目的:分析1例 ITPR1基因新发变异所致脊髓小脑性共济失调29型(SCA29)患儿的临床特征和遗传学特点。 方法:选取2020年7月1日于河北省人民医院就诊的1例SCA29患儿为研究对象。对患儿进行高通量测序，通过Sanger测序对候选变异进行家系验证。结果:高通量测序显示患儿携带 ITPR1基因c.800C>T(p.T267M)杂合变异，胎儿及父母Sanger测序均未检测到此变异，此新发变异既往国内未见报道，且位于 ITPR1基因的变异热点区域，结合患儿的临床表型，诊断其为SCA29。 结论:ITPR1基因c.800C>T(p.T267M)位点杂合变异可能是本例SCA29患儿的重要致病原因。

对2019年11月南京医科大学附属儿童医院康复科诊断的1例Gillespie综合征患儿的病历资料进行回顾性分析。患儿，男，6月龄，其临床特点为运动智力落后、肌张力低下、双眼畏光、眼球震颤、双眼不能注视及追视物，眼科裂隙灯下检查提示瞳孔固定扩大、双眼虹膜部分缺损、特征性虹膜残丝，基因检测及生物信息学分析显示患儿ITPR1基因第26内含子存在1个杂合剪接突变c.3256-1G>A，为新发致病性变异，患儿父母该基因位点均未见异常。提示有双眼虹膜部分缺损、运动智力落后及肌张力低下的患儿应考虑Gillespie综合征，完善基因检测有助于早期明确诊断。

目的:鉴定分子遗传学水平上与葡萄膜黑色素瘤(UM)转移和预后相关的潜在标志物。方法:收集肿瘤基因组图谱数据库中2007—2019年80例UM样本的信息，根据是否发生转移分为转移组18例和非转移组62例。采用R软件中的maftools函数包分析UM样本中的基因突变种类、变异类型、单核苷酸变异(SNV)类型和基因突变比例，计算肿瘤突变负荷；采用R软件中的edgeR软件包分析转移组和非转移组间的差异表达基因(DEGs)；采用KOBAS工具对DEGs的京都基因与基因组百科全书通路进行富集，筛选出预后相关基因。采用survival函数包建立Cox回归模型验证基因突变情况和DEGs的预后评价。结果:UM基因突变中以错义突变为主，主要变异类型为SNV，UM基因突变负荷低。与非转移组相比，转移组中存在562个DEGs，在基因集富集分析中，3条与眼部疾病和癌症相关的通路显著富集，分别为玻璃体视网膜变性、癌症相关蛋白多糖和PI3K-Akt信号通路。转移组 BAP1、 FOXO3和 ITPR2基因表达量分别为2 982.50(1 251.50，5 637.00)、1 223.00(914.75，2 706.25)和2 201.50(570.75，4 814.00)，与非转移组的5 225.00(2 281.25，8 784.00)、2 293.50(1 254.25，3 693.75)和474.00(153.00，1 437.75)比较，转移组 BAP1和 FOXO3表达量显著下调， ITPR2表达量显著上调，差异均有统计学意义( Z＝-1.786、-1.982、-3.065，均 P<0.10)。采用Cox模型单因素分析显示， BAP1基因突变、 FOXO3基因表达下调和 ITPR2基因表达上调与不良预后显著相关(均 P<0.10)。 结论:BAP1基因突变、 FOXO3基因下调和 ITPR2基因上调可作为UM转移和预后的潜在生物标志物。

目的 本研究分析前列腺癌(PCa)患者外周血DNA腺嘌呤N6甲基化(6mA)修饰的水平,从而探讨6mA修饰与PCa的关系,为PCa寻找新的诊断和预后标志物.方法 分别检测PCa组与对照组的外周血6mA,筛选差异基因6mA热点,通过生物信息学分析方法 ,在全基因组范围对疾病相关位点进行筛选与鉴定.结果 与正常组比较,PCa组中6mA表达上调基因有2 558个,表达下调基因有1 106个,主要分布在内含子上.功能富集与信号通路富集分析结果 显示,钙离子信号通路和T细胞受体信号通路富集倍数最高,此通路中PLCG1、ITPR1、PPP3C和CAMK2等上调基因与上游T细胞受体调控基因共同作用调控钙离子信号转导.结论 钙离子信号通路和T细胞受体信号通路6mA修饰异常可能与PCa的发生、发展相关.

目的 探讨Ⅰ型1,4,5-三磷酸肌醇受体(ITPR1)在低氧诱导胰腺癌转移中的分子机制.方法 免疫组化检测低氧诱导因子-1α(HIF-1α)、ITPR1、表皮生长因子受体(EGFR)、磷酸化JAK激酶2(p-JAK2)和信号转导及转录激活因子3(STAT3)在胰腺导管腺癌(PDAC)及正常胰腺组织中的表达及其临床意义;实时荧光定量PCR(qRT-PCR)、免疫印迹(WB)及双荧光素酶报告基因系统分析在低氧微环境下ITPR1调控EGFR相关分子机制;MTS增殖、Transwell迁移侵袭实验探讨低氧状态下ITPR1对Panc-1细胞增殖、迁移和侵袭的影响.结果 HIF-1α、ITPR1、EGFR信号通路在PDAC组织中表达均增高,且HIF-1α、ITPR1、EGFR、STAT3与PDAC转移有关,HIF-1α及EGFR是影响PDAC患者术后生存时间的独立风险因素;低氧可提高Panc-1中HIF-1α、ITPR1、EGFR通路的表达量,且敲低ITPR1后EGFR轴相关因子表达下降;沉默HIF-1α后ITPR1表达下降,ITPR1启动子区存在HIF-1α的结合位点.敲低ITPR1后细胞增殖能力下降,在常氧和低氧状态下细胞增殖能力相似;敲低ITPR1后细胞迁移和侵袭能力下降,而在低氧状态下体外迁移和侵袭能力提高.结论 低氧增强胰腺癌的转移可能是通过HIF-1α调控ITPR1的表达而实现,而ITPR1可调控EGFR/JAK2/STAT3信号通路的表达.

目的 研究体外受精-胚胎移植术(in vitro fertilization&embryo transfer,IVF-ET)对子代肠系膜血管收缩功能的影响及其调控机制.方法 建立IVF-ET子代小鼠(出生20周后)模型,与自然妊娠子代进行比较,研究其对血管收缩功能的影响.测量子代小鼠体质量和BMI,通过ELISA及比色法检测心血管相关细胞因子水平.鉴于Ca2+信号通路在调节血管收缩功能中的重要作用,本实验选择了4个代表性基因(Calm2、Itpr2、RyR2、RyR3)进行研究,并通过qPCR检测Calm2、Itpr2、RyR2、RyR3的mRNA表达水平.通过Western blot检测Calm2和Itpr1蛋白表达水平.结果 IVF-ET子代出生20周后有体质量增加、BMI异常的现象,血清NO和AngⅡ浓度明显高于对照组(P<0.05).实验组的Calm2、It-pr1 mRNA和蛋白表达水平均明显高于对照组(P<0.01),实验组RyR3 mRNA表达水平明显高于对照组(P<0.01),而RyR2 mRNA表达水平明显低于对照组(P<0.01).结论与IVF-ET子代血管收缩功能相关的血清学指标及调控基因表达水平的改变,可能与IVF-ET子代患心血管疾病的风险增加密切相关.

目的 采用生物信息学方法分析脑胶质瘤组织与正常脑组织间的差异表达基因,并筛选脑胶质瘤发生发展的关键调控基因.方法 选取GEO数据库中编号为GSE2223的脑胶质瘤表达谱芯片,利用R语言limma包筛选出芯片中脑胶质瘤与正常脑组织的差异表达基因.使用R语言的org.Hs.eg.db包对差异表达基因进行GO功能富集,利用DAVID 6.8(https://david.ncifcff.gov/)在线分析网站对差异表达基因进行KEGG信号通路分析.为筛选肿瘤发生发展关键调控基因,将差异表达基因导入STRING(https://string-db.org/)网站,构建差异表达基因编码的蛋白间相互作用(PPI)网络图,根据蛋白间临近相互作用对计数,选取前20个差异表达基因,即为可能参与脑胶质瘤发生发展的关键调控基因.结果 共筛选出107个差异表达基因,其中上调的基因48个、下调的基因59个.对差异表达基因的GO功能富集结果显示,差异表达基因在细胞组分上的改变主要表现在运输囊泡膜、神经远端轴突、神经轴突等结构上,分子功能变化主要集中在突触融合蛋白、钙调蛋白、磷脂酶结合蛋白等功能上;生物学过程体现在神经递质分泌、运输及释放、突触囊泡周期的调节等生物学过程上.KEGG信号通路分析结果显示,差异表达基因与肿瘤蛋白聚糖通路、催产素信号通路、胰岛素分泌通路等有关.PPI网络图中蛋白间相互作用对数前20的差异表达基因分别为CAMK2A、CPLX2、SYP、RAB3A、GABRA1、TYROBP、CAMK2B、NEFL、STXBP1、VSIG4、GAD2、RBFOX1、HPCAL4、NRGN、PNMAL2、CDK5R2、LGI3、ABCA1、COL4A2、ITPR1.结论 与正常脑组织相比,脑胶质瘤组织中有107个差异表达基因;差异表达基因与神经元活动相关,参与介导肿瘤蛋白聚糖、催产素信号等通路;CAMK2A、CPLX2、SYP、RAB3A等20个差异表达基因可能为脑胶质瘤发生发展的关键调控基因.

目的 利用网络药理学探讨中药温胆汤治疗高血压的机制,为今后临床中药选用提供参考.方法 运用BATMAN-TCM数据库对温胆汤相关文献进行检索;并选取高血压相关靶向蛋白,对其靶向蛋白进行David 6.7在线基因本体(GO)富集分析、京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路分析.结果 温胆汤治疗高血压的主要蛋白有26种,血管紧张素转化酶(ACE)、ADRA1D、ADRA2A、ADRA2B、ADRB1、ADRB2、ADRB3、ADRBK1、AGTR1、AGTR2、AVPR1A、BDKRB2、C3、CACNA1G、CACNA1I、CACNA2D1、CACNG1、CYBB、EDNRA、EPHX2、ITPR1、ITPR2、ITPR3、NCF1、OPRL1、REN.通过GO富集分析共74种作用在生物学过程、13种作用在细胞组分、21种作用在分子途径;KEGG通路发现13条信号转导通路与高血压有关.结论 温胆汤治疗高血压主要通过信号通路肾素,并涉及蛋白结合、细胞膜及细胞器的转化代谢等功能;其作用机制主要与环磷酸鸟苷(cGMP)-环磷酸鸟苷酸依赖的蛋白激酶(PKG)信号通路、钙离子信号通路、肾素-血管紧张素系统、炎症通路相关,而ACE、AGTR1靶点蛋白贯穿于疾病始终.

目的:检测9例毛囊角化病(Darier's disease,DD)患者的基因突变.方法:提取1家系中2例患者、7例散发患者及100名正常对照外周血基因组DNA,用Sanger测序检测9例DD患者ATP2A2的致病突变.对不携带ATP2A2突变的患者,应用全外显子组测序(WES)寻找可能导致该疾病的其他变异.364名健康对照被纳入突变筛选.可疑的变异通过Sanger测序进行确认.结果:通过Sanger测序,我们发现9例DD患者中有5例出现了ATP2A2突变,包括1例报道过的突变和3例新突变.在其余病例中,WES鉴定了四个ATP酶基因(ITPR3、ATP2B2、RYR1和PLCB1)中的4个变异,均参与钙信号通路.结论:本研究中发现了4个ATP2A2基因突变,其中3个为新发突变,丰富了ATP2A2基因突变谱,并提示四种ATP酶基因变异可能与DD相关.

目的 筛选BRAF突变型甲状腺乳头状癌驱动基因并阐述其机制.方法 从GEO数据库下载甲状腺乳头状癌mRNA表达量微阵列芯片数据.通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-ex-pression network analysis,WGCNA)包进行加权基因共表达分析,筛选出BRAF突变型甲状腺乳头状癌高风险基因.通过limmar包筛选出差异表达基因,并使用韦恩图筛选出高风险差异表达基因.高风险差异表达基因构建蛋白网络,进一步筛选出驱动基因.对高风险差异表达基因行功能通路富集分析和基因突变分析.结果 WGCNA分析获得16个基因模块,黄色模块与BRAF突变型甲状腺乳头状癌最相关,共筛选出181个差异表达基因和90个BRAF突变甲状腺乳头状癌差异表达高风险基因.ITPR1、IRS1、DSC3、ERBB3和RYR2等20个基因为BRAF突变甲状腺乳头状癌的驱动基因.BRAF突变甲状腺乳头状癌高风险差异表达基因富集在细胞桥粒、PI3K激活和钙离子信号通路等.RYR2、PRKG1和ERBB4在甲状腺乳头状癌中突变频率位于前三位.结论 筛选出了BRAF突变型甲状腺乳头状癌的驱动基因,为临床治疗策略选择及靶向药物开发提供了理论基础.