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基于生物信息学方法分析氟化物对成釉细胞毒性作用的分子机制
编辑人员丨4天前
目的:探讨氟化物对成釉细胞毒性作用的分子机制。方法:取小鼠成釉细胞株(LS8细胞),根据氟化钠(NaF)终浓度分为对照组(0.0 mmol/L NaF)和染氟组(1.6 mmol/L NaF)。对两组细胞进行转录组测序,筛选差异表达基因(DEGs),对DEGs进行基因本体(GO)分析及基因集富集分析(GSEA)。采用STRING数据库构建DEGs的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,使用Cytoscape 3.8.0软件对PPI网络进行可视化,筛选关键模块和关键基因。同时,使用实时荧光定量PCR检测关键基因mRNA表达水平,并通过基因表达数据库(GEO数据库)对关键基因进行验证。结果:染氟组与对照组比较,共有709个DEGs,其中上调基因223个,下调基因486个。DEGs的GO分析主要涉及受体配体活性、细胞黏附分子结合、细胞外基质结构成分等分子功能,细胞外基质胶原蛋白、受体复合物、膜筏等细胞组分,外部封装结构组织、细胞外结构组织、细胞外基质组织等生物学过程。全基因集的GSEA发现,白细胞介素-17(IL-17)信号通路、真核生物中的核糖体生物发生、核因子κB(NF-κB)信号通路处于激活状态,脂肪酸降解、丙酮酸代谢、脂肪酸代谢处于抑制状态。构建PPI网络后,得到3个关键模块和4个关键基因[Ⅰ型胶原α1(Col1a1)、Ⅰ型胶原α2(Col1a2)、Ⅴ型胶原α1(Col5a1)和纤维蛋白原-1(Fbn1)]。与对照组比较,染氟组LS8细胞Col1a1、Col1a2、Col5a1、Fbn1 mRNA表达水平均较低( P均< 0.05),与GEO数据库中基因表达变化趋势一致。 结论:利用生物信息学方法筛选得到的关键基因Col1a1、Col1a2、Col5a1、Fbn1及IL-17、NF-κB信号通路可能与氟化物对成釉细胞的毒性作用密切相关。
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编辑人员丨4天前
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一例 FBN1基因变异所致家族遗传性胸主动脉瘤/夹层患者临床表现及遗传学分析
编辑人员丨4天前
目的:对1例超声心动图表现为B型主动脉夹层及胸主动脉瘤的患者及其家系进行基因检测,明确其可能的致病变异基因。方法:对先证者进行全外显子测序,重点分析遗传性主动脉疾病相关致病基因,依据ACMG指南,判定变异的致病性。并应用Sanger测序对患者及家系成员的候选位点进行检测。结果:二代测序结果经生物信息学分析,在患者的基因组中检测到原纤维蛋白-1(Fibrillin-1, FBN1)(NM_000138.3)基因存在c.A8378G(p.Y2793C)杂合变异,该位点在公共数据库均未见频率报道;SIFT、PolyPhen2和Mutation taster软件分析预测该变异为有害变异;在该家系内,该变异位点与临床表型共分离,依据ACMG指南,该变异为可能致病性变异(PM2+PP1+PP3+PP4+PP5)。 结论:FBN1 (NM_000138.3)基因c.A8378G变异是该患者致病的原因,本研究结果丰富了家族性主动脉瘤/夹层患者 FBN1基因的变异谱,为临床诊断和遗传咨询提供理论依据。
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编辑人员丨4天前
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FBN1基因c.4336G>A突变导致35号外显子缺失可能引发马方综合征
编辑人员丨4天前
目的:探究1例马方综合征家系的遗传学病因及检出突变c.4336G>A对原纤维蛋白-1(FBN1)基因剪接效应的影响。方法:对2019年8月就诊于空军军医大学西京医院心血管外科的1例胸主动脉夹层动脉瘤患者,采用多重PCR联合二代测序技术对其进行遗传性主动脉疾病相关的15个基因的组合检测,应用Sanger测序技术对检出位点进行验证并对部分家庭成员进行同一位点的检测。通过剪接预测软件预测该突变位点对剪接的影响,并提取正常人及患者新鲜外周血中RNA,通过逆转录PCR及Sanger测序,验证突变对剪接过程的影响。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)遗传变异分类标准与指南分析检出位点的致病性。结果:基因组合检测结果显示先证者携带有FBN1基因杂合变异c.4336G>A,Sanger测序结果与二代测序结果一致。Sanger测序对部分家庭成员检测发现,该家系中还存在4名携带者,其中3例已出现胸主动脉瘤或夹层的表现;dbscSNV_ada_score 和dbscSNV_rf_score预测检出位点可能影响剪接,患者及正常人RNA经逆转录PCR并对PCR产物进行Sanger测序后,结果表明该位点导致患者FBN1基因35号外显子缺失;根据ACMG遗传变异分类标准与指南判读该位点致病等级为“致病”。结论:FBN1基因c.4336G>A位点被证实影响剪接过程,导致FBN1基因35号外显子缺失,这可能是该家系中多名马方综合征患者的致病原因。
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编辑人员丨4天前
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FBN1基因突变致Acromicric发育不良一例报道
编辑人员丨4天前
Acromicric发育不良(Acromicric dysplasia, AD)是一种罕见的骨发育不良常染色体显性遗传病,以身材矮小、手足短小、智力正常、面部轻度畸形、特征性的X线异常为主要特征。本文报道分析本院1例AD患儿的临床资料及基因检测结果。先证者主要表现为身材矮小、手足短小、特征性面容、手部X线见短掌骨和指骨。行矮小相关基因外显子测序分析,结果显示先证者在FBN1:c.5141T>G(p.Met1714Arg)存在杂合突变,该变异遗传自同样身材矮小的母亲及外祖父。AD是一种罕见的先天性骨发育不良疾病,与FBN1基因突变有关,符合常染色体显性遗传病的发病机制。
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编辑人员丨4天前
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1个单纯性晶状体异位家系的致病基因突变分析
编辑人员丨4天前
目的:应用全外显子组测序鉴定一晶状体异位家系的致病基因。方法:对中国1个晶状体异位家系进行病史采集、体格检查,绘制家系图。收集家系3名患者和10名健康成员外周血各5 mL,提取基因组DNA。应用全外显子组测序方法,对测序结果进行分析,基因筛查和突变筛查排除后,对符合条件的突变进行Sanger测序验证和家系共分离分析。结果:该家系3名患者均有晶状体异位,超声心动图检查和骨骼检查未见明显异常。先证者经全外显子组测序,筛选突变基因,发现 FBN1基因和 ADAMTS17基因存在可疑致病突变,查阅文献排除 ADAMTS17基因突变致病的可能性。经Sanger测序验证及家系共分离分析,发现 FBN1基因第12外显子的错义突变(c.1421G>A,p.Cys474Tyr)符合条件。 结论:该家系符合单纯性晶状体异位疾病特征,通过全外显子组测序分析,发现 FBN1基因第12外显子上的杂合突变(c.1421G>A,p.Cys474Tyr)是导致该家系晶状体异位的主要致病原因。该突变为新的致病突变。
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编辑人员丨4天前
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FBN1基因杂合突变导致轻型Geleophysic发育不良2型/Acromicric发育不良中国家系及促生长治疗的探讨
编辑人员丨4天前
目的:总结1个由原纤维蛋白1(fibrillin 1, FBN1)基因杂合突变导致轻型Geleophysic发育不良2型(Geleophysic dysplasia type 2, GD2)/Acromicric发育不良(Acromicric dysplasia, AD)的严重不匀称矮小中国家系7例患者的临床特征及诊治经验。方法:回顾总结2017年8月至2022年5月在中山大学附属第一医院儿科内分泌专科就诊的1个通过全外显子基因测序确定FBN1基因杂合突变致轻型GD2/AD家系的临床资料,并进行文献复习。结果:该家系三代13人中有7例患者,成年女性和男性各1例,儿童5例;均表现为出生后进行性生长衰竭,严重不匀称矮小,无典型面部特征。除Ⅱ-3外的6例患者(Ⅱ-1、Ⅲ-1~Ⅲ-5)经全外显子测序和Sanger测序验证提示FBN1基因第42号外显子中存在c.5099A>G(p.Tyr1700Cys)杂合错义突变,为致病突变,该突变曾出现于1个中国经典型AD家系。综合基因、临床特征及多系统评估,3例因合并心脏瓣膜异常诊断为轻型GD2,4例为轻型AD。对5例患儿(Ⅲ-1~Ⅲ-5)使用基因重组人生长激素(recombinant human growth hormone, rhGH;1.1~1.4 IU·kg -1·周 -1)治疗,并将促性腺激素释放激素类似物(gonadotropin releasing hormone analogue, GnRHa)应用于青春后期的2例女性患儿(Ⅲ-1、Ⅲ-2),均取得了一定的促生长疗效。 结论:c.5099A>G(p.Tyr1700Cys)突变不仅可导致文献报道的经典型AD,还可引起本家系的非经典GD2型或AD(轻型GD2型/AD)。rhGH治疗的远期疗效值得进一步研究。
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编辑人员丨4天前
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一个 FBN2基因新剪接位点变异致先天性挛缩蜘蛛指畸形的遗传学分析
编辑人员丨4天前
目的:对1例疑似先天性挛缩蜘蛛指畸形患者进行变异筛查,探讨其可能的分子遗传学发病机制,为临床诊断提供依据。方法:应用全外显子测序技术筛查基因变异。候选致病基因剪接位点变异经Sanger测序验证后,经RT-PCR、TA克隆测序确定新转录本序列。结果:患者 FBN2基因存在c.533-1G>C杂合变异,未见报道。mRNA测序显示该变异导致 FBN2基因原剪接受位消失的同时,激活c.533-71处潜在剪接受位位点,由此产生的新转录本中插入了70bp序列。推测新转录本编码多肽在氨基酸179位由缬氨酸(Val)变成丝氨酸(Ser),并移码26位后终止(p.Val179Serfs26*)。根据美国医学遗传学与基因组学学会指南, FBN2基因c.533-1G>C变异判定为致病性变异(PVS1+PM2+PP3)。 结论:FBN2基因c.533-1G>C变异引起新转录本发生功能丧失性变异,可导致先天性挛缩蜘蛛指畸形。
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编辑人员丨4天前
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马方综合征一家系FBN1基因突变分析
编辑人员丨4天前
本研究检测一个常染色体显性遗传马方综合征(MFS)家族中原纤蛋白1(FBN1)基因的突变,并探讨相关表型及其突变筛选的意义。对该家系所有成员进行体格检查和辅助检查,并进行全外显子测序(WES),生物信息学方法筛选致病突变,Sanger测序验证WES的数据可靠性。结果显示,FBN1的错义突变是由于第56外显子中第6806位的T碱基被C碱基替换(c.6806 T>C),导致处于该位置的异亮氨酸被苏氨酸取代(p.Ile2269Thr),此突变在中国汉族人群中尚未报道。该突变与患者的表型密切相关。综上,本研究结果扩大了FBN1的突变谱,有助于进一步研究MFS和MFS相关疾病的分子发病机制。
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编辑人员丨4天前
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马方综合征患者眼前节生物学参数和FBN1基因型对眼后节病变的影响
编辑人员丨4天前
目的:探讨马方综合征(MFS)患者眼后节病变的特征及其与眼前节生物学参数及FBN1基因型的关系。方法:横断面研究。收集2013年1月至2023年3月于复旦大学附属眼耳鼻喉科医院眼科就诊的MFS患者121例,其中男性76例,女性45例;年龄为(11.72±11.66)岁。采用B超观察是否存在后巩膜葡萄肿,根据超广角眼底像、彩色眼底像和相干光层析扫描结果观察是否存在黄斑病变并判断其类型。黄斑病变按照萎缩-牵引-新生血管分级系统进行分类。收集患眼眼前节生物学参数,包括眼轴长度、角膜平均曲率、角膜散光度数、角膜水平径、前房深度及晶状体厚度,并观察晶状体脱位的方向和范围。采用基于面板的全眼科遗传病基因组进行下一代测序对患者的FBN1基因突变进行了分子遗传学分析,并分析基因型和眼前节生物学参数对眼后节表现的影响。结果:共有60例患者出现眼后节病变,包括视网膜脱离(4例,3.31%),黄斑病变(47例,38.84%)和后巩膜葡萄肿(54例,44.63%)。是否合并后巩膜葡萄肿[23.09(22.24,24.43)和27.04(25.44,28.88)mm],以及是否合并黄斑病变[23.16(22.24,24.61)和27.04(25.74,28.78)mm]的患者间,眼轴长度的差异均有统计学意义(均 P<0.001);是否合并萎缩性黄斑病变的患者,眼轴长度差异亦有统计学意义[23.16(22.24,24.61)和27.04(25.74,28.79)mm, P<0.001]。是否合并黄斑病变的患者中,前房深度[3.11(2.75,3.30)和3.34(3.09,3.60)mm]的差异有统计学意义( P<0.05);是否合并后巩膜葡萄肿的患者中,角膜散光度数[2.15(1.20,2.93)和1.40(1.00,2.20)D]的差异有统计学意义( P<0.05)。FBN1基因突变的位置和区域与后巩膜葡萄肿及黄斑病变的阳性率之间的差异有统计学意义(均 P<0.05)。FBN1突变的位置和区域会影响萎缩性黄斑病变的发生(均 P<0.05)。FBN1突变位于转化生长因子β调节序列的患者后巩膜葡萄肿和黄斑病变的占比最高,均为10/11。 结论:MFS患者后巩膜葡萄肿和黄斑病变的发生率较高,并且倾向于向严重程度更高的分级发展。年龄、眼轴长度、前房深度、角膜散光度数,以及FBN1基因突变位点所在位置及区域均是MFS患者眼后节病变的影响因素。
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编辑人员丨4天前
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马凡综合征新发变异一例
编辑人员丨4天前
目的:对1例不明原因生长发育过快及心脏畸形的患儿进行临床表型及遗传学病因分析。方法:对先证者进行全外显子测序分析,应用Sanger测序技术对全外显子筛出的可疑致病基因的变异位点进行验证,并利用生物信息学软件进行功能预测分析。结果:全外显子测序结果显示,先证者在 FBN1基因的第48外显子上存在c.5846_5848delATA(p.N1949del)缺失变异,Sanger结果显示,其双亲正常,属于新发变异,经Mutation Taster软件预测,该变异具有致病性,结合临床表型确诊为马凡综合征。 结论:本研究结果增加了中国人马凡综合征人群数据库,同时也扩展了马凡综合征的变异谱;全外显子测序有助于罕见病的研究。
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编辑人员丨4天前
