目的:阐明牙龈卟啉单胞菌(Pg)诱导食管鳞状细胞癌(ESCC)细胞发生上皮间质转化(EMT)的分子机制.方法:KEGG分析Pg诱导的ESCC差异表达基因富集的生物学通路,WB和/或免疫荧光法检测Pg诱导的ESCC细胞中糖蛋白A重复优势蛋白(GARP)、TGF-β、pSMAD/SMAD、Snail、Oct4和EMT相关分子表达的变化,ELISA检测TGF-β1水平的变化,免疫组织化学法检测ESCC组织中GARP和TGF-β1的表达规律,Transwell实验和动物实验验证Pg对ESCC的促进作用.结果:ESCC细胞感染Pg后,TGF-β、Hippo、PI3K/Akt等信号通路被激活;Pg感染刺激ESCC细胞分泌总TGF-β1和活性TFG-β1的水平升高(均P<0.01),使SMAD2/3磷酸化并发生核转位,诱导N-cadherin、Snail、Oct4等蛋白表达升高、E-cadherin蛋白表达降低,由此促进ESCC细胞的迁移、侵袭和裸鼠皮下移植瘤的生长(均P<0.01).在ESCC细胞中沉默GARP表达后,逆转了Pg所诱导的上述ESCC细胞表型变化.Pg丰度高的ESCC组织中TGF-β1 和GARP蛋白表达高于低丰度的ESCC组织,且Pg丰度与TGF-β1、GARP表达存在正向关联(P=0.001 5).结论:Pg通过GARP激活TGF-β/SMAD轴促进ESCC细胞发生EMT,进而促进ESCC细胞的迁移、侵袭和生长,清除Pg或阻断TGF-β信号转导则可阻断上述Pg对ESCC的促进作用.

脑胶质瘤恶性程度高，复发率高，预后差，对此分析了脑胶质瘤中Hippo/YAP、PI3K/AKT/mTOR、miRNA、WNT/β-catenin、Notch、Hedgehog及TGF-β等信号通路及关键酶的作用机制，得出 YAP1抑制剂可能成为未来治疗脑胶质瘤有效的靶点，抑制PI3K/AKT/mTOR、Shh、WNT/β-catenin及HIF-1α可降低肿瘤细胞的迁移能力及耐药性，进而改善脑胶质瘤的预后。分析得出Notch1与Sox2呈正反馈调控机制，Notch4预示脑胶质瘤的恶性程度，这样不仅在临床上可针对脑胶质瘤干细胞进行治疗，也能将Notch作为判断预后的一个指标，为治疗脑胶质瘤的方向提供探索性的尝试。miRNA在诊断中具有重要意义，而在治疗脑胶质瘤中可借助纳米颗粒的运载协同替莫唑胺发挥进一步的作用。相信这些研究会让大家对脑胶质瘤有更深入的认识，以期更好的寻找新的治疗方案来逐步攻克脑胶质瘤这道难题。

目的:探讨肾黏液样小管状和梭形细胞癌（MTSCC）的临床病理学特征、免疫表型、诊断及鉴别诊断，探索MTSCC全外显子突变、微卫星稳定性及肿瘤突变负荷（TMB）情况。方法:回顾性分析苏州大学附属第一医院病理科2008年1月至2020年5月存档的5例MTSCC患者的临床影像学、病理形态学资料、免疫组织化学表达，对5例MTSCC病例行全外显子组测序，并对其中3例MTSCC病例行微卫星稳定性及TMB分析。结果:5例患者中男性3例，女性2例，年龄37~76岁，肿瘤最大径3.5~6.0 cm，界限清楚，镜下以小管结构、梭形细胞及黏液样间质为特征，肿瘤细胞核级别低，细胞异型性小，偶有核仁，核分裂象罕见。术后随访平均15个月，均未发现复发和转移。免疫组织化学显示5例患者广谱细胞角蛋白（CKpan）、细胞角蛋白（CK）7、CK19、波形蛋白、PAX8、P504s均有不同程度的表达，Ki-67阳性指数均较低。5例MTSCC的全外显子组测序结果显示NF2、PTPN14基因表现出较高的突变比例，分别为3/5和2/5。微卫星稳定性分析结果提示3例MTSCC均为微卫星稳定型（MSS），TMB分析结果显示3例MTSCC的TMB均<9 mut/Mb。结论:MTSCC是一种独特的、低度恶性的多形性肾脏肿瘤。全外显子组测序结果提示NF2、PTPN14基因存在较高的突变率，提示MTSCC的发生发展可能与Hippo通路密切相关。微卫星稳定性分析提示微卫星稳定性与MTSCC的发病无明显关系，TMB结果提示MTSCC患者在免疫治疗中获益的优势不明显。

目的:探索中医药抗糖尿病肾脏病(DKD)的用药规律和作用机制，并通过动物实验验证。方法:收集中医药抗DKD的文献报道，提取方药信息，筛选高置信度和支持度药物组合作为新方，并获取新方的活性成分及作用靶点；从GEO数据库获取DKD相关的数据集GSE30122和GSE30529，联合加权基因共表达网络(WGCNA)和机器学习鉴定新方抗DKD的关键基因(hub genes)，并验证hub genes的表达差异。结果:药物组合"黄芪-丹参-山茱萸"作为新方，涉及靶点1 378个，基于GSE30122和GSE529，进一步获得新方与疾病共同作用靶点19个，作用靶点主要富集于Hippo信号通路、环磷酸鸟苷/蛋白激酶-G信号通路等；最终筛选出2个hub genes：EDNRA和HDAC9。与对照组相比，hub genes在模型组具有更高的表达，且肾组织损伤更甚；经新方干预，治疗组有效降低了hub genes的表达量，且肾组织较模型组改善。结论:"黄芪-丹参-山茱萸"作为新方，可能通过EDNRA和HDAC9，调节Hippo、cGMP-PKG等信号通路抑制肾损伤，进而发挥DKD的治疗作用，为后续治疗DKD的药物开发和临床应用提供理论基础。

目的:探讨长链非编码核糖核酸ZNRD1-AS1(lncRNA ZNRD1-AS1)在胃癌多药耐药(MDR)中的作用及机制。方法:采用24孔板体外培养胃癌MGC-803细胞株，设空白对照组、MDR组、空载质粒组、lncRNA ZNRD1-AS1过表达组、微小核糖核酸-375模拟物(miR-375 mimic)组及联合干预组。除空白对照组以外，均采用阿霉素梯度浓度法建立MDR株。建立成功以后，lncRNA ZNRD1-AS1过表达组和miR-375 mimic组分别采用慢病毒转染法转染lncRNA ZNRD1-AS1过表达质粒和miR-375 mimic，空载质粒组转染空载质粒与模拟物对照(mimic NC)。共培养48 h，采用荧光定量聚合酶链反应(qPCR)检测lncRNA ZNRD1-AS1和miR-375表达，采用蛋白质印迹法(Western blot)实验检测Yes相关蛋白1(YAP1)、哺乳动物不育系20样激酶1(Mst1)、大肿瘤抑制基因-1(Lats1)的蛋白表达，采用噻唑蓝(MTT)实验和流式细胞实验检测细胞的增殖活力与凋亡率，Transwell实验检测MGC-803细胞侵袭能力。结果:各组之间的lncRNA ZNRD1-AS1、miR-375、YAP1表达水平差异均有统计学意义( F＝60.465、75.695、63.441，均 P<0.05)；细胞增殖活力、凋亡率与侵袭数目差异也有统计学意义( F＝ 26.818、63.854、16.323，均 P<0.05)。MDR组lncRNA ZNRD1-AS1和YAP1表达水平分别为1.736±0.084和0.825±0.135，高于对照组(1.025±0.036和0.155±0.02)，miR-375表达为0.054±0.018，低于对照组(0.128±0.028)；细胞增殖活力和迁移数目分别为0.855±0.026和152.5±20.5，高于对照组(0.652±0.015和85.0±15.5)，凋亡率为(3.85±1.02)%，低于对照组[(6.55±1.05)%， P<0.05]。lncRNA ZNRD1-AS1过表达组lncRNA ZNRD1-AS1和YAP1表达水平分别为6.582±1.035和1.256±0.185，均高于MDR组，miR-375表达水平为0.015±0.011，低于MDR组；细胞增殖活力和迁移数目分别为0.987±0.030和(202.5±32.5)个，高于MDR组，凋亡率为(2.03±0.62)%，低于MDRMDR组( P<0.05)。miR-375 mimic组lncRNA ZNRD1-AS1和YAP1表达水平分别为0.225±0.086和0.056±0.035，均低于MDR组，miR-375表达水平为32.524±5.254，高于MDR组；细胞增殖活力和迁移能力为0.562±0.085和(80.5±14.6)个，低于MDR组，凋亡率为(18.25±2.10)%，高于MDR组( P<0.05)。共干预组各个指标的变化水平介于lncRNA ZNRD1-AS1过表达组与miR-375 mimic组之间，与两组比较差异有统计学意义( P<0.05)。 结论:lncRNA ZNRD1-AS1能够通过miR-375调节胃癌细胞的行为学特征，从而促进MDR，其机制可能与YAP1介导的Hippo信号通路有关。

目的:基于生物信息学方法筛选与胃癌预后、5-氟尿嘧啶疗效相关的生物标志物。方法:从基因表达综合（GEO）数据库下载基于GPL570平台的GSE54129、GSE79973、GSE51725胃癌数据集。从GEPIA2在线基因表达谱分析工具下载前500例胃癌患者总生存（OS）相关基因。利用GEO2R工具鉴别胃癌组织与癌旁正常组织之间的差异表达基因，使用STRING数据库建立蛋白质互作网络（PPI）并鉴定关键基因，通过OmicShare平台进行基因本体（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。利用Kaplan-Meier Plotter计算关键基因对患者OS的预测价值，患者样本按基因表达量的最佳临界值分为高表达组和低表达组。结果:共筛选出59个差异表达基因，其中39个上调基因，20个下调基因。通过PPI分析，成对同源结构域转录因子2（PITX2）、肝细胞生长因子（HGF）、成纤维细胞生长因子1（FGF1）、转化生长因子β 2（TGFB2）、凝血酶反应蛋白1（THBS1）是上调基因PPI中的关键基因。生存分析结果显示，FGF1、HGF、PITX2、TGFB2基因低表达的胃癌患者OS均较好（均 P<0.01），THBS1基因低表达的胃癌患者OS较差，但差异无统计学意义（ P>0.05）。采用5-氟尿嘧啶为基础的化疗方案治疗的PITX2基因低表达患者OS较好（ P<0.01），THBS1、HGF基因低表达的患者OS较差（ P<0.05）。富集分析发现关键基因参与调控TGF-β信号通路、Rap1信号通路、MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路、Hippo信号通路、Ras信号通路、黏着斑通路。 结论:FGF1、HGF、PITX2、TGFB2基因表达与胃癌预后相关，PITX2、THBS1、HGF表达与5-氟尿嘧啶疗效相关，可能作为胃癌患者氟尿嘧啶治疗敏感性的预测标志物。

目的:探究和厚朴酚对CNE1鼻咽癌细胞周期和凋亡的影响及分子机制。方法:采用不同浓度的和厚朴酚处理CNE1细胞，噻唑蓝（methylthiazolyldiphenyl-tetrazolium bromide，MTT）法测定细胞的活性；将CNE1细胞分为空白对照组，10、20、40 μmol/L和厚朴酚处理组和10 μg/ml顺铂组。流式细胞术检测细胞周期分布，线粒体膜电位检测试剂盒检测细胞线粒体膜电位，原位末端标记（terminal deoxynucleotidyl transferase mediated dUTP nick end labeling，TUNEL）法检测细胞凋亡，免疫印迹检测细胞中增殖细胞核抗原（proliferating cell nuclear antigen，PCNA）和细胞周期蛋白D1（G 1/S specific cyclin D1，cyclin D1）蛋白表达；体外培养CNE1细胞，和厚朴酚处理后进行转录组测序，实时荧光定量反转录聚合酶链反应（quantitative reverse transcription polymerase chain reaction，RT-qPCR）检测Yes激酶相关蛋白（yes-associated protein delta，YAP）mRNA表达，免疫印迹检测磷酸化YAP蛋白（phospho-YAP，p-YAP）以及细胞核中YAP蛋白表达水平，免疫荧光检测YAP蛋白核分布；将细胞分为对照组、哺乳动物STE20样激酶1/2（mammalian STE20-like kinase 1/2 inhibitor，MST1/2）抑制剂（XMU-MP-1）组、和厚朴酚组、XMU-MP-1+和厚朴酚组，利用免疫印迹、流式细胞术和TUNEL法观察Hippo通路在和厚朴酚影响CNE1细胞周期与凋亡中的作用。采用GraphPad Prism 8.0软件对数据进行统计学分析。 结果:与对照组比较，和厚朴酚处理组CNE1细胞活力、线粒体膜电位、PCNA与cyclin D1蛋白表达水平显著降低（ P值均<0.05），G 0/G 1期细胞比例和TUNEL阳性细胞率显著增加（ P值均<0.05）。转录组分析结果发现，差异基因主要富集在Wnt信号通路、肿瘤坏死因子通路和Hippo信号通路等。和厚朴酚处理后，细胞中YAP mRNA表达和细胞核中YAP蛋白表达水平降低，p-YAP蛋白水平升高，较对照组差异有统计学意义（ P值均<0.05）。与和厚朴酚组比较，XMU-MP-1+和厚朴酚组细胞中的p-YAP蛋白表达水平降低（1.157±0.076比0.479±0.038， t=37.120， P<0.05），细胞核中YAP的蛋白表达水平升高（0.143±0.012比0.425±0.031， t=29.181， P<0.05），G 0/G 1期细胞比例降低［（72.494±3.309）%比（58.747±2.865）%， t=17.265， P<0.05］、细胞凋亡水平减少［（53.158±3.376）%比（29.621±2.713）%， t=28.584， P<0.05］。 结论:和厚朴酚能够引起CNE1鼻咽癌细胞周期阻滞，诱导细胞凋亡，这可能是通过调控Hippo/YAP信号通路来实现的。

各种致病因素所致全身炎症反应是急性呼吸窘迫综合征（ARDS）发生发展的关键阶段，目前临床上抑制炎症反应和对症支持是治疗ARDS的主要方法。肺泡上皮细胞自噬在ARDS炎症反应中具有重要的调节功能，细胞自噬本身是体内正常的免疫机制，是吞噬细胞借助溶酶体降解细胞内成分维持胞内稳态的代谢过程。目前研究表明，肺内外致病因素可通过引发炎症反应促使肺泡上皮细胞形成缺氧、饥饿、感染甚至凋亡的不利内环境，导致自噬功能紊乱，而过度的自噬激活可继续加重炎症反应。自噬相关蛋白Beclin1、微管相关蛋白1轻链3（LC3）、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白（mTOR）、p62等是目前研究中常见的自噬标志物，在调控自噬过程及肺损伤发展中起着至关重要的作用，因此细胞自噬基因表达可作为脓毒症ARDS肺损伤的早期标志物及重要机制。Hippo通路来源于果蝇中的蛋白激酶Hippo，Hippo和自噬这两条保守的通路对于维持体内平衡至关重要。Hippo信号通路与细胞自噬的相互调控是目前学术界的热门话题，本文对相关文献进行回顾，探讨Hippo信号通路是否能够通过调控细胞自噬来缓解脓毒症ARDS的炎症反应，从而为ARDS治疗提供更进一步的研究方向。

目的:分析小鼠肾缺血-再灌注损伤环状RNA（circRNA）及Hippo信号分子YAP的表达变化，初步探讨circRNA对肾缺血-再灌注损伤的作用。方法:构建小鼠肾缺血-再灌注损伤模型，检测血清肌酐(Scr)、尿素氮(BUN)及肾组织病理改变判断模型成功。应用Illumina HiSeq 2500系统进行高通量双端测序建立显著差异表达circRNA表达谱。实时定量聚合酶链反应(qRT-PCR)验证测序结果及检测相关基因。采用基因功能（GO）分析、通路（KEGG）分析等方法探讨差异表达circRNA参与肾IR损伤的生物功能及作用的主要信号通路。采用蛋白印迹实验检测主要信号分子的表达情况。结果:缺血组和对照组间差异显著的circRNA 21个( P < 0.05, FC> 2)，其中10个表达上调，11个表达下调。随机（随机数字法）选取circRNA.1100和cⅡrcRNA.1122进行验证，结果显示肾IR 1d二者的相对表达倍数分别为（0.23±0.016）和（0.36±0.12），相比于对照组均显著降低（ P<0.05），与测序数据趋势一致。circRNA.1100在IR 2 d和3 d的肾组织中表达依然显著下调，相对表达倍数分别为（0.24±0.08）和（0.34±0.03）（ P<0.05）。circRNA.1100母基因Cpeb3在肾IR 1 d、2 d及3 d的相对表达倍数分别为（0.047±0.022）、（0.098±0.027）和（0.185±0.055），与对照组比较显著下调。生物学功能和通路分析显示差异表达circRNA显著富集在细胞周期、分裂、生长、凋亡、死亡等生物过程及Hippo信号通路。肾IR1d后Hippo通路效应分子YAP蛋白明显上调，持续至IR第3天。 结论:circRNA参与了肾IR损伤的生理病理过程，差异表达的circRNA及Hippo信号通路可能在肾IR损伤的发生发展中起关键作用。

目的:构建自噬基因表达特征的肝细胞癌(hepatocellular carcinoma, HCC)患者预后的预测模型。方法:从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)、基因型-组织表达研究项目(The Genotype-Tissue Expression, GTEx)数据库中分别得到所有HCC和正常肝细胞组织的基因转录表达数据，并将每个样本的基因转录表达数据统一转化为log 2(FPKM值＋1)，消除数据库之间测试平台的数据差异。根据人类自噬基因库中获取的人类自噬基因列表筛选出TCGA-GTEx整合后序列中每个样本对应的自噬基因的表达量。采用R语言limma包以错误发现率( FDR)<0.05及差异倍数|logFC|>1为筛选标准，进行自噬基因差异表达分析。采用R语言clusterProfiler包对差异表达自噬基因以 P<0.05为筛选标准，进行基因本体论(Gene Ontology，GO)富集分析及京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)富集分析。根据自噬基因的差异表达量和患者的临床信息，采用R语言survival包进行单因素的Cox回归分析。进一步将单因素的Cox回归分析中有统计学意义( P<0.05)的自噬基因纳入到多因素Cox回归分析中，以每个差异表达的自噬基因表达量和相对应的回归系数 coef值为基础，构建HCC的自噬基因预后模型：expmRNA1×βmRNA1＋expmRNA2×βmRNA2＋…＋expmRNAn×βmRNAn(exp：基因表达量；β：多因素Cox回归分析的回归系数 coef)。绘制预测模型的受试者工作特征(receiver operating characteristic，ROC)曲线并计算ROC曲线下面积(area under curve，AUC)评估模型预测价值。 结果:从TCGA-GTEx数据库中共得到HCC样本374例和正常肝组织样本160例的基因转录表达数据及临床信息。从整合后的样本序列中共筛选出205个自噬基因的表达数据，其中SPNS1、DIRAS3、TMEM74、NRG2、NRG1、IRGM、IKBKE、NKX2-3、BIRC5、CDKN2A、TP73为符合筛选标准的差异表达自噬基因。差异表达自噬基因GO主要富集在丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶活性的调控、ErbB 2信号通路、蛋白激酶调节活性、激酶调节活性等功能。差异表达自噬基因主要富集在EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药、Hippo信号通路等KEGG通路。整合并删除生存信息缺失的样本后，共418例样本表达纳入到Cox回归分析中。通过单因素、多因素Cox风险回归分析后，筛选出NRG1( HR＝1.5565，95% CI：1.1793～2.0543)、IKBKE( HR＝1.7502, 95% CI：1.2093～2.5330)这两个自噬基因并建立预后预测模型：(0.44247×NRG1的表达量)＋(0.55977×IKBKE的表达量)。预测模型的ROC曲线显示7年总体生存的AUC为0.711。 结论:基于NRG1和IKBKE表达量构建的HCC预后模型，对HCC患者远期生存率有较高的预测价值。