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Delta样典型Notch配体3基因在脑胶质瘤中的表达及其临床意义
编辑人员丨2天前
目的:研究Delta样典型Notch配体3(DLL3)基因在脑胶质瘤中的表达特征及其临床意义,进而探索其在脑胶质瘤中的生物学功能。方法:回顾性分析中国脑胶质瘤基因组图谱计划数据库(CGGA)的两套mRNA测序数据集及其匹配的临床数据,其中数据集1包含325例样本,数据集2包含693例样本。应用R软件分析DLL3在不同世界卫生组织(WHO)分级、不同分子分型脑胶质瘤的表达模式,并应用免疫组织化学染色检测方法验证DLL3蛋白在不同WHO级别脑胶质瘤中的表达水平。通过Kaplan-Meier生存曲线评价DLL3不同表达水平的脑胶质瘤患者的生存差异。采用单因素和多因素Cox回归分析法分析影响脑胶质瘤患者总体生存期的因素。通过Pearson相关性检验分析与DLL3表达相关的基因。采用功能富集分析方法分析与DLL3表达相关基因的生物学功能。结果:在数据集1中,DLL3的表达随着WHO级别的升高而下调,差异有统计学意义( P<0.001);DLL3在异柠檬酸脱氢酶(IDH)突变型患者中的表达量高于IDH野生型患者( P<0.001);DLL3在IDH野生型患者中的表达量低于IDH突变型且染色体1p/19q共缺失患者和IDH突变型且染色体1p/19q非共缺失患者( P<0.001);DLL3在O 6-甲基鸟嘌呤DNA甲基转移酶(MGMT)启动子甲基化患者中的表达量高于非甲基化患者( P<0.001);通过免疫组织化学染色方法验证DLL3表达随着WHO级别的升高而下调( P<0.01);DLL3的上述结果在数据集2中得到相似结果。在两个数据集中,DLL3高表达组患者的总体生存期均长于低表达组患者(均 P<0.01)。多因素Cox回归分析结果显示,WHO分级(WHO Ⅲ级: HR=2.861,95% CI:1.910~4.287;Ⅳ级: HR=4.655,95% CI:3.010~7.199)、染色体1p/19q共缺失( HR=0.439,95% CI:0.293~0.657)以及DLL3高表达( HR=0.593,95% CI:0.427~0.823)均为脑胶质瘤患者预后的独立影响因素(均 P<0.001)。与DLL3表达相关的基因有661个(| r|≥0.4, P<0.05);生物信息学分析提示,DLL3可能与脑胶质瘤患者的轴突发生、突触组织、负向调控神经系统发育等功能相关。 结论:随着脑胶质瘤病理学级别的升高,DLL3的表达水平下调;DLL3表达水平与脑胶质瘤患者的生存期密切相关,可作为判断脑胶质瘤患者预后的潜在指标和治疗靶点。
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编辑人员丨2天前
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基于放化疗敏感性相关基因的原发胶质母细胞瘤预后预测模型的构建和验证
编辑人员丨2天前
目的:筛选原发胶质母细胞瘤放化疗敏感性相关基因,基于相关基因构建原发胶质母细胞瘤患者的预后预测模型并验证。方法:回顾性分析中国脑胶质瘤基因组图谱计划(CGGA)2019数据库(102例,试验组)和CGGA数据库(54例,验证组)中术后接受规范放化疗的原发胶质母细胞瘤患者的临床资料及转录组测序数据。在试验组中筛选长生存期亚组(≥18个月,49例)与短生存期亚组(≤9个月,22例)患者的差异基因,进一步将患者的年龄、肿瘤异柠檬酸脱氢酶( IDH)突变状态、染色体1p/19q共缺失状态、O 6-甲基鸟嘌呤DNA甲基转移酶( MGMT)启动子区甲基化状态以及差异基因均纳入多因素Cox回归分析,筛选其中为独立预后因素的目标差异基因,取其风险比的自然对数作为各基因相应的系数,计算预后风险评分。采用单因素和多因素Cox回归分析法评估预后风险评分是否为独立预后因素;采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线,log-rank检验比较高风险组(预后风险评分>0分)与低风险组(预后风险评分≤0分)患者生存期的差异。通过Pearson相关性分析筛选与风险评分呈正相关的基因,并对其进行功能富集分析。 结果:试验组中,长生存期亚组与短生存期亚组患者的性别、年龄、肿瘤切除程度、 IDH突变状态、染色体1p/19q缺失状态以及 MGMT启动子甲基化状态的差异均无统计学意义(均 P>0.05)。长生存期亚组与短生存期亚组比较,9个基因表达量显著升高(均 P<0.05),28个基因表达量显著降低(均 P<0.05)。采用多因素Cox回归分析法筛选出4个目标差异基因,分别为 AKR1 C1( HR=0.910,95% CI:0.850~0.974, P=0.006)、 CPZ( HR=0.947,95% CI:0.898~0.999, P=0.044)、 HIST1 H3 H( HR=1.299,95% CI:1.025~1.647, P=0.031)以及 TBX5( HR=1.104,95% CI:1.034~1.179, P=0.003),其对应的预测模型中的系数分别为-0.0947、-0.0547、0.2624、0.0994。试验组和验证组中,预后风险评分(高风险)均为预后的独立危险因素(试验组中, HR=2.407,95% CI:1.470~3.939, P<0.001;验证组中, HR=2.054,95% CI:1.101~3.830, P=0.024)。试验组和验证组中,高风险亚组(分别为51、22例)患者的总生存期均比低风险亚组(分别为51例、32例)短,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。功能富集分析结果显示,在试验组与验证组中,与预后风险评分正相关的基因更多地富集在细胞增殖、基因表观遗传学调控、DNA修复及核因子κB信号通路的激活等生物学功能上。 结论:基于放化疗敏感性相关基因 AKR1 C1、 CPZ、 HIST1 H3 H以及 TBX5构建的预后预测模型或可用于预测原发胶质母细胞瘤患者的预后。
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编辑人员丨2天前
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N6-甲基腺苷修饰在肿瘤及病毒感染中的研究进展
编辑人员丨2天前
表观转录组学代表核糖核酸(RNA)修饰的基因转录后水平调控,参与调控真核生物基因的表达。RNA修饰多存在于真核生物中,方式众多,具有重要功能,其中N6-甲基腺苷(m6A)修饰是真核生物RNA序列中信使RNA(mRNA)上最常见的一种修饰,表现为甲基转移酶催化腺嘌呤在6号氮原子位置发生甲基化修饰,它通过"写入器"、"擦除器"、"阅读器"三类分子生物精准调控来维持动态平衡。m6A修饰与组织发育、生物钟、脱氧核糖核苷酸(DNA)损伤反应、性别决定、肿瘤的发生发展密切相关。人类肿瘤细胞中m6A修饰通过调控多种癌基因和抑癌基因,对肿瘤的发生、发展、增殖、侵袭、转移和免疫应答有重要影响。因此,肿瘤细胞的m6A修饰有望成为一个潜在的抗癌治疗靶点,这对于阐明肿瘤机制和临床治疗具有重要意义。本文还讨论了m6A修饰与病毒感染的关系,包括严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)感染,这种新发现的病毒导致了2019年12月以来的2019冠状病毒病(COVID-19)全球大流行。
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编辑人员丨2天前
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少突胶质细胞表观遗传学调控机制的研究进展
编辑人员丨2天前
机体发育中少突胶质细胞谱系定型、特化、增殖、迁移、分化、成熟、髓鞘形成以及脱髓鞘疾病髓鞘重塑过程受到内外多因素的调控。近年来,表观遗传调控机制研究越来越多,包括DNA甲基化、组蛋白修饰、非编码RNA、染色质重塑等。研究表观遗传调控为髓鞘形成障碍或者髓鞘破坏性疾病,如多发性硬化、早产儿脑室周围白质损伤及脑脊髓炎等提供了潜在的治疗新靶点。本文现围绕少突胶质细胞表观遗传学调控机制的研究进展综述如下。
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编辑人员丨2天前
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S100钙结合蛋白A11在脑胶质瘤中的表达特征及其临床意义
编辑人员丨2天前
目的:分析S100钙结合蛋白A11(S100A11)在脑胶质瘤患者中的表达特征及其临床意义。方法:回顾性分析中国脑胶质瘤基因组图谱(CGGA)数据库中310例脑胶质瘤患者的临床资料和转录组测序结果。根据患者的病理学特征,评价S100A11在不同分组中的表达特征。同时选用癌症基因组图谱(TCGA)RNA测序数据库中的611例脑胶质瘤患者对其进行验证。采用Kaplan-Meier生存曲线判断S100A11表达量对脑胶质瘤患者生存期的影响。进一步采用单因素和多因素Cox回归分析法评估S100A11表达量是否为影响患者预后的独立危险因素。通过生物信息学分析法获得与S100A11相关基因的生物学功能,以判断S100A11参与脑胶质瘤恶性进展的可能机制。结果:在CGGA数据库中,S100A11的表达量随肿瘤世界卫生组织(WHO)分级的升高而增加(Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ级依次为:-0.78±0.69、-0.12±0.80、0.62±0.84, F=96.250, P<0.001);S100A11在间质型、异柠檬酸脱氢酶( IDH)野生型和O 6-甲基鸟嘌呤-DNA-甲基转移酶(MGMT)启动子非甲基化型脑胶质瘤中的表达水平更高(均 P<0.001);在2016年WHO中枢神经系统肿瘤分类中,S100A11在 IDH野生型低级别胶质瘤和 IDH野生型胶质母细胞瘤中均具有较高的表达(均 P<0.001)。S100A11高表达者的总体生存率明显低于低表达者( P<0.05)。S100A11的上述表达特征在TCGA RNA测序数据库中得到相似的结果。多因素Cox回归分析结果显示,S100A11高表达是影响脑胶质瘤患者预后的独立危险因素( HR=1.227,95% CI:0.963~1.538, P=0.014),可用于判断预后。S100A11可能与脑胶质瘤细胞的免疫反应、细胞外基质调控等生物学过程有关。 结论:S100A11在脑胶质瘤中的表达量与其恶性程度相关,可能通过影响肿瘤细胞的免疫反应参与脑胶质瘤的恶性进展;S100A11可能成为脑胶质瘤患者预后判断的指标及治疗靶点。
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编辑人员丨2天前
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DNA甲基转移酶1在脑胶质瘤中的研究进展
编辑人员丨2天前
脑胶质瘤是起源于神经中枢系统(CNS)恶性程度最高且伴随高死亡率与致残率的原发性肿瘤。DNA甲基转移酶1(DNMT1)是与脱氧核糖核苷酸甲基化作用关系密切的关键酶,在脑胶质瘤中的异常表达与肿瘤的发生发展密切相关,其高表达可促进脑胶质瘤生物学功能增强及耐药性产生。此外,DNMT1可调控不同基因甲基化的表观遗传学机制也为脑胶质瘤的治疗提供了新靶点,但其治疗效果因其泛甲基化的特点而具有争议。本文旨在对近年来DNMT1在脑胶质瘤中的研究进行综述,系统分析DNMT1在脑胶质瘤发生、治疗及预后中的作用,为脑胶质瘤治疗提供参考。
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编辑人员丨2天前
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尿液DNA甲基化检测在膀胱癌无创诊断中的研究进展
编辑人员丨2天前
目前膀胱癌的诊断和复发监测主要通过有创性的膀胱镜检查实现,而尿液无创诊断技术如脱落细胞学、荧光原位杂交(FISH)和膀胱肿瘤抗原(BTA)等敏感性和/或特异性不高,容易出现漏诊和误诊。因此,开发高灵敏度的膀胱癌无创诊断技术可在降低患者痛苦的同时改善其诊疗现状。近日,国际著名杂志《Journal of Clinical Investigation》发表了我国学者的研究成果,黄健/林天歆团队开发了一项基于尿液DNA甲基化的膀胱癌无创诊断技术,其敏感性明显优于目前临床常用的脱落细胞学和FISH检查,尤其在早期、微小、残留和复发膀胱癌诊断中展示出显著优势,明显提高了膀胱癌的检出率。该技术有望减少膀胱镜的使用,为膀胱癌精准诊疗提供新方案。本文对膀胱癌的无创诊断技术现状、尿液DNA甲基化检测在膀胱癌诊断中的优势,以及尿液无创诊断的发展趋势进行阐述。
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编辑人员丨2天前
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胶质肉瘤颅外转移一例并文献复习
编辑人员丨2天前
目的:探讨胶质肉瘤出现颅外转移的临床表现、治疗方案及预后。方法:回顾性分析山西省肿瘤医院1例胶质肉瘤发生颅外转移患者的临床资料,完善原发灶及转移灶的基因检测,并结合文献进行复习。结果:该患者术后病理诊断为胶质肉瘤,且未发生O6-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶(MGMT)启动子甲基化及异柠檬酸脱氢酶(IDH)基因突变,替莫唑胺同步放疗治疗效果有限,发生颅外转移后,进展迅速,因突发脑出血死亡。结论:胶质肉瘤发生颅外转移后,无明确有效的治疗方案,预后极差,通过基因突变检测,探索有效的个体化治疗方案,有望改善胶质肉瘤患者的预后。
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编辑人员丨2天前
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18F-FDG PET/CT图像的影像组学分析在胶质瘤MGMT基因甲基化状态评估中的初步应用
编辑人员丨2天前
目的:探讨 18F-氟脱氧葡萄糖(FDG)PET/CT图像的影像组学分析综合评估O 6-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶(MGMT)基因甲基化状态,预测胶质瘤患者对替莫唑胺(TMZ)治疗的反应。 方法:回顾性分析2016年1月至2018年9月在中国人民解放军总医院第一医学中心经组织病理学结果证实的17例胶质瘤患者,其中男性13例、女性4例,患者均于术前进行了 18F-FDG PET/CT检查,手动勾画肿瘤的感兴趣体积(VOI)并进行纹理分析。通过焦磷酸测序法检测、分析MGMT基因甲基化状态。根据MGMT基因甲基化状态分将患者为甲基化组和未甲基化组,采用两独立样本 t检验分析两组数据之间各个影像组学参数的差异。 结果:17例胶质瘤患者中,9例(52.9%)MGMT基因未甲基化、8例(47.1 %)MGMT基因甲基化。甲基化组与未甲基化组比较,患者的年龄和肿瘤分级的差异无统计学意义( t=-0.251、-0.016 , P=0.806、0.198);而性别之间的差异有统计学意义( t=-1.426 , P=0.031 )。MGMT基因甲基化组的最大标准化摄取值(SUV max)、最大肿瘤与正常组织摄取率(TNR max)显著高于MGMT基因未甲基化组(SUV max:18.83±7.77对9.66±4.13, t=-3.095, P=0.007;TNR max:2.37±0.87对1.20±0.52 , t=-3.402 , P=0.004 )。 结论:18F-FDG PET/CT图像的SUV max和TNR max可能是评估胶质瘤MGMT基因甲基化状态的关键指标,或许可用于预测TMZ化疗患者的临床反应。
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编辑人员丨2天前
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6q24新生儿暂时性糖尿病的临床特点及分子遗传学研究
编辑人员丨2天前
目的:探讨6q24新生儿暂时性糖尿病(6q24-related transient neonatal diabetes mellitus, 6q24-TNDM)的临床特征和分子遗传学特点。方法:回顾性分析2017年上海市儿童医院新生儿科收治的2例6q24-TNDM患儿的临床资料。采用焦磷酸测序方法,对6q24区域内甲基化差异修饰区域(differentially methylated region, DMR)中16个胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤二核苷酸(cytidine-phosphate-guanosine, CpG)位点的甲基化水平进行定量分析。结果:2例患儿均为男性,例1为5日龄,例2为11日龄,均为剖宫产娩出。例1胎龄37周 +4,出生体重2 340 g;例2胎龄38周 +2,出生体重2 600 g。2例均为小于胎龄儿,生后均因高血糖入院,体格检查见皮肤弹性略差,皮下脂肪偏少,入院时血糖分别为12.95和8.00 mmol/L,血胰岛素低于正常值(分别为<1.39和3.94 pmol/L),C-肽低于正常值(分别为0.05和0.14 nmol/L),尿糖阳性,尿酮体阴性,血清抗谷氨酸脱羧酶抗体、抗胰岛素抗体、胰岛细胞抗体阴性,胰腺大小正常。皮下注射胰岛素2周余,2例患儿好转出院,分别在生后69和42 d停用胰岛素,糖尿病缓解。2例患儿产前诊断提示染色体核型正常,单核苷酸多态性芯片提示6号染色体单亲二体,入院后二代测序均未检测到明确的致病性点突变。使用焦磷酸测序发现患儿6q24区域DMR中16个CpG位点的甲基化水平均低于10%(健康对照儿童相应位点的甲基化水平约为40%),呈现明显的低甲基化。 结论:对于出生时小于胎龄儿、高血糖时血胰岛素和C-肽水平低的TNDM患儿,采用焦磷酸测序技术对甲基化差异修饰区域中CpG位点的甲基化水平进行定量分析,可以对6q24-TNDM进行快捷直接诊断,有助于指导治疗和评估预后。
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编辑人员丨2天前
