目的:探讨中国早发性（发病年龄≤35岁）乳腺癌遗传易感基因的胚系突变率及临床特征。方法:收集2015年1月1日至2019年12月31日中国医学科学院北京协和医学院肿瘤医院收治的150例发病年龄≤35岁的乳腺癌患者的临床信息和外周血标本，提取DNA检测乳腺癌易感基因（BRCA）1、BRCA2、毛细血管扩张性共济失调突变（ATM）、BRCA2定位协作基因（PALB2）、肿瘤蛋白53（TP53）和细胞周期检查点激酶2（CHEK2）基因的胚系突变。根据遗传变异的分类标准与指南对突变进行解读，分为致病、可能致病、意义未明、可能良性和良性。根据有无携带致病或可能致病胚系突变，将患者分为突变组（ n=18）和非突变组（ n=132），采用 χ2检验分析组间遗传易感基因胚系突变与临床病理特征的关系。 结果:150例早发性乳腺癌中检测到18例致病或可能致病胚系突变，总突变率为12.0%。其中，8例（5.3%）BRCA2突变，7例（4.7%）BRCA1突变，1例（0.7%）PALB2突变，2例（1.3%）TP53突变，ATM和CHEK2基因未检测到致病或可能致病突变。突变类型以移码突变（9/18，50.0%）为主，其次是无义突变（7/18，38.9%），错义突变（1/18，5.6%）和剪接受体突变（1/18，5.6%）。18例突变携带者分子分型中，9例Luminal B，6例三阴性乳腺癌（TNBC），2例Luminal A，人表皮生长因子受体-2（HER-2）扩增仅1例。其中，8例BRCA2突变携带者均为Luminal分型，7例BRCA1突变携带者中6例是TNBC分型。突变组和非突变组乳腺癌患者家族史（ P=0.343）、雌激素受体（ER）状态（ χ2=0.16， P=0.688）、HER-2状态（ χ2=2.89， P=0.089）、分子分型（ χ2=1.99， P=0.575）、初诊TNM分期（ χ2=2.49， P=0.115）差异均无统计学意义。 结论:早发性乳腺癌具有较高的胚系突变率，建议早发性乳腺癌患者进行遗传咨询和多基因检测。

目的:基于生物信息学方法挖掘分析恶性胸膜间皮瘤（MPM）的差异表达基因，研究其在MPM中的预后价值及其在免疫治疗中的潜在作用。方法:于2022年1月，从GEO数据库下载数据集GSE51024，获得MPM（55例）和正常组织（41例）样本。利用R软件结合HMDD和miRNet数据库筛选MPM相关差异基因并确定共表达基因。对共表达基因进行富集和功能注释，使用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络并确定关键基因。利用TRRUST、GEPIA数据库预测关键基因的转录因子及预后生存分析。使用TIMER分析关键基因和免疫细胞浸润程度的相关性。结果:共获得435个共表达基因，主要富集于细胞外基质组织、细胞黏附分子信号通路。结合PPI和TRRUST数据库，确定7个MPM预后相关的关键基因，其中细胞周期蛋白20（CDC20）、细胞周期检测点激酶1（CHEK1）、Zeste基因增强子同源物2（EZH2）、核糖核苷酸还原酶亚基M2（RRM2）、拓扑异构酶2A（TOP2A）、泛素样含植物同源结构域和环指域1（UHRF1）在MPM中的表达上调，周期调节蛋白A1（CCNA1）表达下调；CCNA1、CDC20、CHEK1、EZH2、RRM2、TOP2A、UHRF1基因表达与MPM总体生存率有明显关联（ P<0.05）。CDC20、CHEK1、EZH2、RRM2、TOP2A基因表达与B细胞、树突状细胞均呈正相关（ P<0.05），与中性粒细胞均呈负相关（ P<0.05）。 结论:CCNA1、CDC20、CHEK1、EZH2、RRM2、TOP2A、UHRF1可能是MPM患者潜在的预后标志物，其表达可能与MPM肿瘤免疫相关。

目的:探讨表皮生长因子受体（EGFR）基因敏感突变的非小细胞肺癌（NSCLC）患者吉非替尼耐药前后血浆中长链非编码RNA（lncRNA）和mRNA表达谱的变化，筛选耐药相关RNA分子。方法:选择2015年3月至2019年4月陕西省咸阳市中心医院及重庆医科大学附属永川医院收治的经吉非替尼治疗的EGFR基因敏感突变NSCLC患者12例，收集出现耐药前后的血浆，选取敏感阶段和耐药阶段各6份样本。运用基因芯片检测筛查出差异表达的lncRNA和mRNA，采用基因本体（GO）功能注释和京都基因与基因组数据库（KEGG）通路富集分析，得到差异表达mRNA参与的生物学途径。结果:芯片检测结果显示，NSCLC患者血浆lncRNA和mRNA表达谱在吉非替尼耐药前后存在差异。以差异倍数≥2、 P<0.05作为差异基因筛选标准，存在38个差异表达的lncRNA和53个差异表达的mRNA。相对于药物敏感阶段，耐药阶段患者血浆中表达上调的lncRNA 18个，上调倍数最大的lncRNA为RP1-102K2.6（差异倍数为47.31）；表达下调的lncRNA 20个，下调倍数最大者为RP11-149I2.4（差异倍数为24.34）。在mRNA表达谱芯片中，相对于药物敏感阶段，耐药阶段患者血浆中表达上调的mRNA 29个，上调倍数最大的mRNA为CUL2（差异倍数为58.49）；表达下调的mRNA有24个，下调倍数最大者为CHEK2（差异倍数为23.29）。GO功能分析显示吉非替尼发生耐药后血浆中差异表达的mRNA的作用富集在凋亡和蛋白结合过程调控等，KEGG分析显示差异表达的mRNA的作用靶点多集中于癌症通路、NSCLC通路等。 结论:EGFR基因敏感突变的NSCLC患者吉非替尼耐药前后血浆中存在多个差异表达的lncRNA和mRNA，其差异表达可能在吉非替尼耐药机制中发挥重要作用。

乳腺癌目前是全球女性的主要死因之一，近几年我国的乳腺癌发病率也一直呈上升趋势。现已有研究表明，关于乳腺癌易感基因的研究最充分的基因是乳腺癌易感基因1/2(BRCA1/2)，其他与乳腺癌风险增加相关的基因也已被确认，其中就包括细胞周期调定点激酶基因2(CHEK2)，它是一种编码丝氨酸/苏氨酸激酶CHEK2的肿瘤抑制基因。该基因参与DNA修复、细胞周期调节和细胞凋亡等DNA损伤反应途径。本文综述了CHEK2基因的研究现状与其在乳腺癌预防、诊断与治疗中起到的重要作用。

目的:探究酪蛋白激酶1γ2（CSNK1G2）在头颈部鳞癌（HNSC）发生和发展中的作用。方法:采用基于癌症基因组图谱（TCGA）数据库的UALCAN和LinkedOmics数据库分析HNSC中CSNK1G2的mRNA表达量、甲基化、拷贝数突变与临床指标之间的相关性以及CSNK1G2相关共表达基因和蛋白。对肿瘤临床标本进行实时荧光定量PCR（RT-qPCR）以验证CSNK1G2在HNSC中的表达情况。利用STRING数据库对CSNK1G2表达相关蛋白进行蛋白互作网络分析。结果:UALCAN分析结果显示，HNSC癌组织中的CSNK1G2 mRNA表达量高于正常组织（ P<0.001）；分化程度低和人乳头瘤病毒（HPV）阳性患者的HNSC癌组织中CSNK1G2 mRNA表达量均上调（均 P<0.05）；而不同病理分期、不同年龄阶段和不同淋巴结转移分期（N分期）患者其HNSC癌组织中的CSNK1G2 mRNA表达量差异均无统计学意义（均 P>0.05）。RT-qPCR结果证实HNSC癌组织中的CSNK1G2 mRNA表达量高于癌旁组织（ P<0.05）。LinkedOmincs相关性分析结果发现，CSNK1G2 mRNA表达量与CSNK1G2拷贝数突变呈正相关（ P<0.001），而与其甲基化呈负相关（ P<0.001）。生存分析结果发现，高CSNK1G2 mRNA表达和拷贝数突变预示着更高的生存率（ P=0.033， P=0.015），而甲基化水平与生存率无关（ P=0.458）。基因富集分析结果显示，CSNK1G2相关的共表达基因主要存在于DNA复制等环节。STRING蛋白互作网络分析结果显示，TP53、CHEK1、CHEK2可能是与CSNK1G2高表达明显相关的关键蛋白。 结论:CSNK1G2可能与TP53、CHEK1、CHEK2相关蛋白协同促进HNSC的发生和增殖，但不影响其转移和扩散。HNSC中CSNK1G2表达上调可能预示着更好的生存预后。

家族遗传因素在前列腺癌发病中起重要作用。遗传性前列腺癌易感性相关基因包括错配修复基因(MLH1、MSH2、MSH6、PMS2)和同源重组基因(BRCA1/2、ATM、PALB2、CHEK2)等，单核苷酸多态性和拷贝数变异也在遗传突变中发挥作用。发病年龄早、疾病进展迅速和局部晚期是遗传性前列腺癌的主要特点。进行基因检测或遗传咨询，可使潜在的遗传性前列腺癌患者获益。本文就家族遗传性前列腺癌的流行现状、发病特点、易感基因等研究进展进行综述。

目的:采用生物信息学的方法筛选骨肉瘤肺转移的差异表达基因,并探讨其功能及调控网络.方法:从GEO数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds)中筛选数据集GSE14359,使用GEO2R在线工具筛选差异表达基因(differentially expressed gene,DEG);在线 HMMD 数据库(http://www.cuilab.cn/hmdd)下载骨肉瘤疾病相关的 miRNA,FunRich软件预测靶基因,与DEG取交集,获得目标基因;根据靶向关系形成miRNA-mRNA关系对,数据导入Cy-toscape可视化;DAVID对目标基因行GO和KEGG通路富集分析;STRING构建PPI网络,Cytoscape可视化,Cyto-Hubba插件筛选中枢基因,在线网站进行表达和生存分析.结果:共鉴定出704个DEG,由477个上调基因和227个下调基因组成.FunRich预测出mRNA 7 888个,两者交集,获得目标基因343个.KEGG富集分析显示:目标基因主要参与焦点粘连、细胞外基质(extracellularmatrix,ECM)受体相互作用、肿瘤坏死因子(trmor necrosis factor,TNF)信号通路、PI3K-Akt信号通路、白细胞介素-17(interleukin 17,IL-17)信号通路、MAPK信号通路.获得10个中枢基因(CC-NB1、CHEK1、AURKA、DTL、RRM2、MELK、CEP55、FEN1、KPNA2、TYMS),CCNB1、DTL、MELK 和预后不良高度相关.结论:该研究确定的关键基因和功能通路可能有助于了解骨肉瘤肺转移癌发生和进展的分子机制,并提供潜在的治疗靶点.

目的:通过生物信息学和网络药理学方法探讨红景天苷治疗三阴性乳腺癌(TNBC)的作用机制,阐明其产生治疗作用的主要靶点和信号通路.方法:通过基因表达综合数据库(GEO)获取数据集 GSE45827,利用R软件包GSEABase进行基因集富集分析(GSEA),采用limma R软件包寻找相邻正常组织和TNBC组织之间的差异表达基因(DEGs),对DEGs进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,将DEGs与药物靶点结合,导入基因/蛋白相互作用检索搜查工具String数据库,形成蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络.使用MCODE插件对 PPI网络进行功能模块筛选,对SCORE值排名前2位的关键模块基因再次进行GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析.将2次KEGG富集分析所得通路与转录组数据GSEA富集分析结果取交集,获得红景天苷治疗TNBC的作用通路.使用CytoHubba插件计算出关键模块中最大团中心性(MCC)评分前 10 位的关键节点基因,即为核心基因.应用 AutoDock Vina 1.1.2 和PyMOL 2.3.0软件完成分子对接.结果:KEGG与GSEA富集分析的结果取交集得到13条共同通路,涉及细胞周期、细胞衰老和p53信号通路等.GO功能富集分析结果中所涉及的有丝分裂、核分裂和姐妹染色单体分离等生物学过程与细胞周期有密切关联,与KEGG富集分析结果一致.SCORE值排名第1位的关键模块中包含5个红景天苷药物作用靶点,分别为重组人细胞周期蛋白A2(CCNA2)、细胞周期检查点激酶 1(CHEK1)、驱动蛋白家族成员 11(KIF11)、DNA拓扑异构酶 2(TOP2A)和胸腺嘧啶酸合酶(TYMS),将上述蛋白与红景天苷进行分子对接,结果均表现出很强的结合能力(结合能<-7.0 kcal·mol-1).结论:红景天苷的紧密结合靶标位于TNBC的DEGs关键功能模块中,可以与CCNA2蛋白结合产生直接的调控作用,与KIF11、TOPA2、CHEK1和TYMS蛋白结合可针对TNBC的关键节点基因产生间接的调控作用,红景天苷有可能成为TNBC的临床治疗药物.

目的 利用生物信息学分析方法,结合 GEO 数据库,探讨获取结直肠肿瘤关键基因的差异表达情况.方法 使用GEO数据库分析结直肠肿瘤患者的肿瘤组织和正常组织基因表达数据,使用GEO2R筛选差异表达基因(differential expression genes,DEGs),利用David数据库对DEG进行基因本体论(gene ontology,GO)富集分析,获得DEG的分子功能、细胞组分和生物过程结果,利用基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and ge-nomes,KEGG)获取差异基因在疾病状态下的信号通路信息,构建差异基因间蛋白质相互作用网络,并使用Cyto-scape软件对网络中的关键节点进行拓扑分析,筛选出结直肠肿瘤患者发生过程中的关键基因.结果 通过对GSE21510 数据集的生物信息学分析,共鉴定到664 个DEGs,其中结直肠肿瘤患者高表达基因234 个,低表达基因430 个.这些DEGs主要参与细胞分裂、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录正和负调控等生物过程,同时参与细胞核、胞质、细胞质、核浆、细胞膜等细胞成分组成,并参与蛋白质绑定、ATP绑定等分子功能的表达和实现等过程,通过蛋白质网络分析确定高表达基因CDK1、CCNB1、TOP2A、AURKA、UBE2C、BUB1、CHEK1、RRM2、MYC、TPX2 和低表达基因SLC26A3、CLCA4、GUCA2A、MS4A12、ZG16、GUCA2B、CLCA1、AQP8、MT1E、MT1G为关键基因.生存分析结果显示,关键基因CCNB1 低表达与CRC患者预后较差显著相关(logrank P<0.01);此外,CCNB1 基因与肿瘤病理分期显著相关(P<0.01).结论 所筛选的关键基因可能成为诊断或治疗结直肠肿瘤的的标志物或潜在靶点,本研究结果为结直肠肿瘤的发病机制、治疗方法等领域的研究提供了理论参考.

目的 使用基因表达谱数据库(GEO)快速筛选出与胶质母细胞瘤的发生、发展过程密切相关的差异基因及信号通路.方法 利用生物信息学分析方法在GEO数据库中选择GSE31262数据集作为主要分析对象,包括5个成人神经干细胞个体样本和9个胶质母细胞瘤干细胞个体样本.从这些样本中筛选潜在的差异基因,使用京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路分析与基因本体论(GO)富集分析对筛选到的差异基因进行对比.在STRING在线数据库(https://string-db.org/)中,对筛选出来的差异表达基因所编码的蛋白,构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析网络,从而进一步筛选确定评分水平最高的前10位基因.通过癌症基因图谱(TCGA)、免疫细胞浸润分析及受试者工作特征(ROC)曲线分析等方法,分析差异基因与胶质母细胞瘤预后情况的相关性及其诊断价值.结果 通过筛选GSE31262数据集得到差异基因共2 692个(上调基因1 182个,下调基因1 510个).KEGG通路分析和GO富集分析的结果发现,上述差异基因主要涉及细胞器裂变、核分裂、胚胎器官发育、染色体分离、轴突生成、胶质细胞再生,主要参与细胞内吞作用、溶酶体、MAPK信号通路、细胞周期、人乳头瘤病毒感染、人类免疫缺陷病毒感染等过程.在PPI网络中筛选出的评分居前10位的关键差异基因分别为 CDK1、CCNB1、CCNA2、BUB1、KIF11、TOP2A、CCNB2、CHEK1、RRM2 和 ASPM,均与胶质母细胞瘤预后有关(P＜0.000 1).免疫细胞浸润分析表明,Th2细胞的浸润水平与10个基因的表达呈正相关,巨噬细胞与RRM2的表达呈负相关,与其他9个基因的表达呈正相关.ROC曲线分析显示,10个基因在胶质母细胞瘤中均有较高的诊断价值.结论 筛选得到的10个差异基因为CDK1、CCNB1、CCNA2、BUB1、KIF11、TOP2A、CCNB2、CHEK1、RRM2和ASPM,上述基因有望成为胶质母细胞瘤诊断及治疗的潜在分子靶点.