结果:在20 934名新生儿中共检出突变携带者760例(3.63%),其中纯合/复合杂合突变和线粒体均质/异质突变携带者共62例(0.29%)。对5个异常病例进行进一步的检测,发现3人携带 GJB2基因复合杂合突变,2人携带 CDH23基因复合杂合突变。 结论:耳聋基因筛查对预防和减少新生儿听力缺陷具有重要的意义,但筛查范围需不断更新,同时不断完善技术方案。
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编辑人员丨1天前
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无关供者造血干细胞移植治疗合并HOXA11、ELANE基因突变的先天性骨髓造血衰竭1例
编辑人员丨1天前
1例主诉为乏力、纳差7年余,全血细胞减少4年余的患者就诊血液病科,血常规示全血细胞减少,骨髓细胞学检查示骨髓增生降低。血液系统基因组全外显子测序分析显示ELANE基因、HOXA11基因、CDH23基因突变,同时双耳听力轻度下降、语言表达不清、双拇指外展受限,诊断为先天性骨髓造血衰竭,行无关供者造血干细胞移植。移植后2年余,血象恢复正常,嵌合体示完全嵌合状态,听力明显恢复。通过造血干细胞移植治愈了该患者血液学异常并改善了双耳听力减弱等临床症状。
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编辑人员丨1天前
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一对常染色体隐性遗传性聋夫妻的遗传学及产前诊断分析
编辑人员丨1个月前
目的 对一对常染色体隐性非综合征型聋备孕夫妻患者进行基因分析,以明确其可能的遗传学病因,并为其提供产前诊断.方法 应用遗传性听力损失Panel对先证者进行基因分析,应用Sanger测序法对可疑致病位点进行验证,孕妇18周采集羊水后进行产前基因诊断.结果 妻子检测到常染色体隐性遗传性聋3型相关基因 MYO15A c.10419_10423delCAGCT/c.10294_10308delCCTTGCATCCTTGCC 复合杂合变异,分别遗传自其父母.丈夫检测到常染色体隐性遗传性聋77型相关基因LOXHD1 c.6388C>T/exon 33-38 del复合杂合变异,分别遗传自其父母.胎儿羊水检测到母源MYO15A c.10294_10308del CCTTGCATCCTTGCC杂合变异与父源LOXHD1 exon 33-38 del杂合变异,同时还检测到父源CDH23 c.6693delT杂合变异与母源PCDH15 c.5048_5051dupAGAA杂合变异,这两个杂合变异导致胎儿可能患ID/F型Usher综合征.结论 该耳聋夫妻为两个不同的耳聋基因变异所致,胎儿患与该夫妻双方相同耳聋的概率很低,但胎儿患二基因突变引起的耳聋的可能性大.对于双方均为耳聋患者的家庭进行产前诊断时应关注二基因突变导致的耳聋.
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编辑人员丨1个月前
